Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Symbiosis is a widespread phenomenon in the biosphere. In marine benthic environments breakdown of symbiosis is responsible for coral bleaching and dramatically affects coral reef ecosystems functioning [1]. In the water column, planktonic organisms are key component of pelagic ecosystems and a number of species form mutualistic association with microalgae forming a photosymbiosis [2]. Here we intended to investigate the genetic basis of photosymbiosis, through a transcriptomic approach on marine plankton organisms. We focused more specifically on associations occurring between radiolarian host (protist, zooplankton) and dinoflagellates symbiont (protist, phytoplankton) living inside the host cell. It has recently been highlighted that these holobionts are widespread in oligotrophic open oceans and there are also evidences of their fundamental implication in biogeochemical carbon, silica and strontium cycles [3, 4, 5, 6]. RNA-seq technologies allow obtaining an unprecedented amount of data for unicellular organisms isolated from the environment [7]. The study of such non-model holobionts datasets requires de novo assembly, which implies considerable computational resources and the potential production of chimeric sequences [8, 9].We therefore developed an original strategy aiming at accelerating and improving de novo assembly for holobiont datasets. We chose SIMKA [10] a fast kmer-based method initially developed to estimate the similarity between numerous metagenomic datasets, and which has been recently adapted to extract their common sequences. As our symbionts are identified, we used SIMKA to compare our holobionts transcriptomes to publicly available dinoflagellates transcriptomes [11] generating two datasets, one composed of reads from the symbionts and another with reads from the host (for which no reference data are currently available). Independent assemblies were then performed in parallel, accelerating the study process, and minimizing the proportion of resulting chimeric sequences. Our strategy produced a unique and comprehensive genomic dataset for Radiolaria [12, 13], and offers a pragmatic, large scale, comparison strategy to assemble and study holobionts [9]. Our new sequences obtained from holobionts study will be used for phylogenomics investigation, as reference for environmental metagenomic studies and ultimately to understand and characterize the molecular basis of symbiotic relationships in the plankton.Bibliografic references :[1] Simon K. Davy, Denis Allemand, and Virginia M. Weis. “Cell Biology of Cnidarian-Dinoflagellate Symbiosis”. In: Microbiology and Molecular Biology Reviews 76.2 (June 1, 2012), pp. 229–261. issn: 1092-2172, 1098- 5557. doi: 10.1128/MMBR.05014-11.[2] Janouškovec, J. et al. “Major transitions in dinoflagellate evolution unveiled by phylotranscriptomics”. in: PNAS 201614842 (2016). doi:10.1073/pnas.1614842114[3] Tristan Biard et al. “In situ imaging reveals the biomass of giant protists in the global ocean”. In: Nature advance online publication (Apr. 20, 2016). issn: 0028-0836. doi: 10.1038/nature17652.[4] Lionel Guidi et al. “Plankton networks driving carbon export in the olig- otrophic ocean”. In: Nature 532.7600 (Apr. 28, 2016), pp. 465–470. issn: 0028-0836. doi: 10.1038/nature16942.[5] Diane K. Stoecker et al. “Acquired phototrophy in aquatic protists”. In: Aquatic Microbial Ecology 57.3 (Nov. 24, 2009), pp. 279–310. doi: 10.3354/ame01340.[6] Johan Decelle et al. “An original mode of symbiosis in open ocean plankton”. In: Proceedings of the National Academy of Sciences 109.44 (Oct. 30, 2012), pp. 18000–18005. issn: 0027-8424, 1091-6490. doi: 10. 1073/pnas.1212303109.[7] Sergio Balzano et al. “Transcriptome analyses to investigate symbiotic relationships between marine protists”. In: Frontiers in Microbiology 6 (Mar. 17, 2015). issn: 1664-302X. doi: 10.3389/fmicb.2015.00098.[8] Li, B. et al. “Evaluation of de novo transcriptome assemblies from RNA-Seq data”. In: Genome Biology 15, 553 (2014).[9] Sangwan, N., Xia, F. & Gilbert, J. A. “Recovering complete and draft population genomes from metagenome datasets”. In: Microbiome 4, 8 (2016).[10] Gaëtan Benoit et al. “Multiple comparative metagenomics using mul- tiset k -mer counting”. In: PeerJ Computer Science 2 (Nov. 14, 2016). doi: 10.7717/peerj-cs.94.[11] Patrick J. Keeling et al. “The Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project (MMETSP): Illuminating the Functional Diversity of Eukaryotic Life in the Oceans through Transcriptome Sequencing”. In: PLOS Biol 12.6 (June 2014), e1001889. issn: 1545-7885. doi: 10.1371/journal.pbio.1001889.[12] Burki, F. et al. “Evolution of Rhizaria: new insights from phylogenomic analysis of uncultured protists”. In BMC Evolutionary Biology 10, 377 (2010).
International Conference on Holobionts
Paris, France

hal-01575069
https://hal.inria.fr/hal-01575069

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Amazonie brésilienne, usages et représentations du territoire

ISBN : 102371540358
hal-01678070
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01678070

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Amazonie brésilienne, usages et représentations du territoire

hal-01678076
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01678076

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Colloque international intitulé « Éthique et responsabilité pour la didactique des langues au XXIè siècle » organisées par le laboratoire DILTEC (EA 2288) de l’Université Sorbonne Nouvelle-Paris 3
Paris, France

hal-01612529
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01612529

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01202193

hal-01202193
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01202193

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
This paper investigates the narrative challenges and opportunities that contemporary virology offers to popular science and to fiction. The study of viruses reveals extremely complex relations, playing out over different physical and temporal scales. Viruses constitute a heterogeneous population whose interactions with living organisms occur on multiple levels, and whose numbers are vastly superior to human and even bacterial populations on earth. The resulting challenges for narration can be grouped into three main formal questions. The first is the problem of scale, since the numbers and sizes of virus and host populations are vastly different, as are the temporalities over which they transform and survive. The second is the complexity of actants, since viruses are involved in relations where destruction and mutual benefit can overlap, and genetic transformations are played out over many generations. The third is the choice of images through which to convey their behaviours: many existing metaphors in microbiology, such as “chimeras”, “parasites” or “kill-the-winner dynamics”, carry the narrative potential of a mythological and/or theatrical imagination.These questions will first be examined as challenges encountered in the narration of biology for vulgarization purposes, and effects on narrative forms will be outlined: shifts in focalization in order to create multiscalar perspectives; unstable actantial models as expressions of complex relations; and the use or resistance to narrative structures implied by several key metaphors in virological discourse. These formal characteristics will then be presented through two case studies drawn from contemporary fiction. In his “scientific fable” Conflits Intérieurs (2015), microbiologist Eric Bapteste creates a multiscalar narrative by using humans and viruses as both protagonists and narrators in a battle of ideas. In the graphic novel aâma (2011-2014), Frederik Peeters explores the ambiguous potential, both symbiotic and threatening, of a meta-organism uniting humans with microscopic agents. Both these novels play with scale, metaphor and actants so as to question the fundaments of human identity. They posit the act of narration as a defining human attribute, and consequently use the narrative voice as an arena in which we observe the weakening of the notion of the subject by microbiology.
“Narrative, Cognition & Science” Symposium
Erlangen, Germany

hal-01434744
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01434744

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Amazonie brésilienne, usages et représentations du territoire

ISBN : 102371540358
hal-01678077
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01678077

Éditeur(s) : HAL CCSD Paris : Français dans le monde
Résumé : Numéro coordonné par Francine CICUREL et Valérie SPAËTH
International audience
Cette contribution retrace une recherche-action-formation ayant comme finalité la co-construction de démarches portfolio plurilingues prenant en compte, valorisant et didactisant le plurilinguisme au plus près des acteurs aux Antilles françaises. Dans ce contexte particulier, quels rôles l’école et la formation des enseignants ont-elles à jouer en termes de responsabilité sociale vis-à-vis des langues en général et de celles issues de la colonisation et de l’immigration en particulier ? Les visées praxéologiques et éthiques de ce travail sont de deux ordres : 1) impliquer les acteurs afin de co-construire avec eux une démarche éducative adaptée aux spécificités des contextes bi/plurilingues ; 2) voir en quoi une démarche portfolio peut constituer une médiation formative dans le champ du plurilinguisme et de l’interculturel. Les problématiques de l’éthique et de la responsabilité de l’institution scolaire et de ses représentants vis-à-vis des langues sont ici centrales.
ISSN: 0994-6632

hal-01617614
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01617614

Éditeur(s) : HAL CCSD Pôle de Recherche pour l'Organisation et la diffusion de l'Information Géographique
Résumé : International audience
The Amazon has recently experienced a dramatic decline in deforestation coupled with economic development. However, this process is uneven. While large and medium-sized producers are intensifying and diversifying their production systems in the already cleared areas, thus apparently abandoning expansion strategies at the moment, family farming remains aloof from this decoupling between production and deforestation. In this article, the commitments of public authorities and sectors, their effects on deforestation and inequalities of adaptation are analyzed at the scale of the Legal Amazon and in a municipality considered as a model because involved in a Município Verde initiative: Paragominas, in the Eastern Amazon.
L’Amazonie a amorcé depuis quelques années une baisse de la déforestation couplée à un développement économique. Le processus est cependant inégal. Si les grands et moyens producteurs font évoluer leurs systèmes de production vers l’intensification et la diversification dans les espaces déjà ouverts, délaissant en apparence les stratégies d’expansion, l’agriculture familiale reste à l’écart du découplage entre production et déforestation. Dans cet article, les engagements des pouvoirs publics et des filières, leurs effets en matière de déforestation et les inégalités d’adaptation sont analysés à l’échelle de l’Amazonie Légale et à celle d’une municipalité considérée comme un modèle car à l’initiative d’une démarche de Município Verde : Paragominas, en Amazonie orientale.
ISSN: 1963-1197

halshs-01609039
https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-01609039
DOI : 10.4000/echogeo.15035

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Cette thèse a été publiée dans une version remaniée et adaptée sous le titre "Niveaux C1 et C2 pour le français du Cadre européen commun de référence pour les langues, éléments pour un référentiel", Riba, P., (2016), Didier éd, Paris
This thesis sets out to examine the problems of description and specification pertaining to the C levels of the Common European Reference Framework for Languages , known as the experienced–user levels (C1 - Autonomy and C2 - Mastery), for French. It forms part of the efforts to establish yardsticks suggested by the Council of Europe and undertaken in various European countries, including France, whereby the A and B levels have already been described (J.C. Beacco, S. Bouquet, R. Porquier, 2004 ; J.C. Beacco, R. Porquier, 2007 ; J.C. Beacco, S. Lepage, R. Porquier, P. Riba, 2008 ; J.C. Beacco, B. Blin, E. Houles, S. Lepage, P. Riba, pending publication). The notional and functional components, discourse genres, functions, notions, morphosyntactic categories, phonetic content and cultural competencies and learner strategies pertaing to levels C1 and C2 have been described based on three methodological approaches that are respectively intuitive, experimental and based on the creation of standards. The thesis focuses on researching the cut-off points between levels B2, C1 and C2, which are of use to designers of teaching methods and curricula, examination writers and teachers, and it proposes the establishment of a C2+ level, which is didactically compatible with the contradictory notions of “final language level˝ and lifelong learning.
Cette thèse a pour objet la problématique de la description et la spécification des niveaux C duCadre européen commun de référence pour les langues, dits niveaux de l’utilisateurexpérimenté (C1 autonome, C2 maîtrise) pour le français. Elle s’inscrit dans la dynamique deréférentialisation souhaitée par le Conseil de l’Europe et engagée dans plusieurs payseuropéens, y compris en France, où les niveaux A et B ont déjà été décrits : B2, (J.C. Beacco,S. Bouquet, R. Porquier, (2004), A1, J.C. Beacco, R. Porquier, (2007), A2, J.C. Beacco, S.Lepage, R. Porquier, P. Riba, (2008), B1, J.C. Beacco, B. Blin, E. Houles, S. Lepage, P. Riba,(2010).La description des éléments notionnels et fonctionnels des niveaux C1 et C2, genresdiscursifs, fonctions, notions, catégories morphosyntaxiques, matière phonique, matièregraphique, compétences culturelles et stratégies d’apprentissage, a été établie en suivant troisvoies méthodologiques, intuitive, expérimentale et d’étalonnage.Elle se focalise sur la recherche des points de césure entre B2, C1 et C2 utiles pour les auteursde méthodes ou de curriculums, les concepteurs d’examens et les enseignants et elle proposeune spécification d’un niveau C2+, didactiquement compatible avec les notions paradoxalesde « dernier niveau de langue » et d’apprentissage tout au long de la vie.
https://halshs.archives-ouvertes.fr/tel-01395794

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2010PA030062
tel-01395794
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/tel-01395794/file/these%20Patrick%20RIBA%20finale.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé : International audience
ISSN: 0944-1344

hal-01587582
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01587582
DOI : 10.1007/s11356-016-6993-6