Manioc : Portail | resultats 1 - 10 pour la recherche: Herlin, Jose

Projet Déduction 2007-2010. Bilan par action et annexes
Auteur(s) : Beliaeff, Benoit Laugier, Thierry Chim, Liet Coatanea, Denis Della Patrona, Luc Goyard, Emmanuel Herlin, Jose Labreuche, Yannick

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Toxic factors of Vibrio strains pathogenic to shrimp
Auteur(s) : Goarant, Cyrille Herlin, Jose Brizard, Raphael Marteau, Anne-laure Martin, C Martin, B

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Treacher Collins syndrome: a clinical and molecular study based on a large series of patients.
Auteur(s) : Vincent, Marie Geneviève, David Ostertag, Agnès Marlin, Sandrine Lacombe, Didier Martin-Coignard, Dominique Coubes, Christine David, Albert
Auteurs secondaires : Service de génétique médicale ; Université de Bordeaux (UB) - CHU Bordeaux [Bordeaux] - Groupe hospitalier Pellegrin Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Head of the Department of Medical Genetics ; Head of the Department of Medical Genetics Service de Génétique Clinique et Université Lille 2 ; Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille) Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes] ; Université de Nantes (UN) - CHU Nantes Service de génétique médicale [Toulouse] ; CHU Toulouse [Toulouse] - Hôpital Purpan [Toulouse] Unité de Cytogénétique et Génétique Médicale ; Groupe Hospitalier du Havre - Hôpital Gustave Flaubert Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR) ; Université de Rennes 1 (UR1) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

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Détermination d’indicateurs de performance des élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie
Auteur(s) : Ramage, Yannick Soulard, Benoit Beliaeff, Benoit Herlin, Jose

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Pathotyping of Vibrio Isolates by Multiplex PCR Reveals a Risk of Virulent Strain Spreading in New Caledonian Shrimp Farms
Auteur(s) : Labreuche, Yannick Pallandre, Laurane Ansquer, Dominique Herlin, Jose Wapotro, Billy Le Roux, Frederique

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DEDUCTION : A research project for shrimp farming sustainability in New-Caledonia
Auteur(s) : Beliaeff, Benoit Chim, Liet Della Patrona, Luc Goyard, Emmanuel Herlin, Jose Labreuche, Yannick Walling, Emilie Ansquer, Dominique

Éditeur(s) : The 11th Pacific Science Inter-Congress : Pacific Countries and their Ocean: Facing Local and Global Changes. March 2 - 6, 2009 Tahiti, French Polynesia
Résumé : New Caledonian shrimp farming feasibility studies started in the mid-seventies. Today ca. 2000 tons of Litopenaeus stylirostris, introduced in 1978, are semi-intensively produced each year. Since fifteen years, production has been impacted by two seasonal vibriosis, the “Summer” syndrome caused by Vibrio nigripulchritudo in relation to pond bottom and water column quality, and the “Winter Syndrome” caused by Vibrio penaeicida in relation to drastic temperature drops . With the ambition of elucidating processes possibly leading to mortality outbreaks in ponds, Ifremer has been conducting a research program since 2003 under the DESANS project (2003-2006) and the present DEDUCTION project, equally funded by the South and North Provinces and by the Government of New Caledonia. This program has been designed in a multidisciplinary approach integrating the suspected multifactorial origin of shrimp mortalities. Environment quality in ponds (either sediment or water column) plays a major role in the shrimp ecophysiological status, influencing sensitivity to pathogens . DEDUCTION focuses on a better knowledge of phytoplankton composition and biogeochemical fluxes at the sediment-water interface in ponds. Impact of farm discharges is also investigated. In addition, a more fundamental work is conducted to understand the pathogenicity mechanisms of these two Vibrio species but also to prevent the occurrence of viral infections through a RNA interference approach. Markers of the ecophysiological status of broodstock, larvae, post-larvae and reared animals, such as enzymes testifying from an oxidative stress, are developed. Gain of performance (resistance to pathogens and growth) were obtained on hybrids of the New Caledonian and introduced Hawaiian strains. Finally the database Stylog is exploited in view of discriminating “good” from “bad” rearings on the basis of relevant indicators.
Les études de faisabilité de l'aquaculture de crevettes ont débuté en Nouvelle-Calédonie dans les années soixante dix. Aujourd'hui environ 2000 tonnes de Litopenaeus stylirostris, introduite en 1978, sont produites chaque année de façon semi-intensive. Depuis quinze ans la production a été impactée par deux vibrioses : le syndrome d'été provoqué par Vibrio nigripulchritudo en relation avec la qualité de la tranche d'eau et des fonds de bassins et le syndrome d'hiver provoqué par Vibrio penaeicida en relation avec des chutes rapides de température. Dans le but d'élucider les processus entrainant des mortalités dans les élevages, Ifremer a conduit un programme de recherche depuis 2003 dans le cadre du projet DESANS (2003-2006) puis du présent projet DEDUCTION co-financé par les provinces Nord et Sud et le Gouvernement de la Nouvelle-Calédonie. Ce programme se construit dans une démarche multidisciplinaire intégrant les origines supposées multifactorielles des mortalités de crevettes. La qualité environnementale dans les bassins (les fonds et la colonne d'eau) joue un rôle majeur dans l'état physiologique des animaux, influençant leur sensibilité aux pathogènes. DEDUCTION se focalise sur une meilleure compréhension de la composition phytoplanctonique et des flux bio-géochimiques à l'interface eau/sédiment dans les bassins.L'impact des rejets des fermes est également étudié. En outre, un travail plus fondamental est conduit pour connaître les mécanismes de pathogénicité de ces deux espèces de Vibrio mais aussi pour prévenir les occurences d'infections virales par des approches ARN Interférence. Des marqueurs de l'état physiologique des oeufs, larves, post-larves et animaux en élevage, tels que les enzymes du stress oxydant sont utilisés.Les gains de performance (résistance aux pathogènes et croissance) sont obtenus sur des hybrides issus du croisement de la souche locale avec une souche hawaienne. Finalement la base de données STYLOG est exploitée dans le but de distinguer les bonnes des mauvaises pratiques sur la base d'indicateurs fiables.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25438/23591.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25438/

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Genetic improvement strategy in small aquaculture industries : the new caledonian shrimp experience
Auteur(s) : Goyard, Emmanuel Goarant, Cyrille Brun, Pierre Herlin, Jose Pham, Dominique Beliaeff, Benoit Harache, Yves Loubersac, Lionel

Éditeur(s) : PSIC 11 - 11th Pacific Science Inter-Congress : Pacific Countries and their Ocean: Facing Local and Global Changes / 2nd Symposium on French Research in the Pacific. March 2 - 6, 2009 Tahiti, French Polynesia
Résumé : Shrimp farming in New Caledonia relies on the culture of a domesticated strain of Litopenaeus stylirostris introduced from Mexico at a time when genetic principles were of little or no consideration. Since then, advances in agriculture and for some aquatic species of importance led caledonian shrimp farmers to reconsider the appropriateness of a genetic improvement strategy adapted to local biotechnical and economical constraints. This questioning involves many different and interrelated aspects: scientific and technologic (genetics, biosecurity, quarantine, ), economic and organizational (financing, diffusion of genetic improvement) and pedagogic (awareness of farmers). Local institutions, producers associations, research centre and sanitary services associated to carry on the test of a first improvement strategy based on the crossing of different strains of L. stylirostris. This conceptually simple approach aimed at eliminating inbreeding, the first genetic limitating factor of improvement in captive populations. A second domesticated strain was obtained from Hawaii by the caledonian farmers, imported through a quarantine under the control of the zoosanitary local authorities, and reproduced and tested as pure or crossbred stocks by Ifremer within the framework of an interdisciplinary research project financed by caledonian institutions. Present results for hybrids (better growth and survival in the absence of virus) demonstrate the validity of this approach. They also bring out the importance to simultaneously integrate in a development scheme, a breeding centre to maintain and reproduce disease free breeders. This strategy and organization, tested in New Caledonia, could possibly be of benefit to other small scale aquaculture activities in the pacific islands.
La filière crevetticole de Nouvelle-Calédonie s’est développée jusqu’à aujourd’hui à partir d’un stock domestiqué de Litopenaeus stylirostris introduit d’Amérique à une époque où les principes de base en génétique n’étaient pas ou peu appliqués en aquaculture. Les avancées récentes en agriculture et chez quelques espèces aquacoles d’importance mondiale ont conduit les acteurs de cette filière à se poser la question de la mise en place d’une stratégie d’amélioration génétique adaptée aux contraintes biotechniques et économiques locales. Cette réflexion comportait à la fois des aspects scientifiques et technologiques (génétique, biosécurité, quarantaine, conservatoire), économiques et organisationnels (coût de l’opération, modalité de diffusion du progrès attendu), pédagogiques (sensibilisation des fermiers). Des acteurs d’horizons différents (institutions locales, association de producteurs, centre de recherche, police zoosanitaire) se sont associés pour monter une opération de testage d’une première stratégie d’amélioration par croisement de souches de la même espèce. Cette stratégie conceptuellement simple visait l’élimination du premier facteur génétique de limitation des performances d’élevage d’une population captive, à savoir une consanguinité d’autant plus élevée que le nombre de géniteurs fondateurs était faible. Une seconde souche domestiquée a ainsi été acquise à Hawaii par les producteurs calédoniens, contrôlée en quarantaine par les services vétérinaires calédoniens en charge de la réglementation sanitaire, reproduite et testée pure et en croisement par l’Ifremer dans le cadre d’un projet de recherche pluridisciplinaire plus large financé par les institutions du Pays. Les résultats obtenus démontrent l’intérêt de la démarche (meilleure croissance, meilleure survie en l’absence de virus). Mais ils montrent aussi l’utilité d’intégrer simultanément dans le plan de développement de la filière une stratégie de conservation des souches parentales afin de disposer de géniteurs exempts de pathogènes. Cette stratégie et cette organisation testées en Nouvelle-Calédonie pourraient vraisemblablement être profitables à d’autres filières aquacoles modestes, en particulier dans les pays insulaires du Pacifique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/29247.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/

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Stylog : base de données pour le suivi des élevages de crevettes de Nouvelle-Calédonie
Auteur(s) : Soulard, Benoit Frappier, Julie Herlin, Jose Beliaeff, Benoit

Éditeur(s) : 11th Pacific Science Inter-Congress / 2nd Symposium on French Research in the Pacific, Tahiti
Résumé : In order to have a standardised database gathering most information on New Caledonian prawn farms a software, called “Stylog-module ferme”, was developed and implemented by Ifremer with the help of shrimp farmers. Data recording results in more than 2 million data from 250 crops since the beginning of the project (2003). The main objective is to help the researchers in understanding the processes taking place in a cultured pond. It also provides a follow-up of the prawn farming industry (evolution of management practices, health surveillance system…) and to facilitate sharing of information between the different partners of the industry (prawn farmers, research and local authorities). Finally, this decision-making tool also helps shrimp farmers for routine crop management. This poster presents the method and tools used to create this database, from the definition of specifications, in close relation with end users, to the implementation of a real project structure, including all partners (users committee and steering committee, agreement of confidentiality). It also shows some examples resulting from the analysis of these data (investigating good management practices indicators, publishing technical bulletins or specific data analysis for research…). Finally, the networking (Extranet) of this base seems to present real perspectives in sharing information, and analysis capacity.
Afin de disposer d'une base de données regroupant un maximum d'informations collectées sur les fermes de grossissement de crevettes de Nouvelle-Calédonie, dans un format informatisé et standardisé, un logiciel nommé « Stylog – module ferme » a été développé par l'Ifremer en lien avec les aquaculteurs. L'archivage des données a permis de collecter depuis le début de sa conception (2003) plus de 2 millions de données représentant près de 250 élevages. Les objectifs principaux de cette base sont d'aider les chercheurs dans la compréhension de phénomènes pouvant survenir dans un bassin d'élevage, d'assurer un suivi de la filière (évolution des pratiques zootechniques, veille clinique…) et de faciliter les échanges d'informations entre les différents partenaires de la filière (aquaculteurs privés, recherche, institutions). Enfin, cet outil d'aide à la décision permet aux aquaculteurs de gérer leurs élevages au quotidien. Ce poster explique d'une part, la méthode et les outils utilisés pour créer cette base de données, de la réalisation du cahier des charges, en lien étroit avec les utilisateurs finaux, à la mise en place d'une réelle structure projet regroupant les différents partenaires (comité des utilisateurs et comité de pilotage, convention de confidentialité). D'autre part, il présente quelques exemples de résultats en termes d'utilisation de ces données (recherche d'indicateurs de qualité d'élevage, édition de bulletins techniques, analyses de données spécifiques à la recherche…). Enfin, la mise en réseau (Extranet) de cette base semble présenter de réelles perspectives en termes de partage de l'information et de capacité d'analyses.

Droits : 2009 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00065/17659/15189.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00065/17659/

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La biosécurité à l'Ifremer LEAD,station de Saint-Vincent
Auteur(s) : Herlin, Jose

Résumé : Penaeus stylirostris shrimp imported from Hawaii for a genetic program and kept at the Saint-Vincent research facility had progressively developed a high sensitivity to IHHNV, the etiological agent of the Infectious, Hypodermic, and Hematopoietic Necrosis. Fears were that the virus could not only be transferred to their offspring, but also that the New Caledonian strain of Penaeus stylirostris, so far considered as resistant, could become sensitive by an off balance of its hosts/pathogen equilibrium. In October 2008, a joint decision between Uprac (shimp owner), Davar (New Caledonian Animal Health Authority) and Ifremer (scientific partner) was taken to terminate all pure breed and hybrid Hawaiian populations remaining in the ponds, and to implement an intensive fallowing protocol, and controlled restocking. IHHNV was also suspected to trouble experiments carried out in the research facility (mortalities, deformities, slow growth), thus affecting research programs. Difficulties pointed out by IHHNV have triggered since 2008 some awareness on biosecurity issues at some level of the New Caledonian shrimp industry. At the St-Vincent research station, it led to a risk assessment and implementation of biosecurity procedures (fallowing, propagation, grow out and use of screened animals) which minimizes the risk of expression of IHHNV. The use of a brand new hatchery building on site also helped in resetting routine hygiene procedures during production and in controlling incoming and outgoing items (shrimp, water, feed, personnel, equipment, pests and wastes). IHHNV has not been detected on analysed samples since then nor have any symptoms been found during experimental or broodstock growout. Keeping this control alive is considered as a useful tool to lower the risk of potential health threats, to get a better understanding in case of an outbreak, and to increase the reliability of experimental results.
Les crevettes originaires d’Hawaii et conservées au LEAD St-Vincent, dans le cadre du programme d’introduction de variabilité génétique dans le cheptel Calédonien, ont progressivement montré une sensibilité importante au virus IHHNV, agent de la Nécrose Hypodermale et Hématopoïétique Infectieuse (mortalité, croissance ralentie, déformations). Les risques d’une transmission génétique de cette sensibilité à leur descendance à moyen terme, et de son développement par rupture de l’équilibre hôte/pathogène sur la souche dite « Calédonienne » jusqu’alors considérée comme résistante à l’IHHN, ont conduit à partir d’octobre 2008, avec l’accord et l’appui de l’UPRAC et de la DAVAR, à la suppression des animaux hawaiiens ou hybrides encore présents dans les bassins de terre du LEAD St-Vincent, au vide sanitaire de ces derniers, et au repeuplement contrôlé du site. D’autre part, le virus IHHN est soupçonné d’avoir pu affecter les animaux utilisés dans les expérimentations menées au LEAD-St-Vincent (mortalités, déformations, croissance réduite), influençant donc potentiellement leur bon déroulement et celui des programmes de recherches. Les obstacles soulevés par l’expression du virus IHHN ont donc initié depuis 2008 une prise de conscience et la mise en place de démarches de biosécurité dans certains points de la filière. A la station de St-Vincent, cette démarche s’est traduite par une identification/évaluation des risques et l’application de mesures (vide sanitaire, reproduction, élevage et utilisation des animaux contrôlés) chacune dotée de procédures qui regroupées, minimisent le risque d’introduction et de dissémination de l’IHHNV. La prise en main de la nouvelle structure d’écloserie sur le site de la SASV a également été mise à profit pour revoir les procédures d’hygiène de routine dans la conduite des productions et dans le contrôle des flux intrants et sortants (animaux, eau, aliments, personnel, équipement, nuisibles, déchets). Aucune détection d’IHHNV sur les échantillons prélevés n’a depuis été observée, de même qu’aucun symptôme de l’expression de cette maladie sur les animaux en élevage sur le site de Saint-Vincent. La poursuite de ces mesures est envisagée comme un outil d’aide à la minimisation des problèmes potentiels, à leur compréhension en cas d’apparition, et à la fiabilisation des résultats.

Droits : 2010 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00118/22949/20776.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00118/22949/

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"Summer Syndrome" in Litopenaeus stylirostris in New Caledonia: Pathology and epidemiology of the etiological agent, Vibrio nigripulchritudo
Auteur(s) : Goarant, Cyrille Ansquer, Dominique Herlin, Jose Domalain, David Imbert, Frederic De Decker, Sophie

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