Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : The importance of longevity as an economically trait gives a picture of the flock efficiency and adaptation in a particular environment. A study was conducted in the experimental herd of Creole goats at INRA in Guadeloupe in order to test environmental (year and season at first kidding, age at first kidding and weight at first mating as well as genetic (index of resistance, sire) factors that affect longevity of does. Lifetime data set of 387 Creole does, reared at pasture all year long, was recorded over a period of 11 years (2001-2012). Does were bred for reproduction at 11months of age. Three mating periods were organized per year, corresponding to 3 climatic seasons, using buck effect. Data were analyzed using survival models (Survival Kit 6.1). The average age for culling was 5.03 years. The culling rate was higher for goats between 2 and 3 years (17 and 24%) and then gradually decreased. Year and season at first kidding did not have a long term influence on does? longevity; neither does age at first kidding. In contrast, weight at first mating had a significant effect and it can be recommended to farmers to mate primiparous goats heavier than 17 kg. Heritability was estimated to 0.16 allowing some genetic progress. No significant correlation was shown with the genetic breeding value of resistance to gastrointestinal parasitism. This study gave indications to breeders to improve their female flock management and increase does? longevity. L'importance de la longévité comme trait économique donne une image de l'efficacité et de l'adaptation de troupeau dans un environnement particulier. Une étude a été entreprise dans le troupeau expérimental de chèvres créoles à l'AICN en Guadeloupe afin d'examiner ambiant (l'année et la saison d'abord badiner, âge d'abord badiner et poids d'abord joindre aussi bien que (index de résistance, de père) les facteurs génétiques affectez dont la longévité fait. L'ensemble de données de vie du Créole 387 fait, élevé au pâturage tout au long de l'année, a été enregistré pendant 11 ans (2001-2012). Fait ont été multipliés pour la reproduction à 11months d'âge. Trois périodes d?accouplement ont été organisées par an, correspondant à 3 saisons climatiques, utilisant l'effet de mâle. Des données ont été analysées utilisant des modèles de survie (trousse de survie 6,1). L'âge moyen pour cueillir était de 5,03 ans. Le taux de cueillage était plus haut pour des chèvres entre 2 et 3 ans (17 et 24%) et alors graduellement diminué. L'année et la saison à premier badiner n'ont pas eu une influence à long terme sur la longévité des does ; ni l'un ni l'autre ne vieillit d'abord badiner. En revanche, le poids au premier accouplement a eu un effet significatif et il peut recommander aux agriculteurs de joindre les chèvres primipares des que 17 kilogrammes plus lourds. L'héritabilité a été estimée à 0,16 permettant du progrès génétique. Aucune corrélation significative n'a été montrée avec la valeur d'élevage génétique de la résistance au parasitisme gastro-intestinal. Cette étude a donné des indications aux éleveurs afin d'améliorer la gestion féminine de troupeau et d'augmenter la longévité de ces dernières.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V16262
V16262

Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : Plant genetic resources are instrumental in the adaptation of agriculture to social and environmental change. They are the backbone of research and breeding programs aimed at the development and transfer of new crop varieties best suited to consumers? needs and tastes and to new farming systems. To this aim, plant germplasm collections have been constituted worldwide. Securing such collections requires substantial human and financial investments that can prove difficult to maintain on the long run for small countries and territories such as most Caribbean countries. In Guadeloupe and Martinique, INRA and CIRAD have constituted large plant germplasm collections of tropical crops over several decades. They joined forces in 2010 to create the Tropical Plant Biological Resource Center of the French West Indies (CRB-PT), which is affiliated to both institutions. In this paper, we describe CRB-PT?s collections, services provided to end users and research programs as well as scientific and technical networking strategy. Les ressources génétiques d'usine sont instrumentales dans l'adaptation de l'agriculture au changement social et environnemental. Elles sont l'épine dorsale de la recherche et les programmes d'élevage ont visé le développement et le transfert de nouvelles variétés de culture adaptées aux besoins et aux goûts des consommateurs et à de nouveaux systèmes d'exploitation agricole. À ce but, des collections de matériel génétique d'usine ont été constituées dans le monde entier. La fixation de telles collections exige les investissements humains et substantiels qui peuvent être difficile à maintenir sur le long terme pour de petits pays et territoires tels que la plupart des pays des Caraïbes. En Guadeloupe et Martinique, l'AICN et les CIRAD ont constitué de grandes collections de matériel génétique d'usine de cultures tropicales au-delà de plusieurs décennies. Ils ont joint des forces en 2010 pour créer le centre de ressources biologique de plante tropicale des Antilles françaises (CRB-PT), qui sont affiliées aux deux établissements. En ce document, nous décrivons les collections de CRB-PT, services fournis aux utilisateurs et les programmes de recherche aussi bien que la stratégie scientifique et technique de mise en réseau.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V16258

Éditeur(s) : CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Extrait de : "Projet DEVAG" : conférence, le 5 décembre 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Description : La communication s'articule autour de la place de l'amélioration génétique et du diagnostic phytosanitaire territorial dans la conception de cultures agroécologiques. Patrick Quenehervé s'attache d'abord à définir l'agroécologie au moyen de quelques mots clés. Il traite ensuite de l'amélioration génétique puis de l'évolution des systèmes de culture.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V14076

Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : Loss of agrodiversity mediated by varietal legacy is an important concern, translating as crop species being at risk for genetic erosion, while loss of genetic resources may deplete material available for future breeding strategies. We explored varietal dynamics in the Guadeloupean agricultural yam system. Interviewing farmers about the varieties cultivated in the past compared to their current varieties demonstrated that no dramatic loss of varieties occurred in the two to three latest decades, and changes in variety frequency mostly affected former widespread varieties while frequency of uncommon varieties demonstrated some stability in cultivation frequency. Varietal dynamics nevertheless reflected strong sub-regional trends, and socio-economic impacts such as age of producers or in farm crop diversity. Recurrent epidemics of anthracnose since its historical start in the 70s did not change varietal turnover too strongly, but resulted into transition from Dioscorea alata to less susceptible species or into a decrease of yam cultivation especially for farmers with financial dissatisfaction. La perte d'agrodiversité négociée par le legs variétal est un souci important, traduisant comme espèces de culture étant en danger pour l'érosion génétique, alors que la disparition des ressources génétiques peut épuiser le matériel disponible pour de futures stratégies d'élevage. Nous avons exploré la dynamique variétale dans le système agricole d'igname en Guadeloupe. Les agriculteurs enquêtés au sujet des variétés cultivées dans le passé comparé à leurs variétés actuelles ont démontré qu'aucune perte dramatique de variétés ne s'est produite pendant les deux à trois dernières décennies, et les changements de la fréquence de variété ont en grande partie affecté d'anciennes variétés répandues tandis que la fréquence des variétés rares démontrait une certaine stabilité dans la fréquence de culture. La dynamique variétale a néanmoins reflété des tendances sous-régionales fortes, et les impacts socio-économiques tels que l'âge des producteurs ou dans la ferme cultivent la diversité. Épidémies récurrentes d'anthracnose puisque son début historique pendant les années 70 n'a pas changé le chiffre d'affaires variétal trop fortement, mais résulté dans la transition de dioscorea alata aux espèces moins susceptibles ou dans une diminution de culture d'igname particulièrement pour des agriculteurs avec mécontentement financier.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V16259

Éditeur(s) : CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Extrait de : "Projet DEVAG" : conférence, le 5 décembre 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Description : La communication traite de l'introduction de nouvelles variétés d'ignames blanc en Haïti pour permettre de sécuriser la production du tubercule. Ces variétés sont issues d'un programme de sélection et d'amélioration génétique. Elles sont résistantes ou tolérantes à la principale maladie qui touche l'igname (l'anthracnose) avec un potentiel de rendement élevé.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V14077

Éditeur(s) : CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Extrait de : "Projet DEVAG" : conférence, le 5 décembre 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Cette première tranche de débat se concentre sur l'amélioration génétique et la résistance variétale en réponse aux maladies bactériennes.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V14085
V14085
V14085

Éditeur(s) : CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Extrait de : "Projet DEVAG" : conférence, le 5 décembre 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Jean-Raphaël Gros-Désormeaux résume en quelques mots les interventions des officiels et rappelle les objectifs de la conférence. Il effectue ensuite la synthèse de la journée en revenant sur les cinq thèmes traités au cours de la conférence. L'amélioration génétique et l'évaluation variétale, la gestion agroécologique des bioagresseurs, la gestion de l'enherbement en vergers, la fertilité et fertilisation dans les systèmes horticoles agroécologiques et enfin regard particulier sur...
Siècle(s) traité(s) : 21
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V14108
V14108
V14108

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, UMR ECOFOG, 97387 Kourou, Guyane (France)Diplôme : Master Recherche
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
Cette étude s’inscrit dans le cadre d'un projet intitulé «Impact du degré d'exploitation sur la biodiversité ». Ici, nous avons analysé l'effet de cette perturbation sur les caractéristiques démo-génétiques d’une espèce forestière héliophile Jacaranda copaia. Nous avons travaillé sur quatre parcelles (chacune de 6,25 ha) du dispositif de Paracou, dont une parcelle témoin et trois parcelles à degré d'exploitation croissant. Un échantillonnage exhaustif de tous les arbres appartenant à l'espèce a été réalisé sur les quatre parcelles, La population se répartit en deux groupes : les adultes ayant potentiellement participé à la régénération (DBH > 10 cm ; N = 133) et les juvéniles issus de la régénération (DBH < 10 cm). Ces derniers sont séparés en deux sous-groupes selon leur position : dans les trouées d'exploitation (N = 564) ou hors des trouées d'exploitation (N = 127). A l’aide de quatre marqueurs microsatellites SSR. Nous avons donc comparé la diversité génétique, le coefficient de consanguinité, la différenciation, le déséquilibre génotypique et la proximité génétique des individus en fonction de la distance spatiale (auto corrélation génétique spatiale). Les résultats ainsi obtenus ne montrent pas d'effet de l’exploitation sur la diversité génétique globale. Cependant celle-ci est plus structurée dans l'espace et se traduit par une consanguinité plus forte. La présence de déséquilibres génotypiques et une répartition en agrégats des juvéniles présents dans les trouées d’exploitation. Ceci pourrait s’expliquer par une contribution inégale des adultes à la régénération dans les zones exploitées mais il faudra cependant tenter d’expliquer quels en sont les mécanismes et comment interagissent-ils avec les caractéristiques écologiques de l’espèce.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189281

hal-01189281
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189281
PRODINRA : 22898

Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : The Creole pig has always been part of the rural and suburban landscape of Martinique. Currently, this breed is not integrated into a research and conservation program. The Natural Park of Martinique Region (PNRM) has the objective to maintain and valorize the genetic heritage of Martinique?s Creole pig and develop a niche business. Based on PNRM knowledge, some Creole pigs live freely in the mountains in the North, in the South coast and in a few disparate traditional breeders located in the countryside. It is essential to carry out an inventory of the local pig population to propose a scheme for conservation and economic development. In order to favour the appropriation of the Creole pig niche, the PNRM, as a decision maker, acts in a systemic and holistic way by considering the whole Martinican territory and the pig sub-sector: producers involved in the COOPMAR pig farmers? cooperative, researchers of INRA (FWI), the food chain and at least (in a second phase) the consumers and the Martinican society. First of all, the pig farmers are involved (private family farms and specialised pig producers). Researchers and technicians from PNRM and INRA- URZ (Animal production research unit) and INRA-PTEA (Tropical platform in animal experimentation) are performing experimental studies both in controlled conditions and in farms, in order to: i) determine phenotypic and genetic characteristics of Martinique?s Creole pigs in comparison with other pig breeds from the Caribbean area; ii) help at designing genetic management to maintain the population and avoiding inbreeding; iii) help at defining feeding management by a) establishing, at the whole territorial food chain, an inventory of co or by-products available for pig feeding; b) implementing experimental studies in technology for conservation; c) implementing feeding and growing experiments and finally iv) help at defining eco-friendly production systems a) aiming at generate an adequate revenue and b) focusing on ecosystem services such as meat quality, socio-cultural services and circular economy. Le porc créole a toujours fait partie du paysage rural et suburbain de la Martinique. Actuellement, cette race n'est pas intégrée dans un programme de recherches et de conservation. Le parc naturel de la région de la Martinique (PNRM) a l'objectif pour maintenir et valoriser l'héritage génétique du porc créole de la Martinique et pour développer des créneaux. Basé sur la connaissance de PNRM, quelques porcs créoles vivent librement dans les montagnes dans le nord, dans la côte sud et chez quelques éleveurs traditionnels disparates situés dans la campagne. Il est essentiel d'effectuer un inventaire de la population locale de porc pour proposer un plan pour la conservation et le développement économique. Afin de favoriser l'appropriation du créneau créole de porc, le PNRM, comme décideur, agit d'une manière systémique et holistique en considérant tout le territoire de la Martinique et sous-secteur de porc : producteurs impliqués dans la coopérative d'agriculteurs de porc de COOPMAR, les chercheurs d'AICN (FWI), la chaîne alimentaire et au moins (dans une deuxième phase) les consommateurs et la société Martiniquaise. Tout d'abord, les agriculteurs de porc sont impliqués (les fermes privées de famille et les producteurs de porc spécialisés). Les chercheurs et les techniciens de PNRM et AICN URZ (unité de recherches de production animale) et INRA-PTEA (plate-forme tropicale chez l'expérimentation animale) réalisent des études expérimentales dans des conditions commandées et dans les fermes : i) déterminent des caractéristiques phénotypiques et génétiques des porcs créoles de la Martinique en comparaison d'autres races de porc à partir du secteur des Caraïbes ; ii) aide à concevoir la gestion génétique pour maintenir la population et à éviter l'endogamie ; iii) aide à définir la gestion de alimentation a) en établissant, à la chaîne alimentaire territoriale de totalité, à un inventaire de Co ou aux sous-produits disponibles pour l'alimentation de porc ; b) mise en oeuvre des études expérimentales en technologie pour la conservation ; c) mettant en application des expériences de alimentation et croissantes et finalement iv) aide à définir viser qui respecte l'environnement des systèmes de production a) produisent de à revenu approprié et b) se concentrant sur des services d'écosystème tels que la qualité de viande, des services socioculturels et l'économie circulaire.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V16263

Éditeur(s) : CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Extrait de : "Projet DEVAG" : conférence, le 5 décembre 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Mayté Pinon Gomez, souligne la grande place de la tomate dans la consommation cubaine et par extension, son importance dans l'amélioration génétique. "Il en résulte alors une importante production de variété. La sélection variétale est basée sur la résistance à l'hémoglobine, aux hautes températures et à l'humidité. Entrent également en compte la qualité gustative, l'apparence du fruit et la productivité."
Siècle(s) traité(s) : 21
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V14080

Éditeur(s) : CRILLASH : Centre de Recherches Interdisciplinaires en Lettres, Langues, Arts et Sciences Humaines
Extrait de : "Patrimonialisation et développement dans la Caraïbe et les Amériques" : colloque international, du 2 au 4 mars 2011. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Présentation botanique de la vanille, qui est une orchidée poussant dans les sous-bois tel une liane grimpante. On en recense 11 espèces sur le territoire Guyanais, ainsi en 1819, un capitaine de navire transporte des plants de vanille guyanais à la réunion. Associé à la découverte de la pollinisation artificielle à cause de l'inexistence de pollinisateur naturel réunionnais, la production de vanille s'accroit. Récemment, il y a une tentative de se réapproprier une ressource guyanaise, de la voloriser, de créer une microfilière et un label. En effet, les vanilles guyanaises ont une biodiversité génétique recherchée par les cultivateurs en raison de l'autofécondation.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V12069

Éditeur(s) : GFP : Groupe Français des Pesticides GFP : Groupe Français des Pesticides GFP : Groupe Français des Pesticides
Extrait de : "Protection des cultures et santé environnementale : héritages et conceptions nouvelles" : congrès, le 26 mai 2014. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Un certain nombre d'études animales ont démontré la toxicité reproductive et la neurotoxicité développementale des insecticides organophosphorés. Quelques études épidémiologiques suggèrent un rôle de l'exposition aux insecticides organophosphorés sur la croissance foetale de façon concordante pour les groupes de population présentant une susceptibilité génétique particulière (faible activité paraoxonase 1). Ces études sont pour l'essentiel des études de cohorte de population générale nord-américaine. L'objectif est d'étudier l'association entre l'exposition prénatale aux insecticides organophosphorés et la croissance intra-utérine à partir de marqueurs urinaires d'exposition pendant la grossesse et en tenant compte de susceptibilités génétiques potentielles (PON1), à partir d'une cohorte mères-enfants dans la population française.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V14216
V14216
V14216

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : In the tropical rainforest of Amazonia, the factors driving the evolution of tree species remain poorly understood, and the relative influence of neutral and adaptive processes is continuously debated. In particular, local habitat patchiness draws much attention, as profound changes in the structure and composition of forest communities occur among micro-habitats. Thus, micro-environmental variations related to topography have frequently been invoked as drivers of adaptive radiation leading to sympatric speciation in Neotropical trees. On one hand, the hypothesis of local adaptation has never been investigated at the intra-specific level, i.e. within species currently undergoing population differentiation; on the other hand, many tree species are genetically structured over local scales due to neutral processes, mainly limited gene flow (caused by restricted pollen and seed dispersal). In this study, I used populations of a common tree species of the Guiana Shield - Eperua falcata (Fabaceae) - to study how neutral and adaptive processes shape the distribution of genetic diversity across forest landscapes characterized by local micro-habitat patchiness. I asked three main questions by combining both phenotypic (quantitative genetics) and molecular (population genetics) approaches: 1) How is the genetic diversity structured in forest landscapes of French Guiana? 2) Which evolutionary drivers are relevant to explain the structure of genetic diversity at local scale? 3) Does local adaptation contribute to structure genetic diversity within continuous populations?
En forêt tropicale humide Amazonienne, les facteurs gouvernant l'évolution des espèces d'arbres restent peu connus et continuellement débattus. En particulier, les micro-variations environnementales attirent beaucoup d'attention car elles induisent de profondes modifications de structure et composition des communautés. Les variations micro-environnementales associées à la topographie ont couramment été évoquées comme facteur de radiations adaptatives chez les espèces d'arbres. Cependant, l'hypothèse de l'adaptation locale n'a jamais été testée au niveau intra-spécifique chez les arbres de forêt amazonienne alors que l'on sait que la diversité génétique des arbres tropicaux est couramment structurée à faibles échelles spatiales par des processus neutres (en particulier du fait de restrictions de flux de gènes). Dans cette étude, j'ai étudié le processus de différentiation génétique d'une espèce d'arbre (Eperua falcata, Fabaceae) dans les paysages forestiers de Guyane française grâce à la combinaison d'une approche phénotypique (génétique quantitative) et d'une approche moléculaire (génétique des populations). Je me suis attachée à répondre à trois questions principales : 1) Comment se distribue la diversité génétique dans les paysages forestiers de Guyane française ? 2) Quelles forces évolutives sont impliquées dans le processus de différentiation génétique à faible échelle spatiale ? 3) Est-ce que le processus d'adaptation locale contribue à structurer la diversité génétique à faible échelle spatiale ?
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318

NNT : 2013LORR0188
tel-00967318
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318/file/THESE_Louise_Brousseau.pdf

Résumé : A new strain of L. stylirostris was introduced in New Caledonia. Quarantine facilities were set up inland using RAS and artificial seawater. After 5 months of rearing, all the 16 initial families were still represented with a 50% average survival. Three samplings for known pathogens were made during that period, all of them negative. Half the animals were taken to outdoor ponds for rearing to reproduction size when the rest was used to test different arrangements for a biosecure rearing until reproduction. Numerous spawnings and nauplii were obtained but larval rearings could not be completed. Different options are considered for the set up of a biosecure facility allowing the rearing and the breeding of pathogen free strains of shrimp.
Afin de disposer d’une plus forte diversité génétique exploitable, des producteurs calédoniens ont, en relation avec l’Ifremer, récemment introduit d’Hawaii une autre souche de crevette de l’espèce Litopenaeus stylirostris, domestiquée et garantie exempte de pathogènes. Malgré cette garantie sanitaire, les crevettes ont été maintenues en observation dans une quarantaine tertiaire pendant cinq mois avant la sortie et l’élevage d’une moitié de l’effectif en bassins terre extérieurs. L’autre moitié a été conservée dans les installations de quarantaine comme stock de secours au cas où un problème affecterait les crevettes élevées à l’extérieur. Les installations de quarantaine ont été progressivement transformées, tout en continuant les élevages, afin de réaliser un prototype de conservatoire biosécurisé. Les crevettes ont été élevées jusqu’à la taille de géniteurs en utilisant de l’eau de mer artificielle puis de l’eau de mer naturelle traitée au chlore. Des essais de reproduction et d’élevage larvaire ont été menés et de nombreuses pontes fécondées ont été obtenues mais les élevages larvaires, à une exception, n’ont pas dépassé le stade Zoé 3. Les analyses par PCR réalisées sur les crevettes du conservatoire ont montré que les mesures et précautions sanitaires qui avaient été prises avaient préservé le statut sanitaire “sans pathogènes” initial. Cette expérience a permis de mieux cerner les problèmes qui pouvaient se poser pour la mise en place et le fonctionnement d’installations biosécurisées utilisant des circuits fermés. Ces enseignements ont servi à répertorier les principales contraintes envisageables pour la réalisation d’un futur conservatoire crevette qui viendrait conforter et sécuriser les souches actuellement disponibles en Nouvelle-Calédonie. Plusieurs options sont proposées pour les crevettes devant entrer dans le conservatoire (sans quarantaine, quarantaine tertiaire, quarantaine primaire puis secondaire) et pour le type de fonctionnement du conservatoire. Les principaux critères pour le choix du site, l’utilisation de l’eau de mer et son traitement, les systèmes de recirculation sont abordés; et des schémas d’installations de quarantaine et de conservatoire sont proposés.

Droits : 2007 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22849/20659.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22849/

Éditeur(s) : Université de la Réunion
Résumé : The green turtle (Chelonia mydas) is an emblematic species of marine life. However, nowadays it is subject to many threats (poaching, by-catch). Even if there is deep growing measures for its protection, the green turtle still is an endangered species and it is listed in Appendix I of Washington Convention (CITES). In order to elaborate efficient conservation and management plans, perfect knowledge of green turtle biology, but also of its population structure and their characteristics, are needed. In this thesis, we have assessed genetic structure of green turtle populations in the South-Western Indian Ocean by using genetic tools. In all, 1551 tissue samples have been collected from our study zone and from our control site French Polynesia (37 samples). All kinds if individuals were sampled (except males in reproductive phase) from 15 sampling sites including nesting, foraging, and immature development site. We used both control region of mitochondrial DNA and 6 microsatellite loci to better infer maternal and paternal lineages. We identified 29 haplotypes in the South-Western Indian Ocean. They are distributed in 3 independent and highly divergent clades, including one composed with haplotypes from Atlantic Ocean. For 7 of these haplotypes, it was the first time they were detected in the study zone. Fifteen haplotypes were previously undescribed, distributed in all the 3 clades. These new haplotypes seem to be specific to the South-Western Indian Ocean, which is then an original zone. Besides, we found a high allelic richness. These results show the South-western Indian Ocean is rich and very diversified. This region plays an important role in the global diversity of the species. The South-Western Indian Ocean is one of the two contact zones presently known between the two metapopulations of green turtles (Atlantic-Mediterranean and Indo-Pacific). This contact induces a genetic cline based on CM8 (Atlantic) and C3 (Indo-Pacific) haplotype frequencies. Analysis of the microsatellite differentiation between individuals provides evidence of genetic exchanges between the two metapopulations in the region. The South-Western Indian Ocean participates to green turtle global genetic mixing. Studying the influence of several intrinsic and extrinsic factors on population structuring provides useful information for management plan elaboration. We found no significant difference between genetic structures of foraging females and males, contrary to immature turtles which seem to be organised in 'regional pools'. This organisation could be due to both immature natal homing and influence of oceanic currents. High mitochondrial differentiation of nesting females and low global microsatellite differentiation of our samples indicate male-mediated gene flow among populations of the study zone. The genetic composition of a sampling site presents no significant variation along the year, even if we could notice some trends. Nevertheless, it can be significantly different from a year to an other one. This may result from alternation of distinct populations on the same site. We noticed different evolution in 10 or 20 years of the genetic composition depending on the sampling site. Geographic distance seems not to have significant influence on population structuring concerning microsatellite markers. Nesting females of Saziley Beach (Mayotte Island, Comoros Archipelago) present genetic divergence from females nesting in the two other sampled beaches of this island. The observed population structure shows no contradiction with the organisation of oceanic currents in the South-Western Indian Ocean. Comparing the results from the two genetic markers used, we identified 8 genetic differentiated clusters of turtles in the study zone and at least 6 distinct populations. These clusters constitute 8 potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans.
La tortue verte (Chelonia mydas) constitue l'un des espèces emblématiques de la vie marine, pourtant de nombreuses menaces pèsent de nos jours encore sur sa survie (braconnage, captures accidentelles). Ainsi, malgré l'essor de mesures de protection menées à travers pour sa sauvegarde, la tortue verte constitue une espèce 'en danger d'extinction' et figure dans l'Annexe I de la Convention de Washington (CITES). Afin d'élaborer des plans de gestion et de conservation qui soient efficaces, il est important d'avoir une parfaite connaissance de la biologie de la tortue verte, mais aussi de la structure de ses populations et de leurs caractéristiques. C'est dans ce cadre que s'inscrit la présente étude. L'objectif de cette étude était d'acquérir des connaissances sur la structure des populations de tortues vertes dans le sud-ouest de l'océan Indien grâce à l'utilisation de l'outil génétique. Au total, 1551 échantillons de tissu ont été collectés dans la zone d'étude et dans notre site témoin la Polynésie française (37 échantillons). Toutes les catégories d'individus ont été échantillonnées (excepté les mâles en phase de reproduction) et les 15 sites d'échantillonnage comprennent à la fois des sites de ponte, d'alimentation et de développement pour les immatures. Deux types de marqueurs ont été utilisés : la région contrôle de l'ADN mitochondrial et 6 loci microsatellites, afin d'appréhender au mieux l'apport des lignées maternelles et paternelles. Nous avons pu mettre en évidence la présence dans le sud-ouest de l'océan Indien de 29 haplotypes distincts, appartenant à trois clades fortement divergents dont l'un constitué d'haplotypes originaires de l'océan Atlantique. Parmi ces haplotypes, 7 ont été détectés pour la première fois dans la zone d'étude, et 15 autres n'ont jamais été précédemment décrits chez cette espèce. Ils sont présents dans chacun des 3 clades d'haplotypes. Ces nouveaux haplotypes semblent spécifiques à la région, et en font une zone originale. On observe par ailleurs une grande richesse allélique dans les effectifs analysés. Ces résultats montrent que le sud-ouest de l'océan Indien est une zone riche et très diversifiée. Cette région joue un rôle important dans la diversité génétique globale de l'espèce. Le sud-ouest de l'océan Indien constitue l'une des deux seules zones connues à l'heure actuelle de contact entre les deux métapopulations de tortues vertes (Atlantique-Méditerranée et Indo-Pacifique). Ce contact a entraîné la formation d'un cline génétique portant principalement sur les fréquences relatives des haplotypes CM8 (Atlantique) et C3 (Indo-Pacifique). Les résultats obtenus lors de l'analyse microsatellite de la différenciation entre les individus originaires des deux métapopulations montrent que le sud-ouest de l'océan Indien constitue une zone d'échanges génétiques entre les deux métapopulations, participant au brasage génétique de l'espèce. L'étude de facteurs, intrinsèques et extrinsèques, pouvant influencer la structuration des populations apportent de nombreuses informations qui pourraient s'avérer utiles lors de l'élaboration de plans de gestion. La structure des femelles et des mâles en alimentation ne diffère pas, contrairement à celle des immatures qui semble s'organiser en 'pools régionaux' qui seraient le fruit de l'interaction d'un comportement de philopatrie et d'une influence des courants océaniques. La forte différenciation mitochondriale des femelles en ponte et la très faible différenciation microsatellite observée à l'échelle de la région, indiquent l'existence de flux de gènes via les mâles. La composition génétique d'un site ne varie pas de manière significative au cours de l'année. Par contre, elle peut varier d'une année à l'autre, signifiant l'alternance dans certains sites de ponte de plusieurs populations distinctes. L'évolution de la composition génétique d'un groupe, au cours de 10 ou 20 ans, diffère selon le site considéré. La distance ne semble pas influencer de manière significative la structuration des populations au niveau microsatellite. Les femelles en ponte sur la plage de Saziley (Mayotte) diffèrent génétiquement de celles pondant sur les deux autres plages de l'île. La structure observée des populations est en accord avec l'organisation des courants océanique dans la région. La confrontation des résultats obtenus à partir des deux marqueurs génétiques utilisés, permet la détermination de 8 ensembles génétiquement différenciés dans la zone d'étude et l'identification d'au moins 6 populations distinctes. Ces ensembles constituent autant d'unités de gestion (MUs) potentielles qui pourront servir de base à l'élaboration de plans de gestion et de conservation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3532.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3532/

Éditeur(s) : Actes du 6e colloque national BRG, La Rochelle, 2-3-4 octobre 2006
Résumé : Previous studies have shown heritable variation in larval developmental traits in the Pacific oyster Crassostrea gigas. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors, specific to hatcheries, were examined: the effect of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and the effect of temperature (20°C versus 26°C). A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of larval populations and family assignment, limiting possible environmental bias and allowing the study of a relatively large number of families using a limited number of larval tanks. Our results show that three multiplexed highly polymorphic microsatellite markers are a powerful tool for family assignment and, consequently, for the study of bivalve larvae genetics. Culling, by selective sieving of the smallest larvae is an advantageous practice at a phenotypic scale as it reduced variance in larval size, variance of developmental rate and time to settlement. Culling of 50% of the larval population only led to 15% less spat, showing a positive phenotypic correlation between larval growth and settlement success. However, culling represents a substantial risk for diversity loss, because it increases the variance of reproductive success among parental oysters. The effective population sizes of early settling cohorts of settlement were lower than those of later ones. Our results show that the settlement of slow growing larvae significantly contributes to minimizing the variability of reproductive success and therefore to maximizing genetic diversity. These results corroborate the low estimations of variability of broodstocks sampled in several French commercial hatcheries, relative to natural populations. The genetic composition of the larval population and the resulting spat was significantly different between the two tested temperatures, revealing genotype x environment interaction for survival. Similarly, genotype x environment interaction was also observed for larval growth as a higher temperature exerted a positive influence on the expression of genetic variability for this trait. Consequently, we can conclude that a temperature of 26°C coupled with culling, to common practice in oyster hatcheries, is likely to amplify the selection pressure for fast growing larvae. To test for this hypothesis, we compared larval developmental traits in the progeny of a hatchery broodstock closed for 7 generations, with the progeny of wild oysters and the two possible hybrids. Our results show that selection of fast growing larvae can counteract presumed inbreeding depression, due to higher mean relatedness among hatchery broodstock than in the wild. Genetic effects of intensive rearing conditions at larval stage are significant and should be taken into account in hatchery practices, especially in terms of genetic diversity management.
Afin d'étudier les conséquences génétiques des pratiques de production en écloserie d'huître creuse, deux facteurs ont été examinés : l'élimination des petites larves et la température. Nos résultats montrent que l'assignation de parenté par marqueurs microsatellites est un outil performant pour les études génétiques en phase larvaire de familles élevées en mélange. Bien qu'avantageux d'un point de vue phénotypique, le tamisage sélectif représente un risque de perte de diversité. La fixation des larves à croissance lente permet en effet de minimiser la variabilité du succès reproducteur et de fait, de maximiser la variabilité génétique. Ces résultats corroborent les estimations de variabilité sur les stocks d'écloseries françaises où l'on constate une diversité allélique inférieure à celle de populations issues du milieu naturel. La température exerce également une influence sur la précocité de l'expression de la variabilité génétique pour la croissance larvaire. Ainsi une température élevée associée à une procédure de tamisage peut amplifier l'effet sélectif. Enfin, la sélection de larves à croissance rapide semble démontrée, s'opposant à la dépression de consanguinité présumée. Les conditions d'élevage peuvent donc avoir un effet génétique significatif qui devrait être pris en considération dans les pratiques d'écloserie, notamment dans la gestion de la diversité génétique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/acte-1505.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1505/

Résumé : Le laboratoire IFREMER "Génétique Aquaculture et Pathologie" (GAP) (La Tremblade et Bouin) a entrepris des actions de recherche sur ces différents points. L'Unité de Recherche en Génétique, en collaboration avec tous les membres du Réseau Génétique Mollusques (REGEMO), a axé une partie de ses travaux sur l'acclimatation et l'hybridation de différentes espèces du genre Crassostrea. Ces recherches ont débuté avec le soutien du Conseil Général de Charente-Maritime depuis 1992 sur des essais d'acclimatation de C. virginica, l'huître creuse américaine. En prolongement de cette étude, l'URGE a proposé à la région Poitou-Charentes un programme de recherche plus vaste sur l'ensemble des espèces d'huîtres creuses.

Droits : 1995 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15515/12902.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15515/

Résumé : Genetic consequences of production of Pacific oyster larval in hatchery: drift and selective pressures related to rearing practices. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors were examined: the effects of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and temperature effects. A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of the larval population. The results show that high polymorphic microsatellite-based family assignment is a powerful tool for the study of bivalve larvae genetics. Culling by selective sieving is an advantageous practice at a phenotypic scale, but also represents a substantial risk for diversity loss if parentage assignment is not introduced as a breeding practice. Settlement of slow growing larvae contributes to minimizing the variability of reproductive success and therefore to maximizing genetic diversity. These results corroborate the lower estimations of variability made on broodstocks from French commercial hatcheries relative to natural populations. Temperature exerts an influence on the expression of genetic variability for larval growth. A temperature of 26°C, coupled with culling could amplify the selective effect. Furthermore, selection of fast growing larvae has proven to counteract inbreeding depression at this stage. Genetic effects of intensive rearing conditions are significant and should be taken into account in hatchery practices, especially in terms of genetic diversity management.
Afin d'étudier les conséquences génétiques des pratiques de production de larves en écloserie d'huître creuse, deux facteurs ont été examinés : l'effet de l'élimination des plus petites larves et l'effet de la température. Une approche de familles élevées en mélange a été utilisée afin d'avoir accès à l'information génétique au stade larvaire. Les résultats obtenus montrent que l'assignation de parenté basée sur des marqueurs microsatellites hautement discriminants est un outil performant pour les études génétiques en phase larvaire. Bien qu'avantageuse d'un point de vue phénotypique, la pratique de tamisage sélectif représente un risque substantiel de perte de diversité si cette pratique n'est pas associée à une assignation de parentée par empreintes génétiques. La fixation des larves à croissance lente permet de minimiser la variabilité du succès reproducteur et de fait, de maximiser la variabilité génétique. Ces résultats corroborent les estimations de variabilité sur les stocks d'écloseries commerciales françaises où l'on constate une diversité allélique inférieure à celle de populations issues du milieu naturel. La température exerce également une influence sur la précocité de l'expression de la variabilité génétique pour la croissance larvaire. Ainsi une température élevée (26°C) associée à une procédure de tamisage peut amplifier l'effet sélectif. Enfin, la sélection de larves à croissance rapide semble démontrée, s'opposant à la dépression de consanguinité présumée en phase larvaire. Les conditions d'élevage peuvent donc avoir un effet génétique significatif qui devrait être pris en considération dans les pratiques d'écloserie, notamment dans la gestion de la diversité génétique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/rapport-1459.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1459/

Résumé : Actions menées de 1994 à 1998 au sein du conservatoire de souches : 1. Résultats des importations, acclimatation et hybridation. a) Rappel des conditions d'introduction de nouvelles souches. L'importation de toute espèce est conditionnée par les résultats d'une enquête préliminaire dont l'objet est de rechercher les exigences écologiques de l'espèce et la situation épidémiologique dans son milieu d'origine. Le travail du LGP et de ses partenaires a été partagé en différentes actions: 1. Recherche de contacts dans divers pays étrangers, en vue de l'importation d'huîtres présentant des caractéristiques intéressantes. 2. Importation : L'importation se fait selon les normes du CIEM (Conseil International pour l'Exploration de la Mer) : contrôles pathologiques sur les lots d'animaux importés, confinement en salle de quarantaine des géniteurs avec stérilisation systématique des eaux de rejet, sacrifice des géniteurs après la production de la première génération. 3. Production d'une première descendance: La ponte est également réalisée en salle de quarantaine. Des contrôles pathologiques auront lieu tout au long de l'élevage. 4. Contrôle des performances : ils se font, dans un premier temps, uniquement au laboratoire avec stérilisation des eaux de rejet. Cette caractérisation intègre différentes approches : résistance aux parasites présents dans le milieu français, caractères quantitatifs (poids, taille, rendement, vitesse de croissance), polymorphisme enzymatique ou ADN, tests physiologiques (mesure de la respiration, du rendement d'assimilation ... ). 5. Hybridation: Des hybridations entre espèces ont été tentées, avec contrôle par marqueurs génétiques. 6. Conservatoire de souches : Les générations F1 des différentes espèces ont systématiquement été conservées. Une salle a été spécialement équipée au LGP dans cet objectif.

Droits : 1998 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/12907.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/12922.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/

Éditeur(s) : Université de Paris 6 – Pierre et Marie Curie
Résumé : Since 1997, a new pathology seasonally occurs in new caledonian shrimp farms during the warm season and was named Summer Syndrome. Diseased Litopenaeus stylirostris shrimp suffer from a septicemic vibriosis which was attributed to V. nigripulchritudo. Preliminary studies based on a collection of V. nigripulchritudo strains have brought to light different virulence levels according to experimental infections results; three virulence statuses were defined: highly (HP), moderately (MP) and non pathogenic (NP). The aim of this work was to genetically characterize virulent V. nigripulchritudo strains. In a first step the genetic diversity of 58 V. nigripulchritudo strains was analyzed by MLST and AP-PCR, revealing a cluster of HP and MP strains, characterized by a low genetic variability and that includes all Summer Syndrome-associated isolates. This confirms the emergence of one cluster of pathogenic V. nigripulchritudo simultaneously with the emergence of the Summer Syndrome ; in a second step, 368 genetic markers of virulence were identified by a Suppressive Subtractive Hybridization performed between the genomes of a HP strain and a genetically close, NP isolate; the distribution of the screened SSH fragments was studied in 58 V. nigripulchritudo isolates by macro-array: 78 DNA fragments were selected, allowing to characterize clusters identified and pathogenic statuses; 13 are specific of the HP strains involved in Summer Syndrome. Interestingly, 10 of these markers are carried by a plasmid pSFn1 that contains sequences highly similar to those of a plasmid pAK1, detected in Vibrio shilonii, a coral pathogen. The origin and consequences of this plasmid acquisition are discussed.
Depuis 1997, les élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie sont confrontés à une nouvelle maladie, le Syndrome d'été, une vibriose septicémique dont l'agent étiologique est Vibrio nigripulchritudo. Les résultats d'infection expérimentale sur une collection de souches, ont montré l'existence de trois pathotypes distincts : hautement (HP), moyennement (MP) et non pathogène (NP). L'étude du polymorphisme génétique de 58 souches par typage moléculaire en MLST et AP-PCR, a mis en évidence un groupe phylogénétique particulier caractérisé par un très faible degré de variabilité génétique (confirmant l'émergence de ce groupe en parallèle à l'émergence du Syndrome d'été) et constitué uniquement de souches HP (dont toutes celles associées au Syndromed'été) et de souches MP. Afin d'identifier des marqueurs génétiques de la virulence des souches responsables du Syndrome d'été, et parmi ces marqueurs des gènes codant potentiellement pour des effecteurs de la virulence, une approche soustractive par SSH a été développée entre une souche HP de type Syndrome d'été et une souche NP : 368 marqueurs génétiques ont ainsi été mis en évidence ; la distribution de ces marqueurs a été étudiée chez les 58 souches de la collection par une approche en macroarray : 78 marqueurs ont été sélectionnés, qui permettent de caractériser les différents groupes phylogénétiques et les différents pathotypes, dont 13 fragments spécifiques des souches HP type Syndrome d'été. Parmi ces 13 fragments, 10 ont été localisés sur le plasmide pSFn1 qui a été entièrement séquencé. Ce même plasmide a été purifié uniquement des souches HP de type Syndrome d'été. Par ailleurs, une très forte homologie a été mise en évidence entre pSFn1 et pAK1, un autre plasmide également séquencé et retrouvé chez la souche V. shilonii AK1, responsable du blanchiment du corail Oculina patagonica en Méditerranée. Ces résultats ont ouvert la discussion sur le rôle de pSFn1 dans la virulence de V. nigripulchritudo.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-3906.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3906/