Éditeur(s) : HAL CCSD Landes Bioscience
Résumé : International audience
In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.
Autophagy

hal-00735751
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00735751
PUBMED : 22966490

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : Les résultats des recherches effectuées par la "Thalassa", au cours de l'été 1971, sur le plateau de la Guyane française, montrent qu'à cette période de l'année les rendements étaient nettement insuffisants pour donner lieu à une exploitation rentable de la part des flotilles de pêche qui avaient d'ailleurs déserté ce secteur. Toutefois, la courte durée de la campagne ne permet pas d'extrapoler ces résultats à un cycle annuel complet car on connaît mal le comportement des crustacés et des poissons de cette région en fonction des variations du milieu. Les conditions hydrologiques rencontrées sont, en effet, sujettes à des fluctuations plus ou moins importantes, notamment dans la couche superficielle qui est influencée par les apports irréguliers de l'Amazone et sur les fonds de 50 à 70 m où elles sont assujetties aux mouvements plus profonds du large. De telles variations brutales sont susceptibles d'entraîner la dispersion ou la concentration de certaines espèces dans des secteurs particuliers, voire l'enfouissement des crevettes dans des terriers. Il apparaît d'ailleurs que la répartition de la faune est également liée à la nature des fonds autant qu'à la situation thermohaline du moment et l'on ne peut dire, faute d'éléments de comparaison, si les conditions observées en juillet étaient optimales ou non pour la plupart des espèces. La faible quantité de crevettes pêchées par la "Thalassa" sur le plateau continental au cours des chalutages, pourtant effectués dans les meilleures conditions, ne permet pas de définir de façon suffisamment précise les classes d'âge qui permettraient d'estimer s'il y a surexploitation ou non de ces espèces. Toutefois, les statistiques présentées par l'armement le plus important, basé à Cayenne, montre, pour l'ensemble de la région située entre le Maroni et l'Amazone, une baisse sensible du rendement journalier qui est passé de 189 kg de crevettes étêtées en 1967 à 137 kg en 1970, soit, approximativement, de 30 à 22 kg à l'heure de crevettes entières. Quant aux résultats obtenus, sur les poissons commerciaux, ils sont relativement faibles (400 kg par heure au maximum) surtout pour une région où ils ne sont pratiquement pas exploités. Ces ressources ne peuvent représenter qu'un appoint, néanmoins appréciable, pour les professionnels locaux ou même antillais qui fréquenteraient cette zone. Mais là encore, on ne connaît rien des migrations des principales espèces capturées qui peuvent être plus nombreuses à certaines époques, d'autant plus que d'autres, communes à ces régions, n'ont fait que de rares apparitions au cours des chalutages.
Science et Pêche (0036-8350) (ISTPM), 1972 , Vol. 210 , P. 1-22

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1972/publication-7015.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7015/

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : Cette première campagne de la "Thalassa" sur les bancs occidentaux du Groënland pendant le mois de juillet et la première quinzaine d'août 1970 nous a permis de tirer d'intéressantes conclusions sur l'état actuel du stock de morue, la biologie des différentes espèces rencontrées et les conditions de milieu marin. Elle représente en outre une fructueuse expérience en ce qui concerne la technique de chalutage sur ces fonds particulièrement tourmentés, dans des conditions de navigation souvent difficiles. L'extension de la banquise issue de la région orientale du Groënland ne nous a pas permis d'étudier les bancs du premier tiers sud et nos travaux n'ont pu commencer qu'à hauteur du banc Dana. Les observations hydrologiques montrent que pendant l'été 1970 les eaux arctiques de la couche supérieure sont demeurées très froides et que le réchauffement superficiel était à peine marqué à partir du banc Fyllas pour atteindre un maximum de 4°20 sur le banc Disko. Quant à la formation sousjacente, originaire de la Mer d'Irminger, sa température maximale, de 5°, était proche de celle de la moyenne des années précédentes. Ce refroidissement de la couche supérieure, que l'on constatait déjà en 1966 et qui semble avoir atteint son degré le plus bas en 1968 et 1969, n'est pas sans avoir une incidence sur la répartition de la morue - notamment au moment de la ponte - et sur l'appauvrissement du stock. C'est sur le banc Dana seulement que les captures de morue ont atteint un aspect commercial par le bon rendement obtenu et aussi par un fort pourcentage de poissons de taille moyenne. Plus au N, sur le banc Fiskenaes, le rendement a fortement diminué pour devenir très faible sur le banc Fyllas et presque nul sur les bancs Lille et Store Hellefiske. Dans le secteur le plus septentrional, quelques individus seulement ont été pêchés au S du banc Disko. A partir de ce secteur, la prospection a d'ailleurs montré que la détection était nulle et, comme la plupart des fonds étaient impraticables, les chalutages ont été très réduits en nombre et en durée.
Science et Pêche (0036-8350) (ISTPM), 1970-12 , Vol. 198 , P. 1-26

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1970/publication-7004.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7004/

Éditeur(s) : HAL CCSD Masson; 1999
Résumé : National audience
ISSN: 1250-3274

hal-01118645
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01118645
DOI : 10.1016/j.admp.2011.12.019