Résumé : L'étude de la taxonomie des huîtres est longtemps restée basée sur des critères morphologiques (forme de la coquille et description des organes) et géographiques. Ces considérations sont relativement peu fiables en particulier au niveau interspécifique du fait de la plasticité des caractères morphologiques d'une part de des introductions d'espèces étrangères sur les lieux de culture d'autre part. La biologie moléculaire est donc, depuis quelques années, un outil très utilisé pour différencier les espèces d'huîtres. La phylogéographie des huîtres de la région sud-atlantique a ainsi pu être étudiée grâce à différentes méthodes de recherche du polymorphisme réalisées sur le fragment mitochondrial 16S. La PCR-RFLP, la SSCP et le séquençage ont été utilisés pour déterminer les haplotypes de 9 populations d'huîtres creuses du genre Crassostrea provenant du Sénégal, de Guyane, de Martinique et du Brésil. Ceci a permis par extension à d'autres espèces d'apporter des informations complémentaires à la phylogénie de ce genre. Les résultats obtenus par ces 3 méthodes ont permis de montrer que ces 9 populations se différencient en 2 haplotypes : un africain correspondant à l'espèce Crassostrea gasar et un martiniquais correspondant à l'espèce Crassostrea rhizophorae. De plus,C. gasar, huître caractéristique des côtes africaines, est présente dans 2 sites d'Amérique du sud, ont un en sympatrie avec C. rhizophorae au Brésil, ce qui n'a jamais été décrit jusqu'à présent. L'étude d'un point de vue génétique de cette espèce ainsi que la détermination de sa position phylogénétique, sont également une nouveauté. La sympatrie observée au Brésil permet de s'interroger sur l'existence d'une interfécondité possible et d'un flux de gènes entre les 2 espèces. Des études complémentaires à partir d'un échantillonnage plus vaste réalisé sur toute la côte atlantique sud-américaine permettront de confirmer ces résultats. Par ailleurs, la construction d'un arbre phylogénétique à partir des séquences obtenues dans cette étude et de séquences d'autres espèces du même genre, a permis de préciser les positions de ces espèces les unes par rapport aux autres. Ainsi, C. gasar a une position intermédiaire entre les groupes gigas-angulata et virginica-rhizophorae.

Droits : 1999 Univ; La Rochelle, The author
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14365/11656.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14365/

Résumé : Le maintien de ressources génétiques suffisamment larges est nécessaire pour assurer la viabilité et le potentiel évolutif des populations naturelles. Cette thèse a le principal objectif de caractériser la diversité et la variabilité génétique chez le genre Virola (Myristicaceae) pour décrire les processus évolutifs qui en sont à l'origine. Premièrement,une étude de la régénération d'un échantillonnage exhaustif de V. michelii a été menée dans une parcelle du dispositif expérimental de Paracou ayant subi une exploitation forestière de faible intensité et comparée à une parcelle témoin. La diversité génétique mesurée à partir de marqueurs AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism, N=229) en zones perturbées s'est révélée être plis grande qu'en zone non-perturbées. Puis, l'adaptation locale a été étudiée à travers ces mêmes individus et certains loci (AFLP) montrent une sélection divergente pour des environnements contrastés, indiquant un signe d'adaptation. Enfin, l'étude des niveaux de divergence génétique chez trois espèces de Virola du bouclier guyanais (V. michelii, V. surinamensis et V. kwatae) montrent que deux d'entre elles (V. surinamensis et V. kwatae) montrent de fortes similarités génétiques malgré leur distribution sur des environnements contrastés. des Flux de gènes intersécifiques ont été mis en évidence chez ces deux espèces-soeurs et l'hypothèse d'une spéciation écologique est avancée. Ce travail a permis d'aborder différents processus évolutifs à l'origine de la diversité génétique actuelle chez ces espèces forestières tropicales et peut fournir une contribution pour appréhender le devenir des populations.
Genetic diversity is an essential component of biodiversity. The maintenance of sufficient genetic resources is needed to ensure the adaptive potential and the viability of natural populations. In the current context of global changes, the study of adaptation in living organisms is a key task, particularly for tropical forest trees that are dominant components (in terms of biomass and as ecological drivers) of some of the most diverse ecosystems on Earth. The main objective of this thesis is to characterize genetic diversity and genetic variability to understand the evolutionary processes that act on them. This ecological-genetic study was carried out at the interspecific and intraspecific level in the Virola genus.If overall high levels of genetic diversity are a guarantee of prosperity for the future of the species, it seems essential to perform studies on the impact of environmental disturbance on genetic diversity. In the first section, the genetic consequences of regeneration dynamics were studied in an exhaustive sample of V. michelii in a low-intensity logging plot and in a control plot at the Paracou experimental site. A greater genetic diversity, measured from AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism, N = 229), was found in perturbed areas. Because studying genetic diversity within species may be useful for understanding species adaptation to environmental changes, in the second section. I studied local adaptation in a population of V. michelii on the Paracou experimental site. A genome scan approach with AFLPs (N = 229) was conducted on 77 adult individuals and 401 juveniles to identify genetic differences between populations associated to contrasting conditions for an array of environmental variables. Some loci (N = 2) were found to be subject to divergent selection, indicating adaptation to contrasting habitats.In the third section, the study of levels of genetic divergence in three Virola species of the Guiana Shield (V. michelii, V. surinamensis and V. kwatae) was investigated for nuclear and chloroplast molecular markers. V. surinamensis and V. kwatae showed strong genetic similarities despite their contrasting habitats preferences. Coalescent analyses have revealed, on one hand, a recent divergence between these two species suggesting an ecological speciation, and one the other hand that interspecific gene flow occurs between these sister-species.This work focuses on understanding evolutionary processes shaping genetic diversity and provides a useful contribution for biodiversity conservation programs.

http://www.theses.fr/2011AGUY0480/document