Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : In the tropical rainforest of Amazonia, the factors driving the evolution of tree species remain poorly understood, and the relative influence of neutral and adaptive processes is continuously debated. In particular, local habitat patchiness draws much attention, as profound changes in the structure and composition of forest communities occur among micro-habitats. Thus, micro-environmental variations related to topography have frequently been invoked as drivers of adaptive radiation leading to sympatric speciation in Neotropical trees. On one hand, the hypothesis of local adaptation has never been investigated at the intra-specific level, i.e. within species currently undergoing population differentiation; on the other hand, many tree species are genetically structured over local scales due to neutral processes, mainly limited gene flow (caused by restricted pollen and seed dispersal). In this study, I used populations of a common tree species of the Guiana Shield - Eperua falcata (Fabaceae) - to study how neutral and adaptive processes shape the distribution of genetic diversity across forest landscapes characterized by local micro-habitat patchiness. I asked three main questions by combining both phenotypic (quantitative genetics) and molecular (population genetics) approaches: 1) How is the genetic diversity structured in forest landscapes of French Guiana? 2) Which evolutionary drivers are relevant to explain the structure of genetic diversity at local scale? 3) Does local adaptation contribute to structure genetic diversity within continuous populations?
En forêt tropicale humide Amazonienne, les facteurs gouvernant l'évolution des espèces d'arbres restent peu connus et continuellement débattus. En particulier, les micro-variations environnementales attirent beaucoup d'attention car elles induisent de profondes modifications de structure et composition des communautés. Les variations micro-environnementales associées à la topographie ont couramment été évoquées comme facteur de radiations adaptatives chez les espèces d'arbres. Cependant, l'hypothèse de l'adaptation locale n'a jamais été testée au niveau intra-spécifique chez les arbres de forêt amazonienne alors que l'on sait que la diversité génétique des arbres tropicaux est couramment structurée à faibles échelles spatiales par des processus neutres (en particulier du fait de restrictions de flux de gènes). Dans cette étude, j'ai étudié le processus de différentiation génétique d'une espèce d'arbre (Eperua falcata, Fabaceae) dans les paysages forestiers de Guyane française grâce à la combinaison d'une approche phénotypique (génétique quantitative) et d'une approche moléculaire (génétique des populations). Je me suis attachée à répondre à trois questions principales : 1) Comment se distribue la diversité génétique dans les paysages forestiers de Guyane française ? 2) Quelles forces évolutives sont impliquées dans le processus de différentiation génétique à faible échelle spatiale ? 3) Est-ce que le processus d'adaptation locale contribue à structurer la diversité génétique à faible échelle spatiale ?
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318

NNT : 2013LORR0188
tel-00967318
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Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : Plant germination and development depend upon a seed's successful dispersal into a suitable habitat and its ability to grow and survive within the surrounding biotic and abiotic environment. The seeds of Aechmea mertensii, a tank-bromeliad species, are dispersed by either Camponotus femoratus or Neoponera goeldii, two ant species that initiate ant gardens (AGs). These two mutualistic ant species influence the vegetative and reproductive traits of the bromeliad through their divergent ecological preferences (i.e. light and substrate). We hypothesised that the seeds dispersed by these two ant species have underlying genetic differences affecting germination, growth and survival of A.mertensii seedlings in different ways. To test this, we used an experimental approach consisting of sowing seeds of A.mertensii: (i) taken from the two AG-ant associations (i.e. seed origin), (ii) in two contrasting light conditions, and (iii) on three different substrates. Light and substrate had significant effects on germination, survival and on eight key leaf traits reflecting plant performance. Seed origin had a significant effect only on germination and on two leaf traits (total dry mass and relative growth rate). Overall, this bromeliad performs better (i.e. high growth and survival rates) when growing both in the shade and in the carton nest developed by C.femoratus ants. These results suggest that the plasticity of the tank bromeliad A.mertensii is mainly due to environment but also to genetic differences related to seed origin, as some traits are heritable. Thus, these two ant species may play contrasting roles in shaping plant evolution and speciation.
ISSN: 1435-8603

hal-01606565
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DOI : 10.1111/plb.12452
PRODINRA : 407514

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
La télédétection aérienne et spatiale a été, dès ses origines, un outil irremplaçable pour l'étude et la gestion des milieux forestiers. Pourtant, les méthodes d'exploitation des images, souvent conçues pour des forêts tempérées ou boréales, sont partiellement mises en échec par l'hétérogénéité de la forêt tropicale humide, la mangrove étant un cas beaucoup plus favorable en raison de son homogénéité. Ayant précisé l'apport des principaux capteurs et constaté les limites des possibilités de modélisation radiométrique, nous passons en revue les méthodes empiriques ou plus rigoureuses qui font actuellement l'objet de recherches.
ISSN: 0035-2829

hal-01032113
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032113

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
Le Groupement d'Intérêt scientifique (GIS) Silvolab-Guyane coordonne, depuis 1992, les actions de recherche ou de développement sur la forêt tropicale en Guyane, à partir d'orientations scientifiques cadrées et sur financements publics. Les programmes sont exécutés par les chercheurs des organismes membres du GIS, éventuellement en partenariat avec des laboratoires métropolitains ou des instituts étrangers. L'objectif est d'enrichir les connaissances sur la description, la dynamique et l'évolution des écosystèmes pour mieux protéger, gérer ou valoriser la forêt en tant que ressource naturelle. Outre la réalisation conjointe de projets ciblés sur une problématique particulière, la mise en commun d'équipements transversaux tels les laboratoires, l'herbier de Cayenne, le centre de documentation de Kourou, mais aussi et surtout les stations de terrain et les dispositifs expérimentaux, sont des atouts majeurs du GIS.
ISSN: 0035-2829

hal-01032106
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Guide
La mise en place de la gestion forestière en Guyane est très récente: ce n’est qu’à partir de 1990 et de la prise de conscience consécutive à la conférence de Rio qu’une véritable politique de gestion et de valorisation de la forêt guyanaise est entreprise par l’ONF sous la commande de l’Etat. Depuis ses débuts, cet effort porté par les gestionnaires forestiers publics a été accompagné par toute la communauté scientifique guyanaise sous l’égide d’un groupement d’intérêt scientifique focalisé sur le milieu forestier : le GIS SILVOLAB, aujourd’hui élargi aux autres disciplines sous le nom d’IRISTA. Les développements méthodologiques réalisés depuis 1994 avec la communauté scientifique ont déjà permis la rédaction d’un guide pratique d’aménagement spécifique à la Guyane (ONF mars 2009). Après plus de 20 ans de recherche (ce qui à l’échelle du pas de temps forestier est très peu), il demeure un manque de connaissances sur le fonctionnement de la forêt dense tropicale humide et plus particulièrement sur les effets du milieu sur la distribution des espèces et la dynamique du peuplement. En attendant que la recherche apporte des réponses aux questions qui restent posées, ce sont aujourd’hui les connaissances acquises en écologie des communautés et des populations avec nos partenaires de l’UMR Ecofog (regroupement d’AgroParisTech, de l’INRA, du CIRAD, du CNRS et l’Université des Antilles et de la Guyane) qui permettent la rédaction de ce premier guide sylvicole applicable aux forêts guyanaises. Le programme BGF «Biodiversité et Gestion Forestière» financé par le Ministère chargé de l’Environnement sur l’appel à projet ECOFOR (2006) a particulièrement contribué à la réflexion engagée pour ce document, de même que les travaux de fonds engagés depuis de nombreuses années par le CIRAD sur le site de Paracou et par l’ONF sur les forêts pilotes de Risquetout et d’Organabo (réseau de placettes permanentes GUYAFOR). Le programme DYGEPOP, financé plus récemment par l’Union Européenne (PO-FEDER) a permis de compléter et synthétiser ces résultats pour aboutir à la rédaction de ce guide. Le présent guide de sylviculture a pour objectif de synthétiser l’ensemble des connaissances scientifiques acquises au cours de ces dernières années concernant l’écologie des forêts guyanaises et leurs applications en termes de règles sylvicoles. Le guide s’accompagne d’annexes donnant des descriptifs précis des dispositifs scientifiques dont sont tirés ces résultats, ainsi qu’une revue bibliographique exhaustive des études exploitées pour asseoir ces premières bases sylvicoles qui restent évidemment largement améliorables. En complément de ce guide, sera rédigée, une note d’application régionale qui constituera une déclinaison opérationnelle des actions à mettre en œuvre qui viendra compléter ou modifier les différents processus. Nous tenons à préciser ici que ce document ne concerne que la sylviculture pour le bois d’œuvre. L’exploitation de bois énergie constitue en soi un changement d’objectif qui amène des préconisations différentes notamment dans le choix des tiges et dans le niveau de prélèvements et fera l’objet en temps et en heure d’un document spécifique.
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01503730

hal-01503730
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01503730

Éditeur(s) : HAL CCSD Montpellier : CIRAD
Résumé :  
Un trait marquant des forets tropicales est leur importante diversité spécifique. Cette caractéristique est souvent un obstacle à la compréhension du fonctionnement des écosystèmes concernés. Simplifier la diversité spécifique en définissant des groupes d'espèces d'arbres qui jouent le même rôle dans différents aspects du fonctionnement des forêts constitue donc une étape fondamentale pour améliorer nos connaissances. Il s'agit d'une problématique pluridisciplinaire, qui s'est largement développée ces dernières années. Afin d'établir un état de l'art et de renforcer les collaborations entre différents acteurs européens, l'ECTF (Edinburgh Centre for Tropical Forests1) et le Cirad-forêt ont organisé conjointement cet atelier séminaire, financé en partie par l'Union européenne. Il s'est déroulé du 10 au 13 décembre 2001, à Édimbourg, et a regroupé 43 chercheurs pour la plupart originaires des pays de l'Union (neuf pays représentés).
ISSN: 0006-579X

hal-01032190
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032190

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The main objective of this thesis was to study the influence of Guianan terra firme rainforests types on medium- and large-sized vertebrates community organization. First, we choose a model species which permitted to develop an appropriate abundance estimation method which take into account the imperfect detection and temporary immigration of mobile species, and to test environmental conditions effects at different spatial scales of analysis. Second, given that bias due to animal detection can be important in the abundance estimation, we determinated the relative role of environmental conditions and species biological traits on detection probability. From this methodological framework, we studied then processes of community organization, by identifying the main determinants involved in community organization, using composition and alpha and beta diversities, and, in a complementary manner, three metrics (taxonomic, functional, and phylogenetic). We sought from these general framework to determinate the relative role of environmental conditions and historical contingency, responsible for the current community organization, and to test the forest refugia hypothesis. Finally, we downscaled the analysis to determinate, and tried to disentangle the effects of environmental conditions and interspecific interactions on species co-occurrence. We used then functional traits to test the relationship between species co-occurrence and similarities.This thesis highlights the important role of historical contingency and facilitation in the structure of regional diversity and the local assembly processes of medium- and large-sized vertebrates, respectively, in French Guiana.
Cette thèse a pour but d’étudier l'influence de l'hétérogénéité des forêts de terre ferme en Guyane sur l'organisation des communautés de moyens et grands vertébrés. Nous avons, d'abord, choisi une espèce modèle afin de déterminer une méthode adéquate d'estimation d'abondance prenant en compte la détection imparfaite et l'immigration temporaire des espèces, et de tester l'effet des conditions environnementales à différentes échelles d'analyse. Puis, partant du constat que les biais dus à la détection dans l'estimation d'abondance pouvaient être importants, nous avons déterminé l'importance relative des conditions environnementales et des traits biologiques des espèces sur la probabilité de détection. A partir de ce cadre d'étude, nous avons étudié la composition et les diversités alpha et beta en utilisant de façon complémentaire les métriques taxonomique, fonctionnelle, et phylogénétique pour déterminer le rôle relatif de l'environnement et de la contingence historique dans l'organisation des communautés, et de tester l’hypothèse des refuges forestiers. Enfin, en descendant dans l'échelle d'analyse, nous avons tenté de démêler l'effet de l'environnement et des interactions interspécifiques sur la cooccurrence des espèces, et utilisé les traits fonctionnels des espèces pour tester le lien entre cooccurrence et similitude fonctionnelle. Cette thèse met en avant les rôles prépondérants de la contingence historique et de la facilitation dans, respectivement, la structuration de la diversité régionale et les processus d’assemblages locaux des communautés de moyens et grands vertébrés en Guyane.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779

NNT : 2017YANE0004
tel-01537779
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779/file/these_thomas_denis.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
La forte diversité d'espèces arborescentes observées en forêts tropicales représente à la fois une source permanente de questionnements scientifiques et une contrainte forte pour améliorer les connaissances du fonctionnement de l'écosystème forestier. Les hypothèses avancées pour expliquer le maintien de cette diversité sont légion. Elles s'opposent sur la nature déterministe ou stochastique des mécanismes maintenant cette forte diversité. En pratique et pour mieux aborder les problèmes posés, cette diversité peut être simplifiée en regroupant les espèces présentant des similitudes dans leur comportement écologique. L'article présente quelques-unes des théories du maintien de la diversité et une synthèse des approches utilisées pour regrouper les espèces en illustrant chacun de ces thèmes par des travaux réalisés en Guyane.
ISSN: 0035-2829

hal-01032095
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Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
La conservation des ressources génétiques forestières garantit le maintien d'une diversité élevée, donc l'adaptation des espèces forestières tropicales aux conditions écologiques actuelles et futures. Elle nécessite d'élaborer des stratégies appropriées à l'aménagement des forêts et, pour cela, d'appréhender tout d'abord le niveau et la structure de la diversité génétique, de comprendre et prévoir ensuite sa dynamique. C'est dans cet esprit qu'une collaboration a été entreprise entre la Guyane française et le Brésil, malgré les différences existant entre les deux systèmes de gestion. À partir de résultats sur les parcelles expérimentales de Paracou (Guyane) et Tapajós (Brésil), un ensemble intégré d'outils a été élaboré, allant d'une base de données et d'utilitaires cartographiques jusqu'à un modèle de simulation de la dynamique des structures génétiques et à un logiciel de gestion.
ISSN: 0035-2829

hal-01032246
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032246

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
La régénération naturelle comprend l'ensemble des processus biologiques et écologiques qui permettent aux peuplements de se renouveler. L'article s'attache à décrire synthétiquement l'ensemble des facteurs et des paramètres auxquels sont soumis les végétaux arborés lorsqu'il y a reproduction par voie sexuée. Les stades de la germination, de la plantule, de la jeune tige sont ainsi successivement décrits et les caractéristiques principales du contexte écologique dans lequel ils se déroulent, la forêt tropicale humide, sont mises en relief.
ISSN: 0035-2829

hal-01032116
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032116

Éditeur(s) : HAL CCSD CNRS Le Cherche Midi
Résumé : National audience
Écologie tropicale : de l'ombre à la lumière

ISBN : 978-2-7491-4075-9
hal-01304342
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01304342