Éditeur(s) : HAL CCSD Oxford University Press (OUP)
Résumé : International audience
Motivation: Gene fusion is an important evolutionary process. It can yield valuable information to infer the interactions and functions of proteins. Fused genes have been identified as non-transitive patterns of similarity in triplets of genes. To be computationally tractable, this approach usually imposes an a priori distinction between a dataset in which fused genes are searched for, and a dataset that may have provided genetic material for fusion. This reduces the `genetic space' in which fusion can be discovered, as only a subset of triplets of genes is investigated. Moreover, this approach may have a high-false-positive rate, and it does not identify gene families descending from a common fusion event. Results: We represent similarities between sequences as a network. This leads to an efficient formulation of previous methods of fused gene identification, which we implemented in the Python program FusedTriplets. Furthermore, we propose a new characterization of families of fused genes, as clique minimal separators of the sequence similarity network. This well-studied graph topology provides a robust and fast method of detection, well suited for automatic analyses of big datasets. We implemented this method in the C++ program MosaicFinder, which additionally uses local alignments to discard false-positive candidates and indicates potential fusion points. The grouping into families will help distinguish sequencing or prediction errors from real biological fusions, and it will yield additional insight into the function and history of fused genes.
ISSN: 1367-4803

hal-01544795
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01544795
DOI : 10.1093/bioinformatics/btt049

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
The Amerindian genetic heritage is extremely poor in the French Antilles (Martinique and Guadeloupe archipelago). However, the early and important valorisation of the cultural Amerindian legacies has played a role, since the beginning of the 20th century, in the local expression of a specific cultural identity, distinct from the French national one. The absence of declared Amerindian descendants has for a part supported this strong valorisation. Unlike the African heritages, the Amerindian legacies were not linked to a painful and socially sensitive memory. However, before the last decades, the deep social integration of those legacies was limited by the progress of the identity building process. Nowadays, the identity discourse centered on "Antillanité" and "Créolité" notions allows the progressive disappearance of those bottlenecks and authorizes the transformation of those Amerindian legacies in French Antillean heritage elements socially recognised.
L'héritage amérindien est extrêmement faible du point de vue génétique dans les Antilles françaises. Cependant, sa valorisation importante et précoce a implicitement joué un rôle particulier dans l'expression d'une identité locale distincte de l'identité nationale française. Cette forte valorisation a sans doute été favorisée par le fait qu'en l'absence de descendants déclarés, l'histoire amérindienne, pour l'essentiel détachée du phénomène colonial, n'était liée à aucune mémoire douloureuse. Cependant, avant les dernières décennies, la place faite à cet héritage ne pouvait être que limitée du fait même de l'état de la pensée identitaire. Aujourd'hui, avec le développement d'un discours centré sur les notions de créolité et d'antillanité, les sources de ce blocage sont en train de céder petit à petit. Nous assistons ainsi à la transformation de cet héritage en un des éléments reconnus du patrimoine antillais.
Outre-Mers

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
hal-01020219
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01020219
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01020219/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01020219/file/De_l_archA_ologie_prA_colombienne_au_patrimoine.pdf

Résumé : The slides were taken on collecting trips sponsored by the William L. Bryant Foundation, where books, music and art indigenous to the regions were gathered. The are organized by geographical location.
A teacher instructing students during a class of boys and girls at Moore Town Primary and Junior High School in Portland, Jamaica. This one room school building has been divided with a chalkboard. Inhabitants of Moore Town are descendants of Maroons, escaped slaves who were able to maintain some aspects of their African cultures. Slide labeled Jam. School at Moore Town.
Jamaica -- Caribbean region -- Moore Town, Portland

Droits : All rights to images are held by the respective holding institution. This image is posted publicly for non-profit educational uses, excluding printed publication. For permission to reproduce images and/or for copyright information contact Special Collections & University Archives, University of Central Florida Libraries, Orlando, FL 32816 phone (407) 823-2576, email: speccoll@mail.ucf.edu
CFM1972_01a
http://ufdc.ufl.edu/AA00031037/00001

Résumé : The slides were taken on collecting trips sponsored by the William L. Bryant Foundation, where books, music and art indigenous to the regions were gathered. The are organized by geographical location.
A woman wearing a hat and patterned shirt stands in front of steps leading to a house. On the house's verandah are tables and chairs. Inhabitants of Moore Town, Portland, Jamaica are descendants of Maroons, escaped slaves who were able to maintain some aspects of their African cultures. Slide labeled Jam. Moore Town.
Jamaica -- Caribbean region -- Moore Town, Portland

Droits : All rights to images are held by the respective holding institution. This image is posted publicly for non-profit educational uses, excluding printed publication. For permission to reproduce images and/or for copyright information contact Special Collections & University Archives, University of Central Florida Libraries, Orlando, FL 32816 phone (407) 823-2576, email: speccoll@mail.ucf.edu
CFM1972_01a
http://ufdc.ufl.edu/AA00031033/00001

Éditeur(s) : Université des Antilles et de la Guyane. Service commun de la documentation
Extrait de : Les rencontres culturelles de la BU 2010-2011. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Embarqués en 1931 à Saïgon, le soldat Luong Nhu Truat et l'étudiant Joseph Tran Tu Yen subissent quinze années durant le travail forcé dans les camps de la crique Anguille et de Saut-Tigre, désignés sous l'appellation commune du "bagne des Annamites". Libérés en 1946, les deux hommes épousent chacun une jeune femme de Sinnamary, mais, tandis que Luong Nhu Truat décide de regagner son pays natal avec femmes et enfants dans les années 1950, Joseph Tran Tu Yen, choisit, lui, de rester en Guyane et d'y fonder sa famille. Au cours de sa communication, l'historienne Christèle Dedebant interroge la mémoire des déportés d'Indochine en retraçant le portrait de deux hommes mais aussi le combat de leur descendance.
Siècle(s) traité(s) : 20
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V12010
V12010

Résumé : The slides were taken on collecting trips sponsored by the William L. Bryant Foundation, where books, music and art indigenous to the regions were gathered. The are organized by geographical location.
In this picture, an older woman is wearing a black dress and hat as a sign of mourning. In the background is a wooden hut. Inhabitants of Moore Town, Portland, Jamaica are descendants of Maroons, escaped slaves who were able to maintain some aspects of their African cultures. Slide labeled Jam. Moore Town in mourning.
Jamaica -- Caribbean region -- Moore Town, Portland

Droits : All rights to images are held by the respective holding institution. This image is posted publicly for non-profit educational uses, excluding printed publication. For permission to reproduce images and/or for copyright information contact Special Collections & University Archives, University of Central Florida Libraries, Orlando, FL 32816 phone (407) 823-2576, email: speccoll@mail.ucf.edu
CFM1972_01a
http://ufdc.ufl.edu/AA00031034/00001

Éditeur(s) : Institut national agronomique Paris Grignon
Résumé : The flat oyster Ostrea edulis L. is the indigenous oyster of the Atlantic as well as the Mediterranean coasts of Europe. Its commercial exploitation dates back to Antiquity but its breeding is now threatened by two parasitic protozoa, among which Bonamia ostreae. Various aspects of the genetics of this species' natural and farmed populations have been studied with the aid of microsatellite markers. At first, the implementation and the screening of two partial genomic libraries made it possible to identify 28 new microsatellite loci. Analysis of the segregation of 12 of these loci and of two enzymatic loci shows that most microsatellite loci are transmitted in a Mendelian way, but some loci have significant segregation distortions. Moreover, seven linkage groups, of which four contain at least two markers, were identified in Ostrea edulis. The genetic variability of three populations selected for one or two generations for resistance to Bonamia ostreae was analysed with the aid of 5 microsatellite loci. In spite of the absence of genealogical data, we have shown that these selected populations were descended from a very low number of founding genitors (from 3 to 15 depending on the population) and for two populations, we were able to reconstruct the genealogy and the relationships between the individuals were identified. These selected populations have, in addition to a very low genetic variability, real and at times high levels of consanguinity. These results have a significant implication for the continuation of the selection programme (consanguinity management, augmentation of genetic variability by introducing wild genitors). The geographical structuring of the genetic variability of natural populations of Ostrea edulis has been analysed with the aid of 5 microsatellite loci on a sampling covering almost the entire distribution area of the species (from Norway to the Adriatic Sea). The results are consistent with those published in the literature and using enzymatic markers. The populations show a low level of differentiation that could correspond to a model of isolation by distance. The Atlantic populations, which have a reduced polymorphism, could be descended from post-glacial recolonisation from Mediterranean populations that had survived the glaciations of the Quaternary Period. The current distribution of flat oyster populations is surely also subject to anthropogenic activities. Finally, the genetic bases of the heterozygosis-growth correlation were studied in a natural population with the aid of enzymatic and microsatellite markers. Although leads favouring the direct contribution of enzymatic loci have been found, biases in the sampling design make it impossible to come to a formal conclusion. However, this study has made it possible to show that the capture of individuals over a short period (around ten days) leads to a sampling of a population descended from a very low number of founding genitors, in contradiction with the generally accepted idea that marine bivalve populations are large panmictic populations with significant, efficient numbers. These results confirm in a natural population the observations of a significant reduction of efficient sizes in hatchery populations.
L'huître plate Ostrea edulis L. est l'huître indigène des côtes européennes aussi bien atlantiques que méditerranéennes. Son exploitation commerciale remonte à l'Antiquité mais son élevage est aujourd'hui menacé par deux protozoaires parasites dont Bonamia ostreae. Différents aspects de la génétique des populations naturelles et cultivées de cette espèce ont été étudiés à l'aide de marqueurs microsatellites. Dans un premier temps, la réalisation et le criblage de deux banques génomiques partielles ont permis l'identification de 28 nouveaux locus microsatellites. L'analyse de la ségrégation de 12 de ces locus et de deux locus enzymatiques montre que la plupart des locus microsatellites sont transmis de façon mendélienne, mais certains locus présentent des distorsions de ségrégation importantes. Par ailleurs, sept groupes de liaison dont quatre contiennent au moins deux marqueurs ont été identifiés chez Ostrea edulis. La variabilité génétique de trois populations sélectionnées depuis une ou deux générations pour une résistance à Bonamia ostreae a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites. Malgré l'absence de données généalogiques, nous avons montré que ces populations sélectionnées étaient issues d'un très faible nombre de géniteurs fondateurs (de 3 à 15 selon les populations) et pour deux populations, la généalogie a pu être reconstituée et les liens de parenté entre les individus ont été identifiés. Ces populations sélectionnées présentent, outre une très faible variabilité génétique, des niveaux de consanguinité réels et parfois élevés. Ces résultats ont une implication importante pour la continuation du programme de sélection (gestion de la consanguinité, augmentation de la variabilité génétique par introduction de géniteurs sauvages). La structuration géographique de la variabilité génétique des populations naturelles d'Ostrea edulis a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites sur un échantillonnage couvrant presque toute l'aire de répartition de l'espèce (de la Norvège à la Mer Adriatique). Les résultats sont cohérents avec ceux publiés dans la littérature et utilisant des marqueurs enzymatiques. Les populations montrent un niveau de différenciation faible qui pourrait correspondre à un modèle d'isolement par la distance. Les populations atlantiques, qui présentent un polymorphisme réduit, pourraient être issues de recolonisation post-glaciaire à partir de populations méditerranéennes ayant survécu aux glaciations du Quaternaire. La répartition actuelle des populations d'huître plate est certainement aussi soumise aux actions anthropiques. Enfin, les bases génétiques de la corrélation hétérozygotie-croissance ont été étudiées dans une population naturelle à l'aide de marqueurs enzymatiques et microsatellites. Bien que des pistes en faveur de la contribution directe des locus enzymatiques aient été trouvées, des biais dans le dispositif expérimental ne permettent pas de conclure de façon formelle. Cependant, cette étude a permis de montrer que le captage d'individus sur une faible période (une dizaine de jours) conduit à l'échantillonnage d'une population issue d'un nombre très réduit de géniteurs fondateurs, en contradiction avec l'idée reçue que les populations de bivalves marins sont de larges populations panmictiques à effectif efficace important. Ces résultats confirment dans une population naturelle les observations de réduction importante des tailles efficaces dans des populations d'écloserie.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1998/these-1919.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1919/

Éditeur(s) : A.P.F.OM : Association des Peuples des Fleuves Oyapock-Maroni AIHP-GEODE : Archéologie Industrielle, Histoire, Patrimoine/Géographie- Développement Environnement de la Caraïbe Université des Antilles et de la Guyane. Service commun de la documentation APHGG : Association des Professeurs d'Histoire-Géographie de Guyane
Extrait de : "Les marronnages et leurs productions sociales, culturelles dans les Guyanes et le bassin caribéen du XVIIème au XXème siècle : bilans et perspectives de recherche" : colloque pluridisciplinaire, du 18 au 21 novembre 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Colloque « Les marronnages et leurs productions sociales, culturelles dans les Guyanes et le bassin caribéen du XVIIème au XXème siècles : bilans et perspectives de recherche ; descendants de Marrons et d'Amérindiens dans les Amériques : quelle citoyenneté ? »
Siècle(s) traité(s) : 20
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V15094
V15094

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : L’article examine l’existence précaire des Aloukous de Guyane, descendants d’esclaves marrons. L’étude est basée sur le roman de Roland Brival, Le dernier des Aloukous, un des rares écrivains qui a rendu hommage à ce peuple oublié de l’Histoire et menacé par la modernisation et l’assimilation. Il examine aussi les problématiques de la déforestation, de la déterritorialisation ainsi que l’importance des rituels et des dieux dans la culture des Aloukous.
The article examines the precarious existence of the Alukus, a population based in Guyana, and the descendants of maroons slaves. The study is based on a novel by Roland Brival, one of the few writers from the French Caribbean who has paid a tribute to this ethnic group threatened by modernization and urbanization. It also examines issues of deforestation, deterritorialization, and the importance of rituals and gods in the Alukus' culture.
Guyane française

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.4932
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/4932

Résumé : Les variétés modernes de canne à sucre sont d'origine bispécifique et possèdent une structure génétique complexe, aneuploïde et hautement polyploïde rendant difficile les études de résistance génétique. La feuille jaune de la canne a sucre est une maladie dont l'agent causal est le sugarcane yellow leaf virus (scylv). Ce virus a une large diversité. Seuls trois génotypes viraux, différenciables par rtpcr, ont été trouves en Guadeloupe. Les objectifs de l'étude sont d'évaluer: l/la possibilité de marquer la résistance de la plante au scylv grâce a une étude d'association pan-génomique 2/l'impact de la diversité de l'agent pathogène sur la résistance de la canne a sucre au scylv. Les études d'association ont été menées avec plus de 4000 marqueurs aflp et d'art sur quatre types de données phénotypiques (intensité et densité virale dans les feuilles et les tiges). Les phénotypes ont été mesures sur 189 variétés de cannes à sucre dans deux essais successifs dans un dispositif en trois blocs randomises. De ces variétés, 40 ont été sélectionnées et ont permis d'obtenir 10 croisements biparentaux. Les descendances obtenues ont été suivies sur deux essais. L'incidence et la diversité du scylv ont été évaluées pour les 40 variétés et les descendances. L'héritabilité au sens strict de la résistance aux scylv a été déterminée. Six marqueurs de résistance au scylv ont été identifies ainsi que deux gènes ayant potentiellement un rôle dans la résistance au virus. L'étude montre également que la résistance de la plante est variable en fonction du génotype du scylv et que cette résistance est en partie transmise aux descendances. Créer des variétés résistantes au scylv est donc possible.
Modern varieties of sugarcane have a bispecific origin and a complex genetic structure, aneuploid and highly polyploid, maklng genetic resistance study uneasy to perform. Yellow leaf of sugarcane is a viral disease whose causal agent is the sugarcane yellow leaf virus (scylv). This virus has a wide range of diversity. Only three viral genotypes, distinguishable by rt-pcr, were found in guadeloupe. The objectives of this srudy are to assess: l/the possibility to find markers associated with plant resistance to scylv through a genome wide association study 2 1 the impact of the pathogen diversity on the resistance of sugarcane to scylv. Association studies have been conducted with more than 4000 aflp and dart markers on four types of phenotypic data (virus intensity and density in leaves and canes). Phenotypes were measured on 189 varieties of sugarcane in two successive trials in a three randomized complete block design. From these varieties, 40 were selected and allowed to obtain 10 biparental crosses. The offspring were followed during two trials. The incidence and the diversity of scylv were evaluated in the 40 varieties and the offspring. The narrow sense heritability of the resistance to the scylvs was determined. Six markers of the resistance to the scylv and two genes, with potential contribution in virus resistance, have been identified. The study also shows that the resistance of the plant is variable depending on the scylv genotype and that this resistance is partly transmitted to the offspring. Breeding for scylv resistance is practicable.

http://www.theses.fr/2012AGUY0554/document

Éditeur(s) : HAL CCSD Maison des Sciences de l'Homme
Résumé : National audience
Il y a deux millénaires et demi, quelques canots quittent les côtes du delta de l'Orénoque et partent à la conquête de l'archipel antillais. Leurs occupants et leurs descendants progressant d'îles en îles y fondent, dans un espace géographiquement morcelé, une société originale marquée par une insularisation progressive visible entre autres dans le passage d'une économie de type "forestier" à une économie "maritime". Cette vision "traditionnelle" du phénomène pionnier agro-céramiste antillais est fortement marquée par l'importance de l'effet de fondation, rendant difficile la reconnaissance d'une diversité culturelle au sein de ces premiers groupes agro-céramistes, et, comme toute l'archéologie antillaise, par une attention toute particulière attachée à la notion d'insularité liée a une vision très terrienne de l'espace antillais au détriment d'une vision plus maritime. C'est autour de la remise en question de cette vision sans doute un peu trop simple que s'articulent les débats actuels autour du phénomène pionnier agro-céramiste antillais. Les travaux que nous avons conduits depuis une dizaine d'année en Martinique puis en Dominique avaient pour objectif d'aborder un certain nombre de ces questions. Il s'agissait d'évaluer les mécanismes socio-économiques liés à ce phénomène pionnier et de tenter d'aborder la notion de territoire afin d'être à même de discuter des liens ayant existé entre les différentes composantes de l'ensemble culturel fruit de cette migration.
Les Nouvelles de l'archéologie

hal-00967102
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00967102
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00967102/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00967102/file/NDA108-berard.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : In Suriname, Saramaka (descendants from fugitives slaves of the XVIIth century) still have a widely used traditional pharmacopoeia. The Bitter-cup is a good example because of the place it keeps on the Paramaribo's markets stands. We conducted an ethnopharmacological study in order to detail its uses: rum or water left to macerate in the cup overnight, the content is drunk straight in the morning either as a tonic, stomachic, febrifuge or antimalarial remedy. In order to close the controversy about its botanical origin, we proceeded to an anatomical study of woods and cups found at the market. Chemicals fingerprints by High Performance Liquid Chromatography (HPLC) were simultaneously established. The two methods, complementary, allowed us to identify Quassia amara L. as cups source. In vitro assays of the macerates on Plasmodium falciparum did not show any antimalarial activity, while some fractions, obtained by semi-preparative HPLC, did show a high activity against parasites.
Les Saramaka du Suriname, descendants d'esclaves échappés des plantations au XVIIème siècle, ont une pharmacopée traditionnelle encore vive. Le Bitter-cup, ou " gobelet amer ", en est un exemple puisqu'il garde encore sa place sur les étals des marchés de Paramaribo. Nous avons mené une enquête ethnopharmacologique afin de détailler ses usages : mis à macérer pendant une nuit avec du rhum ou de l'eau, le contenu est bu d'un trait au matin comme tonique amer, stomachique, fébrifuge ou encore antimalarique. Pour mettre fin aux controverses que suscite sa provenance botanique, nous avons procédé à une étude anatomique du bois et des gobelets provenant du marché, ainsi qu'à l'établissement de signatures chimiques par Chromatographie Liquide Haute Performance (CLHP). Ces deux méthodes complémentaires nous ont permis d'identifier Quassia amara L. comme source des gobelets. Des tests in vitro sur Plasmodium falciparum n'ont pas confirmé l'activité antipaludique, mais après un fractionnement bioguidé par CLHP semi-préparative, certaines fractions se montrent très performantes contre les parasites.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00636165

tel-00636165
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00636165
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00636165/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00636165/file/thesePharma_Odonne.PDF

Éditeur(s) : Direction Générale des Travaux Publics Direction Générale des Travaux Publics ( Haiti )
Résumé : This collection of over 5,000 black and white photographs held by the National Archives of Haiti dates from 1918 to 1945. It contains images of public buildings before and after restoration, public works, monuments, and the visits of U.S. Presidents and other officials.
Haiti

Droits : All rights reserved by the National Archives of Haiti.
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Résumé : The slides were taken on collecting trips sponsored by the William L. Bryant Foundation, where books, music and art indigenous to the regions were gathered. The are organized by geographical location.
A group of men standing and resting on top of concrete graves in a church cemetery while a school boy holds a homemade cricket bat. The sign on the tree reads “Yes Holiday Markers! Johnnie as…Blue Boy…Present Prince Bunny …Nite… at…Ginger House, Soul Sound By… Blue-Pencil, Refreshments Galore… 50₵ Admission. Easter Mon. 3rd April.” Inhabitants of Moore Town, Portland, Jamaica are descendants of Maroons, escaped slaves who were able to maintain some aspects of their African cultures. Slide labeled Jam. Moore Town.
Jamaica -- Caribbean region -- Moore Town, Portland

Droits : All rights to images are held by the respective holding institution. This image is posted publicly for non-profit educational uses, excluding printed publication. For permission to reproduce images and/or for copyright information contact Special Collections & University Archives, University of Central Florida Libraries, Orlando, FL 32816 phone (407) 823-2576, email: speccoll@mail.ucf.edu
CFM1972_01a
http://ufdc.ufl.edu/AA00031036/00001

Éditeur(s) : American Geophysical Union
Résumé : We present four companion digital models of the age, age uncertainty, spreading rates, and spreading asymmetries of the world's ocean basins as geographic and Mercator grids with 2 arc min resolution. The grids include data from all the major ocean basins as well as detailed reconstructions of back-arc basins. The age, spreading rate, and asymmetry at each grid node are determined by linear interpolation between adjacent seafloor isochrons in the direction of spreading. Ages for ocean floor between the oldest identified magnetic anomalies and continental crust are interpolated by geological estimates of the ages of passive continental margin segments. The age uncertainties for grid cells coinciding with marine magnetic anomaly identifications, observed or rotated to their conjugate ridge flanks, are based on the difference between gridded age and observed age. The uncertainties are also a function of the distance of a given grid cell to the nearest age observation and the proximity to fracture zones or other age discontinuities. Asymmetries in crustal accretion appear to be frequently related to asthenospheric flow from mantle plumes to spreading ridges, resulting in ridge jumps toward hot spots. We also use the new age grid to compute global residual basement depth grids from the difference between observed oceanic basement depth and predicted depth using three alternative age-depth relationships. The new set of grids helps to investigate prominent negative depth anomalies, which may be alternatively related to subducted slab material descending in the mantle or to asthenospheric flow. A combination of our digital grids and the associated relative and absolute plate motion model with seismic tomography and mantle convection model outputs represents a valuable set of tools to investigate geodynamic problems.
Geochemistry Geophysics Geosystems - G3 (1525-2027) (American Geophysical Union), 2008-04 , Vol. 9 , P. NIL_18-NIL_36

Droits : 2008 American Geophysical Union
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-3900.pdf
DOI:10.1029/2007GC001743
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3900/

Éditeur(s) : HAL CCSD Oxford University Press (OUP)
Résumé : International audience
Our knowledge and understanding of the 3-D lithospheric structure of the Himalayas and the Tibetan Plateau is still challenging although numerous geophysical studies have been performed in the region. The GOCE satellite mission has the ambitious goal of mapping Earth's gravity field with unprecedented precision (i.e. an accuracy of 1-2 mGal for a spatial resolution of 100 km) to observe the lithosphere and upper-mantle structure. Consequently, it gives new insights in the lithospheric structure beneath the Himalayas and the Tibetan Plateau. Indeed, the GOCE gravity data now allow us to develop a new strategy for joint gravimetry-seismology inversion. Combined with teleseismic data over a large region in a joint inversion scheme, they will lead to lithospheric velocity-density models constrained in two complementary ways. We apply this joint inversion scheme to the Hi-CLIMB (Himalayan-Tibetan Continental Lithosphere during Mountain Building) seismological network which was deployed in South Tibet and the Himalayas for a 3-yr period. The large size of the network, the high quality of the seismological data and the new GOCE gravity data set allow us to image the entire lithosphere of this active area in an innovative way. We image 3-D low velocity and density structures in the middle crust that fit the location of discontinuous low S-velocity zones revealed by receiver functions in previous geophysical studies. In the deeper parts of our velocity model we image a positive anomaly interpreted to be the heterogenous Indian lithosphere vertically descending beneath the centre of the Tibetan Plateau.
ISSN: 0956-540X

hal-00858024
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00858024
DOI : 10.1093/gji/ggs110

Éditeur(s) : HAL CCSD Taylor & Francis (Routledge)
Résumé : International audience
The Maroni basin, an isolated region delineating the border between Suriname and French Guiana has been affected by the human immunodeficiency virus (HIV) epidemic 10 years after coastal French Guiana. However, the rise in HIV prevalence was sharp, exceeding 1% within 10 years. The aim of the present study is to compare, using the first quantitative data from the general population in remote villages, the knowledge, attitudes, and behaviors regarding HIV between Maroon and Amerindian populations, the two most frequent populations living along the Maroni. Data were collected in 2012 using a structured questionnaire among a random sample of 896 individuals residing in the remote villages on the Maroni river. Proportions were compared between the Maroni and the coastal general population, and between Maroon and Amerindian populations. The present study shows significant differences between territories and between communities living on the Maroni river: the multiple sexual partnerships, more common among population living on the Maroni river, were more frequently reported in Maroons than in Amerindians. Condom use was more frequently reported among men on the Maroni river than on the coast, but these findings were reversed for women. Moreover, among people living on the Maroni river, condom use was more frequently reported among Maroons than among Amerindians. Regarding genital factors that may affect transmission, penile implant seemed to have no ethnic boundaries, steam baths seemed specific to Maroon women. The present results should help to improve community-based specific interventions.
ISSN: 0954-0121

hal-01260915
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01260915
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01260915/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01260915/file/2015%2C%20Van%20Melle%20-%20Knowledge%2C%20attitudes%2C%20behaviors%2C%20and%20practices%20differences%20regarding%20HIV.pdf
DOI : 10.1080/09540121.2015.1032203

Résumé : Selective breeding of shrimp for viral resistance is established for species like L. vannamei and L. stylirostris. However, selection for bacterial infection resistance is not documented. In New Caledonia, "Syndrome 93" is a vibriosis that affects cultured shrimps during the cool season with survival from 15 to 30%. Current practises for breeders rearing at low densities do not improve the resistance of the offsprings mainly because selection pressures for "Syndrome 93" are low. Even after the fifth generation, survival improvement is not significant.
La sélection génétique de lignées de crevettes résistantes à certains virus a démontré son efficacité en particulier chez L. vannamei et L. stylirostris. En revanche, la sélection de crevettes résistantes à une bactérie du genre Vibrio est peu documentée. En Nouvelle-Calédonie, le « Syndrome 93 », vibriose à V. penaeicida, affecte toutes les fermes de crevettes L. stylirostris lors des élevages de saison fraîche. Les survies en bassins de grossissement, de l’ordre de 40 à 60% dans un élevage sain, tombent à des valeurs de 15 à 30%. L’élevage de géniteurs à faible densité, s’il maximise les performances de reproduction, ne semble pas optimiser la qualité de la descendance du fait des faibles pressions de sélection qui s’exercent vis-à-vis du syndrome 93. Les améliorations significatives du nombre d’animaux survivant aux infections et aux épisodes de mortalité en bassin restent faibles en valeur absolue à la 5ème génération de sélection expérimentale en conditions d’élevage, mais sur le long terme la stratégie testée pourrait se révéler économiquement efficace.

Droits : 2005 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22848/20658.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22848/

Éditeur(s) : Ieee-inst Electrical Electronics Engineers Inc
Résumé : We validate Soil Moisture and Ocean Salinity (SMOS) sea surface salinity (SSS) retrieved during August 2010 from the European Space Agency SMOS processing. Biases appear close to land and ice and between ascending and descending orbits; they are linked to image reconstruction issues and instrument calibration and remain under study. We validate the SMOS SSS in conditions where these biases appear to be small. We compare SMOS and ARGO SSS over four regions far from land and ice using only ascending orbits. Four modelings of the impact of the wind on the sea surface emissivity have been tested. Results suggest that the L-band brightness temperature is not linearly related to the wind speed at high winds as expected in the presence of emissive foam, but that the foam effect is less than previously modeled. Given the large noise on individual SMOS measurements, a precision suitable for oceanographic studies can only be achieved after averaging SMOS SSS. Over selected regions and after mean bias removal, the precision on SSS retrieved from ascending orbits and averaged over 100 km $times$ 100 km and 10 days is between 0.3 and 0.5 pss far from land and sea ice borders. These results have been obtained with forward models not fitted to satellite L-band measurements, and image reconstruction and instrument calibration are expected to improve. Hence, we anticipate that deducing, from SMOS measurements, SSS maps at 200 km $times$ 200 km, 10 days resolution with an accuracy of 0.2 pss at a global scale is not out of reach.
Ieee Transactions On Geoscience And Remote Sensing (0196-2892) (Ieee-inst Electrical Electronics Engineers Inc), 2012-05 , Vol. 50 , N. 5 , P. 1662-1675

Droits : 2012 IEEE
http://archimer.ifremer.fr/doc/00074/18557/16108.pdf
DOI:10.1109/TGRS.2012.2184546
http://archimer.ifremer.fr/doc/00074/18557/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The main objective of this thesis was to study the influence of Guianan terra firme rainforests types on medium- and large-sized vertebrates community organization. First, we choose a model species which permitted to develop an appropriate abundance estimation method which take into account the imperfect detection and temporary immigration of mobile species, and to test environmental conditions effects at different spatial scales of analysis. Second, given that bias due to animal detection can be important in the abundance estimation, we determinated the relative role of environmental conditions and species biological traits on detection probability. From this methodological framework, we studied then processes of community organization, by identifying the main determinants involved in community organization, using composition and alpha and beta diversities, and, in a complementary manner, three metrics (taxonomic, functional, and phylogenetic). We sought from these general framework to determinate the relative role of environmental conditions and historical contingency, responsible for the current community organization, and to test the forest refugia hypothesis. Finally, we downscaled the analysis to determinate, and tried to disentangle the effects of environmental conditions and interspecific interactions on species co-occurrence. We used then functional traits to test the relationship between species co-occurrence and similarities.This thesis highlights the important role of historical contingency and facilitation in the structure of regional diversity and the local assembly processes of medium- and large-sized vertebrates, respectively, in French Guiana.
Cette thèse a pour but d’étudier l'influence de l'hétérogénéité des forêts de terre ferme en Guyane sur l'organisation des communautés de moyens et grands vertébrés. Nous avons, d'abord, choisi une espèce modèle afin de déterminer une méthode adéquate d'estimation d'abondance prenant en compte la détection imparfaite et l'immigration temporaire des espèces, et de tester l'effet des conditions environnementales à différentes échelles d'analyse. Puis, partant du constat que les biais dus à la détection dans l'estimation d'abondance pouvaient être importants, nous avons déterminé l'importance relative des conditions environnementales et des traits biologiques des espèces sur la probabilité de détection. A partir de ce cadre d'étude, nous avons étudié la composition et les diversités alpha et beta en utilisant de façon complémentaire les métriques taxonomique, fonctionnelle, et phylogénétique pour déterminer le rôle relatif de l'environnement et de la contingence historique dans l'organisation des communautés, et de tester l’hypothèse des refuges forestiers. Enfin, en descendant dans l'échelle d'analyse, nous avons tenté de démêler l'effet de l'environnement et des interactions interspécifiques sur la cooccurrence des espèces, et utilisé les traits fonctionnels des espèces pour tester le lien entre cooccurrence et similitude fonctionnelle. Cette thèse met en avant les rôles prépondérants de la contingence historique et de la facilitation dans, respectivement, la structuration de la diversité régionale et les processus d’assemblages locaux des communautés de moyens et grands vertébrés en Guyane.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779

NNT : 2017YANE0004
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