Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : This study is designed to improve the understanding of structural, mechanical and petrophysical characteristics of deformation bands in porous sandstone such as their potential influence on fluid storage or migration in reservoir setting. Structural and petrophysical analysis of band networks from Provence show that permeability of band is mainly controlled by the degree of cataclasis and diagenetic processes at depth. Map-scale analysis of band networks underlines the major influence of tectonic regime on band distribution, organization and permeability. Band associated to normal-fault regime (cataclasis and low-permeability) are located around map-sclae-fault whereas band associated to thurst-fault regime (moderate cataclasis and permeability) are pervasively distributed in all the area. Reverse-sense band are cataclastic and low-permeabiilty around the Roquemaure thrust, which show the potential role of large-scale fault on structural and petrophysical characteristics of bands. This analysis also shows the influence of fault propagation on formation of low permeability catacastic bands. This analysis suggests also granulometry as factor controlling organization of band networks.A mechanical analysis of deformation bands is realized based on results from Provence. Yield envelopes of these materials are calculated from analytical solution. Triaxial tests done on sandstone (L'Etang quarry, Orange) confirm the shape of yield envelope theoretically calculated. Triaxial tests done on the poorly-lithified sands (Boncavaï quarry, Uchaux) show grain size, sorting and packing influencing yield envelope and cataclastic band localization at shallow burial depth. Stress paths are calculated for burial and tectonic event (extension and contraction) using the relationship between main stress and secondary stresses (K0) calibrated from well data. These different results are integrated into a model which allows to estimate type and structural characteristics of bands susceptible to form for a known geological setting.A structural, mechanical and petrophysical model is established form these results. This model is calibrated by permeability data from deformation bands of Provence and results from the mechanical model of strain localization. This model is also confronted to a synthesis of permeability data from literature, which confirms the influence of the different controlling parameters integrated to the model. This model is applied for two sites of uranium exploration/exploitation in porous sandstone reservoirs and validated by field observations.
Cette étude est destinée à améliorer la compréhension des caractéristiques structurales, pétrophysiques et mécaniques des bandes de déformation dans les grès poreux ainsi que de leur rôle potentiel sur la migration ou le piégeage des fluides en milieu réservoir. L'analyse structurale et pétrophysique des réseaux de bandes de Provence montre que leur perméabilité découle principalement de l'intensité de la cataclase dans leur microstructure et des processus diagénétiques qui peuvent s'y localiser avec la profondeur. L'analyse régionale de ces réseaux de bandes souligne l'influence majeure du régime tectonique sur leur distribution, leur organisation et leur perméabilité. Les bandes associées au régime normal (cataclactiques et peu perméables) sont localisées autour des failles cartographiques, tandis que les bandes associées au régime inverse (modérement cataclastiques et perméables) sont distribuées dans toute la région. Les bandes inverses sont fortement cataclastiques et imperméables uniquement autour du chevauchement de Roquemaure ce qui montre le rôle potentiel de la présence de grande faille sur les caractéristiques structurales et pétrophysiques de ces bandes. D'autre part, cette analyse suggère que la granulométrie de l'encaissant peut influencer l'initiation et l'organisation des réseaux. L'analyse mécanique des bandes de déformation a ensuite été réalisée à partir des résultats obtenus en Provence. L'enveloppe de plasticité de ces matériaux est calculée à l'aide d'une solution analytique. Les essais triaxiaux menés sur le grès de la carrière de l'Etang (orange) confirment la forme de ces enveloppes estimées théoriquement. Les essais réalisés sur les sables de Boncavaï (Uchaux) montrent que la taille des grains, le tri et de la compaction dans ces matériaux peu lithifiés influent sur leurs enveloppes de plasticité et la localisation des bandes cataclastiques à faibles profondeurs. Les trajets de contraintes sont estimés pour les phases d'enfouissement et de chargement tectonique (extension et compression) à partir de la relation entre contrainte principale et contraintes secondaires (K0), calibrée à partir de données de forage. Ces résultats sont intégrés à un modèle permettant d'estimer la nature et les caractéristiques structurales des bandes susceptibles de se former dans un contexte géologique donné. Un modèle structural, mécanique et pétrophysique a été établir à partir de ces différents résultats. Ce modèle est calibré à partir des données de perméabilité mesurées sur les bandes de Provence et des résultats du modèle mécanique de localisation cité précédemment. Ce modèle a ensuite été confronté à une synthèse des données de perméabilité disponibles dans la littérature et confirme l'influence des différents paramètres de contrôle pris en compte dans le modèle. Ce modèle a enfin pu être appliqué sur deux sites d'explorations/exploitations d'uranium en réservoir gréseux poreux et validé par les résultats obtenus, en concordance avec les observations de terrain.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01001389

NNT : 2013MON20067
tel-01001389
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01001389
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01001389/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01001389/file/36072_BALLAS_2013_archivage-1_cor.pdf

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : L’objectif de cet article est d’analyser, à partir d’une vision externe, les conditions préexistantes à échelle locale-régionale d’un territoire rural au Mexique, le Bajo Balsas, en vue de l’intégration hypothétique d’une activité de tourisme alternatif. L’analyse porte sur les aspects externes au territoire d’accueil à prendre en compte avant l’introduction d’une initiative touristique, et sur les conditions intrinsèques de celui-ci. Les résultats montrent que le territoire possède des aptitudes spécifiques pour mettre en œuvre une initiative de tourisme alternatif telle que la capacité d’organisation collective locale, l’existence d’un processus de développement plus ample ainsi que d’une complémentarité de ressources naturelles et culturelles intéressante. Cependant, l’étude révèle également de nombreuses restrictions comme l’image négative de la région ainsi que le manque de connexion et d’infrastructure. À partir des résultats obtenus, des recommandations ont été formulées à l’intention des acteurs impliqués dans le processus de développement concernant la mise en œuvre du tourisme alternatif.
The aim of this article is to analyse, from an external point of view, the pre-existent conditions at a local-regional level of a rural territory in Mexico, the Bajo Balsas, regarding the hypothetic integration of a community based tourism (CBT) activity. The analysis is about the external aspects of the host territory to be considered before the introduction of an activity of tourism, and about its intrinsic conditions. The results show that the territory does have specific aptitudes to implement a CBT activity such as the local and collective organizational capacity, the existence of a larger process of development and an interesting complementarity of natural and cultural resources. Nevertheless, the study also reveals numerous restrictions such as the negative image of the region and the lack of connexion and local infrastructure. Based on the results, some recommendations have been formulated at the attention of the actors implied in the development process and in the implementation of the CBT initiative.
Mexique
Bajo Balsas

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.7645
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/7645

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Le changement climatique et le développement durable du tourisme représentent des enjeux majeurs pour l’avenir du tourisme dans plusieurs régions du monde, notamment aux Antilles françaises. Aussi, la présente étude se propose d’analyser et d’évaluer les effets économiques de la variation climatique sur le secteur touristique à la Guadeloupe et à la Martinique, pour quatre raisons essentielles : (a) le secteur du tourisme et les petites économies insulaires qui en dépendent, comme celles de la Guadeloupe et de la Martinique, sont fortement sensibles à la variabilité et au changement du climat. (b) la vulnérabilité intrinsèque de ces petites destinations et de leurs infrastructures à l’élévation du niveau de la mer et aux évènements climatiques extrêmes (cyclones, inondations, sécheresse), (c) la haute dépendance de l’industrie touristique régionale à l’utilisation des énergies fossiles, (d) enfin, en raison du fait qu’aucune évaluation économique chiffrée n’a été produite à ce jour sur les effets économiques de la la variation climatique sur le secteur touristique à la Guadeloupe et à la Martinique. Par conséquent, il importe de cerner dans ces deux régions les conséquences possibles de ce changement au plan touristique et d’envisager le cas échéant des stratégies d’adaptation et d’atténuation. Ce faisant, cette étude se fixe quatre objectifs principaux : (a) examiner les facteurs qui influencent la demande et l’offre de tourisme aux Antilles Françaises ; (b) effectuer à l’aide d’un modèle de demande touristique, l’impact économique de ces facteurs sur le nombre d’arrivées ainsi que sur la dépense touristique dans ces régions ; (c) évaluer et projeter en termes de coût, les effets du changement climatique sur l’activité touristique ; et (d) proposer aux autorités locales, des stratégies d’adaptation et d’atténuation face au défi du changement climatique.L’évaluation de ces différents effets est abordée ici à l’aide d’un modèle structurel de base (MSB) et d’un modèle structurel général (MSG), inspirés tous deux des travaux de Harvey (1990) pour capter à l’aide d’un indice climato-touristique, les éléments du climat qui impactent l’activité touristique. Cet indice synthétique est calculé en se basant sur les données climatiques du passé selon deux scénarios climatiques proposés par le groupe d’experts intergouvernemental sur l’évolution du climat (GIEC) – un scénario pessimiste A2, et un scénario optimiste B2-. Les résultats issus de l’application de ces modèles montrent que les caractéristiques climato-touristiques de la Guadeloupe et de la Martinique subiront vraisemblablement un déclin à long terme, et devraient au plan économique impacter négativement le secteur touristique de ces destinations, se traduisant par des pertes à la fois d’attractivité et de chiffre d’affaires du secteur. Les pertes subies par le tourisme en raison du changement climatique s’élèveraient à l’horizon 2100, et selon le scénario A2, à 45 millions d’euros à la Guadeloupe soit 0,7% de son PIB 2004, et à 60 millions d’euros à la Martinique soit 0,8% de son PIB 2004.
Climate change and the tourism sustainable development are important challenges for tourism future trends of many countries, including the French West Indies. Therefore, this study provides an evaluation of the likely economic effects of climate change on tourism sector in Guadeloupe and Martinique, and identifies four reasons why these countries should be concerned about the potential effects of climate change on tourism: (a) Guadeloupe and Martinique are island destinations very sensitive to climate change; (b) their intrinsic vulnerability and their infrastructure to sea level rise and extreme climatic events (e.g. hurricanes and floods); (c) the high dependence of their tourist industry on carbon-based fuels; and (d) up to date, no economic evaluation of climate change on tourism sector in Guadeloupe and Martinique is provided. Therefore, this study attempted to quantify the likely effects of the changes in the climatic factors on the economy of the French West Indies. There are four main objectives in this study. The first is to examine the factors that influence the demand and supply tourism in Guadeloupe and Martinique. The second is to forecast the impact of climate change to tourism arrivals until 2050 under two scenarios from the intergovernmental panel on climate change (IPCC) – A2: pessimistic scenario and B2: optimistic scenario-. Third is to evaluate and forecast the cost of climate change to the tourism sector until 2100. The fourth is to recommend to authorities the adaptation and mitigation strategies that can be undertaken by the tourism sector to French West Indies to address climate change.Following Harvey (1990), a Basic Structural Model (BSM) and a General structural Model (GSM), are employed to model tourist arrivals to Martinique. A tourism climatic index (TCI) conceptualized by Mieczkowski (1985) is used in this model to capture the elements of climate that impact on a destination’s experience. The results suggest that under both scenarios, the island’s key tourism climatic features will probably decline, and therefore, negatively impact on the destination experience of visitors. Tourism losses due to climate change are projected in 2100 to 45 millions euros in Guadeloupe, or 0.7% of its GDP, and to 60 millions euros in Martinique, or 0,8% of its GDP.
Guadeloupe
Martinique

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.6750
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/6750

Éditeur(s) : HAL CCSD Sidestone Press
Résumé : International audience
Les habitations-plantations constituent le creuset historique et symbolique où fut fondu l'alliage original que sont les cultures antillaises. Elles sont le berceau des sociétés créoles contemporaines qui y ont puisé tant leur forte parenté que leur diversité. Leur étude a été précocement le terrain de prédilection des historiens. Les archéologues antillanistes se consacraient alors plus volontiers à l'étude des sociétés précolombiennes. Ainsi, en dehors des travaux pionniers de J. Handler et F. Lange à la Barbade, c'est surtout depuis la fin des années 1980 qu'un véritable développement de l'archéologie des habitations-plantations antillaises a pu être observé. Les questions pouvant être traitées par l'archéologie des habitations-plantations sont extrêmement riches et multiples et ne sauraient être épuisées par la publication d'un unique ouvrage. Les différents chapitres qui composent ce livre dirigé par K. Kelly et B. Bérard n'ont pas vocation à tendre à l'exhaustivité. Ils nous semblent, par contre, être représentatifs, par la variété des questions abordée et la diversité des angles d'approche, de la dynamique actuelle de ce champ de la recherche. Cette diversité est évidemment liée à celle des espaces concernés: les habitations-plantations de cinq îles des Petites Antilles : Antigua, la Guadeloupe, la Dominique, la Martinique et la Barbade sont ici étudiées. Elle est aussi, au sein d'un même espace, due à la cohabitation de différentes pratiques universitaires. Nous espérons que cet ouvrage, tout en diffusant une information jusqu'à présent trop dispersée, sera le point de départ de nouveaux travaux. Ce développement de la recherche est une nécessité scientifique mais aussi sociale pour les populations antillaises. L'archéologie historique est une voie d'accès privilégiée aux interstices de l'histoire coloniale (contact précoloniaux, commerce interlope, marronnage physique et moral, nécessaires concessions fruits de la négociation permanente entre la norme coloniale et réalité quotidienne, etc.). En fouillant la terre antillaise, les archéologues ne peuvent que conter la quotidienneté de la vie au sein de l'archipel. Or c'est aussi (beaucoup ?) de ces interstices, s'inscrivant le plus souvent dans des échelles micro-locales, locales ou régionales, qu'ont émergé les cultures antillaises.
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00973942

ISBN : 9789088901942
hal-00973942
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00973942

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Il s’agit d’étudier la Caraïbe par une approche heuristique qui saisisse l’identité régionale en termes de mouvements, de mobilité, de flux et d’influences en tous genres et non pas simplement de structures statiques. Cette démarche qui dépasse l’observation traditionnelle et étriquée de l’espace sédentaire permet de mieux appréhender les connexions entre unités qui composent la région ainsi que les sphères d’influences et les emboîtements d’échelle qui vont du micro-local au global. Les notions de « mouvement » et de « mouvance » que nous proposons ici de conceptualiser pour penser notre périmètre d’étude dans cette perspective dynamique se situent au carrefour de plusieurs disciplines mais s’inscrivent plus particulièrement dans le champ d’investigation de la Géopolitique.
This paper approaches regional identity in the Caribbean in heuristic terms that imply the paradigms of movement, mobility, flux and diverse influences that are not limited to frame of fixed parameters. Our rationale consists in going beyond the traditional observation of a sedentary space, in order to better our perception of the connexions that join the different units composing the region, and apprehend the spheres of influence or scales of inclusion that range from micro-local to global. The notions of “movement” and “mouvance” that we suggest conceptualizing here in order to apprehend our object in a dynamic way, even though linked with a transdisciplinary approach, derive their validity from the inscription in the field of Geopolitics.
Caraïbes

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.5739
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/5739

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : L’article présente les différences de perception entre les touristes et les résidents en matière de protection de l’environnement marin et côtier. Il s’appuie sur les résultats des études menées à l’échelle de la Martinique en 2010 dans le cadre de l’évaluation de la valeur économique et sociale des récifs coralliens et écosystèmes associés et à celle de la commune du Prêcheur en 2011 dans le cadre de la mise en place de la réserve marine régionale. Il met en exergue les éléments qui composent les disparités de perception et de souhaits quant aux mesures de gestion des espaces littoraux. Il montre toutefois que la création d’une aire marine protégée dans la commune du Prêcheur emporte l’adhésion de tous.
The article presents the differences in perception between the tourists and residents regarding the protection of the marine and coastal environment. It is based on the results of studies conducted across Martinique in 2010, in the framework of the evaluation of the economic and social value of coral reefs and associated ecosystems, and at the level of the rural community of le Prêcheur in 2011, in the context of the implementation of the regional marine reserve. It highlights the elements that compose the disparities of perception and wishes with respect to coastal areas management measures. It shows, however, that the creation of a marine protected area in the commune of le Prêcheur has the unanimous support of all.
Martinique
Prêcheur

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.9351
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/9351

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : The current consensus on Sustainable Tourism Development emphasizes the necessity for all tourist planning and policy making decisions to consider the impacts of tourism activity on all three dimensions of sustainability: economic efficiency referring to the capacity of an economy to be competitive, social justice aiming at the better distribution of produced welfare in the society and environmental preservation as the conservation of ecosystem’s capacity to provide humans with goods and services essential for their survival.A successful evaluation of the tourism activity presupposes the extensive examination of certain elements of the tourism product itself (expressed as characteristics of supply, demand and the organization of the tourist market), along a series of parameters related directly to the tourism products (effects), and indirectly to its implications for the destination (impacts). This paper presents a methodological framework for an integrated evaluation and monitoring of the tourism activity, in support of planners and policy makers towards both tourism and regional policy.A case study on the island of Samos in Greece is employed to demonstrate the scope of the methodology based on real data, its potential value but also its limits. The results of the study indicate that tourism remains the main developmental force in the island for over two decades without unfortunately, succeeding to deviate from the rule of decreasing tendencies, of similar mass tourism destination.
Le consensus actuel sur le développement du tourisme durable met l’emphase sur la nécessité pour tous les porteurs de projets et décideurs de prendre en compte les impacts de l’activité touristique sur les trois dimensions de la durabilité : l’efficience économique se réfère à la capacité d’une économie à être compétitive, la justice sociale aspire à une meilleure redistribution des richesses au sein de la société et la préservation de l’environnement concerne la préservation de la capacité des écosystèmes à fournir aux humains les biens et services essentiels à leur survie.Une évaluation réussie de l’activité touristique présuppose un examen exhaustif de certains éléments du produit touristique en lui-même (caractéristiques de l’offre, de la demande et de l’organisation du marché touristique), ainsi qu’une série de paramètres liée directement au produit touristique (effet). Il faut également prendre en compte les implications directes et indirectes du développement touristique de la destination (impacts). Cette recherche présentera un cadre méthodologique pour l’évaluation et la gestion intégrée de l’activité touristique, pour accompagner l’élaboration de politiques publiques et ce tant au niveau du tourisme que des politiques régionales.Une étude de cas réalisée sur l’île de Samos en Grèce sera utilisée pour démontrer la portée de la méthodologie utilisée (basée sur des résultats réels), sa valeur potentielle, ainsi que ses limites. Les résultats de l’étude indiquent que, depuis deux décennies, le tourisme est la principale force de développement de l’île sans, malheureusement, déroger à la règle des tendances à la baisse qui affecte également d’autres destinations touristiques similaires.
Grèce
Samos

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.6257
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/6257

Résumé : Les mécanismes à l’origine du maintien de la forte diversité locale des arbres des forêts tropicales humides constituent encore une énigme pour les scientifiques. Cette thèse a pour but d’étudier et de comprendre certains facteurs biotiques et abiotiques qui influencent l’assemblage des communautés des forêts tropicales humides d’Amazonie. A l’aide d’une approche empirique conduite dans les forêts tropicales de Guyane française et du Loreto au Pérou, de nombreuses expériences de terrain ont été mises en place dans le but d’apporter des éléments de réponse sur les mécanismes impliqués dans le maintien de la diversité des communautés d’arbres et d’insectes des forêts amazoniennes. Dans un premier temps, cette thèse permet de souligner l’importance des pressions biotiques exercées sur les communautés d’arbres. En effet, les communautés d’insectes peuvent influencer la composition des communautés d’arbres le long d’un gradient environnemental conduisant à des compromis entre la défense et la croissance. Ces compromis ou tradeoff permettent de maintenir la coexistence des espèces de forêts tropicales humides en favorisant la spécialisation des arbres à leur habitat (Chapitre 1, Annexe 3). Cependant, de nombreux facteurs peuvent engendrer des variations dans les compromis d’allocation exhibés par les plantes, ce qui peut compliquer la validité de ces résultats. Dans ce sens, nous avons souligné l’influence du rôle de la cascade trophique et l’existence chez certaines espèces d’arbres de stratégies d’évitement des insectes (Chapitre 2). Dans un second temps, nous avons montré que les filtres environnementaux et les distances géographiques favorisent un fort turnover de la composition des arthropodes des forêts tropicales (chapitre 3, Annexe 2). Les résultats de cette étude ont des implications fondamentales sur les mécanismes qui expliquent la structuration des communautés d’insectes herbivores. Nous avons souligné l’importance de l’interaction des communautés des insectes herbivores et de leurs plantes associées. De plus, des prédictions sont présentées sur le degré de spécialisation des insectes à leur plante-hôte (Annexe 3), notamment sur les implications possibles dans les compromis d’allocation chez les plantes. Finalement, des perspectives de recherche sont proposées en vue de poursuivre ces travaux de recherche, et notamment des extensions de mes expériences vers d’autres régions tropicales et tempérées et l’intégration de la phylogénie pour comprendre des mécanismes de coévolution entre communautés d’arbres et insectes. Nous proposons également une intégration des résultats de cette thèse dans les stratégies locales et régionales de conservation des forêts tropicales du bassin amazonien.
The mechanisms underlying the maintenance of local diversity of trees in tropical rainforests remain under debate. This dissertation aims to study and understand some biotic and abiotic factors that may influence both tree and insect community assembly in lowland tropical forests of Amazonia. I used an empirical approach to study communities of trees and insects in tropical forests of French Guiana and Peru, to address the extent to which insect herbivores contribute to the turnover of tree species across strong environmental gradients. In Chapter 1, I studied how herbivorous insect communities can influence the composition of tree communities along an environmental gradient by reinforcing tradeoffs between defense and growth that promote habitat specialization (Chapter 1, Appendix 3). The complicated variation in the patterns of growth and defense from this study led me to pursue further observations of an alternative plant defense strategy of time-avoidance of herbivores, which I examined in detail in Chapter 2. I found evidence for coordinated leaf production in some tree species that was consistent with the satiation of herbivores, suggesting that multiple interactions between plants and their herbivores may be responsible for patterns of habitat specialization in trees. In the second part of the dissertation, I examined insect herbivore communities in detail to test for turnover in species composition across geographic and environmental gradients. In Chapter 3, I present evidence for substantial beta-diversity in arthropod communities throughout lowland Amazonian forests. In the discussion I propose research perspectives to complete this research, including the extension of observations to compare tropical and temperate regions and the integration of molecular phylogenetics information to study coevolution of plant lineages and their insect herbivores. I conclude with suggestions for the integration of the results of this thesis in local and regional strategies for the preservation and conservation of tropical forests in the Amazon basin.

http://www.theses.fr/2013AGUY0582/document

Résumé : La distribution actuelle des espèces d’arbres des forêts tropicales humides amazoniennes est le résultat de processus dynamiques sur lesquels les perturbations passées, d’origine climatique ou anthropique, peuvent avoir jouées un rôle majeur. Des outils génétiques actuels associés à des méthodes d’analyses puissantes permettent d’inférer et de dater l’empreinte génomique des évènements démographiques subits par les populations naturelles. Le but de cette thèse est de contribuer à une vision d’ensemble de l’évolution démographique de la forêt tropicale humide du plateau des Guyanes pendant le Quaternaire. J’ai d’abord étudié les propriétés des microsatellites (répétitions simple de séquences, SSR) et les limites de leurs applications en tant que marqueurs moléculaires en phylogéographie. Plusieurs allèles SSR contenu dans diverses populations de trois genres d’arbres différents ont été séquencés et le polymorphisme, porté par chaque partie des fragments ADN contenant des SSR, a été étudié. J’ai observé que la quantité de variation génétique était aussi importante dans les régions encadrant le microsatellite que dans le SSR lui-même. Ces régions ont contribué significativement à l’information phylogénétique et ont parfois été la principale source de différenciation entre les individus et les populations. Cette expérience m’a permis de choisir la meilleure stratégie à adopter pour traiter les données de variation génétique des SSR dans des modèles démographiques. J’ai ensuite utilisé ces marqueurs SSR et des méthodes ABC pour étudier l’impact local des occupations humaines précolombiennes sur les forêts en Guyane française. Les changements démographiques subis par des populations de quatre espèces d’arbres ont été comparés entre cinq sites occupés et quatre sites non perturbés. Les perturbations naturelles et induites par l’homme ont contribué à la mise en place de la diversité observée actuellement, comme le suggère des signatures d’effet fondateur détectées sur les sites perturbés ou non. Néanmoins, la taille des populations fondatrices semble être proportionnelle à l’impact humain estimé, indiquant que les perturbations anthropique ont induit un remplacement des populations plus important que les processus écologiques naturels. Pour terminer, j’ai mené une étude de démographie comparative d’espèces d’arbres tropicaux à l’échelle régionale de la Guyane française. Cinq scénarios démographiques ont été testés pour neuf populations de huit espèces en utilisant des microsatellites nucléaires et des séquences chloroplastiques. Les changements démographiques les plus récents détectés convergent vers une signature générale d’expansion de la forêt humide depuis probablement la dernière glaciation. Cela peut suggérer, soit que la composition des forêts du plateau des Guyanes était différente, ou que le couvert forestier était moins étendu. Ce résultat constitue le premier indice de changement passé, probablement d’origine climatique, subi par les communautés forestières du plateau des Guyanes ; qui n’avait jusque-là pas pu être testé avec des méthodes standards en raison d’un manque de fossiles. En conclusion, j’ai recueilli des preuves génétiques que les perturbations, à différents échelles de temps, ont marqué la structure et la composition génétique des forêts du plateau des Guyanes. L’application de ces méthodes à d’autres régions Néotropicales pourrait contribuer, à l’avenir, à reconstruire l’histoire écologique de la forêt amazonienne de façon détaillée.
The current tree species distribution in Amazonian tropical rainforests is the outcome of dynamic processes in which past perturbations, climatic or anthropogenic, may have played a major role. Currently available genetic tools associated with powerful analytical methods allow inferring and dating the genomic imprint of demographic events undergone by natural populations. The aim of my thesis is to contribute to an overview of the demographic evolution of the tropical rainforest in the Guiana shield during the Quaternary. I have first studied the properties of microsatellites or Simple sequence repeat (SSR) and the limits in their applications as molecular markers in phylogeography. Several SSR alleles in multiple populations of three divergent tree genera have been sequenced and the sources of polymorphisms, carried by each portion of SSR-containing DNA amplicons, have been broken apart. I have observed that the amount of variation was as large in flanking regions as in the SSR itself. The former contributed significantly to the phylogenetic information and sometimes was the main source of differentiation among individuals and populations. This experiment allowed me to choose the best strategy to treat SSR variation in demographic modeling. I have subsequently used SSR markers and ABC methods to study the impact of pre-Columbian human settlements at the local level on rainforests in French Guiana. Demographic changes undergone by populations of four tree species were compared between five settled and four undisturbed sites. Both natural turnover and human-induced disturbances appeared as shaping currently observed genetic diversity, with signatures of founder effect both at disturbed and undisturbed sites. Nevertheless, the size of founding populations appeared to be proportional to the estimated human impact, suggesting that human-made disturbance caused deeper population turnover than background ecological processes. Finally, I have conducted a comparative demography study of tropical tree species at the regional level across French Guiana. Five demographic scenarios have been tested for nine populations from eight species using both nuclear microsatellites and chloroplastic sequences. The most recent demographic signals detected converge on a global signature of expansion of the rainforest since probably the last glaciation. This finding can suggest either that the composition of the Guiana shield rainforests was different, or that its global extent was smaller, during earlier epochs of the Pleistocene than today. This result is the first firm indication of changes undergone by the forest communities of the Guiana shield in the distant climatic past – something which could not be tested with standard methods due to almost complete lack of fossil evidence. In conclusion, I have gathered genetic evidence that disturbances, both in historical and geological times, have marked the structure and composition of forests in the Guiana shield.The extensive application of these methods to other regions of the Neotropics maycontribute, in the future, to the detailed reconstruction of the ecological history ofAmazonian forests.

http://www.theses.fr/2012AGUY0568/document

Résumé : La tuberculose (TB), maladie infectieuse contagieuse, est causée par une mycobactérie appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC). Malgré de nombreuses campagnes de vaccination par le BCG (Bacilles de Calmette et Guérin) et les traitements antituberculeux, on observe une réémergence de la maladie depuis les années 80. Ce bouleversement s’explique par la coïnfection avec le virus du VIH/SIDA, la désorganisation des systèmes de santé et par l’apparition des bactéries résistantes aux principaux antibiotiques antituberculeux. Dans ce contexte une meilleure connaissance des mouvements et de l’évolution des clones circulants du bacille tuberculeux permettrait de détecter plus rapidement et de façon plus pertinente l’émergence d’épidémies. Le contrôle et la surveillance de la maladie représentent des moyens essentiels pour lutter contre l’expansion mondiale de la tuberculose. C’est ainsi que l’unité de la Tuberculose et des Mycobactéries de l’Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG) a mis en place une base de données de profils génotypiques pour l’étude de l’épidémiologie globale de la tuberculose. Dans le cadre de cette thèse, nous décrirons les méthodes de bioinformatique qui ont été utilisées pour la gestion et l’exploitation de la 6ème version (SITVIT2) de cette base de données des génotypes pour mieux comprendre l’évolution et la dissémination mondiale du bacille tuberculeux. Cette base intègre aussi plusieurs marqueurs moléculaires tels que les MIRU-VNTRs (« mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats ») et le Spoligotype43 servant à mieux décrire et identifier les familles de profils génotypiques du MTBC. La banque de données SITVIT2 ne cesse d’évoluer, et elle contient actuellement des informations épidémiologiques sur 111 635 isolats cliniques. Cette base de données est consultable en ligne à l’adresse suivante : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. Nous avons également réalisé une base de données nommée SITVITBovis qui est dédiée à la tuberculose bovine. Cette base de données sera accessible à l’adresse : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/. Parallèlement au développement et à la gestion des bases de données, ce travail de thèse s’est appuyé sur plusieurs études épidémiologiques et phylogéographiques mettant en corrélation les données disponibles sur la résistance aux médicaments ou les caractéristiques démographiques (dont le sexe, l’âge, le statut VIH, et l’origine du patient). Notre initiative de recherche permet ainsi d’améliorer la caractérisation phylogénétique détaillée des lignées du MTBC, ainsi que l’épidémiologie des clones en circulation, afin d’élaborer une cartographie géographique des isolats cliniques prédominants pour les bacilles tuberculeux principalement impliqués dans la maladie, à l’échelle nationale, régionale et mondiale. La superposition ultérieure de ces cartes avec des données sociopolitiques, économiques et démographiques obtenues auprès de Systèmes d’information géographique (SIG) ont permis de dresser un portrait précis des disparités actuelles par pays ou sous-région. Cette thèse représente une importante collaboration avec plusieurs équipes de chercheurs travaillant également dans le domaine de l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose. L’objectif à long terme de ce travail, est d’optimiser la structure de la base, et de pérenniser l’enrichissement de celle-ci (notamment par l’automatisation et la facilité de la saisie de données). Une représentation optimale et une meilleure accessibilité des données de la base conforteraient les efforts faits pour le contrôle et la surveillance de la TB dans monde.
Tuberculosis (TB) is a contagious infectious disease caused by mycobacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). Despite numerous campaigns of vaccination by the BCG (Bacillus Calmette-Guérin) vaccine, and TB treatments, there was a resurgence of the disease since the 80s. This disruption is due to coinfection with HIV/AIDS, disorganization of health systems and the emergence of bacteria resistant to anti-TB drugs. In this context, a better understanding of the movements and changes of circulating clones of tubercle bacilli would detect faster and more relevant emerging epidemics. The control and monitoring of the disease are essential means to fight against the worldwide spread of tuberculosis. Thus the TB and Mycobacteria unit of the Pasteur Institute of Guadeloupe (IPG) has developed a database of genotypic profiles for the study of global epidemiology of tuberculosis.In this thesis, we discuss the Bioinformatical methods that have been used for the management and development of the 6th version (SITVIT2) of this database of genotypes to better understand the evolution and global dissemination of the tubercle bacillus. The database also includes several molecular markers such as MIRU-VNTRs (mycobacterial interspersed repetitive units- variable number of tandem repeats) and Spoligotype43 allowing a better description and identification of the families of genotypic profiles of Mycobacterium tuberculosis complex. SITVIT2 database is constantly evolving, and it currently contains epidemiological information on 111,635 clinical isolates. This database is available online at the following address: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. We also developed a database named "SITVITBovis", which is dedicated to bovine tuberculosis. This database will be accessible at: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/.Alongside the development and management of databases, this work was based on several epidemiological and phylogeographic studies correlating data on drug resistance or demographic characteristics (including sex, age, HIV status, and the origin of the patient). Our research initiative is thus focused to further improve in depth phylogenetic characterization of MTBC lineages, as well as the epidemiological analysis of circulating clones to generate evidence-based geographical mapping of predominant clinical isolates of tubercle bacilli causing the bulk of the disease both at country and regional level. Further superposition of these maps with socio-political, economical and demographical available through Geographic Information Systems (GIS) allows to have a precise view of prevailing disparities at the level of country or sub-region. This thesis represents an important collaboration with several researchers teams also working in the field of molecular epidemiology of tuberculosis.The long-term goal of this work is to further optimize the database structure, and sustain enriching it (including automation and ease of data entry). Optimum performance and accessibility of data in the database would reinforce efforts to control and surveillance of TB in the world.

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