Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
BACKGROUND AND AIM: The impact of basal core promoter (BCP) and precore (PC) mutants of the hepatitis B virus (HBV) on liver disease severity remains controversial. The aim of the present study was to screen BCP and PC mutations in 252 HBV surface antigen (HBsAg) positive carriers in France and to assess relationships between these mutations and severe fibrosis. METHODS: Direct sequencing of the precore/core gene was used to detect A1762T/G1764A and G1757A mutations in the BCP and G1896A and G1899A mutations in the PC region. RESULTS: The prevalences of A1762T/G1764A, G1757A, G1896A, and G1899A mutations were 34.1%, 38.7%, 54.9%, and 29.3% (P < 0.001), respectively. The independent predictors of severe fibrosis (>/=F3 Metavir) were older age (P < 0.001), male gender (P = 0.012), elevated alanine aminotransferase (P < 0.001), and the double A1762T/G1764A mutant with no other mutations (P = 0.011). Interestingly, the association of the G1899A mutation with the double A1762T/G1764A mutant significantly counteracted the deleterious effect of the sole double A1762T/G1764A mutant (odds ratio [OR] = 0.28 vs. OR = 3.55, respectively, P = 0.028). CONCLUSIONS: Patients with the A1762T/G1764A mutation have a higher risk of severe fibrosis. The G1899A mutation is a protective factor against severe fibrosis that counteracted the deleterious effect of the A1762T/G1764A mutation. Finally, host phenotypic and HBV genotypic markers independently predict fibrosis severity.
Journal of gastroenterology and hepatology

hal-01477209
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01477209
DOI : 10.1111/jgh.13338
PUBMED : 26992056

Résumé : Depuis 2001, le Service de la Pêche (SPE) a initié un projet de recherche sur la domestication de deux espèces de poissons lagonaires « Mo’i » (Polydactylus sexfilis) et le « Paraha peue », (Platax orbicularis) en collaboration avec l’Ifremer du Centre de Tahiti. La collaboration a pour objectif essentiel de maîtriser le cycle de reproduction complet et la zootechnie des deux espèces. Toutefois, ces élevages ont été rapidement confrontés à des épisodes de mortalités. Pour répondre à ces problèmes récurrents et en fonction des différentes hypothèses émises lors des mortalités, plusieurs techniques d’analyse complémentaires ont été développées (état frais, histologie, bactériologie, biologie moléculaire). Des traitements spécifiques ont été proposés aussi bien au niveau thérapeutique que préventif en soutien à la filière aquacole. Ce rapport de convention comporte cinq parties. La première partie décrit les différentes techniques d’analyse mises en oeuvre pour détecter les principaux organismes pathogènes rencontrés chez les poissons en élevage au COP. Selon les hypothèses infectieuses émises lors des épisodes de mortalités, différentes techniques sont utilisées : état frais, histologie, bactériologie et biologie moléculaire. Dans la deuxième partie, nous détaillons les principaux agents pathogènes rencontrés lors des expertises durant cette convention. Une description précise de chaque bioagresseur est établie, accompagnée des différentes méthodes d’identification et de diagnostic. Des traitements spécifiques sont proposés aussi bien au niveau thérapeutique que préventif. La troisième partie, une description des techniques d’écloserie et d’élevage réalisées au COP est présentée avec un point particulier sur les mesures prophylactiques développées et améliorées. Ces éléments constituent un soutien technique pour la filière aquacole polynésienne. Une partie est consacrée aux différentes collaborations mise en place dans le domaine de la santé aquacole. Elles ont pour objectif l’acquisition de connaissances au niveau du diagnostic, du traitement et de la prévention des pathologies rencontrées en milieu aquacole. La mise en place de ce réseau international d’experts sera un soutien pour un diagnostic précis et rapide des nouvelles pathologies survenants dans les élevages aquacoles polynésiens. La dernière partie de ce rapport retrace l’expertise effectuée par le laboratoire de référence de l’OIE sur les élevages de crevettes (Litopenaeus stylirostris). Cette analyse permet d’évaluer l’état sanitaire actuel des élevages locaux. Il déterminera les mesures de bioscurisation à mettre en oeuvre pour protéger la filière crevetticole.

Droits : 2008 Ifremer, Service de la pêche
http://archimer.ifremer.fr/doc/00128/23884/21817.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00128/23884/

Résumé : Le Laboratoire Côtier de La Tremblade est implanté géographiquement dans le premier bassin ostréicole d'Europe (30 000 tonnes produites et 60 000 tonnes commercialisées chaque année). L'ostréiculture est une activité économique très importante en terme d'emplis, qui doit cohabiter sur un même littoral avec le tourisme et l'agriculture générant parfois des conflits d'usages (gestion de l'eau, qualité de l'eau). Les avis donnés à l'Administration ou aux collectivités locales s'appuient sur les résultats de la surveillance ou ceux émanant des études spécifiques comme les études microbiologiques locales. Les activités, les responsabilités de chacun dans le cadre ce de mandat, figurent dans le Manuel Qualité du Laboratoire. Enfin, l'assistance technique à la profession conchylicole, en matière environnementale ou de préparation à la mise en marché des coquillages revêt des formes multiples : formations données, distribution de fiches pratiques, fourniture de renseignements, interface entre professionnels et laboratoires de recherche, études spécifiques.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00074/18538/16085.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00074/18538/

Résumé : Ce travail décrit la mise au point d'un milieu gélosé semi-sélectif visant à mettre en évidence les Vibrio penaecida en élevage larvaire de pénéides. Le ZoBell-Mannitol-Saccharose-Bleu de bromothymol (ZMSB) a un pH élevé, une forte teneur en sels et ne possède que deux sucres acidifiables, le mannitol et le saccharose. Ce milieu peut être utilisé pour la sélection d'un grand nombre d'espèces du genre Vibrio. La salinité et le ph séparent le germe cherché d'une fraction importante d'espèces de Vibrio, et l'acidification du mannitol et du saccharose révèlent (par le changement de couleur du milieu) les Vibrio de type penaecida qui présentent cette caractéristique. De plus, un milieu minimum comme le ZoBell, additionné de glycérol, permet d'augmenter considérablement la production de pigments noirs (grisâtres) insolubles qui s'accumulent sous forme cristalline chez certaines colonies bactériennes comme Vibrio nigripulchritudo, facilitant ainsi la distinction d'espèces physiologiquement proches comme V. penaecida. Les différents aspects des souches testées sont alors observés par repiquages à l'aide de tampons et permettent d'obtenir des images comparables par superposition. Sur les 26 souches testées une seule présente un aspect comparable à V. penaecida sur ZMSB. Ce Vibrio (V. nigripulchritudo) est facilement différenciable de V. penaecida par culture en milieu ZoBell additionné de glycérol. On peut donc conclure à une bonne spécificité du milieu en question et du procédé de repiquage utilisé. En cas de doutes, la présence de V. penaecida est confirmées par quelques tests biochimiques simples. Un protocoles de fabrication d'un sérum anti V. penaecida est également testé.

Droits : 1997 The author, Univ. Caen, Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14340/11624.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14340/

Résumé : La Petite Mer de Gavres est une zone conchylicole, classée salubre, et exploitée en pêche à pied, avec une commercialisation directe difficile à contrôler. A la suite de problèmes de salubrité rencontrés sur les coquillages de cette zone, une étude bactériologique a été réalisée par IFREMER de juin 1986 à septembre 1987, suivie en 1988 d'une comparaison des contaminations des différentes espèces de coquillages. Ces études montrent que l'insalubrité de certains coquillages de la petite Mer de Gavres est particulièrement évidente pour les fouisseurs (coques et palourdes). Malgré la proximité des sources de pollutions de la Rade de Lorient et la petitesse du bassin versant de la Petite Mer, c'est ce dernier qui la contamine, notamment aux abords du bourg de Riantec qui apparaît nettement insalubre. Cette pollution par les eaux douces d'un bassin versant très limité induit évidemment une forte saisonnalité des contaminations qui augmentent significativement en automne-hiver.

Droits : 1989 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00128/23945/21903.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00128/23945/

Résumé : La mission effectuée de mi-janvier à mi-février à l'écloserie CAMCAR (Colombie), avait pour objectif l'analyse quantitative et qualitative de la flore bactérienne présente en élevage larvaire de crevettes pénéides. L'intérêt principal du choix de ce site est de travailler dans une écloserie jeune (- de de deux ans) et n'ayant jamais rencontré de problème pathologique. Cette analyse fait donc le point sur les équilibres bactériens présents dans une écloserie industrielle saine mais bien évidemment dans un lieu et à une époque précise.

Droits : 1991 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00131/24192/22186.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00131/24192/