Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley/Blackwell
Résumé : International audience
Microsatellites are widely used in population genetics to uncover recent evolutionary events. They are typically genotyped using capillary sequencer, which capacity is usually limited to 9, at most 12 loci for each run, and which analysis is a tedious task that is performed by hand. With the rise of next-generation sequencing (NGS), a much larger number of loci and individuals are available from sequencing: for example, on a single run of a GS Junior, 28 loci from 96 individuals are sequenced with a 30X cover. We have developed an algorithm to automatically and efficiently genotype microsatellites from a collection of reads sorted by individual (e.g. specific PCR amplifications of a locus or a collection of reads that encompass a locus of interest). As the sequencing and the PCR amplification introduce artefactual insertions or deletions, the set of reads from a single microsatellite allele shows several length variants. The algorithm infers, without alignment, the true unknown allele(s) of each individual from the observed distributions of microsatellites length of all individuals. MicNeSs, a python implementation of the algorithm, can be used to genotype any microsatellite locus from any organism and has been tested on 454 pyrosequencing data of several loci from fruit flies (a model species) and red deers (a nonmodel species). Without any parallelization, it automatically genotypes 22 loci from 441 individuals in 11 hours on a standard computer. The comparison of MicNeSs inferences to the standard method shows an excellent agreement, with some differences illustrating the pros and cons of both methods.
ISSN: 1755-098X

hal-01544754
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01544754
DOI : 10.1111/1755-0998.12467

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Les populations envahissantes sont généralement confrontées à un monde hétérogène où les conditions abiotiques, la distribution et la disponibilité en ressource et les densités d’espèces natives varient à la fois dans le temps et dans l’espace. Une telle hétérogénéité environmentale peut jouer un rôle décisif dans le succès d’établissement et sur la vitesse d’expansion d’une invasion. Des capacités de dispersion dans le temps et dans l’espace sont attendues pour permettre aux populations envahissantes de faire face à ces contraintes. Les Hyménoptères spécialistes des graines du genre Megastigmus (Torymidae) sont des modèles invasifs intéressants parce-qu’ils exploitent des populations d’arbres qui sont réparties en patchs discontinus dans le paysage et qui montrent des variations inter-annuelles synchronisées et de forte amplitude dans la production de graines (masting). Nous nous sommes intéressés à l’invasion récente des forêts de cèdre de l’Atlas du sud-est de la France par M. schimitscheki, qui montre de fortes propensions à : (i) la dispersion passive par le vent (dispersion spatiale), et (ii) la diapause prolongée, une forme de dormance larvaire pouvant durer de 3 à 5 années consécutives (dispersion temporelle). Dans un premier temps, nous montrons que, malgré une distribution très fragmentée de son hôte obligatoire à l’échelle du paysage, M. schimitscheki a pu envahir la quasi-totalité des cédraies de la région PACA par des évènements de dispersion à longue distance depuis sa zone d’introduction, à la faveur d’un vent régional dominant (le Mistral). Dans un second temps, nous montrons que, à l’échelle d’une population, la diapause prolongée peut constituer un refuge temporel démographique et génétique pour des cohortes soumises aux variations extrêmes de disponibilité en ressources, qui résultent du masting de leur hôte obligatoire.
Colloque de lancement du GdR ‘Invasions Biologiques’
Rennes, France

hal-01601706
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01601706
PRODINRA : 404855