Éditeur(s) : HAL CCSD Publisher : Paris : Baillière [1980-. Latest Publisher : Paris : Elsevier
Résumé : National audience
Introduction Les monocytes sont constitués de populations cellulaires hétérogènes aux propriétés distinctes. Il est retrouvé une sur-représentation de la population monocytaire CD14+/CD16+ pro-inflammatoire au cours de certaines connectivites. Cette population monocytaire s’oppose aux monocytes CD14+/CD16– qui jouent un moindre rôle dans l’amplification de la réponse inflammatoire. Les monocytes et les macrophages pourraient jouer un rôle central dans les mécanismes de fibrose au cours de la sclérodermie systémique. L’association entre les manifestations cliniques de la sclérodermie systémique et les différentes populations monocytaires reste à préciser. L’objectif de cette étude « proof of concept »est d’évaluer l’association entre la population monocytaire CD14+/CD16+ et les manifestations cliniques de fibrose chez les patients sclérodermiques. Patients et méthodes Cinquante-cinq patients répondant aux critères ACR 2013 de sclérodermie systémique ont été inclus de manière consécutive de mars à juillet 2015. Les atteintes fibrosantes ont été évaluées simultanément selon les données du bilan viscéral annuel en centre de compétence : l’atteinte cutanée était évaluée cliniquement selon le score de Rodnan modifié, les patients étaient classés selon la classification de Leroy (atteinte cutanée diffuse, atteinte cutanée limitée, sine scleroderma). La présence d’une pneumopathie interstitielle diffuse était évaluée par TDM thoracique, son retentissement sur la fonction respiratoire était précisé par les épreuves fonctionnelles respiratoires (capacité pulmonaire totale, capacité vitale forcée, DLCO). La NFS réalisée le jour du bilan viscéral était traitée en hématoflow permettant de préciser les sous populations monocytaires en fonction de leur statut CD16+ ou CD16–. Les données cliniques étaient relevées en aveugle vis-à-vis des données de cytométrie en flux. Résultats 55 patients sclérodermiques ont été inclus. Le taux moyen de monocytes CD16+ était de 0,054 G/L (SD = 0,029). Les patients avec une atteinte cutanée diffuse avaient des taux significativement plus élevés de monocytes CD16+ (p = 0,021), alors que les taux de monocytes CD16–ne différaient pas entre les patients avec atteinte cutanée diffuse et cutanée limitée. Le score de Rodnan modifié était corrélé de manière significative avec le taux de monocytes CD16+ (R = 0,513, p < 0,001). Il existait une tendance à l’association entre des taux élevés de CD16+ et la présence d’une pneumopathie interstitielle diffuse détectée par TDM (p = 0,113). Il existait une corrélation négative significative (p < 0,05) entre les taux de CD16+ et les résultats des épreuves fonctionnelles respiratoires (capacité pulmonaire totale et DLCO), attestant d’une fonction respiratoire moins bonne chez les patients à taux plus élevés de monocytes CD16+. Il n’était pas retrouvé d’association entre les taux de CD16+ et les autres paramètres cliniques ou immunologiques. Discussion Cette étude « proof of concept » semble montrer une association entre des taux élevés de monocytes CD16+ et certains paramètres de gravité des atteintes fibrosantes de la maladie. En plus de leur association à la gravité des atteintes fibrosantes de la sclérodermie systémique, les taux de monocytes CD16+ pourraient également avoir un intérêt pronostique qui reste à évaluer. Des travaux in vitro ont montré que l’ajout de TGFb au milieu de culture cellulaire de monocytes induisait une augmentation de l’expression du CD16+ par ces monocytes. Les monocytes CD16+ sont également une source de production d’IL-1 bêta et de TNF alpha pro-inflammatoires. D’autres travaux in vitro ont très récemment démontré la plus grande capacité des monocytes CD16+ à se différencier préférentiellement en macrophages ayant également des propriétés pro-inflammatoires. La sous-population monocytaire CD16+ peut également être hiérarchisée en fonction de l’intensité d’expression du CD16. La place précise de ces différentes populations monocytaires dans la physiopathologie de la sclérodermie systémique reste encore à déterminer. Les liens ténus entre monocytes et macrophages, dont l’implication est maintenant reconnue au cours de la sclérodermie invitent à investiguer davantage le rôle possible du monocyte dans le cadre de cette maladie inflammatoire et fibrosante afin d’identifier d’éventuelles nouvelles cibles thérapeutiques ou marqueurs pronostiques. Conclusion Dans cette étude « proof of concept », sur un nombre restreint de patients atteints de sclérodermie systémique répondants aux critères ACR 2013, le taux de monocytes CD16+ semble corrélé avec les atteintes fibrosantes de la maladie, laissant supposer une implication possible de cette sous-population monocytaire dans la physiopathologie de cette connectivite
ISSN: 0248-8663

hal-01321851
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01321851
DOI : 10.1016/j.revmed.2016.04.253

Résumé : Actions menées de 1994 à 1998 au sein du conservatoire de souches : 1. Résultats des importations, acclimatation et hybridation. a) Rappel des conditions d'introduction de nouvelles souches. L'importation de toute espèce est conditionnée par les résultats d'une enquête préliminaire dont l'objet est de rechercher les exigences écologiques de l'espèce et la situation épidémiologique dans son milieu d'origine. Le travail du LGP et de ses partenaires a été partagé en différentes actions: 1. Recherche de contacts dans divers pays étrangers, en vue de l'importation d'huîtres présentant des caractéristiques intéressantes. 2. Importation : L'importation se fait selon les normes du CIEM (Conseil International pour l'Exploration de la Mer) : contrôles pathologiques sur les lots d'animaux importés, confinement en salle de quarantaine des géniteurs avec stérilisation systématique des eaux de rejet, sacrifice des géniteurs après la production de la première génération. 3. Production d'une première descendance: La ponte est également réalisée en salle de quarantaine. Des contrôles pathologiques auront lieu tout au long de l'élevage. 4. Contrôle des performances : ils se font, dans un premier temps, uniquement au laboratoire avec stérilisation des eaux de rejet. Cette caractérisation intègre différentes approches : résistance aux parasites présents dans le milieu français, caractères quantitatifs (poids, taille, rendement, vitesse de croissance), polymorphisme enzymatique ou ADN, tests physiologiques (mesure de la respiration, du rendement d'assimilation ... ). 5. Hybridation: Des hybridations entre espèces ont été tentées, avec contrôle par marqueurs génétiques. 6. Conservatoire de souches : Les générations F1 des différentes espèces ont systématiquement été conservées. Une salle a été spécialement équipée au LGP dans cet objectif.

Droits : 1998 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/12907.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/12922.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/

Éditeur(s) : Institut national agronomique Paris Grignon
Résumé : The flat oyster Ostrea edulis L. is the indigenous oyster of the Atlantic as well as the Mediterranean coasts of Europe. Its commercial exploitation dates back to Antiquity but its breeding is now threatened by two parasitic protozoa, among which Bonamia ostreae. Various aspects of the genetics of this species' natural and farmed populations have been studied with the aid of microsatellite markers. At first, the implementation and the screening of two partial genomic libraries made it possible to identify 28 new microsatellite loci. Analysis of the segregation of 12 of these loci and of two enzymatic loci shows that most microsatellite loci are transmitted in a Mendelian way, but some loci have significant segregation distortions. Moreover, seven linkage groups, of which four contain at least two markers, were identified in Ostrea edulis. The genetic variability of three populations selected for one or two generations for resistance to Bonamia ostreae was analysed with the aid of 5 microsatellite loci. In spite of the absence of genealogical data, we have shown that these selected populations were descended from a very low number of founding genitors (from 3 to 15 depending on the population) and for two populations, we were able to reconstruct the genealogy and the relationships between the individuals were identified. These selected populations have, in addition to a very low genetic variability, real and at times high levels of consanguinity. These results have a significant implication for the continuation of the selection programme (consanguinity management, augmentation of genetic variability by introducing wild genitors). The geographical structuring of the genetic variability of natural populations of Ostrea edulis has been analysed with the aid of 5 microsatellite loci on a sampling covering almost the entire distribution area of the species (from Norway to the Adriatic Sea). The results are consistent with those published in the literature and using enzymatic markers. The populations show a low level of differentiation that could correspond to a model of isolation by distance. The Atlantic populations, which have a reduced polymorphism, could be descended from post-glacial recolonisation from Mediterranean populations that had survived the glaciations of the Quaternary Period. The current distribution of flat oyster populations is surely also subject to anthropogenic activities. Finally, the genetic bases of the heterozygosis-growth correlation were studied in a natural population with the aid of enzymatic and microsatellite markers. Although leads favouring the direct contribution of enzymatic loci have been found, biases in the sampling design make it impossible to come to a formal conclusion. However, this study has made it possible to show that the capture of individuals over a short period (around ten days) leads to a sampling of a population descended from a very low number of founding genitors, in contradiction with the generally accepted idea that marine bivalve populations are large panmictic populations with significant, efficient numbers. These results confirm in a natural population the observations of a significant reduction of efficient sizes in hatchery populations.
L'huître plate Ostrea edulis L. est l'huître indigène des côtes européennes aussi bien atlantiques que méditerranéennes. Son exploitation commerciale remonte à l'Antiquité mais son élevage est aujourd'hui menacé par deux protozoaires parasites dont Bonamia ostreae. Différents aspects de la génétique des populations naturelles et cultivées de cette espèce ont été étudiés à l'aide de marqueurs microsatellites. Dans un premier temps, la réalisation et le criblage de deux banques génomiques partielles ont permis l'identification de 28 nouveaux locus microsatellites. L'analyse de la ségrégation de 12 de ces locus et de deux locus enzymatiques montre que la plupart des locus microsatellites sont transmis de façon mendélienne, mais certains locus présentent des distorsions de ségrégation importantes. Par ailleurs, sept groupes de liaison dont quatre contiennent au moins deux marqueurs ont été identifiés chez Ostrea edulis. La variabilité génétique de trois populations sélectionnées depuis une ou deux générations pour une résistance à Bonamia ostreae a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites. Malgré l'absence de données généalogiques, nous avons montré que ces populations sélectionnées étaient issues d'un très faible nombre de géniteurs fondateurs (de 3 à 15 selon les populations) et pour deux populations, la généalogie a pu être reconstituée et les liens de parenté entre les individus ont été identifiés. Ces populations sélectionnées présentent, outre une très faible variabilité génétique, des niveaux de consanguinité réels et parfois élevés. Ces résultats ont une implication importante pour la continuation du programme de sélection (gestion de la consanguinité, augmentation de la variabilité génétique par introduction de géniteurs sauvages). La structuration géographique de la variabilité génétique des populations naturelles d'Ostrea edulis a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites sur un échantillonnage couvrant presque toute l'aire de répartition de l'espèce (de la Norvège à la Mer Adriatique). Les résultats sont cohérents avec ceux publiés dans la littérature et utilisant des marqueurs enzymatiques. Les populations montrent un niveau de différenciation faible qui pourrait correspondre à un modèle d'isolement par la distance. Les populations atlantiques, qui présentent un polymorphisme réduit, pourraient être issues de recolonisation post-glaciaire à partir de populations méditerranéennes ayant survécu aux glaciations du Quaternaire. La répartition actuelle des populations d'huître plate est certainement aussi soumise aux actions anthropiques. Enfin, les bases génétiques de la corrélation hétérozygotie-croissance ont été étudiées dans une population naturelle à l'aide de marqueurs enzymatiques et microsatellites. Bien que des pistes en faveur de la contribution directe des locus enzymatiques aient été trouvées, des biais dans le dispositif expérimental ne permettent pas de conclure de façon formelle. Cependant, cette étude a permis de montrer que le captage d'individus sur une faible période (une dizaine de jours) conduit à l'échantillonnage d'une population issue d'un nombre très réduit de géniteurs fondateurs, en contradiction avec l'idée reçue que les populations de bivalves marins sont de larges populations panmictiques à effectif efficace important. Ces résultats confirment dans une population naturelle les observations de réduction importante des tailles efficaces dans des populations d'écloserie.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1998/these-1919.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1919/

Éditeur(s) : GFP : Groupe Français des Pesticides GFP : Groupe Français des Pesticides GFP : Groupe Français des Pesticides
Extrait de : "Protection des cultures et santé environnementale : héritages et conceptions nouvelles" : congrès, le 26 mai 2014. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Un certain nombre d'études animales ont démontré la toxicité reproductive et la neurotoxicité développementale des insecticides organophosphorés. Quelques études épidémiologiques suggèrent un rôle de l'exposition aux insecticides organophosphorés sur la croissance foetale de façon concordante pour les groupes de population présentant une susceptibilité génétique particulière (faible activité paraoxonase 1). Ces études sont pour l'essentiel des études de cohorte de population générale nord-américaine. L'objectif est d'étudier l'association entre l'exposition prénatale aux insecticides organophosphorés et la croissance intra-utérine à partir de marqueurs urinaires d'exposition pendant la grossesse et en tenant compte de susceptibilités génétiques potentielles (PON1), à partir d'une cohorte mères-enfants dans la population française.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V14216
V14216
V14216
V14216

Éditeur(s) : Université de la Réunion
Résumé : The green turtle (Chelonia mydas) is an emblematic species of marine life. However, nowadays it is subject to many threats (poaching, by-catch). Even if there is deep growing measures for its protection, the green turtle still is an endangered species and it is listed in Appendix I of Washington Convention (CITES). In order to elaborate efficient conservation and management plans, perfect knowledge of green turtle biology, but also of its population structure and their characteristics, are needed. In this thesis, we have assessed genetic structure of green turtle populations in the South-Western Indian Ocean by using genetic tools. In all, 1551 tissue samples have been collected from our study zone and from our control site French Polynesia (37 samples). All kinds if individuals were sampled (except males in reproductive phase) from 15 sampling sites including nesting, foraging, and immature development site. We used both control region of mitochondrial DNA and 6 microsatellite loci to better infer maternal and paternal lineages. We identified 29 haplotypes in the South-Western Indian Ocean. They are distributed in 3 independent and highly divergent clades, including one composed with haplotypes from Atlantic Ocean. For 7 of these haplotypes, it was the first time they were detected in the study zone. Fifteen haplotypes were previously undescribed, distributed in all the 3 clades. These new haplotypes seem to be specific to the South-Western Indian Ocean, which is then an original zone. Besides, we found a high allelic richness. These results show the South-western Indian Ocean is rich and very diversified. This region plays an important role in the global diversity of the species. The South-Western Indian Ocean is one of the two contact zones presently known between the two metapopulations of green turtles (Atlantic-Mediterranean and Indo-Pacific). This contact induces a genetic cline based on CM8 (Atlantic) and C3 (Indo-Pacific) haplotype frequencies. Analysis of the microsatellite differentiation between individuals provides evidence of genetic exchanges between the two metapopulations in the region. The South-Western Indian Ocean participates to green turtle global genetic mixing. Studying the influence of several intrinsic and extrinsic factors on population structuring provides useful information for management plan elaboration. We found no significant difference between genetic structures of foraging females and males, contrary to immature turtles which seem to be organised in 'regional pools'. This organisation could be due to both immature natal homing and influence of oceanic currents. High mitochondrial differentiation of nesting females and low global microsatellite differentiation of our samples indicate male-mediated gene flow among populations of the study zone. The genetic composition of a sampling site presents no significant variation along the year, even if we could notice some trends. Nevertheless, it can be significantly different from a year to an other one. This may result from alternation of distinct populations on the same site. We noticed different evolution in 10 or 20 years of the genetic composition depending on the sampling site. Geographic distance seems not to have significant influence on population structuring concerning microsatellite markers. Nesting females of Saziley Beach (Mayotte Island, Comoros Archipelago) present genetic divergence from females nesting in the two other sampled beaches of this island. The observed population structure shows no contradiction with the organisation of oceanic currents in the South-Western Indian Ocean. Comparing the results from the two genetic markers used, we identified 8 genetic differentiated clusters of turtles in the study zone and at least 6 distinct populations. These clusters constitute 8 potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans.
La tortue verte (Chelonia mydas) constitue l'un des espèces emblématiques de la vie marine, pourtant de nombreuses menaces pèsent de nos jours encore sur sa survie (braconnage, captures accidentelles). Ainsi, malgré l'essor de mesures de protection menées à travers pour sa sauvegarde, la tortue verte constitue une espèce 'en danger d'extinction' et figure dans l'Annexe I de la Convention de Washington (CITES). Afin d'élaborer des plans de gestion et de conservation qui soient efficaces, il est important d'avoir une parfaite connaissance de la biologie de la tortue verte, mais aussi de la structure de ses populations et de leurs caractéristiques. C'est dans ce cadre que s'inscrit la présente étude. L'objectif de cette étude était d'acquérir des connaissances sur la structure des populations de tortues vertes dans le sud-ouest de l'océan Indien grâce à l'utilisation de l'outil génétique. Au total, 1551 échantillons de tissu ont été collectés dans la zone d'étude et dans notre site témoin la Polynésie française (37 échantillons). Toutes les catégories d'individus ont été échantillonnées (excepté les mâles en phase de reproduction) et les 15 sites d'échantillonnage comprennent à la fois des sites de ponte, d'alimentation et de développement pour les immatures. Deux types de marqueurs ont été utilisés : la région contrôle de l'ADN mitochondrial et 6 loci microsatellites, afin d'appréhender au mieux l'apport des lignées maternelles et paternelles. Nous avons pu mettre en évidence la présence dans le sud-ouest de l'océan Indien de 29 haplotypes distincts, appartenant à trois clades fortement divergents dont l'un constitué d'haplotypes originaires de l'océan Atlantique. Parmi ces haplotypes, 7 ont été détectés pour la première fois dans la zone d'étude, et 15 autres n'ont jamais été précédemment décrits chez cette espèce. Ils sont présents dans chacun des 3 clades d'haplotypes. Ces nouveaux haplotypes semblent spécifiques à la région, et en font une zone originale. On observe par ailleurs une grande richesse allélique dans les effectifs analysés. Ces résultats montrent que le sud-ouest de l'océan Indien est une zone riche et très diversifiée. Cette région joue un rôle important dans la diversité génétique globale de l'espèce. Le sud-ouest de l'océan Indien constitue l'une des deux seules zones connues à l'heure actuelle de contact entre les deux métapopulations de tortues vertes (Atlantique-Méditerranée et Indo-Pacifique). Ce contact a entraîné la formation d'un cline génétique portant principalement sur les fréquences relatives des haplotypes CM8 (Atlantique) et C3 (Indo-Pacifique). Les résultats obtenus lors de l'analyse microsatellite de la différenciation entre les individus originaires des deux métapopulations montrent que le sud-ouest de l'océan Indien constitue une zone d'échanges génétiques entre les deux métapopulations, participant au brasage génétique de l'espèce. L'étude de facteurs, intrinsèques et extrinsèques, pouvant influencer la structuration des populations apportent de nombreuses informations qui pourraient s'avérer utiles lors de l'élaboration de plans de gestion. La structure des femelles et des mâles en alimentation ne diffère pas, contrairement à celle des immatures qui semble s'organiser en 'pools régionaux' qui seraient le fruit de l'interaction d'un comportement de philopatrie et d'une influence des courants océaniques. La forte différenciation mitochondriale des femelles en ponte et la très faible différenciation microsatellite observée à l'échelle de la région, indiquent l'existence de flux de gènes via les mâles. La composition génétique d'un site ne varie pas de manière significative au cours de l'année. Par contre, elle peut varier d'une année à l'autre, signifiant l'alternance dans certains sites de ponte de plusieurs populations distinctes. L'évolution de la composition génétique d'un groupe, au cours de 10 ou 20 ans, diffère selon le site considéré. La distance ne semble pas influencer de manière significative la structuration des populations au niveau microsatellite. Les femelles en ponte sur la plage de Saziley (Mayotte) diffèrent génétiquement de celles pondant sur les deux autres plages de l'île. La structure observée des populations est en accord avec l'organisation des courants océanique dans la région. La confrontation des résultats obtenus à partir des deux marqueurs génétiques utilisés, permet la détermination de 8 ensembles génétiquement différenciés dans la zone d'étude et l'identification d'au moins 6 populations distinctes. Ces ensembles constituent autant d'unités de gestion (MUs) potentielles qui pourront servir de base à l'élaboration de plans de gestion et de conservation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3532.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3532/

Résumé : La taxonomie des huîtres est longtemps restée basée sur des critères morphologiques tel que la coquille et les organes internes ou sur la répartition géographique. Ces critères se révèlent aujourd'hui peut fiable du fait de la grande plasticité des caractères morphologiques des huîtres en fonction des conditions environnementales, et du transport d'espèce par l'ostréiculture ou accidentellement. La biologie moléculaire et en particulier les marqueurs génétiques sont des outils très utiles pour différencier les espèces. La phylogéographie des huîtres creuses de l'Atlantique Sud a ainsi été étudié grâce à différentes méthodes d'observation du polymorphisme de l'ADN. Ces techniques ont dans un premier temps été appliquées à des fragments mitochondriaux (16S) pui à des fragments nucléaires (ITS). La PCR6RFLP a été utilisée d'une part sur les fragments 16S pour déterminer les haplotypes de 5 nouvelles populations du genre Crassostrea provenant du Sénégal, du Nigeria et du Brésil. Il a été ainsi possible d'identifier une nouvelle population de Crassostrea gasar en Amérique du Sud. Nous nous sommes ensuite intéressés aux polymorphisme pouvant exister entre les différentes populations de C. gasar de part et d'autre de l'Atlantique. Pour cela des fragments nucléaires ITS, à priori plus polymorphes que les fragments mitochondriaux 16S ont été étudiés. Différentes mises au point ont été réalisées afin de révéler un éventuel polymorphisme entre les populations. Toutes les informations recueuillies tendent vers cette hypothèse sans toutefois pouvoir la confirmer. La présence d'une zone de sympatrie entre les espèces C. gasar en Amérique du Sud poste la question de son introduction, soit par l'homme soit accidentellement. Des études complèmenaires sont indispensables, par un échantillonnage plus large, pour évaluer l'étendue de la présence des espèces de part et d'autre de l'océan. Il est également nécessaire de continuer la mise au point sur les marqueurs nucléaires afin de confirmer le polymorphisme suspecté entre les populations C. gasar d'Afrique et d'Amérique. La publication récente d'un article séparant les espèces C. brasiliana et C. rhizophorae pose également la question de la position de C. brasiliana par rapport aux deux espèces que nous avons étudié.

Droits : 2000 Univ. La Rochelle
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14409/11706.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14409/

Éditeur(s) : Université de Tours
Résumé : L 'huître creuse japonaise Crassostrea gigas et portugaise C. angulata ont été respectivement décrites par Thunberg (1793) et Lamarck (1819). Mais les similitudes morphologiques et l 'homogénéité des fréquences allozymiques entre populations ont conduit de nombreux auteurs à proposer l'existence d'une seule et mênle espèce. L'analyse récente d'un gène mitochondrial a pennis de déterminer l'origine asiatique de C. angulata, soulignant l'intérêt de l'étude de la différenciation génétique et phénotypique entre les deux taxons. La notion biologique d'espèce a tout d'abord été examinée. Des croisements de 1ère et 2ème génération ont montré la viabilité et fertilité des hybrides. L'analyse de la compétition spennatique par marqueurs microsatellites ne montre pas d'isolement reproductif, mênle partiel et le séquençage du fragment ITS 1 confirme la forte proximité génétique des deux taxons. Les patrons de différenciation génétique observés par marqueurs microsatellites et mitochondriaux apparaissent sitnilaires. L'origine asiatique de C. angulata est donc confinnée. Le fort niveau de polymorphisme des marqueurs microsatellites explique partiellement les plus faibles valeurs observées de différenciation. Une bimodalité des tailles d'allèles microsatellites entre taxons a pennis le développement d'un nouveau marqueur nucléaire, mettant en évidence des phénomènes d'hybridation naturelle dans la zone du sud de l'Europe où l'activité ostréicole met aujourd'hui les 2 taxons en contact. L'étude de caractères phénotypiques a été réalisée en milieu naturel et contrôlé sur des descendances d'écloserie. Les résultats montrent une meilleure croissance de C. gigas et une période de reproduction plus longue chez C. angulata. Des mesures physiologiques montrent un plus fort taux de respiration du naissain C. gigas, ainsi qu'un temps de filtration supérieur chez les adultes. La différence de croissance entre taxons pourraient donc être expliquée par le temps de filtration et l'effort de reproduction.

Droits : Université de Tours, The author
http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14564/11867.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14564/

Éditeur(s) : Actes du 6e colloque national BRG, La Rochelle, 2-3-4 octobre 2006
Résumé : Previous studies have shown heritable variation in larval developmental traits in the Pacific oyster Crassostrea gigas. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors, specific to hatcheries, were examined: the effect of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and the effect of temperature (20°C versus 26°C). A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of larval populations and family assignment, limiting possible environmental bias and allowing the study of a relatively large number of families using a limited number of larval tanks. Our results show that three multiplexed highly polymorphic microsatellite markers are a powerful tool for family assignment and, consequently, for the study of bivalve larvae genetics. Culling, by selective sieving of the smallest larvae is an advantageous practice at a phenotypic scale as it reduced variance in larval size, variance of developmental rate and time to settlement. Culling of 50% of the larval population only led to 15% less spat, showing a positive phenotypic correlation between larval growth and settlement success. However, culling represents a substantial risk for diversity loss, because it increases the variance of reproductive success among parental oysters. The effective population sizes of early settling cohorts of settlement were lower than those of later ones. Our results show that the settlement of slow growing larvae significantly contributes to minimizing the variability of reproductive success and therefore to maximizing genetic diversity. These results corroborate the low estimations of variability of broodstocks sampled in several French commercial hatcheries, relative to natural populations. The genetic composition of the larval population and the resulting spat was significantly different between the two tested temperatures, revealing genotype x environment interaction for survival. Similarly, genotype x environment interaction was also observed for larval growth as a higher temperature exerted a positive influence on the expression of genetic variability for this trait. Consequently, we can conclude that a temperature of 26°C coupled with culling, to common practice in oyster hatcheries, is likely to amplify the selection pressure for fast growing larvae. To test for this hypothesis, we compared larval developmental traits in the progeny of a hatchery broodstock closed for 7 generations, with the progeny of wild oysters and the two possible hybrids. Our results show that selection of fast growing larvae can counteract presumed inbreeding depression, due to higher mean relatedness among hatchery broodstock than in the wild. Genetic effects of intensive rearing conditions at larval stage are significant and should be taken into account in hatchery practices, especially in terms of genetic diversity management.
Afin d'étudier les conséquences génétiques des pratiques de production en écloserie d'huître creuse, deux facteurs ont été examinés : l'élimination des petites larves et la température. Nos résultats montrent que l'assignation de parenté par marqueurs microsatellites est un outil performant pour les études génétiques en phase larvaire de familles élevées en mélange. Bien qu'avantageux d'un point de vue phénotypique, le tamisage sélectif représente un risque de perte de diversité. La fixation des larves à croissance lente permet en effet de minimiser la variabilité du succès reproducteur et de fait, de maximiser la variabilité génétique. Ces résultats corroborent les estimations de variabilité sur les stocks d'écloseries françaises où l'on constate une diversité allélique inférieure à celle de populations issues du milieu naturel. La température exerce également une influence sur la précocité de l'expression de la variabilité génétique pour la croissance larvaire. Ainsi une température élevée associée à une procédure de tamisage peut amplifier l'effet sélectif. Enfin, la sélection de larves à croissance rapide semble démontrée, s'opposant à la dépression de consanguinité présumée. Les conditions d'élevage peuvent donc avoir un effet génétique significatif qui devrait être pris en considération dans les pratiques d'écloserie, notamment dans la gestion de la diversité génétique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/acte-1505.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1505/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, UMR ECOFOG, 97387 Kourou, Guyane (France)Diplôme : Master Recherche
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
Cette étude s’inscrit dans le cadre d'un projet intitulé «Impact du degré d'exploitation sur la biodiversité ». Ici, nous avons analysé l'effet de cette perturbation sur les caractéristiques démo-génétiques d’une espèce forestière héliophile Jacaranda copaia. Nous avons travaillé sur quatre parcelles (chacune de 6,25 ha) du dispositif de Paracou, dont une parcelle témoin et trois parcelles à degré d'exploitation croissant. Un échantillonnage exhaustif de tous les arbres appartenant à l'espèce a été réalisé sur les quatre parcelles, La population se répartit en deux groupes : les adultes ayant potentiellement participé à la régénération (DBH > 10 cm ; N = 133) et les juvéniles issus de la régénération (DBH < 10 cm). Ces derniers sont séparés en deux sous-groupes selon leur position : dans les trouées d'exploitation (N = 564) ou hors des trouées d'exploitation (N = 127). A l’aide de quatre marqueurs microsatellites SSR. Nous avons donc comparé la diversité génétique, le coefficient de consanguinité, la différenciation, le déséquilibre génotypique et la proximité génétique des individus en fonction de la distance spatiale (auto corrélation génétique spatiale). Les résultats ainsi obtenus ne montrent pas d'effet de l’exploitation sur la diversité génétique globale. Cependant celle-ci est plus structurée dans l'espace et se traduit par une consanguinité plus forte. La présence de déséquilibres génotypiques et une répartition en agrégats des juvéniles présents dans les trouées d’exploitation. Ceci pourrait s’expliquer par une contribution inégale des adultes à la régénération dans les zones exploitées mais il faudra cependant tenter d’expliquer quels en sont les mécanismes et comment interagissent-ils avec les caractéristiques écologiques de l’espèce.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189281

hal-01189281
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189281
PRODINRA : 22898

Résumé : The tropical seabass Lates calcarifer was introduced in Tahiti in 1984 and then was domesticated without other introduction. Three successive generations have been obtained in captivity. Tissue samples of the 38 animaIs which represent the total Tahitian broodstock were preserved in alcohol to be genotyped with four microsatellite markers (Yue et al., 2001). Three of four described markers were successfully transferred to the laboratory of genetics of Tahiti (marker LcaM01, LcaM02, LcaM03), as the revelation technology available locally did not allow the use of LcaM04 in routine. The results show that the genetic diversity of the tahitian broodstock is not equivalent of the one of the species, which could be explained by the small size of the founder population, which is consistant with the history of the Tahitian population. The structuration of the 4th generation into several batches obtained from different parents appears to be the minimum management procedure to limit inbreeding.
Le loup tropical Lates calcarifer a été introduit à Tahiti en 1984 puis domestiqué sans apport d'animaux extérieurs. Trois générations successives ont été obtenues en captivité. Des prélèvements de tissus sur les 38 géniteurs qui constituent l'intégralité du stock de reproducteurs tahitiens sont conservés dans l'alcool pour être génotypés à l'aide de quatre marqueurs microsatellites (Yue et al., 2001). Trois des quatre marqueurs décrits ont pu être transférés avec succès au laboratoire de génétique de Tahiti (marqueurs LcaM01, LcaM02, LcaM03), la technique de révélation disponible localement ne permettant pas d'utiliser LcaM04 en routine. Les résultats montrent qu'on ne dispose pas à Tahiti de toute la variabilité génétique de l'espèce, ce qui pourrait s'expliquer, compte tenu de l'histoire de cette population, par un faible nombre de géniteurs fondateurs. La structuration de la 4ème génération en plusieurs lots issus de parents différents apparaît comme la mesure de gestion minimale pour limiter la consanguinité au sein de cette population.

Droits : 2003 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00142/25300/23372.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00142/25300/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : The Latin American shrimp Litopenaeus stylirostris was introduced in three different Pacific islands (Tahiti, New Caledonia via Tahiti, and Hawaii) and hatchery-propagated for 7-25 generations to develop shrimp farming based on these domesticated stocks. Three microsatellite markers have been used in an attempt to assess the genetic bases of the populations available to start a selective breeding program. The comparison of eight hatchery stocks (five New Caledonian, two Hawaiian and one Tahitian stocks) and one wild Ecuadorian population showed a much lower variability in the domesticated stocks than in the wild population, especially in New Caledonia and Tahiti (2-3.7 vs. 14-27 alleles per locus; 20-60% vs. 90% expected heterozygosity). The Tahitian and the New Caledonian stocks share the same alleles, suggesting that the loss of alleles occurred during the common past of these populations. On the contrary, New Caledonian and Hawaiian populations share only one common allele at the three loci studied. Although the low genetic variability and the resulting inbreeding of the New Caledonian stocks do not seem to affect their present performance, the results of this study demonstrate the usefulness of the introduction of new stocks in order to increase the potential responses to new controlled or uncontrolled selective pressures. The introduction in New Caledonia of the Hawaiian domesticated stocks, which would provide the local shrimp industry with 40% of the allelic diversity of the species, is advised and preferred to the one of wild animals in order to take advantage (i) of the spontaneous selection which occurred during domestication and (ii) of their favourable sanitary "specific pathogen free" status (no presence of four viruses: WSV, YHV, IHHNV, TSV) which limits the risk of introduction of pathogens.
La crevette d'Amérique latine Litopaenus stylirostris a été introduite dans trois îles du Pacifique (à Tahiti, en Nouvelle-Calédonie via Tahiti, et à Hawaii), et a été ensuite reproduite en écloserie pendant 7 à 25 générations à des fins d'aquaculture. Trois marqueurs microsatellites ont été utilisés pour évaluer les bases génétiques des populations disponibles pour le démarrage d'un programme d'amélioration génétique. L'étude comparative de 8 populations domestiquées (cinq néo-calédoniennes, deux hawaiiennes et une tahitienne) et d'une population sauvage d'Equateur révèle une variabilité très réduite dans les populations d'élevage, en particulier en Nouvelle-Calédonie et à Tahiti (2 à 3.7 allèles par locus au lieu de 14 à 27 en population sauvage ; 20% à 60% d'hétérozygotie au lieu de 90%). Les souches tahitiennes et calédoniennes disposent des mêmes allèles, ce qui suggère que la perte d'allèles a eu lieu lors de l'histoire commune des ces populations. A l'inverse, les populations néo-calédoniennes et hawaiiennes n'ont en commun qu'un seul allèle sur les 3 locus étudiés. Bien que la très faible variabilité génétique du cheptel calédonien ne semble pas affecter ses performances actuelles, les résultats de cette étude démontrent l'utilité de l'introduction de variabilité afin d'augmenter la capacité de réponse à de nouvelles pressions de sélection (contrôlées ou non). L'introduction des souches hawaiiennes en Nouvelle-Calédonie qui permettrait à la filière locale de disposer de 40% de la diversité allélique de l'espèce) est préconisée de préférence à celle d'animaux sauvages afin de bénéficier (i) de la sélection spontanée qu'elles ont subi lors de leur domestication et (ii) de leur statut sanitaire « specific pathogen free, SPF » (absence de 4 virus : WSV, YHV, IHHNV, TSV) qui limite les risques de transferts de pathogènes.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (Elsevier), 2003-12 , Vol. 16 , N. 6 , P. 501-508

Droits : 2003 Published by Elsevier, Paris.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-596.pdf
DOI:10.1016/j.aquliv.2003.07.001
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/596/

Résumé : The New-Caledonian shrimp industry is based on the controlled reproduction of the shrimp Litopenaeus stylirostris, a species which was introduced in the 80s. The major difficulty to which the industry has been faced for 10 years is the occurrence of the "syndrome 93", which corresponds to mortality phases when the temperature falls down in April-May-June. This mortality is associated to the pathogenic bacteria Vibrio penaecida and is expressed at different levels which are variable from year ta year and from pond to pond. No resistance to this pathology has been developed spontaneously. This is likely due to the protocole used to rear spawners, which does not allow to implement an efficient selective pressure at each generation An experimental selection on the criteria of survival after picks of syndrome 93 has been conducted at the Laboratoire Aquacole de Calédonie. The 3rd selected generation demonstrates survival rates improved by 20% during experimental infections with V. penaeicida in comparison with a non selected control population of same genetic origin. The comparison of the correlated responses on the level of expression of 5 genes which are potentially implicated in immunity phenomena (Peneidins, lysozyme, transglutaminase. profiline, annexine) shows that the selected population has a level of expression in lyzozyme twice higher than the control population. This result suggests that the lysozyme could be a genetic marker which could be used in a selective breeding program to he developed in relation with the private hatcheries.
La filière crevette de Nouvelle-Calédonie repose sur la maîtrise de la reproduction contrôlée de la crevette Litopenaeus stylirostris, espèce introduite dans les années 80. La difficulté majeure que rencontre la filière depuis une dizaine d'années est la récurrence du « syndrome 93 », qui correspond à des épisodes de mortalités lors des baisses de température en avril-mai-juin. Ces mortalités sont associées à la bactérie pathogène Vibrio penaeicida et s'expriment à des niveaux d'intensité variable d'une année à l'autre et d'un bassin à l'autre. Aucune résistance vis-à-vis de cette pathologie ne s'est développée spontanément. Ceci est vraisemblablement lié au protocole employé pour l'élevage des géniteurs qui ne permet pas d'exercer une pression de sélection efficace à chaque génération. Une expérience de sélection sur un critère de survie à des épisodes de syndrome 93 a été menée au Laboratoire Aquacole de Calédonie. La 3ème génération sélectionnée montre des survies améliorées de l'ordre de 20% lors d'infections expérimentales à V. penaeicida par rapport à une population témoin non sélectionnée de même origine génétique. La comparaison des réponses corrélées sur le niveau d'expression de 5 gènes potentiellement impliqués dans les phénomènes de défense immunitaire (penaeidine, lysozyme, transglutaminase, profiline, annexine) montre que la population sélectionnée a un niveau d'expression en lysozyme deux fois plus élevé que la population témoin. Ce résultat suggère que le lysozyme pourrait être un marqueur génétique utilisable dans un programme de sélection à développer en relation avec les écloseries de production.

Droits : 2003 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00109/22020/19643.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00109/22020/

Résumé : Genetic consequences of production of Pacific oyster larval in hatchery: drift and selective pressures related to rearing practices. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors were examined: the effects of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and temperature effects. A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of the larval population. The results show that high polymorphic microsatellite-based family assignment is a powerful tool for the study of bivalve larvae genetics. Culling by selective sieving is an advantageous practice at a phenotypic scale, but also represents a substantial risk for diversity loss if parentage assignment is not introduced as a breeding practice. Settlement of slow growing larvae contributes to minimizing the variability of reproductive success and therefore to maximizing genetic diversity. These results corroborate the lower estimations of variability made on broodstocks from French commercial hatcheries relative to natural populations. Temperature exerts an influence on the expression of genetic variability for larval growth. A temperature of 26°C, coupled with culling could amplify the selective effect. Furthermore, selection of fast growing larvae has proven to counteract inbreeding depression at this stage. Genetic effects of intensive rearing conditions are significant and should be taken into account in hatchery practices, especially in terms of genetic diversity management.
Afin d'étudier les conséquences génétiques des pratiques de production de larves en écloserie d'huître creuse, deux facteurs ont été examinés : l'effet de l'élimination des plus petites larves et l'effet de la température. Une approche de familles élevées en mélange a été utilisée afin d'avoir accès à l'information génétique au stade larvaire. Les résultats obtenus montrent que l'assignation de parenté basée sur des marqueurs microsatellites hautement discriminants est un outil performant pour les études génétiques en phase larvaire. Bien qu'avantageuse d'un point de vue phénotypique, la pratique de tamisage sélectif représente un risque substantiel de perte de diversité si cette pratique n'est pas associée à une assignation de parentée par empreintes génétiques. La fixation des larves à croissance lente permet de minimiser la variabilité du succès reproducteur et de fait, de maximiser la variabilité génétique. Ces résultats corroborent les estimations de variabilité sur les stocks d'écloseries commerciales françaises où l'on constate une diversité allélique inférieure à celle de populations issues du milieu naturel. La température exerce également une influence sur la précocité de l'expression de la variabilité génétique pour la croissance larvaire. Ainsi une température élevée (26°C) associée à une procédure de tamisage peut amplifier l'effet sélectif. Enfin, la sélection de larves à croissance rapide semble démontrée, s'opposant à la dépression de consanguinité présumée en phase larvaire. Les conditions d'élevage peuvent donc avoir un effet génétique significatif qui devrait être pris en considération dans les pratiques d'écloserie, notamment dans la gestion de la diversité génétique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/rapport-1459.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1459/

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Depuis le xviie siècle, le canal du Midi connaît des conflits d’usage et des paysages forts différents. Actuellement, les Voies Navigables de France (VNF) comme la population locale et les touristes se confrontent à une crise paysagère et environnementale majeure. La disparition des platanes centenaires à cause du champignon et de l’épidémie du chancre coloré est inéluctable. Cette crise bouleverse les niveaux d’information et de perception d’un espace touristique de première importance pour la France avec une inscription au patrimoine mondial de l’Unesco en 1996. Les arbres sont un marqueur d’une identité paysagère et de représentations touristiques très fortes. À partir d’une recherche archivistique inédite portant sur l’évolution du paysage et de l’action des acteurs, couplée à une enquête de terrain entre 2008 et 2013 sur le comportement des touristes et des promeneurs, nos résultats montrent que l’action de protection et de conservation de ce paysage rentrent dans une alliance renouvelée entre le tourisme de masse et le tourisme responsable, ils en deviennent interdépendants. La communication et la pédagogie environnementale auprès du grand public sur le degré de nature de ce site rentrent aussi dans une action à son tour résiliente et de développement durable, les ambivalences des comportements des usagers dans leur vision d’un site touristique hybride s’observent.
Since the seventeenth century, the canal du Midi known conflicts of use and a variety of landscapes. Currently, Waterways of France (VNF) as the local population and tourists are confronted with a major landscape and environmental crisis. The disappearance of the old plane because of the fungus and the epidemic of colored canker is inevitable. This crisis disrupts levels of information and perception of a tourist area of prime importance for France with an inscription on the World Heritage by UNESCO in 1996. Trees are a marker of landscape identity and tourist representations very strong. From unprecedented archival research on the changing landscape and action actors, coupled with fieldwork between 2008 and 2013 on the behavior of tourists and walkers, our results show that the action of protection and conservation of the landscape fit into a renewed relationship between mass tourism and alternative tourism alliance, they become interdependent. Communication and environmental education to the public on the state of nature of this site are also included in an action to turn its resilient and sustainable development, the ambivalences of user behavior in their vision of a hybrid attraction are observed.
Desde el siglo XVII, el canal du Midi conocido conflictos de usar y varios paisajes. Actualmente, Vías Navegables de Francia (VNF) como la población local y los turistas se enfrentan a una crisis ambiental y paisaje. La desaparición de los plátanos por el champiñón y la epidemia del cancro colorido es inevitable. Esta crisis altera los niveles de información y la percepción de una zona turística de gran importancia para Francia con una inscripción en el Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1996. Los árboles son un marcador de la identidad del paisaje y representaciones turísticas muy fuertes. De investigación de archivo original sobre la evolución del paisaje y la acción de los actores, junto con el trabajo de campo entre 2008 y 2013 en el comportamiento de los turistas y caminantes locales, nuestros resultados muestran que la acción de protección y conservación de la forma del paisaje en una renovada relación y la alianza entre el turismo de masas y el turismo alternativo, se vuelven interdependientes. Comunicación y educación ambiental al público sobre el estado de la naturaleza de este sitio se incluyen en una acción para activar su desarrollo resiliente y sostenible, las ambivalencias de comportamiento de los usuarios en su visión de un sitio turístico híbrido se observan.
France
Canal du Midi

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.7566
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/7566

Éditeur(s) : HAL CCSD BioMed Central
Résumé : Le régime de reproduction de Dicorynia guianensis (caesalpiniaceae), arbre de la forêt guyanaise a été étudié à l'aide des marqueurs enzymatiques. Le matériel végétal a été collecté en 1993 et 1995, sur le dispositif sylvicole de Paracou. Le taux d'allofécondation moyen de la population est élevé, tm = 0,85, stable d'une année à l'autre malgré une variation importante du taux de floraison. Le taux individuel varie entre les arbres mais aucune corrélation n'a pu être établie avec des facteurs spatiaux, densité de floraison ou distance aux plus proches voisins. L'hétérogénéité des nuages polliniques est sensible au niveau des agrégats et des arbres individuels, échelle spatiale où se déploie l'activité des insectes pollinisateurs. Nous n'avons en évidence aucune corrélation spatiale entre compositions des nuages polliniques individuels. Des distances de migration du pollen de 190 mètres ont été mise en évidence grâce aux allèles rares. Aucune différence significative du régime de reproduction de D. guianensis n'a été trouvée entre parcelles traitées et parcelles témoin du dispositif.
ISSN: 0999-193X

hal-01032370
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032370

Résumé : La distribution actuelle des espèces d’arbres des forêts tropicales humides amazoniennes est le résultat de processus dynamiques sur lesquels les perturbations passées, d’origine climatique ou anthropique, peuvent avoir jouées un rôle majeur. Des outils génétiques actuels associés à des méthodes d’analyses puissantes permettent d’inférer et de dater l’empreinte génomique des évènements démographiques subits par les populations naturelles. Le but de cette thèse est de contribuer à une vision d’ensemble de l’évolution démographique de la forêt tropicale humide du plateau des Guyanes pendant le Quaternaire. J’ai d’abord étudié les propriétés des microsatellites (répétitions simple de séquences, SSR) et les limites de leurs applications en tant que marqueurs moléculaires en phylogéographie. Plusieurs allèles SSR contenu dans diverses populations de trois genres d’arbres différents ont été séquencés et le polymorphisme, porté par chaque partie des fragments ADN contenant des SSR, a été étudié. J’ai observé que la quantité de variation génétique était aussi importante dans les régions encadrant le microsatellite que dans le SSR lui-même. Ces régions ont contribué significativement à l’information phylogénétique et ont parfois été la principale source de différenciation entre les individus et les populations. Cette expérience m’a permis de choisir la meilleure stratégie à adopter pour traiter les données de variation génétique des SSR dans des modèles démographiques. J’ai ensuite utilisé ces marqueurs SSR et des méthodes ABC pour étudier l’impact local des occupations humaines précolombiennes sur les forêts en Guyane française. Les changements démographiques subis par des populations de quatre espèces d’arbres ont été comparés entre cinq sites occupés et quatre sites non perturbés. Les perturbations naturelles et induites par l’homme ont contribué à la mise en place de la diversité observée actuellement, comme le suggère des signatures d’effet fondateur détectées sur les sites perturbés ou non. Néanmoins, la taille des populations fondatrices semble être proportionnelle à l’impact humain estimé, indiquant que les perturbations anthropique ont induit un remplacement des populations plus important que les processus écologiques naturels. Pour terminer, j’ai mené une étude de démographie comparative d’espèces d’arbres tropicaux à l’échelle régionale de la Guyane française. Cinq scénarios démographiques ont été testés pour neuf populations de huit espèces en utilisant des microsatellites nucléaires et des séquences chloroplastiques. Les changements démographiques les plus récents détectés convergent vers une signature générale d’expansion de la forêt humide depuis probablement la dernière glaciation. Cela peut suggérer, soit que la composition des forêts du plateau des Guyanes était différente, ou que le couvert forestier était moins étendu. Ce résultat constitue le premier indice de changement passé, probablement d’origine climatique, subi par les communautés forestières du plateau des Guyanes ; qui n’avait jusque-là pas pu être testé avec des méthodes standards en raison d’un manque de fossiles. En conclusion, j’ai recueilli des preuves génétiques que les perturbations, à différents échelles de temps, ont marqué la structure et la composition génétique des forêts du plateau des Guyanes. L’application de ces méthodes à d’autres régions Néotropicales pourrait contribuer, à l’avenir, à reconstruire l’histoire écologique de la forêt amazonienne de façon détaillée.
The current tree species distribution in Amazonian tropical rainforests is the outcome of dynamic processes in which past perturbations, climatic or anthropogenic, may have played a major role. Currently available genetic tools associated with powerful analytical methods allow inferring and dating the genomic imprint of demographic events undergone by natural populations. The aim of my thesis is to contribute to an overview of the demographic evolution of the tropical rainforest in the Guiana shield during the Quaternary. I have first studied the properties of microsatellites or Simple sequence repeat (SSR) and the limits in their applications as molecular markers in phylogeography. Several SSR alleles in multiple populations of three divergent tree genera have been sequenced and the sources of polymorphisms, carried by each portion of SSR-containing DNA amplicons, have been broken apart. I have observed that the amount of variation was as large in flanking regions as in the SSR itself. The former contributed significantly to the phylogenetic information and sometimes was the main source of differentiation among individuals and populations. This experiment allowed me to choose the best strategy to treat SSR variation in demographic modeling. I have subsequently used SSR markers and ABC methods to study the impact of pre-Columbian human settlements at the local level on rainforests in French Guiana. Demographic changes undergone by populations of four tree species were compared between five settled and four undisturbed sites. Both natural turnover and human-induced disturbances appeared as shaping currently observed genetic diversity, with signatures of founder effect both at disturbed and undisturbed sites. Nevertheless, the size of founding populations appeared to be proportional to the estimated human impact, suggesting that human-made disturbance caused deeper population turnover than background ecological processes. Finally, I have conducted a comparative demography study of tropical tree species at the regional level across French Guiana. Five demographic scenarios have been tested for nine populations from eight species using both nuclear microsatellites and chloroplastic sequences. The most recent demographic signals detected converge on a global signature of expansion of the rainforest since probably the last glaciation. This finding can suggest either that the composition of the Guiana shield rainforests was different, or that its global extent was smaller, during earlier epochs of the Pleistocene than today. This result is the first firm indication of changes undergone by the forest communities of the Guiana shield in the distant climatic past – something which could not be tested with standard methods due to almost complete lack of fossil evidence. In conclusion, I have gathered genetic evidence that disturbances, both in historical and geological times, have marked the structure and composition of forests in the Guiana shield.The extensive application of these methods to other regions of the Neotropics maycontribute, in the future, to the detailed reconstruction of the ecological history ofAmazonian forests.

http://www.theses.fr/2012AGUY0568/document

Résumé : Le genre Crassostrea regroupe de nombreuses espèces dont la répartition mondiale s'étend sur une grande partie des régions côtières des basses et moyennes latitudes. La classification des différentes espèces décrites à partir des critères morphologiques et de répartition géographique est aujourd'hui remise en cause dans de nombreux cas par les nouvelles études utilisent les techniques récentes de biologie moléculaire. C'est en particulier grâce à l'apport des séquences génomiques variables, qu'il a été possible de déterminer différentes espèces présentes sur les côtes africaines et américaines (Lapègue & al.). La présence de l'espèce C. gasar, d'abord décrite en Afrique, a ainsi été montré en Amérique. La répartition de cette espèce sur les deux continents laisse supposer que les barrières géographiques on induit une limitation des flux géniques et donc permis une divergence génétique des populations. Pour confirmer cette hypothèse une étude génétique des populations sur 3 populations de chaque continent a donc été réalisée. Elle s'est basée sur le marqueur nucléaire ITS2, séquence non transcrite et variable du génome nucléaire. Il a donc été possible, grâce aux techniques de RFLP (restriction fragments length polymorphisme) de démontrer une forte différenciation génétique entre les deux continents. Cependant le séquençage montre une divergence nucléotidique faible (3%). Ceci laisse supposer qu'il n'y a pas de flux génique entre les deux continents, et que les populations ont divergé récemment. De plus, le polymorphisme intracontinental observé uniquement en Afrique nous laisse supposer les populations américaines seraient originaires d'Afrique. La mise au point du séquençage et la lecture de deux séquences pour des individus de chaque continent a de plus permis de sélectionner de nouvelles enzymes de restriction utilisable en RFLP pour poursuivre l'étude du polymorphisme entre les populations.

Droits : 2001 Univ. La Rochelle, Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14407/11700.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14407/

Résumé : En Guadeloupe, la prévalence du diabète est deux fois plus élevée qu'en France hexagonale, avec une prédominance féminine. En dehors des facteurs environnementaux, la vitamine D et certains polymorphismes de gènes impliqués dans son métabolisme seraient associés à un risque de pathologies métaboliques. Les androgènes sont également associés aux anomalies du métabolisme glucidique, soit directement, soit via leur transporteur SHBG (Sex Hormone Binding Protein). Nous avons émis les hypothèses de recherche suivantes: 11 le statut en vitamine D et les polymorphismes des gènes impliqués dans son métabolisme pourraient être associés aux paramètres métaboliques chez des sujets Afro-Caribéens (AC). Ils expliqueraient l'importance des pathologies cardiométaboliques en Guadeloupe. 2/ la SHBG pourrait être associée aux anomalies du métabolisme glucidique, indépendamment des stéroïdes sexuels. Nos travaux sont présentés dans 4 études. Nous avons mis en évidence une prévalence élevée du déficit en vitamine D chez les sujets AC diabétiques de type 2. Nous avons trouvé une association significative entre le statut vitaminique D et le risque cardiométabolique chez ces sujets, mais aussi dans une population de sujets en hémodialyse chronique. Les polymorphismes des gènes impliqués dans le métabolisme de la vitamine D sont aussi associés à ce risque. Chez les sujets dysmétaboliques, une relation entre la SHBG, la graisse intra-hépatique, les hépatokines et les paramètres métaboliques a été mise en évidence, indépendamment des stéroïdes sexuels. En conclusion, la vitamine D et la SHBG pourraient être des marqueurs d'intérêt pour le dépistage des sujets à haut risque cardiométabolique.
In Guadeloupe, the prevalence of diabetes is two times higher than in Metropolitan France, with a female predominance. Apart from environmental factors, vitamin D and polymorphisms of genes involved in vitamin D metabolism would be associated with increased risk of metabolic diseases. Androgens are also associated with abnormal glucose metabolism, directly or through the Sex Hormone Binding Protein (SHBG). Our main hypotheses were: 11 Vitamin D status and polymorphisms of genes involved in its metabolism may be associated with metabolic pammeters in Afro-Caribbean (AC). They could explain the importance of cardiometabolic diseases in Guadeloupe. 2/ SHBG may be associated with abnormal glucose metabolism, independently of sex steroids. Our research is presente
http://www.theses.fr/2012AGUY0536/document

Résumé : Les objectifs pour l'année 1997 étaient les suivants : • Poursuivre les premières reproductions des espèces pour lesquelles nous disposons de géniteurs GO. L'objectif est toujours de limiter le stockage d'animaux importés en produisant une descendance simultanément à des témoins C. gigas qui serviront de comparaison. • Tenter des hybridations inter-spécifiques des différents taxons présents au sein du conservatoire en fonction des connaissances disponibles dans la littérature sur ce sujet (voir pour revue Gaffney et Allen, 1993). • Importer de nouvelles souches ou espèces. Élargir la gamme des espèces présentes au sein du conservatoire de souches (les capacités d'accueil de la salle de quarantaine étant limitée).

Droits : 1997 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15519/12906.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15519/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Le régime de reproduction de Dicorynia guianensis (caesalpiniaceae), arbre de la forêt guyanaise a été étudié à l'aide des marqueurs enzymatiques. Le matériel végétal a été collecté en 1993 et 1995, sur le dispositif sylvicole de Paracou. Le taux d'allofécondation moyen de la population est élevé, tm = 0,85, stable d'une année à l'autre malgré une variation importante du taux de floraison. Le taux individuel varie entre les arbres mais aucune corrélation n'a pu être établie avec des facteurs spatiaux, densité de floraison ou distance aux plus proches voisins. L'hétérogénéité des nuages polliniques est sensible au niveau des agrégats et des arbres individuels, échelle spatiale où se déploie l'activité des insectes pollinisateurs. Nous n'avons en évidence aucune corrélation spatiale entre compositions des nuages polliniques individuels. Des distances de migration du pollen de 190 mètres ont été mise en évidence grâce aux allèles rares. Aucune différence significative du régime de reproduction de D. guianensis n'a été trouvée entre parcelles traitées et parcelles témoin du dispositif.
Colloque BRG/USTL. Méthodologie de gestion et de conservation des ressources génétiques
Lille, France

hal-01032382
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032382