Résumé : The slides were taken on collecting trips sponsored by the William L. Bryant Foundation, where books, music and art indigenous to the regions were gathered. The are organized by geographical location.
This photograph is of a typical middle-class home in Camaguey. The large earthen jars in front of the home is very popular in the region and is called a tinajóne. The tinajóns were first used to store grains, wines, and oils brought to Cuba by Spanish immigrants that settled in the area in the 1700s. The permanent lack of water of the first settlements changed the function of the tinajones from the traditional use to serving as water storage containers. It is popularly believed that during the 19th century, every single house in Camaguey used to have at least one tinajon. The water being stored was used for drinking and to cooking.
Cuba -- Caribbean region -- Camaguey

Droits : All rights to images are held by the respective holding institution. This image is posted publicly for non-profit educational uses, excluding printed publication. For permission to reproduce images and/or for copyright information contact Special Collections & University Archives, University of Central Florida Libraries, Orlando, FL 32816 phone (407) 823-2576, email: speccoll@mail.ucf.edu
CFM1972_01a
Sheet 27: 18
http://ufdc.ufl.edu/CA01200437/00001

Éditeur(s) : UNDP Guyana UNDP Guyana ( Guyana )
Résumé : (Funding) Support for the development of the technical infrastructure and partner training provided by the United States Department of Education TICFIA program.
While the global response to HIV and AIDS has realized several successes in achieving universal access to prevention, care and treatment to date, challenges persist in ensuring equal access to these services for most at risk populations. The epidemiology of HIV reflects a stark disparity in access to prevention and treatment services for neglected most-at risk populations, such as men who have sex with men (MSM). World-wide, MSM often experience higher rates of HIV relative to the total population. The reasons for this dynamic are multi-faceted and include high risk behaviors, and cultural as well as structural barriers. For MSM in developing countries, for example, basic services for prevention and treatment of HIV infection have yet to reach the large majority of men. Homophobia and discrimination limit access of MSM to prevention services and markedly increase vulnerability, as do criminalization of same-sex behavior. Decriminalization of same-sex behavior is a structural intervention for prevention of HIV infection and has recently been embraced by a nonbinding statement from the United Nations (Beyrer C,Clin Infect Dis. 2010 May 15;50 Suppl 3:S108-13) In the Caribbean, all of the above mentioned barriers exist. In fact, recent evidence demonstrates that there is a correlation between the decriminalization of homosexuality and lower rates of HIV (UNAIDS). This correlation is attributed to improved access to services. Therefore, The United Nations Development Program (UNDP) has recently launched an initiative to address the current situation regarding men who have sex with men in Guyana where the HIV prevalence in this population is 19.4% in contrast to 1.8% in the total population. This rapid assessment has been commissioned to supplement two previous studies that were conducted in Guyana in informing the design of upcoming activities to support local capacity building to enhance access to services and respect for the human rights protections for MSM. Unfortunately, in Guyana, like much of the Caribbean, MSM tend to be a hard to reach population, perhaps due to elevated levels of stigma and discrimination and difficulty in accessing men who might participate in high risk same sex behaviors yet do not self-identify as an MSM. As a result, there is a relative paucity of data concerning the knowledge, attitudes and behaviors of this total population in Guyana. (i.e. those who self –identify and those who do not) The baseline report is organized as follows: the methodology is explained followed by the study limitations, the review (literature and desk). The report then proceeds with describing the reality of work and working with sexual and gender minorities in Guyana, the status quo and entry points. The main findings of the capacity assessment and focus groups are then discussed. Issues relating to the uniformed forces and health services providers are then presented followed by discussions and conclusions.

Droits : All rights reserved by the source institution.

Éditeur(s) : Université des Antilles AREBio Groupe de recherche BIOSPHERES : BIOlogie, Sciences Physiques & Humaines pour les énergies Renouvelables, l
Extrait de : 1er colloque international BIOSPHERES, du 18 au 20 juin 2019. Université des Antilles
Description : Drosophila often offers many advantages as an experimental organism. The dead ringer (dri) gene of drosophila melanogaster is a member of the recently discovered ARID-box family of eukaryotic genes that encodes proteins with a conserved DNA-binding domain. dri itself is highly well conserved with specific orthologs from human to yeast genomes. This family include ARID3A, 3B and 3C with have role in embryonic pattening, cell lineage gene regulation, cell cycle control, transcriptional regulation and chromatin structure modification. We first showed that the gene encoding ARID3A also known as Bright (B cell regulator of immunoglobulin heavy chain transcription) play critical roles in B-cell development and SATB1 in T-cell transcription regulation. In this international workshops we will expose a comprehensive understanding of these molecules and better knowledge of their specific targets and function-interactions in controlling cell fate decisions and development. In addition, dri have homology with the Aedes aegypti mosquitoes which had ability to carry and spread disease to human. More than half of the world?s population live in areas where this mosquito species is present, including Martinique. Sustained mosquito control efforts are important to prevent outbreaks from Dengue, Chikungunya, malaria, zika diseases. Discovering the functions of AT-rich genes in preventing illness from mosquito is the central goal for raising working progress hypothesis.

Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V19077
V19077

Éditeur(s) : CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Extrait de : "Projet DEVAG" : conférence, le 5 décembre 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Sardou Jean-Denis présente le jardin lakou communément appelé jardin créole aux Antilles et jardin de case en Afrique. Un type de culture qui continue à alimenter une bonne partie de la population mondiale. Il sera d'abord question d'aborder le rôle de ce système de culture, son cycle de vie et enfin sa structure.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V14104
V14104

Résumé : The slides were taken on collecting trips sponsored by the William L. Bryant Foundation, where books, music and art indigenous to the regions were gathered. The are organized by geographical location.
The Presidential Palace in Havana housed of all Cuban presidents from Mario García Menocal to Fulgencio Batista. It became the Museum of the Revolution during the years following the Cuban Revolution. The Spanish name is el Museo de la Revolución, and is located in the Old Havana section of Havana. On the bottom left of the photograph is a typical street which are very popular in the main cities of Cuba.
The former Presidential Palace was designed by the Cuban architect Carlos Maruri and the Belgian architect Paul Belau and was inaugurated in 1920 by President Mario García Menocal. It remained the Presidential Palace until 1959. The building has Neo-Classical elements, and was decorated by Tiffany & Co. of New York.
Cuba -- Caribbean region -- Havana

Droits : All rights to images are held by the respective holding institution. This image is posted publicly for non-profit educational uses, excluding printed publication. For permission to reproduce images and/or for copyright information contact Special Collections & University Archives, University of Central Florida Libraries, Orlando, FL 32816 phone (407) 823-2576, email: speccoll@mail.ucf.edu
CFM1972_01a
Sheet 27: 3
http://ufdc.ufl.edu/CA01200422/00001

Résumé : The slides were taken on collecting trips sponsored by the William L. Bryant Foundation, where books, music and art indigenous to the regions were gathered. The are organized by geographical location.
Visable are the typical red tiled rooftops that are very popular in many of the regions of Cuba. The church in the distance is possibly the Catedral de San Carlos.
Cuba -- Caribbean region -- Mantanzas

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CFM1972_01a
Sheet 25: 8
http://ufdc.ufl.edu/CA01200387/00001

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : We report a preliminary analysis on the relationships between drainage basin structure and genetic structure of populations of the European vector of fasciolosis, Galba truncatula. In the study area, 251 snails belonging to 12 populations were collected along different ditches of a same river network. Each snail was genotyped at six variable microsatellite loci. Our results show that all sample sites are characterized by a low level of polymorphism and a very high and significant heterozygote deficiency. Our data reveal a significant genetic differentiation, even at a small scale, and failed to delimit clear patterns of isolation by euclidian distance. Our study shows that genetic differentiation significantly increases with hydrographic distance along the streams (p < 0.002), in consistence with the hypothesis that dispersion along the stream is dependent on the direction of water flow. This study shows that relationships can exist between the organization of the hydrological network and population biology of a disease vector, which has strong potential applications to drainage network management issues.
ISSN: 1567-1348

hal-00496374
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00496374
DOI : 10.1016/j.meegid.2010.01.005

Éditeur(s) : Université de la Réunion
Résumé : The green turtle (Chelonia mydas) is an emblematic species of marine life. However, nowadays it is subject to many threats (poaching, by-catch). Even if there is deep growing measures for its protection, the green turtle still is an endangered species and it is listed in Appendix I of Washington Convention (CITES). In order to elaborate efficient conservation and management plans, perfect knowledge of green turtle biology, but also of its population structure and their characteristics, are needed. In this thesis, we have assessed genetic structure of green turtle populations in the South-Western Indian Ocean by using genetic tools. In all, 1551 tissue samples have been collected from our study zone and from our control site French Polynesia (37 samples). All kinds if individuals were sampled (except males in reproductive phase) from 15 sampling sites including nesting, foraging, and immature development site. We used both control region of mitochondrial DNA and 6 microsatellite loci to better infer maternal and paternal lineages. We identified 29 haplotypes in the South-Western Indian Ocean. They are distributed in 3 independent and highly divergent clades, including one composed with haplotypes from Atlantic Ocean. For 7 of these haplotypes, it was the first time they were detected in the study zone. Fifteen haplotypes were previously undescribed, distributed in all the 3 clades. These new haplotypes seem to be specific to the South-Western Indian Ocean, which is then an original zone. Besides, we found a high allelic richness. These results show the South-western Indian Ocean is rich and very diversified. This region plays an important role in the global diversity of the species. The South-Western Indian Ocean is one of the two contact zones presently known between the two metapopulations of green turtles (Atlantic-Mediterranean and Indo-Pacific). This contact induces a genetic cline based on CM8 (Atlantic) and C3 (Indo-Pacific) haplotype frequencies. Analysis of the microsatellite differentiation between individuals provides evidence of genetic exchanges between the two metapopulations in the region. The South-Western Indian Ocean participates to green turtle global genetic mixing. Studying the influence of several intrinsic and extrinsic factors on population structuring provides useful information for management plan elaboration. We found no significant difference between genetic structures of foraging females and males, contrary to immature turtles which seem to be organised in 'regional pools'. This organisation could be due to both immature natal homing and influence of oceanic currents. High mitochondrial differentiation of nesting females and low global microsatellite differentiation of our samples indicate male-mediated gene flow among populations of the study zone. The genetic composition of a sampling site presents no significant variation along the year, even if we could notice some trends. Nevertheless, it can be significantly different from a year to an other one. This may result from alternation of distinct populations on the same site. We noticed different evolution in 10 or 20 years of the genetic composition depending on the sampling site. Geographic distance seems not to have significant influence on population structuring concerning microsatellite markers. Nesting females of Saziley Beach (Mayotte Island, Comoros Archipelago) present genetic divergence from females nesting in the two other sampled beaches of this island. The observed population structure shows no contradiction with the organisation of oceanic currents in the South-Western Indian Ocean. Comparing the results from the two genetic markers used, we identified 8 genetic differentiated clusters of turtles in the study zone and at least 6 distinct populations. These clusters constitute 8 potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans.
La tortue verte (Chelonia mydas) constitue l'un des espèces emblématiques de la vie marine, pourtant de nombreuses menaces pèsent de nos jours encore sur sa survie (braconnage, captures accidentelles). Ainsi, malgré l'essor de mesures de protection menées à travers pour sa sauvegarde, la tortue verte constitue une espèce 'en danger d'extinction' et figure dans l'Annexe I de la Convention de Washington (CITES). Afin d'élaborer des plans de gestion et de conservation qui soient efficaces, il est important d'avoir une parfaite connaissance de la biologie de la tortue verte, mais aussi de la structure de ses populations et de leurs caractéristiques. C'est dans ce cadre que s'inscrit la présente étude. L'objectif de cette étude était d'acquérir des connaissances sur la structure des populations de tortues vertes dans le sud-ouest de l'océan Indien grâce à l'utilisation de l'outil génétique. Au total, 1551 échantillons de tissu ont été collectés dans la zone d'étude et dans notre site témoin la Polynésie française (37 échantillons). Toutes les catégories d'individus ont été échantillonnées (excepté les mâles en phase de reproduction) et les 15 sites d'échantillonnage comprennent à la fois des sites de ponte, d'alimentation et de développement pour les immatures. Deux types de marqueurs ont été utilisés : la région contrôle de l'ADN mitochondrial et 6 loci microsatellites, afin d'appréhender au mieux l'apport des lignées maternelles et paternelles. Nous avons pu mettre en évidence la présence dans le sud-ouest de l'océan Indien de 29 haplotypes distincts, appartenant à trois clades fortement divergents dont l'un constitué d'haplotypes originaires de l'océan Atlantique. Parmi ces haplotypes, 7 ont été détectés pour la première fois dans la zone d'étude, et 15 autres n'ont jamais été précédemment décrits chez cette espèce. Ils sont présents dans chacun des 3 clades d'haplotypes. Ces nouveaux haplotypes semblent spécifiques à la région, et en font une zone originale. On observe par ailleurs une grande richesse allélique dans les effectifs analysés. Ces résultats montrent que le sud-ouest de l'océan Indien est une zone riche et très diversifiée. Cette région joue un rôle important dans la diversité génétique globale de l'espèce. Le sud-ouest de l'océan Indien constitue l'une des deux seules zones connues à l'heure actuelle de contact entre les deux métapopulations de tortues vertes (Atlantique-Méditerranée et Indo-Pacifique). Ce contact a entraîné la formation d'un cline génétique portant principalement sur les fréquences relatives des haplotypes CM8 (Atlantique) et C3 (Indo-Pacifique). Les résultats obtenus lors de l'analyse microsatellite de la différenciation entre les individus originaires des deux métapopulations montrent que le sud-ouest de l'océan Indien constitue une zone d'échanges génétiques entre les deux métapopulations, participant au brasage génétique de l'espèce. L'étude de facteurs, intrinsèques et extrinsèques, pouvant influencer la structuration des populations apportent de nombreuses informations qui pourraient s'avérer utiles lors de l'élaboration de plans de gestion. La structure des femelles et des mâles en alimentation ne diffère pas, contrairement à celle des immatures qui semble s'organiser en 'pools régionaux' qui seraient le fruit de l'interaction d'un comportement de philopatrie et d'une influence des courants océaniques. La forte différenciation mitochondriale des femelles en ponte et la très faible différenciation microsatellite observée à l'échelle de la région, indiquent l'existence de flux de gènes via les mâles. La composition génétique d'un site ne varie pas de manière significative au cours de l'année. Par contre, elle peut varier d'une année à l'autre, signifiant l'alternance dans certains sites de ponte de plusieurs populations distinctes. L'évolution de la composition génétique d'un groupe, au cours de 10 ou 20 ans, diffère selon le site considéré. La distance ne semble pas influencer de manière significative la structuration des populations au niveau microsatellite. Les femelles en ponte sur la plage de Saziley (Mayotte) diffèrent génétiquement de celles pondant sur les deux autres plages de l'île. La structure observée des populations est en accord avec l'organisation des courants océanique dans la région. La confrontation des résultats obtenus à partir des deux marqueurs génétiques utilisés, permet la détermination de 8 ensembles génétiquement différenciés dans la zone d'étude et l'identification d'au moins 6 populations distinctes. Ces ensembles constituent autant d'unités de gestion (MUs) potentielles qui pourront servir de base à l'élaboration de plans de gestion et de conservation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3532.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3532/

Éditeur(s) : HAL CCSD BioMed Central
Résumé : ICARE Study Group
International audience
BackgroundPopulation attributable risks (PARs) are useful tool to estimate the burden of risk factors in cancer incidence. Few studies estimated the PARs of oral cavity cancer to tobacco smoking alone, alcohol drinking alone and their joint consumption but none performed analysis stratified by subsite, gender or age. Among the suspected risk factors of oral cavity cancer, only PAR to a family history of head and neck cancer was reported in two studies. The purpose of this study was to estimate in France the PARs of oral cavity cancer to several recognized and suspected risk factors, overall and by subsite, gender and age.MethodsWe analysed data from 689 oral cavity cancer cases and 3481 controls included in a population-based case–control study, the ICARE study. Unconditional logistic regression models were used to estimate odds ratios (ORs), PARs and 95 % confidence intervals (95 % CI).ResultsThe PARs were 0.3 % (95 % CI −3.9 %; +3.9 %) for alcohol alone, 12.7 % (6.9 %–18.0 %) for tobacco alone and 69.9 % (64.4 %–74.7 %) for their joint consumption. PAR to combined alcohol and tobacco consumption was 74 % (66.5 %–79.9 %) in men and 45.4 % (32.7 %–55.6 %) in women. Among suspected risk factors, body mass index 2 years before the interview <25 kg.m−2, never tea drinking and family history of head and neck cancer explained 35.3 % (25.7 %–43.6 %), 30.3 % (14.4 %–43.3 %) and 5.8 % (0.6 %–10.8 %) of cancer burden, respectively. About 93 % (88.3 %–95.6 %) of oral cavity cancers were explained by all risk factors, 94.3 % (88.4 %–97.2 %) in men and only 74.1 % (47.0 %–87.3 %) in women.ConclusionOur study emphasizes the role of combined tobacco and alcohol consumption in the oral cavity cancer burden in France and gives an indication of the proportion of cases attributable to other risk factors. Most of oral cavity cancers are attributable to concurrent smoking and drinking and would be potentially preventable through smoking or drinking cessation. If the majority of cases are explained by recognized or suspected risk factors in men, a substantial number of cancers in women are probably due to still unexplored factors that remain to be clarified by future studies.
ISSN: 1471-2407

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by/
hal-01258466
http://hal.upmc.fr/hal-01258466
http://hal.upmc.fr/hal-01258466/document
http://hal.upmc.fr/hal-01258466/file/BMCC.pdf
DOI : 10.1186/s12885-015-1841-5

Éditeur(s) : Institut national agronomique Paris Grignon
Résumé : The flat oyster Ostrea edulis L. is the indigenous oyster of the Atlantic as well as the Mediterranean coasts of Europe. Its commercial exploitation dates back to Antiquity but its breeding is now threatened by two parasitic protozoa, among which Bonamia ostreae. Various aspects of the genetics of this species' natural and farmed populations have been studied with the aid of microsatellite markers. At first, the implementation and the screening of two partial genomic libraries made it possible to identify 28 new microsatellite loci. Analysis of the segregation of 12 of these loci and of two enzymatic loci shows that most microsatellite loci are transmitted in a Mendelian way, but some loci have significant segregation distortions. Moreover, seven linkage groups, of which four contain at least two markers, were identified in Ostrea edulis. The genetic variability of three populations selected for one or two generations for resistance to Bonamia ostreae was analysed with the aid of 5 microsatellite loci. In spite of the absence of genealogical data, we have shown that these selected populations were descended from a very low number of founding genitors (from 3 to 15 depending on the population) and for two populations, we were able to reconstruct the genealogy and the relationships between the individuals were identified. These selected populations have, in addition to a very low genetic variability, real and at times high levels of consanguinity. These results have a significant implication for the continuation of the selection programme (consanguinity management, augmentation of genetic variability by introducing wild genitors). The geographical structuring of the genetic variability of natural populations of Ostrea edulis has been analysed with the aid of 5 microsatellite loci on a sampling covering almost the entire distribution area of the species (from Norway to the Adriatic Sea). The results are consistent with those published in the literature and using enzymatic markers. The populations show a low level of differentiation that could correspond to a model of isolation by distance. The Atlantic populations, which have a reduced polymorphism, could be descended from post-glacial recolonisation from Mediterranean populations that had survived the glaciations of the Quaternary Period. The current distribution of flat oyster populations is surely also subject to anthropogenic activities. Finally, the genetic bases of the heterozygosis-growth correlation were studied in a natural population with the aid of enzymatic and microsatellite markers. Although leads favouring the direct contribution of enzymatic loci have been found, biases in the sampling design make it impossible to come to a formal conclusion. However, this study has made it possible to show that the capture of individuals over a short period (around ten days) leads to a sampling of a population descended from a very low number of founding genitors, in contradiction with the generally accepted idea that marine bivalve populations are large panmictic populations with significant, efficient numbers. These results confirm in a natural population the observations of a significant reduction of efficient sizes in hatchery populations.
L'huître plate Ostrea edulis L. est l'huître indigène des côtes européennes aussi bien atlantiques que méditerranéennes. Son exploitation commerciale remonte à l'Antiquité mais son élevage est aujourd'hui menacé par deux protozoaires parasites dont Bonamia ostreae. Différents aspects de la génétique des populations naturelles et cultivées de cette espèce ont été étudiés à l'aide de marqueurs microsatellites. Dans un premier temps, la réalisation et le criblage de deux banques génomiques partielles ont permis l'identification de 28 nouveaux locus microsatellites. L'analyse de la ségrégation de 12 de ces locus et de deux locus enzymatiques montre que la plupart des locus microsatellites sont transmis de façon mendélienne, mais certains locus présentent des distorsions de ségrégation importantes. Par ailleurs, sept groupes de liaison dont quatre contiennent au moins deux marqueurs ont été identifiés chez Ostrea edulis. La variabilité génétique de trois populations sélectionnées depuis une ou deux générations pour une résistance à Bonamia ostreae a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites. Malgré l'absence de données généalogiques, nous avons montré que ces populations sélectionnées étaient issues d'un très faible nombre de géniteurs fondateurs (de 3 à 15 selon les populations) et pour deux populations, la généalogie a pu être reconstituée et les liens de parenté entre les individus ont été identifiés. Ces populations sélectionnées présentent, outre une très faible variabilité génétique, des niveaux de consanguinité réels et parfois élevés. Ces résultats ont une implication importante pour la continuation du programme de sélection (gestion de la consanguinité, augmentation de la variabilité génétique par introduction de géniteurs sauvages). La structuration géographique de la variabilité génétique des populations naturelles d'Ostrea edulis a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites sur un échantillonnage couvrant presque toute l'aire de répartition de l'espèce (de la Norvège à la Mer Adriatique). Les résultats sont cohérents avec ceux publiés dans la littérature et utilisant des marqueurs enzymatiques. Les populations montrent un niveau de différenciation faible qui pourrait correspondre à un modèle d'isolement par la distance. Les populations atlantiques, qui présentent un polymorphisme réduit, pourraient être issues de recolonisation post-glaciaire à partir de populations méditerranéennes ayant survécu aux glaciations du Quaternaire. La répartition actuelle des populations d'huître plate est certainement aussi soumise aux actions anthropiques. Enfin, les bases génétiques de la corrélation hétérozygotie-croissance ont été étudiées dans une population naturelle à l'aide de marqueurs enzymatiques et microsatellites. Bien que des pistes en faveur de la contribution directe des locus enzymatiques aient été trouvées, des biais dans le dispositif expérimental ne permettent pas de conclure de façon formelle. Cependant, cette étude a permis de montrer que le captage d'individus sur une faible période (une dizaine de jours) conduit à l'échantillonnage d'une population issue d'un nombre très réduit de géniteurs fondateurs, en contradiction avec l'idée reçue que les populations de bivalves marins sont de larges populations panmictiques à effectif efficace important. Ces résultats confirment dans une population naturelle les observations de réduction importante des tailles efficaces dans des populations d'écloserie.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1998/these-1919.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1919/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : ACTIVITY_REPORT
Understanding genomic evolution in wild populations is of particular importance because evolution is a central process in our understanding of populations’ history and their future response to global changes. In addition to fundamental knowledge, the study of populations’ evolution has wide applications such as conservation/restoration genetics or epidemiology. Indeed, genetic diversity is the ‘fuel’ for populations’ evolution and adaptation to new conditions, and estimating the extent and the geographic structure of genetic diversity, as well as identifying the evolutionary forces behind (demography, gene flow, and adaptation) are thus major challenges in the current context of global changes. [br/]A particular attention is currently devoted to the process of genetic divergence in wild populations, with emphases on gene flow, local adaptation, and their interactions. Indeed, adaptation in wild populations is supported in many species by many kinds of experiments based on both quantitative phenotypic traits and molecular data. However, the processes governing populations’ evolution are poorly understood in the tropical rainforest of Amazonia, and the relative influence of neutral and adaptive processes are continuously discussed. [br/]I am a young scientist interested in the process of genomic divergence in wild (tree) populations. I aimed at understanding how evolution structures the genetic diversity and governs molecular divergence in wild populations, with particular emphases on gene flow and local adaptation. During five years as a young scientist, I worked on answering the following questions, focusing on two tree species occupying vulnerable areas: mainly [i]Eperua falcata[/i] in Amazonia and, to a lesser extent, [i]Abies alba[/i] in the Mediterranean area.[br/][u]Scientific questions:[/u][br/]- Which evolutionary drivers are responsible of the structure of genetic diversity in wild populations occupying wide areas? This question was addressed at different geographical scales: from large (regional) to very local (microgeographic) scales. [br/]- What is the relative influence of neutral (gene flow, inbreeding) and adaptive drivers in the process of genetic divergence?[br/]- Is microgeographic adaptation possible in spite of extensive gene flow between populations occupying the extreme boundaries of an ecological gradient? [br/]- What is the extent of natural selection in the (whole) genome of wild populations? [br/][br/]My research work is at the interface between three promising disciplines: Evolutionary genomics (i.e. the study of populations evolution and the evolutionary drivers behind), Bioinformatics (i.e. the treatment of next-generation data), and Bayesian modelling (i.e. the empirical calibration of complex mechanistic model). I intend to take advantage of the recent advances in sequencing and informatic technologies to bring up to date the field of ecological genetics and evolutionary biology, by developing modern research strategies to study the process of genomic divergence in wild populations.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01204218

hal-01204218
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01204218
PRODINRA : 286326

Éditeur(s) : CRPLC : Centre de Recherche sur les Pouvoirs Locaux dans la Caraïbe
Extrait de : "Etat et sociétés en Outre-mer" : colloque, les 27 et 28 novembre 2014. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Rapport à l'Etat et au politique : la "spécificité" comme catégorie discursive et d'action publique. Au moment où les « Quatre Vieilles » colonies semblent avoir opté pour des statuts différenciés au sein de la République, cette contribution s'interroge plus largement sur une possible évolution du rapport qu'elles entretiennent avec l'Etat. De l'océan Indien (Réunion) à l'océan Atlantique (Guadeloupe, Guyane, Martinique) en passant par le centre parisien, elle propose d'explorer les catégories discursives à travers lesquelles les réalités ultramarines sont désormais nommées, appréhendées et reconstruites ainsi que les mécanismes par lesquels le référentiel qui structure l'action publique, tant au niveau local que central et européen, tend à se recomposer. Comment est régulée la tension apparemment insoluble entre une aspiration égalitaire historiquement ancrée au sein des populations locales ? dont l'Etat à la fois proche et lointain apparaît comme le plus sûr garant ? d'une part, et l'énonciation permanente de « différences » ou de « spécificités » à travers le registre discursif d'acteurs locaux tentés de se parer d'une légitimité de proximité, d'autre part ? Dans quelle mesure et sous quelles formes cette tension constitutive du rapport à l'Etat imprègne-t-elle les logiques symboliques et matérielles de l'action publique dans ces territoires ? Fruit de compromis parfois âprement négociés entre les niveaux européen, central et local, la recomposition du référentiel d'action publique est aussi significative des tensions inhérentes à des sociétés caractérisées par leur appartenance à des espaces multiples, des stratégies discursives tournées vers la construction de nouveaux liens représentatifs fondés sur la valorisation de la « proximité » et la quête une « homothétie » entre lesdites sociétés et les acteurs en charge de l'action publique.

Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16018
V16018

Éditeur(s) : Wiley-blackwell
Résumé : The reef fauna connectivity of the West Indian Ocean (WIO) is one of the least studied globally. Here we use genetic analyses of the grouper Epinephelus merra (Bloch 1793) to determine patterns of connectivity and to identify barriers to dispersal in this WIO marine area. Phylogeographic and population-level analyses were conducted on cytochrome b sequences and microsatellites (13 loci) from 557 individuals sampled in 15 localities distributed across the West Indian Ocean. Additional samples from the Pacific Ocean were used to benchmark the WIO population structure. The high level of divergence revealed between Indian and Pacific localities (of about 4.5% in sequences) might be the signature of the major tectonic and climatic changes operating at the Plio-Pleistocene transition, congruently with numerous examples of Indo-Pacific speciation. In comparison, the E. merra sequences from the Indian Ocean constitute a monophyletic clade with a low average genetic distance (d < 0.5%). However both genetic markers indicated some structure within this ocean. The main structure revealed was the isolation of the Maldives from the WIO localities (a different group signature identified by clustering analysis, great values of differentiation). Both marker types reveal further significant structure within the WIO, mainly the isolation of the Mascarene Islands (significant AMOVA and isolation-by-distance patterns) and some patchy structure between the northernmost localities and within the Mozambique Channel. The WIO genetic structure of E. merra appeared congruent with main biogeographic boundaries and oceanographic currents.
Marine Ecology-an Evolutionary Perspective (0173-9565) (Wiley-blackwell), 2015-09 , Vol. 36 , N. 3 , P. 447-461

Droits : 2014 Blackwell Verlag GmbH
http://archimer.ifremer.fr/doc/00189/30046/28566.pdf
DOI:10.1111/maec.12153
http://archimer.ifremer.fr/doc/00189/30046/

Éditeur(s) : HAL CCSD CRDP de Guyane : ISBN : 978-2-35793-010-0
Résumé : Cet ouvrage collectif rédigé sous la direction de Rodica AILINCAI et Marie-Françoise CROUZIER arrive à un moment important de la vie du système éducatif, en particulier dans le domaine de la formation des enseignants. Les missions dévolues aux personnels enseignants de Guyane sont, comme sur le reste du territoire national, multiples et variées mais de plus, s'inscrivent dans un contexte territorial d'une certaine complexité. Le caractère exceptionnel de ce contexte d'enseignement mérite d'être souligné. La réalité sociologique, culturelle et linguistique dans laquelle bon nombre d'enseignants de cette académie sont amenés à exercer est à la fois source de défi et facteur d'enrichissement professionnel. Il est vrai que dans un tel contexte nos enseignants rencontrent des difficultés récurrentes dans la mise en œuvre de leurs apprentissages et dès lors peuvent se sentir en situation d'échec. Il apparaît donc important qu'une aide pertinente puisse leur être apportée à travers des éléments de réponse adaptés à la situation. Ainsi un tel ouvrage est de nature à aider bon nombre d'entre eux, aussi bien ceux en formation initiale que ceux déjà en poste. Quant aux étudiants en formation à l'université et qui aspirent à exercer ce noble métier, ils peuvent y trouver une source de réflexion et de données pertinente. Cet ouvrage apporte des éclairages intéressants sur beaucoup de questionnements qui ont ja- lonné et jalonnent encore la vie quotidienne de notre institution. Le questionnement sur un enseignement en contexte guyanais est important et il faut prendre la précaution de pas d'aborder cette question sous la simple forme d'une cartographie socio-culturelle et linguis- tique. Il s'agit bien de s'approprier toutes les données propres à cette société guyanaise pluri- lingue et multiculturelle, validée entre autre par une démarche scientifique, afin de pouvoir les intégrer dans des démarches d'apprentissages réfléchies au centre desquelles on place l'enfant-apprenant. Les formateurs ont apporté une contribution significative à la rédaction de cet ouvrage, c'est un moment important à travers lequel ils font partager à d'autres collègues leur expérience et leur réflexion sur une démarche de formation d'enseignants en Guyane. Une pluralité d'activités est décrite avec bien souvent une approche de la pluridisciplinarité qui semble tel- lement nécessaire mais qui a si souvent du mal à se mettre concrètement en place au sein des établissements. Je les encourage à continuer ce type de productions car elles ne peuvent qu'être bénéfiques aux collègues qui sont souvent faces à leur quotidien et n'ont pas ou peu de temps pour appro- fondir la réflexion sur leur pratique. Le système éducatif en Guyane a besoin de données et d'approches complémentaires pour l'amélioration de la formation des enseignants et ceci au profit des élèves de l'académie. La rédaction de cet ouvrage me semble être par ailleurs un signe fort de la maturité acquise dans la professionnalité de l'équipe pédagogique de l'IUFM. Que tous les auteurs de cet ouvrage soient remerciés pour leurs contributions et plus particu- lièrement Rodica et Marie-Françoise pour leur implication dans la direction de ce premier ouvrage. Antoine PRIMEROSE, Directeur de l'IUFM de la Guyane
Enseigner en Guyane : comment faire, quand on commence ? Et comment tirer profit de l'expérience d'un professeur des écoles à Cayenne ou à Saint-Laurent-du-Maroni si l'on tra-vaille ailleurs ? La situation guyanaise L'Académie de la Guyane présente depuis longtemps des résultats qui la placent au dernier rang, DOM compris (Durand et Guyard, 1999). Même si ceux-ci se sont nettement améliorés au cours des dernières années comme le montre l'évolution des taux de réussite aux examens, ils restent insatisfaisants. La proportion de bacheliers d'une génération selon le lieu de rési-dence, toutes séries confondues, est encore loin de la moyenne nationale. À la session 2004, elle était de 33 ,1 % (61,6 % en France métropolitaine + DOM). Conjointement, le nombre de sorties sans qualification du système scolaire s'avère préoccupant. En 2004, au niveau V , il était de 36 % (25 % en France métropolitaine + DOM) ; au niveau V bis et IV de 21 % (7% en France métropolitaine + DOM). Ces chiffres indiquent l'insuffisance de formation d'une partie de la population, à corréler avec le taux de chômage (22,7 % contre 9,6 en France mé-tropolitaine + DOM en 2005). Plus que jamais, l'urgence est de faire acquérir au minimum à chaque élève un " socle commun de connaissances et de compétences " pour que chacun puisse exercer son rôle de citoyen dans le monde du XXIe siècle et poursuivre sa formation tout au long de la vie. L'enjeu est politique, démocratique mais aussi économique : les retom-bées de l'amélioration générale des qualifications d'une population en matière de développe-ment d'un territoire ne sont plus à démontrer. Les réformes récentes du système éducatif fran-çais tracent une voie générale pour y parvenir. Cependant, les particularités locales du dépar-tement de la Guyane, qui peuvent constituer intrinsèquement des obstacles à la réussite de certains élèves , méritent d'être étudiées avec attention. Quelques aspects territoriaux sont à préciser. Le pourcentage de communes n'ayant pas d'écoles est très bas (4,5 %), comparati-vement à ce qui peut être observé ailleurs (France métropolitaine + DOM : 32,2 %). Dans un espace globalement peu peuplé (2 habitants au km2 en moyenne), les écoles sont donc disper-sées et, en raison de la difficulté fréquente des déplacements, souvent isolées les unes des au-tres . Elles ont aussi pour caractéristique de constituer des groupes scolaires plus importants en moyenne que dans d'autres départements. Selon les données ministérielles de 2004 , le pourcentage d'écoles de plus de huit classes est de 58, 4 % (13,1 % en France métropolitaine + DOM), d'écoles de 3 classes et moins : 14,4 % (44,9 % en France métropolitaine + DOM), d'écoles à classe unique : 6,4 % (13,1 % en France métropolitaine + DOM). Or, la taille d'un groupe scolaire n'est pas sans influence sur la vie qui s'y développe. Plus le nombre de clas-ses est élevé, moins la structure favorise les relations individualisées et personnalisantes. Au delà des aspects sociogéographiques, la situation plurilingue et pluriculturelle présente un caractère exceptionnel. Multiforme, elle s'inscrit entre deux pôles (Goury, 2002 ; Goury, Launey, Lescure et Puren, 2005) : un pôle où les élèves d'une classe partagent une même culture et langue maternelle, situation typique des sites isolés de l'intérieur du pays (Bushi-nenge et amérindiens sur les fleuves Maroni et Oyapock), et un pôle linguistiquement et cultu-rellement hétérogène, situation rencontrée plutôt sur le littoral, dans les sites urbains. De nombreuses publications portent déjà sur la situation sociolinguistique guyanaise , et un cer-tain nombre d'entre elles sur la relation que l'école entretient avec ce plurilinguisme . Elles mettent toutes en évidence la spécificité du contexte guyanais de ce point de vue : " On dénombre plus d'une trentaine de langues en Guyane. Les unes et les autres pesant un poids - numérique, économique, symbolique, etc. - plus ou moins important. Sur cette trentaine de langues, [...] une vingtaine est parlée par des groupes de locuteurs - 'natifs' ou non - représentant plus de 1 % de la population " Léglise (2007, p. 39). Ainsi, parmi les langues parlées par plus de 1 % de la population, distingue-t-on selon cet auteur : - six langues amérindiennes parlées par un peu moins de 5 % de la population ; - cinq langues créoles à base française ; le créole guyanais serait la langue première (L1) d'un tiers de la population, il est langue véhiculaire d'une partie du territoire ; le créole haïtien se-rait parlé par 10 % ou 20 % de la population , les créoles martiniquais et guadeloupéen se-raient parlés par environ 5 % de la population et le créole saint-lucien) ; - quatre créoles à base anglaise avec trois variétés de nenge(e) (aluku, ndyuka, pamaka, parlés par plus d'un tiers de la population) et le sranan tongo (utilisé essentiellement comme véhicu-laire) ; - un créole à base anglaise partiellement relexifié en portugais, le saramaka ; - cinq variétés de langues européennes : outre le français, le portugais du Brésil (5% à 10%), l'anglais du Guyana (2% environ), le néerlandais et l'espagnol ; - trois langues originaires d'Asie (le hmong et des langues de Chine du Sud, le hakka et le can-tonais). Une bonne partie de cette " non-francophonie ", parfois non scolarisée, se définit non seule-ment par son caractère étranger (28 % d'élèves sont issus de l'immigration) mais aussi large-ment par son caractère autochtone (de nombreux élèves sont nés français et alloglottes). Les caractéristiques professionnelles du personnel enseignant représentent également une donnée non négligeable à prendre en compte. Les enseignants du premier degré sont nettement plus jeunes que dans d'autres départements, et la tendance s'accentue au fil des ans. Par exemple, en 2003 les professeurs de plus de 50 ans représentaient 11,4 % de la cohorte. En 2005 ils ne sont plus que 10,6 %, alors qu'en métropole le taux est de 21,6 % du corps. Le nombre de non-titulaires, qui décroît nettement (en 2003 17,6 % ; en 2005 11,6 %) est cependant plus de quatre fois supérieur à celui de la France métropolitaine plus DOM (2,5 %). À cette inexpé-rience s'ajoute une formation institutionnelle très " nationale ", peu ou pas assez en prise avec les réalités locales. La très insuffisante préparation des professeurs, majoritairement métropo-litains, à enseigner dans un contexte marqué par une très forte proportion d'élèves alloglottes (Puren 2005, Alby et Launey, 2007) et souvent par d'importantes difficultés matérielles liées à la dispersion des écoles, pourrait être un facteur explicatif du taux d'échec scolaire en Guyane. Par conséquent, l'enseignement dans cette Académie constitue un terrain de recher-che d'une importance majeure. Nombre de recherches universitaires ont déjà été conduites. Celles concernant la réussite scolaire soulignent depuis longtemps l'importance des représen-tations que le sujet se construit autour de l'école. Ces représentations chez l'enfant "primo-arrivant" qui aborde l'apprentissage initial, viennent de la famille, mais aussi de l'école, des pairs, des médias. En référence à un modèle écologique et culturel du développement proposé par Ogbu (1981), il est possible de considérer qu'elles jouent un rôle sur la manière dont les familles et les enfants vont investir les activités scolaires. Ces conceptions préliminaires et implicites colorent aussi largement les attitudes spontanées des professionnels qui découvrent le département ou qui entrent dans le métier. Le domaine éducatif restant largement à explo-rer, de nouvelles voies ont fait l'objet de recherches fondamentales, recherches appliquées et activités pratiques ayant fait leur preuve. Notre ouvrage Enseigner en contexte guyanais ne va pas de soi. Ce sera notre première partie. Le dé-paysement, en termes géographique et culturel, peut être source d'inquiétudes ou de déstabili-sation. Être nommé dans une école des fleuves, par exemple, est une expérience qui, pour être bien vécue et pour éviter le choc de l'inconnu, nécessite informations et adaptation prospecti-ve. Que faut-il savoir et à quoi faut-il se préparer ? Rejoindre un poste caractérisé par l'enseignement bilingue français/créole peut tout autant désorienter. La connaissance des ca-ractéristiques socioculturelles et sociolinguistiques d'un lieu, la familiarisation avec des pro-jets et organisations spécifiques qui en découlent font partie de l'équipement professionnel des impétrants. Mais la centration sur une commune, une école ou une classe ne suffit pas. Le contexte culturel au sens large, riche et parfois très éloigné des références européennes, gagne à être appréhendé par différentes entrées. L'étude de l'" oraliture " et son utilisation réflé-chie en classe, souvent considérées comme une approche incontournable, méritent d'être questionnées. Quels en sont les bénéfices pour les élèves ? Faut-il privilégier l'utilisation du conte en dehors des constructions pédagogiques traditionnelles ou au contraire la rattacher aux pratiques d'écriture ? À quelles conditions la mise en valeur du patrimoine local, oral, peut-elle jeter des passerelles entres les modes de pensées des cultures d'origine et ceux de la culture scolaire en langue française ? Une voie d'exploitation de la culture environnante peut aussi passer par les visites de musées ou par diverses expositions. L'enjeu est de faire de l'élève un visiteur acteur, de le mettre en situation d'apprentissage hors de l'enceinte de la classe et de modifier la place de l'adulte, enseignant ou accompagnateur, à ses côtés. N'est-ce pas là actualiser une démarche préconisée depuis longtemps par de célèbres pédagogues tel Comenius ? Une autre exploration du contexte peut se centrer sur les espaces d'apprentissage informels, c'est-à-dire non encadrés par l'école. Les jeux en cour de récréation, la musique et la danse en pratiques locales sont autant d'objets et d'expériences métissées qui permettent de plonger dans la tradition orale et d'appréhender des modalités de transmissions déroutantes. Quelle est la place de l'individu face au groupe et vice-versa ? Quelles leçons en tirer pour le positionnement du maître et de l'élève, pour les nécessaires consensus à accepter en vue d'une plus grande efficacité de notre système éducatif ? Si les pratiques d'enseignement peuvent être améliorées par l'observation du contexte, l'introduction de supports particuliers - qui constitue notre deuxième partie - peut également favoriser la cohérence des pratiques éducatives tout en ouvrant à des valeurs universelles. Il s'agit de diversifier les activités d'apprentissage qui ont pour objectif le développement de compétences stratégiques susceptibles de neutraliser rapidement les lacunes engendrées par la spirale de l'échec. Plusieurs exemples nous en montrent le chemin. Les situations d'apprentissage collaboratif soutenu par ordinateur, et notamment les activités de débat argu-menté, sont-elles susceptibles de favoriser les interactions langagières entre élèves primo-arrivants ? Le scrabble, au-delà de la maîtrise du calcul mental et du vocabulaire en langue française, permet de conjuguer coopération et compétition. Peut-il devenir un outil privilégié de construction de la citoyenneté ? L'interrogation vaut aussi pour le jeu d'échecs. Celui-ci, plus complexe, s'il facilite la compréhension de base de concepts mathématiques et le raison-nement lors de situations problèmes, entraîne aussi l'acquisition de bien d'autres compétences transversales... L'apprentissage de la numération dès l'école maternelle, à partir de collec-tions de comptines numériques et d'activités de dénombrement, montre que la manipulation, la mise en action à la fois individuelle et négociée en groupe sont partie prenante de la cons-truction d'une identité singulière et multiple. Face à des élèves parfois difficiles ou apparemment différents, il convient de parfaire sa pra-tique enseignante. Ce point formera la troisième partie de notre ouvrage. L'indiscipline constitue la première hantise des débutants. Par delà les techniques voire les ficelles toujours très appréciées par leur pouvoir de réassurance, la question est de trouver les moyens d'installer profondément chez les élèves les valeurs de respect et de dignité humaine. Le pluri-linguisme n'est pas sans effrayer non plus. Or la langue inconnue de l'autre, loin d'être un obstacle, est un atout pour celui qui la maîtrise. Comment prendre en compte la compétence plurilingue existante ? Comment la développer chez les élèves ? Ce parti pris modifie le rap-port de l'enseignant à l'élève et au savoir, et vivifie par conséquent le désir d'apprendre et l'engagement dans les apprentissages. Le handicap et la méconnaissance dont il s'accompagne parfois suscite également des mouvements de recul. Quels en sont les méca-nismes ? Est-il possible d'accompagner efficacement les élèves handicapés ? Avec qui et de quelle façon ? Autant d'interrogations qui trouvent des réponses à travers les dispositifs exis-tants et le témoignage d'une expérience particulière. Favoriser l'interculturel, - dernière partie de notre ouvrage - met en lumière le principe vital à développer à brève échéance. Paradoxalement, dans de nombreuses enquêtes de terrain, la Guyane est présentée comme une société multiculturelle harmonieuse tout en étant composée de groupes socioculturels repliés sur eux-mêmes. Qu'en est-il réellement dans les écoles ? Quelle place les enseignants accordent-ils aux cultures et langues maternelles au sein de la classe ? Quelle pédagogie peut-on proposer pour lutter contre le racisme insidieux qui s'installe dans les classes ? La description des structures spécifiques pour élèves non franco-phones, CLIN et CRI, et l'analyse de la politique éducative contextualisée qui en découle il-lustrent autrement la nécessité d'une pédagogie spécifique. Enseigner dans un contexte pluri-culturel ne s'improvise pas. L'objectif n'est pas d'éradiquer préjugés et stéréotypes mais de construire une démarche permettant de prévenir les conflits. L'observation des interactions en situation d'hétérogénéité culturelle peut-elle mettre au jour des invariants ? Elle questionne l'éducation interculturelle qui, pour certains, semble être une perspective positive, voire la réponse à privilégier.
https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00640248

halshs-00640248
https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00640248

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Fish is a rich source of essential nutrients for fetal development, but in contrast, it is also a well-known route of exposure to environmental pollutants. We assessed whether fish intake during pregnancy is associated with fetal growth and the length of gestation in a panel of European birth cohort studies. The study sample of 151,880 mother-child pairs was derived from 19 population-based European birth cohort studies. Individual data from cohorts were pooled and harmonized. Adjusted cohort-specific effect estimates were combined by using a random- and fixed-effects meta-analysis. Women who ate fish >1 time/wk during pregnancy had lower risk of preterm birth than did women who rarely ate fish (≤ 1 time/wk); the adjusted RR of fish intake >1 but <3 times/wk was 0.87 (95% CI: 0.82, 0.92), and for intake ≥ 3 times/wk, the adjusted RR was 0.89 (95% CI: 0.84, 0.96). Women with a higher intake of fish during pregnancy gave birth to neonates with a higher birth weight by 8.9 g (95% CI: 3.3, 14.6 g) for >1 but <3 times/wk and 15.2 g (95% CI: 8.9, 21.5 g) for ≥ 3 times/wk independent of gestational age. The association was greater in smokers and in overweight or obese women. Findings were consistent across cohorts. This large, international study indicates that moderate fish intake during pregnancy is associated with lower risk of preterm birth and a small but significant increase in birth weight.
The American Journal of Clinical Nutrition

hal-01118513
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01118513
PUBMED : 24335057
DOI : 10.3945/ajcn.113.067421

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : In the tropical rainforest of Amazonia, the factors driving the evolution of tree species remain poorly understood, and the relative influence of neutral and adaptive processes is continuously debated. In particular, local habitat patchiness draws much attention, as profound changes in the structure and composition of forest communities occur among micro-habitats. Thus, micro-environmental variations related to topography have frequently been invoked as drivers of adaptive radiation leading to sympatric speciation in Neotropical trees. On one hand, the hypothesis of local adaptation has never been investigated at the intra-specific level, i.e. within species currently undergoing population differentiation; on the other hand, many tree species are genetically structured over local scales due to neutral processes, mainly limited gene flow (caused by restricted pollen and seed dispersal). In this study, I used populations of a common tree species of the Guiana Shield - Eperua falcata (Fabaceae) - to study how neutral and adaptive processes shape the distribution of genetic diversity across forest landscapes characterized by local micro-habitat patchiness. I asked three main questions by combining both phenotypic (quantitative genetics) and molecular (population genetics) approaches: 1) How is the genetic diversity structured in forest landscapes of French Guiana? 2) Which evolutionary drivers are relevant to explain the structure of genetic diversity at local scale? 3) Does local adaptation contribute to structure genetic diversity within continuous populations?
En forêt tropicale humide Amazonienne, les facteurs gouvernant l'évolution des espèces d'arbres restent peu connus et continuellement débattus. En particulier, les micro-variations environnementales attirent beaucoup d'attention car elles induisent de profondes modifications de structure et composition des communautés. Les variations micro-environnementales associées à la topographie ont couramment été évoquées comme facteur de radiations adaptatives chez les espèces d'arbres. Cependant, l'hypothèse de l'adaptation locale n'a jamais été testée au niveau intra-spécifique chez les arbres de forêt amazonienne alors que l'on sait que la diversité génétique des arbres tropicaux est couramment structurée à faibles échelles spatiales par des processus neutres (en particulier du fait de restrictions de flux de gènes). Dans cette étude, j'ai étudié le processus de différentiation génétique d'une espèce d'arbre (Eperua falcata, Fabaceae) dans les paysages forestiers de Guyane française grâce à la combinaison d'une approche phénotypique (génétique quantitative) et d'une approche moléculaire (génétique des populations). Je me suis attachée à répondre à trois questions principales : 1) Comment se distribue la diversité génétique dans les paysages forestiers de Guyane française ? 2) Quelles forces évolutives sont impliquées dans le processus de différentiation génétique à faible échelle spatiale ? 3) Est-ce que le processus d'adaptation locale contribue à structurer la diversité génétique à faible échelle spatiale ?
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318

NNT : 2013LORR0188
tel-00967318
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318/file/THESE_Louise_Brousseau.pdf

Éditeur(s) : CNEXO
Résumé : This book constitutes the first of a series of three volumes, the purpose of which is to cover the principal methods used in fish population dynamics. It is devoted to the definition of the main concepts, ami the presentation of the usual mathematical models. The second volume will deal with the fitting of the models, and the estimation of parameters. The third will be devoted to sampling problems. These volumes will be recollections of communications presented during ad hoc seminars, hold in Brest (GSG/COB) in 1980 and 1981. The first part deals with the basic concepts related to the two components whose relationship is being described by the population dynamics, namely the fish stock, to its relations with biological populations, and to the partition of catchabtiity into its components (vulnerability, availability...). The second chapter of this part is devoted to the quantification of exploitation. This leads to a discussion of nominal and effective fishing effort and fishing intensity. A brief review of the use of catch per unit of effort as an index of abundance is followed by a discussion of the concept of fishing power. The second part starts with some general remarks on mathematical modelling (chapter III), then comes to the two classical categories of models : global (surplus production) models (chapter IV), and structural models (chapter V). Chapter IV is mainly a review, based upon the SCHAEFER and PELLATOMLINSON models. Some less classical formulas from the recent literature are also introduced. Attention is paid to the underlying hypotheses and to the limitation of such models. The reader is finally referred to papers presenting the developments that could make it possible to overcome some of these limitations. Chapter V is based upon the classical BEVERTON and HOLT and RlCKER models, and the yield per recruit concepts. This field is however inlarged. Other commonly used variants of structural models are presented with an effort being made to clarify the real differences between all these variants. Special attention is also paid to so-called regenerative models and to the use of spawing-biomass or fecundity per recruit, which are likely to become commonly used in the coming years. In all cases, special attention is paid to the presentation of the basic formulas, that the reader might have to use if faced with a practical problem. Finally, a discussion of the underlying hypotheses takes place, before a brief review of the main developments, where the reader is referred to the appropriate literature.
Ce livre constitue le premier volet d'un tryptique destiné à effectuer une revue des méthodes essentielles en dynamique des populations marines exploitées. Il est consacré à la définition des concepts de base, à la présentation des modèles courants. Dans la discussion des concepts, ce volume s'attache à clarifier les notions relatives aux deux parties dont les relations font l'objet de la dynamique des populations exploitées : le stock et la flottille de pêche. Ceci amène notamment à préciser la définition d'un stock, sa relation avec la notion de population biologique, à analyser les problèmes de définition de la capturabilité. Les concepts d'intensité, d'effort, de puissance de pêche, une analyse des relations entre abondance et capture par unité d'effort sont ensuite présentés. Après une brève réflexion générale sur la modélisation, la deuxième partie de cet ouvrage présente les modèles eux-mêmes, en abordant successivement les modèles dits globaux et structuraux. Un effort est fait pour couvrir non seulement les versions les plus anciennes, mais aussi les variantes récentes, pour détailler les relations entre ces différentes variantes, offrir un formulaire de base, enfin, discuter les hypothèses majeures et les prolongements souhaitables ou en cours.
Publications du C.N.E.X.O. Série "Rapports scientifiques et techniques" (0339-2899) (CNEXO), 1981 , N. 45 , P. 1-120

Droits : Centre National pour l'Exploitation des Océans, 1981
http://archimer.ifremer.fr/doc/1981/rapport-1126.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1126/

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
While the fire coral Millepora platyphylla is an important component of Indo-Pacific reefs,where it thrives in a wide range of environments, the ecological and biological processesdriving its distribution and population structure are not well understood. Here, we quantifiedthis species' population structure in five habitats with contrasting hydrodynamic regimes inMoorea, French Polynesia; two in the fore reef: mid and upper slopes, and three in thelagoon: back, fringing and patch reefs. A total of 3651 colonies of fire corals were mappedand measured over 45,000 m2 of surveyed reef. Due to the species' sensitivity to fragmentationin response to strong water movement, hydrodynamic conditions (e.g. waves, pass andlagoonal circulation) corresponded to marked differences in colony size distributions, morphologyand recruitment dynamics among habitats. The size structure varied among reefhabitats with higher proportions of larger colonies in calm nearshore reefs (fringing andpatch reefs), while populations were dominated by smaller colonies in the exposed forereefs. The highest densities of fire corals were recorded in fore reef habitats (0.12±0.20 n.m-2) where the proportion of recruits and juveniles was higher at mid slope populations(49.3%) than on the upper slope near where waves break (29.0%). In the latter habitat, mostcolonies grew as vertical sheets on encrusting bases making them more vulnerable to colonyfragmentation, whereas fire corals were encrusting or massive in all other habitats. Thelowest densities of M. platyphylla occurred in lagoonal habitats (0.02±0.04 n.m-2) characterizedby a combination of low water movement and other physical and biological stressors.This study reports the first evidence of population structure of fire corals
ISSN: 1932-6203

hal-01561659
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01561659
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01561659/document
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01561659/file/millepora%20platyphylla.pdf
DOI : 10.1371/journal.pone.0173513

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : Evidence has accumulated that climate variability influences the state and functioning of marine ecosystems. At the same time increasing pressure from exploitation and other human activities has been shown to impact exploited and non-exploited species and potentially modify ecosystem structure. There has been a tendency among marine scientists to pose the question as a dichotomy, i.e., whether (1) "natural" climate variability or (2) fishery exploitation bears the primary responsibility for population declines in fish populations and the associated ecosystem changes. However, effects of both climate and exploitation are probably substantially involved in most cases. More importantly, climate and exploitation interact in their effects, such that climate may cause failure in a fishery management scheme but that fishery exploitation may also disrupt the ability of a resource population to withstand, or adjust to, climate changes. Here, we review how exploitation, by altering the structure of populations and ecosystems, can modify their ability to respond to climate. The demographic effects of fishing (removal of large-old individuals) can have substantial consequences on the capacity of populations to buffer climate variability through various pathways (direct demographic effects, effects on migration, parental effects). In a similar way, selection of population sub-units within metapopulations may also lead to a reduction in the capacity of populations to withstand climate variability and change. At the ecosystem level, reduced complexity by elimination of species, such as might occur by fishing, may be destabilizing and could lead to reduced resilience to perturbations. Differential exploitation of marine resources could also promote increased turnover rates in marine ecosystems, which would exacerbate the effects of environmental changes. Overall (and despite the specificities of local situations) reduction in marine diversity at the individual, population and ecosystem levels will likely lead to a reduction in the resilience and an increase in the response of populations and ecosystems to future climate variability and change. Future management schemes will have to consider the structure and functioning of populations and ecosystems in a wider sense in order to maximise the ability of marine fauna to adapt to future climates. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.
Journal of Marine Systems (0924-7963) (Elsevier), 2010-02 , Vol. 79 , N. 3-4 , P. 403-417

Droits : 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2010/publication-7384.pdf
DOI:10.1016/j.jmarsys.2008.12.018
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7384/

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
AimEcological connectivity is currently considered to be essential to enhance biodiversity conservation efforts and benefit adjacent areas. We evaluate the spatial structure of vulnerable marine benthic invertebrate populations based on connectivity to improve the placement of marine protected areas.LocationGulf of Lions, NW Mediterranean Sea.MethodsWe used a spatially explicit metapopulation model to explore how larval dispersal affects marine benthic invertebrate dynamics at local and regional scales. Minimum recruitment success (the proportion of larvae that settle in a site and survive between spawning and first reproduction, which is required to ensure species persistence) is proposed as a measure of vulnerability. Three contrasting simulations were constructed: closed versus connected populations, habitat loss versus recruitment failure disturbances and varying patterns of oceanographic connectivity. The rescue factor (the ratio of minimum recruitment success in connected and closed populations) quantified the decrease in vulnerability because of oceanographic connectivity.ResultsIn the Gulf of Lions, connectivity reduced population vulnerability by a rescue factor of 5.3. The minimum recruitment success for regional persistence decreased from 3% to 0.2% when species' life expectancies increased from 2 to 50 years. Connectivity enabled the spread of individuals over the entire region, but there were higher densities in sink sites, where low retention rates do not allow for local persistence (western tip of the gulf). Source sites, defined as those sites bringing metapopulation resistance to recruitment failure and stresses from habitat loss, were located in the centre of the gulf.Main conclusionsConnectivity drives the spatial structure of population density distribution and population vulnerability in the absence of any other structuring factor. In the Gulf of Lions, marine protected areas are located in population sinks; however; if protection measures were taken in the central part, populations would benefit throughout the region via the rescue effect.
ISSN: 1366-9516

hal-01341743
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01341743
DOI : 10.1111/ddi.12254