PenBase, the shrimp antimicrobial peptide penaeidin database: Sequence-based classification and recommended nomenclature Auteur(s) : Gueguen, Yannick Garnier, Julien Robert, Lorenne Lefranc, Marie-paule Mougenot, Isabelle De Lorgeril, Julien Janech, Michael Gross, Paul S. Éditeur(s) : Elsevier Résumé : Antimicrobial peptides play a major role in innate immunity. The penaeidins, initially characterized from the shrimp Litopenaeus vannamei, are a family of antimicrobial peptides that appear to be expressed in all penaeid shrimps. As of recent, a large number of penaeid nucleotide sequences have been identified from a variety of penaeid shrimp species and these sequences currently reside in several databases under unique identifiers with no nomenclatural continuity. To facilitate research in this field and avoid potential confusion due to a diverse number of nomenclatural designations, we have made a systematic effort to collect, analyse, and classify all the penaeidin sequences available in every database. We have identified a common penaeidin signature and subsequently established a classification based on amino acid sequences. In order to clarify the naming process, we have introduced a 'penaeidin nomenclature' that can be applied to all extant and future penaeidins. A specialized database, PenBase, which is freely available at http://www.penbase.immunaqua.com, has been developed for the penaeidin family of antimicrobial peptides, to provide comprehensive information about their properties, diversity and nomenclature. (c) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved. Developmental & Comparative Immunology (0145-305X) (Elsevier), 2006 , Vol. 30 , N. 3 , P. 283-288 Droits : 2005 Elsevier Ltd All rights reserved http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-2332.pdf DOI:10.1016/j.dci.2005.04.003 http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2332/ | Partager |
DEDUCTION : A research project for shrimp farming sustainability in New-Caledonia Auteur(s) : Beliaeff, Benoit Chim, Liet Della Patrona, Luc Goyard, Emmanuel Herlin, Jose Labreuche, Yannick Walling, Emilie Ansquer, Dominique Éditeur(s) : The 11th Pacific Science Inter-Congress : Pacific Countries and their Ocean: Facing Local and Global Changes. March 2 - 6, 2009 Tahiti, French Polynesia Résumé : New Caledonian shrimp farming feasibility studies started in the mid-seventies. Today ca. 2000 tons of Litopenaeus stylirostris, introduced in 1978, are semi-intensively produced each year. Since fifteen years, production has been impacted by two seasonal vibriosis, the “Summer” syndrome caused by Vibrio nigripulchritudo in relation to pond bottom and water column quality, and the “Winter Syndrome” caused by Vibrio penaeicida in relation to drastic temperature drops . With the ambition of elucidating processes possibly leading to mortality outbreaks in ponds, Ifremer has been conducting a research program since 2003 under the DESANS project (2003-2006) and the present DEDUCTION project, equally funded by the South and North Provinces and by the Government of New Caledonia. This program has been designed in a multidisciplinary approach integrating the suspected multifactorial origin of shrimp mortalities. Environment quality in ponds (either sediment or water column) plays a major role in the shrimp ecophysiological status, influencing sensitivity to pathogens . DEDUCTION focuses on a better knowledge of phytoplankton composition and biogeochemical fluxes at the sediment-water interface in ponds. Impact of farm discharges is also investigated. In addition, a more fundamental work is conducted to understand the pathogenicity mechanisms of these two Vibrio species but also to prevent the occurrence of viral infections through a RNA interference approach. Markers of the ecophysiological status of broodstock, larvae, post-larvae and reared animals, such as enzymes testifying from an oxidative stress, are developed. Gain of performance (resistance to pathogens and growth) were obtained on hybrids of the New Caledonian and introduced Hawaiian strains. Finally the database Stylog is exploited in view of discriminating “good” from “bad” rearings on the basis of relevant indicators. Les études de faisabilité de l'aquaculture de crevettes ont débuté en Nouvelle-Calédonie dans les années soixante dix. Aujourd'hui environ 2000 tonnes de Litopenaeus stylirostris, introduite en 1978, sont produites chaque année de façon semi-intensive. Depuis quinze ans la production a été impactée par deux vibrioses : le syndrome d'été provoqué par Vibrio nigripulchritudo en relation avec la qualité de la tranche d'eau et des fonds de bassins et le syndrome d'hiver provoqué par Vibrio penaeicida en relation avec des chutes rapides de température. Dans le but d'élucider les processus entrainant des mortalités dans les élevages, Ifremer a conduit un programme de recherche depuis 2003 dans le cadre du projet DESANS (2003-2006) puis du présent projet DEDUCTION co-financé par les provinces Nord et Sud et le Gouvernement de la Nouvelle-Calédonie. Ce programme se construit dans une démarche multidisciplinaire intégrant les origines supposées multifactorielles des mortalités de crevettes. La qualité environnementale dans les bassins (les fonds et la colonne d'eau) joue un rôle majeur dans l'état physiologique des animaux, influençant leur sensibilité aux pathogènes. DEDUCTION se focalise sur une meilleure compréhension de la composition phytoplanctonique et des flux bio-géochimiques à l'interface eau/sédiment dans les bassins.L'impact des rejets des fermes est également étudié. En outre, un travail plus fondamental est conduit pour connaître les mécanismes de pathogénicité de ces deux espèces de Vibrio mais aussi pour prévenir les occurences d'infections virales par des approches ARN Interférence. Des marqueurs de l'état physiologique des oeufs, larves, post-larves et animaux en élevage, tels que les enzymes du stress oxydant sont utilisés.Les gains de performance (résistance aux pathogènes et croissance) sont obtenus sur des hybrides issus du croisement de la souche locale avec une souche hawaienne. Finalement la base de données STYLOG est exploitée dans le but de distinguer les bonnes des mauvaises pratiques sur la base d'indicateurs fiables. Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25438/23591.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25438/ | Partager |
Amélioration génétique expérimentale de la crevette d'élevage de Nouvelle-Calédonie : Sélection d'une population de L. stylirostris résistante à la bactérie pathogène Vibrio penaeicida. Rapport final pour le Ministère de l'Outre-Mer Auteur(s) : Goyard, Emmanuel Goarant, Cyrille Bachere, Evelyne De Lorgeril, Julien Mugnier, Chantal Ansquer, Dominique Broutoi, Francis Brun, Pierre Résumé : The New-Caledonian shrimp industry is based on the controlled reproduction of the shrimp Litopenaeus stylirostris, a species which was introduced in the 80s. The major difficulty to which the industry has been faced for 10 years is the occurrence of the "syndrome 93", which corresponds to mortality phases when the temperature falls down in April-May-June. This mortality is associated to the pathogenic bacteria Vibrio penaecida and is expressed at different levels which are variable from year ta year and from pond to pond. No resistance to this pathology has been developed spontaneously. This is likely due to the protocole used to rear spawners, which does not allow to implement an efficient selective pressure at each generation
An experimental selection on the criteria of survival after picks of syndrome 93 has been conducted at the Laboratoire Aquacole de Calédonie. The 3rd selected generation demonstrates survival rates improved by 20% during experimental infections with V. penaeicida in comparison with a non selected control population of same genetic origin. The comparison of the correlated responses on the level of expression of 5 genes which are potentially implicated in immunity phenomena (Peneidins, lysozyme, transglutaminase. profiline, annexine) shows that the selected population has a level of expression in lyzozyme twice higher than the control population. This result suggests that the lysozyme could be a genetic marker which could be used in a selective breeding program to he developed in relation with the private hatcheries. La filière crevette de Nouvelle-Calédonie repose sur la maîtrise de la reproduction contrôlée de la crevette Litopenaeus stylirostris, espèce introduite dans les années 80. La difficulté majeure que rencontre la filière depuis une dizaine d'années est la récurrence du « syndrome 93 », qui correspond à des épisodes de mortalités lors des baisses de température en avril-mai-juin. Ces mortalités sont associées à la bactérie pathogène Vibrio penaeicida et s'expriment à des niveaux d'intensité variable d'une année à l'autre et d'un bassin à l'autre. Aucune résistance vis-à-vis de cette pathologie ne s'est développée spontanément. Ceci est vraisemblablement lié au protocole employé pour l'élevage des géniteurs qui ne permet pas d'exercer une pression de sélection efficace à chaque génération. Une expérience de sélection sur un critère de survie à des épisodes de syndrome 93 a été menée au Laboratoire Aquacole de Calédonie. La 3ème génération sélectionnée montre des survies améliorées de l'ordre de 20% lors d'infections expérimentales à V. penaeicida par rapport à une population témoin non sélectionnée de même origine génétique. La comparaison des réponses corrélées sur le niveau d'expression de 5 gènes potentiellement impliqués dans les phénomènes de défense immunitaire (penaeidine, lysozyme, transglutaminase, profiline, annexine) montre que la population sélectionnée a un niveau d'expression en lysozyme deux fois plus élevé que la population témoin. Ce résultat suggère que le lysozyme pourrait être un marqueur génétique utilisable dans un programme de sélection à développer en relation avec les écloseries de production. Droits : 2003 Ifremer http://archimer.ifremer.fr/doc/00109/22020/19643.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00109/22020/ | Partager |
A relationship between antimicrobial peptide gene expression and capacity of a selected shrimp line to survive a Vibrio infection Auteur(s) : De Lorgeril, Julien Gueguen, Yannick Goarant, Cyrille Goyard, Emmanuel Mugnier, Chantal Fievet, Julie Piquemal, D Bachere, Evelyne Éditeur(s) : Elsevier Résumé : Understanding of antimicrobial defence mechanisms of penaeid shrimp should help in the design of efficient strategies for the management and disease control in aquaculture. In this study, we have specifically analysed the expression in circulating hemocytes of antimicrobial peptides (AMPs) encoding genes, such as PEN2 and PEN3, ALF, crustin, lysozyme and a putative cysteine-rich peptide. We evidenced a relationship between the level of expression of some AMPs and the successful response of the shrimp, Litopenaeus stylirostris, to circumvent a pathogenic Vibrio penaeicida infection. Additionally, significant differences in some AMP transcript amounts are evidenced between control, non-selected shrimp line and the third generation breeding of shrimp selected for their survival to natural V. penaeicida infections. On the basis of these results, it will now be of great interest to determine if these AMPs are directly involved in the resistance of shrimp to infection or if they only reflect other acquired defence mechanisms which can confer a resistance. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved. Molecular Immunology (0161-5890) (Elsevier), 2008-07 , Vol. 45 , N. 12 , P. 3438-3445 Droits : 2008 Elsevier Ltd All rights reserved. http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-4524.pdf DOI:10.1016/j.molimm.2008.04.002 http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4524/ | Partager Voir aussi Real time PCR Cysteine rich peptide Crustin Anti LPS factor Lysozyme Penaeidins Immune response Vibrio penaeicida Penaeid Decapoda Télécharger |
Expression, tissue localization and synergy of antimicrobial peptides and proteins in the immune response of the oyster Crassostrea gigas Auteur(s) : Schmitt, Paulina De Lorgeril, Julien Gueguen, Yannick Destoumieux-garzon, Delphine Bachere, Evelyne Éditeur(s) : Elsevier Sci Ltd Résumé : Diverse families of antimicrobial peptides and proteins have been described in oysters. We investigated here how antimicrobials are involved in the immune response against a pathogenic strain of Vibrio splendidus. Oyster antimicrobials were shown to display a wide variety of expression profiles in hemocyte populations and tissues. Oyster defensins are constitutively expressed in specific tissues such as mantle (Cg-Defm) or hemocytes (Cg-Defhs), while Cg-BPI is inducible and Cg-Prp appears down-regulated in hemocytes upon infection. The migratory behavior of hemocytes that express the different antimicrobials was found to be involved in the oyster response to a pathogenic Vibrio infection. Indeed, it contributes to colocalize several antimicrobials that were shown here to have synergistic activities. We propose that such a synergy, which was evidenced both within and between families of antimicrobials, might compensate for the low concentration of antimicrobials in oyster tissues. (c) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved. Developmental And Comparative Immunology (0145-305X) (Elsevier Sci Ltd), 2012-07 , Vol. 37 , N. 3-4 , P. 363-370 Droits : 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved. http://archimer.ifremer.fr/doc/00093/20382/18267.pdf DOI:10.1016/j.dci.2012.01.004 http://archimer.ifremer.fr/doc/00093/20382/ | Partager |