Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
: Until recently, synonymous mutations (which do not change amino acids) have been much neglected. Some evidence suggests that this kind of mutations could affect mRNA secondary structure or stability, translation kinetics and protein structure. To explore deeper the role of synonymous mutations, we studied their consequence on the functional activity of the estrogen receptor alpha (ERα). The ERα is a ligand-inducible transcription factor that orchestrates pleiotropic cellular effects, at both genomic and non-genomic levels in response to estrogens. In this work we analyzed in transient transfection experiments, the activity of ERα carrying the synonymous mutation Ala87, a polymorphism involving about 5-10% of the population. In comparison to the wild type receptor, our results show that ERαA87 mutation reduces the transactivation efficiency of ERα on an ERE reporter gene while its expression level remains similar. This mutation enhances 4-OHT-induced transactivation of ERα on an AP1 reporter gene. Finally, the mutation affects the subcellular localization of ERα in a cell type specific manner. It enhances the cytoplasmic location of ERα without significant changes in non-genomic effects of E2. The functional alteration of the ERαA87 determined in this work highlights the relevance of synonymous mutations for biomedical and pharmacological points of view.
Journal of steroid biochemistry and molecular biology

inserm-01015532
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01015532
DOI : 10.1016/j.jsbmb.2014.02.016
PUBMED : 24607813

Éditeur(s) : Station Biologique de Roscoff
Résumé : The hydrothermal vent shrimp genus Mirocaris is reviewed. Morphological comparison between the two nominal species in the genus, M. fortunata and M. keldyshi, was made based on the re-examination of the holotype and paratypes of Mirocarisfortunata and the paratypes of M. keldyshi. Samples newly collected from various sites on the Mid-Atlantic Ridge were also examined. The validity of the genus Mirocaris has been confirmed. However, our study has revealed that the supposed morphological characters distinguishing M. fortunata and M. keldyshi do not provide significant taxonomic differences and further comparison failed to detect morphological differences between the two taxa. Thus M. keldyshi is synonymized with M. fortunata, and so there is only one single species in the genus Mirocaris. This supports the suggestion by Shank et al. (1999), based on a molecular study, that the two taxa might be conspecific. A redescription of M. fortunata is provided to better establish the morphology of the species. The clarification led us to improve the morphological descriptions of the caridean species associated with vent or seep environments and to reassess the relationships among Mirocaris and the other shrimp taxa in the superfamily Bresilioidea. The generic diagnosis of Mirocaris is emended. Because a number of presumably apomorphic characters are shared by Mirocaris and other alvinocaridid genera, the genus Mirocaris is now assigned to the family Alvinocarididae. The family Mirocarididae is synonymized with the Alvinocarididae and the diagnosis of this family is emended.
Révision du genre Mirocaris, crevette des sources hydrothermales océaniques, redescription de M. fortunata et réexamen du statut de la famille des Alvinocarididae. Le genre Mirocaris, créé pour des crevettes hydrothermales, est révisé. Une étude morphologique comparative des deux espèces Mirocaris fortunata et M. keldyshi, basée sur le réexamen des holo-types et paratypes et sur l'étude de nombreux échantillons provenant de divers sites hydrothermaux de la dorsale médio-atlantique, a été effectuée. La validité du genre Mirocaris est confirmée. Il apparaît que les caractères qui distinguent M. keldyshi et M.fortunata ne sont pas des critères taxonomiques suffisants et une étude morphologique plus poussée n'a pas révélé de différences morphologiques entre les deux taxa. Ceci est en accord avec l'interprétation de Shank et al. (1999) qui, à la suite d'une étude moléculaire, suggèrent la synonymie des deux espèces. Une redescription détaillée de M. fortunata est donnée et les relations entre Mirocaris et les autres genres de la superfamille des Bresilioidea sont discutées. La diagnose générique de Mirocaris est modifiée. Comme plusieurs caractères apomorphes sont partagés par Mirocaris et les autres genres de la famille des Alvinocarididae, le genre Mirocaris est maintenant affecté à cette famille. La famille des Mirocarididae est mise en synonymie avec celle des Alvinocarididae dont la diagnose est modifiée.
CBM - Cahiers de Biologie Marine (0007-9723) (Station Biologique de Roscoff), 2003-03 , Vol. 44 , N. 2 , P. 199-215

Droits : 2003 Station Biologique de Roscoff
http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-883.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/883/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
F.T. Kützing introduced Cocconeis molesta with only an uninformative description and a poor illustration: C. molesta has small, oblong valves and is an epiphyte. Another species, Cocconeis diaphana, described by William Smith, is said to have larger valves than C. molesta, with frustules that are relatively oblong. Smith described two forms: one with a distinct fascia on its raphe valve (var. β), the other without this feature. A third species, Cocconeis dirupta was described by Gregory, who expressed doubts that it differed from C. diaphana. Finally, Cocconeis molesta var. crucifera Grunow was first introduced in Van Heurck's Atlas but was subsequently treated by Van Heurck as a synonym of C. molesta. No previous account has examined the type material of these species. In this paper, we undertake that task and examine type slides and raw material in order to discriminate these different taxa. We conclude by recognizing three species: Cocconeis molesta Kütz., C. diaphana W.Sm. and C. dirupta W.Greg. Cocconeis diaphana var. β is considered to be a synonym of C. dirupta and C. molesta var. crucifera is considered to be a synonym of C. molesta. Lectotypes are designated for C. diaphana and C. dirupta.
ISSN: 2118-9773

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by/
hal-01340453
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01340453
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01340453/document
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01340453/file/329-1709-1-PB.pdf
DOI : 10.5852/ejt.2016.204

Éditeur(s) : ECMEA : Etudes Croisées des Mondes Européens et Américains CRILLASH : Centre de Recherches Interdisciplinaires en Lettres, Langues, Arts et Sciences Humaines
Extrait de : "Terres promises, représentations et imaginaires" : colloque, du 25 au 27 novembre 2015. Université des Antilles
Description : Au lendemain de la seconde guerre mondiale, Luis Muñoz Marin, le maître à penser du tout puissant Parti Populaire Démocratique, s'impose sur la scène politique comme l'homme providentiel qui mènera l'île sur la voie de la modernisation. Ainsi, un demi-siècle après la capitulation espagnole et l'entrée de Porto-Rico dans le giron nord-américain, le gouverneur élu démocratiquement jettera les fondements d'une nouvelle société portoricaine qui, résolument tournée vers la modernité, ne tardera à incarner à bien des égards la terre promise de la Caraïbe. Pour qui ? À quel prix ? Entre discours officiels et propagande médiatique, nous verrons comment s'imposera le modèle « populaire » de l'État idéal. Projet ambitieux, dont les contradictions sous-adjacentes ne tarderont pas à se faire jour dans la presse locale. Car, cette Terre promise à tous les portoricains sera synonyme pour beaucoup d'entre eux de désillusion et d'exil vers la « Mère Patrie ».

Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16226
V16226

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : The Atlantic and Mediterranean members of the scorpaenidae family have always triggered numerous discussions about their reciprocious congenialities. Back in the (recent) days when the number of species known on the French coasts was still fairly low, the belonging of one species to such or such genus, as Helicolenus (Sebastes) dactylopterus DELAROCHE or Scorpaena maderensis Cuvier and Valenciennes, has been the subject of numerous articles of which the authors' conclusions might differ from one another, and even today light is still far from being shed on those topics. The difficulties met in the determination of scorpaenidae: similar general appearance, subtle differences, impossibility of comparing the samples with the types, incomplete or misinterpreted descriptions, have lead scientists to make hasty determinations resulting in: an even more complicated synonymy and incorrect data about the biogeography of the species. Thereby, the rockfish named Scorpaena rubellio by JORDAN and GUNN (I) is considered as a synonymous of S. maderensis Cuvier Valenciennes by J. R. NORMAN (2), and of S. porcus Linné by H. W. FOWLER (3). Likewise, the dispersion area of S. scrofa in Guinea, Niger and Sainte-Hélène, is caused by its confusion with other species such as S. stephanica, S. angolensis and S. scrofina. (unverified OCR)
Les représentants de la famille des Scorpénidés dans l'Atlantique et la Méditerranée ont toujours donné lieu à de nombreuses discussions au sujet de leurs affinités réciproques. A l'époque encore récente où le nombre des espèces connues des côtes de France était encore très réduit, la place dans tel ou tel genre d'espèces telles que Helicolenus (Sebastes) dactylopterus DELAROCHE ou Scorpaena maderensis Cuvier et Valenciennes, par exemple, ont provoqué des séries d'articles où les conclusions des auteurs successifs n'étaient pas toujours concordantes, et aujourd'hui encore la lumière est loin d'être faite sur bien des points. Les difficultés que l'on rencontre dans la détermination des Scorpénidés : grande ressemblance générale, différences parfois difficiles à saisir, impossibilité de comparer les échantillons d'étude aux types, obligation de se contenter de descriptions incomplètes .ou mal interprétées, ont trop souvent entraîné les chercheurs à des déterminations trop hâtives ayant comme résultats : de compliquer la synonymie et de fausser plus ou moins complètement les données acquises sur la biogéographie d'une espèce. C'est ainsi que la Scorpène appelée Scorpaena rubellio par JORDAN et GUNN (Il est considérée comme synonyme de S. maderensis Cuvier Valenciennes par J. R. NORMAN (2), et de S. porcus Linné par H. W. FOWLER (3). De même l'extension de l'aire de dispersion de S. scrofa en Guinée, au Niger et à Sainte-Hélène, est due à des confusions avec des espèces différentes telles que S. stephanica, S. angolensis et S. scrofina. (OCR non contrôlé)
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1943 , Vol. 13 , N. 1-4

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1943/publication-3420.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3420/

Résumé : Herbácea anual, erecta, muy ramificada de hasta 60 cm. Hojas pinnatisectas, con segmentos lineares. Capítulos florales de 2.5 cm de diámetro, sobre pedúnculos cortos terminales; lígulas blancas, emarginadas. Aquenios con 3 a 5 costillas, poco aparentes. Existen importantes problemas de nomenclatura alrededor del género y numerosos sinónimos para la especie1.
Herbacée annuelle, dressée, très ramifiée pouvant atteindre 60 cm. Feuilles paripennées, à segments linéaires. Capitules floraux de 2,5 cm de diamètre, sur pédoncules terminaux courts; ligules blanches, sans bords. Akènes avec 3 à 5 côtes, peu apparentes. Il existe d’importants problèmes de nomenclature en ce qui concerne le genre, et de nombreux synonymes pour l’espèce1.
Annual herb, erect, aromatic, densely branched, up to 60 cm high.  Leaves pinnatisect, with linear segments; flower capitula 2.5 cm in diameter, on short terminal peduncles; ligules white, emarginate.  Achenes with 3 to 5 ribs, not very apparent. There are major nomenclature problems with this genus and numerous synonyms exist for this species1.
Nativa de Europa y Asia, cultivada en toda América.
Originaire d’;Europe et d’;Asie, cultivée dans toute l’;Amérique.
Native to Europe and Asia, cultivated throughout America.

http://www.tramil.net/fototeca/plant224

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer New York
Résumé : International audience
Estrogen receptor α (ERα) exerts regulatory actions through genomic mechanisms. In the classical pathway, ligand-activated ERα binds directly to DNA through estrogen response elements (ERE) located in the promoter of target genes. ERα can also exert indirect regulation of transcription via protein-protein interaction with other transcription factors such as AP-1. Several ERα synonymous polymorphisms have been identified and efforts to understand their implications have been made. Nevertheless effects of synonymous polymorphisms are still neglected. This chapter focuses on the experimental procedure employed in order to characterize the transcriptional activity of a synonymous polymorphism of the ERα (rs746432) called Alanine 87 (Ala87). Activity of both WT and Ala87 ERα isoforms on transcriptional pathways can be analyzed in transiently transfected cells using different reporter constructs. ERα efficiency on the classical genomic pathway can be analyzed by determining its transactivation activity on an ERE-driven thymidine kinase (TK) promoter controlling the expression of the luciferase reporter gene. Transcriptional activity through the indirect genomic pathway can be analyzed by employing an AP-1 DNA response element-driven promoter also controlling the expression of luciferase reporter gene
Estrogen Receptors

ISBN : 978-1-4939-3126-2
hal-01237073
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01237073
DOI : 10.1007/978-1-4939-3127-9_22

Éditeur(s) : ECMEA : Etudes Croisées des Mondes Européens et Américains CRILLASH : Centre de Recherches Interdisciplinaires en Lettres, Langues, Arts et Sciences Humaines
Extrait de : "Terres promises, représentations et imaginaires" : colloque, du 25 au 27 novembre 2015. Université des Antilles
Description : La relation entre terre promise et engagisme est une donnée importante dans le cadre de la colonisation française. Notre approche permet de comprendre l'importance de la volonté d'appropriation foncière et les expériences esclavagistes vécue par les engagés dans les petites Antilles Française entre 1626 et 1715, de la Compagnie de Sainte-Christophe à la mort de Louis XIV. À ses débuts, la colonisation française dans les Antilles se fit avec des vagues de migrants européens issus en majorité de l'allouage et connus sous le terme d'engagés. Pourquoi parler d'une terre promise pour des hommes sous contrat ? La Thématique de la terre promise présente des aspects particuliers : l'un se basait sur la puissance de l'Église catholique à travers une littérature missionnaire décrivant une forme d'âge d'or ; l'autre sur l'idée d'une terre de rédemption pour les « inadaptés » de la société française de l'époque. Ces aspects étayèrent les approches d'un renouveau spirituel, social, économique, moral et matériel sous la conduite des autorités publiques et religieuses. Une autre perception est celle de la vision des réformés français persécutés. Afin de rejoindre les refuges américains, il fallait passer par l'exil pour atteindre ces terres synonymes de liberté puis utiliser les interlopes.
Siècle(s) traité(s) : 17
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16219
V16219

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
A comprehensive inventory of global biodiversity would be greatly improved by automating methods for species delimitation. The Automatic Barcode Gap Discovery method, the Poisson tree processes algorithm and the Generalized mixed Yule coalescent model have been proposed as means of increasing the rate of biodiversity description using single locus data. We applied these methods to explore the diversity within the Aglaopheniidae, a hydrozoan family with many species widely distributed across tropical and tem perate oceans. Our analyses revealed widespread cryptic diversity in this family, almost half of the morpho species presenting several independent evolutionary lineages, as well as support for cases of synonymy. For two common species of this family, Lytocarpia brevirostris and Macrorhynchia phoenicea, we compared the outputs to clustering analyses based on microsatellite data and to nuclear gene phylo genies. For L. brevirostris, microsatellite data were congruent with results of the species delimitation methods, revealing the existence of two cryptic species with Indo Pacific distribution. For M. phoenicea, all analyses confirmed the presence of two cryptic species within the South Western Indian Ocean. Our study suggests that the diversity of Aglaopheniidae might be much higher than assumed, likely related to low dispersal capacities. Sequence based species delimitation methods seem highly valuable to reveal cryptic diversity in hydrozoans; their application in an integrative framework will be very useful in describing the phyletic diversity of these organisms.
ISSN: 1055-7903

hal-01359407
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01359407
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01359407/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01359407/file/Postaire-etal2016MolPhylEvol_sp_delim_hydraires_HAL.pdf
DOI : 10.1016/j.ympev.2016.08.013

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
We studied the diversity within the former genus Gymnangium in the South West IndianOcean by using an integrative approach of both traditional (morphology-based) and modernmolecular taxonomy. Nine species were recorded in the material collected. A total of 97 16Smitochondrial DNA sequences and 54 Calmodulin nuclear sequences from eight Gymnangium/Taxella species were analyzed. We found both morphological and molecular differencesin the studied Gymnangium species that make it necessary to split the genus. It isproposed to revalidate the genus Taxella which is currently regarded as a synonym ofGymnangium. Two species of the genus Taxella (T. eximia and T. gracilicaulis), until nowregarded as distinct species based on morphological characteristics, cluster together in onephylogenetic clade. Possible explanations are discussed. Two species from Madagascarnew to science are herein described and rare species from the Indian Ocean islands are redescribed.
ISSN: 1932-6203

hal-01564043
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01564043
DOI : 10.1371/journal.pone.0174244

Éditeur(s) : HAL CCSD Éditions de la Maison des sciences de l'homme
Résumé : International audience
For over a century, the complementary nature of fishing and farming activities in the floodplain of the Rufiji River (Tanzania) has formed the basis of the economy in its villages. Starting in the 1970s, the fishery evolved from a seasonal activity practiced on foot during flooding and using traditional traps to year-round dugout canoe operated lake fisheries using nets.The paper analyses the drivers of this change. After having rejected the simplistic technocratic hypothesis that technical innovation equals progress, the paper examines the relevance of the productivity of the different fishing techniques in the light of the evolution of the role of fisheries in the village economy. During the change-over period, the national and international economy deprives the villages of their main habitual sources of cash income. In the absence of any alternative, fisheries imposed themselves as the unique source of cash income, a function they can only fulfil if practiced year-round and this can only be achieved using canoes and nets. However, the perception of the causes of these changes in the villages is differentiated. For those who initiated the change-over, and who are now of an advanced age, the main driver of the transition to nets was the empowerment of the youth versus the elders. Such an interpretation resonates well with the economic determinants. However, it requires considering the modernisation process as a contextualised multi-sided expression of market globalisation.
Depuis plus d’un siècle, l’économie des villages de la plaine inondable du Rufiji (Tanzanie) est fondée sur la complémentarité des activités agricoles et des activités halieutiques. À partir de la fin des années 1970, les pêches traditionnelles à la nasse, pratiquées à pied saisonnièrement lors de la crue annuelle, sont supplantées par les pêches embarquées (pirogues monoxyles) au filet dans les lacs, pratiquées elles toute l’année. L’article s’interroge sur les déterminants de cette substitution.Après avoir rejeté l’hypothèse techniciste vulgaire qui voudrait que l’innovation technique soit synonyme de progrès, la pertinence du critère de productivité des différentes techniques de pêche est examinée à la lumière de l’évolution de la place des activités halieutiques dans l’économie villageoise. Il apparaît qu’à partir de cette époque, l’évolution économique nationale et internationale prive les villageois de leurs principales ressources monétaires habituelles. En l’absence de toute alternative, la pêche s’impose alors comme unique source de revenu monétaire, une fonction qu’elle ne peut remplir qu’à condition d’être pratiquée tout au long de l’année, ce que seules les techniques au filet permettent. Cependant, les représentations villageoises des causes de la généralisation de la pêche au filet sont différentes. Pour ceux d’entre eux, aujourd’hui très âgés, qui furent les pionniers de cette innovation, c’est le souci d’émancipation des cadets vis-à-vis des aînés qui aurait été le moteur de l’adoption de techniques de pêche au filet. Ce point de vue entre en résonance avec les déterminations économiques à condition de considérer le processus de modernisation comme manifestation multiforme contextualisée de la mondialisation marchande.
ISSN: 0248-6016

hal-01344410
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01344410
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01344410/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01344410/file/Pauletal2015Version_Def.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD SAGE Publications (UK and US)
Résumé : International audience
Genetic approaches have shown that several genes could modify caries susceptibility; AmelogeninX (AMELX) has been repeatedly designated. Here, we hypothesized that AMELX mutations resulting in discrete changes of enamel microstructure may be found in children with a severe caries phenotype. In parallel, possible AMELX mutations that could explain resistance to caries may be found in caries-free patients. In this study, coding exons of AMELX and exon-intron boundaries were sequenced in 399 individuals with extensive caries (250) or caries-free (149) individuals from nine French hospital groups. No mutation responsible for a direct change of amelogenin function was identified. Seven single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were found, 3 presenting a high allele frequency, and 1 being detected for the first time. Three SNPs were located in coding regions, 2 of them being non-synonymous. Both evolutionary and statistical analyses showed that none of these SNPs was associated with caries susceptibility, suggesting that AMELX is not a gene candidate in our studied population.
ISSN: 0022-0345

hal-01545481
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01545481
DOI : 10.1177/0022034513482941

Résumé : En Août 2005, l'ouragan Katrina s'est abattu sur la ville de la Nouvelle-Orléans, en Louisiane causant mort, désespoir, angoisse mais aussi destruction massive. Katrina a forcé une partie de la population affectée à déménager, et à chercher refuge dans les états voisins. Face aux premières images de l'une des pires catastrophes des Etats-Unis, la prépondérance des AfricainsAméricains parmi les victimes a été choquante. Katrina a révélé au monde entier et a mis sous les projecteurs la persistance de l'esclavage, du racisme et des inégalités raciales. Les AfricainsAméricains ont dû s'organiser seuls au Superdome et au Convention Center pour sur/vivre. Ce travail de recherche analyse le lien étroit qui existe entre les notions de «race» de classe et la géographie. Nous examinerons les concepts hautement controversés de « refugiés » et de « pilleurs» dans le contexte américain. Nous chercherons à comprendre comment l'histoire et le racisme peuvent influencer les comportements et les décisions politiques. Etait-ce une catastrophe naturelle, un désastre créé par l'humain ou une crise héritée de legs culturels? La culture et la race ont été les facteurs principaux de cette tragédie. Nous traiterons de cette catastrophe non pas comme un simple phénomène cyclonique mais comme un évènement culturel. La culture a successivement condamné et sauvé les Africains-Américains en 2005. Le jazz, le blues et le hip-hop ont été de véritables atouts suite à Katrina. Les Africains-Américains ont utilisé ces genres musicaux afin d'exprimer leur chagrin et colère. L'écriture est devenue une véritable thérapie assimilée à une catharsis. Grâce à cela, ils ont pu dire non à une annihilation programmée
In August 2005, hurricane Katrina made landfall on the city of New-Orleans, Louisiana causing not only death, despair, anguish but also massive destruction and subsequent relocation. As the catastrophe made headlines worldwide, people were shocked by the overwhelming preponderance of the African American poor among those stranded within the city. Many explained the disproportion as a result of continual neglect. The devastation left by Katrina brought to light the enduring legacy of slavery, racism and racial inequality. African Americans were left alone to fend for themselves at the Superdome and at the Convention Center. This doctoral research provides an insight into the correlation between race, class and geography. We will explore the highly controversial concepts of "the refuge(s)" and "looters" in the US context. We will try to figure out how history and cultural racism influence behaviors and political decisions. Was Katrina a natural catastrophe, a man-made disaster or a cultural crisis? Besides race, culture seems to be a major component in this tragedy. We delve into this analysis from the framework of cultural studies. On the one hand, culture condemned African-Americans in 2005, but on the other hand, it put them out of harm's way. Jazz, blues and hip-hop became serious assets in the aftermath of hurricane Katrina. African-Americans used these musical genres to express grief and anger. They used writing as a powerful tool to recover from Katrina. Jazz, blues and hip-hop proved to be synonymous with catharsis

http://www.theses.fr/2013AGUY0667