Éditeur(s) : Université de la Réunion
Résumé : The green turtle (Chelonia mydas) is an emblematic species of marine life. However, nowadays it is subject to many threats (poaching, by-catch). Even if there is deep growing measures for its protection, the green turtle still is an endangered species and it is listed in Appendix I of Washington Convention (CITES). In order to elaborate efficient conservation and management plans, perfect knowledge of green turtle biology, but also of its population structure and their characteristics, are needed. In this thesis, we have assessed genetic structure of green turtle populations in the South-Western Indian Ocean by using genetic tools. In all, 1551 tissue samples have been collected from our study zone and from our control site French Polynesia (37 samples). All kinds if individuals were sampled (except males in reproductive phase) from 15 sampling sites including nesting, foraging, and immature development site. We used both control region of mitochondrial DNA and 6 microsatellite loci to better infer maternal and paternal lineages. We identified 29 haplotypes in the South-Western Indian Ocean. They are distributed in 3 independent and highly divergent clades, including one composed with haplotypes from Atlantic Ocean. For 7 of these haplotypes, it was the first time they were detected in the study zone. Fifteen haplotypes were previously undescribed, distributed in all the 3 clades. These new haplotypes seem to be specific to the South-Western Indian Ocean, which is then an original zone. Besides, we found a high allelic richness. These results show the South-western Indian Ocean is rich and very diversified. This region plays an important role in the global diversity of the species. The South-Western Indian Ocean is one of the two contact zones presently known between the two metapopulations of green turtles (Atlantic-Mediterranean and Indo-Pacific). This contact induces a genetic cline based on CM8 (Atlantic) and C3 (Indo-Pacific) haplotype frequencies. Analysis of the microsatellite differentiation between individuals provides evidence of genetic exchanges between the two metapopulations in the region. The South-Western Indian Ocean participates to green turtle global genetic mixing. Studying the influence of several intrinsic and extrinsic factors on population structuring provides useful information for management plan elaboration. We found no significant difference between genetic structures of foraging females and males, contrary to immature turtles which seem to be organised in 'regional pools'. This organisation could be due to both immature natal homing and influence of oceanic currents. High mitochondrial differentiation of nesting females and low global microsatellite differentiation of our samples indicate male-mediated gene flow among populations of the study zone. The genetic composition of a sampling site presents no significant variation along the year, even if we could notice some trends. Nevertheless, it can be significantly different from a year to an other one. This may result from alternation of distinct populations on the same site. We noticed different evolution in 10 or 20 years of the genetic composition depending on the sampling site. Geographic distance seems not to have significant influence on population structuring concerning microsatellite markers. Nesting females of Saziley Beach (Mayotte Island, Comoros Archipelago) present genetic divergence from females nesting in the two other sampled beaches of this island. The observed population structure shows no contradiction with the organisation of oceanic currents in the South-Western Indian Ocean. Comparing the results from the two genetic markers used, we identified 8 genetic differentiated clusters of turtles in the study zone and at least 6 distinct populations. These clusters constitute 8 potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans.
La tortue verte (Chelonia mydas) constitue l'un des espèces emblématiques de la vie marine, pourtant de nombreuses menaces pèsent de nos jours encore sur sa survie (braconnage, captures accidentelles). Ainsi, malgré l'essor de mesures de protection menées à travers pour sa sauvegarde, la tortue verte constitue une espèce 'en danger d'extinction' et figure dans l'Annexe I de la Convention de Washington (CITES). Afin d'élaborer des plans de gestion et de conservation qui soient efficaces, il est important d'avoir une parfaite connaissance de la biologie de la tortue verte, mais aussi de la structure de ses populations et de leurs caractéristiques. C'est dans ce cadre que s'inscrit la présente étude. L'objectif de cette étude était d'acquérir des connaissances sur la structure des populations de tortues vertes dans le sud-ouest de l'océan Indien grâce à l'utilisation de l'outil génétique. Au total, 1551 échantillons de tissu ont été collectés dans la zone d'étude et dans notre site témoin la Polynésie française (37 échantillons). Toutes les catégories d'individus ont été échantillonnées (excepté les mâles en phase de reproduction) et les 15 sites d'échantillonnage comprennent à la fois des sites de ponte, d'alimentation et de développement pour les immatures. Deux types de marqueurs ont été utilisés : la région contrôle de l'ADN mitochondrial et 6 loci microsatellites, afin d'appréhender au mieux l'apport des lignées maternelles et paternelles. Nous avons pu mettre en évidence la présence dans le sud-ouest de l'océan Indien de 29 haplotypes distincts, appartenant à trois clades fortement divergents dont l'un constitué d'haplotypes originaires de l'océan Atlantique. Parmi ces haplotypes, 7 ont été détectés pour la première fois dans la zone d'étude, et 15 autres n'ont jamais été précédemment décrits chez cette espèce. Ils sont présents dans chacun des 3 clades d'haplotypes. Ces nouveaux haplotypes semblent spécifiques à la région, et en font une zone originale. On observe par ailleurs une grande richesse allélique dans les effectifs analysés. Ces résultats montrent que le sud-ouest de l'océan Indien est une zone riche et très diversifiée. Cette région joue un rôle important dans la diversité génétique globale de l'espèce. Le sud-ouest de l'océan Indien constitue l'une des deux seules zones connues à l'heure actuelle de contact entre les deux métapopulations de tortues vertes (Atlantique-Méditerranée et Indo-Pacifique). Ce contact a entraîné la formation d'un cline génétique portant principalement sur les fréquences relatives des haplotypes CM8 (Atlantique) et C3 (Indo-Pacifique). Les résultats obtenus lors de l'analyse microsatellite de la différenciation entre les individus originaires des deux métapopulations montrent que le sud-ouest de l'océan Indien constitue une zone d'échanges génétiques entre les deux métapopulations, participant au brasage génétique de l'espèce. L'étude de facteurs, intrinsèques et extrinsèques, pouvant influencer la structuration des populations apportent de nombreuses informations qui pourraient s'avérer utiles lors de l'élaboration de plans de gestion. La structure des femelles et des mâles en alimentation ne diffère pas, contrairement à celle des immatures qui semble s'organiser en 'pools régionaux' qui seraient le fruit de l'interaction d'un comportement de philopatrie et d'une influence des courants océaniques. La forte différenciation mitochondriale des femelles en ponte et la très faible différenciation microsatellite observée à l'échelle de la région, indiquent l'existence de flux de gènes via les mâles. La composition génétique d'un site ne varie pas de manière significative au cours de l'année. Par contre, elle peut varier d'une année à l'autre, signifiant l'alternance dans certains sites de ponte de plusieurs populations distinctes. L'évolution de la composition génétique d'un groupe, au cours de 10 ou 20 ans, diffère selon le site considéré. La distance ne semble pas influencer de manière significative la structuration des populations au niveau microsatellite. Les femelles en ponte sur la plage de Saziley (Mayotte) diffèrent génétiquement de celles pondant sur les deux autres plages de l'île. La structure observée des populations est en accord avec l'organisation des courants océanique dans la région. La confrontation des résultats obtenus à partir des deux marqueurs génétiques utilisés, permet la détermination de 8 ensembles génétiquement différenciés dans la zone d'étude et l'identification d'au moins 6 populations distinctes. Ces ensembles constituent autant d'unités de gestion (MUs) potentielles qui pourront servir de base à l'élaboration de plans de gestion et de conservation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3532.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3532/

Éditeur(s) : Publ. CNEXO (France) (Actes Colloq.)(no. 7)
Résumé : The present development of Peneid shrimp culture is limited by the problem set by the routine obtainment of reproduction in captivity. In Polynesia where no species of commercial interest is found naturally, this obtainment is a necessary prerequisite. The observations at the Centre Océanologique du Pacifique of CNEXO were made on 6 species of the genus Penaeus (P. merguiensis, P. aztecus, P. japonicus, P. monodon, P. vannamei and P. stylirostris) raised and maintained in 12 m² outdoortanks. At temperatures, between 25 and 32°, a salinity of 35 and a pH of 8,2, maturations and spawnings are seen throughout the year and several generations were obtained : P. merguiensis, F7 ; P. aztecus et P. japonicus, F3 ;P. monodon, F2 ; P. stylirostris and P. vannamei F1. For P. aztecus et P. mondon maturation is induced by unilateral eyestalk ablation. The animals behavior copulation and external signs of ovarian, development are described. The factors which seem essential to the proper progress of maturation are the temperature, the light intensity, the food and the state of health of the animals.
Le développement des élevages de crevettes Pénéidés est actuellement limité par les problèmes que pose l'obtention en routine de la reproduction en captivité. En Polynésie où aucune espèce d'intérêt commercial ne se trouve à l'état naturel, cette obtention était un préalable nécessaire. Les observations effectuées au Centre Océanologique du Pacifique du CNEXO ont porté sUr 6 espèces du genre Penaeus (P. merguiensis, p. aztecus, P. japonicus, P. monodon, P. vannamei et P. stylirostris) élevées et maintenues dans des bacs extérieurs de 12 m² en circulation ouverte. Avec des températures variant de 25 à 32°, une salinité de 35 et un pH voisin de 8,2, maturations et pontes s'obserVent toute l'année et plusieurs générations ont été obtenues : P. merguiensis, F7 ; P. aztecus et P. japonicus, F3 ;P. monodon, F2 ; P. stylirostris et P. vannamei, F1. Pour P. aztecus et P. mondon, la maturation est induite par épédonculation unilatérale. Le comportement des animaux, la copulation et les signes extérieurs du développement des ovaires sont décrits. Les facteurs qui paraissent essentiels au bon déroulement du processus de maturation sont la température l'éclairement, l'alimentation et l'état de santé des animaux

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1977/publication-6073.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6073/

Éditeur(s) : Edp Sciences S A
Résumé : The present work examines the usefulness of the combination of multivariate analyses and further one-way analysis of variance in the search for links between causes and effects in heterologous stimulation of spawning in fish. Stimulations with both 20 and 50 mu g . kg(-1) doses of [D Trp(6)] luteinizing hormone-releasing hormone analogue (LH-RHa) were effective in inducing and synchronizing spawning of red drum, Sciaenops ocellatus. Oocyte development monitoring using ovarian biopsy allowed treatment injections at different stages of maturation. The influence at stimulation time of female oocyte development state upon further development was shown. An interesting potential of second stimulation, leading to high quality spawns, was established and factors of success were identified. The best conditions for stimulation success were simultaneously late stage of oocyte development characterized by the beginning of oil droplet coalescence, high ovarian homogeneity quoted by the proportion of most developed oocytes in the biopsy sample, and low dose of hormone (20 mu g . kg(-1)) for both first and second stimulations.
Ce travail examine l’intérêt de la combinaison d’analyses multivariées et de l’analyse de variance à un facteur pour la recherche de liens au sein d’expérimentations aquacoles faisant intervenir une diversité de causes et d’effets. L’injection de l’analogue [D Trp6] de la gonado-libérine (LH-RHa) est efficace aux doses de 20 et 50 íg×kg–1 pour provoquer et synchroniser les pontes chez l’ombrine, Sciaenops ocellatus. Un suivi du développement ovocytaire par biopsie ovarienne permet en outre de réaliser des injections à différents stades de maturation et l’influence du stade ovocytaire de la femelle, au moment de la stimulation sur la qualité de la ponte, est ainsi mise en évidence. Un potentiel intéressant suite à une seconde stimulation aboutissant à des pontes de qualité, est établi et des facteurs de réussite sont identifiés. Les meilleures conditions pour le succès de la stimulation sont simultanément : le dernier stade de développement ovocytaire, caractérisé par le début de coalescence de la gouttelette lipidique, la forte homogénéité ovarienne représentant la proportion des ovocytes les plus développés au sein de l’échantillon obtenu par biopsie, la faible dose hormonale (20 íg×kg–1) à la fois pour les premières et les secondes stimulations.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (Edp Sciences S A), 2000-01 , Vol. 13 , N. 1 , P. 19-27

Droits : 2000 Ifremer/Cnrs/Inra/Ird/Cemagref/Éditions scientifiques et médicales Elsevier SAS. All rights reserved
http://archimer.ifremer.fr/doc/00187/29875/28361.pdf
DOI:10.1016/S0990-7440(00)00137-6
http://archimer.ifremer.fr/doc/00187/29875/

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé : International audience
This paper presents a synthesis of a multidisciplinary study carried out along the Nîmes Roman aqueduct, located in the southeast part of France. The study was motivated by archaeologists attempting to explain the partial destructions of only one aerial bridge of the aqueduct (Pont de la Lône). Given its close proximity to the Nîmes seismically active fault, a possible seismic origin for the destructions was invoked. Seismologists and structural engineers thus carried out a variety of field and numerical investigations to test the seismic hypothesis. Supporting field evidence was found first along the aerial bridge section of the aqueduct: broken stalactites, arch warping, cracks and destruction of the bridge just above a breast wall shortly after its construction. Secondly, the underground part of the canal was analysed: irregularity in the thickness of calcite deposits of the canal walls, presence of numerous cracks, horizontal shift of the otherwise linear structure of the canal and presence of calcite twins in the deposits, found only where the canal crosses the Nîmes fault system. Numerical modelling and experimental results show that (1) only the Pont de la Lône would have suffered serious damage under seismic solicitation (assuming an M6 earthquake at 10 km distance). The second aerial bridge, the three levels arches Pont du Gard, an historical monument still standing today, would have suffered less damage, due to its very different fundamental frequency of around 0.4 Hz, far from the amplified seismic near-field spectrum; (2) the numerical models also show that a fall of the canal wall would require a higher magnitude event (M > 6); (3) the presence of calcite twinning requires a differential static stress of 4 MPa or greater, which can only be achieved very close to the fault rupture of a M > 6 earthquake; (4) finally, local surface rupturing of such a fault would also corroborate the hypothesis that the observed offset of the canal may be partly seismically induced. Although other possible origins for each individual evidence may not be excluded, the observed spatiotemporal concentration of architectural/geological anomalies together with the numerical results allow us to support a possible co-seismic origin for these disorders, indirectly attesting to the potential seismic activity (M > 6) of the nearby Nîmes fault. Furthermore, following the conclusions of archaeological studies, the disorders occurred between 250 and 350 year AD, thus providing timing for this possible seismic event, an essential parameter in seismic hazard analysis. These results validate the archaeo-seismological approach as a tool that may help improve the knowledge of major infrequent earthquakes in areas of moderate seismic activity.
ISSN: 0921-030X

hal-00379064
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00379064
DOI : 10.1007/s11069-008-9276-9

Résumé : Depuis de nombreuses années, les biologistes étudiant des poissons d'eau douce, ont mis en évidence les relations existant entre le cycle de maturation et les facteurs environnementaux tels que la température et la photopériode (Bullough, 1940 ; Merinan & Schedl, 1941 ; Harrington 1957, Henderson, 1963...). En aquaculture, pour des espèces tempérées comme le loup, la dorade, le turbot, dès 1973, l'opportunité du décalage de la saison de ponte grâce au raccourcissement des cycles environnementaux naturels, est démontré (Girin & Devauchelle, 1978). Sur le loup (Dicentrarchus labrax), des pontes décalées ont pu être obtenues par manipulation du seuil facteur est également reprise par Suquet (1987) puis par Bouget (1988), sur la dorade (Sparus aurata). Devauchelle (1980) démontre que la maturation et la ponte du turbot (Scophthalmus maximus) se réalisent à température constante sans problème majeur. Bacon (1973) présente les plans d'un laboratoire à environnement contrôle utilisé par Kuo & al. (1974) pour des travaux sur le mullet (Mugil cephalus). D'autres travaux sont réalisés sur des espèces subtropicales comme Trachintous carolinus (Hoff & al. 1972, 1978). Pour une espèce tropicale telle que le milkfish Chanos chanos, Lee & al. (1987) concluent à une prépondérance du facteur photophase sur la température pour l'induction de la maturation. Chez Siganus guttatus, espèce tropicale à rythme de ponte mensuel, le facteur lumineux (cycle lunaire) semble être le plus important dans un milieu ou la température de l'eau est stade tout le long de l'année (plus ou moins 1 degré centigrade) (Soletchnik, non publié). Ainsi, chez les poissons tempérés, l'initiation de la maturation serait clairement déclenchée par l'augmentation de la photopériode (Bye & Htun Han, 1979). Harrington (1959), quant à lui, pense que l'influence de la température sur les poissons à longue saison de ponte est plus importante que celle de la photopériode. L'importance relative de l'un ou l'autre de ces deux facteurs, température et photopériode dans les processus physiologiques de maturation et de ponte de l'ombrine, sont actuellement à l'étude aux Etats Unis (Robert, Comm. pers.). L'opération envisagée en Martinique dès 987 est celle des transférer et d'adapter en conditions tropicales et dans un environnement insulaire une technologie développée dans différents états américains depuis le début des années 70. Les premiers cycles de maturation et ponte ont été initiés début 1989 avec la mise en fonctionnement des salles géniteurs à environnement contrôle. Les premiers résultats obtenus dans cette structure, et en cages flottantes sont décrits dans ce chapitre.

Droits : 1990 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00133/24408/22408.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00133/24408/

Résumé : Le contrôle des pontes est primordial en aquaculture pour démarrer une filière pérenne. Il permet en premier lieu de ne plus dépendre des pontes naturelles dont les conditions de déclenchement sont mal connues pour la plupart des espèces. Le risque de se trouver, même pendant un temps relativement court, sans aucune production d’œufs peut mettre en danger la totalité de la filière. Pour Platax orbicularis (Paraha peue en polynésien) il a été intéressant de comparer deux méthodes d’induction de la ponte. La dessalure semble présenter de nombreux avantages face à l’injection. Sa facilité de mise en œuvre, le niveau limité de stress qu’elle provoque, la meilleure qualité possible des pontes induites, l’administration d’un traitement anti-parasitaire simultané et son caractère éthique et éco-responsable sont autant d’arguments en sa faveur. L’injection semble un moyen plus robuste de stimulation (au départ) car les deux femelles n’ont répondu qu’à la stimulation hormonale et jamais aux dessalures. Ainsi une bonne connaissance des deux méthodes de stimulation est importante pour une gestion durable des reproducteurs et de toute la filière du Platax orbicularis.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00128/23876/21811.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00128/23876/

Résumé : Les venins sont des armes sophistiquées, utilisées par les organismes venimeux pour se défendre des prédateurs, ainsi que pour paralyser et tuer leurs proies. Mais dans la nature, le bien n’est jamais très loin du mal, les toxines venimeuses pouvant se révéler être des agents thérapeutiques efficaces. Les peptides de venins de fourmis ont donc été étudiés dans cette thèse afin de déterminer le potentiel de ces toxines pour la découverte de molécules thérapeutiques innovantes. A l’instar des autres venins d’insectes, les venins de fourmis restent peu étudiés, principalement en raison de la petite taille de ces insectes et des quantités limitées de venins disponibles. Cependant, les fourmis offrent l’avantage d’être des insectes sociaux très abondants dans tous les milieux terrestres. En collectant les venins de plusieurs individus, il est donc possible d’obtenir des quantités suffisantes de venin pour les analyses biochimiques et pharmacologiques.Afin d’assurer la reproductibilité des analyses, une identification taxonomique correcte est nécessaire. Dans cette optique, un outil de chimiotaxonomie a été développé durant cette thèse (permettant ainsi de regrouper les venins provenant de plusieurs colonies afin de compenser les faibles quantités de matériel biologique par individu ou par colonie).Ensuite, nous nous sommes intéressés aux facteurs écologiques impliqués dans la diversification des venins de fourmis. Pour cela, la toxicité et la composition des venins de fourmis ont été analysés en relation avec le polyéthisme, la spécialisation alimentaire et la spécialisation défensive.La diversité écologique des fourmis a amplement contribuée à la diversification des venins. En étudiant les venins de 82 espèces de fourmis, nous avons révélé la grande diversité structurale des toxines. Bien que la majorité des peptidomes sont composés par de petits peptides linéaires, des peptides structurés par des ponts disulfure ont été révélés dans de nombreux venins et constituent de nouvelles familles structurales de toxines.La purification de certains de ces peptides à ponts disulfure a permis leur caractérisation biochimique et l’évaluation de leur rôle biologique. Ainsi nous avons décrit un groupe de peptides neurotoxiques, baptisés les formicitoxines qui sont capables de bloquer les canaux calcium humains de type L. La commutatoxine est, quant à elle, un peptide avec un pont disulfure qui semble activer les récepteurs humains TRPV1 et TRPV3 et laisse supposer une implication dans l’induction de la douleur chez les mammifères.La grande diversité des peptides mise en évidence dans les venins, associée à la grande diversité écologique et taxonomique des fourmis, suggère que les venins de fourmis constituent un nouveau champ d’exploration prometteur pour la recherche de molécules thérapeutiques et insecticides. Les venins de fourmis s’ajoutent à la chimiothèque conséquente déjà représentée par les venins des autres animaux venimeux.
Venoms are sophisticated weapons employed by venomous organisms to ward off predators, as well as to subdue and kill prey. However, in nature, good is never far from bad and venom toxins may prove to be efficient therapeutic agents. Ant venom peptides were investigated in the course of this thesis to evaluate their potential in the discovery of novel drugs. Like other insect venoms, ant venoms remain understudied, mainly due to the small size of individual ants and, so, the limited a mount of venom available. The ecological diversity of ants has largely contributed to venom diversification. By studying the venom peptidomes from 82 ant species, we have revealed the great structural diversity of the toxins. Although the majority of the peptidomes are comprised of small and linear peptides, peptides structured by disulfide bonds were also brought to light in numerous venoms and constitute novel structural classes of toxins. The purification of some of these disulfided peptides permitted their biochemical characterization and the assessment oft heir biological functions. The enormous peptide diversity revealed among venoms combined with the great ecological and taxonomical diversity of ants suggests that ant venoms constitute a promising new source in the search for both novel drugs and insecticides. Ant venom augments the vast bioactive molecules library represented by venoms from other venomous animals.

http://www.theses.fr/2015AGUY0829/document