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<publisher>HAL CCSD</publisher>
<title lang=en>PepPSy: a web server to prioritize gene products in experimental and biocuration workflows</title>
<creator>Sallou, Olivier</creator>
<creator>Duek, Paula D.</creator>
<creator>Darde, Thomas A.</creator>
<creator>Collin, Olivier</creator>
<creator>Lane, Lydie</creator>
<creator>Chalmel, Frédéric</creator>
<contributor>Service Expérimentation et Développement (SED [Rennes]) ; Inria Rennes – Bretagne Atlantique ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA) ; Université de Rennes 1 (UR1) - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université de Rennes 1 (UR1) - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)</contributor>
<contributor>Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes] ; Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA) ; CentraleSupélec - Université de Rennes 1 (UR1) - Télécom Bretagne - Institut National des Sciences Appliquées (INSA) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université de Bretagne Sud (UBS) - CentraleSupélec - Université de Rennes 1 (UR1) - Télécom Bretagne - Institut National des Sciences Appliquées (INSA) - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) - École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université de Bretagne Sud (UBS) - Plateforme Génomique Santé Biogenouest® - Inria Rennes – Bretagne Atlantique ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)</contributor>
<contributor>Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) ; Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)</contributor>
<contributor>Institut de recherche, santé, environnement et travail [Rennes] (Irset) ; Université d'Angers (UA) - Université des Antilles et de la Guyane (UAG) - Université de Rennes 1 (UR1) - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )</contributor>
<contributor>Département de science des protéines humaines [Genève] ; Université de Genève (UNIGE) - Faculté de médecine [Genève]</contributor>
<contributor>Agence nationale de securite sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail' (ANSES) [EST-13-081]</contributor>
<contributor> 'Fondation pour la recherche medicale' (FRM) [DBI20131228558]</contributor>
<contributor> European Union [14MF434-01]</contributor>
<contributor> SIB Swiss Institute of Bioinformatics</contributor>
<contributor> Institut national de la sante et de la recherche medicale (Inserm)</contributor>
<description>International audience</description>
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<identifier>https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01342472</identifier>
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<source>DATABASE, 2016, 2016, pp.baw070. 〈10.1093/database/baw070〉</source>
<identifier>DOI : 10.1093/database/baw070</identifier>
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<identifier>PUBMED : 27173522</identifier>
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<language>en</language>
<subject lang=en> DISCOVERY</subject>
<subject lang=en> VALIDATION</subject>
<subject lang=en> ANNOTATION</subject>
<subject lang=en> SPECIFICITY</subject>
<subject lang=en>HUMAN PROTEOME PROJECT</subject>
<subject lang=en> DATA SETS</subject>
<subject lang=en> PROTEINS</subject>
<subject lang=en> DATABASE</subject>
<subject lang=en> TRANSCRIPTOMICS</subject>
<subject lang=en> IDENTIFICATION</subject>
<subject>[SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health</subject>
<type>info:eu-repo/semantics/article</type>
<type>Journal articles</type>
<description lang=en>Among the 20 000 human gene products predicted from genome annotation, about 3000 still lack validation at protein level. We developed PepPSy, a user-friendly gene expression-based prioritization system, to help investigators to determine in which human tissues they should look for an unseen protein. PepPSy can also be used by biocurators to revisit the annotation of specific categories of proteins based on the 'omics' data housed by the system. In this study, it was used to prioritize 21 dubious protein-coding genes among the 616 annotated in neXtProt for reannotation.</description>
<date>2016</date>
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