Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : In the new context of the agro-ecological transition, present agricultural systems will have to produce more and better in a more constraint world. Mixed crop livestock systems (MCLS) represent sound alternative ways to progressively achieve these goals through crop-livestock integration (CLI). CLI exploits the synergies between cropping and livestock systems through organic fertilization with manure or plant association, use of crop residues to feed livestock, .... It offers many opportunities to improve productivity, as well as to increase resource use efficiency and improve the resilience of the whole farming system. In the scientific literature, authors advocate the interest of MLCS and CLI, based on theoretical considerations, modelling and empirical evidence from local case studies. But these studies do not clearly identify the respective roles of diversity of activities and CLI management practices in improving performances at the level of the whole farming system. Our aim was thus to assess CLI at farm scale in a range of MCLS and to explain farm performances by analyzing the combination of activities and the level of integration. We conducted our analyses in Guadeloupe, (French West Indies), where MCLS and CLI are complex but important challenges for local agricultural. In order to analyze CLI in a holistic and systemic way, we applied a method traditionally used in ecology, ecological network analysis, to study the structure, functioning and performance of agrosystems. This method was implemented on a range of Guadeloupian MCLS where CLI practices where identified. Nitrogen was retained to conduct the analysis due to its central role for both animal and vegetal productions. The ENA method allows an estimation of productivity, resilience, efficiency, productivity and self- sufficiency of the flows network. Our results show that 1/ efficiency and resilience appear correlated to the complexity and intensity of the network of flows; 2/ efficiency and resiliency are positively correlated when we consider them in terms of N flows; 3/ in the Guadeloupian context, CLI concerns mainly specific practices, as feeding pigs with a wide range of crop residues and organic fertilization of small market gardens and plots used to grow tubers. But at whole system level, CLI remains rare and mainly depends on conventional management practices as mineral fertilization and animal complementation of some farming activities as sugar cane, cattle breeding and banana. Moreover, the combination of productions implemented determines the potential of CLI and related performances linked to relative N efficiency of each production. Consequently, performance and especially efficiency and self-sufficiency depend more on the nature of the activity than on CLI management practices. There is still a gap between theoretical studies and CLI in practice, even though CLI is more complicated than simple flows and provides other services and functions. Dans le nouveau contexte de la transition agro-écologique, les systèmes agricoles actuels devront produire plus et les améliorer dans plus de monde de contrainte. Les systèmes mélangés de bétail de culture (MCLS) représentent des manières alternatives saines d'atteindre progressivement ces buts par l'intégration de culture-bétail (CLI). Le CLI exploite les synergies entre l'emblavage et les systèmes de bétail par la fertilisation organique avec l'association d'engrais ou d'usine, utilisation des résidus de culture d'alimenter le bétail,?. Il donne beaucoup d'occasions d'améliorer la productivité, aussi bien que d'augmenter l'efficacité d'utilisation de ressource et d'améliorer la résilience du système d'exploitation agricole entier. Dans la littérature scientifique, les auteurs préconisent l'intérêt de MLCS et de CLI, basé sur des considérations théoriques, modeler et des preuves empiriques des études de cas locales. Mais ces études n'identifient pas clairement les rôles respectifs de la diversité des activités et des pratiques de gestion de CLI en améliorant des interprétations au niveau du système d'exploitation agricole entier. Notre but était ainsi d'évaluer le CLI à l'échelle de ferme dans une gamme de MCLS et d'expliquer des interprétations de ferme en analysant la combinaison des activités et du niveau de l'intégration. Nous avons réalisé nos analyses en Guadeloupe, (des Antilles françaises), où MCLS et le CLI sont des défis complexes mais importants pour agricole local. Afin d'analyser le CLI d'une manière holistique et systémique, nous avons appliqué une méthode traditionnellement employée en écologie, analyse réseau écologique, pour étudier la structure, le fonctionnement et l'interprétation des agrosystems. Cette méthode a été appliquée sur une chaîne de Guadeloupian MCLS où des pratiques en matière de CLI où identifiée. L'azote a été maintenu pour réaliser l'analyse due à son rôle central pour les productions animales et végétales. La méthode d'ENA permet une évaluation de la productivité, de la résilience, de l'efficacité, de la productivité et de l'autosuffisance du réseau d'écoulements. Nos résultats prouvent que 1 efficacités et résiliences semblent corrélées avec la complexité et l'intensité du réseau des écoulements ; 2 efficacité et élasticité sont franchement corrélés quand nous les considérons en termes d'écoulements de N ; 3 dans le contexte de Guadeloupian, CLI concerne principalement des pratiques spécifiques, en tant que les porcs de alimentation par un large éventail de résidus de culture et de fertilisation organique de petits jardins du marché et complots employés pour cultiver des tubercules. Mais à au niveau système entier, le CLI demeure rare et dépend principalement des pratiques de gestion conventionnelles en tant que complémentation minérale de fertilisation et d'animal de quelques activités agricoles comme canne à sucre, élevage et banane. D'ailleurs, la combinaison des productions mises en application détermine le potentiel du CLI et des interprétations relatives liés à l'efficacité relative de N de chaque production. En conséquence, l'interprétation et particulièrement l'efficacité et l'autosuffisance dépendent davantage de la nature de l'activité que sur des pratiques de gestion de CLI. Il y a toujours un espace entre les études et le CLI théoriques dans la pratique, quoique le CLI soit plus compliqué que des écoulements simples et fournisse d'autres services et fonctions.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16247
V16247

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Master
La biodiversité peut être mesurée de nombreuses façons. La dualité entropie-diversité fournit un cadre clair et rigoureux pour le faire. L’entropie est la surprise moyenne fournie par les individus d’une communauté. Le choix de la fonction d’information qui mesure cette surprise à partir des probabilités d’occurence des espèces (ou d’autres catégories) permet de définir les mesures de diversités neutres, fonctionnelles ou phylogénétique présentées ici. L’entropie est transformée en diversité au sens strict par une fonction croissante (l’exponentielle déformée), ce qui simplifie son interprétation en tant que nombre équivalent d’espèces.L’entropie phylogénétique généralise les indices de diversité classique, intègre si nécessaire la distance entre espèces, peut être écomposée et corrigée des biais d’estimation. Sa transformation en diversité au sens strict permet d’interpréter les valeurs sous une forme unique : un nombre équivalent d’espèces et un nombre équivalent de communautés. La diversité de Leinster et Cobbold généralise à son tour la diversité phylogénétique et permet d’autres définitions de la distance entre espèces. Le paramétrage des mesures (l’ordre de la diversité) permet de donner plus ou moins d’importance aux espèces rares et de tracer des profils de diversité.La construction de ce cadre méthodologique est présentée en détail ainsi que plusieurs approches différentes, qui constituent l'état de l'art de la mesure de la biodiversité.
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813
Kourou, France

cel-01205813
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813v4/document
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813/file/Mesures_de_la_Biodiversite.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Master
La biodiversité peut être mesurée de nombreuses façons. La dualité entropie-diversité fournit un cadre clair et rigoureux pour le faire. L’entropie est la surprise moyenne fournie par les individus d’une communauté. Le choix de la fonction d’information qui mesure cette surprise à partir des probabilités d’occurence des espèces (ou d’autres catégories) permet de définir les mesures de diversités neutres, fonctionnelles ou phylogénétique présentées ici. L’entropie est transformée en diversité au sens strict par une fonction croissante (l’exponentielle déformée), ce qui simplifie son interprétation en tant que nombre équivalent d’espèces.L’entropie phylogénétique généralise les indices de diversité classique, intègre si nécessaire la distance entre espèces, peut être écomposée et corrigée des biais d’estimation. Sa transformation en diversité au sens strict permet d’interpréter les valeurs sous une forme unique : un nombre équivalent d’espèces et un nombre équivalent de communautés. La diversité de Leinster et Cobbold généralise à son tour la diversité phylogénétique et permet d’autres définitions de la distance entre espèces. Le paramétrage des mesures (l’ordre de la diversité) permet de donner plus ou moins d’importance aux espèces rares et de tracer des profils de diversité.La construction de ce cadre méthodologique est présentée en détail ainsi que plusieurs approches différentes, qui constituent l'état de l'art de la mesure de la biodiversité.
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813
Kourou, France

cel-01205813
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https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813v2/document
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813/file/Mesures_de_la_Biodiversite.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : For ecology scientists, spatial statistics are a set of tools allowing characterization of the structure of a point set, for instance a map of trees in a forest plot. This structure is defined implicitly as a departure from complete spatial randomness (CSR), the result of a Poisson point process. Inhomogeneity of the process and non-independence of points are its causes. As they cannot be disentangled by analyzing the data, so-called "spatial concentration" or "aggregation" (evenness due to repulsion also exists but is actually rare) usually concerns non-independence while intensity is assumed as known. The literature of point processes and measures of spatial structures is reviewed to clarify concepts and choices. The purpose of this thesis was to produce methodological enhancements. Its main results are: * A test for the most used statistic, Ripley's K function, against the null hypothesis of CSR. It can replace Monte-Carlo simulations used until now in the literature. * An extension of K to inhomogeneous processes, within a typology of available statistics (absolute, relative and topographic measures). When data is available as number of objects per zones (say a number of tree in each forest plot) rather than their exact position, information theory is used to define a general framework allowing to characterize spatial structure (of species) and diversity (of plots) as two aspects of a single measure of inequality. This framework is applied to Shannon's index of biodiversity to derive a self-sufficient definition of beta diversity, its calculation independently from the difference between gamma and alpha diversity, and a statistical test of significance against the null hypothesis that plots are samples of the same community. The way is paved for other applications to measures of diversity and spatial structures. As a conclusion, it appears clear that pattern characterization tools are a first step to deal with ecological questionings. Their development is still a matter of research. Yet, they are far from sufficient to address ecological processes as point processes ignore the temporal aspect of object locations.
Les statistiques spatiales sont pour les écologues un ensemble d'outils permettant de caractériser la structure d'un semis de points, par exemple une carte représentant des emplacements des arbres dans une parcelle de forêt. Cette structure est définie implicitement comme un écart à semis complètement aléatoire, résultat d'un processus de Poisson. L'hétérogénéité du processus ponctuel dont le semis de points est une réalisation et la non-indépendance des points en sont les causes indiscernables, ce qui amène généralement à supposer l'intensité du processus connu et nommer " concentration spatiale " ou " agrégation " (la régularité spatiale est possible, mais rare en pratique) la non-indépendance. Une revue de la littérature des processus ponctuels et des mesures de structures spatiales est fournie pour clarifier les concepts et les choix. L'objectif de ce travail de thèse était de produire des améliorations méthodologiques. Ses résultats principaux sont : * L'établissement d'un test pour la principale statistique utilisée, la fonction K de Ripley, permettant de s'affranchir de la méthode de Monte-Carlo utilisée dans la littérature pour rejeter l'hypothèse nulle d'un processus complètement aléatoire. * L'extension de K aux processus hétérogènes, dans le cadre d'une typologie claire des statistiques (absolues, relatives, topographiques). Lorsque la position exacte des objets n'est pas connue, mais que des effectifs par zone sont disponibles (par exemple des nombres d'arbres par parcelle), la théorie de l'information est utilisée pour définir un cadre général permettant de caractériser la structure spatiale (des espèces dans les parcelles) et la diversité (des parcelles, en termes d'espèces) comme deux aspects d'une même mesure d'inégalité. Ce cadre est appliqué à l'indice de biodiversité de Shannon pour définir clairement la mesure de diversité bêta, son calcul direct indépendamment de la différence entre diversités gamma et alpha, et fournir un test statistique de non nullité. La voie est ouverte pour l'application à d'autres mesures de diversité et de structure spatiale. En conclusion, il semble clair que ces outils de caractérisation sont un premier pas pour traiter les questions écologiques, leur développement étant toujours du domaine de la recherche. Ils sont cependant très insuffisants pour répondre à des questions liées aux processus écologiques, assez éloignés des processus ponctuels qui ignorent l'aspect temporel de l'installation des objets.
https://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00540327

NNT : 2010AGPT0075
pastel-00540327
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https://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00540327/document
https://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00540327/file/13_Marcon2010.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :  
The spatial genetic differentiation among European beech stands in western Germany was analysed by a new method. The genetic structure at 8 enzyme gene loci of 100 sampled populations was used as data base. The data represent authors' own results and published data from 8 different studies. For 10 geographic distance classes [h] from 0 to 500 km, the average genetic distance between the populations for each single gene locus, a gene-pool distance and the semivariances of genetic diversity gam were computed. Significant deviation from random spatial genetic structure was tested by permutation analysis. In many cases (Lap-B, Mdh-B, Mdh-C and 6Pgdh-C) the mean genetic distance between stands with spatial distance up to 200 km was significantly smaller and the genetic distance between stands with geographic distances of 200 and 400 km was significantly greater than expected for random spatial genetic structure. Similar tendencies were found for the gene-pool distance and the semivariances of diversity. Kriging, as a method for spatial interpolation, was used to draw synthetic maps of the spatial patterns of allelic frequencies and genetic diversity. The influence of postglacial recolonisation and regeneration with foreign seed material on the spatial genetic patterns are discussed
Forest genetics

hal-01032093
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032093