Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
Domestication can influence many functional traits in plants, from overall life-history and growth form to wood density and cell wall ultrastructure. Such changes can increase fitness of the domesticate in agricultural environments but may negatively affect survival in the wild. We studied effects of domestication on stem biomechanics in manioc by comparing domesticated and ancestral wild taxa from two different regions of greater Amazonia. We compared mechanical properties, tissue organisation and wood characteristics including microfibril angles in both wild and domesticated plants, each growing in two different habitats (forest or savannah) and varying in growth form (shrub or liana). Wild taxa grew as shrubs in open savannah but as lianas in overgrown and forested habitats. Growth form plasticity was retained in domesticated manioc. However, stems of the domesticate showed brittle failure. Wild plants differed in mechanical architecture between shrub and liana phenotypes, a difference that diminished between shrubs and lianas of the domesticate. Stems of wild plants were generally stiffer, failed at higher bending stresses and were less prone to brittle fracture compared with shrub and liana phenotypes of the domesticate. Biomechanical differences between stems of wild and domesticated plants were mainly due to changes in wood density and cellulose microfibril angle rather than changes in secondary growth or tissue geometry. Domestication did not significantly modify "large-scale" trait development or growth form plasticity, since both wild and domesticated manioc can develop as shrubs or lianas. However, "finer-scale" developmental traits crucial to mechanical stability and thus ecological success of the plant were significantly modified. This profoundly influenced the likelihood of brittle failure, particularly in long climbing stems, thereby also influencing the survival of the domesticate in natural situations vulnerable to mechanical perturbation. We discuss the different selective pressures that could explain evolutionary modifications of stem biomechanical properties under domestication in manioc.
PLoS ONE

halsde-00917926
https://hal.archives-ouvertes.fr/halsde-00917926
https://hal.archives-ouvertes.fr/halsde-00917926/document
DOI : 10.1371/journal.pone.0074727

Éditeur(s) : La Propaganda literaria La Propaganda literaria ( Habana )
Résumé : (Statement of Responsibility) por D. Francisco Javier Balmaseda, ampliados con estudios sobre el porvenir de varios productos agrícolas, los mejores mercados de su consumo, etc., y un tratado sobre cría de aves domésticas ... también se incluye algo sobre apicultura ... ganadería ... etc.
Subtitle varies.
Cuba

002811435
14817984
ANT9924

Éditeur(s) : Elsevier Science Bv
Résumé : A 30-day trial was performed to evaluate the reproductive performance of wild and 2nd generation domesticated Farfantepenaeus duorarum broodstock. Changes in biochemical composition and fatty acids (FA) profile in the 1st and 4th spawn order females were used as indicators of nutritional condition. Wild population of F. duorarum presented significantly better reproductive outcomes as compared to domesticated ones. Wild spawners achieved significantly higher number of eggs per spawn, number of egg per spawn per g of spawner's body weight and number of nauplii per spawn (P<0.05). Latency period was significantly shorter (P<0.05) for wild than for domesticated females (11 vs 17 days). Wild spawners also presented less mortality (6 vs 12%), higher number of total spawns (51 vs 33), spawns per ablated and per spawning females as well as higher total eggs and nauplii production. On the other hand, domesticated females presented higher number of females that spawned at least once (89 vs 76%). The higher spawning activity was reflected in lower levels of acylglycerides (AG) and cholesterol content in wild hepatopancreas (HP) and ovary (OV) (P<0.05). FA profile, mainly represented by ARA, EPA and sum of n-3 were higher in hepatopancreas and ovary of wild females, however lower levels were detected in eggs as a result of a high spawning activity. Multivariate analysis performed to detected simultaneous variation in biochemical variables indicated AG as variation pattern's responsive. (c) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.
Aquaculture (0044-8486) (Elsevier Science Bv), 2012-05 , Vol. 344 , P. 194-204

Droits : 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/00079/19042/17214.pdf
DOI:10.1016/j.aquaculture.2012.03.014
http://archimer.ifremer.fr/doc/00079/19042/

Éditeur(s) : La Propaganda literaria La Propaganda literaria ( Habana )
Résumé : (Statement of Responsibility) por D. Francisco Javier Balmaseda, ampliados con estudios sobre el porvenir de varios productos agrícolas, los mejores mercados de su consumo, etc., y un tratado sobre cría de aves domésticas ... también se incluye algo sobre apicultura ... ganadería ... etc.
Subtitle varies.
Cuba

002811435
14817984
ANT9924

Éditeur(s) : St. Thomas, V.I. : University of the Virgin Islands, Eastern Caribbean Center St. Thomas, V.I. : University of the Virgin Islands, Eastern Caribbean Center ( St. Thomas, V.I.: Eastern Caribbean Center )
Résumé : Contents: The Caribbean : diversity and typology of identities / Caribbean masculinity and educational failure Health and the mid-life and older woman / The Caribbean potential for ecotourism / La vilencia domestica como obstaculo para el desarrollo

Droits : All rights reserved by the source institution.
F1609.5 .M88 1996
http://ufdc.ufl.edu/AA00020273/00001

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Enamel formation requires the involvement of secretory calcium-binding phosphoproteins. Three of them, amelogenin (AMEL), ameloblastin (AMBN) and enamelin (ENAM), have been extensively studied in mammals. More recently, a fourth protein belonging to the same family has been identified: amelotin (AMTN). AMTN has only been studied in rodents and its role during amelogenesis remains unclear.The aim of this thesis is to extend the knowledge on AMTN by studying its evolution in amniotes and its expression in the lizard Anolis carolinensis.AMTN sequences from many amniote species have been extracted from databases or obtained by PCR, and analyzed. Those analyses allowed us to reveal differences in the gene structure and to highlight residues that were conserved during mammalian or amniote evolution. These conserved amino acids are essential to the structure and/or function of the protein.The expression of AMTN and of AMEL, AMBN and ENAM has been studied by in situ hybridization on lizard jaw sections. Comparison of the expression pattern of these genes during amelogenesis in the lizard with that described in rodents points to similarities (AMEL, AMBN and ENAM) but also to important differences, especially in the spatio-temporal expression of AMTN. In order to better understand AMTN evolution in tetrapods, I studied its expression in an amphibian (Pleurodeles waltl) and a marsupial (Monodelphis domestica).Taken together, these results suggest a link between the evolution of AMTN gene structure (loss of exons and of functional domains in mammals) and its expression (early in non-mammals versus late in mammals) with the emergence of prismatic structure of enamel in early mammals.
La formation de l'émail dentaire met en jeu des phosphoprotéines sécrétées liant le calcium. Parmi celles-ci figurent amélogénine (AMEL), améloblastine (AMBN) et énaméline (ENAM), qui ont fait l'objet de nombreuses études chez les mammifères. Plus récemment, une quatrième protéine de la même famille a été découverte, l'amélotine (AMTN). Elle n'a été étudiée que chez les rongeurs et son rôle au cours de l'amélogenèse reste mal défini. L'objectif de cette thèse est d'élargir les connaissances sur AMTN en étudiant son évolution chez les amniotes et son expression au cours de l'amélogenèse chez le lézard Anolis carolinensis. Les séquences d'AMTN d'un grand nombre d'amniotes ont été extraites des bases de données ou obtenues par PCR, et analysées. Ces analyses ont mis en évidence différentes structures géniques et des acides aminés très conservés au cours de l'évolution. Cette conservation indique qu'ils sont essentiels à la structure ou à la fonction de la protéine. L'expression d'AMTN ainsi que celle d'AMEL, AMBN et ENAM ont été étudiées par hybridation in situ sur des coupes de mâchoires de lézard. La comparaison des patrons d'expression chez le lézard avec ceux décrits chez la souris a révélé des différences dans l'expression spatio-temporelle d'AMTN. De ce fait, afin de mieux comprendre l'évolution de ce gène, son expression a été étudiée chez un amphibien (Pleurodeles waltl) et un marsupial (Monodelphis domestica).Ces travaux suggère un lien entre l'évolution de la structure génique d'AMTN (perte d'exons et de domaines fonctionnels) et de son expression (précoce versus tardive) avec l'émergence de la structure prismatique de l'émail chez les mammifères.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01154518

NNT : 2015PA066066
tel-01154518
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01154518
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01154518/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01154518/file/2015PA066066.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Nature Publishing Group
Résumé : International audience
The understanding of crop domestication is dependent on tracking the original geographical distribution of wild relatives. The faba bean (Vicia faba L.) is economically important in many countries around the world; nevertheless, its origin has been debated because its ancestor could not be securely identified. Recent investigations in the site of el-Wad (Mount Carmel, Israel), provide the first and, so far, only remains of the lost ancestor of faba bean. X-ray CT scan analysis of the faba beans provides the first set of measurements of the biometry of this species before its domestication. The presence of wild specimens in Mount Carmel, 14,000 years ago, supports that the wild variety grew nearby in the Lower Galilee where the first domestication was documented for Neolithic farmers 10,200 years ago.
ISSN: 2045-2322

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by/
hal-01417973
http://hal.upmc.fr/hal-01417973
http://hal.upmc.fr/hal-01417973/document
http://hal.upmc.fr/hal-01417973/file/srep37399.pdf
DOI : 10.1038/srep37399

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : The Latin American shrimp Litopenaeus stylirostris was introduced in three different Pacific islands (Tahiti, New Caledonia via Tahiti, and Hawaii) and hatchery-propagated for 7-25 generations to develop shrimp farming based on these domesticated stocks. Three microsatellite markers have been used in an attempt to assess the genetic bases of the populations available to start a selective breeding program. The comparison of eight hatchery stocks (five New Caledonian, two Hawaiian and one Tahitian stocks) and one wild Ecuadorian population showed a much lower variability in the domesticated stocks than in the wild population, especially in New Caledonia and Tahiti (2-3.7 vs. 14-27 alleles per locus; 20-60% vs. 90% expected heterozygosity). The Tahitian and the New Caledonian stocks share the same alleles, suggesting that the loss of alleles occurred during the common past of these populations. On the contrary, New Caledonian and Hawaiian populations share only one common allele at the three loci studied. Although the low genetic variability and the resulting inbreeding of the New Caledonian stocks do not seem to affect their present performance, the results of this study demonstrate the usefulness of the introduction of new stocks in order to increase the potential responses to new controlled or uncontrolled selective pressures. The introduction in New Caledonia of the Hawaiian domesticated stocks, which would provide the local shrimp industry with 40% of the allelic diversity of the species, is advised and preferred to the one of wild animals in order to take advantage (i) of the spontaneous selection which occurred during domestication and (ii) of their favourable sanitary "specific pathogen free" status (no presence of four viruses: WSV, YHV, IHHNV, TSV) which limits the risk of introduction of pathogens.
La crevette d'Amérique latine Litopaenus stylirostris a été introduite dans trois îles du Pacifique (à Tahiti, en Nouvelle-Calédonie via Tahiti, et à Hawaii), et a été ensuite reproduite en écloserie pendant 7 à 25 générations à des fins d'aquaculture. Trois marqueurs microsatellites ont été utilisés pour évaluer les bases génétiques des populations disponibles pour le démarrage d'un programme d'amélioration génétique. L'étude comparative de 8 populations domestiquées (cinq néo-calédoniennes, deux hawaiiennes et une tahitienne) et d'une population sauvage d'Equateur révèle une variabilité très réduite dans les populations d'élevage, en particulier en Nouvelle-Calédonie et à Tahiti (2 à 3.7 allèles par locus au lieu de 14 à 27 en population sauvage ; 20% à 60% d'hétérozygotie au lieu de 90%). Les souches tahitiennes et calédoniennes disposent des mêmes allèles, ce qui suggère que la perte d'allèles a eu lieu lors de l'histoire commune des ces populations. A l'inverse, les populations néo-calédoniennes et hawaiiennes n'ont en commun qu'un seul allèle sur les 3 locus étudiés. Bien que la très faible variabilité génétique du cheptel calédonien ne semble pas affecter ses performances actuelles, les résultats de cette étude démontrent l'utilité de l'introduction de variabilité afin d'augmenter la capacité de réponse à de nouvelles pressions de sélection (contrôlées ou non). L'introduction des souches hawaiiennes en Nouvelle-Calédonie qui permettrait à la filière locale de disposer de 40% de la diversité allélique de l'espèce) est préconisée de préférence à celle d'animaux sauvages afin de bénéficier (i) de la sélection spontanée qu'elles ont subi lors de leur domestication et (ii) de leur statut sanitaire « specific pathogen free, SPF » (absence de 4 virus : WSV, YHV, IHHNV, TSV) qui limite les risques de transferts de pathogènes.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (Elsevier), 2003-12 , Vol. 16 , N. 6 , P. 501-508

Droits : 2003 Published by Elsevier, Paris.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-596.pdf
DOI:10.1016/j.aquliv.2003.07.001
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/596/

Éditeur(s) : La Propaganda literaria La Propaganda literaria ( Habana )
Résumé : (Statement of Responsibility) por D. Francisco Javier Balmaseda, ampliados con estudios sobre el porvenir de varios productos agrícolas, los mejores mercados de su consumo, etc., y un tratado sobre cría de aves domésticas ... también se incluye algo sobre apicultura ... ganadería ... etc.
Subtitle varies.
Cuba

002811435
14817984
ANT9924

Éditeur(s) : Actes du 6e colloque national BRG, La Rochelle, 2-3-4 octobre 2006
Résumé : Previous studies have shown heritable variation in larval developmental traits in the Pacific oyster Crassostrea gigas. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors, specific to hatcheries, were examined: the effect of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and the effect of temperature (20°C versus 26°C). A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of larval populations and family assignment, limiting possible environmental bias and allowing the study of a relatively large number of families using a limited number of larval tanks. Our results show that three multiplexed highly polymorphic microsatellite markers are a powerful tool for family assignment and, consequently, for the study of bivalve larvae genetics. Culling, by selective sieving of the smallest larvae is an advantageous practice at a phenotypic scale as it reduced variance in larval size, variance of developmental rate and time to settlement. Culling of 50% of the larval population only led to 15% less spat, showing a positive phenotypic correlation between larval growth and settlement success. However, culling represents a substantial risk for diversity loss, because it increases the variance of reproductive success among parental oysters. The effective population sizes of early settling cohorts of settlement were lower than those of later ones. Our results show that the settlement of slow growing larvae significantly contributes to minimizing the variability of reproductive success and therefore to maximizing genetic diversity. These results corroborate the low estimations of variability of broodstocks sampled in several French commercial hatcheries, relative to natural populations. The genetic composition of the larval population and the resulting spat was significantly different between the two tested temperatures, revealing genotype x environment interaction for survival. Similarly, genotype x environment interaction was also observed for larval growth as a higher temperature exerted a positive influence on the expression of genetic variability for this trait. Consequently, we can conclude that a temperature of 26°C coupled with culling, to common practice in oyster hatcheries, is likely to amplify the selection pressure for fast growing larvae. To test for this hypothesis, we compared larval developmental traits in the progeny of a hatchery broodstock closed for 7 generations, with the progeny of wild oysters and the two possible hybrids. Our results show that selection of fast growing larvae can counteract presumed inbreeding depression, due to higher mean relatedness among hatchery broodstock than in the wild. Genetic effects of intensive rearing conditions at larval stage are significant and should be taken into account in hatchery practices, especially in terms of genetic diversity management.
Afin d'étudier les conséquences génétiques des pratiques de production en écloserie d'huître creuse, deux facteurs ont été examinés : l'élimination des petites larves et la température. Nos résultats montrent que l'assignation de parenté par marqueurs microsatellites est un outil performant pour les études génétiques en phase larvaire de familles élevées en mélange. Bien qu'avantageux d'un point de vue phénotypique, le tamisage sélectif représente un risque de perte de diversité. La fixation des larves à croissance lente permet en effet de minimiser la variabilité du succès reproducteur et de fait, de maximiser la variabilité génétique. Ces résultats corroborent les estimations de variabilité sur les stocks d'écloseries françaises où l'on constate une diversité allélique inférieure à celle de populations issues du milieu naturel. La température exerce également une influence sur la précocité de l'expression de la variabilité génétique pour la croissance larvaire. Ainsi une température élevée associée à une procédure de tamisage peut amplifier l'effet sélectif. Enfin, la sélection de larves à croissance rapide semble démontrée, s'opposant à la dépression de consanguinité présumée. Les conditions d'élevage peuvent donc avoir un effet génétique significatif qui devrait être pris en considération dans les pratiques d'écloserie, notamment dans la gestion de la diversité génétique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/acte-1505.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1505/

Éditeur(s) : John Libbey Eurotext ltd
Résumé : How may fish domestication participate in sustainable development of aquaculture? The development of fish farming currently compensates for the stagnation of fishery catches while the market demand continues to increase. The development of fish farming relies on an active diversification of farmed fish species. A diversification based on the farming of native species could reduce the environmental impact of fish culture and could better fit to needs of local markets. Such development could also favour a more integrated local economy. In this context, the building of a generic approach for multi-species domestication is required to optimise the use of the technical and financial means available for fish culture diversification.
Cahiers Agricultures (1166-7699) (John Libbey Eurotext ltd), 2009-04 , Vol. 18 , N. 2 , P. 119-124

Droits : 2009 John Libbey Eurotext ltd
http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/publication-6557.pdf
DOI:10.1684/agr.2009.0293
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6557/

Éditeur(s) : Caribbean & Latin American Aquaculture 2007, 6 - 9 novembre 2007, San Juan, Puerto Rico
Résumé : The Pacific blue shrimp Litopenaeus stylirostris was introduced in New Caledonia thirty years ago. Because of its high inbreeding, a SPF strain domesticated in Hawaii, genetically differentiated from the Caledonian strain, had to be imported. The two strains’ reproductive performances were compared at different periods and cross breedings were assessed. The average results show that Caledonian animals give twice as many nauplii than the Hawaiian animals. The best cross breeding is obtained with Caledonian male x Hawaiian female. A possible explanation is the later age or weight of maturity for the Hawaiian strain compared to the Caledonian strain, difference which could come from the geographical origins and/or the zootechnical and climatic domestication conditions.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30881/29249.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30881/

Résumé : Genetic consequences of production of Pacific oyster larval in hatchery: drift and selective pressures related to rearing practices. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors were examined: the effects of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and temperature effects. A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of the larval population. The results show that high polymorphic microsatellite-based family assignment is a powerful tool for the study of bivalve larvae genetics. Culling by selective sieving is an advantageous practice at a phenotypic scale, but also represents a substantial risk for diversity loss if parentage assignment is not introduced as a breeding practice. Settlement of slow growing larvae contributes to minimizing the variability of reproductive success and therefore to maximizing genetic diversity. These results corroborate the lower estimations of variability made on broodstocks from French commercial hatcheries relative to natural populations. Temperature exerts an influence on the expression of genetic variability for larval growth. A temperature of 26°C, coupled with culling could amplify the selective effect. Furthermore, selection of fast growing larvae has proven to counteract inbreeding depression at this stage. Genetic effects of intensive rearing conditions are significant and should be taken into account in hatchery practices, especially in terms of genetic diversity management.
Afin d'étudier les conséquences génétiques des pratiques de production de larves en écloserie d'huître creuse, deux facteurs ont été examinés : l'effet de l'élimination des plus petites larves et l'effet de la température. Une approche de familles élevées en mélange a été utilisée afin d'avoir accès à l'information génétique au stade larvaire. Les résultats obtenus montrent que l'assignation de parenté basée sur des marqueurs microsatellites hautement discriminants est un outil performant pour les études génétiques en phase larvaire. Bien qu'avantageuse d'un point de vue phénotypique, la pratique de tamisage sélectif représente un risque substantiel de perte de diversité si cette pratique n'est pas associée à une assignation de parentée par empreintes génétiques. La fixation des larves à croissance lente permet de minimiser la variabilité du succès reproducteur et de fait, de maximiser la variabilité génétique. Ces résultats corroborent les estimations de variabilité sur les stocks d'écloseries commerciales françaises où l'on constate une diversité allélique inférieure à celle de populations issues du milieu naturel. La température exerce également une influence sur la précocité de l'expression de la variabilité génétique pour la croissance larvaire. Ainsi une température élevée (26°C) associée à une procédure de tamisage peut amplifier l'effet sélectif. Enfin, la sélection de larves à croissance rapide semble démontrée, s'opposant à la dépression de consanguinité présumée en phase larvaire. Les conditions d'élevage peuvent donc avoir un effet génétique significatif qui devrait être pris en considération dans les pratiques d'écloserie, notamment dans la gestion de la diversité génétique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/rapport-1459.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1459/

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : En Amérique centrale, l’élevage des abeilles sans dard est une pratique vieille d’au moins deux millénaires, qui a connu son apogée à la fin de l’ère maya. Les Méliponinés, sous-famille à laquelle appartiennent ces abeilles, rassemblent près de 500 espèces distribuées pour l’essentiel en zone intertropicale. La plupart d’entre elles nichent dans des cavités d’arbres secs ou sous terre, et affectionnent les forêts ombrophiles où elles assurent un rôle actif dans la pollinisation des plantes sauvages. Sur l’île de Cuba, une seule espèce de méliponinés (Melipona beecheii) est présente, elle a probablement été introduite durant l’époque précolombienne à partir de souches génétiques originaires de la péninsule du Yucatán. Dans les campagnes autour de La Havane, les abeilles mélipones continuent d’être un vecteur de socialisation, car leur domestication correspond souvent à une tradition familiale et parce que les bénéficiaires des produits de la ruche sont des familiers du méliponiculteur. En forêt, en revanche, le miel donne davantage lieu à des pratiques de cueillette. Depuis une vingtaine d’années, la prise de conscience du rôle de l’abeille dans le fonctionnement des écosystèmes et la valeur des services qu’elles seraient susceptibles de rendre à l’agriculture sont à l’origine d’une évolution rapide des représentations sociales associées à l’insecte. Cette évolution contribue à diversifier les profils des éleveurs, à détacher les pratiques du poids des traditions d’élevage ou de cueillette, et à concevoir la méliponiculture comme une activité de loisir voire à envisager son intégration dans une logique marchande.
In central America, stingless beekeeping is a practice older than two thousand years which reached its peak at the end of the Maya era. The melipona sub-family which these bees belong to gather more than 500 species mainly in the intertropical area. Most of them nest in cavities, in dead wood or underground, and have a liking for ombrophile forests where they provide the pollinisation of wild plantes in Cuba. There is only are single species (Melipona beecheii) probably introduced during the pre-colombian era, from genetic strains deriving from the Yucatan peninsula. In the countryside surrounding Havana, the melipona bees are still a vector of socialization, knowing their domestication often results from a familial tradition and is profitable to the beekeeper’s relatives. On the other hand, in the forest, honey is the fruit of gathering. For twenty years now people have been aware of the essential function of bees in the ecosystem and of the valuable services they are able to provide agriculture. This awareness has launched a quick evolution in the social representation of the insect. Thanks to this evolution the beekeepers’ profiles are becoming more diverse, traditions in beekeeping or gathering, weigh less heavily on practices, and the meliponiculture can be regarded as a space-time activity or even a trade one.
Cuba

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.6967
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/6967

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : Two populations of the Latin American shrimp Penaeus (Litopenaeus)stylirostris domesticated in Hawaii and in New Caledonia were previously shown to be genetically differentiated and proven highly inbred. In New Caledonia, where different Vibriosis affect shrimp production and antibiotic use is banned in growing ponds, the Hawaiian population was introduced to increase the allelic variability available for local shrimp farmers and start a genetic improvement program. Growth and survival rates of the two pure populations and the two-way F-1-hybrids obtained by breeding Hawaiian animals with New Caledonian animals were assessed in several simple experiments (earthen ponds, floating cages and experimental infection challenges) during two years on two successive generations. Results were very consistent: F-1-hybrids growth rates in earthen ponds were 37% (+/-7% SD) higher than for pure populations. Cage experiments demonstrated no competition between the different populations when reared together or separately in a common environment. The F-1-hybrids also showed better survival rates in all experiments. Combining the results on growth and survival rates leads to the conclusion that biomass production is much higher with F-1-hybrid populations than with pure populations using the same quantity of juveniles stocked: biomass production in ponds was increased 1.4 and 2.3 times on year I and year 2 respectively, and 1.9 times in floating cages. The advantage of growing F-1-hybrids appeared proportionally higher when environmental and sanitary conditions led to poorer survival (34% in year 2 vs. 56% in year 1). These results are a good example of performance improvement by heterosis effect and/or of performance loss due to inbreeding in the pure populations. This study demonstrates that aquaculture industries which cannot afford large selection programs may benefit from using two different inbred parental stocks to produce F-1-hybrids for each commercial growout. This is notably true when only inbred populations are available, or when introduction of genetic variability from the wild or from other genetic resources represents a zoo-sanitary risk. In our case, the expected increase in L stylirostris production could be around 85% (according to our average results) if producers keep stocking their ponds at their current densities using F-1-hybrids. However, for sustainability reasons, it is advisable to stock F-1-hybrid animals at lower densities, the gain in performance allowing producing the same amount of biomass with less input. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.
Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2008-06 , Vol. 278 , N. 1-4 , P. 43-50

Droits : 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-4316.pdf
DOI:10.1016/j.aquaculture.2008.03.018
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4316/

Éditeur(s) : PSIC 11 - 11th Pacific Science Inter-Congress : Pacific Countries and their Ocean: Facing Local and Global Changes / 2nd Symposium on French Research in the Pacific. March 2 - 6, 2009 Tahiti, French Polynesia
Résumé : Shrimp farming in New Caledonia relies on the culture of a domesticated strain of Litopenaeus stylirostris introduced from Mexico at a time when genetic principles were of little or no consideration. Since then, advances in agriculture and for some aquatic species of importance led caledonian shrimp farmers to reconsider the appropriateness of a genetic improvement strategy adapted to local biotechnical and economical constraints. This questioning involves many different and interrelated aspects: scientific and technologic (genetics, biosecurity, quarantine, ), economic and organizational (financing, diffusion of genetic improvement) and pedagogic (awareness of farmers). Local institutions, producers associations, research centre and sanitary services associated to carry on the test of a first improvement strategy based on the crossing of different strains of L. stylirostris. This conceptually simple approach aimed at eliminating inbreeding, the first genetic limitating factor of improvement in captive populations. A second domesticated strain was obtained from Hawaii by the caledonian farmers, imported through a quarantine under the control of the zoosanitary local authorities, and reproduced and tested as pure or crossbred stocks by Ifremer within the framework of an interdisciplinary research project financed by caledonian institutions. Present results for hybrids (better growth and survival in the absence of virus) demonstrate the validity of this approach. They also bring out the importance to simultaneously integrate in a development scheme, a breeding centre to maintain and reproduce disease free breeders. This strategy and organization, tested in New Caledonia, could possibly be of benefit to other small scale aquaculture activities in the pacific islands.
La filière crevetticole de Nouvelle-Calédonie s’est développée jusqu’à aujourd’hui à partir d’un stock domestiqué de Litopenaeus stylirostris introduit d’Amérique à une époque où les principes de base en génétique n’étaient pas ou peu appliqués en aquaculture. Les avancées récentes en agriculture et chez quelques espèces aquacoles d’importance mondiale ont conduit les acteurs de cette filière à se poser la question de la mise en place d’une stratégie d’amélioration génétique adaptée aux contraintes biotechniques et économiques locales. Cette réflexion comportait à la fois des aspects scientifiques et technologiques (génétique, biosécurité, quarantaine, conservatoire), économiques et organisationnels (coût de l’opération, modalité de diffusion du progrès attendu), pédagogiques (sensibilisation des fermiers). Des acteurs d’horizons différents (institutions locales, association de producteurs, centre de recherche, police zoosanitaire) se sont associés pour monter une opération de testage d’une première stratégie d’amélioration par croisement de souches de la même espèce. Cette stratégie conceptuellement simple visait l’élimination du premier facteur génétique de limitation des performances d’élevage d’une population captive, à savoir une consanguinité d’autant plus élevée que le nombre de géniteurs fondateurs était faible. Une seconde souche domestiquée a ainsi été acquise à Hawaii par les producteurs calédoniens, contrôlée en quarantaine par les services vétérinaires calédoniens en charge de la réglementation sanitaire, reproduite et testée pure et en croisement par l’Ifremer dans le cadre d’un projet de recherche pluridisciplinaire plus large financé par les institutions du Pays. Les résultats obtenus démontrent l’intérêt de la démarche (meilleure croissance, meilleure survie en l’absence de virus). Mais ils montrent aussi l’utilité d’intégrer simultanément dans le plan de développement de la filière une stratégie de conservation des souches parentales afin de disposer de géniteurs exempts de pathogènes. Cette stratégie et cette organisation testées en Nouvelle-Calédonie pourraient vraisemblablement être profitables à d’autres filières aquacoles modestes, en particulier dans les pays insulaires du Pacifique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/29247.pdf
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Éditeur(s) : HAL CCSD Frontiers Media
Résumé : The disease, Heartwater, caused by the Anaplasmataceae E. ruminantium, represents a major problem for tropical livestock and wild ruminants. Up to now, no effective vaccine has been available due to a limited cross protection of vaccinal strains on field strains and a high genetic diversity of Ehrlichia ruminantium within geographical locations. To address this issue, we inferred the genetic diversity and population structure of 194 E. ruminantium isolates circulating worldwide using Multilocus Sequence Typing based on lipA, lipB, secY, sodB, and sucA genes. Phylogenetic trees and networks were generated using BEAST and SplitsTree, respectively, and recombination between the different genetic groups was tested using the PHI test for recombination. Our study reveals the repeated occurrence of recombination between E. ruminantium strains, suggesting that it may occur frequently in the genome and has likely played an important role in the maintenance of genetic diversity and the evolution of E. ruminantium. Despite the unclear phylogeny and phylogeography, E. ruminantium isolates are clustered into two main groups: Group 1 (West Africa) and a Group 2 (worldwide) which is represented by West, East, and Southern Africa, Indian Ocean, and Caribbean strains. Some sequence types are common between West Africa and Caribbean and between Southern Africa and Indian Ocean strains. These common sequence types highlight two main introduction events due to the movement of cattle: from West Africa to Caribbean and from Southern Africa to the Indian Ocean islands. Due to the long branch lengths between Group 1 and Group 2, and the propensity for recombination between these groups, it seems that the West African clusters of Subgroup 2 arrived there more recently than the original divergence of the two groups, possibly with the original waves of domesticated ruminants that spread across the African continent several thousand years ago.
ISSN: 2235-2988

hal-01594501
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01594501/file/paper_MLST_ER_2016_%7B51027B58-C2C7-41C8-9746-BD8A9F387C87%7D.pdf
DOI : 10.3389/fcimb.2016.00111

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
Amelotin (AMTN) is an ameloblast-secreted protein that belongs to the secretory calcium-binding phosphoprotein family, which also includes the enamel matrix proteins amelogenin, ameloblastin and enamelin. Although AMTN is supposed to play an important role in enamel formation, data were long limited to the rodents, in which it is expressed during the maturation stage. Recent comparative studies in sauropsids and amphibians revealed that (i) AMTN was expressed earlier, i.e. as soon as ameloblasts are depositing the enamel matrix, and (ii) AMTN structure was different, a change which mostly resulted from an intraexonic splicing in the large exon 8 of an ancestral mammal. The present study was performed to know whether the differences in AMTN structure and expression in rodents compared to non-mammalian tetrapods dated back to an early ancestral mammal or were acquired later in mammalian evolution. We sequenced, assembled and screened the jaw transcriptome of a neonate opossum Monodelphis domestica, a marsupial. We found two AMTN transcripts. Variant 1, representing 70.8% of AMTN transcripts, displayed the structure known in rodents, whereas variant 2 (29.2%) exhibited the nonmammalian tetrapod structure. Then, we studied AMTN expression during amelogenesis in a neonate specimen. We obtained similar data as those reported in rodents. These findings indicate that more than 180 million years ago, before the divergence of marsupials and placentals, changes occurred in AMTN function and structure. The spatiotemporal expression was delayed to the maturation stage of amelogenesis and the intraexonic splicing gave rise to isoform 1, encoded by variant 1 and lacking the RGD motif. The ancestral isoform 2, housing the RGD, was initially conserved, as demonstrated here in a marsupial, then secondarily lost in the placental lineages. These findings bring new elements towards our understanding of the non-prismatic to prismatic enamel transition that occurred at the onset of mammals.
ISSN: 1932-6203

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by/
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DOI : 10.1371/journal.pone.0133314

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : A study was conducted using a bioenergetics approach to generate information on energy requirement and feed utilization of Litopenaeus stylirostris. Animals (initial mean weight 21 +/- 1 g were fed ad libitum six experimental diets, ranging from 25 to 58% crude protein (CP), for 50 days. Weight gain increased from 21 to 30 g with increasing dietary protein level. Survival rates averaged 80%. Basal metabolism (HeE) and heat increment of feeding (HiE) were monitored using respirometry. HeE was on average I U shrimp(-1) day(-1) or 47 U kg live weight(-1) day (22 kJ/kg(0.8). d(-1)), slightly more than what is observed in fish. HiE averaged 0.2 W/sbrimp(-1) day(-1) or 10 W kg live weight(-1) day(-1) (4 kJ/kg(0.8) d(-1)). It represented 3 1 % and 12% digestible energy intake (DET) for shrimp fed on 58% CP and 25% CP diet respectively. Non-fecal (UE + ZE) energy calculated on the basis of N-ammonia excretion averaged 0.2 jig N-ammonia/g dry wt./ mn or 25 J live shrimp(-1) day(-1) in fasting stage and increased to 40 J in post-prandial stage. Ammonia production increased with increasing dietary crude protein (CP). The O:N ratio indicated that protein was increasingly used as an energy substrate as CP increased. The information was used to construct an energy budget for shrimp fed a protypical 40% CP diet. Gross energy intake (IE) was estimated at 6.5 W live shrimp(-1) day(-1); digestible energy intake (DEI) at 5, urinary and branchial excretion (UE +ZE) at 1.2, total heat production (HE) at 3.2; recovered energy (RE) at 0.6 (or 11% DEI). L. stylirostris adults issued from domesticated strain appeared to be more efficiently utilizing (i.e. converting into carcass energy) protein than carbohydrates. This preliminary energy budget can be used to construct theoretical feed requirement and waste outputs model for L. stylirostris. (C) 2007 Published by Elsevier B.V.
Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2007-10 , Vol. 271 , N. 1-4 , P. 439-448

Droits : 2007 Published by Elsevier B.V.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-6263.pdf
DOI:10.1016/j.aquaculture.2006.05.062
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6263/

Résumé : Depuis 2001, le Service de la Pêche (SPE) a initié un projet de recherche sur la domestication de deux espèces de poissons lagonaires « Mo’i » (Polydactylus sexfilis) et le « Paraha peue », (Platax orbicularis) en collaboration avec l’Ifremer du Centre de Tahiti. La collaboration a pour objectif essentiel de maîtriser le cycle de reproduction complet et la zootechnie des deux espèces. Toutefois, ces élevages ont été rapidement confrontés à des épisodes de mortalités. Pour répondre à ces problèmes récurrents et en fonction des différentes hypothèses émises lors des mortalités, plusieurs techniques d’analyse complémentaires ont été développées (état frais, histologie, bactériologie, biologie moléculaire). Des traitements spécifiques ont été proposés aussi bien au niveau thérapeutique que préventif en soutien à la filière aquacole. Ce rapport de convention comporte cinq parties. La première partie décrit les différentes techniques d’analyse mises en oeuvre pour détecter les principaux organismes pathogènes rencontrés chez les poissons en élevage au COP. Selon les hypothèses infectieuses émises lors des épisodes de mortalités, différentes techniques sont utilisées : état frais, histologie, bactériologie et biologie moléculaire. Dans la deuxième partie, nous détaillons les principaux agents pathogènes rencontrés lors des expertises durant cette convention. Une description précise de chaque bioagresseur est établie, accompagnée des différentes méthodes d’identification et de diagnostic. Des traitements spécifiques sont proposés aussi bien au niveau thérapeutique que préventif. La troisième partie, une description des techniques d’écloserie et d’élevage réalisées au COP est présentée avec un point particulier sur les mesures prophylactiques développées et améliorées. Ces éléments constituent un soutien technique pour la filière aquacole polynésienne. Une partie est consacrée aux différentes collaborations mise en place dans le domaine de la santé aquacole. Elles ont pour objectif l’acquisition de connaissances au niveau du diagnostic, du traitement et de la prévention des pathologies rencontrées en milieu aquacole. La mise en place de ce réseau international d’experts sera un soutien pour un diagnostic précis et rapide des nouvelles pathologies survenants dans les élevages aquacoles polynésiens. La dernière partie de ce rapport retrace l’expertise effectuée par le laboratoire de référence de l’OIE sur les élevages de crevettes (Litopenaeus stylirostris). Cette analyse permet d’évaluer l’état sanitaire actuel des élevages locaux. Il déterminera les mesures de bioscurisation à mettre en oeuvre pour protéger la filière crevetticole.

Droits : 2008 Ifremer, Service de la pêche
http://archimer.ifremer.fr/doc/00128/23884/21817.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00128/23884/