Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Integrating ecological connectivity into marine ecosystem management and planning is important, especially in a global context of severe fish stocks depletion and growing habitat degradation. Environmental tools such as Marine Protected Areas have been proposed to protect biodiversity, restore damaged ecosystems, sustain fisheries, and rebuild overexploited stocks. The effectiveness of marine protected areas depends in part on the maintenance of connectivity between marine populations, linked by ecological processes such as larval dispersal. In this thesis, we applied a biophysical model driven by ocean currents derived from satellite altimetry to evaluate connectivity between Western Indian Ocean reefs and across the current MPA system in the Mediterranean Sea. We applied different methods of analysis such as graph-theoretic and clustering. In the Western Indian Ocean, marine connectivity analyses show that the number of connections between reefs increases with fish pelagic larval duration. It also highlights a low connectivity across the region and a high interconnectivity within several regions (Mozambique Channel, Mascarene archipelago). In the Mediterranean Sea, connectance is globally low at the regional scale. This connectance is more important in Western than Eastern Mediterranean. Moreover, the marine connectivity analyses revealed high domestic connectivity rates. Depending on the study area, priority reefs or sites for MPA implementation are proposed. Finally, implications for transboundary marine policies and regional cooperation are discussed.
Intégrer les connaissances sur la connectivité écologique dans la gestion des écosystèmes marins est essentiel, surtout dans un contexte d'appauvrissement des ressources marines et de dégradation des habitats côtiers à l'échelle mondiale. Des outils environnementaux, tels que les Aires Marines Protégées ont été mises en œuvre pour protéger la biodiversité, restaurer les écosystèmes endommagés, soutenir les pêcheries et reconstituer les stocks surexploités. Leur efficacité dépend en partie du maintien de la connectivité entre les populations marines, assurée à travers divers processus écologiques dont la dispersion larvaire. Dans le cadre de ce travail de thèse, un modèle biophysique intégrant des données de courants, issues de mesures d'altimétrie par satellite, a été utilisé pour évaluer la connectivité entre les récifs de l'océan Indien d'une part, et à travers le réseau d'AMP de Méditerranée d'autre part. Différentes méthodes d'analyse ont été utilisées, telles que la théorie des graphes et le clustering. Dans l'océan Indien occidental, l'analyse des connectivités marines montre que le nombre de connexions entre les récifs augmente avec la durée de vie larvaire des poissons. Elle met également en évidence une faible connectivité à l'échelle de la région, mais une forte inter-connectivité au sein de plusieurs sous-régions (Canal du Mozambique, Mascareignes). En Méditerranée, la connectance est globalement faible à l'échelle régionale, bien que plus importante dans le bassin occidental que le bassin oriental. L'analyse des connectivités marines montre également un taux de connectivité élevé à l'échelle d'un même pays. Selon le cas d'étude, une liste de récifs ou de sites prioritaires dans la mise en œuvre des AMP a été proposée. Enfin, les implications de ces résultats en termes de politiques transfrontalières et de coopération régionale sont discutées.
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NNT : 2015LARE0003
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Éditeur(s) : HAL CCSD Publisher : Paris : Baillière [1980-. Latest Publisher : Paris : Elsevier
Résumé : National audience
Introduction Les monocytes sont constitués de populations cellulaires hétérogènes aux propriétés distinctes. Il est retrouvé une sur-représentation de la population monocytaire CD14+/CD16+ pro-inflammatoire au cours de certaines connectivites. Cette population monocytaire s’oppose aux monocytes CD14+/CD16– qui jouent un moindre rôle dans l’amplification de la réponse inflammatoire. Les monocytes et les macrophages pourraient jouer un rôle central dans les mécanismes de fibrose au cours de la sclérodermie systémique. L’association entre les manifestations cliniques de la sclérodermie systémique et les différentes populations monocytaires reste à préciser. L’objectif de cette étude « proof of concept »est d’évaluer l’association entre la population monocytaire CD14+/CD16+ et les manifestations cliniques de fibrose chez les patients sclérodermiques. Patients et méthodes Cinquante-cinq patients répondant aux critères ACR 2013 de sclérodermie systémique ont été inclus de manière consécutive de mars à juillet 2015. Les atteintes fibrosantes ont été évaluées simultanément selon les données du bilan viscéral annuel en centre de compétence : l’atteinte cutanée était évaluée cliniquement selon le score de Rodnan modifié, les patients étaient classés selon la classification de Leroy (atteinte cutanée diffuse, atteinte cutanée limitée, sine scleroderma). La présence d’une pneumopathie interstitielle diffuse était évaluée par TDM thoracique, son retentissement sur la fonction respiratoire était précisé par les épreuves fonctionnelles respiratoires (capacité pulmonaire totale, capacité vitale forcée, DLCO). La NFS réalisée le jour du bilan viscéral était traitée en hématoflow permettant de préciser les sous populations monocytaires en fonction de leur statut CD16+ ou CD16–. Les données cliniques étaient relevées en aveugle vis-à-vis des données de cytométrie en flux. Résultats 55 patients sclérodermiques ont été inclus. Le taux moyen de monocytes CD16+ était de 0,054 G/L (SD = 0,029). Les patients avec une atteinte cutanée diffuse avaient des taux significativement plus élevés de monocytes CD16+ (p = 0,021), alors que les taux de monocytes CD16–ne différaient pas entre les patients avec atteinte cutanée diffuse et cutanée limitée. Le score de Rodnan modifié était corrélé de manière significative avec le taux de monocytes CD16+ (R = 0,513, p < 0,001). Il existait une tendance à l’association entre des taux élevés de CD16+ et la présence d’une pneumopathie interstitielle diffuse détectée par TDM (p = 0,113). Il existait une corrélation négative significative (p < 0,05) entre les taux de CD16+ et les résultats des épreuves fonctionnelles respiratoires (capacité pulmonaire totale et DLCO), attestant d’une fonction respiratoire moins bonne chez les patients à taux plus élevés de monocytes CD16+. Il n’était pas retrouvé d’association entre les taux de CD16+ et les autres paramètres cliniques ou immunologiques. Discussion Cette étude « proof of concept » semble montrer une association entre des taux élevés de monocytes CD16+ et certains paramètres de gravité des atteintes fibrosantes de la maladie. En plus de leur association à la gravité des atteintes fibrosantes de la sclérodermie systémique, les taux de monocytes CD16+ pourraient également avoir un intérêt pronostique qui reste à évaluer. Des travaux in vitro ont montré que l’ajout de TGFb au milieu de culture cellulaire de monocytes induisait une augmentation de l’expression du CD16+ par ces monocytes. Les monocytes CD16+ sont également une source de production d’IL-1 bêta et de TNF alpha pro-inflammatoires. D’autres travaux in vitro ont très récemment démontré la plus grande capacité des monocytes CD16+ à se différencier préférentiellement en macrophages ayant également des propriétés pro-inflammatoires. La sous-population monocytaire CD16+ peut également être hiérarchisée en fonction de l’intensité d’expression du CD16. La place précise de ces différentes populations monocytaires dans la physiopathologie de la sclérodermie systémique reste encore à déterminer. Les liens ténus entre monocytes et macrophages, dont l’implication est maintenant reconnue au cours de la sclérodermie invitent à investiguer davantage le rôle possible du monocyte dans le cadre de cette maladie inflammatoire et fibrosante afin d’identifier d’éventuelles nouvelles cibles thérapeutiques ou marqueurs pronostiques. Conclusion Dans cette étude « proof of concept », sur un nombre restreint de patients atteints de sclérodermie systémique répondants aux critères ACR 2013, le taux de monocytes CD16+ semble corrélé avec les atteintes fibrosantes de la maladie, laissant supposer une implication possible de cette sous-population monocytaire dans la physiopathologie de cette connectivite
ISSN: 0248-8663

hal-01321851
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01321851
DOI : 10.1016/j.revmed.2016.04.253

Résumé : The main aim of the CAMP project (2009-2011) is to estimate the efficient connectivity between the Marine Protected Areas (MPA) of the South-West Indian Ocean (SWIO). For that purpose, we use a population genetics approach on 3 reef fishes: Epinephelus merra, Lutjanus kasmira et Myripristis berndti. The overall goal of the project is to provide new elements to MPA managers that will contribute to design the best network of MPAs in the SWIO. In the first year of the project, most of the time was spent to sample fishes. Based on collaborations with 5 international and national partners, we succeed to sample more than 1100 fishes within 12 sites of the SWIO. More than 850 of the 1100 fishes were already sequenced. The development of third microsatellite libraries is under-going and should be available for the 2nd part of the year 2010. The second year of the project (2010) will focus on the end of the sampling in the SWIO as well as doing most of the genetic analysis of the samples collected in 2009 (microsatellit analysis) and in 2010 (mtDNA sequencing). At the end of the second year, we expect to be able to do a first regional analysis of the genetic structure of these reef fishes population. Then, in 2011, the project team will elaborate some recommendations to MPAs managers on the basis of the whole genetic dataset
L’objectif principal du projet CAMP (2009-2011) est d’estimer la connectivité effective entre les Aires Marines Protégées (AMP) du sud ouest de l’océan Indien (SOOI) par le biais de la génétique des populations de 3 modèles biologiques : Epinephelus merra, Lutjanus kasmira et Myripristis berndti. L’objectif final est de fournir des éléments de réflexion aux gestionnaires afin de contribuer significativement au dessin du réseau des AMPs dans le SOOI. La première année du projet a été consacrée essentiellement à l’échantillonnage. Basé sur une coopération avec nos 5 partenaires nationaux et internationaux, cet échantillonnage a permis de collecter plus de 1100 échantillons de tissus de ces 3 espèces de poissons répartis dans 12 sites du SOOI. Sur ces 1100 poissons, plus de 850 séquences d’ADN mitochondrial ont d’ores et déjà été effectuées. En parallèle, le développement des banques microsatellites pour les 3 espèces est en cours et devrait être disponible pour à la mi 2010. La deuxième année du projet (2010) aura pour objectif de poursuivre l’échantillonnage sur l’ensemble du SOOI et de réaliser les analyses microsatellites des échantillons collectés en 2009 ainsi que les séquences des échantillons collectés en 2010. Au terme de cette deuxième année, une analyse de la structure génétique de ces populations de poissons de récifs pourra être menée, suivie en 2011 de l’élaboration d’aides à la gestion sur la base de l’ensemble des données acquises dans le cadre de ce projet.

Droits : 2010 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21086/18710.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21086/

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : International audience
Background. An association with cancer is described in 17–32% of cases of dermatomyositis (DM) and in 5–16% of cases of anti-synthetase syndrome (ASS). The literature contains very few studies involving Afro-Caribbean patients with DM or ASS. The aim of our retrospective study was to determine the prevalence of cancer in a series of patients with DM or ASS at the University Hospital of Pointe-à-Pitre between 1st January 2000 and 31st December 2012. The secondary objective was to review the clinical and laboratory features as well as the course of DM/ASS in these patients.Patients and methods. The inclusion criteria were as follows: Afro-Caribbean origin; age >15 years; patient living in Guadeloupe; screening for malignancy.Results. Twenty-two patients were included (15 DM, 7 ASS). Only one case of cancer was diagnosed in the entire study population at a mean follow-up of 6±4 years (prevalence: 6.7%, CI95% [1.7–31.9]). Of the 15 patients presenting DM (sex ratio F/M: 4, mean age: 45±14 years), 6 (40%) had associated connective tissue disease.Conclusion. Our study suggests a weak association between DM and cancer in Afro-Caribbean patients. These results may be explained by the features of the disease seen in these patients (female gender, young age at onset, associated connective tissue disease) and the low prevalence in the Caribbean region of cancers typically associated with DM.
Introduction. Dix-sept à 32 % des cas de dermatomyosite (DM) et 5 à 16 % des cas de syndrome des anti-synthétases (SAS) sont associés à un cancer. Les séries de patients afro-caribéens atteints de DM ou de SAS sont exceptionnellement rapportées dans la littérature. Le but de notre étude rétrospective était d’estimer la prévalence des cancers dans une série de patients guadeloupéens atteints de DM ou de SAS. L’objectif secondaire était de préciser les caractéristiques cliniques, biologiques et évolutives de la maladie chez ces patients.Patients et méthode. Les critères d’inclusion étaient les suivants : patient afro-caribéen ; âge >15ans ; patient vivant en Guadeloupe ; réalisation d’un bilan d’extension à la recherche d’une néoplasie.Résultats. Vingt-deux patients ont été inclus (15 atteints de DM, 7 de SAS). Un seul cancer a été diagnostiqué, avec une durée moyenne de suivi de 6±4ans sur l’ensemble de la série (prévalence de 6,7 % ; IC 95 % [1,7 ; 31,9]). Parmi les 15 patients atteints de DM (sex-ratio H/F=1/4 ; âge moyen : 45±14ans), 6 (40 %) avaient une connectivite associée.Conclusion. Notre étude suggère une faible association entre DM et cancer chez les patients afro-caribéens. Ces résultats s’expliquent principalement par les caractéristiques de la maladie chez ces patients (sexe féminin, jeune âge, connectivite associée) et la faible prévalence, aux Antilles, des cancers classiquement associés aux DM.
ISSN: 0151-9638

inserm-01110999
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PUBMED : 25288059

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The heterogeneous nature and sometimes karstified carbonate environments has a direct impact on many environmental issues, such as coastal aquifers affected by saltwater intrusion. At the south of the island of Mallorca (Spain), the Llucmajor carbonate platform offers a privileged site for the study of such intrusions including the experimental site of Campos who meets the intrusion at shallow depth. The characterization of heterogeneous properties passes through a preliminary description of the properties of carbonate reservoirs, including those of the porosity. According to the wide range of sizes of heterogeneities from micrometer to hundreds of meters, the use of multiscale methods is required. This thesis focused on the determination of multiscale porosities from the microporosity to karstic porosity, and of relationships between observation scale changes of these properties. At the micron scale, high-resolution X-ray microtomography allows to extract the microporosity and the microporous network connectivity. At lower resolution (mm), X-ray tomography is also used to study the micro- and macro-porous network at the core scale which is already allocated to number of observations and measurements, including petrophysical. At the borehole scale, the wall images are used to identify the dissolved zones from centimeter macropores to plurimetric karstic cavities. At the larger scale, surface geophysics study the lateral extension of the karsts and heterogeneities. Finally, the porous structure of the studied site is integrated with its wide range of scales into the regional geology of the Llucmajor platform. Thus, the hydrogeophysical observatory set up on the site of Campos to monitor the spreading of salt water in the aquifer is integrated in its geological and petrophysical context, in order to refine the interpretation of its variations of salinity measurements during the time.
La nature hétérogène et parfois karstifiée des milieux carbonatés a un impact direct sur nombre de problématiques environnementales, comme celle des aquifères côtiers affectés par une intrusion d'eau salée. Au sud de l'ile de Majorque (Baléares, Espagne), la plate-forme carbonatée de Llucmajor offre un site privilégié pour l'étude de telles intrusions notamment avec le site expérimental de Campos, qui rencontre l'intrusion à faible profondeur. La caractérisation des propriétés hétérogènes du réservoir passe par une description préalable des propriétés des réservoirs carbonatés et notamment celle de la porosité. Au regard de la large gamme d'échelles d'hétérogénéités allant du micromètre à la centaine de mètre, l'utilisation de méthodes multi-échelles est nécessaire. Ce travail de thèse a porté sur la caractérisation multi-échelle de la porosité, allant de la microporosité à la porosité karstique, et l'établissement de relations entre les changements d'échelles d'observation de ces propriétés. A très petite échelle, la microtomographie haute-résolution à rayons X extrait à l'échelle du micron la microporosité et la connectivité des réseaux microporeux. A plus basse fréquence (celle du mm), la tomographie est également utilisée afin d'étudier le réseau micro- et macroporeux à l'échelle des carottes, à laquelle sont réalisées nombre d'observations et de mesures, notamment pétrophysiques. A l'échelle du puits, les images de paroi permettent d'identifier les zones de dissolution allant des macropores centimétriques aux cavités karstiques plurimétriques. A plus grande échelle, la géophysique de surface permet d'étudier l'extension latérale de ces karsts et hétérogénéités. Enfin, la structure poreuse du site étudié sur cette vaste gamme d'échelles est intégrée à la géologie régionale de la plate-forme de Llucmajor. Ainsi, l'observatoire installé sur le site pour surveiller la propagation de l'eau salée dans l'aquifère a pu être replacé dans son contexte géologique et pétrophysique, afin d'affiner l'interprétation de ses mesures de variations de salinité au cours du temps.
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Designing biodiversity conservation plans requires knowledge on the biogeographic distribution of taxabut also accurate estimates of species richness and diversification processes. However, measuring the phyleticrichness can be biased by the use of inappropriate taxonomical characters, leading to erroneous speciesdelimitation and diversity estimates.This work explores the phyletic richness at several taxonomic levels (generic, specific and intraspecific) ofthe hydrozoan family Aglaopheniidae (Marktanner-Turneretscher, 1890), with a particular focus on the South-Western Indian Ocean. Firstly, using several newly constructed phylogenies based on mitochondrial andnuclear markers, this study reveals that the phyletic diversity of this family is at underestimated by at least 50%:all studied genera are polyphyletic or with doubtful monophyletic status. Then, using several speciesdelimitation methods based on molecular markers, it sheds light on the richness of cryptic diversity of thisfamily, enlightening the potential of using an integrative taxonomic approach on these morphologically simpleorganisms. Finally, the population genetics of an Aglaopheniidae brooding species shows a high populationsstructuring with pervasive pattern of isolation by distance at several geographic scales (several to thousands ofkilometres), implying a potentially high cryptic diversity existing in this family.The results of this work provide new insights on Aglaopheniidae diversity, underlining the potentialinfluence of reproductive mode on the phyletic diversity and diversification processes of brooding hydrozoanbrooders. This thesis further highlights the relevance of using several complementary
La conservation et la gestion sur le long terme de la biodiversité nécessitent une connaissance de larépartition des taxons, mais également une estimation précise de leur diversité spécifique ainsi que desprocessus de spéciation ayant permis leur formation. Cependant, la mesure de la richesse phylétique peut êtrebiaisée par l’utilisation de caractères taxinomiques ne permettant pas de délimiter les espèces de manièreappropriée.Ce travail de thèse propose d’explorer la diversité phylétique à plusieurs niveaux taxinomiques(générique, spécifique et intra-spécifique) des Aglaopheniidae, une famille d’hydrozoaires, notamment présentedans le Sud-Ouest de l’océan Indien. Dans un premier temps, en utilisant des phylogénies basées sur plusieursmarqueurs (mitochondriaux et nucléaires), ce travail démontre que la diversité phylétique de cette famille est,au minimum, sous-estimée de moitié: tous les genres de la famille sont polyphyléthiques ou présentent un statutmonophylétique restant à confirmer. Dans un deuxième temps, l’utilisation de méthodes de délimitationd’espèces basées sur des données moléculaires met en évidence la diversité cryptique très élevée des morphoespècesétudiées, révélant l’intérêt potentiel des protocoles de taxinomie intégrative chez les organismesmorphologiquement simples. Enfin, l’étude de génétique des populations d’une espèce incubatriced’Aglaopheniidae révèle l’importance de la structuration des populations et de l’isolement par la distance chezcette espèce à plusieurs échelles géographiques (de quelques kilomètres à plusieurs milliers), impliquant unepotentielle diversité cryptique extrêmement élevée chez cette famille.L’ensemble des connaissances acquises lors de ce travail de thèse fournit un nouveau regard sur ladiversité de la famille des Aglaopheniidae, soulignant le potentiel impact du cycle de reproduction sur ladiversité phylétique et les processus de spéciation des hydrozoaires incubateurs. Cette thèse met en évidence lapertinence de l’utilisation de plusieurs procédures complémentaires de délimitation d’espèces pour étudier ladiversité des organismes morphologiquement simples.
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