Identification de marqueurs génétiques de la virulence chez Vibrio nigripulchritudo, un pathogène de crevettes pénéides en Nouvelle-Calédonie Auteur(s) : Reynaud, Yann Éditeur(s) : Université de Paris 6 Pierre et Marie Curie Résumé : Since 1997, a new pathology seasonally occurs in new caledonian shrimp farms during the warm season and was named Summer Syndrome. Diseased Litopenaeus stylirostris shrimp suffer from a septicemic vibriosis which was attributed to V. nigripulchritudo. Preliminary studies based on a collection of V. nigripulchritudo strains have brought to light different virulence levels according to experimental infections results; three virulence statuses were defined: highly (HP), moderately (MP) and non pathogenic (NP). The aim of this work was to genetically characterize virulent V. nigripulchritudo strains. In a first step the genetic diversity of 58 V. nigripulchritudo strains was analyzed by MLST and AP-PCR, revealing a cluster of HP and MP strains, characterized by a low genetic variability and that includes all Summer Syndrome-associated isolates. This confirms the emergence of one cluster of pathogenic V. nigripulchritudo simultaneously with the emergence of the Summer Syndrome ; in a second step, 368 genetic markers of virulence were identified by a Suppressive Subtractive Hybridization performed between the genomes of a HP strain and a genetically close, NP isolate; the distribution of the screened SSH fragments was studied in 58 V. nigripulchritudo isolates by macro-array: 78 DNA fragments were selected, allowing to characterize clusters identified and pathogenic statuses; 13 are specific of the HP strains involved in Summer Syndrome. Interestingly, 10 of these markers are carried by a plasmid pSFn1 that contains sequences highly similar to those of a plasmid pAK1, detected in Vibrio shilonii, a coral pathogen. The origin and consequences of this plasmid acquisition are discussed. Depuis 1997, les élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie sont confrontés à une nouvelle maladie, le Syndrome d'été, une vibriose septicémique dont l'agent étiologique est Vibrio nigripulchritudo. Les résultats d'infection expérimentale sur une collection de souches, ont montré l'existence de trois pathotypes distincts : hautement (HP), moyennement (MP) et non pathogène (NP). L'étude du polymorphisme génétique de 58 souches par typage moléculaire en MLST et AP-PCR, a mis en évidence un groupe phylogénétique particulier caractérisé par un très faible degré de variabilité génétique (confirmant l'émergence de ce groupe en parallèle à l'émergence du Syndrome d'été) et constitué uniquement de souches HP (dont toutes celles associées au Syndromed'été) et de souches MP. Afin d'identifier des marqueurs génétiques de la virulence des souches responsables du Syndrome d'été, et parmi ces marqueurs des gènes codant potentiellement pour des effecteurs de la virulence, une approche soustractive par SSH a été développée entre une souche HP de type Syndrome d'été et une souche NP : 368 marqueurs génétiques ont ainsi été mis en évidence ; la distribution de ces marqueurs a été étudiée chez les 58 souches de la collection par une approche en macroarray : 78 marqueurs ont été sélectionnés, qui permettent de caractériser les différents groupes phylogénétiques et les différents pathotypes, dont 13 fragments spécifiques des souches HP type Syndrome d'été. Parmi ces 13 fragments, 10 ont été localisés sur le plasmide pSFn1 qui a été entièrement séquencé. Ce même plasmide a été purifié uniquement des souches HP de type Syndrome d'été. Par ailleurs, une très forte homologie a été mise en évidence entre pSFn1 et pAK1, un autre plasmide également séquencé et retrouvé chez la souche V. shilonii AK1, responsable du blanchiment du corail Oculina patagonica en Méditerranée. Ces résultats ont ouvert la discussion sur le rôle de pSFn1 dans la virulence de V. nigripulchritudo. Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-3906.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3906/ | Partager Voir aussi plasmide SSH épidémiology virulence shrimp vibriosis Vibrio nigripulchritudo plasmide SSH épidémiologie Télécharger |
Le comportement agrégatif des dorades coryphènes (Coryphaena hippurus) autour des objets flottants Auteur(s) : Taquet, Marc Éditeur(s) : Université Paris 6 Résumé : The aggregative behaviour of the dolphinfish (Coryphaena hippurus) is studied in order to improve our knowledge of the mechanism involved in the association of this species with the floating objects and to evaluate its potential impact in term of exploitation, targeted or not. This PhD thesis is composed of four chapters. Through an extensive analyze of the literature, the first chapter takes stock of the present knowledge on the FADs, on the aggregative behaviour of pelagic fish and on the dolphinfish. The second chapter deals specifically with the aggregative behaviour of the dolphinfish by the way of acoustic tagging of fish carry out during offshore campaigns around drifting FADs. The feeding habits of the dolphinfish around FADs are the main purpose of the third chapter. It is studied by the way of two complementary methods : stomach contains analysis of dolphinfish aggregated around several types of floating objects and underwater inventory of the marine fauna under these floating objects. Finally, the fourth and last chapter sums all the results and suggests a theory to explain the aggregative behaviour of the dolphinfish. We also try to estimate the possible consequences of this behaviour on the abundance and on the distribution of this species on a larger scale. Le comportement agrégatif de la dorade coryphène (Coryphaena hippurus) est étudié dans le but de mieux comprendre le déterminisme de l'association de cette espèce avec les objets flottants et d'en évaluer les impacts potentiels en terme de sensibilité à l'exploitation halieutique, qu'elle soit ciblée ou non. Ce mémoire de thèse est organisé en quatre chapitres. A travers une analyse approfondie de la bibliographie, le premier chapitre présente un bilan des connaissances actuelles sur les DCP, l'agrégation des poissons pélagiques et la dorade coryphène. Le second chapitre traite plus spécifiquement du comportement agrégatif de la dorade coryphène. Il a été abordé à l'aide de marquages électroniques réalisés au cours de campagnes hauturières autour de DCP dérivants. Le comportement trophique de la dorade coryphène fait l'objet du troisième chapitre. Il est abordé par l'utilisation conjointe de deux méthodes d'investigation : l'analyse des contenus stomacaux de dorades coryphènes agrégées sous divers types d'objets flottants et la réalisation d'inventaires faunistiques sous-marins autour de ces objets flottants. Enfin, le quatrième et dernier chapitre synthétise l'ensemble des résultats obtenus, propose une théorie du comportement agrégatif de la dorade coryphène et tente d'évaluer les conséquences possibles de ce comportement sur la distribution et l'abondance de l'espèce à grande échelle. Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-323.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/323/ | Partager |
Contribution à l'étude micropaléontologique et sédimentologique des dépôts pleistocènes du Pacifique Est-Équatorial Auteur(s) : Volat, Jean-louis Éditeur(s) : Université Pierre et Marie Curie Paris 6 Résumé : In the equatorial zone, Pleistocene is present without disturbance. Two main regions can be here distinguished. The eastern part of the area is ruled by the Peru current ; the central part is typically equatorial. A l'Equateur, le Pléistocène est présent sans hiatus apparent. A cette latitude, deux régions peuvent être distinguées. L'une, à l'Est, est fortement influencée par le courant de Humboldt ; l'autre, centrale, est typiquement équatoriale. Droits : Université Pierre et Marie Curie Paris 6 http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14547/11808.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14547/ | Partager |