Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation University of Suriname
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : Many rural areas in Suriname are lacking information on technology from extension agents from the government extension agency, and research institutes. Communication and informal voices of farmers are shared by media. As part of a baseline study conducted for the sixth operational strategic plan of the Small Grants Programme in Suriname, four communities were selected: Moengo, Pokigron, Nickerie, Sipaliwini and Para. The purpose of this study was to collect data from communities regarding problems related to climate change, agricultural innovation and landscape management. This qualitative study was done through the focus group method. Eight focus group meetings were organized and consisted of 8-15 participants each. The key questions were extracted from the SEPLS method (Socio-ecological Production Landscapes and Seascapes). The data was analyzed through the SWOT method. Based on the results, the communities have a good level of awareness about management of their landscapes. Improvement of agriculture management will be possible by access to innovative and new knowledge developed in and outside the community. Climate change is an important issue that the community already is aware of, they developed their own local strategy in resilience to this issue. Beaucoup de zones rurales au Surinam manquent d'information sur la technologie des agents de vulgarisation de l'agence d'extension de gouvernement, et des instituts de recherche. La communication et les voix informelles des agriculteurs sont partagées par media. En tant qu'élément d'une étude de ligne de base entreprise pour le sixième plan stratégique opérationnel du petit programme de concessions au Surinam, les quatre communautés ont été sélectionnées : Moengo, Pokigron, Nickerie, Sipaliwini et paragraphe. Le but de cette étude était de rassembler des données de communautés concernant des problèmes liés au changement climatique, à l'innovation agricole et à la gestion de paysage. Cette étude qualitative a été faite par la méthode de groupe cible. Huit réunions de groupe cible ont été organisées et se sont composées de 8-15 participants chacun. Les questions clé ont été extraites à partir de la méthode de SEPLS (des paysages et des paysages marins Socio-écologiques de production). Les données ont été analysées par la méthode de BÛCHEUR. Basé sur les résultats, les communautés ont un bon niveau de conscience au sujet de la gestion de leurs paysages. L'amélioration de la gestion d'agriculture sera possible par l'accès aux connaissances innovatrices et nouvelles développées à l'intérieur et à l'extérieur de la communauté. Le changement climatique est une question importante que la communauté a pris en compte et développé sa propre stratégie locale dans la résilience.
Siècle(s) traité(s) : 21
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Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16256
V16256

Éditeur(s) : Université des Antilles et de la Guyane CEREGMIA : Centre d'études et de recherche en économie, gestion et modélisation informatique appliquée Université des Antilles et de la Guyane CEREGMIA : Centre d'études et de recherche en économie, gestion et modélisation informatique appliquée

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Éditeur(s) : Université des Antilles et de la Guyane CEREGMIA : Centre d'Etudes et de Recherche en Economie, Gestion et Modélisation Informatique Appliquée
Extrait de : "The changing world of coastal, island and tropical tourism" : conférence internationale, du 27 au 29 janvier 2011. Université des Antilles et de la Guyane

Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Provenance : Université des Antilles et de la Guyane. Service commun de la documentation
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/HASHcd5881c2c71c6967d52bcd
HASHcd5881c2c71c6967d52bcd

Éditeur(s) : HAL CCSD BioMed Central
Résumé : International audience
BACKGROUND: Sampling design is a key issue when establishing species inventories and characterizing habitats within highly heterogeneous landscapes. Sampling efforts in such environments may be constrained and many field studies only rely on subjective and/or qualitative approaches to design collection strategy. The region of Cacao, in French Guiana, provides an excellent study site to understand the presence and abundance of Anopheles mosquitoes, their species dynamics and the transmission risk of malaria across various environments. We propose an objective methodology to define a stratified sampling design. Following thorough environmental characterization, a factorial analysis of mixed groups allows the data to be reduced and non-collinear principal components to be identified while balancing the influences of the different environmental factors. Such components defined new variables which could then be used in a robust k-means clustering procedure. Then, we identified five clusters that corresponded to our sampling strata and selected sampling sites in each stratum. RESULTS: We validated our method by comparing the species overlap of entomological collections from selected sites and the environmental similarities of the same sites. The Morisita index was significantly correlated (Pearson linear correlation) with environmental similarity based on i) the balanced environmental variable groups considered jointly (p = 0.001) and ii) land cover/use (p-value<0.001). The Jaccard index was significantly correlated with land cover/use-based environmental similarity (p-value = 0.001). CONCLUSIONS: The results validate our sampling approach. Land cover/use maps (based on high spatial resolution satellite images) were shown to be particularly useful when studying the presence, density and diversity of Anopheles mosquitoes at local scales and in very heterogeneous landscapes.
BMC Ecology

pasteur-00914104
https://hal-riip.archives-ouvertes.fr/pasteur-00914104
https://hal-riip.archives-ouvertes.fr/pasteur-00914104/document
DOI : 10.1186/1472-6785-13-45
PUBMED : 24289184

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Handwriting difficulties represent a common cause of underachievement in children education and low self-esteem in daily life. The analysis of handwriting could be an important tool for the evaluation of a teaching method in order to assess its efficacy in preventing dysgraphia. We performed a comparative analysis of the traditional handwriting method and the alternative Terzi's approach in pupils at the end of primary school, when cursive skills should have been achieved.Qualitative and kinematic parameters were considered: the first ones were calculated as a visual analysis of written texts (by using check-lists and scales regarding qualitative, postural and pen grasp aspects), while the latter ones were automatically extracted through digitizing tablet acquisitions. Results showed significant differences concerning handwriting quality and dynamic movement in pupils handwriting depending on the teaching method applied.
17th Biennial Conference of the International Graphonomics Society
Pointe-à-Pitre, Guadeloupe

hal-01165776
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01165776
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01165776/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01165776/file/IGS_2015_submission_10.pdf

Éditeur(s) : Université de la Rochelle
Résumé : In order to better understand the functioning of the Brouage intertidal mudflat (Marennes- Oléron Basin, France), its carbon-based trophic web has been modelled and analyzed. The foodweb building is based on the 4 step method of Inverse Analysis: 1) conceive an a priori model as the graph of compartments (nodes) between which exist fluxes of material (vertices). These vertices are the unknowns for the problem; 2) gather all the existing knowledge about the ecosystem and translate it into linear equations and inequalities involving the fluxes; 3) complete this set of data by common knowledge on the behaviour of the compartments and translate it into inequalities, 4) solve the obtained linear system under the parsimony principle to find a unique solution vector. The food-web analysis is based on. The first purpose of this work was a methodological one: inverse analysis method has been adapted to consider the seasonal and spatial variability of the temperate ecosystem: two seasons have been coupled in the computation and the area has been divided into three geographical zones along a cross-shore gradient. Hence, two types of physical exchanges are involved: the benthicpelagic ones and the advection ones. Statistical results can also be obtained by coupling Monte Carlo methods to Inverse Analysis. To study the obtained networks, new indices based on Markov Chains take delay into account in describing integrative transfers of material between compartments. This lets emerge the systems' properties that are not obvious at first sight and emphasizes the role of peculiar components. The second purpose was to apply such methods to the Brouage mudflat ecosystem in order to better understand its functioning. As the knowledge and methods evolve, various food webs were computed and analyzed with the help such indices and existing ones. Sensitivity analyses allow to point at the most crucial lacks of knowledge, which can orientate future field research. New data would improve the quality of the model in two ways: one the one hand, they would validate or invalidate the outcomes and on the other hand, they would give useful information to better constrain some of the black boxes and most uncertain fluxes, especially the advection and vertical flows. The main results of the study show a strongly seasonal system in which benthic and pelagic components are linked with intensity. The system is driven by its high local benthic primary production, but also depends on imports from the basin. Each of the 3 geographic zones has a peculiar functioning. The central zone corresponds to the classical description of European intertidal mudflats: very productive, it can feed the other regions. It is a production zone. The upper part is less productive but is fed by the middle one via the water column and can be exploited by shorebirds. It is a degradation zone (material is transformed for less qualitative). The lower part strongly depends on the basin imports for its functioning, as the cultivated bivalves act as a pump for pelagic material of which a great part is deposited under the cultivation structures (oyster racks or mussels "bouchots"). It is a transformation zone.
Un double objectif (méthodologique et appliqué) a été visé par une modélisation du réseau trophique de la vasière de Brouage (Bassin de Marennes Oléron, France) à l'aide de l'analyse inverse, et son étude à l'aide de l'analyse des réseaux. L'Analyse Inverse permet en effet de reconstruire l'ensemble du réseau à partir de données éparses, le problème du manque de données étant récurrent en Ecologie. Au plan méthodologique, l'analyse inverse a été adaptée à la prise en compte des caractères saisonnier et spatialement hétérogène d'un écosystème tempéré de zone intertidale : deux saisons ont ainsi été couplées et la vasière a été considérée le long d'un transect perpendiculaire au rivage et divisé en trois zones spatiales. Deux types de flux physiques interviennent donc : les flux verticaux de dépôt et remise en suspension, et les flux d'advection via la colonne d'eau. Des pistes d'amélioration et de nouvelles méthodes sont proposées. Un résultat sous forme statistique peut être obtenu en couplant l'utilisation de méthodes de Monte Carlo à l'analyse inverse pour la construction des réseaux trophiques. Les moyens d'étude des modèles ont été enrichis par la mise au point d'indices issus de la construction de chaînes de Markov et prenant en compte le caractère temporel des transferts de matière entre compartiments. Enfin, la transformation mathématique du modèle statique pour une étude dynamique de la stabilité de l'équilibre décrit est abordée. Plusieurs modèles ont été construits au cours de l'évolution des méthodes et de l'acquisition de connaissances sur le site. Des méthodes d'analyses existantes et d'autres mises au point dans le cadre de cet ouvrage ont été appliquées aux réseaux obtenus afin de faire émerger les propriétés du fonctionnement de la vasière et de souligner le rôle de certains compartiments. Des analyses de sensibilité permettent d'évaluer la robustesse des résultats et d'orienter les recherches futures en mettant en évidence les manques les plus cruciaux. Des données supplémentaires, notamment concernant les foraminifères benthiques, le zooplancton ou les mouvements verticaux du microphytobenthos permettront de fournir de meilleures contraintes et de valider (ou non) les résultats obtenus. Les principaux résultats montrent un système au fort caractère saisonnier dont les compartiments benthiques et pélagiques sont très liés. La production primaire benthique locale est un moteur important, mais qui ne suffirait pas à suppléer l'indispensable importation de matériel détritique. Le découpage de la vasière en trois zones fait apparaître les particularités de chacune. La zone centrale correspond à la description classique des « vasières intertidales européennes » : très productive, elle peut alimenter les autres régions. C'est une zone de production et d'exportation. La partie supérieure est moins productive et reçoit de la matière de la zone de milieu d'estran via la colonne d'eau. Sa production secondaire peut alors être exploitée par les limicoles, nombreux en hiver. C'est une zone de dégradation et d'exportation. Le bas d'estran dépend fortement des importations extérieures, « pompées » par les bivalves cultivés qui sont ainsi directement responsables d'une forte sédimentation sous les structures mytilicoles et ostréicoles. C'est une zone de transformation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-2260.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2260/

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Dans un monde essentiellement mouvant et dynamique et dont les stratégies de développement sont tout aussi diverses, le monde rural ne reste pas à la traine. Les espaces ruraux qui sont par essence des lieux de survivances culturelles ont de la peine à construire des stratégies de développement par des replis identitaires dans un contexte de mondialisation et marqué particulièrement par une indigence notoire. Dans ce contexte, le tourisme qui demeure une situation de rente pour les ruraux est influencé par de profondes dynamiques exogènes. L’objectif de ce travail est donc d’évaluer le lien social entre les acteurs inscrits dans le développement du tourisme en milieu rural. La problématique est soutenue par les interrogations suivantes : comment résister aux conduites modernes des touristes en milieu rural dans un contexte de mondialisation ? Les modes de vie des touristes en milieu rural sont-ils autant compatibles avec ceux des locaux ? Comment les touristes influencent-ils les modes de vie des acteurs ruraux au point d’en provoquer des innovations socio-économiques ? Le cadre théorique est essentiellement axé sur la théorie du lien social axé sur la finalité de l’échange. La méthode est qualitative, car il est question dans cette étude de ressortir les interactions entre les acteurs en présence dans la problématique du tourisme. Les résultats montrent que : a) le tourisme en milieu rural est une source de rente pour les locaux, b) il y a une innovation dans la gestion des temps traditionnelles, c) les sources de revenus ne sont plus seulement issues de la production agricoles, mais aussi des services, d) les modes de vie des ruraux sont profondément modifiés par les dynamiques portées par les touristes.
In a changing world whose development strategies are diverse, the rural world is not left behind. Rural areas that essentially represent cultural resilience sites are challenged in building development strategies in a globalized world characterized by notorious poverty. In this context tourism, which remains an economic rent for rural, is influenced by exogenous conditions. This paper aims to analyze the social bond between the players enrolled in the development of rural tourism. The analytic process is supported by the following questions: How to resist the modern behaviour of rural tourists in a globalization context? Are the lifestyles of rural tourists compatible with locals? How do tourists influence the lifestyle of rural stakeholders to the point of causing socio-economic innovations? The theoretical framework focuses mainly on the theory of social ties focusing on the purpose of exchange. The method is qualitative, as this study highlights the interactions between the stakeholders. The results show that: a) Rural tourism is a source of income for locals; b) there is an innovation in managing traditional time; c) sources of income are not only from agricultural production but also from services; d) rural lifestyles are profoundly changed by the dynamic brought by tourists.
Cameroun
Kribi

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.8820
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/8820

Éditeur(s) : HAL CCSD BioMed Central
Résumé : International audience
Background: End-Stage renal disease (ESRD) causes considerable morbidity and mortality, and significantly alterspatients’ quality of life. There are very few published data on this problem in the French Overseas territories. Thedevelopment of a registry on end stage renal disease in French Guiana in 2011 allowed to describe the magnitudeof this problem in the region for the first time.Methods: Using data from the French Renal Epidemiology and Information Network registry (R.E.I.N). Descriptivestatistics on quantitative and qualitative variables in the registry were performed on prevalent cases and incidentcases in 2011, 2012 and 2013.Results: French Guiana has one of the highest ESRD prevalence and incidence in France. The two main causes ofESRD were hypertensive and diabetic nephropathies. The French Guianese population had a different demographicprofile (younger, more women, more migrants) than in mainland France. Most patients had at least one comorbidity,predominantly (95.3%) hypertension. In French Guiana dialysis was initiated in emergency for 71.3% of patients versus33% in France (p < 0.001).Conclusion: These first results give important public health information: i) End stage renal disease has a very highprevalence relative to mainland France ii) Patients have a different demographic profile and enter care late in thecourse of their renal disease. These data are closer to what is observed in the Caribbean or in Latin America than inMainland France.
ISSN: 1471-2369

inserm-01567222
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01567222
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01567222/document
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01567222/file/2017%2C%20Rochemont%20-%20End%20stage%20renal%20disease.pdf
DOI : 10.1186/s12882-017-0614-6

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : En Haïti, l’accès difficile à des services spécialisés et la rareté des hôpitaux psychiatriques amènent l’aggravation des problèmes d’adaptation (IESM-OMS, 2011 ; Lecomte et Raphaël, 2010a; Nicolas et al.,). Certains services d’intervention tentent de répondre aux besoins complexes des enfants de la rue, comme par exemple le Centre d’accueil de Delmas 3. Au Québec, le modèle psychoéducatif guide les interventions spécialisées auprès de jeunes ayant des troubles de comportements. Le présent projet de recherche vise d’une part à évaluer si une approche collaborative favoriserait la pérennité d’un programme d’intervention en Haïti et d’autre part si le modèle psychoéducatif pourrait répondre aux besoins du milieu d’intervention du Centre d’accueil de Delmas. Pour favoriser la mobilisation des partenaires, le projet met de l’avant une méthode qualitative et collaborative (Hamel, Cousineau et Vézina, 2010). D’abord, une formation adaptée aux besoins du milieu a été présentée aux intervenants. Ensuite, l’équipe de recherche et les intervenants du centre d’accueil ont animé des activités psychoéducatives. Ce projet pilote a montré qu’une approche collaborative favorise la participation et le niveau de satisfaction de tous les acteurs impliqués. Cette expérience a également permis de constater que le modèle psychoéducatif pourrait être utilisé dans les centres d’accueil en Haïti. En effet, ce modèle permet d’adapter la réponse aux besoins des personnes selon les caractéristiques des milieux (Renou, 2005).
In Haiti, accessibility to specialized services and the lack of psychiatric hospitals exacerbates adaptation problems (Lecompte and Raphael 2010a; Nicolas et al, 2012; WHO-AIMS, 2011). The health professionals at the Centre d’accueil de Delmas 3 respond to the complex needs of young street children. In Quebec, several evidence-based intervention models have shaped our clinical practice for young children with behavior disorders. In fact, rehabilitation interventions are based on the psychoeducational model. The current research project had two goals: 1) Examine whether a collaborative approach would facilitate and ensure that the implementation of an intervention program would be ongoing and long-lasting in Haiti; 2) Explore whether the psychoeducational model could respond to the needs of a Haitian youth center. Qualitative methods were used to bring together partners in the research (Hamel, Cousineau and Vézina, 2010). First, educators followed a two days training developed to respond the specific needs. Second, interventions were implemented by researchers in collaboration with the stakeholders. This pilot project has shown that a collaborative approach encourages training and the level of participants' satisfaction. Futher, this experience showed that the psychoeducational model could very well fit the needs of a Haitian youth center. The psychoeducative model can yield responses adapted to the needs of people accounting for the characteristics of the environment (Renou, 2005).
Haïti

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.10295
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/10295

Éditeur(s) : HAL CCSD Taylor & Francis (Routledge)
Résumé : International audience
Introduction: The aims of this literature review were to characterize the communications presented during six Association for Research on Intervention in Sport (ARIS) French-speaking congresses from 2000 to 2010 and to compare the research trends between French and English research traditions. The definition of pedagogy is close to the notion of intervention and attempts to study, in an interacting or isolated way, three key components – the educator (professor, coach, teacher's educator), the participants (students, children, adults) and the curriculum/knowledge in specific contexts. The theoretical framework is centred on the social construction of the scientific knowledge. Method: All the communications of the six ARIS congresses (n ¼ 836), reflecting the multiple facets of educational research were analysed. The quantitative treatment of the data, with the assistance of Sphinx software, consisted of univariate (frequencies, percentages) and bi-variate (chi-square statistic) analyses to identify possible significant relations between variables such as the congress, country and sex of author(s), institution, and so on. Findings: The results highlight the commonalties and differences between French and English research about intervention/pedagogy. We notice the continuing expansion of the field of intervention/pedagogy in the Francophone and the Anglophone worlds. But the low participation of the practitioners shows how intricate it is to move educational research closer to everyday practice. The results show that the contexts studied within ARIS are mainly school physical education and teacher's education, then coaching and other contexts. The majority of studies are centred on one component of pedagogy, but rarely on the interactions between the educators and the participants. The Francophone research is essentially descriptive and heuristic, using mostly qualitative methods (interviews and observations). This orientation of Francophone studies towards heuristic research seems to contrast with Anglophone research, even though qualitative research has recently come to dominate. Conclusion: The ARIS researchers have a common object of study (intervention/ pedagogy), share the same ideas and aims, learn how to do it better as they interact regularly and develop a shared repertoire of knowledge, theories and methods. We see here signs of an undeniable wealth of knowledge and the combination of different theories and methods leading to a better understanding of educational phenomena.
ISSN: 1740-8989

hal-01620916
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01620916
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01620916/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01620916/file/PESP%20MUSARD%26POGGI%20VA.pdf
DOI : 10.1080/17408989.2013.817008

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Les recherches conduites dans le secteur du tourisme sont rapidement confrontées au manque d'éléments statistiques. Des enquêtes sont réalisées au niveau national et de multiples études sont effectuées sur des micro-régions, mais entre ces deux niveaux, l'activité touristique souffre d'une carence statistique.L'une des premières approches de l'activité touristique consiste à quantifier la fréquentation d'un espace donné (une région administrative, un département, une zone touristique). Les résultats actuellement disponibles sont obtenus à partir de méthodes diversifiées, leurs qualités inégales rendent toues comparaisons d'un espace à un autre extrêmement délicates. A partir d'un recensement des méthodes les plus classiques accompagnées d'applications réalisées au sein d'observatoires du tourisme, nos investigations vont s'étendre sur une approche nouvelle, "la méthode des flux" dont l'utilisation se généralise sur l'ensemble des régions méridionales de l'espace national.
Géo-Centre-Ouest, Poitiers

hal-01405840
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01405840
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01405840/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01405840/file/1995%20l%27evaluation%20de%20la%20fr%C3%A9quentation%20touristique.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience

Background. Projections of medical demography show a decrease of number of doctors who practice in a rural setting and a low amount of general practitioners’ facilities.

Aim. To explore residents’ career choices and to determine their terms to settle in rural areas.
Methods. Qualitative study by groups interviews in five French cities with total of 33 residents. Thematic analysis was performed using the NVivo® software.
Results. Personal life strongly influenced residents’ career choices with a strong desire of free time. Residents considered working among a team rather than in a traditional group practice. They were interested by a practice in rural setting but countryside perceived as too far from urban centres and lacking of access to services. They also imagined the practice conditions as difficult and solitary. Many residents intended practicing in a “semi-rural” setting, the description of which could match with a significant part of the rural area.
Conclusion. If this declared craze for practice in “semi-rural” setting was confirmed, forecasts for some rural areas could be relativized. Public authorities’ attention should then be focused on rural areas far from urban centres and on territories characterized by lonesome medical practice.

Contexte. Les projections en termes de démographie médicale montrent une diminution du nombre de médecins exerçant en zone rurale, avec un faible nombre d’installations.
Objectif. Explorer les souhaits d’exercice des internes et recueillir leurs conditions pour exercer en zone rurale.
Méthode. Étude qualitative par entretiens collectifs dans cinq villes de France auprès de 33 internes. L’analyse thématique a été réalisée à l’aide du logiciel NVivo®.
Résultats. La vie personnelle influençait fortement les souhaits d’exercice, avec un désir de préserver du temps libre. Les internes envisageaient un exercice en équipe, au-delà de l’exercice de groupe traditionnel. Ils étaient intéressés par l’exercice en milieu rural, mais le territoire rural leur apparaissait sans accès aux services et très éloigné des pôles urbains. Ils se représentaient également des conditions d’exercice difficiles et solitaires. De nombreux internes se projetaient dans un exercice en « semi-rural », dont la description pourrait correspondre à une partie non négligeable de l’espace rural.
Conclusion. Si cet engouement déclaré pour l’exercice en semi-rural venait à se confirmer, ces projections concernant certaines zones rurales pourraient être relativisées. L’attention des pouvoirs publics devrait alors se concentrer sur les zones rurales éloignées des pôles urbains et les territoires marqués par un exercice médical solitaire prédominant.

ISSN: 0998-3953

hal-01654623
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01654623
OKINA : ua16504

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
We propose a new geometric approach to describe the qualitative dynamics of chemical reactions networks. By this method we identify metastable regimes, defined as low dimensional regions of the phase space close to which the dynamics is much slower compared to the rest of the phase space. These metastable regimes depend on the network topology and on the orders of magnitude of the kinetic parameters. Benchmarking of the method on a computational biology model repository suggests that the number of metastable regimes is sub-exponential in the number of variables and equations. The dynamics of the network can be described as a sequence of jumps from one metastable regime to another. We show that a geometrically computed con-nectivity graph restricts the set of possible jumps. We also provide finite state machine (Markov chain) models for such dynamic changes. Applied to signal transduction models, our approach unravels dynamical and functional * corresponding author capacities of signalling pathways, as well as parameters responsible for speci-ficity of the pathway response. In particular, for a model of TGFβ signalling, we find that the ratio of TGFBR2 to TGFBR1 receptors concentrations can be used to discriminate between metastable regimes. Using expression data from the NCI60 panel of human tumor cell lines, we show that aggressive and non-aggressive tumour cell lines function in different metastable regimes and can be distinguished by measuring the relative concentrations of receptors of the two types.
ISSN: 0303-2647

hal-01379033
https://hal.inria.fr/hal-01379033
https://hal.inria.fr/hal-01379033/document
https://hal.inria.fr/hal-01379033/file/Samal_et_al_Biosystems_final.pdf
DOI : 10.1016/j.biosystems.2016.07.004

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Indigenous territories comprise extensive areas of tropical forest and hold significant social and conservation value. Today, they are subject to various constraints and opportunities, and face many territorial transformations. These transformations are complex and multifaceted. They involve the adoption of new production and consumption modes, the modification of forms of social organisation and identity and territorial claims. However, the links between these on-going processes are still poorly understood, and make difficult to appreciate the adaptation dynamics of indigenous common natural resources management. This thesis is particularly concerned with the territorial dynamics of the Wayãpi and Teko indigenous people of the municipality of Camopi in French Guiana. It integrates methods that include land use analysis using remotely sensed data, socio-economic and agricultural systems analysis at the household scale, and empirical analysis on the influence of identity claims, kinship networks, and conservation policies. It shows that despite the residential settlement around local towns, the growth of cash income from wage labour and welfare, associated with strong kinship networks, allows the revival of mobility and the diversification of indigenous territorialities. Environmental policies implemented on the territory involve processes of identity and territorial claims and motivate the construction of a collective project of endogenous local development. A comparative approach with the situation of the wayãpi people living in Brazil and evolving in a completely different institutional, socio-economic and environmental context shows similar dynamics. Indigenous peoples of these two sites adopt "multi-local" land use systems, allowing them to extend their territory occupation and taking part of a broader dynamic of territorial and identity affirmation. They articulate forest and local town environments. This multi-local land use system can be interpreted as a new form of environmental governance, which overcomes the access difficulties to natural resources around local towns and ensures their sovereignty over the territory.
Les territoires amérindiens couvrent de vastes étendues de forêts tropicales et possèdent une forte valeur sociale et environnementale. Soumis à des contraintes et opportunités variées, ils sont de nos jours le siège de nombreuses transformations territoriales. Ces transformations sont complexes et multiformes. Elles impliquent l'adoption de nouveaux modes de production et de consommation, le réajustement des formes d'organisation sociale et des dynamiques de réaffirmation identitaire et territoriale. Or les liens entre tous ces processus sont encore mal compris, et rendent délicate la compréhension des dynamiques d'adaptation des systèmes amérindiens de gestion des ressources communes. Cette thèse s'intéresse particulièrement aux dynamiques territoriales des Amérindiens wayãpi et teko de la commune de Camopi en Guyane française. Elle intègre des données sur l'occupation du sol obtenues par télédétection, des données socio-économiques et productives à l'échelle des ménages et des données qualitatives sur les processus identitaires, les réseaux de parenté, les politiques de conservation et la gouvernance du territoire. Elle montre que malgré la sédentarisation de l'habitat autour des bourgs locaux, la croissance des revenus monétaires issus des emplois salariés et des aides sociales, combinée avec le maintien de réseaux de parenté et d'entraide, permet une redynamisation des systèmes de mobilité et une diversification des territorialités amérindiennes. De plus, les politiques environnementales mises en place sur le territoire impliquent des processus de territorialisation et de revendications identitaires et motivent la construction collective d'un projet de développement local endogène. Une approche comparative avec la situation des Amérindiens wayãpi vivant au Brésil et évoluant dans un contexte socio-économique, institutionnel et environnemental bien différent montre des dynamiques similaires. Les Amérindiens de ces deux pays adoptent des systèmes d'exploitation du territoire multi-locaux, leur permettant d'étendre leur occupation du territoire et s'inscrivant dans une dynamique de réaffirmation identitaire et territoriale. Ils articulent ainsi les espaces de la forêt et des bourgs. Cette forme d'exploitation multi-locale du territoire peut être interprétée comme une nouvelle forme de gouvernance environnementale, qui leur permet de contourner les difficultés d'accès aux ressources naturelles autour des bourgs et d'affirmer leur souveraineté sur le territoire.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00831619

tel-00831619
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00831619
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00831619/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00831619/file/These_TRITSCH_mai2013_vf.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
The paper proposes a new knowledge discovery method called MAX-FLMin for extracting frequent patterns in social networks. Unlike traditional approaches that mainly focus on the network topological structure, the originality of our solution is its ability to exploit information both on the network structure and the attributes of nodes in order to elicit specific regularities that we call "Frequent Links". This kind of patterns provides relevant knowledge about the groups of nodes most connected within the network. First, we detail the method proposed to extract maximal frequent links from social networks. Second, we show how the extracted patterns are used to generate aggregated networks that represent the initial social network with more semantics. Qualitative and quantitative studies are conducted to evaluate the performances of our algorithm in various configurations.
Database (Weston, Conn.) and Expert Systems Applications
Vienna, Austria

hal-00767052
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00767052
DOI : 10.1007/978-3-642-32600-4_35

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : National audience
Introduction L’objectif de cette étude est de disposer de données qualitatives et quantitatives sur la contamination de l’environnement intérieur hospitalier, microbiologique et chimique, afin d’évaluer l’exposition du personnel, des visiteurs et des patients et la variabilité spatio-temporelle de la contamination. Méthodes L’étude s’est déroulée dans différents lieux des CHU de Rennes et de Nancy : hall d’accueil, salle de soins infirmiers, salle de réveil post-opératoire, chambre d’un patient, unité de désinfection des endoscopes, laboratoire de parasitologie et salle de découpe de plâtres. Deux campagnes de prélèvement ont eu lieu en été 2014 et en hiver 2015. Les méthodes de prélèvement étaient nombreuses et complémentaires (Fig. 1). L’analyse des données a été réalisée sous IBM SPSS grâce au test de Mann-Whitney et le coefficient de corrélation de Pearson. Résultats Les concentrations d’aldéhydes, de composés organiques volatils (COV) et semi-volatils étaient faibles à très faibles dans les 2 établissements. Étaient détectables, mais sans différences globales entre les 2 établissements : la contamination fongique (m = 226 UFC/m3 ; p = 0,97) ou bactérienne (m = 352 UFC/m3 ; p = 0,14), les particules PM2,5 (m = 2,1 μg/m3 ; p = 0,97) et PM10 (m = 6,6 μg/m3 ; p = 0,84). Sur le plan saisonnier, la contamination fongique était plus importante en été pour les 2 établissements (p = 0,002). La contamination bactérienne ne varie pas significativement entre les locaux (p = 0,14) contrairement à la contamination fongique (p = 0,02) et particulaires PM2,5 (p = 0,01) ou PM10 (p = 0,01). Cette dernière est plus importante dans le hall (m = 879 UFC/m3), le laboratoire de parasitologie (m = 333 UFC/m3) et la salle de plâtre (m = 310 UFC/m3). Nous ne retrouvons pas de corrélation significative entre le nombre de personnes, le taux de CO2, l’humidité relative et le dénombrement bactérien ou fongique. Néanmoins nous retrouvons une relation forte entre la température du local et la contamination bactérienne (r = 0,7, p = 0,008) ou la contamination fongique (r = 0,56, p = 0,045) d’une part, et entre la contamination fongique et les PM10 (r = 0,52, p = 0,022) d’autre part. Conclusion Notre étude montre une très faible contamination par les aldéhydes, COV et sCOV comparativement à d’autres lieux publics. La forte variabilité spatio-temporelle de la contamination fongique et particulaire est liée à la saison, à l’activité et à la ventilation
ISSN: 1156-5233

hal-01334070
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01334070
DOI : 10.1016/j.mycmed.2016.04.026

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley Open Access
Résumé : International audience
Coral disease outbreaks have increased over the last three decades, but their causal agents remain mostly unclear (e.g., bacteria, viruses, fungi, protists). This study details a 14-month-long survey of coral colonies in which observations of the development of disease was observed in nearly half of the sampled colonies. A bimonthly qPCR method was used to quantitatively and qualitatively evaluate Symbiodinium assemblages of tagged colonies, and to detect the presence of Vibrio spp. Firstly, our data showed that predisposition to disease development in general, and, more specifically, infection by Vibrio spp. in Acropora cytherea depended on which clades of Symbiodinium were harbored. In both cases, harboring clade D rather than A was beneficial to the coral host. Secondly, the detection of Vibrio spp. in only colonies that developed disease strongly suggests opportunistic traits of the bacteria. Finally, even if sporadic cases of switching and probably shuffling were observed, this long-term survey does not suggest specific-clade recruitment in response to stressors. Altogether, our results demonstrate that the fitness of the coral holobiont depends on its initial consortium of Symbiodinium, which is distinct among colonies, rather than a temporary adaptation achieved through acquiring different Symbiodinium clades.
ISSN: 2045-7758

hal-01346931
https://hal-uvsq.archives-ouvertes.fr/hal-01346931
https://hal-uvsq.archives-ouvertes.fr/hal-01346931/document
https://hal-uvsq.archives-ouvertes.fr/hal-01346931/file/2016%20Rouze%20EcolEvol.pdf
DOI : 10.1002/ece3.1895

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
In the network modeling area, the most widely used definition of a "pattern" is that of a subgraph, a notion that considers only the network topological structure. While this definition has been very useful for extracting subgraphs frequently found in a network or a set of networks, it does not take into account the node attributes, an intrinsic component of social networks that often provides relevant information on the role or the position of a node in a network. In this paper, we propose a novel approach for extracting frequent patterns in social networks, called frequent link mining, based on the search for particular patterns that combine information on both network structure and node attributes. This kind of patterns, that we call frequent links, provides knowledge on the groups of nodes connected in the social network. In this article, we detail the method proposed for extracting frequent links and discuss its flexibility and its complexity. We demonstrate the efficiency of our solution by carrying out qualitative and quantitative studies.
Advances in Database (Weston, Conn.)s and Information Systems
Poznań, Poland

hal-00767050
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00767050
DOI : 10.1007/978-3-642-33074-2_28

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
The tree model and tree-based methods have played a major, fruitful role in evolutionary studies. However, with the increasing realization of the quantitative and qualitative importance of reticulate evolutionary processes, affecting all levels of biological organization, complementary network-based models and methods are now flourishing, inviting evolutionary biology to experience a network-thinking era. We show how relatively recent comers in this field of study, that is, sequence-similarity networks, genome networks, and gene families–genomes bipartite graphs, already allow for a significantly enhanced usage of molecular datasets in comparative studies. Analyses of these networks provide tools for tackling a multitude of complex phenomena, including the evolution of gene transfer, composite genes and genomes, evolutionary transitions, and holobionts.
ISSN: 0966-842X

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/
hal-01300043
http://hal.upmc.fr/hal-01300043
http://hal.upmc.fr/hal-01300043/document
http://hal.upmc.fr/hal-01300043/file/Network-Thinking.pdf
DOI : 10.1016/j.tim.2015.12.003

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
This paper proposes a new knowledge discovery method called FLMin to discover frequent patterns in a social network. The algorithm works without previous knowledge on the network and exploits both the structure and the attributes of nodes to extract regularities called Frequent Links. Unlike traditional works in this area that solely exploit structural regularities of the network, the originality of FLMin is its ability to gather these two kinds of information in the search for patterns. In this paper, we detail the method proposed for extracting frequent links and discuss its complexity and its flexibility. The efficiency of our solution is evaluated by conducting qualitative and quantitative studies for understanding how behaves FLMin according to different parameters.
Networked Digital Technologies
Dubai, United Arab Emirates

hal-00768431
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00768431
DOI : 10.1007/978-3-642-30567-2_38