Résumé : Ce rapport clôture une collaboration, entreprise courant 97, entre l’Agence Nationale pour la Valorisation de la Recherche (ANVAR), l’Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments(AFSSA), le Syndicat National des Aquaculteurs Marins (SFAM) et l’Institut Français de Recherche pour l’Exploitation de la Mer (IFREMER). Deux lignées de nodavirus infectant le bar ont été mises en évidence avec une pathogénie variable selon l'âge et les facteurs extérieurs. Ce virus s’est montré d’une résistance exceptionnelle aux facteurs tant physiques que chimiques. Les diagnostics existants ont été adaptés ou réabordés sous un angle différent. Une étude épidémiologique a été réalisée chez les producteurs. La vaccination par peptides synthétiques a permis de sélectionner un peptide potentiellement protecteur et des essais de vaccin par injection des plasmides directement chez le poisson ont été réalisés. La désinfection et l’inactivation du virus ont donné des bons résultats.

Droits : 2002 Ifremer, Afssa, Anvar
http://archimer.ifremer.fr/doc/00167/27874/26120.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00167/27874/26121.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00167/27874/

Éditeur(s) : HAL CCSD American Society for Microbiology
Résumé : International audience
Anti-Aspergillus IgG antibodies are important biomarkers for the diagnosis of chronic pulmonary aspergillosis (CPA) and allergic bronchopulmonary aspergillosis (ABPA). We compared the performance of a new commercial EIA (Bordier Affinity Products) with those of the Bio-Rad and VirionSerion EIAs. This assay is novel in the association of two recombinant antigens with somatic and metabolic antigens of A. fumigatus. In a prospective multicentre study, 436 serum samples from 147 patients diagnosed with CPA (136 sera/104 patients) or ABPA (94 sera/43 patients) and from 205 controls (206 sera) were tested. We obtained sensitivities of 97%, 91.7%, and 86.1%, and specificities of 90.3%, 91.3%, and 81.5% for the Bordier, Bio-Rad and VirionSerion tests, respectively. The Bordier kit was more sensitive than the Bio-Rad kit (p < 0.01), which was itself more sensitive than the VirionSerion kit (p=0.04). The Bordier and Bio-Rad kits had similar specificities (p=0.8), both higher than that of the VirionSerion kit (p=0.02). The areas under the ROC curves confirmed the superiority of the Bordier kit over the Bio-Rad and the VirionSerion kits (0.977, 0.951 and 0.897, respectively; p < 0.01 for each comparison). In a subset analysis of 279 sera tested with the Bordier and Bio-Rad kits and an in-house immunoprecipitin assay (IPD), the Bordier kit had the highest sensitivity (97.7%), but the IPD tended to be more specific (71.2 and 84.7%, respectively; p=0.10).The use of recombinant, somatic and metabolic antigens in a single EIA improved the balance between sensitivity and specificity, resulting in an assay highly suitable for use in the diagnosis of chronic and allergic aspergillosis.
ISSN: 0095-1137

hal-01282328
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01282328
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01282328/document
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01282328/file/Prospective%20evaluation%20of%20a%20new%20Aspergillus.pdf
DOI : 10.1128/JCM.03261-15

Éditeur(s) : HAL CCSD American Society for Microbiology
Résumé : International audience
Toxoplasmosis is a life-threatening infection in immunocompromised patients (ICPs). The definite diagnosis relies on parasite DNA detection, but the incidence and burden of disease are ill-known in HIV-negative patients. A three-year retrospective study was conducted in 15 reference laboratories from the network of the French National Reference Center for Toxoplasmosis, to record the frequency of Toxoplasma DNA detection in ICPs, to review the molecular methods used for diagnosis and the prevention measures implemented in transplant patients. During the study period, out of 31,640 PCR performed in ICPs, 610 were positive (323 patients). Blood (n=337), cerebrospinal fluid (n=101) and aqueous humor (n=100) samples were more frequently positive. Chemoprophylaxis schemes in transplant patients differed between centers. PCR follow-up of allogeneic hematopoietic stem-cell transplant (allo-HSCT) patients was implemented in 8/15 centers. Data from 180 patients (13 centers) were further analyzed regarding clinical setting and outcome. Only 68/180 (38%) patients were HIV+; the remaining 62% consisted in 72 HSCT, 14 solid-organ transplants, and 26 miscellaneous immunodeficiencies. Cerebral toxoplasmosis and disseminated toxoplasmosis were most frequently observed in HIV and transplant patients, respectively. Of 72 allo-HSCT patients with a positive PCR, 23 were asymptomatic; all were diagnosed in centers performing systematic blood PCR follow-up, and received specific treatment. Overall survival of allo-HSCT patients at two months was better in centers with PCR follow-up than in other centers (p<0.01). This study provides updated data on the frequency of toxoplasmosis in HIV-negative ICPs and suggests that regular PCR follow-up of allo-HSCT patients could guide pre-emptive treatment and improve outcome.
ISSN: 0095-1137

hal-01134189
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01134189
DOI : 10.1128/JCM.03282-14
PUBMED : 25762774

Résumé : As the emergence of new vibriosis in the European Atlantic coasts has been associated with mass mortalities of molluscs cuasing important economic losses, the project obectives are to provide knowledge and operational tools to evaluate the impact of vibriosis on farmed japenese oyster Crassostrea gigas. Facing the diversity of Vibrio species associated to bivalve disease outbreaks, the difficulties of identification and the detemrination of their pathogenic abilities we propose a double approach to correlate phenotype/geneotype of a bacteria with risk of disease : 1) by genotyping we will evaluate if specific strains are associated with disease. 2) by evaluating likely virulence mechanisms implicated in pathogenesis, we will characterise the genes involved. Therefore, new diagnostic test should be used in an epizootiological study to evaluate the importance of these emerging pathogens in farmed bivalves and will be supplied for further exploitation in aquaculture.
Les vibrioses sont les infections bactériennes les plus courantes chez les espèces marines d'intérêt aquacole. Certaines espèces sont pathogènes et ont été associées à d'importantes pertes économiques pour l'industrie aquacole dans le monde. L'objectif principal de mon projet de recherche est de développer des outils diagnostiques pertinents permettant d'évaluer l'impact des vibrioses dans des élevages d'huîtres creuses Crassostrea gigas. Le problème majeur est l'extraordinaire diversité des espèces appartenant à ce genre bactérien, compliquant considérablement leur caractérisation en terme de spéciation et de virulence. Nous développons une double approche pour corréler le phénotype et le génotype de pathogènes potentiels par : 1) une clarification taxonomique des souches de vibrions nous déterminons si certaines espèces sont systématiquement associées à de maladies; 2) une caractérisation des mécanismes de virulence, nous recherchons les gènes supports de la pathogénie. Les marqueurs génétiques ou de virulence mis au point pourront alors être utilisés pour une étude épidémiologique de ces maladies.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-3699.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3699/

Résumé : AU COURS DE LA THESE, L'ETUDE DU TRANSCRIPTOME DE SOUCHES GARDEL ET SENEGAL VIRULENTES ET ATTENUEES D'E. RUMINANTIUMA ETE REALISEE. UNE ANALYSE DU TRANSCRIPTOME A DIFFERENTS STADES DE DEVELOPPEMENT, A D'ABORD ETE EFFECTUEE POUR LA SOUCHE GARDEL VIRULENTE. AU STADE CORPS RETICULE (FORME INTRACELLULAIRE NON INFECTIEUSE), UNE SUREXPRESSION DES GENES CODANT POUR DES PROTEINES IMPLIQUEES DANS LE METABOLISME, LE TRANSPORT ET L'ECHANGE DE NUTRIMENTS ET DANS LA RESISTANCE AU STRESS OXYDATIF ETAIT OBSERVEE. IL SEMBLERAIT QUEE. RUMINANTIUMMETTE EN PLACE UN PANEL DE MECANISMES POUR SA SURVIE ET SON DEVELOPPEMENT A L'INTERIEUR DE LA CELLULE HOTE. AU STADE CORPS ELEMENTAIRE (FORME EXTRACELLULAlRE INFECTIEUSE), LE GENE DKSA CODANT POUR UN FACTEUR DE TRANSCRIPTION ETAIT SUREXPRIME. CE GENE A ETE MONTRE COMME ETANT IMPLIQUE DANS LA REGULATION DE FACTEURS DE VIRULENCE. IL SEMBLERAIT . DONC, QU'AU STADE CORPS ELEMENTAIRE, IL Y AIT UNE INDUCTION DE MECANISMES DE VIRULENCE. LA COMPARAISON DE L'EXPRESSION DES GENES AU STADE CORPS ELEMENTAIRE ENTRE SOUCHES VIRULENTES ET ATTENUEES A AUSSI ETE EFFECTUEE. NOS RESULTATS ONT MONTRE UNE MODIFICATION IMPORTANTE DE LA MEMBRANE POUR LES SOUCHES VIRULENTES ET ATTENUEES. POUR LES SOUCHES ATTENUEES, IL A ETE MONTRE UNE SUREXPRESSION DES GENES IMPLIQUES DANS LA BIOGENESE MEMBRANAlRE ET UNE SOUS-EXPRESSION·DES PROTEINES DE LA FAMILLE MULTIGENIQUE MAP. CES RESULTATS SUGGERENT QUE LES PROTEINES MAP JOUENT UN ROLE DE LEURRE VIS-A-VIS DE LA REPONSE IMMUNITAIRE PROTECTRICE. DES PROTEINES MEMBRANAlRES HYPOTHETIQUES SONT SUREXPRIMEES A LA FOIS CHEZ LES SOUCHES VIRULENTES ET ATTENUEES. CERTAINES D'ENTRE ELLES SUREXPRIMEES CHEZ LES SOUCHES ATTENUEES SEMBLENT ETRE DE BONS CANDIDATS VACCINAUX ET DEVRAIENT ETRE ETUDIEES
Transcriptomic study of gardel and senegal both virulent and attenuated e. ruminantium strains was conducted during my phd. an analysis of transcriptome at different stages of development has been first conducted for virulent gardel strain. at reticulate body stage (intracellular form non-infectious), over-expression of genes coding for proteins involved in metabolism, transport and exchange of nutrients and resistance to oxidative stress was observed. at this stage of development, e. ruminantium seems to activate mechanisms for its survival and development within the host cell. at elementary body stage, dksa the gene encoding for a transcription factor was over-expressed. this gene has been shown to be involved in the regulation of virulence factors. it seems, therefore, at the elementary body stage, e. ruminantium induces its virulence factors. secondly, we compare the transcriptome of elementary body between virulent and attenuated strains. our results showed an important membrane modification of attenuated and virulent strains. for attenuated strains, we observed an over-expression of genes involved in membrane biogenesis and a diminution of expression of map multigenic family. it seems that map proteins subvert the protective immune response. hypothetical membrane proteins are over-expressed in both virulent and attenuated strains. some over-expressed proteins in attenuated strains seem to be good vaccine candidates and willstudied.

http://www.theses.fr/2012AGUY0562/document