Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
The ‘International Intercomparison Exercise of fCO₂ Systems’ was carried out in 1996 during the R/V Meteor Cruise 36/1 from Bermuda/UK to Gran Canaria/Spain. Nine groups from six countries (Australia, Denmark, France, Germany, Japan, USA) participated in this exercise, bringing together 15 participants with seven underway fugacity of carbon dioxide (fCO₂) systems, one discrete fCO₂ system, and two underway pH systems, as well as systems for discrete measurement of total alkalinity and total dissolved inorganic carbon. Here, we compare surface seawater fCO₂ measured synchronously by all participating instruments. A common infrastructure (seawater and calibration gas supply), different quality checks (performance of calibration procedures for CO2, temperature measurements) and a common procedure for calculation of final fCO₂ were provided to reduce the largest possible amount of controllable sources of error. The results show that under such conditions underway measurements of the fCO₂ in surface seawater and overlying air can be made to a high degree of agreement (±1 μatm) with a variety of possible equilibrator and system designs. Also, discrete fCO₂ measurements can be made in good agreement (±3 μatm) with underway fCO₂ data sets. However, even well-designed systems, which are operated without any obvious sign of malfunction, can show significant differences of the order of 10 μatm. Based on our results, no “best choice” for the type of the equilibrator nor specifics on its dimensions and flow rates of seawater and air can be made in regard to the achievable accuracy of the fCO₂ system. Measurements of equilibrator temperature do not seem to be made with the required accuracy resulting in significant errors in fCO₂ results. Calculation of fCO₂ from high-quality total dissolved inorganic carbon (CT) and total alkalinity (AT) measurements does not yield results comparable in accuracy and precision to fCO₂ measurements.
ISSN: 0304-4203

hal-01245605
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01245605
DOI : 10.1016/S0304-4203(00)00080-3

Éditeur(s) : HAL CCSD Geological Society of London
Résumé : Permo-Triassic rift basins offer important hydrocarbon targets along the Atlantic margins. Their fill is dominated by continental red beds, comprising braided fluvial, alluvial fan, aeolian, floodplain and lacustrine facies. These relatively lightly explored basins span both the Atlantic and Tethyan domains and developed above a complex basement with inherited structural fabrics. Sparse data in offshore regions constrain understanding of depositional geometries and sedimentary architecture, further impeded by their deep burial beneath younger strata, combined with the effects of later deformation during continental breakup. This paper provides results from a multidisciplinary analysis of basins along the Atlantic margin. Regional seismic and well data, combined with geochemical provenance analysis from the European North Atlantic margins, are integrated with detailed outcrop studies in Morocco and Nova Scotia. The research provides new insights into regional basin tectonostratigraphic evolution, sediment fill, and reservoir distribution, architecture and quality at a range of scales. Regional seismic profiles, supported by key well data, indicate the presence of post-orogenic collapse basins, focused narrow rifts and low-magnitude multiple extensional depocentres. Significantly, Permo-Triassic basin geometries are different and more varied than the overlying Jurassic and younger basins. Provenance analysis using Pb isotopic composition of detrital K-feldspar yields new and robust controls on the sediment dispersal patterns of Triassic sandstones in the NE Atlantic margin. The evolving sedimentary architecture is characterized by detailed sedimentological studies of key outcrops of age equivalent Permian-Triassic rifts in Morocco and Nova Scotia. The interplay of tectonics and climate is observed to influence sedimentation, which has significant implications for reservoir distribution in analogue basins. New digital outcrop techniques are providing improved reservoir models, and identification of key marker horizons and sequence boundaries offers a potential subsurface correlation tool. Future work will address source and seal distribution within the potentially petroliferous basins.
Petroleum Geology: From Mature Basins to New Frontiers Proceedings of the 7th Petroleum Geology Conf

hal-00590618
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00590618

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
More than half the pregnant women in the Western world report taking mild analgesics. These pharmaceutical compounds have been associated with congenital cryptorchidism in humans, the best-known risk factor for low semen quality and testicular germ cell cancer. Furthermore, some of these mild analgesics exert potent anti-androgenic effects in the male rat and several endocrine-disrupting compounds, known to alter masculinization, have also been shown to be potent inhibitors of prostaglandin (PG) synthesis similar to mild analgesics. Using a 3-day ex vivo organotypic model system based on gestational day 14.5 rat testes, we herein show that testosterone production was inhibited by paracetamol, at doses of 0.1 μm to 100 μm. Similar results were obtained for aspirin (1-100 μm) and indomethacin (10 μm). The production of the other Leydig cell hormone, Insl3, was not disrupted by exposure to paracetamol. Investigations of the gross anatomy of the testis as well as Leydig cells number and rate of gonocyte apoptosis after the 3 days of ex vivo differentiation showed no significant effect of the analgesics tested compared with controls. These data indicate therefore that mild analgesics specifically inhibit testosterone production in rat foetal testes in vitro and that these compounds had no effect on gonocyte survival. Parallel determinations of prostaglandin D2 (PGD2) production indicated that the effects of paracetamol and aspirin on PGD2 and testosterone were not connected, whereas the effects of indomethacin were correlated. We conclude that mild analgesics exert direct and specific anti-androgenic effects in rat foetal testis in our experimental setup and that the mechanism of action is probably uncoupled from the inhibition of PG synthesis.
ISSN: 0105-6263

hal-00876956
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00876956
DOI : 10.1111/j.1365-2605.2012.01282.x
PUBMED : 22612476

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :  
Improvement of wood quality related traits is currently hampered by costly chemical and technological assays and the necessity to wait until the trees are nearly mature to evaluate wood properties. The availability of a vast quantity of genomic data opens now a new avenue to identify early selection criteria based on molecular information and therefore increase selection efficiency. Association mapping is becoming a method of choice to identify QTN (quantitative trait nucleotide) that contribute to complex trait variation. The implementation of this approach requires on the one hand knowledge of the molecular mechanisms underlying trait variation and polymorphism within candidate genes, and on the other hand the availability of phenotypically well characterized genetic material. We are developing this strategy in the frame of the French maritime pine breeding program, an economically important forest tree species in the South Western Europe. About 500 trees from the breeding population were evaluated for wood physical and chemical properties through the analysis of 2,800 half-sib progenies and 1,500 clones in 8 field tests. These same trees are being genotyped at 185 SNPs obtained from the sequencing of 41 candidate genes, and an additional set of 200 eSNPs detected in 147 EST-contigs (to be used as control). Statistical association between the breeding values of the 500 trees and their respective genotypes will be tested using mixed models accounting for relatedness among individuals of the breeding population.
IUFRO-CTIA joint conference, "Adaptation, Breeding and Conservation in the Era of Forest Tree Genomics and Environmental Change"
Québec City, Canada

hal-01032075
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032075

Éditeur(s) : Soc Geol France
Résumé : The Lesser Antilles subduction zone has produced no recent strong thrust earthquakes, making it difficult to quantify the seismic hazard from such events. The Lesser Antilles arc has a low subduction rate and an accretionary wedge that is very wide at its southern end. To investigate the effect of the wedge on seismogenesis, numerical models of forearc thermal structure were constructed along six transects perpendicular to the arc in order to determine the thermally predicted width of the seismogenic zone. The geometry of each section is constrained by published seismic profiles and crustal models derived from gravity and seismic data and by earthquake hypocenters at depth. A major constraint on the deep part of the model is that mantle temperature beneath the volcanic arc should achieve a temperature of 1,100 degrees C to generate partial melts. Predicted surface heat flow is compared to the available heat flow observations. Thermal modeling results indicate a systematic southward increase in the width of the seismogenic zone, more than doubling in width from north to south and corresponding to a dramatic southward increase in forearc width (distance from the arc to the deformation front of the accretionary wedge). The minimum width of the seismogenic zone (distance between the intersections of the subduction interface with the 150 degrees C and 350 degrees C isotherms) increases from about 80 km, north of 16 degrees N, to 230 km, at 13 degrees N. The maximum width (between the 100 degrees C and 450 degrees C isotherms) ranges from about 150 km in the north to up to 320 km in the south. This large variation in the width of the seismogenic zone is a consequence of the increasing width of the accretionary wedge to the south, caused by the increased thickness of sediment on the subducting plate. There is good agreement between the thermally predicted seismogenic limits and the sparse distribution of recorded thrust earthquakes, which are observed only in the northern portion of the arc. Possible scenarios for mega-thrust earthquakes are discussed. Depending on the segment length (along-strike) of the rupture plane, the occurrence of an event of magnitude 8-9 cannot be excluded.
L’absence de grands séismes récents à mécanismes chevauchants dans la zone de subduction des Petites Antilles rend difficile l’évaluation de l’aléa sismique lié à de tels événements. L’arc des Petites Antilles est caractérisé par une faible vitesse de subduction et par la présence d’un prisme d’accrétion très développé à son extrémité méridionale. Afin d’évaluer les effets de la largeur de ce prisme sur la genèse des séismes, nous avons étudié six sections perpendiculaires à l’arc, du nord au sud de celui-ci, pour déterminer la largeur de la zone sismogène prédite par les modèles thermiques appliqués à chacune de ces coupes. La géométrie de ces dernières est contrainte par les profils sismiques publiés, par les modèles de structure crustale déduits des données gravitaires et sismiques, et enfin par la distribution des hypocentres des séismes. Un contrôle important permettant de tester la validité des modèles thermiques en profondeur est qu’une température minimale de 1 100oC, compatible avec la fusion partielle du manteau hydraté, doit être atteinte sous l’arc volcanique actif. Par ailleurs, le flux thermique en surface prédit par ces modèles doit être compatible avec les mesures de flux de chaleur. Les modèles thermiques retenus d’après ces critères montrent une augmentation du simple au double vers le sud de la largeur de la zone sismogène, qui correspond à un élargissement considérable de la taille du domaine avant-arc. En effet, la largeur minimale de la zone sismogène (définie comme la distance entre les intersections de l’interface des plaques avec les isothermes 150o et 350oC) augmente d’environ 80 km au nord de 16oN jusqu’à 230 km à 13oN. La largeur maximale de cette zone (définie par les intersections de l’interface avec les isothermes 100o et 450oC) augmente, quant à elle, d’environ 150 km au nord jusqu’à 320 km au sud de l’arc. Cette variation considérable est la conséquence de l’augmentation de la largeur du prisme d’accrétion, elle-même causée par l’accumulation croissante des sédiments déposés sur la plaque plongeante. Les largeurs de la zone sismogène prédites à l’aide des modèles thermiques sont en bon accord avec les rares données disponibles sur les séismes à mécanismes chevauchants dans la partie nord de l’arc. Les scénarios possibles relatifs à des méga-séismes de ce type n’excluent pas de futurs événements atteignant des magnitudes de 8 à 9.
Bulletin De La Societe Geologique De France (0037-9409) (Soc Geol France), 2013 , Vol. 184 , N. 1-2 , P. 47-59

Droits : 2013 Societe Geologique de France
http://archimer.ifremer.fr/doc/00140/25140/29432.pdf
DOI:10.2113/gssgfbull.184.1-2.47
http://archimer.ifremer.fr/doc/00140/25140/

Résumé : Les pathologies inflammatoires démyélinisantes primitives du système nerveux central (SNC) sont dominées par deux entités : la sclérose en plaques (SEP) et la neuromyélite optique (NMO). Ces deux pathologies se différencient par : 1. leur phénotype, la NMO se caractérisant par une myélite extensive dans le plan transversal et longitudinal et peu de lésions encéphaliques initiales ; 2. leur sévérité, le pronostic de la NMO étant moins bon que celui de la SEP ; 3. leur mécanisme immunologique, puisque l’immunité humorale domine nettement dans la NMO, cette pathologie répondant peu ou pas aux traitementshabituellement prescrits dans la SEP. Un anticorps sérique (IgG-NMO) a été retrouvé chez les patients atteints de NMO avec une sensibilité de 50-70% et une spécificité de 90-100%. Cet anticorps a pour cible le principal canal hydrique du SNC, l’aquaporine-4 (AQP4), qui se situe principalement sur les pieds astrocytaires jalonnant la barrière hémato-encéphalique. La SEP est relativement familière des neurologues car décrite sur le plan épidémiologique et dans son histoire naturelle depuis plus d’un siècle à travers de larges séries réalisées parfois en population générale. Son approche thérapeutique progresse suite à des essais contrôlés qui s’accumulent depuis maintenant près de 20 ans. Toutefois, la majorité des travaux ont été effectués chez les populations Caucasiennes en raison de sa plus grande fréquence dans ces populations. A l’inverse, la NMO garde encore un relatif mystère à cause de sa relative rareté, l’établissement très récent de critères diagnostiques et une physiopathologie très récemment éclaircie par la découverte de l’IgG-NMO qui a indiscutablement suscité un regain d’intérêt de cette affection. Ainsi, son incidence est quasiment inconnue de même que sa susceptibilité génétique. La progression du handicap de la NMO qu’il soit visuel ou moteur à l’évidence sévère, ne repose toujours pas sur des chiffres précis, la description des lésions neuroradiologiques reste encore très embryonnaire. Enfin, même s’il existe un consensus pour traiter énergiquement les poussées de NMO et les espacer, il n’existe quasiment aucune étude prospective.
Introduction: Aim of the study is to describe épidemiology, phenotype and treatment of demyelinating inflammatory diseases of the central nervous system (CNS) namely multiple sclerosis (MS) and neuromyelitis optica (NMO) in French West Indies.Epidemiology: MS emerged in the French West Indian (FWI) population with an incidence of 1.27/100 000 (CI 95%: 1.16-1.38) for the period 1992-2007 while incidence of NMO remained stable at 0.19/100,000 (CI 95%: 0.15–0.23). Both migration in Metropolitean France (MF) and decrease of sun exposure were risk factors for MS acquisition in FWI. Phenotype and treatment of NMO: NMO is a very rapidly disabling disease with median times to reach DSS 3, 6 and 8 of one year, 8 years and 22 years respectively. However, treatment by plasma exchanges were shown to reduce sequellae of NMO attacks ; mitoxantrone and rituximab reduced significantly annualized relapse rate (ARR) from 1.7 to 0.29 (p<10-4) and from 1,34 to 0,56 (p=0.0005) respectively, improving dramatically natural course of NMO.Phenotype and treatment of MS: Absence of Migration in MF in MS patients was found to be the strongest independent predictive factor of disability progression to DSS 6 (hazard ratio, 2.59; p=0.0002); beside short time to DSS3 (p=0.005), later age at onset (p=0.005), and multi-symptomatic onset (p=0.03). Treatment of MS by interferon beta-1 had a moderate impact in MS while natalizimab proved to be highly effective by reducing drastically ARR and inflammatory parameters on magnetic resonance imaging. Conclusion: Spectrum of demyelinating inflammatory disorders of CNS has reversed in French West Indies with overrepresentation of MS. Agressive therapy is needed to improve prognosis of NMO. Rapidly increasing of its incidence makes MS a new public health problem in French West Indies.

http://www.theses.fr/2012AGUY0511/document

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : The Thalassa, a ship of the Institute of Fishing, carried out two trawling campaigns off the coasts of Rio de Oro, Mauritania and Senegal. The first one took place in November and December 1962; it extended from Cape Juby to Tamxat (17°20'N). The second, directed more towards the south, reached the Fosse de Cayar Submarine Canyon, near Cape Verde; it occurred in March and April 1968. These operations represent in total 100 trawl passes between latitudes 15° and 28°N and depths of 10 to 800 metres. These two campaigns' overall data are introduced incidentally. The data recorded here are exclusively about the twenty species of sparidae harvested. They concern the geographic and bathymetric distribution, frequency and numbers, size and sex. There emerge certain comments on the animal life, biology and fishing. In some cases, it seemed worthwhile to emphasise the morphological differences that make it possible to distinguish among them species at times very closely related.
La « Thalassa », navire de l'Institut des Pêches, a effectué deux campagnes de chalutage au large des côtes du Rio de Oro, de la Mauritanie et du Sénégal. La première a eu lieu en novembre et décembre 1962; elle s'est étendue du cap Juby à Tamxat (17°20'N). La seconde, plus orientée vers le sud, a atteint la fosse de Cayar, à proximité du cap Vert; elle s'est déroulée en mars et avril 1968. Ces opérations représentent au total cent traicts de chalut qui se répartissent entre les latitudes 15° et 28°N et les profondeurs de 10 à 800 m. Les données d'ensemble de ces deux campagnes sont présentées par ailleurs. Celles consignées ici concernent exclusivement les vingt espèces de sparidés récoltées. Elles ont trait à la répartition géographique et bathymétrique, la fréquence et l'abondance, la taille et le sexe. Il s'en dégage certaines remarques sur la faunistique, la biologie et la pêche. Dans certains cas il a paru intéressant de souligner les différences morphologiques qui permettent de distinguer, entre elles, des espèces parfois très voisines.(OCR non controlé)
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1969-03 , Vol. 33 , N. 1 , P. 97-116

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1969/publication-3156.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3156/

Résumé : Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire s'inscrivent dans la lignée des approches de modélisation hydrologiques prédictives dirigées par les données. Nous avons particulièrement développé leur application sur le contexte difficile des phénomènes de crue éclairs caractéristiques des bassins versants de la région Caraïbe qui pose un dé fi sé.curi taire. En envisageant le problème de la prévision de crues comme un problème d'optimisation combinatoire difficile nous proposons d'utiliser la notion de métaneuristiques, à travers les algorithmes évolutionnaire notamment pour leur capacité à parcourir efficacement de grands espaces de recherche et fi fournir des solutions de bOlIDe qualité en des temps d'exécution raisonnables. Nous avons présenté l'approche de prédiction AV2D : Aggregate Variable Data Driven dom le concept central est la notion de variable agrégée. L'idée sous-jacente à ce concept est de considérer le pouvoir prédictif de nouvelles variables définies comme le résultat de fonctions tatistiques, dites d'agrégation calculées sur de donnée' correspondant à des périodes de temps précédent uo événem nt à prédire. Ces variable sont caractérisées par des ensembles de paramètres correspondant a leur pJ:opriétés. Nous avons imroduitle variables agrégées hydrométéorologiques permettant de répondre au problème de la classification d événements hydrologiques. La complexité du parcours de l'espace de recherche engendré par les paramètres définissant ces variables a été prise en compte grâce à la njse en oeuvre d'un algorithme évolutionnaire particulier dont les composants ont été spécifiquement définis pour ce problème. Nous avons montré, à travers une étude comparative avec d'autres approches de modélisation dirigées par les données, menée sur deux cas d'études de bassins versant caribéens, que l'approche AV2D est particulièrement bien adaptée à leur contexte. Nous étudions par la suite les bénéfices offerts par les approches de modélisation hydrologiques modulaires dirigées par les données, en définissant un procédé de division en sous-processus prenant en compte les caractéristiques paniculières des bassins versants auxquels nous nous intéressons. Nou avons proposé une extension des travaux précédents à travers la définition d'une approche de modélisation modulaire M2D: Spatial Modular Data Driven, consistant à considérer des sous-processus en divisant l'ensemble des exemples à classifier en sous-ensembles correspondant à des comportements hydrologiques homogènes. Nous avons montré à travers une étude comparative avec d autres approches dU'igées par les données mises en oeuvre sur les mêmes sous-ensembles de données que celte approche permet d améliorer les résultats de prédiction particulièrement à coun Lenne. Nous avons enfin proposé la modélisation d un outil de pi
The work presented in this thesis is in the area of data-driven hydrological modeling approaches. We particularly investigared their application on the difficult problem of flash flood phenomena typically observed in Caribbean watersheds. By considering the problem of flood prediction as a combinatorial optimization problem, we propose to use the notion of Oleraheuristics, through evolutionary algorithms, especially for their capacity ta visit effjciently large search space and to provide good solutions in reasonable execution times. We proposed the hydrological prediction approach AV2D: Aggregate Variable Data Driven which central concept is the notion of aggregate variable. The underlying idea of this [concept is to consider the predictive power of new variables defined as the results of statistical functions, called aggregation functions, computed on data corresponding ta time periods before an event ta predict. These variables are characterized by sets of parameters corresponding ta their specifications. We introduced hydro-meteorological aggregate variables allowing ta address the classification problem of hydrological events. We showed through a comparative study on two typical caribbean watersheds, using several common data driven modelling techniques that the AV2D approach is panicul.rly weil fitted ta the studied context. We also study the benefits offered by modulaI' approaches through the definition of the SM2D: Spatial Modular DataDriven approach, consisting in considering sub-processes partly defined by spatial criteria. We showed that the results obtained by the AV2D on these sub-processes allows to increase the performances particularly for short term prediction. Finally we proposed the modelization of a generic control tool for hydro-meteorological prediction systems, H2FCT: Hydro-meteorological Flood Forecasting Control 1'001

http://www.theses.fr/2013AGUY0673/document

Résumé : After 12 years of a difficult start, the sea bass (Dicentrarchus labrax) breeding projects are multiplying. Faced with the constraints presented by the sites used in the past, farming at sea seems to offer conditions more conducive to the growth and survival of the animals. The zootechnical data from the farm makes it possible to link the rate of growth and the thermal profile of the site. Risks and uncertainties still weigh heavily on aquafarming projects, but solutions such as insurance are helping to improve their economic feasibility. The economic and financial analysis comes up with good overall profitability of the project, even if the duration of the breeding cycle and the necessity to ensure a progressive increase in operating capacity make the start-up phase long and not very lucrative.
(OCR non controlé) Après 12 années d'un démarrage difficile, les projets d'élevage du loup (Dicentrarchus labrax) se multiplient. Face aux contraintes que présentent les sites utilisés par le passé, l'élevage en mer semble offrir des conditions plus favorables à la croissance et à la survie des animaux. Les données zootechniques de l'élevage permettent de mettre en relation la vitesse de croissance et le profil thermique du site. Risques et incertitudes pèsent encore lourdement sur les projets aquacoles, mais des solutions telles que l'assurance contribuent à améliorer leur faisabilité économique. L'analyse économique et financière conclut à une bonne rentabilité globale du projet même si la durée du cycle d'élevage et la nécessité d'assurer une montée en puissance progressive de l'exploitation rendent la phase de démarrage longue et peu rémunératrice.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1989/rapport-2417.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2417/

Résumé : La tuberculose (TB), maladie infectieuse contagieuse, est causée par une mycobactérie appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC). Malgré de nombreuses campagnes de vaccination par le BCG (Bacilles de Calmette et Guérin) et les traitements antituberculeux, on observe une réémergence de la maladie depuis les années 80. Ce bouleversement s’explique par la coïnfection avec le virus du VIH/SIDA, la désorganisation des systèmes de santé et par l’apparition des bactéries résistantes aux principaux antibiotiques antituberculeux. Dans ce contexte une meilleure connaissance des mouvements et de l’évolution des clones circulants du bacille tuberculeux permettrait de détecter plus rapidement et de façon plus pertinente l’émergence d’épidémies. Le contrôle et la surveillance de la maladie représentent des moyens essentiels pour lutter contre l’expansion mondiale de la tuberculose. C’est ainsi que l’unité de la Tuberculose et des Mycobactéries de l’Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG) a mis en place une base de données de profils génotypiques pour l’étude de l’épidémiologie globale de la tuberculose. Dans le cadre de cette thèse, nous décrirons les méthodes de bioinformatique qui ont été utilisées pour la gestion et l’exploitation de la 6ème version (SITVIT2) de cette base de données des génotypes pour mieux comprendre l’évolution et la dissémination mondiale du bacille tuberculeux. Cette base intègre aussi plusieurs marqueurs moléculaires tels que les MIRU-VNTRs (« mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats ») et le Spoligotype43 servant à mieux décrire et identifier les familles de profils génotypiques du MTBC. La banque de données SITVIT2 ne cesse d’évoluer, et elle contient actuellement des informations épidémiologiques sur 111 635 isolats cliniques. Cette base de données est consultable en ligne à l’adresse suivante : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. Nous avons également réalisé une base de données nommée SITVITBovis qui est dédiée à la tuberculose bovine. Cette base de données sera accessible à l’adresse : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/. Parallèlement au développement et à la gestion des bases de données, ce travail de thèse s’est appuyé sur plusieurs études épidémiologiques et phylogéographiques mettant en corrélation les données disponibles sur la résistance aux médicaments ou les caractéristiques démographiques (dont le sexe, l’âge, le statut VIH, et l’origine du patient). Notre initiative de recherche permet ainsi d’améliorer la caractérisation phylogénétique détaillée des lignées du MTBC, ainsi que l’épidémiologie des clones en circulation, afin d’élaborer une cartographie géographique des isolats cliniques prédominants pour les bacilles tuberculeux principalement impliqués dans la maladie, à l’échelle nationale, régionale et mondiale. La superposition ultérieure de ces cartes avec des données sociopolitiques, économiques et démographiques obtenues auprès de Systèmes d’information géographique (SIG) ont permis de dresser un portrait précis des disparités actuelles par pays ou sous-région. Cette thèse représente une importante collaboration avec plusieurs équipes de chercheurs travaillant également dans le domaine de l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose. L’objectif à long terme de ce travail, est d’optimiser la structure de la base, et de pérenniser l’enrichissement de celle-ci (notamment par l’automatisation et la facilité de la saisie de données). Une représentation optimale et une meilleure accessibilité des données de la base conforteraient les efforts faits pour le contrôle et la surveillance de la TB dans monde.
Tuberculosis (TB) is a contagious infectious disease caused by mycobacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). Despite numerous campaigns of vaccination by the BCG (Bacillus Calmette-Guérin) vaccine, and TB treatments, there was a resurgence of the disease since the 80s. This disruption is due to coinfection with HIV/AIDS, disorganization of health systems and the emergence of bacteria resistant to anti-TB drugs. In this context, a better understanding of the movements and changes of circulating clones of tubercle bacilli would detect faster and more relevant emerging epidemics. The control and monitoring of the disease are essential means to fight against the worldwide spread of tuberculosis. Thus the TB and Mycobacteria unit of the Pasteur Institute of Guadeloupe (IPG) has developed a database of genotypic profiles for the study of global epidemiology of tuberculosis.In this thesis, we discuss the Bioinformatical methods that have been used for the management and development of the 6th version (SITVIT2) of this database of genotypes to better understand the evolution and global dissemination of the tubercle bacillus. The database also includes several molecular markers such as MIRU-VNTRs (mycobacterial interspersed repetitive units- variable number of tandem repeats) and Spoligotype43 allowing a better description and identification of the families of genotypic profiles of Mycobacterium tuberculosis complex. SITVIT2 database is constantly evolving, and it currently contains epidemiological information on 111,635 clinical isolates. This database is available online at the following address: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. We also developed a database named "SITVITBovis", which is dedicated to bovine tuberculosis. This database will be accessible at: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/.Alongside the development and management of databases, this work was based on several epidemiological and phylogeographic studies correlating data on drug resistance or demographic characteristics (including sex, age, HIV status, and the origin of the patient). Our research initiative is thus focused to further improve in depth phylogenetic characterization of MTBC lineages, as well as the epidemiological analysis of circulating clones to generate evidence-based geographical mapping of predominant clinical isolates of tubercle bacilli causing the bulk of the disease both at country and regional level. Further superposition of these maps with socio-political, economical and demographical available through Geographic Information Systems (GIS) allows to have a precise view of prevailing disparities at the level of country or sub-region. This thesis represents an important collaboration with several researchers teams also working in the field of molecular epidemiology of tuberculosis.The long-term goal of this work is to further optimize the database structure, and sustain enriching it (including automation and ease of data entry). Optimum performance and accessibility of data in the database would reinforce efforts to control and surveillance of TB in the world.

http://www.theses.fr/2014AGUY0791/document

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : The Atlantic and Mediterranean members of the scorpaenidae family have always triggered numerous discussions about their reciprocious congenialities. Back in the (recent) days when the number of species known on the French coasts was still fairly low, the belonging of one species to such or such genus, as Helicolenus (Sebastes) dactylopterus DELAROCHE or Scorpaena maderensis Cuvier and Valenciennes, has been the subject of numerous articles of which the authors' conclusions might differ from one another, and even today light is still far from being shed on those topics. The difficulties met in the determination of scorpaenidae: similar general appearance, subtle differences, impossibility of comparing the samples with the types, incomplete or misinterpreted descriptions, have lead scientists to make hasty determinations resulting in: an even more complicated synonymy and incorrect data about the biogeography of the species. Thereby, the rockfish named Scorpaena rubellio by JORDAN and GUNN (I) is considered as a synonymous of S. maderensis Cuvier Valenciennes by J. R. NORMAN (2), and of S. porcus Linné by H. W. FOWLER (3). Likewise, the dispersion area of S. scrofa in Guinea, Niger and Sainte-Hélène, is caused by its confusion with other species such as S. stephanica, S. angolensis and S. scrofina. (unverified OCR)
Les représentants de la famille des Scorpénidés dans l'Atlantique et la Méditerranée ont toujours donné lieu à de nombreuses discussions au sujet de leurs affinités réciproques. A l'époque encore récente où le nombre des espèces connues des côtes de France était encore très réduit, la place dans tel ou tel genre d'espèces telles que Helicolenus (Sebastes) dactylopterus DELAROCHE ou Scorpaena maderensis Cuvier et Valenciennes, par exemple, ont provoqué des séries d'articles où les conclusions des auteurs successifs n'étaient pas toujours concordantes, et aujourd'hui encore la lumière est loin d'être faite sur bien des points. Les difficultés que l'on rencontre dans la détermination des Scorpénidés : grande ressemblance générale, différences parfois difficiles à saisir, impossibilité de comparer les échantillons d'étude aux types, obligation de se contenter de descriptions incomplètes .ou mal interprétées, ont trop souvent entraîné les chercheurs à des déterminations trop hâtives ayant comme résultats : de compliquer la synonymie et de fausser plus ou moins complètement les données acquises sur la biogéographie d'une espèce. C'est ainsi que la Scorpène appelée Scorpaena rubellio par JORDAN et GUNN (Il est considérée comme synonyme de S. maderensis Cuvier Valenciennes par J. R. NORMAN (2), et de S. porcus Linné par H. W. FOWLER (3). De même l'extension de l'aire de dispersion de S. scrofa en Guinée, au Niger et à Sainte-Hélène, est due à des confusions avec des espèces différentes telles que S. stephanica, S. angolensis et S. scrofina. (OCR non contrôlé)
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1943 , Vol. 13 , N. 1-4

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1943/publication-3420.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3420/

Éditeur(s) : IEEE
Résumé : Two approaches of ocean color data merging were tested and compared in the North and Equatorial Atlantic Basin: the weighted averaging and the objective analysis. The datasets used were the daily level-3 binned data of chlorophyll-a from the Sea-viewing Wide Field-of-view Sensor (SeaWiFS) and Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer on the Aqua satellite over the year 2003, which is the first common full year of operation. Since they represent input for both approaches, matchups between the satellite and the in situ data from the SeaWiFS Bio-optical Archive and Storage System and the Atlantic Meridional Transect were first studied to compute a spatial map of the root mean-square error and of the bias. Because of the log distribution of the chlorophyll fields, each approach was applied to untransformed and log-transformed values. The application of the weighted averaging to log-transformed values does not show significant differences in comparison to its application to untransformed values. This is not the case, however, for the objective analysis that gives better results when applied to logtransformed values. Both approaches give combined chlorophyll data of equivalent quality, although the objective analysis could be improved with a better statistical characterization of noise and signal covariance. The main advantage of the objective analysis is its ability to interpolate in space (and time) by taking into account the characteristic scales of chlorophyll-a. As a result, the spatial coverage of the combined data is at least twice as large in the case of objective analysis than weighted averaging. OCR NOT CONTROLLED
IEEE (0196-2892) (IEEE), 2006-11 , Vol. 44 , N. 11 , P. 3436-3451

Droits : 2006 IEEE
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-3631.pdf
DOI:10.1109/TGRS.2006.878441
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3631/

Résumé : Quelques dates jalonnent les étapes de la naissance de l'IFREMER : le 1er décembre 1982, le gouvernement décide la fusion de l'ISTPM et du CNEXO en un établissement public à caractère industriel et commercial ; le 30 mai 1984, le Conseil des ministres approuve le décret portant création de l'IFREMER ; le 3 janvier 1985, pour la première fois, est réuni le Conseil d'administration constitué de représentants de l'État, du personnel et d'experts du secteur maritime. La création de l'IFREMER répond à la volonté du gouvernement de renforcer la cohérence et l'efficacité de la recherche et du développement technologique dans le domaine de la mer. Cette volonté a été réaffirmée le 9 mai 1984 par le Premier Ministre lors d'une communication au Conseil des Ministres qui définissait un ensemble d'actions destinées à maintenir la place privilégiée de la France dans ce secteur économique. [OCR NON CONTRÔLE]

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1984/rapport-4834.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4834/

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
Scientific interest in urban meteorology has increased because highly populated areas experience high vulnerability to pollution or heavy rain. However, compared to urban air quality or urban heat island (UHI) processes, the urban water vapour cycle is poorly understood because it has been investigated less due to the lack of upper-air measurements and the high sensitivity of surface measurements to local heterogeneities. In this paper, surface measurements of wind, temperature, pressure and humidity, as well as integrated water vapour (IWV) from GPS and MODIS and numerical simulations, have been used to investigate the urban cycle of water vapour in May and June 2004 during the VAPIC field experiment in the Paris area. The surface data show the typical characteristics of an urban area with the absence of water vapour sources and a UHI of about 6 °C at night. The urban IWV distribution differs completely, with an urban IWV excess on average between 1600 and 0600 UTC (with a maximum of about 1.5 kg m−2 at 0600 and 1700 UTC). No IWV difference between the urban and rural areas is found in the middle of the day. The numerical simulations reproduce accurately the urban IWV anomaly. Shallow surface wind convergence associated with the UHI during nighttime provides moisture from the rural areas. Urban areas are therefore under wind convergence for most of the time. The rural water vapour sources and the depth of the convergence control the amplitude of the urban IWV excess. At about 1200 UTC, entrainment at the top of the urban boundary layer is the key process that inhibits the urban IWV excess observed at night
ISSN: 0035-9009

hal-00406370
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00406370
DOI : 10.1002/qj.446

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
The presence of two regional seismic networks in southeastern France provides us high-quality data to investigate upper mantle flow by measuring the splitting of teleseismic shear waves induced by seismic anisotropy. The 10 three-component and broadband stations installed in Corsica, Provence, and western Alps efficiently complete the geographic coverage of anisotropy measurements performed in southern France using temporary experiments deployed on geodynamic targets such as the Pyrenees and the Massif Central. Teleseismic shear waves (mainly SKS and SKKS) are used to determine the splitting parameters: the fast polarization direction and the delay time. Delay times ranging between 1.0 and 1.5 s have been observed at most sites, but some larger delay times, above 2.0 s, have been observed at some stations, such as in northern Alps or Corsica, suggesting the presence of high strain zones in the upper mantle. The azimuths of the fast split shear waves define a simple and smooth pattern, trending homogeneously WNW–ESE in the Nice area and progressively rotating to NW–SE and to NS for stations located further North in the Alps. This pattern is in continuity with the measurements performed in the southern Massif Central and could be related to a large asthenospheric flow induced by the rotation of the Corsica–Sardinia lithospheric block and the retreat of the Apenninic slab. We show that seismic anisotropy nicely maps the route of the slab from the initial rifting phase along the Gulf of Lion (30–22 Ma) to the drifting of the Corsica–Sardinia lithospheric block accompanied by the creation of new oceanic lithosphere in the Liguro–Provençal basin (22–17 Ma). In the external and internal Alps, the pattern of the azimuth of the fast split waves follows the bend of the alpine arc. We propose that the mantle flow beneath this area could be influenced or perhaps controlled by the Alpine deep penetrative structures and that the Alpine lithospheric roots may have deflected part of the horizontal asthenospheric flow around its southernmost tip.
ISSN: 0040-1951

hal-00109313
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00109313
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00109313/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00109313/file/barruol_TGRS_Tphy2004_hal.pdf
DOI : 10.1016/j.tecto.2004.08.002

Éditeur(s) : Séminaire CLAROM, 14èmes journées de l'Hydrodynamique, Val de Reuil, 18-20 novembre 2014
Résumé : From measurements obtained at high level frequency over a long period of time, we aim to determine the different characteristics of the flow situated in the IFREMER (French Research Institute for Exploration of the Sea) wave and current flume tank in Boulogne-Sur-Mer. This 2 data measured with a LDV (Laser Doppler Velocimetry) allows to get the characteristics of turbulence and the incident velocity fluctuations. The well-controlled conditions in the flume and the high sampling frequency of LDV system will give us a good estimate of the different flow characteristics such as dissipation, the Reynolds number, the injection scales, Taylor and Kolmogorov. The objective is to place the marine current turbine in this flow and then to study the influence of turbulence on the rotor of this turbine. The flow velocity is imposed and two different rates of turbulence are analysed.
A partir de données à haute fréquence acquises pendant une longue période de temps, on cherche à déterminer les différentes caractéristiques de l’écoulement généré au bassin d’essais à houle et courant d’IFREMER à Boulogne-Sur-Mer. Ces données mesurées avec un système LDV permettent de caractériser la turbulence et les fluctuations de la vitesse du courant incident. Les conditions contrôlées du bassin et les longues périodes d’acquisition du système LDV nous donneront une bonne estimation des différentes caractéristiques de l’écoulement tels que la dissipation, le nombre de Reynolds, les échelles d’injection, de Taylor et de Kolmogorov. Dans un deuxième temps nous étudions les effets de la turbulence de l’écoulement sur le comportement d’une hydrolienne tri-pale à axe horizontal.L’objectif est de placer la maquette d’hydrolienne dans cet écoulement et étudier l’influence de la turbulence sur le rotor de cette turbine. La vitesse de l’écoulement est imposée et deux taux de turbulence différents ont été étudiés.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00247/35814/34329.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00247/35814/

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : Le navire de recherches «Président Théodore Tissier », déréquisitionné, remis en état par la Marine Nationale, a effectué une première campagne en juillet 1946 pour étudier les conditions hydrologiques en Manche, à l'entrée occidentale de cette mer et sur les hauts-fonds du Plateau continental Celte. Remis en juin 1947 à la Marine Marchande, (qui a depuis cette date assuré son entretien et son armement), le « Président Théodore Tissier» a rempli de nombreuses missions scientifiques appliquées aux pêches. [OCR NON CONTRÔLE]
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1954 , Vol. 18 , N. 2-4 , P. 19-30

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1954/publication-6714.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6714/

Éditeur(s) : Amer Meteorological Soc
Résumé : Salinity measurements from 119 surface drifters in 2007-12 were assessed; 80% [Surface Velocity Program with a barometer with a salinity sensor (SVP-BS)] and 75% [SVP with salinity (SVP-S)] of the salinity data were found to be usable, after editing out some spikes. Sudden salinity jumps are found in drifter salinity records that are not always associated with temperature jumps, in particular in the wet tropics. A method is proposed to decide whether and how to correct those jumps, and the uncertainty in the correction applied. Northeast of South America, in a region influenced by the Amazon plume and fresh coastal water, drifter salinity is very variable, but a comparison with data from the Soil Moisture and Ocean Salinity satellite suggests that this variability is usually reasonable. The drifter salinity accuracy is then explored based on comparisons with data from Argo floats and from thermosalinographs (TSGs) of ships of opportunity. SVP-S/SVP-BS drifter records do not usually present significant biases within the first 6 months, but afterward biases sometimes need to be corrected (altogether, 16% of the SVP-BS records). Biases start earlier after 3 months for drifters not protected by antifouling paint. For the few drifters for which large corrections were applied to portions of the record, the accuracy cannot be proven to be better than 0.1 psu, and it cannot be proven to be better than 0.5 psu for data in the largest variability area off northeast South America. Elsewhere, after excluding portions of the records with suspicious salinity jumps or when large corrections were applied, the comparisons rule out average biases in individual drifter salinity record larger than 0.02 psu (midlatitudes) and 0.05 psu (tropics).
Journal Of Atmospheric And Oceanic Technology (0739-0572) (Amer Meteorological Soc), 2014-04 , Vol. 31 , N. 4 , P. 967-983

Droits : 2014 American Meteorological Society
http://archimer.ifremer.fr/doc/00190/30095/28748.pdf
DOI:10.1175/JTECH-D-13-00158.1
http://archimer.ifremer.fr/doc/00190/30095/

Éditeur(s) : Institut Francais du Pétrole
Résumé : The study of the rock and sediment dredgings carried out on the Armorican margin between 47 and 48° latitude North enables us to precise this latter's paleogeographical and tectonic evolution and to integrate it to the Bay of Biscay's. The microfacies analysis of the rock samples dating back from the Upper Jurassic to the Neogene era demonstrates: - on the one hand, the belonging of the northern edge of the Armorican margin to the Mesogean domain, at least up to the Mid-Cretaceous period; - on the other hand, the persistence of a carbonated platform regime which seems to operate from the Tithonian to the lower Tertiary phase, and on which reef could grow, especially in the Mid-Cretaceous period. Over the whole period, sedimentation compensated for subsidence; - lastly, the increase of subsidence from the Eocene period (accompanied with a decrease in the calcium production?) which is most probably related to the major tectonic phenomena that affected the southern edge of the European plate at that time.
L'étude des dragages de roches et de sédiments effectués sur la marge armoricaine entre 47 et 48° de latitude Nord permet d'en préciser l'évolution paléogéographique et tectonique et de l'intégrer à celle du golfe de Gascogne. L'andyse de microfaciès des échantillons rocheux dont l'âge varie du Jurassique supérieur au Néogène met en évidence : - d'une part, l'appartenance de la bordure nord de la marge armoricaine au domaine mésogéen au moins jusqu'au Crétacé moyen ; - d'autre part, la permanence d'un régime de plate-forme carbonatée qui paraît fonctionner du Tithonique au Tertiaire inférieur, sur laquelle ont pu s'installer des édifices récifaux notamment au Crétacé moyen. Pendant toute cette période la sédimentation a compensé la subsidence ; - enfin, l'accentuation de la subsidence à partir de l'Éocène (accompagnée d'une diminution de la production de calcium ?) qui est vraisemblablement en relation avec les phénomènes tectoniques majeurs qui ont affecté à ce moment la bordure sud de la plaque européenne. [OCR NON CONTRÔLE]
Revue de l'Institut Francais du Pétrole (Institut Francais du Pétrole), 1976-06 , Vol. 31 , N. 3 , P. 401-425

Droits : Institut Francais du Pétrole
http://archimer.ifremer.fr/doc/1976/publication-5100.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/5100/

Résumé : La question de l'Energie Thermique des Mers (E.T.M.) est régulièrement suivie par le Centre National pour l'Exploitation des Océans (CNEXO) depuis sa fondation en 1970. Une première synthèse du sujet y a été effectuée en 1974 par M.M. MASSART et WINTER (X.) La seconde synthèse française date de 1976 (M. VITUREAU). Le CNEXO dispose actuellement d'une bibliographie, essentiellement française et américaine, bien répertoriée jusqu'au milieu de l'année 1976. Parallèlement, on observe qu'à partir de cette même année se multiplient aux États-Unis les symposiums et congrès consacrés à l'E.T.M. totalement ou en partie. [OCR NON CONTRÔLE]

Droits : CNEXO
http://archimer.ifremer.fr/doc/00001/11269/7815.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00001/11269/