Résumé : La tuberculose, maladie très ancienne, est plus que jamais présentée sur la scène sanitaire mondiale avec 9 millions de nouveaux cas par an. Cette maladie, qui demeure une cause majeure de mortalité, est un des problèmes les plus difficiles à résoudre en santé publique et à échelle internationale. Les diverses programmes de lutte, lancés par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), pour prévenir et garantir la guérison des patients tuberculeux, se heurtent à des difficultés qui hypothèquent leur efficacité. En effet, l'expansion du virus de rinimunodéficience humaine (VIII) et son influence néfaste sur la susceptibilité à la tuberculose, l'accroissement rapide de la tuberculose multirésistante, la pauvreté ainsi que la croissance démographique, sont un ensemble de facteurs préjudiciables à l'application des mesures préventives et curatives. Les contextes économiques difficiles conduisant indubitablement au cumul de ces facteurs, ont fait une césure entre les pays riches et les pays pauvres quant à l'incidence et la révolution de la tuberculose à échelle mondiale. Pour atténuer la disparité des résultats des luttes antituberculeuses, les méthodologies employées en épidémiologie de la tuberculose doivent s'inscrire dans une démarche d'efficacité. Les marqueurs moléculaires, indispensables à l'identification et à la classification des souches appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTC) ont chacun des potentialités qui leur sont propres dont il convient de cerner pour une utilisation adéquate dans les études épidémiologiques et phylogénétiques. Le but de cette thèse consiste à extraire des connaissances nouvelles des résultats de génotypage stockées dans les bases de données, connaissances relatives au polymorphisme du support génomique pour estimer la contribution de chaque marqueur dans la classification de MTC. Le recours à différentes méthodes de reconstruction phylogénétique et de modélisation des données fut indispensable. A la lumière des résultats obtenus, cette thèse propose une nouvelle méthodologie de classification, pour rétablissement d'une phylogéographie robuste de MTC en relation avec l'histoire des migrations humaines qui aurait débutée en Afrique subsaharienne. Chaque méthode de génotypage ayant une efficience et un cout propres, qu'il convient de mesurer par rapport aux moyens disponibles et aux résultats escomptes, il est donc intéressant de renforcer la connaissance des marqueurs et de proposer différentes alternatives menant à la classification des mycobactéries. Ainsi, les résultats obtenus dans cette thèse apportent plus de cohérence aux solutions proposées pour la caractérisation des clones de MTC circulant dans le monde.
Tuberculosis, very old disease, is more than ever presented on the global health scene with 9 million new cases per year. This disease, which remains a major cause of mortality is one of the most intractable public health and international issues. The various control programs, launched by the World Health Organization (WHO) to prevent and guarantee the cure of tuberculosis patients face difficulties that undermine their effectiveness. Indeed, the expansion of human virus rinimunodéficience (VIII) and its negative influence on susceptibility to tuberculosis, the rapid growth of multidrug-resistant tuberculosis, poverty and population growth, are a set of factors detrimental to application of preventive and curative measures. The difficult economic circumstances undoubtedly leading to accumulation of these factors have a break between rich and poor countries about the impact and the revolution of tuberculosis worldwide. To address the disparity of the results of tuberculosis struggles, the methodologies used in epidemiology of tuberculosis must be part of a process efficiency. Molecular indispensable to the identification and classification of strains belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) markers each have their own potentials that need to be identified for proper use in epidemiological and phylogenetic studies. The purpose of this thesis is to extract new knowledge of the results of genotyping data stored in databases, knowledge of the polymorphism of genomic carrier to estimate the contribution of each marker in the classification of TCM. The use of different methods of phylogenetic reconstruction and modeling data was essential. In light of the results obtained, the thesis proposes a new classification methodology for a robust recovery phylogeography of TCM in connection with the history of human migration have started in sub-Saharan Africa. Each genotyping method with cost efficiency and equity, should be measured in relation to the resources available and discounts results, it is interesting to strengthen the knowledge of markers and propose alternatives leading to the classification of mycobacteria. Thus, the results obtained in this thesis bring more coherence to the proposed characterization of clones MTC circulating worldwide solutions.

http://www.theses.fr/2012AGUY0518/document

Résumé : Ce travail de thèse intitulé «Evaluation de marqueurs génétiques du complexe Mycobacterium tuberculosis combinée à l'utilisation d'outils bioinformatiques: apport en épidémiologie et phylogénie de la tuberculose» a consisté en la sélection et l'évaluation de marqueurs minisatellites dans le cadre d'études épidémiologiques et phylogénétiques du bacille tuberculeux, Une première partie a ainsi porté sur l'épidémie de tuberculose en Guadeloupe, Martinique, et Guyane française ainsi que dans un pays continental à faible incidence de tuberculose, la Suède, Les résultats montrent les disparités existant entre les populations de patients tuberculeux des 3 départements français d'Amérique (DFA) ainsi que les similitudes génotypiques existant entre les bacilles tuberculeux. Par ailleurs le rôle majeur joué par les cas d'importation dans l'épidémie de tuberculose a été montré aussi bien dans les DFA qu'en Suède. Nous nous sommes ensuite intéressés à une utilisation optimale des minisatellites pour une meilleure discrimination de la famille génotypique émergeante « Beijing» circulant au Japon (Osaka, Kobe et Okinawa), ainsi qu'en Russie. Nous avons constaté le faible pouvoir discriminant du format classique 12-locus MIRU (Mycobacterial lnterspersed Repetitive Units) et proposons plusieurs nouvelles stratégies de typage basées plusieurs marqueurs minisatellites incluant certains locus hypervariables. Enfin, dans un troisième volet, nous avons étudié la diversité génétique des bacilles tuberculeux circulant actuellement dans la Caraïbe. laquelle semble refléter le passé historique très particulier de cette zone géographique au croisement d'une multitude de peuplements.
This thesis entitled "Evaluation of genetic markers of Mycobacterium tuberculosis combined with the use of bioinformatics tools: input for epidemiology and phylogeny of tuberculosis" deals with the selection and evaluation of minisatellite markers in the context of epidemiological and phylogenetic studies of the tubercle bacillus M. tuberculosis. The first part of the present work has focused on the epidemic of tuberculosis in Guadeloupe, Martinique and French Guiana as well as in a low incidence continental country, i.e Sweden. The results show differences between populations of TB patients in the three French Departments of America and similarities between the genotypes of the circulating tubercle bacilli Moreover, results highlight the important role played by imported cases for TB epidemic the three French departments of America and Sweden. ln a second part, minisatellite markers have been evaluated for a better discrimination of strains of the emerging genotype "Beijing" circulating in Japan (Osaka, Kobe and Okinawa), and Russia. A low discriminatory power of classical format 12-locus MIRU (Mycobacterial lnterspersed Repetitive Units) was observed and new combinations of minisatellites have also been proposed including hypervariable locus. Finally, the genetic diversity of tubercle bacilli circulating in the Caribbean was investigated which currently seem to reflect historical past of this very special region at the intersection of a multitude of cultures and peoples.

http://www.theses.fr/2011AGUY0427/document

Résumé : Le maintien de ressources génétiques suffisamment larges est nécessaire pour assurer la viabilité et le potentiel évolutif des populations naturelles. Cette thèse a le principal objectif de caractériser la diversité et la variabilité génétique chez le genre Virola (Myristicaceae) pour décrire les processus évolutifs qui en sont à l'origine. Premièrement,une étude de la régénération d'un échantillonnage exhaustif de V. michelii a été menée dans une parcelle du dispositif expérimental de Paracou ayant subi une exploitation forestière de faible intensité et comparée à une parcelle témoin. La diversité génétique mesurée à partir de marqueurs AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism, N=229) en zones perturbées s'est révélée être plis grande qu'en zone non-perturbées. Puis, l'adaptation locale a été étudiée à travers ces mêmes individus et certains loci (AFLP) montrent une sélection divergente pour des environnements contrastés, indiquant un signe d'adaptation. Enfin, l'étude des niveaux de divergence génétique chez trois espèces de Virola du bouclier guyanais (V. michelii, V. surinamensis et V. kwatae) montrent que deux d'entre elles (V. surinamensis et V. kwatae) montrent de fortes similarités génétiques malgré leur distribution sur des environnements contrastés. des Flux de gènes intersécifiques ont été mis en évidence chez ces deux espèces-soeurs et l'hypothèse d'une spéciation écologique est avancée. Ce travail a permis d'aborder différents processus évolutifs à l'origine de la diversité génétique actuelle chez ces espèces forestières tropicales et peut fournir une contribution pour appréhender le devenir des populations.
Genetic diversity is an essential component of biodiversity. The maintenance of sufficient genetic resources is needed to ensure the adaptive potential and the viability of natural populations. In the current context of global changes, the study of adaptation in living organisms is a key task, particularly for tropical forest trees that are dominant components (in terms of biomass and as ecological drivers) of some of the most diverse ecosystems on Earth. The main objective of this thesis is to characterize genetic diversity and genetic variability to understand the evolutionary processes that act on them. This ecological-genetic study was carried out at the interspecific and intraspecific level in the Virola genus.If overall high levels of genetic diversity are a guarantee of prosperity for the future of the species, it seems essential to perform studies on the impact of environmental disturbance on genetic diversity. In the first section, the genetic consequences of regeneration dynamics were studied in an exhaustive sample of V. michelii in a low-intensity logging plot and in a control plot at the Paracou experimental site. A greater genetic diversity, measured from AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism, N = 229), was found in perturbed areas. Because studying genetic diversity within species may be useful for understanding species adaptation to environmental changes, in the second section. I studied local adaptation in a population of V. michelii on the Paracou experimental site. A genome scan approach with AFLPs (N = 229) was conducted on 77 adult individuals and 401 juveniles to identify genetic differences between populations associated to contrasting conditions for an array of environmental variables. Some loci (N = 2) were found to be subject to divergent selection, indicating adaptation to contrasting habitats.In the third section, the study of levels of genetic divergence in three Virola species of the Guiana Shield (V. michelii, V. surinamensis and V. kwatae) was investigated for nuclear and chloroplast molecular markers. V. surinamensis and V. kwatae showed strong genetic similarities despite their contrasting habitats preferences. Coalescent analyses have revealed, on one hand, a recent divergence between these two species suggesting an ecological speciation, and one the other hand that interspecific gene flow occurs between these sister-species.This work focuses on understanding evolutionary processes shaping genetic diversity and provides a useful contribution for biodiversity conservation programs.

http://www.theses.fr/2011AGUY0480/document

Résumé : La valorisation du patrimoine culturel, matériel et immatériel, trouve sa justification en tant que vecteur de différenciation, dans un contexte où le seul modèle touristique de type fordiste ne fait plus recette. Ce patrimoine dans lequel l’homme place du subjectif, des référents culturels et affectifs, voire même des symboles, serait donc à considérer comme une ressource, un vecteur de distinction des territoires, tant il est pourvoyeur d’authenticité. Ainsi, lorsqu’il joue un rôle de marqueur identitaire, le patrimoine peut-être mobilisé par les acteurs impliqués dans le développement local qui ont le souci de se démarquer et de mettre en avant leurs ressources les plus spécifiques, à des fins de développement économique.Les ressources culturelles festives, à l’image des carnavals antillais et guyanais et du Tour des yoles rondes de la Martinique, en plus de montrer un lien entre une identité locale, des traditions et un lieu, confèrent de la lisibilité et de la transparence aux territoires qu’elles investissent. Les fêtes locales sont, en effet, des formes spatiales vectrices de territorialité qui donnent à voir des formes d’enracinement et d’attachement aux lieux. C’est d’ailleurs la « cristallisation collective » (Jeudy, 2008) qui se joue autour de ces manifestations patrimoniales festives, qui contribue à leur conférer de la consistance ainsi qu’une non négligeable valeur marchande. A n’en point douter, elles ont la faculté d’établir la Guadeloupe, la Martinique et la Guyane dans le cadre de la distinction, de l’attractivité et de la compétitivité. Néanmoins, n’est ce point utopique de croire, que la valorisation du patrimoine culturel festif des départements étudiés pourrait significativement participer à asseoir la pérennisation du tourisme ? En effet, l’organisation de la fête, surtout lorsqu’elle a une dimension identitaire poussée à son paroxysme, peut conduire au repli d’une société localisée sur elle-même. Partant de ce postulat, la rencontre entre touristes et populations locales peut s’avérer compromise, alors même que ces manifestations culturelles disposent de nombreux atouts à même de satisfaire un public touristique en quête d’authenticité et de vacances divertissantes. Cette rencontre est-elle souhaitée par les uns et les autres ? Est-elle seulement souhaitable ? Le patrimoine culturel festif peut-il sous-tendre une vraie activité touristique, tout en demeurant le garant d’une certaine stabilité sociale ? La prudence ne voudrait-elle pas qu’il faille plutôt craindre la menace qui pèse sur les biens culturels devenus trop rapidement des produits touristiques ?En réalité, les relations sont complexes entre une culture mise en fête et le développement du secteur touristique. Faut-il pour autant les considérer comme un « pari de l’inutile » (Lazzarotti, 2011) ?Le tourisme doit continuer à se penser comme un secteur économique indispensable au développement local, dans une perspective de durabilité. C’est d’ailleurs à ce titre que le volet social du développement durable trouve sa place au cœur même de notre réflexion, tant il constitue une composante majeure de ce que devrait être un produit touristique attractif et adapté aux substrats locaux. C’est ainsi que cette thèse explore et approfondit la problématique de la mise en relation entre un secteur touristique à pérenniser, et le riche patrimoine culturel festif dont disposent la Martinique, la Guadeloupe et la Guyane. Ce travail de recherche poussent encore un peu plus loin la réflexion autour du développement de pratiques touristiques renouvelées et durables.
Enhancement of cultural heritage, both tangible and intangible, is justified as a vector of differentiation, in a context where the only tourist Fordist model no longer recipe. Heritage in which man instead of subjective, cultural and emotional referents and even symbols, would be regarded as a resource, a vector distinction territories, as it is provider of authenticity. Thus, when a role marker of identity , heritage can be mobilized by the actors involved in local development that have the desire to stand out and highlight their most specific resources for economic development purposes . festive cultural resources, like the Caribbean and Guyanese carnivals and Tour round skiffs from Martinique, in addition to showing a link between a local identity, traditions and place , give the clarity and transparency territories they invest . Local festivals are indeed of vector spatial forms of territoriality that give rooting see shapes and place attachment. This is also the "collective crystallization" (Jeudy, 2008) that plays around these festive heritage demonstrations, which helps give them substance and a significant market value. A no doubt, they have the ability to establish Guadeloupe, Martinique and Guyana as part of the award, the attractiveness and competitiveness. However, this is unrealistic enough to believe that the enhancement of cultural heritage festive departments surveyed could significantly participate in sit sustainability of tourism? Indeed, the organization of the party, especially when it has a dimension of identity pushed to its limits, can lead to the decline of localized on society itself. Based on this assumption, the encounter between tourists and local populations may be compromised, even though these cultural events have many assets to satisfy even a tourist public in search of authenticity and fun holiday. This meeting it is desired by each other? Is it just desirable? The festive cultural heritage may underlie it a real tourist activity, while remaining a guarantor of social stability? Prudence does not she want that rather we should fear the threat to cultural property became too quickly tourism products? Actually, relationships are complex between a culture festival setting and development of the tourism sector. Should we all be regarded as a "bet the useless" (Lazzarotti, 2011)? Tourism must continue to think as an essential local economic development sector, with a view to sustainability. It is also for this reason that the social pillar of sustainable development finds its place at the heart of our thinking, as it is a major component of what should be an attractive tourism product adapted to local substrates. Thus this thesis explores and deepens the problem of linking between tourism to sustain, and the rich cultural heritage festive available Martinique, Guadeloupe and Guyana. This research push a little further reflection on the development of tourism practices renewed and sustained.

http://www.theses.fr/2013AGUY0703