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De la traite et de l'esclavage des Noirs et des Blancs par un ami des hommes de toutes les couleurs. Histoire du commerce homicide appelé Traite des Noirs ou cri des Africains contre les Européens leurs oppresseurs
Auteur(s) : Grégoire, Henri (1750-1831)
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La France et la mise en valeur des colonies
Auteur(s) : Jean-François, Armand (1874-1938)
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Avec les orpailleurs de Guyane
Auteur(s) : Quris, Bernard
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Précis de l'abolition de l'esclavage dans les colonies anglaises (deuxième publication)
Auteur(s) : Duperré, Guy-Victor (1775-1846)
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Principes de colonisation et de législation coloniale : les colonies françaises avant et depuis 1815 : notions historiques, administratives, juridiques, économiques et financières
Auteur(s) : Girault, Arthur (1865-1931)
Auteurs secondaires : Maunier, René (1887-1951) Besson, Maurice (1885-1946)
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A new prediction strategy for long local protein structures using an original description. ; : Protein Long Local Structure Prediction
Auteur(s) : Bornot, Aurélie Etchebest, Catherine De Brevern, Alexandre
Auteurs secondaires : Bioinformatique génomique et moléculaire ; Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS) Protéines de la membrane érythrocytaire et homologues non-érythroides ; Université des Antilles et de la Guyane (UAG) - Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS) - Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7) - Université de la Réunion (UR) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
A relevant and accurate description of three-dimensional (3D) protein structures can be achieved by characterizing recurrent local structures. In a previous study, we developed a library of 120 3D structural prototypes encompassing all known 11-residues long local protein structures and ensuring a good quality of structural approximation. A local structure prediction method was also proposed. Here, overlapping properties of local protein structures in global ones are taken into account to characterize frequent local networks. At the same time, we propose a new long local structure prediction strategy which involves the use of evolutionary information coupled with Support Vector Machines (SVMs). Our prediction is evaluated by a stringent geometrical assessment. Every local structure prediction with a Calpha RMSD less than 2.5 A from the true local structure is considered as correct. A global prediction rate of 63.1% is then reached, corresponding to an improvement of 7.7 points compared with the previous strategy. In the same way, the prediction of 88.33% of the 120 structural classes is improved with 8.65% mean gain. 85.33% of proteins have better prediction results with a 9.43% average gain. An analysis of prediction rate per local network also supports the global improvement and gives insights into the potential of our method for predicting super local structures. Moreover, a confidence index for the direct estimation of prediction quality is proposed. Finally, our method is proved to be very competitive with cutting-edge strategies encompassing three categories of local structure predictions. Proteins 2009. (c) 2009 Wiley-Liss, Inc.
ISSN: 0887-3585

inserm-00348740
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00348740
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00348740/file/Bornot_Proteins_2009_preprint_version.pdf
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00348740/file/inserm-00348740_edited.pdf

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