Éditeur(s) : HAL CCSD Society for Molecular Biology and Evolution
Résumé : International audience
Vibrio metoecus is the closest relative of Vibrio cholerae, the causative agent of the potent diarrheal disease cholera. Although the pathogenic potential of this new species is yet to be studied in depth, it has been co-isolated with V. cholerae in coastal waters and found in clinical specimens in the USA. We used these two organisms to investigate the genetic interaction between closely related species in their natural environment. The genomes of twenty V. cholerae and four V. metoecus strains isolated from a brackish coastal pond on the US east coast, as well as four clinical V. metoecus strains were sequenced and compared to reference strains. Whole genome comparison shows 86-87% average nucleotide identity (ANI) in their core genes between the two species. On the other hand, the chromosomal integron, which occupies approximately 3% of their genomes, shows higher conservation in ANI between species than any other region of their genomes. The ANI of 93-94% observed in this region is not significantly greater within than between species, meaning that it does not follow species boundaries. V. metoecus does not encode toxigenic V. cholerae major virulence factors, the cholera toxin and toxin co-regulated pilus. However, some of the pathogenicity islands found in pandemic V. cholerae were either present in the common ancestor it shares with V. metoecus, or acquired by clinical and environmental V. metoecus in partial fragments. The virulence factors of V. cholerae are therefore both more ancient and more widespread than previously believed. There is high interspecies recombination in the core genome, which has been detected in 24% of the single-copy core genes, including genes involved in pathogenicity. V. metoecus was six times more often the recipient of DNA from V. cholerae as it was the donor, indicating a strong bias in the direction of gene transfer in the environment.
ISSN: 1759-6653

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by/
hal-01264332
http://hal.upmc.fr/hal-01264332
http://hal.upmc.fr/hal-01264332/document
http://hal.upmc.fr/hal-01264332/file/Genome%20Biol%20Evol-2015-Orata-gbe_evv193.pdf
DOI : 10.1093/gbe/evv193

Éditeur(s) : HAL CCSD Frontiers Media
Résumé : International audience
The early 2000s marked the end of the Golden age of the antibiotics and the beginning of the awareness on the potential threat to human health due to the dissemination of antimicrobial resistance. As a base-line study, we investigated the antimicrobial susceptibility of 99 strains of non-O1/non-O139 Vibrio cholerae isolated fromwastewater and shellfish in 2000/2001 within La Rance estuary (Brittany, France). All isolates were susceptible to amoxicillin-clavulanic acid, cefotaxime, imipenem, chloramphenicol, nalidixic acid, ciprofloxacin, norfloxacin, amikacin, gentamicin, tetracycline, doxycycline, trimethoprim-sulfamethoxazole, and erythromycin. The only resistances were to streptomycin, sulfonamides and ampicillin: 54.6% of the isolates had acquired resistance to at least one antimicrobial agent among them and only six isolates from cockles were multidrug resistant. On the basis of the distribution of a limited selection of resistance associated genes, our study shows that V. cholerae can constitute an environmental reservoir for these genes. However, none of our isolates harbored integron. This result casts doubt on the capacity of non-O1/non-O139 V. cholerae to acquire resistance-associated genes in such context, and on its potential role of indicator of the dissemination of antimicrobial resistance in the aquatic environment.
ISSN: 1664-302X

hal-01616065
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01616065
DOI : 10.3389/fmicb.2017.01637
PUBMED : 28955305

Résumé : Les bactéries appartenant au genre Vibrio sont largement répandues en milieu côtier tropical et tempéré. Certaines espèces sont pathogènes pour l'homme, comme Vibrio cholerae 01 et 0139 responsables du choléra, ou V. cholerae non-01/non-0139, V. parahaemolyticus et V. vulnificus impliqués dans de nombreuses pathologies (gastro-entérites, des septicémies et autres infections). En France, le risque associé à la présence de vibrions en milieu marin est mal évalué. Ce rapport fait le bilan des données disponibles sur la contamination littorale et les infections à vibrions en France. Une large place a été consacrée aux études écologiques, réalisées sur les sites d'implantation des centrales nucléaires sur le littoral français. Dans la population, le nombre d'infections est restreint car seules les pathologies graves sont recensées. Il s'agit de cas isolés, le plus souvent immuno-déprimés, enregistrés en été et en automne. Le milieu marin (par contact, baignade ou consommation de produits de la mer) est très souvent cité comme source probable de la contamination. Un petit nombre d'espèces de vibrions est concerné (V. alginolyticus, V. vulnificus, V. parahaemolyticus, V. cholerae non-01/non-0139 et V. hollisae). Dans l'environnement marin, l'espèce dominante est V. alginolyticus ; V. vulnificus et V. parahaemolyticus sont détectés sporadiquement. Le suivi, pendant plus de dix ans, des effets d'un réchauffement artificiel des eaux littorales à Gravelines a souligné des modifications sur les populations de Vibrio marins (présence des Vibrio en hiver, augmentation de la densité bactérienne et de la diversité spécifique). Le développement de techniques de biologie moléculaire devrait permettre une meilleure évaluation du risque sanitaire en quantifiant et en caractérisant les vibrions présents en milieu côtier (stade viable non cultivable, maintien du pouvoir pathogène et virulence des souches présentes).

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00104/21545/19124.pdf
DOI:Ifremer 2002
http://archimer.ifremer.fr/doc/00104/21545/

Éditeur(s) : HAL CCSD Nakanishi Printing Co
Résumé : International audience
In Vibrio cholerae, the etiological agent of cholera, most of the virulence genes are located in two pathogenicity islands, named TCP (Toxin-Co-regulated Pilus) and CTX (Cholera ToXins). For each V. cholerae pathogenicity gene, we retrieved every primer published since 1990 and every known allele in order to perform a complete in silico survey and assess the quality of the PCR primers used for amplification of these genes. Primers with a melting temperature in the range 55-60 degrees C against any target sequence were considered valid. Our survey clearly revealed that two thirds of the published primers are not able to properly detect every genetic variant of the target genes. Moreover, the quality of primers did not improve with time. Their lifetime, i.e. the number of times they were cited in the literature, is also not a factor allowing the selection of valid primers. We were able to improve some primers or design new primers for the few cases where no valid primer was found. In conclusion, many published primers should be avoided or improved for use in molecular detection tests, in order to improve and perfect specificity and coverage. This study suggests that bioinformatic analyses are important to validate the choice of primers.
ISSN: 1342-6311

hal-01546178
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01546178
DOI : 10.1264/jsme2.ME11317

Résumé : L'activité de transport maritime dans les eaux côtières et les ports français nécessite que les navires ballastent ou déballastent pour décharger ou prendre du frêt. L'eau de mer (ou d'estuaire) rejetée à cette occasion a souvent été prise aux escales précédentes dans d'autres parties du monde et peut contenir des organismes vivants néfastes pour la faune, la flore, ou l'activité économique des régions côtières françaises. Il en est de même des eaux françaises prises comme ballast. Certaines espèces peuvent proliférer dans un nouveau milieu où les facteurs de leur régulation n'existent plus et devenir envahissantes (jacinthes d'eau en Floride ou moules zébrées dans les Grands Lacs). Les plus néfastes sont les bactéries et le phytoplancton toxique. L'épidémie de choléra qui a sévi sur les côtes Sud Américaines en 1992, peut être importée d'Asie du Sud Est par eaux de ballast, est à l'origine de contamination de coquillages sur les côtes du golfe du Mexique (Louisiane, Alabama). Sur dix neuf navires échantillonnés dans les ports américains (et venant d'Amérique du Sud) cinq portaient des eaux de ballast hébergeant Vibrio cholerae (variétés 01 et 0139) agents de l'épidémie, lesquels auraient également été retrouvés dans les coquillages de la même zone. L'économie des régions côtières françaises, très peuplées, est étroitement dépendante d'un milieu marin équilibré et non pollué. La pêche côtière l'aquaculture et même le tourisme nécessitent des écosystèmes marins en bonne santé. A l'instar de ce qui est réalisé dans les pays avancés, il était nécessaire d'évaluer les risques liés à l'activité de déballastage des navires. Après une première évaluation des provenances d'eau sur un port charentais (D. FOUCHE, D. MASSON 1999) une campagne de prélèvements sur des navires de transport faisant escale dans les principaux ports français a été commandée par le Ministère de l'Equipement, (Direction Technique de la Mer des Port et du Littoral), ainsi que les Ports Autonomes. Les résultats devaient permettre à la France, d'apprécier la réalité de la menace et de participer au règlement international de ce problème (législation solutions, techniques, etc ... ). C'est à notre connaissance la seule étude en cours en France sur le sujet.

Droits : 2000 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00191/30228/28642.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00191/30228/

Éditeur(s) : Wiley-blackwell
Résumé : Aims To describe the diversity of the culturable mesophilic and potentially pathogenic vibrios isolated at 22 and 37 degrees C on TCBS medium, in September 2009 from seawater and surface sediments. Methods and Results q-PCR assays previously selected for the identification of bacterial strains isolated at 37 degrees C were used in combination with the partial sequencing of two housekeeping genes, pyrH and toxR, to identify 315 strains isolated at 22 degrees C. The great majority of the 37 degrees C strains was identified by q-PCR assays, (five of the six species) with the predominance of Vibrio alginolyticus (85 center dot 9%) and V.harveyi (10 center dot 7%). The human pathogens V.parahaemolyticus and V.cholerae were rarely detected (two strains each). The 22 degrees C strains were successfully identified by the phylogeny analysis of pyrH and toxR genes, revealing 20 Vibrio species, with the predominance of the clam pathogen V.celticus (36 center dot 8%). The Splendidus and the Harveyi groups represented the main Vibrio group at 22 degrees C (80%) and 37 degrees C (99 center dot 5%), respectively. Conclusions The combination of q-PCR assays and the sequencing of pyrH and toxR genes highlighted two different Vibrio communities at 22 and 37 degrees C both dominated by pathogenic species for marine organisms. Significance and Impact of the Study The sequencing of the pyrH gene revealed to be a valuable tool to identify environmental Vibrio spp. strains isolated at 22 degrees C, as 92 center dot 3% of them were identified in this study.
Journal Of Applied Microbiology (1364-5072) (Wiley-blackwell), 2013-06 , Vol. 114 , N. 6 , P. 1713-1724

Droits : 2013 The Society for Applied Microbiology
http://archimer.ifremer.fr/doc/00144/25502/24832.pdf
DOI:10.1111/jam.12181
http://archimer.ifremer.fr/doc/00144/25502/