Genetic improvement strategy in small aquaculture industries : the new caledonian shrimp experience Auteur(s) : Goyard, Emmanuel Goarant, Cyrille Brun, Pierre Herlin, Jose Pham, Dominique Beliaeff, Benoit Harache, Yves Loubersac, Lionel Éditeur(s) : PSIC 11 - 11th Pacific Science Inter-Congress : Pacific Countries and their Ocean: Facing Local and Global Changes / 2nd Symposium on French Research in the Pacific. March 2 - 6, 2009 Tahiti, French Polynesia Résumé : Shrimp farming in New Caledonia relies on the culture of a domesticated strain of Litopenaeus stylirostris introduced from Mexico at a time when genetic principles were of little or no consideration. Since then, advances in agriculture and for some aquatic species of importance led caledonian shrimp farmers to reconsider the appropriateness of a genetic improvement strategy adapted to local biotechnical and economical constraints. This questioning involves many different and interrelated aspects: scientific and technologic (genetics, biosecurity, quarantine, ), economic and organizational (financing, diffusion of genetic improvement) and pedagogic (awareness of farmers). Local institutions, producers associations, research centre and sanitary services associated to carry on the test of a first improvement strategy based on the crossing of different strains of L. stylirostris. This conceptually simple approach aimed at eliminating inbreeding, the first genetic limitating factor of improvement in captive populations. A second domesticated strain was obtained from Hawaii by the caledonian farmers, imported through a quarantine under the control of the zoosanitary local authorities, and reproduced and tested as pure or crossbred stocks by Ifremer within the framework of an interdisciplinary research project financed by caledonian institutions. Present results for hybrids (better growth and survival in the absence of virus) demonstrate the validity of this approach. They also bring out the importance to simultaneously integrate in a development scheme, a breeding centre to maintain and reproduce disease free breeders. This strategy and organization, tested in New Caledonia, could possibly be of benefit to other small scale aquaculture activities in the pacific islands. La filière crevetticole de Nouvelle-Calédonie s’est développée jusqu’à aujourd’hui à partir d’un stock domestiqué de Litopenaeus stylirostris introduit d’Amérique à une époque où les principes de base en génétique n’étaient pas ou peu appliqués en aquaculture. Les avancées récentes en agriculture et chez quelques espèces aquacoles d’importance mondiale ont conduit les acteurs de cette filière à se poser la question de la mise en place d’une stratégie d’amélioration génétique adaptée aux contraintes biotechniques et économiques locales. Cette réflexion comportait à la fois des aspects scientifiques et technologiques (génétique, biosécurité, quarantaine, conservatoire), économiques et organisationnels (coût de l’opération, modalité de diffusion du progrès attendu), pédagogiques (sensibilisation des fermiers). Des acteurs d’horizons différents (institutions locales, association de producteurs, centre de recherche, police zoosanitaire) se sont associés pour monter une opération de testage d’une première stratégie d’amélioration par croisement de souches de la même espèce. Cette stratégie conceptuellement simple visait l’élimination du premier facteur génétique de limitation des performances d’élevage d’une population captive, à savoir une consanguinité d’autant plus élevée que le nombre de géniteurs fondateurs était faible. Une seconde souche domestiquée a ainsi été acquise à Hawaii par les producteurs calédoniens, contrôlée en quarantaine par les services vétérinaires calédoniens en charge de la réglementation sanitaire, reproduite et testée pure et en croisement par l’Ifremer dans le cadre d’un projet de recherche pluridisciplinaire plus large financé par les institutions du Pays. Les résultats obtenus démontrent l’intérêt de la démarche (meilleure croissance, meilleure survie en l’absence de virus). Mais ils montrent aussi l’utilité d’intégrer simultanément dans le plan de développement de la filière une stratégie de conservation des souches parentales afin de disposer de géniteurs exempts de pathogènes. Cette stratégie et cette organisation testées en Nouvelle-Calédonie pourraient vraisemblablement être profitables à d’autres filières aquacoles modestes, en particulier dans les pays insulaires du Pacifique. Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/29247.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/ | Partager |
Observer, évaluer et suivre la biodiversité sous marine des lagons : Intérêt des techniques vidéo rotatives en haute dé:nition. Où en est-on en Nouvelle-Calédonie ? Auteur(s) : Pelletier, Dominique Mallet, Delphine Roman, William Loubersac, Lionel Éditeur(s) : Neidine Editeurs Résumé : This article first draws up a balance sheet of all various implemented techniques to observe and monitor the shallow marine biodiversity. Then the article focuses on the techniques of the rotating high resolution submarine video and their implementation in New Caledonia on various sites and habitats under various management / protection policies such as Marines Protected Areas, strict marine reserves, registered sites on UNESCO world heritage or free access zones. An evaluation of these techniques and of their contributions is proposed in terms of transfer to other geographical zones, of practical feasibility in the technical, logistic and cost point of view as also are analyzed the perspectives offered by those technologies in terms of innovation, of support for the management or as communication tool on the health of the observed biodiversity. Cet article dresse tout d’abord un bilan des différentes techniques mises en oeuvre pour observer et suivre la biodiversité marine peu profonde. Ensuite l’article se focalise sur les techniques de la vidéo sous marine rotative de haute définition et leur mise en œuvre en Nouvelle-Calédonie sur différents sites et habitats soumis ou non à des règles de gestion/protection tels que des Aires Marines Protégées, des réserves intégrales ou des sites inscrits au patrimoine mondial. Une évaluation de ces techniques et de leur apports est proposée en termes de transfert à d’autres zones géographiques, de faisabilité pratique aux plans techniques, logistiques et de coût comme également sont analysées les perspectives en termes d’innovation, d’appui à la gestion ou encore d’outil de communication sur les états de la biodiversité observée. Tai Kona (2269-7535) (Neidine Editeurs), 2014-01 , N. 6 , P. 12-26 Droits : Tai Kona http://archimer.ifremer.fr/doc/00174/28506/26855.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00174/28506/ | Partager |
Spatial resolution improvement by merging MERIS-ETM images for coastal water monitoring Auteur(s) : Minghelli Roman, Audrey Polidori, Laurent Mathieu Blanc, Sandrine Loubersac, Lionel Cauneau, François Éditeur(s) : IEEE Geoscience and Remote Sensing Society Résumé : The Medium Resolution Imaging Spectrometer (MERIS) launched in March 2002 and has been providing images since June 2002. Before its launch, we had implemented a method to improve its resolution by merging its images with Landsat Enhanced Thematic Mapper images in order to preserve the best characteristics of the two images (spatial, spectral, temporal). We now present the results of this method for real MERIS images (level 1b and 2) in a coastal area. The robustness of the method is studied as well as the influence of the delay between the acquisitions of the two images. IEEE Geoscience and Remote Sensing Letters (1545-598X) (IEEE Geoscience and Remote Sensing Society), 2006-04 , Vol. 3 , N. 2 , P. 227-231 Droits : 2006 IEEE http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-2119.pdf DOI:10.1109/LGRS.2005.861699 http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2119/ | Partager |
Orama nui : a programme for an observatory of marine resources and activities in the Pacific Islands Countries Auteur(s) : Loubersac, Lionel Résumé : The "ORAMA NUI" programme has been developed by the Territory of French Polynesia and IFREMER, both partners in SPT since 1988. It first aims at alleviating some bottlenecks, mainly in the coastal and lagoon economic development process, by use of satellite and computer technologies; then after four years of activities, it seeks to create opportunities for cooperative development projects involving one or several French territory and/or one or several island country in the Pacific region. After presenting the background, objectives, and bases of the programme, the paper comments on the rules set by EC for co-financing cooperative development projects involving at least one French overseas territory. Le programme "ORAMA NUI" a été développé par le Territoire de Polynésie Française et l'IFREMER, tous deux partenaires dans la SPT depuis 1988. Son but premier est de desserrer quelques goulots d'étranglement fréquents dans le processus de développement économique des lagons et des zones côtières; puis, après quatre années d'activité, il cherche à créer des opportunités de projets de développement en coopération mettant en jeu un ou plusieurs autre territoire français d'outremer et/ou un ou plusieurs pays insulaire de la région Pacifique. Après la présentation du contexte, des objectifs, et des bases du programme, l'auteur commente les règles établies par la CEE pour le cofinancement de projets de développement en coopération mettant en jeu au moins un territoire français d'outremer. Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/00191/30212/28610.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00191/30212/ | Partager |
Remote Sensing and Coastal Zone Management Auteur(s) : Loubersac, Lionel Processing of Remote Sensing Data Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/00089/20058/17699.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00089/20058/ | Partager |
A strategy for the development of remote sensing applications and GIS uses in french Polynesia Auteur(s) : Chenon, Felix Loubersac, Lionel Varet, Hervé Éditeur(s) : Remote Sensing and Geographic Information Systems for the Pacific: Report of the Working Group Meeting on Regional Co-operation in Applications of Remote Sensing and Geographic Information Systems Technology for the Pacific, 18-22 March 1991, Suva, Fiji. ST/ESCAP/998. Résumé : Once the specific geographical context of French Polynesia and its needs about the use of results od Remote Sensing and Geographic Information have been presented and situated, the strategy used and developped both by the territory of French Polynesia and Ifremer in partnership is introduced. It comprises four parts and tries, by involving directly the end users, to make known the use of data of the high technology tools represneted bu Space Remote Sensing and Geographic Information Systems. Several types of the products are proposed and regional extrapolation plans are offered consequently. Après avoir présenté et situé le contexte géographique spécifique à la Polynésie française et ses besoins en résultats de la télédétection et de l'information géographique, on présente la stratégie mise en place en partenariat entre le Territoire de Polynésie Française et Ifremer. Celle-ci comprend quatre axes et cherche, en impliquant directement les utilisateurs finaux, à faire mieux connaître l'utilisation des données des outils de haute technologie que sont la télédétection spatiale et les Systèmes d'Information Géographiques. Plusieurs types de produits dérivés sont présentés et des plans d'extrapolation régionale sont offerts en conséquence. Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25437/23590.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25437/ | Partager |
Partial characterization of an exopolysaccharide secreted by a marine bacterium, Vibrio neocaledonicus sp nov., from New Caledonia Auteur(s) : Chalkiadakis, Eletherios Dufourcq, R. Schmitt, Sophie Brandily, Christophe Kervarec, N. Coatanea, Denis Amir, H. Loubersac, Lionel Éditeur(s) : Wiley-blackwell Résumé : Aims Exopolysaccharides (EPS) are industrially valuable molecules with numerous useful properties. This study describes the techniques used for the identification of a novel Vibrio bacterium and preliminary characterization of its EPS. Methods and Results Bioprospection in marine intertidal areas of New Caledonia followed by screening for EPS producing brought to selection of the isolate NC470. Phylogenetic analysis (biochemical tests, gene sequencing and DNADNA relatedness) permitted to identify NC470 as a new member of the Vibrio genus. The EPS was produced in batch fermentation, purified using the ultrafiltration process and analysed by colorimetry, Fourier Transform Infrared spectroscopy, gas chromatography, Nuclear Magnetic Resonance and HPLC-size exclusion chromatography. This EPS exhibits a high N-acetyl-hexosamines and uronic acid content with a low amount of neutral sugar. The molecular mass was 672x103Da. These data are relevant for possible technological exploitation. Conclusions We propose the name Vibrio neocaledonicus sp. nov for this isolate NC470, producing an EPS with an unusual sugar composition. Comparison with other known polymers permitted to select applications for this polymer. Significance and Impact of the Study This study contributes to evaluate the marine biodiversity of New Caledonia. It also highlights the biotechnological potential of New Caledonia marine bacteria. Journal Of Applied Microbiology (1364-5072) (Wiley-blackwell), 2013-06 , Vol. 114 , N. 6 , P. 1702-1712 Droits : 2013 The Society for Applied Microbiology http://archimer.ifremer.fr/doc/00144/25501/24036.pdf DOI:10.1111/jam.12184 http://archimer.ifremer.fr/doc/00144/25501/ | Partager |
Cartographie dérivée de satellite et information géographique sur les iles basses et les atolls : application à l'atoll de Manihi (Tuamotu). La spatiocarte à norme Pacifique et ses produits associés. . Auteur(s) : Loubersac, Lionel Résumé : The present report synthesizes the results of the works led in collaboration between the IFREMER, the Hydrographic and Oceanographic service of the French Navy (Oceanographic Mission of the Pacific) and the Departments of the Sea and Fish farming and of the Management and Town planning of the Territory of the French Polynesia. After a reminder of the problems regarding morphological and hydrographic mapping of low islands (atolls) of the Pacific in particular in French Polynesia, a paragraph draws up the assets of the aerial and spatial images as well as the computer-assisted digital mapping. A chapter of the report is then dedicated to the data, to the digital processing methodologies and to the display of the results. The following one develops the applications in particular relative to 4 types of by-products of the images and the (processing : i) the spacemap said "Pacific standard ", ii) said spacemap "maritime leases", iii) the geographical database of the information system SIGMA POE RAVA dedicated to the management of the pearl oyster culture and iiii) the production of bathymetric meshed models. A conclusion approaches the perspectives and the potential developments. Le présent rapport synthétise les résultats des travaux menés en collaboration entre l'IFREMER, le Service Hydrographique et Océanographique de la Marine (Mission Océanographique du Pacifique) et les Services de la Mer et de l'Aquaculture et de l'Aménagement et de l'Urbanisme du Territoire de la Polynésie française. Après un rappel de la problématique posée en matière de cartographie morphologique et hydrographique des iles basses (atolls) du Pacifique et notamment de Polynésie française, un paragraphe dresse les atouts de l’image aérienne et spatiale ainsi que de la cartographie numérique assistée par ordinateur. Un chapitre du rapport est consacré aux données, aux méthodologies de traitement et à la présentation des résultats. Le suivant développe les applications notamment relatives à 4 types de produits dérivés des images et des traitements : i) la spatiocarte dite «à norme Pacifique», ii) les spatiocartes dites «concessions maritimes», iii) la base géographique du système d’information SIGMA Poe Rava dédié à la gestion de la perliculture et iiii) la production de modèles bathymétriques maillés».Une conclusion aborde les perspectives et développements potentiels Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30644/29099.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30644/ | Partager |
Signatures spectrales des objets du littoral Auteur(s) : Viollier, Michel Belsher, Thomas Loubersac, Lionel Éditeur(s) : Proceedings of the 3th International Colloquium on Spectral Signatures of Objects in remote Sensing,16-20 décembre 1985, Les Arcs, France. 1985. ESA SP-247, pp.203-206 Résumé : Spectral signatures were measured on the coast using a "high-resolution" spectroradiometer and a SPOT simulation radiometer. These data allow to define optical indexes that are useful for the characterization of seaweeds and of intertidal areas. Des signatures spectrales ont été mesurées sur le littoral au moyen d'un spectroradiomètre "haute résolution " et d'un radiomètre de simulation SPOT. Ces données permettent de définir des indices optiques utiles à la caractérisation des algues et des faciès de l'estran Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25436/23589.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25436/ | Partager |