Résumé : Actions menées de 1994 à 1998 au sein du conservatoire de souches : 1. Résultats des importations, acclimatation et hybridation. a) Rappel des conditions d'introduction de nouvelles souches. L'importation de toute espèce est conditionnée par les résultats d'une enquête préliminaire dont l'objet est de rechercher les exigences écologiques de l'espèce et la situation épidémiologique dans son milieu d'origine. Le travail du LGP et de ses partenaires a été partagé en différentes actions: 1. Recherche de contacts dans divers pays étrangers, en vue de l'importation d'huîtres présentant des caractéristiques intéressantes. 2. Importation : L'importation se fait selon les normes du CIEM (Conseil International pour l'Exploration de la Mer) : contrôles pathologiques sur les lots d'animaux importés, confinement en salle de quarantaine des géniteurs avec stérilisation systématique des eaux de rejet, sacrifice des géniteurs après la production de la première génération. 3. Production d'une première descendance: La ponte est également réalisée en salle de quarantaine. Des contrôles pathologiques auront lieu tout au long de l'élevage. 4. Contrôle des performances : ils se font, dans un premier temps, uniquement au laboratoire avec stérilisation des eaux de rejet. Cette caractérisation intègre différentes approches : résistance aux parasites présents dans le milieu français, caractères quantitatifs (poids, taille, rendement, vitesse de croissance), polymorphisme enzymatique ou ADN, tests physiologiques (mesure de la respiration, du rendement d'assimilation ... ). 5. Hybridation: Des hybridations entre espèces ont été tentées, avec contrôle par marqueurs génétiques. 6. Conservatoire de souches : Les générations F1 des différentes espèces ont systématiquement été conservées. Une salle a été spécialement équipée au LGP dans cet objectif.

Droits : 1998 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/12907.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/12922.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/

Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : Archaea are micro-organisms present in all ecosystems, but are majoritary present in extremophilic environments. Hyperthermophilic Archaea, as Pyrococcus abyssi, are permanently exposed at temperature which can increase the rate of spontaneous DNA damage. It is probable that hyperthermophilic Archaea possess efficient molecular mechanism to duplicate, maintain and stabilize their genomes. The aim of this project was to investigate the interaction network involved in the process of DNA replication and DNA repair. The methodological approach consists in the coupling of pull-down with mass spectrometry identification of interacting partners. A preliminary interaction network was identified that was composed of new proteins as well as unsuspected interactions between known components of DNA replication machinery. The main results consist in: (1) the nuclease Pab2263, which interacts with PCNA, is a novel player in DNA metabolism. (2) PCNA is likely part of a macrocomplex with the ubiquitary proteins Mre11 and Rad50 suggesting a role of this complex in the repair of double strand break in connection with a replication fork. (3) Fen1 and DNA primase interact physically and can collaborate in vitro to resolve intermediate step of the base excision repair pathway. These results enhance our understanding of DNA repair process in Archaea.
Les Archaea sont des micro-organismes rencontrés dans tous les écosystèmes, mais qui apparaissent comme majoritaires dans les environnements dits extrêmes. Les archaea hyperthermophiles, comme Pyrococcus abyssi sont en permanence exposées à des températures qui peuvent augmenter le taux de dommages de l'ADN, pourtant, le taux de mutations spontanés chez ces micro-organismes est similaire à celui des espèces modèles mésophiles. Il est ainsi probable que les hyperthermophiles possèdent des systèmes particulièrement efficaces pour dupliquer, maintenir et stabiliser leur génome. L'objectif de ce projet était d'explorer le réseau d'interaction impliqué dans les processus de réplication et de réparation de l'ADN. L'approche méthodologique mise en oeuvre a consisté à coupler la capture de partenaires d'interaction par pull-down avec leur identification par spectrométrie de masse. J'ai pu ainsi mettre en évidence, au sein l'extrait cellulaire de P. abyssi, un réseau préliminaire reliant des protéines de la maintenance génomique. Nous avons non seulement mis en évidence de nouvelles protéines impliquées probablement dans des mécanismes de réparation, mais également des nouvelles interactions non suspectées entre des composants déjà caractérisés. Les principaux résultats sont les suivants : (1) La nucléase Pab2263, partenaire du PCNA, est un nouvel acteur du métabolisme de l'ADN. (2) Le PCNA forme un macrocomplexe avec les protéines ubiquitaires Mre11 et Rad50 suggérant un rôle de ce complexe dans la réparation des cassures double brin de l'ADN lors de la réplication. (3) Les protéines Fen1 et l'ADN primase interagissent physiquement et peuvent collaborer in vitro pour résoudre une étape intermédiaire de la voie de réparation par excision de base. Ces résultats enrichissent notre compréhension des processus de réparation de l'ADN chez les archées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-3722.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3722/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The bacterial microbiota of ants (Hymenoptera: Formicidae) is known to have a defensive role in social insects, particularly for leaf-cutting ants (Formicidae: Attini) due to the use of antimicrobial molecules produced by cuticular actinobacteria. In this thesis, we studied the bacterial microbiota of ants in French Guyana using different approaches based on natural products chemistry and molecular ecology. The first chapter describes the isolation, identification, culture and biological evaluations of 43 cuticular actinobacteria. Antagonism bioassays of isolated strains and antibiotic activities of the culture extracts against human pathogens are presented as well as the identification of an antimicrobial cyclic dipeptide (Cyclo (LPro-LPhe)) isolated from a strain close to Streptomyces thioluteus. Moreover, the implementation of molecular networks applied to UPLC/MS/MS analysis of actinobacterial cocultures allowed us to explore the diversity of metabolites produced under these conditions. The second chapter presents a methodological study to evaluate the capacity of four DNA extraction methods, in terms of richness and composition of the cuticular bacterial microbiota, in high-throughput sequencing from Atta cephalotes and Pseudomyrmex penetrator. The results of metabarcoding highlight two methods of extraction and reveal inter- and intraspecific differences in the composition of cuticular bacterial communities. Finally, chapter three describes the composition of the cuticular bacterial microbiota of Camponotus femoratus and Crematogaster levior in ant garden and the results reveal the acquisition in the environment of a part of the microbiota. In parallel, metabolomic analyses of ant’s cuticle show, on the contrary, a greater specificity related to the ant species. Future researches focusing on statistical analysis strategies combining metabarcoding and metabolomics data are discussed.
Le microbiote bactérien cuticulaire des fourmis (Hymenoptera : Formicidae) est connu pour avoir un rôle défensif chez ces insectes sociaux, notamment chez les fourmis attines (Formicidae : Attini) grâce l’utilisation de molécules antimicrobiennes produites par des actinobactéries cuticulaires. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié le microbiote bactérien des fourmis de Guyane en utilisant différentes approches en chimie des produits naturels et en écologie moléculaire. Le premier chapitre décrit l’isolement, l’identification, la culture et l’évaluation biologique de 43 actinobactéries cuticulaires de fourmis de Guyane. Les tests d’antagonismes des souches isolées et l’activité antibiotique des extraits de culture contre des micro-organismes pathogènes humains sont présentés ainsi que l’identification d’un dipeptide cyclique (Cyclo(LPro-LPhe)) antimicrobien qui a été isolé à partir d’une souche proche de Streptomyces thioluteus. Par ailleurs, la mise en œuvre de réseaux moléculaires appliqués à une analyse par UPLC/MS/MS de cocultures d’actinobactéries a permis d’explorer la diversité des métabolites produits dans ces conditions. Le deuxième chapitre présente une étude méthodologique pour comparer quatre méthodes d’extraction d’ADN, en termes de richesse et de composition du microbiote bactérien cuticulaire, par séquençage haut débit à partir des espèces Atta cephalotes et Pseudomyrmex penetrator. Les résultats du métabarcoding ADN mettent en lumière deux méthodes d’extraction et révèlent des différences inter- et intraspécifiques dans la composition des communautés bactériennes cuticulaires. Enfin, le chapitre trois décrit la composition du microbiote bactérien cuticulaire des espèces Camponotus femoratus et Crematogaster levior dans les jardins de fourmis. Les résultats soulignent l’acquisition d’une partie du microbiote dans l’environnement. En parallèle l’analyse métabolomique des cuticules montre à contrario une plus grande spécificité liée à l’espèce de fourmi. Les recherches futures axées sur les stratégies d’analyses statistiques combinant le métabarcoding et la métabolomique sont discutées.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537793

NNT : 2017YANE0003
tel-01537793
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537793
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537793/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537793/file/thesecarolinebirer.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : International audience
The premature loss of ovarian function may have physical and psychological consequences. A better understanding of its mechanism is therefore needed. Because they are affecting the oocyte quality, the decline of the ovarian reserve and high maternal age are implicated in many defects leading to chromosomal defects, modifications of gene expression or alterations of the mitochondrial pattern of the oocyte. However, cellular therapies such as ovarian follicle activation or isolation of ovarian stem cells are promising treatments of ovarian failure
Le diagnostic d’insuffisance ovarienne chez une femme ayant un projet d’enfanter aura des conséquences non seulement physiques mais également psychologiques. L’optimisation des stratégies de prise en charge thérapeutique nécessite une meilleure compréhension des mécanismes de survenue de cette défaillance. Les mécanismes responsables de la constitution et du maintien de la réserve ovarienne commencent à être élucidés. Avec le déclin de la réserve ovarienne, la qualité ovocytaire diminue, accentuant la baisse de la fertilité associée à l’âge maternel. Les ovocytes et les embryons résultant de patientes âgées présentent des taux d’aneuploïdies élevés, liés à des défauts de cohésion chromosomique et d’instabilité du fuseau méiotique, diminution de la capacité de réparation de l’ADN, altération de l’expression des gènes ou à une altération du fonctionnement mitochondrial. Avec la possibilité d’activer in vitro la folliculogenèse et l’isolement de cellules souches ovariennes, plusieurs pistes de thérapie cellulaire commencent à se développer et semblent très prometteuses.
ISSN: 1297-9589

hal-01231432
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01231432
DOI : 10.1016/j.gyobfe.2015.10.008
PUBMED : 26597936

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : National audience
Introduction Les télomérases sont les enzymes assurant la synthèse des télomères, séquences d’ADN essentiels dans la protection des chromosomes. Les mutations des télomérases sont responsables, entre autres, d’anomalies hématologiques, pulmonaires (fibrose pulmonaire idiopathique) et hépatiques. Il n’y a que peu de données dans la littérature concernant les résultats des transplantations pulmonaires chez ces patients mutés. Cas clinique Nous rapportons le cas d’un jeune homme de 39 ans, souffrant de syndrome myélodysplasique associé à une fibrose pulmonaire, permettant de poser le diagnostic de téloméropathie (mutation de la sous-unité ARN ou TERC ; r.182delG, pseudoknot area). L’insuffisance médullaire est sévère : leucopénie à 1,3 G/L dont 0,54 G/L de PNN, anémie macrocytaire (Hb à 10,3 g/dL ; VGM à 120 fL) et thombopénie à 27 G/L. Le syndrome restrictif est également sévère avec une CPT à 60 % et une CVF à 82 % de la valeur prédite (% pred). Il s’associe à une altération de la membrane alvéolo-capillaire (DLCO corrigée sur l’hémoglobine à 31 % pred). Le patient a été récusé à la fois pour la transplantation médullaire et pour la transplantation pulmonaire malgré son jeune âge. La prise en charge est donc palliative : réhabilitation respiratoire, oxygénothérapie, puis nintedanib. Discussion Dans la littérature, les transplantations médullaires chez les patients présentant une mutation des télomérases s’associent à une dégradation de la fonction respiratoire, en lien avec la toxicité des traitements immunosuppresseurs, même en l’absence d’atteinte pulmonaire initiale. Par ailleurs, les complications infectieuses et hématologiques post-transplantations pulmonaires chez ces patients mutés semblent plus fréquentes et nécessitent souvent une adaptation des traitements anti-rejets. Ces risques post-transplantations paraissent plus importants en présence d’une thrombopénie sévère préopératoire. Ces données sont cependant limitées à trois études rétrospectives de petites tailles. Au total, ce jeune patient a été jugé inéligible à la transplantation médullaire et à la transplantation pulmonaire, respectivement à cause de l’insuffisance respiratoire et de l’insuffisance médullaire. Il est émis l’hypothèse que l’allègement de la thérapie immunosuppressive pourrait améliorer le devenir des patients mutés transplantés, sans majorer le risque de rejet, illustrant le concept d’immunosénescence. Mais cette hypothèse reste à être validée. Ce cas clinique souligne l’importance de reconnaître les signes évocateurs de téloméropathie, dans la mesure où le diagnostic impacte la prise en charge de la fibrose pulmonaire
ISSN: 0761-8425

hal-01334065
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01334065
DOI : 10.1016/j.rmr.2016.04.018

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : National audience
La détection d’Aspergillus dans le liquide bronchiolo-alvéolaire (LBA) est un des critères du diagnostic probable ou prouvé de l’aspergillose invasive (AI). Parallèlement à l’examen mycologique (ED et/ou culture) et à la détection de l’antigène galactomannane (GM) identifiés comme critères EORTC/MSG du diagnostic d’AI probable (de Pauw 2008), la PCR sur prélèvements pulmonaires est devenue un argument majeur du diagnostic de routine. Plusieurs méthodes d’amplification ont été publiées et l’objectif de ce travail était d’évaluer les performances de 2 cibles d’amplification : le gène mitochondrial d’A. fumigatus (AFmito) et l’ARN ribosomal 28S. Entre 01/2012 et 10/2015, 324 LBA ont été prospectivement collectés et analysés sur le plan mycologique (ED et culture) et ont bénéficié d’une détermination du GM (EIA Platelia assay Biorad, seuil à 1,0 si mesure isolée dans le LBA, ou 0,8 si associée à une mesure dans le sérum > 0,5) et d’une PCR AFmito. Puis rétrospectivement, un test PCR 28S a été effectué sur les ADN extraits disponibles (312/324). Selon les critères EORTC/MSG modifiés de 2008, les patients testés étaient classés comme suit : 1 AI prouvée, 47 AI probables et 11 AI possibles. Les autres patients étaient considérés comme 11 colonisés, et 256 non infectés. Les sensibilités du GM dans le LBA, de la PCR 28S et de la PCR AFmito étaient de 58 %, 61 % et 50 %, respectivement. La sensibilité de l’examen mycologique (ED ± culture) était de 33 %. La spécificité du GM dans le LBA, des PCR 28S et AFmito PCR et de la culture étaient de 94 %, 97 %, 97 % et 98 %, respectivement. Les valeurs prédictives négatives étaient de 93 %, 95 %, 92 % et 89 %, respectivement. La concordance entre les 2 PCR était de 97 % (cœfficient kappa 0,84), alors qu’elle était de 88 % (kappa 0,40) entre la PCR 28S et le GM dans le LBA, et de 88 % (kappa 0,43) entre la PCR AFmito PCR et le GM dans le LBA. En conclusion, la PCR 28S a présenté la meilleure performance pour la détection moléculaire d’Aspergillus dans le LBA comparativement à la PCR AFmito. La combinaison de la PCR 28S et de la détection du GM dans le LBA permet d’atteindre une sensibilité de 80 % tout en conservant une excellente spécificité (91 %)
ISSN: 1156-5233

hal-01334068
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01334068
DOI : 10.1016/j.mycmed.2016.04.048

Éditeur(s) : Université de la Réunion
Résumé : The green turtle (Chelonia mydas) is an emblematic species of marine life. However, nowadays it is subject to many threats (poaching, by-catch). Even if there is deep growing measures for its protection, the green turtle still is an endangered species and it is listed in Appendix I of Washington Convention (CITES). In order to elaborate efficient conservation and management plans, perfect knowledge of green turtle biology, but also of its population structure and their characteristics, are needed. In this thesis, we have assessed genetic structure of green turtle populations in the South-Western Indian Ocean by using genetic tools. In all, 1551 tissue samples have been collected from our study zone and from our control site French Polynesia (37 samples). All kinds if individuals were sampled (except males in reproductive phase) from 15 sampling sites including nesting, foraging, and immature development site. We used both control region of mitochondrial DNA and 6 microsatellite loci to better infer maternal and paternal lineages. We identified 29 haplotypes in the South-Western Indian Ocean. They are distributed in 3 independent and highly divergent clades, including one composed with haplotypes from Atlantic Ocean. For 7 of these haplotypes, it was the first time they were detected in the study zone. Fifteen haplotypes were previously undescribed, distributed in all the 3 clades. These new haplotypes seem to be specific to the South-Western Indian Ocean, which is then an original zone. Besides, we found a high allelic richness. These results show the South-western Indian Ocean is rich and very diversified. This region plays an important role in the global diversity of the species. The South-Western Indian Ocean is one of the two contact zones presently known between the two metapopulations of green turtles (Atlantic-Mediterranean and Indo-Pacific). This contact induces a genetic cline based on CM8 (Atlantic) and C3 (Indo-Pacific) haplotype frequencies. Analysis of the microsatellite differentiation between individuals provides evidence of genetic exchanges between the two metapopulations in the region. The South-Western Indian Ocean participates to green turtle global genetic mixing. Studying the influence of several intrinsic and extrinsic factors on population structuring provides useful information for management plan elaboration. We found no significant difference between genetic structures of foraging females and males, contrary to immature turtles which seem to be organised in 'regional pools'. This organisation could be due to both immature natal homing and influence of oceanic currents. High mitochondrial differentiation of nesting females and low global microsatellite differentiation of our samples indicate male-mediated gene flow among populations of the study zone. The genetic composition of a sampling site presents no significant variation along the year, even if we could notice some trends. Nevertheless, it can be significantly different from a year to an other one. This may result from alternation of distinct populations on the same site. We noticed different evolution in 10 or 20 years of the genetic composition depending on the sampling site. Geographic distance seems not to have significant influence on population structuring concerning microsatellite markers. Nesting females of Saziley Beach (Mayotte Island, Comoros Archipelago) present genetic divergence from females nesting in the two other sampled beaches of this island. The observed population structure shows no contradiction with the organisation of oceanic currents in the South-Western Indian Ocean. Comparing the results from the two genetic markers used, we identified 8 genetic differentiated clusters of turtles in the study zone and at least 6 distinct populations. These clusters constitute 8 potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans.
La tortue verte (Chelonia mydas) constitue l'un des espèces emblématiques de la vie marine, pourtant de nombreuses menaces pèsent de nos jours encore sur sa survie (braconnage, captures accidentelles). Ainsi, malgré l'essor de mesures de protection menées à travers pour sa sauvegarde, la tortue verte constitue une espèce 'en danger d'extinction' et figure dans l'Annexe I de la Convention de Washington (CITES). Afin d'élaborer des plans de gestion et de conservation qui soient efficaces, il est important d'avoir une parfaite connaissance de la biologie de la tortue verte, mais aussi de la structure de ses populations et de leurs caractéristiques. C'est dans ce cadre que s'inscrit la présente étude. L'objectif de cette étude était d'acquérir des connaissances sur la structure des populations de tortues vertes dans le sud-ouest de l'océan Indien grâce à l'utilisation de l'outil génétique. Au total, 1551 échantillons de tissu ont été collectés dans la zone d'étude et dans notre site témoin la Polynésie française (37 échantillons). Toutes les catégories d'individus ont été échantillonnées (excepté les mâles en phase de reproduction) et les 15 sites d'échantillonnage comprennent à la fois des sites de ponte, d'alimentation et de développement pour les immatures. Deux types de marqueurs ont été utilisés : la région contrôle de l'ADN mitochondrial et 6 loci microsatellites, afin d'appréhender au mieux l'apport des lignées maternelles et paternelles. Nous avons pu mettre en évidence la présence dans le sud-ouest de l'océan Indien de 29 haplotypes distincts, appartenant à trois clades fortement divergents dont l'un constitué d'haplotypes originaires de l'océan Atlantique. Parmi ces haplotypes, 7 ont été détectés pour la première fois dans la zone d'étude, et 15 autres n'ont jamais été précédemment décrits chez cette espèce. Ils sont présents dans chacun des 3 clades d'haplotypes. Ces nouveaux haplotypes semblent spécifiques à la région, et en font une zone originale. On observe par ailleurs une grande richesse allélique dans les effectifs analysés. Ces résultats montrent que le sud-ouest de l'océan Indien est une zone riche et très diversifiée. Cette région joue un rôle important dans la diversité génétique globale de l'espèce. Le sud-ouest de l'océan Indien constitue l'une des deux seules zones connues à l'heure actuelle de contact entre les deux métapopulations de tortues vertes (Atlantique-Méditerranée et Indo-Pacifique). Ce contact a entraîné la formation d'un cline génétique portant principalement sur les fréquences relatives des haplotypes CM8 (Atlantique) et C3 (Indo-Pacifique). Les résultats obtenus lors de l'analyse microsatellite de la différenciation entre les individus originaires des deux métapopulations montrent que le sud-ouest de l'océan Indien constitue une zone d'échanges génétiques entre les deux métapopulations, participant au brasage génétique de l'espèce. L'étude de facteurs, intrinsèques et extrinsèques, pouvant influencer la structuration des populations apportent de nombreuses informations qui pourraient s'avérer utiles lors de l'élaboration de plans de gestion. La structure des femelles et des mâles en alimentation ne diffère pas, contrairement à celle des immatures qui semble s'organiser en 'pools régionaux' qui seraient le fruit de l'interaction d'un comportement de philopatrie et d'une influence des courants océaniques. La forte différenciation mitochondriale des femelles en ponte et la très faible différenciation microsatellite observée à l'échelle de la région, indiquent l'existence de flux de gènes via les mâles. La composition génétique d'un site ne varie pas de manière significative au cours de l'année. Par contre, elle peut varier d'une année à l'autre, signifiant l'alternance dans certains sites de ponte de plusieurs populations distinctes. L'évolution de la composition génétique d'un groupe, au cours de 10 ou 20 ans, diffère selon le site considéré. La distance ne semble pas influencer de manière significative la structuration des populations au niveau microsatellite. Les femelles en ponte sur la plage de Saziley (Mayotte) diffèrent génétiquement de celles pondant sur les deux autres plages de l'île. La structure observée des populations est en accord avec l'organisation des courants océanique dans la région. La confrontation des résultats obtenus à partir des deux marqueurs génétiques utilisés, permet la détermination de 8 ensembles génétiquement différenciés dans la zone d'étude et l'identification d'au moins 6 populations distinctes. Ces ensembles constituent autant d'unités de gestion (MUs) potentielles qui pourront servir de base à l'élaboration de plans de gestion et de conservation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3532.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3532/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Understanding of the mechanisms driving diversification of species is a significant way to improve the management of ecosystems, predict the impacts of climate change and understand the actual and past biodiversity level. The aim of this thesis is to understand and comprehend genetic mechanisms behind the diversification of species in the presence of gene flow. This thesis is focused on the biological model Symphonia globulifera, which presents two ecotypes: the S.globulifera, specialist of seasonally flooded lowlands and S.sp1, specialist of terra firme. These two ecotypes show low genetic differentiation, despite the presence of two apparent phenotypes. A first part of this thesis was to test the presence of local adaptation of this using reciprocal transplant experiment gardens, allowing the understanding of the ecotypes distributions in their natural habitats. Then, this local adaptation in the presence of gene flow, directed me to the regulation of gene methylation in order to see the role this brand of epigenetics can have in the divergence of the ecotypes. In a third part of the thesis, new generation sequencing of the transcriptome ecotypes in reciprocal gardens transplantations allowed me to show the evidence of gene regulation to differentiate the ecotypes. This work thesis is based on phenotype records data, AFLP genotyping and high-throughput sequencing of the transcriptome, in order to show the important value of gene regulation in the divergence of the locally adapted ecotypes, and a weak role of DNA methylation in the establishment of local adaptation.
Connaitre et appréhender les mécanismes de la diversification des espèces est important pour la gestion des écosystèmes, la prévision des impacts des changements climatiques et la compréhension de la biodiversité actuelle et passée. Le but de cette thèse est de comprendre et de déceler les mécanismes génétiques à l’origine de la diversification des espèces en présence de flux de gènes. Cette thèse se focalise sur le modèle biologique Symphonia globulifera, qui compte deux écotypes : le S.globulifera spécialiste de la terra firme et le S.sp1, spécialiste des bas-fonds. Ces deux écotypes montrent une faible différenciation génétique, malgré la présence de deux phénotypes différents.Une première étape a été de mettre en évidence la présence d’une adaptation locale au sein de cette espèce, par le biais d’une expérimentation de jardins de transplantation réciproques, permettant d’expliquer la répartition des écotypes dans leur habitat naturel. Ensuite, dans le but d’identifier les mécanismes sous-jacent à cette adaptation locale, j’ai testé l’hypothèse que la méthylation des gènes pourrait être une marque de l’épigénétique contribuant à la divergence des écotypes, par l’utilisation d’enzyme sensibles à la méthylation dans un protocole de génotypage AFLP. Enfin, un séquençage haut-débit du transcriptome des écotypes en jardins de transplantation réciproques m’a permis de mettre en évidence une expression différentielle des gènes entre les écotypes, qui pourrait expliquer les différences phénotypiques observées entre les écotypes malgré une faible différentiation génétique. Ces travaux de thèse s’appuie, ainsi, sur des données de traits phénotypiques, de génotypage AFLP et de séquençage à haut débit du transcriptome pour montrer la valeur importante de la régulation des gènes dans la divergence des écotypes adaptés localement, et un faible rôle de la méthylation de l’ADN dans l’établissement cette adaptation locale.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405400

NNT : 2015YANE0005
tel-01405400
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405400
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405400/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405400/file/these_-_tinaut.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Food-grade dairy propionibacteria release beneficial short chain fatty acids (SCFAs), folic acid and cobalamin. They induce apoptosis via the mitochondrial death pathway. We investigated their synergy with drugs used in gastric and colorectal cancer.Fermented milk containing propionibacteria and SCFAS acetate and propionate, as well as its cell-free supernatant, induced apoptosis in gastric HGT-1 and colic HT-29. Characterization of cells revealed apoptosis induction evidenced by chromatin condensation, DNA laddering, emergence of a subG1 population, phosphatidylserine exposure at the plasma membrane outer leaflet and cytochrome c release. Interestingly, the fermented milk was shown to potentiate the cytotoxic effect of molecules used in cancer chemotherapy, camptothecin and TRAIL (TNF Related Apoptosis Inducing Ligand).These results open new perspectives in the field of colon cancer cells prevention and/or treatment. Such a fermented product, or the propionibacterium alone, may be proposed as a food supplement to enhance the effects of anticancer treatments.
Les bactéries propioniques laitières produisent des acides gras volatils (AGV), acide folique et cobalamine, composés bénéfiques. Elles induisent l’apoptose via la voie mitochondriale. Nous avons recherché leur synergie avec des drogues utilisées dans le cancer gastrique ou colique.Un lait fermenté contenant des bactéries propioniques et les AGVs propionate et acétate a induit l’apoptose de cellules gastriques HGT-1 et coliques HT-29. L’étude des cellules a révélé l’induction de l’apoptose : condensation de la chromatine, fragmentation de l’ADN, l’émergence d’une population subG1, l’externalisation des phosphatidylserines et le relargage du cytochrome c. De manière intéressante, le lait fermenté a potentialisé les effets cytotoxiques de molécules utilisées en chimiothérapie, camptothécine et TRAIL (TNF Related Apoptosis Inducing Ligand).Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives dans le domaine du traitement ou de la prévention des cancers digestifs. Un tel produit fermenté, ou les propionibactéries seules, pourrait être proposé comme supplément alimentaire pour augmenter l’efficacité de traitements anti-cancéreux.
5. Colloque Intenational Molécules & Ingrédients Santé
Quimper, France

hal-01204307
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01204307
PRODINRA : 261444

Résumé : La taxonomie des huîtres est longtemps restée basée sur des critères morphologiques tel que la coquille et les organes internes ou sur la répartition géographique. Ces critères se révèlent aujourd'hui peut fiable du fait de la grande plasticité des caractères morphologiques des huîtres en fonction des conditions environnementales, et du transport d'espèce par l'ostréiculture ou accidentellement. La biologie moléculaire et en particulier les marqueurs génétiques sont des outils très utiles pour différencier les espèces. La phylogéographie des huîtres creuses de l'Atlantique Sud a ainsi été étudié grâce à différentes méthodes d'observation du polymorphisme de l'ADN. Ces techniques ont dans un premier temps été appliquées à des fragments mitochondriaux (16S) pui à des fragments nucléaires (ITS). La PCR6RFLP a été utilisée d'une part sur les fragments 16S pour déterminer les haplotypes de 5 nouvelles populations du genre Crassostrea provenant du Sénégal, du Nigeria et du Brésil. Il a été ainsi possible d'identifier une nouvelle population de Crassostrea gasar en Amérique du Sud. Nous nous sommes ensuite intéressés aux polymorphisme pouvant exister entre les différentes populations de C. gasar de part et d'autre de l'Atlantique. Pour cela des fragments nucléaires ITS, à priori plus polymorphes que les fragments mitochondriaux 16S ont été étudiés. Différentes mises au point ont été réalisées afin de révéler un éventuel polymorphisme entre les populations. Toutes les informations recueuillies tendent vers cette hypothèse sans toutefois pouvoir la confirmer. La présence d'une zone de sympatrie entre les espèces C. gasar en Amérique du Sud poste la question de son introduction, soit par l'homme soit accidentellement. Des études complèmenaires sont indispensables, par un échantillonnage plus large, pour évaluer l'étendue de la présence des espèces de part et d'autre de l'océan. Il est également nécessaire de continuer la mise au point sur les marqueurs nucléaires afin de confirmer le polymorphisme suspecté entre les populations C. gasar d'Afrique et d'Amérique. La publication récente d'un article séparant les espèces C. brasiliana et C. rhizophorae pose également la question de la position de C. brasiliana par rapport aux deux espèces que nous avons étudié.

Droits : 2000 Univ. La Rochelle
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14409/11706.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14409/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The ovary is not solely the unique source of oocytes necessary for fertilization but also a crucial conductor of endocrine regulations of the reproductive system. In the fetal ovary, oocytes grouped in clusters are surrounded by somatic pre-granulosa cells, altogether delineated by a basement membrane and constituting ovarian cords. The formation of the definitive ovarian functional units requires their fragmentation into follicles formed by a single oocyte surrounded by granulosa cells and delineated by a basement membrane. This partitioning occurs within a tiny period and is dependent on the correct timing of the meiotic process, on an apoptotic wave that specifically targets oocytes and the remodelling of the basement membrane. Follicle formation is a crucial event of ovarian development because the follicle stock formed at the end of this process is non-renewable. Therefore, any disturbance of this process can lead to reproductive abnormalities in adulthood. Recent data on endocrine disruptors displaying estrogenic activity have involved the fragile estrogenic homeostasis in the process. We aimed at better understanding how the endogen estrogen 17b-estradiol (E2) contributes to follicle formation. To assess it, Sprague-Dawley rats were treated with E2 at different doses during follicle formation, /i.e./ in the 3 days following birth. We show that although this treatment impairs the development of the hepatic and ovarian detoxification systems, the female neonate is able to increase its estrogen clearance capabilities. Nevertheless, E2 treatment within this critical period triggers a dose-dependent decrease of oocyte number per ovary. Regardless of the E2 dose, puberty is advanced. All treated females are at least transiently fertile, yet these reproductive capabilities rapidly decline. A high (10 µg/day) dose of E2 leads to a secondary infertility characterized by anovulation that probably result from a dysfunction of the whole reproductive tract. By contrast, a lower (0.1 µg/day) dose of E2, that does not significantly modify neonatal oocyte survival, leads to a progressive reproductive senescence likely due to ovarian failure. Long-term troubles may originate from precocious E2 impact on the ovary since it disturbs ovarian transcriptome and produces many lesions on ovarian cell DNA.
L'ovaire est au cœur de la physiologie de la reproduction féminine. Il est à la fois à l'origine des ovocytes nécessaires à la fécondation et acteur des régulations endocrines du système reproducteur. Les ovocytes de l'ovaire fœtal sont groupés en amas bordés de cellules somatiques et d'une membrane basale, formant les cordons ovariens. Ces cordons ovariens se fragmentent pour former les follicules ovariens: un ovocyte bordé de cellules somatiques et d'une membrane basale. Cette fragmentation se déroule sur une courte période (/in utero/ chez la femme et juste après la naissance chez les rongeurs) et fait intervenir une vague de mort cellulaire programmée touchant les ovocytes pendant leur méiose et un remodelage de la membrane basale. La formation des follicules est une période cruciale du développement ovarien puisque le stock de follicules formés à l'issue de ce processus est non renouvelable. Son altération peut donc être à l'origine de troubles de la fonction de reproduction chez le futur adulte. Il existe une fragile homéostasie œstrogénique en place au moment de la formation folliculaire: chez la femme, l'ovaire se développe /in utero/, sous l'influence des œstrogènes circulants maternels et la production ovarienne fœtale. Chez les rongeurs, les follicules se forment lors de la levée de l'imprégnation hormonale maternelle au moment de la naissance. Nous avons souhaité comprendre comment le 17b-œstradiol (E2), œstrogène endogène, pouvait contribuer à la mise en place des follicules. Pour cela, des rattes Sprague-Dawley ont été traitées pendant la période de formation des follicules avec de l'E2 à différentes doses entre 0.01 et 10 µg/jour. Nos travaux démontrent que le traitement de rattes par des œstrogènes entre leur naissance et 3 jours induit une réduction dose-dépendante de leur nombre d'ovocytes. Bien que le traitement entrave le développement normal du système de détoxication hépatique et ovarien, l'animal est capable d'accroître ses capacités d'élimination des œstrogènes. Ces capacités sont toutefois insuffisantes pour bloquer les effets du traitement. Quelle que soit la dose d'E2 utilisée (0.1 ou 10 µg/jour), la puberté est plus précoce chez les femelles exposées mais toutes sont fertiles, au moins transitoirement. Cependant le traitement induit une dégradation rapide des capacités reproductives. L'E2 modifie la dynamique folliculaire chez l'adulte, longtemps après l'arrêt du traitement. Si une forte dose d'E2 réduit la survie des ovocytes lors de la formation des follicules et conduit à une infertilité secondaire due à un dysfonctionnement général du tractus reproducteur, une dose faible n'affecte pas la survie des ovocytes à court terme mais conduit à une sénescence reproductive précoce vraisemblablement d'origine ovarienne. L'origine de ces troubles pourrait résider dans les effets précoces de l'exposition à E2 : cette molécule altère le transcriptome ovarien et induit de nombreuses lésions de l'ADN des cellules ovariennes.
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NNT : 2013REN1S107
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Éditeur(s) : HAL CCSD INVS
Résumé : National audience
Context – Cervical cancer is the second most frequent cancer of women in French Guiana. Studies have shown that populations living in remote villages in the interior of the territory have early sexual relations and that multiple sexual partnerships are frequent. Hence, the main objective of the study was to determine the prevalence of Human Papilloma Virus (HPV) in these areas.Methods – This multicentric cross sectional study was conducted in women aged 20 to 65 years, living in theremote villages along the Maroni and Oyapock rivers. Women were included on a voluntary basis after beinginformed of the study team schedule through radio address and key opinion leaders.The search for HPV and cytologic examinations were performed on each sample. HPV infection was defined bythe detection of viral DNA using the Greiner Bio One® kit. Cytologic analyses were performed using the 2001Bethesda classification.Results – Overall, 643 women were included in the study. Age-standardized HPV prevalence was 35%. Theprevalence curve by age group showed a U-shaped pattern: women over 50 years had the highest risk of being infected by HPV, followed by women aged 20-29 years. In addition, 26.1% of women with a normal smear test had HPV infection. The most frequent genotypes were HPV52, HPV58, and HPV16. On interpretable smears 1.16% of women had high grade superficial intra-epithelial (HSIL) lesions.Conclusions – The standardized prevalence of HPV in French Guiana is among the highest in the world. HSILcytological lesions were nearly 4 times more frequent than in the Île-de-France region. Given the importance of the incidence of cervical cancer in French Guiana, these results suggest it may be preferable to use HPV testing than cytology. Vaccination against HPV, preferably with the new nonavalent vaccine seems an appropriate prevention measure. However, this intervention will be a challenge to implement in this region where a significant proportion of the population is not covered by health insurance.
Contexte – Le cancer du col de l’utérus est le deuxième cancer féminin le plus fréquent en Guyane française.Des études ont montré que les populations résidant dans les communes isolées de l’intérieur du départementdébutent leur vie sexuelle de façon précoce et que le multipartenariat sexuel y est fréquent. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette étude était de déterminer la prévalence de l’infection à papillomavirus humains (HPV) dans ces zones.Méthodes – Cette étude transversale multicentrique a été conduite auprès des femmes âgées de 20 à 65 ansrésidant dans les communes isolées des fleuves Maroni et Oyapock. Les femmes étaient incluses sur la basedu volontariat après avoir été informées du passage de l’équipe de l’étude via la radio locale et par les leadersd’opinion. La recherche d’infection à HPV et les analyses cytologiques ont été réalisées sur chaque prélèvement. L’infection à HPV était définie par la détection d’ADN viral par le kit de dépistage Greiner Bio One®. Les analyses cytologiques ont été décrites selon la classification de Bethesda 2001.Résultats – Au total, 643 femmes ont été incluses. La prévalence de l’infection à HPV, standardisée sur l’âge,était de 35%. La courbe de prévalence par classe d’âge présentait une forme en U : les femmes de plus de50 ans avaient le plus haut risque d’être infectées par HPV, suivies par les femmes âgées de 20 à 29 ans.Par ailleurs, 26,1% des femmes ayant un frottis normal étaient infectées par le HPV. Les génotypes les plusfréquents étaient HPV52, HPV58 et HPV16. Sur les frottis interprétables, 1,16% des femmes avaient des lésions de haut grade (type HSIL).Conclusions – Le taux standardisé de prévalence de l’infection par le HPV en Guyane est parmi les plus élevésau monde. Les lésions cytologiques de type HSIL étaient près de 4 fois plus fréquentes qu’en Île-de-France.Étant donné l’importance de l’incidence du cancer du col de l’utérus en Guyane, ces résultats montrent qu’il est peut être préférable d’utiliser le test HPV plutôt que la cytologie. La vaccination anti-HPV, de préférence avec le nouveau vaccin nonavalent, semble être une mesure de prévention appropriée. Pour autant, cela reste un challenge de mettre en oeuvre ces interventions dans cette région où une part importante de la population n’a pas d’assurance maladie.
ISSN: 1953-8030

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
inserm-01407222
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01407222
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01407222/file/2016%2C%20Dufit%20et%20al.pdf

Résumé : The main aim of the CAMP project (2009-2011) is to estimate the efficient connectivity between the Marine Protected Areas (MPA) of the South-West Indian Ocean (SWIO). For that purpose, we use a population genetics approach on 3 reef fishes: Epinephelus merra, Lutjanus kasmira et Myripristis berndti. The overall goal of the project is to provide new elements to MPA managers that will contribute to design the best network of MPAs in the SWIO. In the first year of the project, most of the time was spent to sample fishes. Based on collaborations with 5 international and national partners, we succeed to sample more than 1100 fishes within 12 sites of the SWIO. More than 850 of the 1100 fishes were already sequenced. The development of third microsatellite libraries is under-going and should be available for the 2nd part of the year 2010. The second year of the project (2010) will focus on the end of the sampling in the SWIO as well as doing most of the genetic analysis of the samples collected in 2009 (microsatellit analysis) and in 2010 (mtDNA sequencing). At the end of the second year, we expect to be able to do a first regional analysis of the genetic structure of these reef fishes population. Then, in 2011, the project team will elaborate some recommendations to MPAs managers on the basis of the whole genetic dataset
L’objectif principal du projet CAMP (2009-2011) est d’estimer la connectivité effective entre les Aires Marines Protégées (AMP) du sud ouest de l’océan Indien (SOOI) par le biais de la génétique des populations de 3 modèles biologiques : Epinephelus merra, Lutjanus kasmira et Myripristis berndti. L’objectif final est de fournir des éléments de réflexion aux gestionnaires afin de contribuer significativement au dessin du réseau des AMPs dans le SOOI. La première année du projet a été consacrée essentiellement à l’échantillonnage. Basé sur une coopération avec nos 5 partenaires nationaux et internationaux, cet échantillonnage a permis de collecter plus de 1100 échantillons de tissus de ces 3 espèces de poissons répartis dans 12 sites du SOOI. Sur ces 1100 poissons, plus de 850 séquences d’ADN mitochondrial ont d’ores et déjà été effectuées. En parallèle, le développement des banques microsatellites pour les 3 espèces est en cours et devrait être disponible pour à la mi 2010. La deuxième année du projet (2010) aura pour objectif de poursuivre l’échantillonnage sur l’ensemble du SOOI et de réaliser les analyses microsatellites des échantillons collectés en 2009 ainsi que les séquences des échantillons collectés en 2010. Au terme de cette deuxième année, une analyse de la structure génétique de ces populations de poissons de récifs pourra être menée, suivie en 2011 de l’élaboration d’aides à la gestion sur la base de l’ensemble des données acquises dans le cadre de ce projet.

Droits : 2010 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21086/18710.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21086/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Anti-Müllerian hormone (AMH) is a member of the TGF-ß superfamily. AMH is well known for its role in Müllerian duct regression in male fetuses. Postnatally, AMH is secreted by granulosa cells (GCs) of small growing follicles (preantral and small antral). However, despite the increasing interest of ovarian AMH in clinics, little is known on its mechanism of action and its role in female reproductive tract. My PhD project focuses on the identification of AMH function in the female reproductive tract.AMH signals through a type II transmembrane serine/threonine kinase receptor (AMHR-II) which forms a complex with a type I serine/threonine kinase receptor (ActR-IA, BMPR-IA, BMPR-IB). The type II receptor phosphorylates serine and threonine residues of type I receptor. Once activated, the type I receptor phosphorylates the receptor-regulated Smads (R-Smad1/5/8) which interact with a common partner Smad4. The Smad complex accumulates into the nucleus and regulates target gene expression. This canonical signalling pathway is regulated at different levels, in particular by co-receptors which amplify or antagonize TGF-ß family members action. The type I receptors and R-Smads involved in AMH effects on post-natal GCs remain unknown. In addition, to date, no co-receptor has been found for AMH. To define the involvement of the different type I receptors, we used siRNA technology to inactivate Acvr1, Bmpr1a and Bmpr1b in GC. In parallele, we analysed GC extracted from conditional mutant mice for Acvr1 and Bmpr1a. We found that BMPR-IA is the most important type I receptor for AMH to transduce its signal in GC. A Smad-Gal4/UAS-luciferase reporter gene technology allowed us to show that Smad1 and 5 are involved in AMH signaling pathway. Recently, new BMPs coreceptors were found, RGMs for Repulsive Guidance Molecules. There are three RGMs : RGMa, b and c. Because AMH shares with BMPs its type I receptors and R-Smad proteins, we hypothesized that they also share the same co-receptors, the RGM. We showed that RGMb was the only one expressed in GC and after siRNA transfection we demonstrated that this coreceptor is not essential for AMH to transduce its signal.To date, only few AMH target genes have been identified. Aromatase (Cyp19a1) and LH receptor (Lhcgr) are down-regulated by AMH in rat and porcine GCs. We used micro-array technology (Affymetrix) by comparing Wt and knockout immature ovaries to find new AMH target genes. This experiment evidenced that Ovgp1 and Kcnj2 are two new potential AMH target genes in the ovary.The last part of my project was to define a potential role of AMH in murine uterus. Only one study showed that AMHR-II is expressed in the mouse myometrium. We showed that Amh gene is slightly expressed in uterus but the results are not confirmed at the protein level. Using PCR-array, we found a lot of differentially expressed genes between Wt and Amh KO uterus. Therefore, AMH could regulate uterine function through the modulation of different genes located in the myometrium.
L’hormone anti-Müllerienne (AMH) est un membre de la famille TGF-β impliquée dans la différenciation du tractus reproductif mâle. Elle est aussi exprimée par les cellules de la granulosa de l’ovaire adulte. Cependant, son rôle physiologique chez la femelle n’a pas encore été entièrement établi. Mon projet de thèse a pour objectif d’élucider le(s) rôle(s) de l’AMH dans le tractus reproductif femelle. L’AMH transduit ses effets par l’intermédiaire de deux récepteurs transmembranaires sérine/thréonine kinase : un récepteur de type II qui lui est spécifique (AMHR-II) et un récepteur de type I (ActR-IA, BMPR-IA, BMPR-IB) qu’elle partage avec les BMPs. Après fixation de l’hormone sur le récepteur de type II, celui-ci recrute et phosphoryle le récepteur de type I. Ce dernier phosphoryle à son tour les Smads spécifiques (Smad1, 5 et 8) qui s’associent à la Smad commune, Smad4. L’ensemble transloque dans le noyau et en association avec des facteurs de transcription régule les gènes cibles de l’hormone. L'utilisation de souris KO conditionnelles pour les récepteurs Acvr1 et Bmpr1a et d'une technique de siRNA dirigés contre chacun des trois récepteurs de type I a permis de mettre en évidence que le récepteur BMPR-IA est un acteur essentiel de la voie de signalisation de l'AMH dans les cellules de la granulosa. Pour déterminer la ou les Smad(s) impliquées, une technique de gènes rapporteurs, Smad-Gal4/UAS-luciférase, a été utilisée. Nous avons pu montrer que les Smad1 et 5 sont importantes pour la transduction du signal de l'AMH dans les cellules de la granulosa. Récemment des corécepteurs aux BMPs, les Repulsive Guidance Molecule (RGMs), ont été mis en évidence. L’AMH partageant sa voie de signalisation avec les BMPs, nous avons cherché à déterminer si ces corécepteurs pouvaient également intervenir dans la voie de signalisation de l’AMH. Il existe 3 types de RGMs: RGMa, RGMb et RGMc. Nous avons montré en q-PCR que seul RGMb est exprimé dans les cellules de la granulosa alors que les 3 RGMs sont exprimés dans l’ovaire. L'utilisation de siRNA dirigés contre RGMb a permis de montrer que ce récepteur n'est pas nécessaire à la transduction du signal de l'AMH. Actuellement, seuls deux gènes cibles de l’AMH sont connus dans les cellules de la granulosa : l’aromatase et le récepteur LH. Nous avons réalisé des analyses de puces à ADN (ou micro-array) pour décrire de nouveaux gènes cibles de l'AMH. L'analyse des puces a permis de décrire de nouveaux gènes régulés par cette hormone tels qu’Ovgp1 ou Kcnj2. La dernière partie de mon projet visait à déterminer un rôle potentiel de l'AMH dans l'utérus. En effet, le récepteur de cette hormone est exprimé dans le myomètre utérin de souris permettant de supposer qu’elle peut agir sur cet organe. Nous avons pu mettre en évidence une expression faible du gène de l’Amh dans l’utérus. En revanche, l’expression et la localisation de la protéine restent encore à définir. Une expérience de PCR-array a permis de montrer que de nombreux gènes sont différentiellement exprimés entre l’utérus Wt et l’utérus KO Amh. Ceci indique que l’AMH jouerait un rôle sur la régulation de la fonction utérine qu’elle soit exprimée ou non dans cet organe.
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Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2014PA11T014
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Résumé : La distribution actuelle des espèces d’arbres des forêts tropicales humides amazoniennes est le résultat de processus dynamiques sur lesquels les perturbations passées, d’origine climatique ou anthropique, peuvent avoir jouées un rôle majeur. Des outils génétiques actuels associés à des méthodes d’analyses puissantes permettent d’inférer et de dater l’empreinte génomique des évènements démographiques subits par les populations naturelles. Le but de cette thèse est de contribuer à une vision d’ensemble de l’évolution démographique de la forêt tropicale humide du plateau des Guyanes pendant le Quaternaire. J’ai d’abord étudié les propriétés des microsatellites (répétitions simple de séquences, SSR) et les limites de leurs applications en tant que marqueurs moléculaires en phylogéographie. Plusieurs allèles SSR contenu dans diverses populations de trois genres d’arbres différents ont été séquencés et le polymorphisme, porté par chaque partie des fragments ADN contenant des SSR, a été étudié. J’ai observé que la quantité de variation génétique était aussi importante dans les régions encadrant le microsatellite que dans le SSR lui-même. Ces régions ont contribué significativement à l’information phylogénétique et ont parfois été la principale source de différenciation entre les individus et les populations. Cette expérience m’a permis de choisir la meilleure stratégie à adopter pour traiter les données de variation génétique des SSR dans des modèles démographiques. J’ai ensuite utilisé ces marqueurs SSR et des méthodes ABC pour étudier l’impact local des occupations humaines précolombiennes sur les forêts en Guyane française. Les changements démographiques subis par des populations de quatre espèces d’arbres ont été comparés entre cinq sites occupés et quatre sites non perturbés. Les perturbations naturelles et induites par l’homme ont contribué à la mise en place de la diversité observée actuellement, comme le suggère des signatures d’effet fondateur détectées sur les sites perturbés ou non. Néanmoins, la taille des populations fondatrices semble être proportionnelle à l’impact humain estimé, indiquant que les perturbations anthropique ont induit un remplacement des populations plus important que les processus écologiques naturels. Pour terminer, j’ai mené une étude de démographie comparative d’espèces d’arbres tropicaux à l’échelle régionale de la Guyane française. Cinq scénarios démographiques ont été testés pour neuf populations de huit espèces en utilisant des microsatellites nucléaires et des séquences chloroplastiques. Les changements démographiques les plus récents détectés convergent vers une signature générale d’expansion de la forêt humide depuis probablement la dernière glaciation. Cela peut suggérer, soit que la composition des forêts du plateau des Guyanes était différente, ou que le couvert forestier était moins étendu. Ce résultat constitue le premier indice de changement passé, probablement d’origine climatique, subi par les communautés forestières du plateau des Guyanes ; qui n’avait jusque-là pas pu être testé avec des méthodes standards en raison d’un manque de fossiles. En conclusion, j’ai recueilli des preuves génétiques que les perturbations, à différents échelles de temps, ont marqué la structure et la composition génétique des forêts du plateau des Guyanes. L’application de ces méthodes à d’autres régions Néotropicales pourrait contribuer, à l’avenir, à reconstruire l’histoire écologique de la forêt amazonienne de façon détaillée.
The current tree species distribution in Amazonian tropical rainforests is the outcome of dynamic processes in which past perturbations, climatic or anthropogenic, may have played a major role. Currently available genetic tools associated with powerful analytical methods allow inferring and dating the genomic imprint of demographic events undergone by natural populations. The aim of my thesis is to contribute to an overview of the demographic evolution of the tropical rainforest in the Guiana shield during the Quaternary. I have first studied the properties of microsatellites or Simple sequence repeat (SSR) and the limits in their applications as molecular markers in phylogeography. Several SSR alleles in multiple populations of three divergent tree genera have been sequenced and the sources of polymorphisms, carried by each portion of SSR-containing DNA amplicons, have been broken apart. I have observed that the amount of variation was as large in flanking regions as in the SSR itself. The former contributed significantly to the phylogenetic information and sometimes was the main source of differentiation among individuals and populations. This experiment allowed me to choose the best strategy to treat SSR variation in demographic modeling. I have subsequently used SSR markers and ABC methods to study the impact of pre-Columbian human settlements at the local level on rainforests in French Guiana. Demographic changes undergone by populations of four tree species were compared between five settled and four undisturbed sites. Both natural turnover and human-induced disturbances appeared as shaping currently observed genetic diversity, with signatures of founder effect both at disturbed and undisturbed sites. Nevertheless, the size of founding populations appeared to be proportional to the estimated human impact, suggesting that human-made disturbance caused deeper population turnover than background ecological processes. Finally, I have conducted a comparative demography study of tropical tree species at the regional level across French Guiana. Five demographic scenarios have been tested for nine populations from eight species using both nuclear microsatellites and chloroplastic sequences. The most recent demographic signals detected converge on a global signature of expansion of the rainforest since probably the last glaciation. This finding can suggest either that the composition of the Guiana shield rainforests was different, or that its global extent was smaller, during earlier epochs of the Pleistocene than today. This result is the first firm indication of changes undergone by the forest communities of the Guiana shield in the distant climatic past – something which could not be tested with standard methods due to almost complete lack of fossil evidence. In conclusion, I have gathered genetic evidence that disturbances, both in historical and geological times, have marked the structure and composition of forests in the Guiana shield.The extensive application of these methods to other regions of the Neotropics maycontribute, in the future, to the detailed reconstruction of the ecological history ofAmazonian forests.

http://www.theses.fr/2012AGUY0568/document

Résumé : L'étude de la taxonomie des huîtres est longtemps restée basée sur des critères morphologiques (forme de la coquille et description des organes) et géographiques. Ces considérations sont relativement peu fiables en particulier au niveau interspécifique du fait de la plasticité des caractères morphologiques d'une part de des introductions d'espèces étrangères sur les lieux de culture d'autre part. La biologie moléculaire est donc, depuis quelques années, un outil très utilisé pour différencier les espèces d'huîtres. La phylogéographie des huîtres de la région sud-atlantique a ainsi pu être étudiée grâce à différentes méthodes de recherche du polymorphisme réalisées sur le fragment mitochondrial 16S. La PCR-RFLP, la SSCP et le séquençage ont été utilisés pour déterminer les haplotypes de 9 populations d'huîtres creuses du genre Crassostrea provenant du Sénégal, de Guyane, de Martinique et du Brésil. Ceci a permis par extension à d'autres espèces d'apporter des informations complémentaires à la phylogénie de ce genre. Les résultats obtenus par ces 3 méthodes ont permis de montrer que ces 9 populations se différencient en 2 haplotypes : un africain correspondant à l'espèce Crassostrea gasar et un martiniquais correspondant à l'espèce Crassostrea rhizophorae. De plus,C. gasar, huître caractéristique des côtes africaines, est présente dans 2 sites d'Amérique du sud, ont un en sympatrie avec C. rhizophorae au Brésil, ce qui n'a jamais été décrit jusqu'à présent. L'étude d'un point de vue génétique de cette espèce ainsi que la détermination de sa position phylogénétique, sont également une nouveauté. La sympatrie observée au Brésil permet de s'interroger sur l'existence d'une interfécondité possible et d'un flux de gènes entre les 2 espèces. Des études complémentaires à partir d'un échantillonnage plus vaste réalisé sur toute la côte atlantique sud-américaine permettront de confirmer ces résultats. Par ailleurs, la construction d'un arbre phylogénétique à partir des séquences obtenues dans cette étude et de séquences d'autres espèces du même genre, a permis de préciser les positions de ces espèces les unes par rapport aux autres. Ainsi, C. gasar a une position intermédiaire entre les groupes gigas-angulata et virginica-rhizophorae.

Droits : 1999 Univ; La Rochelle, The author
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14365/11656.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14365/