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Le programme ELAN de Campus France
Auteur(s) : Darius, Urdine
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Expression des facteurs régionaux et locaux dans l'enregistrement sédimentaire d'une marge passive. Exemple de la marge du Golfe du Lion, étudiée selon un continuum terre-mer
Auteur(s) : Duvail, Cédric
Auteurs secondaires : Géosciences Montpellier ; Université des Antilles et de la Guyane (UAG) - Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS) - Université de Montpellier (UM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Université de Montpellier 2 Michel Séranne

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : This work aims at studying the sedimentary record of the Gulf of Lion margin during the post-rift evolution. Methodology is based on the exploitation of a disparate database (the BRGM Banque du Sous-Sol, industrial seismic reflection, exploration boreholes, onshore outcrops), which -through high-resolution onshore-ofshore correlations- leads to interpretations of the post-rift evolution of distinct segments of the margin. The part played by the Messinian salinity crisis in the margin evolution is underlined. The processes of the subsequent restoration of the margin during the Plio-Quaternary are analysed. The distinct evolutions observed on different segments o the margin are related to local forçings (structural heritage and /or variable sediment flux). The results are used to improve the knowledge of littoral aquifers reservoirs.
L'objectif de ce travail est l'étude de l'enregistrement sédimentaire de la marge du Golfe du Lion pendant son évolution post-rift. On met au point une méthodologie basée sur l'exploitation et de données disparates (Banque du Sous-Sol du BRGM, sismique réflexion industrielle, forages pétroliers profonds, affleurements de terrain), conduisant à des corrélations terre-mer haute-résolution et aboutissant à des interprétations de l'évolution post-rift de plusieurs segments de la marge. On met en évidence le rôle de la crise de salinité messinienne dans l'évolution de la marge et les modalités de la reconstruction de celle-ci, pendant le Plio-Quaternaire. Les évolutions variables selon les segments sont analysées, et mises en relation avec les contrôles locaux (héritages et /ou flux sédimentaires différents). Ces résultats sont appliqués à des problématiques de réservoirs aquifères littoraux.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00438146

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Bonne gouvernance et insularité
Auteur(s) : Devoue, Elina

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Le rôle de la faune sur la régénération forestière naturelle
Auteur(s) : Charles-Dominique, Pierre
Auteurs secondaires : Ecologie des forêts de Guyane (ECOFOG) ; Ecole Nationale du Génie Rural, des Eaux et des Forêts (ENGREF) - Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) - Université des Antilles et de la Guyane (UAG) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

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L'economie d'un secteur aquacole : la production de Macrobrachium Rosenbergii en Guyane
Auteur(s) : Catanzano, Joseph

Résumé : Aquafarming in Guyana (Macrobrachium Rosenbergii) finds itself confronted today with a serious economic problem linked to a concurrence of factors of differing origins. - The absence of markets (an apparently cyclical phenomenon) has hindered many operations and calls into question the producing sector in its current form (See table 5: stock SICA 1987). But behind this difficulty, other deeper and longer-lasting ones call for questions to be asked. During analysis of the sector, structural blockages appear from the first years of operations, which, combined with the prolonged absence of revenue, accelerates a process of decline (see the spiral of recession in the text). These other factors are: - 1) An environment that hinders the creation of new farms (difficulties and delay of basin construction sites, wavering about the chosen farming techniques, changes while engaged in operations...) - 2) A complete unawareness of the true capabilities of markets and competitors. - 3) An overestimation of possible yields in the first years. - 4) Underestimating cash flow needs and the consequences of taking out a large loan (see appendix 5, corporate earnings). - 5) Difficulty with implementing a solid and sustainable business structure. - 6) A serious and rapid deterioration of relations among the people involved in this production sector caused by a great deal of confusion about the role, attributions and sphere of expertise of each one of them (confusion in particular among IFREMER, France Aquaculture, and Guyane Aquaculture). Taken all together, these factors mean that we must consider today that the solutions proposed in response to the problem of marketing (See appendix 8 on the DDA proposal and appendix 9 on the GEM report), cannot suffice either to revive discontinued farms or to go ahead with planned projects.
(OCR non controlé) L'aquaculture en Guyane (Macrobrachium Rosenbergii) se trouve confrontée aujourd'hui à un grave problème économique lié à la conjonction de facteurs de natures distinctes. - L'absence de débouchés (phénomène en apparence conjoncturel) est venu bloquer bon nombre d'exploitations et remet en cause le secteur productif dans sa forme actuelle (Cf.tableau 5 : stock SICA 1987). Mais derrière cette difficulté, d'autres plus profondes et durables amènent à poser des questions. A l'analyse du secteur, des blocages structurels apparaissent, dès les premières années d'exploitation, qui combinés à l'absence prolongée de recettes, accélèrent un processus de déclin (cf dans le texte la spirale de la récession). Ces autres facteurs sont : - 1 ) Un environnement contraignant pour la création des fermes (difficultés et retard des chantiers de construction de bassins, hésitations sur les techniques d'élevage choisies, modifications en cours d'exploitation...) - 2 ) Une méconnaissance totale des capacités réelles des marchés et des concurrents. - 3 ) Une sur-estimation des rendements possibles les premières années. - 4 ) Une sous estimation des besoins de trésorerie et des conséquences d'un recours à l'emprunt important (cf annexe 5 résultats d'entreprises). - 5 ) Une difficulté à mettre en place une structure professionnelle solide et pérenne. - 6 ) Une grave et rapide dégradation des relations entre les acteurs de ce secteur de production causée par de sérieuses confusions sur le rôle, les attributions et les domaines de compétences de chacun d'eux (confusion notamment entre IFREMER, FRANCE AQUACULTURE, GUYANE AQUACULTURE). L'ensemble de ces facteurs fait que l'on doit considérer aujourd'hui que les solutions proposées en réponse au problème de commercialisation (Cf annexe 8 sur proposition DDA et annexe 9 sur rapport GEM), ne peuvent suffire ni pour relancer les fermes arrêtées ni pour réaliser les projets envisagés). Celles ci ne tiennent pas compte de la dégradation des relations entre les différents partenaires et reposent uniquement sur une intégration accrue des producteurs dans un environnement que pourtant la plupart ont déjà rejeté (ceci est caractéristique de la proposition de Mr FINET, DDA GUYANE ; cf annexe 8). - Il convient de plus de réviser sérieusement les seuils de rentabilité des entreprises en tenant compte d'un prix de revient qui intégre la totalité des charges imputables à ces productions et non plus seulement une partie comme cela a trop souvent été le cas. Le calcul du prix de revient sur la base des données comptables d'une exploitation (cf annexe 5) donne comme résultat la valeur de 90 Frs/Kg si on tient compte d'une estimation des charges imputables à une partie de production non pêchée, stockée en bassin. Si on ne prend pas en compte cette estimation, le prix s'établit au niveau de 130 Frs. Dans les deux cas les prix de vente actuels ne laissent entrevoir un quelconque bénéfice. Ceci résume bien le problème majeur de cette activité. Si on prévoit la remise en activité des fermes aujourd'hui stoppées, on doit prendre en considération que cela va inévitablement accroître leurs charges financières par un recours supplémentaire au crédit. Le prix de revient s'alourdira d'autant. Cette hypothèse n'étant réalisable qu'aprés une confiance retrouvée auprés des banquiers, ce qui en l'état actuel est loin d'être gagné. - C'est l'ensemble de ces contraintes qu'il convient de prendre en compte aujourd'hui si on souhaite tirer un bilan sérieux et objectif sur cette expérience dont les effets escomptés sont loin d'être obtenus (effet sur la balance commerciale déficitaire en crevettes, effet sur le développement de la Guyane...). Ce n'est qu'au terme d'un travail d'analyse technique mais aussi économique qu'un réajustement des prévisions de base pourra être effectué. Mais parallèlement à cette démarche, une re-définition de l'organisation du secteur doit être recherchée. Ceci passe entre autre par une re-définition claire de la place et du rôle de chacun des organismes qui sont amenés à intervenir dans cette activité. Sans cela toute proposition d'action risque d'aboutir à trés court terme à un nouvel échec.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1988/rapport-2300.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2300/

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Marqueurs microsatellites chez l'huître plate Ostrea edulis l. : caractérisation et applications à un programme de sélection pour une résistance au parasite Bonamia ostreae et à l'etude de populations naturelles
Auteur(s) : Launey, Sophie

Éditeur(s) : Institut national agronomique Paris Grignon
Résumé : The flat oyster Ostrea edulis L. is the indigenous oyster of the Atlantic as well as the Mediterranean coasts of Europe. Its commercial exploitation dates back to Antiquity but its breeding is now threatened by two parasitic protozoa, among which Bonamia ostreae. Various aspects of the genetics of this species' natural and farmed populations have been studied with the aid of microsatellite markers. At first, the implementation and the screening of two partial genomic libraries made it possible to identify 28 new microsatellite loci. Analysis of the segregation of 12 of these loci and of two enzymatic loci shows that most microsatellite loci are transmitted in a Mendelian way, but some loci have significant segregation distortions. Moreover, seven linkage groups, of which four contain at least two markers, were identified in Ostrea edulis. The genetic variability of three populations selected for one or two generations for resistance to Bonamia ostreae was analysed with the aid of 5 microsatellite loci. In spite of the absence of genealogical data, we have shown that these selected populations were descended from a very low number of founding genitors (from 3 to 15 depending on the population) and for two populations, we were able to reconstruct the genealogy and the relationships between the individuals were identified. These selected populations have, in addition to a very low genetic variability, real and at times high levels of consanguinity. These results have a significant implication for the continuation of the selection programme (consanguinity management, augmentation of genetic variability by introducing wild genitors). The geographical structuring of the genetic variability of natural populations of Ostrea edulis has been analysed with the aid of 5 microsatellite loci on a sampling covering almost the entire distribution area of the species (from Norway to the Adriatic Sea). The results are consistent with those published in the literature and using enzymatic markers. The populations show a low level of differentiation that could correspond to a model of isolation by distance. The Atlantic populations, which have a reduced polymorphism, could be descended from post-glacial recolonisation from Mediterranean populations that had survived the glaciations of the Quaternary Period. The current distribution of flat oyster populations is surely also subject to anthropogenic activities. Finally, the genetic bases of the heterozygosis-growth correlation were studied in a natural population with the aid of enzymatic and microsatellite markers. Although leads favouring the direct contribution of enzymatic loci have been found, biases in the sampling design make it impossible to come to a formal conclusion. However, this study has made it possible to show that the capture of individuals over a short period (around ten days) leads to a sampling of a population descended from a very low number of founding genitors, in contradiction with the generally accepted idea that marine bivalve populations are large panmictic populations with significant, efficient numbers. These results confirm in a natural population the observations of a significant reduction of efficient sizes in hatchery populations.
L'huître plate Ostrea edulis L. est l'huître indigène des côtes européennes aussi bien atlantiques que méditerranéennes. Son exploitation commerciale remonte à l'Antiquité mais son élevage est aujourd'hui menacé par deux protozoaires parasites dont Bonamia ostreae. Différents aspects de la génétique des populations naturelles et cultivées de cette espèce ont été étudiés à l'aide de marqueurs microsatellites. Dans un premier temps, la réalisation et le criblage de deux banques génomiques partielles ont permis l'identification de 28 nouveaux locus microsatellites. L'analyse de la ségrégation de 12 de ces locus et de deux locus enzymatiques montre que la plupart des locus microsatellites sont transmis de façon mendélienne, mais certains locus présentent des distorsions de ségrégation importantes. Par ailleurs, sept groupes de liaison dont quatre contiennent au moins deux marqueurs ont été identifiés chez Ostrea edulis. La variabilité génétique de trois populations sélectionnées depuis une ou deux générations pour une résistance à Bonamia ostreae a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites. Malgré l'absence de données généalogiques, nous avons montré que ces populations sélectionnées étaient issues d'un très faible nombre de géniteurs fondateurs (de 3 à 15 selon les populations) et pour deux populations, la généalogie a pu être reconstituée et les liens de parenté entre les individus ont été identifiés. Ces populations sélectionnées présentent, outre une très faible variabilité génétique, des niveaux de consanguinité réels et parfois élevés. Ces résultats ont une implication importante pour la continuation du programme de sélection (gestion de la consanguinité, augmentation de la variabilité génétique par introduction de géniteurs sauvages). La structuration géographique de la variabilité génétique des populations naturelles d'Ostrea edulis a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites sur un échantillonnage couvrant presque toute l'aire de répartition de l'espèce (de la Norvège à la Mer Adriatique). Les résultats sont cohérents avec ceux publiés dans la littérature et utilisant des marqueurs enzymatiques. Les populations montrent un niveau de différenciation faible qui pourrait correspondre à un modèle d'isolement par la distance. Les populations atlantiques, qui présentent un polymorphisme réduit, pourraient être issues de recolonisation post-glaciaire à partir de populations méditerranéennes ayant survécu aux glaciations du Quaternaire. La répartition actuelle des populations d'huître plate est certainement aussi soumise aux actions anthropiques. Enfin, les bases génétiques de la corrélation hétérozygotie-croissance ont été étudiées dans une population naturelle à l'aide de marqueurs enzymatiques et microsatellites. Bien que des pistes en faveur de la contribution directe des locus enzymatiques aient été trouvées, des biais dans le dispositif expérimental ne permettent pas de conclure de façon formelle. Cependant, cette étude a permis de montrer que le captage d'individus sur une faible période (une dizaine de jours) conduit à l'échantillonnage d'une population issue d'un nombre très réduit de géniteurs fondateurs, en contradiction avec l'idée reçue que les populations de bivalves marins sont de larges populations panmictiques à effectif efficace important. Ces résultats confirment dans une population naturelle les observations de réduction importante des tailles efficaces dans des populations d'écloserie.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1998/these-1919.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1919/

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CAMP – Connectivité des Aires Marines Protégées - Période Mars 2009 – Février 2010. Rapport intermédiaire
Auteur(s) : Muths, Delphine Bourjea, Jerome

Résumé : The main aim of the CAMP project (2009-2011) is to estimate the efficient connectivity between the Marine Protected Areas (MPA) of the South-West Indian Ocean (SWIO). For that purpose, we use a population genetics approach on 3 reef fishes: Epinephelus merra, Lutjanus kasmira et Myripristis berndti. The overall goal of the project is to provide new elements to MPA managers that will contribute to design the best network of MPAs in the SWIO. In the first year of the project, most of the time was spent to sample fishes. Based on collaborations with 5 international and national partners, we succeed to sample more than 1100 fishes within 12 sites of the SWIO. More than 850 of the 1100 fishes were already sequenced. The development of third microsatellite libraries is under-going and should be available for the 2nd part of the year 2010. The second year of the project (2010) will focus on the end of the sampling in the SWIO as well as doing most of the genetic analysis of the samples collected in 2009 (microsatellit analysis) and in 2010 (mtDNA sequencing). At the end of the second year, we expect to be able to do a first regional analysis of the genetic structure of these reef fishes population. Then, in 2011, the project team will elaborate some recommendations to MPAs managers on the basis of the whole genetic dataset
L’objectif principal du projet CAMP (2009-2011) est d’estimer la connectivité effective entre les Aires Marines Protégées (AMP) du sud ouest de l’océan Indien (SOOI) par le biais de la génétique des populations de 3 modèles biologiques : Epinephelus merra, Lutjanus kasmira et Myripristis berndti. L’objectif final est de fournir des éléments de réflexion aux gestionnaires afin de contribuer significativement au dessin du réseau des AMPs dans le SOOI. La première année du projet a été consacrée essentiellement à l’échantillonnage. Basé sur une coopération avec nos 5 partenaires nationaux et internationaux, cet échantillonnage a permis de collecter plus de 1100 échantillons de tissus de ces 3 espèces de poissons répartis dans 12 sites du SOOI. Sur ces 1100 poissons, plus de 850 séquences d’ADN mitochondrial ont d’ores et déjà été effectuées. En parallèle, le développement des banques microsatellites pour les 3 espèces est en cours et devrait être disponible pour à la mi 2010. La deuxième année du projet (2010) aura pour objectif de poursuivre l’échantillonnage sur l’ensemble du SOOI et de réaliser les analyses microsatellites des échantillons collectés en 2009 ainsi que les séquences des échantillons collectés en 2010. Au terme de cette deuxième année, une analyse de la structure génétique de ces populations de poissons de récifs pourra être menée, suivie en 2011 de l’élaboration d’aides à la gestion sur la base de l’ensemble des données acquises dans le cadre de ce projet.

Droits : 2010 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21086/18710.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21086/

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Monnaie et inflation dans les économies en développement : Emphase sur Haïti ; Credibility and efficiency of monetary policy
Auteur(s) : Labossiere, Eddy
Auteurs secondaires : Antilles-Guyane Célimène, Fred

Résumé : A partir de 1996 pour combattre une inflation galopante, Haïti a mis en place une politique de ciblage de la masse monétaire avec un objectif d’inflation. La forte inflation a pris naissance dans l’accumulation du déficit budgétaire et le financement monétaire de celui-ci par le seigneuriage. Cette pratique du financement par l’impôt inflationniste engendre donc un problème de crédibilité, en dépit de la double circulation monétaire caractérisée par un niveau élevé de dollarisation de l’économie qui a atteint 50% dès 2004. La politique monétaire mise en œuvre vise à éviter le biais inflationniste et différentes approches pour améliorer la crédibilité ont été considérées. La crise économique commencée en 2007 dans les pays développés, est née de l’instabilité des marchés financiers et a obligé la mise en place de politique monétaire non conventionnelle afin d’éviter la trappe de liquidité. Cette crise a donné lieu à une accumulation de réserves internationales et un faible taux d’intérêt dans les économies des pays émergents et les économies des pays sous-développés. Il devenait évident que le fondement théorique de la stratégie de politique monétaire demeure la recherche à la fois de la stabilité monétaire et la stabilité des marchés financiers afin de conserver la crédibilité et l’efficacité de la politique monétaire des banques centrales. L’utilisation abusive faite par la FED aux USA de l’assouplissement quantitatif, fait craindre une crise de la dette souveraine des Etats, la création de bulle spéculative, et un retour à la récession. Avec le cas d’Haïti, les anticipations ne sont pas rationnelles à cause des erreurs de prévisions. Une analyse jointe des taux des banques, en utilisant un modèle VECM, ne nous a pas permis de trouver un taux d’équilibre de long terme entre eux. Le test de Seo conclu que les chocs ont affecté la dynamique de ces taux. Les accords avec le FMI ont permis une très faible amélioration de l’efficacité de la politique monétaire avec l’accumulation de réserves dans la foulée de la crise qui a démarré en 2007.
Since 1996 in order to fight inflation, Haiti put in place a monetary policy targeting money supply with inflation target. Inflation high gets started from budget deficit accumulation and monetary financing by seigniorage. This practice of financing by inflationary taxes implies a problem of credibility of monetary policy even with a double monetary circulation and a dollarization of the economy reaching 50% since 2004. The monetary policy implementation aims to avoid inflation bias and different approaches for improving credibility has been considered. The economic crisis started in 2007 created by the instability of the financial markets, forced the establishment of non-conventional monetary policy to avoid the liquidity trap. This crisis has resulted in an accumulation of international reserves and low interest rate in emerging economies and the economies of underdeveloped countries. It became more and more evident that the theoretical basis of the monetary policy strategy remains looking for both, monetary stability and the stability of the financial markets, in order to maintain the credibility and efficiency of the monetary policy of central banks. The misuse made by the FED in the USA of quantitative easing, rise concerns about a crisis of sovereign debt of the Sates, the creation of speculative bubble, and a possible return to the recession. With the case of Haiti, the expectations are not rationales because of forecast errors. A joint analysis of banks interests’ rates using a VECM model has not enabled us to find a long run equilibrium rate between them. The Seo test concluded that chocks affect the dynamic of both rates. The agreements with the IMF allowed improving weakly the monetary policy efficiency with the accumulation of international reserves in the wake of the crisis which started in 2007.

http://www.theses.fr/2013AGUY0701/document

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Société de Crédit foncier colonial : rapport du conseil d' administration à l'assemblée générale du 28 mai 1868
Auteur(s) : Société de crédit foncier colonial
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Rapport sur le renouvellement du privilège des banques coloniales présenté par M. Papin Beaufond au nom du Conseil d'Administration de la Banque de la Guadeloupe
Auteur(s) : Papin Beaufond, Tomy ((1875-1954)
Année de publication :

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Mise au point, développement et gestion d’une base de données mondiale des génotypes circulants de bacilles tuberculeux : Méthodes moléculaires et outils web pour cartographier, comprendre et maîtriser l’épidémie
Auteur(s) : Couvin, David
Auteurs secondaires : Antilles-Guyane Rastogi, Nalin

Résumé : La tuberculose (TB), maladie infectieuse contagieuse, est causée par une mycobactérie appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC). Malgré de nombreuses campagnes de vaccination par le BCG (Bacilles de Calmette et Guérin) et les traitements antituberculeux, on observe une réémergence de la maladie depuis les années 80. Ce bouleversement s’explique par la coïnfection avec le virus du VIH/SIDA, la désorganisation des systèmes de santé et par l’apparition des bactéries résistantes aux principaux antibiotiques antituberculeux. Dans ce contexte une meilleure connaissance des mouvements et de l’évolution des clones circulants du bacille tuberculeux permettrait de détecter plus rapidement et de façon plus pertinente l’émergence d’épidémies. Le contrôle et la surveillance de la maladie représentent des moyens essentiels pour lutter contre l’expansion mondiale de la tuberculose. C’est ainsi que l’unité de la Tuberculose et des Mycobactéries de l’Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG) a mis en place une base de données de profils génotypiques pour l’étude de l’épidémiologie globale de la tuberculose. Dans le cadre de cette thèse, nous décrirons les méthodes de bioinformatique qui ont été utilisées pour la gestion et l’exploitation de la 6ème version (SITVIT2) de cette base de données des génotypes pour mieux comprendre l’évolution et la dissémination mondiale du bacille tuberculeux. Cette base intègre aussi plusieurs marqueurs moléculaires tels que les MIRU-VNTRs (« mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats ») et le Spoligotype43 servant à mieux décrire et identifier les familles de profils génotypiques du MTBC. La banque de données SITVIT2 ne cesse d’évoluer, et elle contient actuellement des informations épidémiologiques sur 111 635 isolats cliniques. Cette base de données est consultable en ligne à l’adresse suivante : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. Nous avons également réalisé une base de données nommée SITVITBovis qui est dédiée à la tuberculose bovine. Cette base de données sera accessible à l’adresse : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/. Parallèlement au développement et à la gestion des bases de données, ce travail de thèse s’est appuyé sur plusieurs études épidémiologiques et phylogéographiques mettant en corrélation les données disponibles sur la résistance aux médicaments ou les caractéristiques démographiques (dont le sexe, l’âge, le statut VIH, et l’origine du patient). Notre initiative de recherche permet ainsi d’améliorer la caractérisation phylogénétique détaillée des lignées du MTBC, ainsi que l’épidémiologie des clones en circulation, afin d’élaborer une cartographie géographique des isolats cliniques prédominants pour les bacilles tuberculeux principalement impliqués dans la maladie, à l’échelle nationale, régionale et mondiale. La superposition ultérieure de ces cartes avec des données sociopolitiques, économiques et démographiques obtenues auprès de Systèmes d’information géographique (SIG) ont permis de dresser un portrait précis des disparités actuelles par pays ou sous-région. Cette thèse représente une importante collaboration avec plusieurs équipes de chercheurs travaillant également dans le domaine de l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose. L’objectif à long terme de ce travail, est d’optimiser la structure de la base, et de pérenniser l’enrichissement de celle-ci (notamment par l’automatisation et la facilité de la saisie de données). Une représentation optimale et une meilleure accessibilité des données de la base conforteraient les efforts faits pour le contrôle et la surveillance de la TB dans monde.
Tuberculosis (TB) is a contagious infectious disease caused by mycobacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). Despite numerous campaigns of vaccination by the BCG (Bacillus Calmette-Guérin) vaccine, and TB treatments, there was a resurgence of the disease since the 80s. This disruption is due to coinfection with HIV/AIDS, disorganization of health systems and the emergence of bacteria resistant to anti-TB drugs. In this context, a better understanding of the movements and changes of circulating clones of tubercle bacilli would detect faster and more relevant emerging epidemics. The control and monitoring of the disease are essential means to fight against the worldwide spread of tuberculosis. Thus the TB and Mycobacteria unit of the Pasteur Institute of Guadeloupe (IPG) has developed a database of genotypic profiles for the study of global epidemiology of tuberculosis.In this thesis, we discuss the Bioinformatical methods that have been used for the management and development of the 6th version (SITVIT2) of this database of genotypes to better understand the evolution and global dissemination of the tubercle bacillus. The database also includes several molecular markers such as MIRU-VNTRs (mycobacterial interspersed repetitive units- variable number of tandem repeats) and Spoligotype43 allowing a better description and identification of the families of genotypic profiles of Mycobacterium tuberculosis complex. SITVIT2 database is constantly evolving, and it currently contains epidemiological information on 111,635 clinical isolates. This database is available online at the following address: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. We also developed a database named "SITVITBovis", which is dedicated to bovine tuberculosis. This database will be accessible at: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/.Alongside the development and management of databases, this work was based on several epidemiological and phylogeographic studies correlating data on drug resistance or demographic characteristics (including sex, age, HIV status, and the origin of the patient). Our research initiative is thus focused to further improve in depth phylogenetic characterization of MTBC lineages, as well as the epidemiological analysis of circulating clones to generate evidence-based geographical mapping of predominant clinical isolates of tubercle bacilli causing the bulk of the disease both at country and regional level. Further superposition of these maps with socio-political, economical and demographical available through Geographic Information Systems (GIS) allows to have a precise view of prevailing disparities at the level of country or sub-region. This thesis represents an important collaboration with several researchers teams also working in the field of molecular epidemiology of tuberculosis.The long-term goal of this work is to further optimize the database structure, and sustain enriching it (including automation and ease of data entry). Optimum performance and accessibility of data in the database would reinforce efforts to control and surveillance of TB in the world.

http://www.theses.fr/2014AGUY0791/document

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