Éditeur(s) : Montpellier 1
Résumé : Understanding bioaccumulation mechanisms of persistent organic pollutants (POPs) is a major issue for environmental risk assessment. In this work, polychlorinated biphenyls (PCBs), a model contaminant family, has been studied in the European hake (Merluccius merluccius), a high trophic level species from the Gulf of Lions. High concentrations of PCBs were measured in hake from this area compared to those encountered in the population of the Bay of Biscay. PCB biomagnification was highlighted along its food web from marine phytoplankton, suggesting a strong influence of diet on contamination levels. The role of other biological processes was also apprehended in order to understand the high variability of observed levels. Thus, growth, sex, and also the degree of sexual maturity appear as major factors explaining the measured concentrations in fish. A PCB bioaccumulation model in the hake, based on the Dynamic Energy Budget theory (DEB), was developed. This approach is based on a bioenergetic model, reproducing the main physiological functions of an organism (feeding, growth and reproduction), coupled with a kinetic model of contaminants. The growth and evolution of contamination levels of several PCB congeners during the life of male and female hakes is satisfactorily simulated, both in the Gulf of Lions and in the Bay of Biscay, validating the processes taken into account. This combined modelling approach appears well adapted to study the fate of contaminants in fish, and paves the way for a realistic understanding of their effects on major biological functions of fish.
La compréhension des mécanismes de bioaccumulation des contaminants organiques persistants (POP) est un enjeu majeur pour l'évaluation des risques environnementaux. Lors de ce travail, le devenir d'une famille de contaminants modèles, les polychlorobiphényles (PCB), a été étudié chez une espèce de rang trophique élevé du golfe du Lion, le merlu Européen (Merluccius merluccius). Des concentrations élevées en PCB ont été mesurées dans les merlus de ce secteur en comparaison à celles rencontrées dans la population du golfe de Gascogne. La mise en évidence d'une bioamplification des PCB le long de son réseau trophique, depuis le phytoplancton marin, suggère une influence importante de l'alimentation sur les niveaux de contamination. Le rôle d'autres processus biologiques a également été appréhendé afin de comprendre la forte variabilité des niveaux observés. Ainsi, la croissance, le sexe, mais également le degré de maturité sexuel apparaissent comme des facteurs explicatifs majeurs des concentrations en PCB mesurées dans les poissons. Un modèle de bioaccumulation des PCB chez le merlu, basé sur la théorie de Budget d'Energie Dynamique (DEB), a été développé. Il s'agit d'une approche basée sur le couplage d'un modèle bioénergétique, reproduisant les principales fonctions physiologiques de l'organisme (nutrition, croissance et reproduction), avec un modèle de cinétique des contaminants. La croissance et l'évolution des niveaux de contamination de plusieurs congénères de PCB au cours de la vie des merlus mâles et femelles est simulée de manière satisfaisante, tant dans le golfe de Gascogne que dans le golfe du Lion, validant ainsi les processus pris en compte. Cette approche combinée de modélisation apparaît tout à fait adaptée à l'étude du devenir des contaminants chez les poissons, et ouvre la voie à une compréhension réaliste de leurs effets sur les grandes fonctions biologiques de ces organismes.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-6490.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6490/

Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : Multiples sont les composantes de l'espace géographique des Caraïbes, (ilots, ilets, iles, archipels, continentale, isthmique), surmultipliées sont les questions, quand est abordé le développement de productions alimentaires ou non- alimentaires à base des ressources locales. Car ces dernières sont très diverses en termes de typologie d'organes, de propriétés d'intérêt à préserver, de disponibilité dans des espaces cultivés ou non, à des strates très variables du couvert végétal ou du sous-sol. Leur valorisation optimale est soumise à la prise en compte du temps en termes de moment et de délais i. e. stade physiologique optimale de récolte et/ou délais de manipulation courts à respecter du fait d'une évolution rapide sous climat tropical chaud et humide. C'est pourquoi, les compétences à intégrer les diverses dimensions de l'objet biologique d'intérêt, de la ressource, sont primordiales aux outils-types proposés par les fournisseurs de technologie. Il est déterminant de façonner des équipements ad hoc, en négociant près des fournisseurs de manière ferme et pointue des besoins et des fonctions. Autrement on prend le risque de recevoir des moyens faits pour un autre monde. Dans une présentation à plusieurs voix nous allons vous faire partager des succès stories, d'opérations ou de transferts de technologie impliquant la mise en ?uvre de plates formes technologiques, obtenues dans des conditions différentes. L'objectif est de mettre en évidence combien il est aussi opportun de maîtriser la phase d'étude de plateforme pilote du processus de développement, d'innovation, pour provoquer le succès.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16244
V16244

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The presence of biological matter (biofilms) in deep geological sites for storage of, for instance, toxic elements or groundwater in aquifers was clearly proved. That biomass triggers physical and chemical processes which greatly modify the durability and the sustainability of the sites. These processes, mainly from oxidative/reductive reactions, are poorly understood. This is mainly due to the fact that former studies were done at the macroscopic level far away from the micrometric scale where relevant processes induced by bacteria take place. Investigations at microscopic level are needed. Thus, we developed an experimental set-up based on the combined use of optical microscopy (transmission), atomic force microscopy (AFM) and electrical and electro-chemical AFM microscopy (EC_AFM) in order to get simultaneous information on topographic and electro-chemical processes. The first highly sensitive step was to use AFM with biological samples in liquid environment: wepresent here a study about AFM imaging of living, moving or self-immobilized bacteria, in their genuine physiological liquid medium and in true in vivo conditions. No external immobilization protocol, neither chemical nor mechanical was needed. For the first time, the native gliding movements of Gram negative Nostoc cyanobacteria upon the surface were studied by AFM. AFM height and mechanical stiffness data were simultaneously acquired. From these, mechanical parameters, inner turgor pressure and Young modulus, were derived for different bacterial species (Anabaenopsis circularis, Rhodococcus wratislaviensis). Our study revealed that AFM imaging is thus possible on moving living species. These results open a large window on new studies of both dynamical phenomena of practical and fundamental interests such as the formation of biofilms and dynamic properties of bacteria in real physiological conditions. The second delicate step was to combine AFM and optical measurements with electrical ones. We mounted a new experimental set-up coupling real-time (i) monitoring of optical properties as the optical density (OD) evolution related to bulk bacterial growth in liquid or as the counting of number of bacteria adhering on the surface of the sample as well and (ii) electrical and electrochemical measurements. Furthermore, these results will shortly be applied to the optimized monitoring of the in-situ activity of bacteria consuming oil pollutants, following this way, in real-time, the bioremediation of an oilcontaminated soil (ANR ECOTECH_BIOPHY program).
La présence de matière biologique (biofilms) dans les sites de stockage géologique profond, d'éléments toxiques ou encore de l'eau potable des aquifères est maintenant clairement démontrée. Cette biomasse est à l'origine de processus physiques et chimiques qui modifient considérablement la durabilité et la pérennité des sites concernés. Ces processus, principalement de type oxydo-réductif, sont encore mal compris. Ceci est principalement dû aux méthodes d'investigation, principalement macroscopiques, loin de l'échelle micrométrique caractéristique des bactéries. Seules des études, basées sur des méthodes d'investigation locale, peuvent apporter les informations requises. Ainsi, nous avons développé un dispositif expérimental basé sur l'utilisation combinée de la microscopie optique (en transmission), la microscopie à force atomique (AFM) et la microscopie AFM en mode électrique et électrochimique (EC_AFM) afin d'obtenir des informations simultanées sur la topographie de l'échantillon et sur les processus électrochimiques à l'échelle des bactéries. La première étape sensible consistait à utiliser l'AFM sur des échantillons biologiques en milieu liquide: nous présentons ici les résultats de l'imagerie AFM en milieu liquide de plusieurs types de bactéries dans leurs conditions physiologiques naturelles (conditions in vivo). Aucun protocole d'immobilisation, ni chimique ni mécanique, n'a été nécessaire; et pour la première fois, les mouvements de reptation de cyanobactéries Nostoc ont été étudiés par l'AFM. Les études AFM ont permis d'acquérir des données topographiques mais aussi mécaniques : nous avons pu ainsi mesurer le module d'Young, la pression de turgescence de différentes souches bactériennes (Anabaenopsis circularis, Rhodococcus wratislaviensis). Cette étude complète, a révélé que l'imagerie AFM est donc possible sur des espèces vivantes en mouvement. Ces résultats ouvrent une grande fenêtre sur de nouvelles études d'intérêts tels que la formation de biofilms et les propriétés dynamiques de bactéries dans des conditions physiologiques réelles. La deuxième étape délicate était de combiner l'AFM aux mesures optiques et électriques. Nous avons développé un nouveau dispositif expérimental permettant (i) le suivi de l'évolution de la croissance bactérienne par la mesure des propriétés optiques comme la densité optique DO (pour le développement bactérien en volume - milieu planctonique) , ou l'analyse de l'image du substrat par comptage du nombre de bactéries sur la surface de l'échantillon (biofilm), et (ii) les mesures électriques et électrochimiques. L'ensemble de ces résultats sera prochainement appliqué au développement de nouveaux outils de surveillance d'une biodépollution de terrain contaminé par les hydrocarbures, par le suivi in situ et en temps réel de l'activité de bactéries dépolluantes (ECOTECH_BIOPHY ANR).
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Éditeur(s) : Ecole nationale supérieure agronomique de Rennes
Résumé : Describe and gain understanding on fluctuations in animal population over time and space is a central goal of population ecology. This is also crucial to ensure the sustainable management of exploited resources, particularly those with complex population dynamics such as the bluefin tuna. The goal of this work is to collect bluefin tuna catches from the ancestral Mediterranean and Atlantic trap fisheries to (i) characterise long-term fluctuations in bluefin tuna population migrating in the Mediterranean, (ii) analyse their causes et (iii) assess their implications for fisheries management. The bluefin tuna main biological and ecological characteristics are first detailed. Then, the first part presents the trap fishery, and the process of collect and validation of the historical catches. This leads to develop a data base of 54 time-series more than 20 years long, the longest ones spanning about four centuries. Mean historical catches were around 15 000 tons/year ([7 000;25 000]). Time-series are analysed in a second part. Temporal variability of trap catches may be decomposed in three components: 100-year-long periodic fluctuations, 20-year cycles and inter-annual variations. These medium- to long-term fluctuations, representing more than 50% of the variability in the time-series, were synchronous all around the western Mediterranean and adjacent North Atlantic. In contrast, short-term variability was synchronous at a local scale only. It is argued that long-term fluctuations in trap catches could be considered as a proxy for those in abundance, and a synthetic time-series is computed to depict them. Biological and ecological processes that could cause such long-term fluctuations are discussed in a third part. We tested whether long-term fluctuations in Atlantic bluefin tuna might be related to large-scale environmental changes, using long time-series of the North Atlantic Oscillation (NAO), the Length of the Day index (LOD, a proxy of the atmospheric circulation index ACI) and the temperature. Spectral analyses of trap catches, LOD and temperature displayed similar spectra with peak at low frequency, whereas those of the NAO exhibited a broad band spectrum. Regression analyses and tests of correlation did not reveal any clear relationship between trap catches on the one hand and NAO and LOD on the other hand. In contrast, long-term fluctuations in trap catches appear to be negatively and significantly related to long-term trends in temperature. Underlying processes that could explain such a relationship are discussed, with special focus on changes in migration patterns. Finally, implications of such fluctuations in term of fisheries management are discussed in a fourth part. A simulation framework, in which a simulated population dynamics model is coupled with a VPA, is built to test the pertinence of the diagnostic of stock assessment according to different scenarios on fluctuations origins and population status. In the hypothesis of fluctuations linked to variations in the recruitment, VPA appears able to reconstruct the fluctuations but the predictions may be biased if natural fluctuations are not taking into account. In the hypothesis of fluctuations linked to changes in migration pattern, VPA is not able to reconstruct the population dynamics. In a precautionary approach, quotas which follow may be unsuitable in the best case, at worst dangerous if they are defined in comparison with a reference point. The concept of cible reference points, fixe and unique over time, appears not relevant for bluefin tuna; estimate trajectory reference pertinent may prove to be more pertinent.
Décrire et comprendre les fluctuations spatio-temporelles des espèces animales constituent les enjeux majeurs de l'écologie. La question est également cruciale pour réussir la gestion durable des ressources exploitées, en particulier celle du thon rouge, grand pélagique migrateur à la dynamique complexe. L'objectif de ce travail est de collecter les captures historiques de thon rouge par les madragues méditerranéennes et proche atlantiques pour (i) caractériser les fluctuations à long terme de la population migrante en Méditerranée, (ii) étudier leur déterminisme et (iii) évaluer leurs implications en terme de gestion des pêcheries. Après avoir décrit les principales caractéristiques biologiques et écologiques du thon rouge, la première partie présente la pêcherie à la madrague, puis le processus de collecte et de validation des données historiques de captures. Ce dernier conduit à la mise en place d'une base de données de 54 séries de plus de 20 ans, dont les plus longues s'étendent sur près de 4 siècles. Les productions historiques sont estimées à environ 15 000 tonnes/an ([7 000;25 000]). Les séries historiques de captures sont analysées dans la seconde partie. Leur variabilité temporelle peut être décomposée en trois composantes : de larges cycles pseudo-séculaires, des variations périodiques d'une vingtaine d'années et des fluctuations inter-annuelles. Les fluctuations à moyen et long terme, expliquant plus de la moitié de la variance des séries, sont synchrones à l'échelle du bassin méditerranéen occidental et du proche Atlantique. La variabilité inter-annuelle, en revanche, n'est synchrone qu'à une échelle locale. On montre finalement que les fluctuations à long terme des captures peuvent être considérées comme de bons indices des tendances des abondances de la population de thons rouges migrants en Méditerranée. Une série synthétique est construite pour les décrire. Les processus biologiques et écologiques susceptibles d'être à l'origine de ces fluctuations sont discutés dans la troisième partie. L'hypothèse d'un forçage environnemental à grande échelle est testée en utilisant des indices à long terme de l'Oscillation Nord Atlantique (NAO), de la longueur du jour (LOD, un indicateur de l'indice de circulation atmosphérique ACI) et de la température. Les analyses spectrales sur les séries de captures, du LOD et des températures révèlent des spectres similaires, avec un pic sur les basses fréquences, alors que celles sur le NAO conduisent à une large bande spectrale. Les régressions et les tests de corrélations ne montrent aucune relation significative entre les captures par les madragues et le NAO et le LOD. En revanche, les fluctuations à long terme des captures apparaissent significativement et négativement corrélées avec les fluctuations à long terme des températures. Les processus sous-jacents susceptibles d'expliquer une telle relation, en particulier des changements migratoires, sont discutés. Finalement, les implications des fluctuations pour la gestion de la pêcherie sont discutées dans une quatrième partie. Un cadre de simulation, couplant un modèle de dynamique de population à une VPA, est élaboré pour tester la pertinence des diagnostics d'évaluation de stock selon différents scénarios d'origine des fluctuations et d'état de la population. Dans l'hypothèse de fluctuations liées à des variations du recrutement, la VPA apparaît capable de reconstruire les fluctuations mais les prédictions sont biaisées lorsqu'il n'est pas tenu compte des fluctuations naturelles du stock. Dans l'hypothèse de fluctuations liées à des changements migratoires, la VPA est alors incapable de reproduire la dynamique de la population. Dans une approche de précaution, les quotas qui en découlent peuvent se révéler au mieux inappropriés, au pire dangereux s'ils sont définis par rapport à un point de référence. Ce concept de point cible, fixe et unique dans le temps, apparaît inapproprié pour le thon rouge ; estimer des "trajectoires de référence" serait sans doute plus pertinent.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-65.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/65/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Spermatogenesis in mammals is a complex biological function including cellular processes such as proliferation, meiosis and differentiation, aiming to the production of male gametes in the testis. If the seminiferous epithelium is well described in terms of organization and cellular morphology of cells that compose it, the processes by which undifferentiated diploid germ cells enter meiosis and give haploid cells that undergo many morphological transformations, are not fully decrypted. These processes rely on the coordinated and sequential expression of genes, including specific products for each stage of germ cell development These gene products are essential at each key stage of spermatogenesis. Transcriptomics since the 1990s, and proteomics since the 2000s have contributed to the improved. understanding of these mechanisms. A long term proteomic study aiming at characterizing the proteomes of Sertoli cells and germ cells, and a recent study that characterized and quantified the transcriptome of isolated rat testicular cells at high resolution using de novo sequencing of transcripts (RNA-Seq), have been the basis of my thesis work. The latter study showed the accumulation of long non-Coding RNAs (lncRNAs) and testicular unannotated transcripts (TUTs) at meiotic and post-Meiotic stages of spermatogenesis in the rat. In this context, my thesis work aimed at validating the coding potential of many genes expressed in germ cells using RNA-Seq combined with shotgun proteomics, a so-Called PIT (Proteomics Informed by transcriptomics) approach. In this approach, the protein sequences translated from the transcripts assembled by RNA-Seq in the different testicular cell types are integrated into a custom database of protein sequences used to query mass spectrometry data obtained from proteins of meiotic and post-Meiotic cells. The PIT approach showed that 69 TUTs or lncRNA (corresponding to 44 loci) code for proteins in meiotic cells and post meiotic cells, and we confirmed experimentally the meiotic and post-Meiotic expression for two new transcripts encoding for VAMP9, a protein of the SNARE family, and a new testicular enolase T-ENOL. The post-Meiotic expression of T-ENOL protein was confirmed by immunohistochemistry using a polyclonal antibody raised against the recombinant protein. This approach also allowed us to identify new isoforms of known proteins, specific to each stage of spermatogenesis. Germ cells and Sertoli cells maintain a dialogue which is necessary to the success of spermatogenesis and spermiogenesis. Another part of my work aimed at identifying membrane proteins, in germ cells and residual bodies, that may be involved in the dialogue between Sertoli cells and germ cells, using a ICPL relative quantification proteomic approach. The ICPL analysis enabled us to establish a list of 166 proteins whose expression is differential between pachytene spermatocytes, round spermatids and residual bodies. Their differential expression suggests that these proteins may play a role in spermiogenesis. Thanks to the Gene Ontology annotations, a list of 8 proteins with a putative role in signal transduction, cell recognition or differentiation, thus potentially involved in the dialogue between Sertoli and germ cells was drawn. In addition, I provided a first proteome of rat Sertoli cells, germ cells and residual bodies obtained by shotgun proteomics.
La spermatogenèse chez les mammifères est une fonction biologique complexe incluant des processus de prolifération cellulaire, de méiose et de différenciation uniques visant à la production des gamètes mâles au sein du testicule. Si l’épithélium séminifère est bien décrit sur le plan de son organisation et de la morphologie des cellules qui le composent, les processus par lesquels les cellules germinales diploïdes indifférenciées entrent en méiose pour donner ensuite des cellules haploïdes subissant par la suite de nombreuses transformations morphologiques, ne sont pas totalement décryptés. Ils reposent sur l’expression coordonnée et séquentielle de gènes dont les produits spécifiques de chaque stade de développement des cellules germinales sont essentiels aux étapes clés de la spermatogenèse. La transcriptomique depuis les années 1990 et la protéomique depuis les années 2000 ont contribué à l’amélioration de la connaissance de ces mécanismes. Une étude protéomique visant à caractériser par des approches systématiques et différentielles les protéomes des cellules de Sertoli et de la lignée germinale, et d’autre part une étude récente, réalisée dans notre unité, qui a permis de caractériser et de quantifier le transcriptome des cellules testiculaires isolées de rat en utilisant le séquençage de novo des transcrits (RNA-Seq), ont été à la base de mes travaux de thèse. Cette dernière étude a mis en évidence l’accumulation de longs ARNs non codants (lncRNAs) et de transcrits testiculaires non annotés (TUTs) aux stades méiotique et post- méiotique de la spermatogenèse chez le rat. Dans ce contexte, mon travail a consisté à valider le potentiel codant de nombreux gènes exprimés dans les cellules germinales par une approche dite PIT (Proteomics Informed by Transcriptomics) couplant protéomique Shotgun et RNA-Seq. Dans ce type d’approche, les séquences protéiques déduites des transcrits des différents types cellulaires, assemblés par RNA-Seq, sont intégrées dans une base personnalisée de séquences protéiques utilisée pour interroger les données de spectrométrie de masse obtenues à partir de protéines de cellules méiotiques et post-Méiotiques. L’approche PIT a permis de montrer que 69 TUTs ou lncRNA (correspondant à 44 loci) codent pour des protéines dans les cellules méiotiques et post méiotiques. L’expression post-Méiotique de deux nouveaux transcrits, l’un codant pour la protéine VAMP9, une protéine de la famille SNARE, et l’autre pour une nouvelle énolase T-ENOL a pu être confirmée. L’expression post-Méiotique de T-ENOL a été confirmée par immunohistochimie à l’aide d’un anticorps polyclonal produit contre la protéine recombinante. Cette approche nous a également permis d’identifier de nouvelles isoformes de protéines connues spécifiques de chaque stade de la spermatogenèse. Les cellules germinales et les cellules de Sertoli entretiennent le dialogue nécessaire au bon déroulement de la spermatogenèse. Une autre partie de mon travail a consisté à identifier des protéines membranaires des cellules germinales et des corps résiduels, susceptibles d’intervenir dans le dialogue entre les cellules de Sertoli et les cellules germinales, par une approche protéomique de quantification relative ICPL. Cette approche a permis d’établir une liste de 166 protéines différentiellement exprimées entre les spermatocytes pachytène, les spermatides rondes et les corps résiduels, qui sont susceptibles de jouer un rôle dans la spermiogénèse. Grâce aux annotations de le Gene Ontology, j’ai pu établir une liste de 8 protéines ayant un rôle supposé dans la transduction du signal, la reconnaissance cellulaire ou bien la différenciation. Par ailleurs, j’ai pu établir par protéomique Shotgun un premier protéome des cellules de Sertoli, des cellules germinales et des corps résiduels chez le rat.
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Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2014REN1S064
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Résumé : Cette thèse d’habilitation à diriger des recherches décrit un projet en économie des pêches centré sur la question des conditions d’évolution de la rente halieutique, avec une application aux flottilles françaises opérant en Atlantique. La quantification de la rente et l’analyse des processus par laquelle elle évolue, sont un enjeu majeur de recherche dans un domaine où des bénéfices substantiels peuvent être attendus d’une modification des conditions d’accès à des ressources communes et naturelles. La stratégie de recherche est organisée autour de thèmes complémentaires de travail qui concernent l’évaluation économique des usages, l’analyse des comportements des flottilles de pêche et le développement d’approches intégrées en bioéconomie pour l’évaluation de scénarios de gestion des pêcheries. Le corpus théorique mobilisé emprunte principalement à l’économie des ressources renouvelables, à la microéconomie et par certains aspects aux concepts de l’économie institutionnelle. L’accent est porté en particulier sur les outils et les méthodes permettant d’améliorer les connaissances sur les structures et le statut économique de l’exploitation, mais également d’identifier les facteurs clés de la dynamique des flottilles de pêche. La compréhension de ces dynamiques est en effet essentielle pour prévoir les réponses possibles des usages halieutiques à des modifications des conditions économiques, institutionnelles ou environnementales. L’évaluation des effets économiques et biologiques réels de telles modifications en dépend. L’intérêt des évaluations bioéconomiques est également d’illustrer le caractère nécessaire mais non suffisant des mesures de conservation, ainsi que la nécessité de mettre en place des mécanismes incitatifs susceptibles de limiter les coûts sociaux de certaines pratiques. Cette thèse permet en particulier de fournir une première évaluation de rentes à une échelle dépassant la simple pêcherie et d’illustrer le phénomène de capitalisation de ces rentes dans le prix des navires, qui sont devenus des supports de droits de pêche sur le marché de l’occasion. Au-delà des effets redistributifs de l’allocation de ces droits, la dynamique des facteurs de production est elle-même influencée par un contexte de régulation de l’accès aux pêcheries de plus en plus contraignant.

Droits : 2007 Ifremer, UBO
http://archimer.ifremer.fr/doc/00243/35404/33925.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00243/35404/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Les plages sableuses constituent une frontière mobile et poreuse entre l'océan ouvert et la terre. La compréhension de la circulation dans les nappes de plage est importante pour une variété de processus physiques, biologiques et chimiques. On cherche à caractériser in-situ la dynamique souterraine sous la zone de swash. Le site atelier est la plage microtidale de Rousty (Camargue, France). L'étude, réalisée sur 48h les 13 et 14 décembre 2014, fait partie d'une plus grande campagne de mesure visant à caractériser la réponse hydro-morphologique de la plage de Rousty à une saison hivernale. La période présentée ici correspond à la phase de déclin d'une tempête modérée. La stratégie retenue dans le cadre de ce projet a été de déployer un réseau de15 capteurs de pression enterrés sous la zone de swash. Les caractéristiques des vagues incidentes, à la fois au large et dans la zone de surf interne, ont été mesurées conjointement à l'utilisation d'un LiDAR terrestre haute fréquence permettant de suivre la surface libre et l'évolution du lit sableux à haute fréquence sur la zone de swash. L'analyse des données moyennées dans le temps a mis en évidence la présence d'un schéma de circulation relativement robuste sous la zone de swash, qui se décale vers le large en suivant la descente du niveau moyen et la diminution de l'activité des vagues. La tendancedominante est un écoulement vers le large, avec une intensité maximale de l'ordre de 0.1mm/s modulé par des infiltrations et exfiltrations dans les parties hautes et basses de la zone de swash, respectivement. L'analyse haute fréquence à des événements de swash sélectionnés ont mis en évidence uncycle souterrain caractéristique.
XIV èmes Journées Nationales Génie Côtier – Génie Civil
toulon, France

hal-01357778
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Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
La régénération naturelle comprend l'ensemble des processus biologiques et écologiques qui permettent aux peuplements de se renouveler. L'article s'attache à décrire synthétiquement l'ensemble des facteurs et des paramètres auxquels sont soumis les végétaux arborés lorsqu'il y a reproduction par voie sexuée. Les stades de la germination, de la plantule, de la jeune tige sont ainsi successivement décrits et les caractéristiques principales du contexte écologique dans lequel ils se déroulent, la forêt tropicale humide, sont mises en relief.
ISSN: 0035-2829

hal-01032116
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032116

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag/EDP Sciences
Résumé : International audience
The elucidation of relationships between biodiversity and ecosystem processes has been limited by the definition of metrics of biodiversity and their integration into experimental design. Functional trait screening can strengthen the performance of these designs.* We suggest the use of Rao's quadratic entropy to measure both functional diversity and phylogenetic diversity of species mixtures proposed for an experimental design, and demonstrate how they can provide complementary information.* We also present an index assessing the statistical performance of these independent variables in different experimental designs. Measurement of independent variables as continuous vs. discrete variables reduces statistical performance, but improves the model by quantifying species differences masked by group assignments.* To illustrate these advances, we present an example from a tropical forest tree community in which we screened 38 species for nine functional traits. The proposed TropiDEP design is based on the relative orthogonality of two multivariate trait axes defined using principal component analysis.* We propose that independent variables describing functional diversity might be grouped to calculate independent variables describing suites of different traits with potentially different effects on particular ecosystem processes. In other systems these axes may differ from those reported here, yet the methods of analysis integrating functional and phylogenetic diversity into experimental design could be universal.
La compréhension des relations pouvant exister entre biodiversité et fonctionnement des écosystèmes a été longtemps limitée par la définition de méthodes de quantification de la diversité biologique et la mise en œuvre de dispositifs expérimentaux permettant sa mesure. L'identification de syndromes de traits fonctionnels clefs influençant des fonctions écosystémiques particulières peut renforcer la performance de ces dispositifs.* Nous suggérons l'utilisation de l'entropie quadratique de Rao pour mesurer la diversité fonctionnelle et phylogénétique dans des assemblages synthétiques d'espèces, et montrons comment ces mesures de diversité sont complémentaires.* Nous présentons également un indice permettant de tester la performance statistique de ces variables indépendantes dans différents modèles expérimentaux. L'utilisation de variables indépendantes continues plutôt que discrètes réduit la performance statistique mais améliore le modèle en quantifiant les différences fonctionnelles entre espèces; différences généralement masquées lors de leur assignation en groupes fonctionnels.* Pour illustrer ces avancées, nous présentons un exemple d'assemblages synthétiques à partir de 38 espèces d'arbres de forêt tropicale sélectionnées pour 9 traits fonctionnels (TropiDEP). Le plan d'expérience de TropiDEP est basé sur l'orthogonalité relative de deux axes multivariés de traits fonctionnels définis par analyse en composantes principales.* Nous proposons que les variables décrivant la diversité fonctionnelle soient groupées pour calculer des variables indépendantes, divisées en plusieurs axes décrivant des combinaisons de différents traits pouvant influencer des processus différents de l'écosystème (e.g. processus du N et du C). Dans d'autres systèmes, ces axes peuvent différer de ceux présentés ici, mais les méthodes d'analyse peuvent être universelles.
ISSN: 1286-4560

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
hal-00883621
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883621
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883621/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883621/file/hal-00883621.pdf
DOI : 10.1051/forest/2009110

Éditeur(s) : University of Tasmania, Université de Bretagne Occidentale
Résumé : Empirical evidence and the theoretical literature both point to stock sustainability and the protection of marine biodiversity as important fisheries management issues. Decision-support tools are increasingly required to operationalize the ecosystem-based approach to fisheries management. These tools need to integrate (i) ecological and socio-economic drivers of changes in fisheries and ecosystems; (ii) complex dynamics; (iii) deal with various sources of uncertainty; and (iv) incorporate multiple, rather than single objectives. The stochastic co-viability approach addresses the trade-offs associated with balancing ecological, economic and social objectives throughout time, and takes into account the complexity and uncertainty of the dynamic interactions which characterize exploited ecosystems and biodiversity. This thesis proposes an application of this co-viability approach to the sustainable management of mixed fisheries, using two contrasting case studies: the French Bay of Biscay (BoB) demersal mixed fishery and the Australian Northern Prawn Fishery (NPF). Both fisheries entail direct and indirect impacts on mixed species communities while also generating large economic returns. Their sustainability is therefore a major societal concern. A dynamic bio-economic modelling approach is used to capture the key biological and economic processes governing these fisheries, combining age- (BoB) or size- (NPF) structured models of multiple species with recruitment uncertainty, and multiple fleets (BoB) or fishing strategies (NPF). Economic uncertainties relating to input and output prices are also considered. The bioeconomic models are used to investigate how the fisheries can operate within a set of constraints relating to the preservation of Spawning Stock Biomasses (BoB) or Spawning Stock Size Indices (NPF) of a set of key target species, maintenance of the economic profitability of various fleets (BoB) or the fishery as a whole (NPF), and limitation of fishing impacts on the broader biodiversity (NPF), under a range of alternative scenarios and management strategies. Results suggest that under a status quo strategy both fisheries can be considered as biologically sustainable, while socio-economically (and ecologically in the NPF case) at risk. Despite very different management contexts and objectives, viable management strategies suggest a reduction in the number of vessels in both cases. The BoB simulations allow comparison of the trade-offs associated with different allocations of this decrease across fleets. Notably, co-viability management strategies entail a more equitable allocation of effort reductions compared to strategies aiming at maximizing economic yield. In the NPF, species catch diversification strategies are shown to perform well in controlling the levels of economic risk, by contrast with more specialized fishing strategies. Furthermore analyses emphasize the importance to the fishing industry of balancing global economic performance with inter-annual economic variability. Promising future developments based on this research involve the incorporation of a broader set of objectives including social dimensions, as well as the integration of ecological interactions, to better address the needs of ecosystem-based approaches to the sustainable harvesting of marine biodiversity.
L’objectif général de la thèse est de modéliser les principaux processus biologiques et économiques régissant des pêcheries multi-espèces et multi-flottilles afin de proposer des stratégies viables pour la gestion durable de ces pêcheries mixtes, dans un contexte stochastique et multiobjectif. Plus spécifiquement, cette thèse utilise des analyses de co-viabilité stochastique pour étudier les arbitrages entre des objectifs contradictoires de gestion (conservation, et viabilité économique et sociale) des pêcheries mixtes. Deux pêcheries mixtes sont analysées dans cette thèse: la pêcherie française mixte démersale du golfe de Gascogne et la pêcherie crevettière australienne du Nord (NPF). Ces deux pêcheries sont multi-espèces, et utilisent des stratégies multiples de pêche, induisant des impacts directs et indirects sur les écosystèmes. Cette thèse propose une application de la co-viabilité stochastique à ces deux cas, en prenant en compte leur histoire, leur contexte socio-politique et les différences dans les stratégies et objectifs de gestion. Les résultats suggèrent que le status quo peut être considéré comme une stratégie biologiquement durable mais socio économiquement à risque dans les deux pêcheries (ainsi qu’à risque écologique dans le cas de la pêcherie australienne). Les simulations réalisées pour le golfe de Gascogne permettent de comparer les arbitrages associés à différentes réductions de capacités par flottille et de montrer qu’il existe des solutions de gestion permettant la co-viabilité du système (viabilité biologique des différentes espèces considérées et viabilité socio-économique des flottilles) contrairement à des stratégies de gestion mono-spécifiques ou basées sur la maximisation de la rente. Dans la pêcherie crevettière australienne, l’analyse montre que les stratégies de diversification permettent de limiter le risque économique contrairement aux stratégies plus spécialisées.

Droits : UBO, Univ. Tasmania
http://archimer.ifremer.fr/doc/00206/31731/30134.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00206/31731/

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
Les sols forestiers de Guyane septentrionale permettent d'illustrer un grand nombre de processus pédogénétiques typiques des milieux tropicaux humides. En profondeur, la roche est transformée en saprolite par la nappe, qui sature toute la porosité. Plus haut, les alternances d'humectation et de dessiccation redistribuent le fer et conduisent à la formation d'un ensemble tacheté aux faciès multiples. Dans les horizons supérieurs, un régime hydrique encore plus contrasté, l'apport de matière organique et l'activité biologique poursuivent l'altération des constituants et remanient considérablement leur organisation ; un mécanisme majeur est l'appauvrissement en fer plus ou moins marqué selon la topographie, allant jusqu'à son élimination totale par podzolisation.
ISSN: 0035-2829

hal-01032210
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032210

Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : Study of mineral suspended particulate matter (SPM) is essential to understand ecosystem dynamics. SPM influences light penetration which is closely related to primary production and carries pollutants and nutrients within the water masses. This work aims to study near-surface mineral SPM dynamics in the English Channel using two complementary methods: remote-sensing by satellites and numerical modelling. Firstly, MODIS and MERIS satellite images processed by the IFREMER semi-analytical algorithm and describing non-algal SPM, are analysed to build three statistical models which are able to estimate near-surface SPM using simple variables, e.g., tidal coefficient, significant wave height and mean chlorophyll-a concentration. Secondly, the three-dimensional hydrosedimentary model ROMS (Regional Ocean Modeling System) is applied in the English Channel. It considers tidal forcing along open boundaries, wind stress at the sea-surface, wave-current interactions in the bottom boundary layer and realistic heterogeneous bottom sediments. Results of the more sophisticated statistical model is also used to impose SPM concentrations at open boundaries. Sensitivity tests on SPM boundary conditions show the importance of prescribing realistic sediment concentrations to improve the model predictions. Biological influences on mineral SPM are also tested using settling velocity and critical shear stress for erosion which vary with seasons. Both statistical and numerical models highlight and locate respective influences of tide, waves and biology on mineral SPM. Numerical predictions indicate that near-surface SPM is mainly composed of silts (>70%). Near-surface suspended silts come largely from seabed resuspension alongshore in the Eastern Channel and from the open boundaries of our limited-area coastal model at the West of Cotentin Peninsula and offshore. Near-surface SPM variations are investigated at semi-diurnal, neap-spring tidal cycle time scales and during a wave event. Finally, dynamics of sediments in the turbidity maximum zone around the Isle of Wight is examined depending on hydrodynamical conditions in order to distinguish the role played by advection and local erosion/settling processes in this area. Keywords: Suspended particulate matter, satellite, remote-sensing, modelling, English Channel, sediments, turbidity, tide, wave
L'étude des matières en suspension (MES) minérales est essentielle pour comprendre le fonctionnement des écosystèmes en Manche : les MES influencent la pénétration de la lumière dans la colonne d'eau, paramètre clé pour la production biologique, et sont susceptibles de transporter des polluants et nutriments. Lors de ce travail, la dynamique des MES minérales de surface en Manche est étudiée à l'aide de deux méthodes complémentaires : l'observation par satellite et la modélisation numérique tridimensionnelle. Dans un premier temps, les images satellite MODIS et MERIS, traitées par l'algorithme semi-analytique développé par l'IFREMER et représentant les MES non-algales de surface, sont analysées afin d'élaborer trois modèles statistiques permettant d'estimer la MES de surface en fonction de variables basiques telles que le coefficient de marée, la hauteur significative des vagues et la concentration moyenne en chlorophylle-a. Dans un deuxième temps, le modèle hydrosédimentaire multiclasse tridimensionnel ROMS (Regional Ocean Modeling System) est implémenté en Manche. Il prend en considération le forçage par la marée aux frontières ouvertes, la contrainte exercée par le vent à la surface de la mer, l'interaction houle-courant en couche limite de fond et l’hétérogénéité spatiale réaliste du lit sédimentaire. Les résultats du modèle statistique le plus sophistiqué sont également utilisés pour forcer la concentration en MES aux frontières ouvertes du domaine de calcul. Des tests de sensibilité sur les conditions limites montrent l'importance de considérer de manière réaliste les sédiments entrant en Manche par les frontières ouvertes lors de la modélisation numérique. L'influence de la biologie sur les MES minérales est testée en utilisant une formulation de la vitesse de chute et de la contrainte critique d'érosion variant saisonnièrement. Grâce à ces deux outils associés, les influences respectives de la marée, de la houle et de la biologie sur les MES minérales sont mises en avant et localisées en Manche. Le modèle numérique prédit que les MES de surface sont composées principalement de silts (>70%). Les silts en suspension en surface proviennent majoritairement du lit sédimentaire près des côtes en Manche orientale et des frontières ouvertes du domaine de calcul à l'ouest de la presqu'île du Cotentin et au large en Manche centrale et orientale. Les variations des MES de surface sont ensuite étudiées aux échelles des cycles de marée semi-diurnes, vive-eau/morte-eau et autour d'un épisode de houles. Enfin, l'évolution de la concentration de sédiments dans la zone de forte turbidité autour de l'île de Wight peut être analysée suivant les conditions hydrodynamiques afin d'évaluer les rôles respectifs des processus locaux d'érosion/dépot et d'advection dans la génération de ces turbidités remarquables. Mots-clés : Matière en suspension, télédétection, satellite, modélisation, Manche, sédiments, turbidité, marée, houle

Droits : 2013 UBO
http://archimer.ifremer.fr/doc/00157/26783/24884.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00157/26783/

Résumé : La conchyliculture connaît depuis une trentaine d'années une progression régulière de ses productions à travers le monde. Elle représente une activité économique importante avec plus de 240 000 tonnes de coquillage produit annuellement en France. Cependant le développement de cette activité peut être limité par des mortalités parfois massives dues à des maladies infectieuses. L'augmentation des productions peut être expliquée par l'amélioration des méthodes d'élevage grâce à une meilleure connaissance de la biologie des bivalves et des processus physiologiques liés à leur reproduction : l'apparition de l'élevage larvaire en écloserie a permis de pallier le caractère aléatoire et souvent insuffisant du captage naturel. Ces nouvelles techniques ont permis d'acquérir une certaine indépendance vis-à-vis des pontes naturelles, mais ont entraîné une augmentation des transferts d'animaux entre les bassins conchylicoles, une augmentation des densités de mollusques et le développement d'une espèce cible par bassin. Ces actions ont contribué à l'apparition et à la dissémination de nouvelles maladies entraînant de très fortes pertes pour la conchyliculture. De plus, la palourde, comme tous les mollusques marins, présente des caractéristiques biologiques qui laissent peu de possibilités d'actions pour protéger une production vis-à-vis de maladies infectieuses: la culture de ces espèces en milieu ouvert rend tout traitement impossible du fait des quantités de substance à utiliser, et de la forte probabilité de contamination des animaux. Cette méthode peut être appliquée dans le cas d'élevages intensifs : écloseries, nurseries. Le système immunitaire des mollusques est primitif, ils ne possèdent pas de lymphocytes B et lymphocytes T, ce qui empêche toute réponse immune spécifique et rend la vaccination impossible. L'absence d'anticorps spécifique complique la recherche d'agent pathogène, celle-ci n'est possible que par un diagnostic direct, essentiellement réalisé grâce à l'histologie ou à la microscopie.

Droits : 2006 IUT La Rochelle, Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14457/11759.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14457/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The main objective of this thesis was to study the influence of Guianan terra firme rainforests types on medium- and large-sized vertebrates community organization. First, we choose a model species which permitted to develop an appropriate abundance estimation method which take into account the imperfect detection and temporary immigration of mobile species, and to test environmental conditions effects at different spatial scales of analysis. Second, given that bias due to animal detection can be important in the abundance estimation, we determinated the relative role of environmental conditions and species biological traits on detection probability. From this methodological framework, we studied then processes of community organization, by identifying the main determinants involved in community organization, using composition and alpha and beta diversities, and, in a complementary manner, three metrics (taxonomic, functional, and phylogenetic). We sought from these general framework to determinate the relative role of environmental conditions and historical contingency, responsible for the current community organization, and to test the forest refugia hypothesis. Finally, we downscaled the analysis to determinate, and tried to disentangle the effects of environmental conditions and interspecific interactions on species co-occurrence. We used then functional traits to test the relationship between species co-occurrence and similarities.This thesis highlights the important role of historical contingency and facilitation in the structure of regional diversity and the local assembly processes of medium- and large-sized vertebrates, respectively, in French Guiana.
Cette thèse a pour but d’étudier l'influence de l'hétérogénéité des forêts de terre ferme en Guyane sur l'organisation des communautés de moyens et grands vertébrés. Nous avons, d'abord, choisi une espèce modèle afin de déterminer une méthode adéquate d'estimation d'abondance prenant en compte la détection imparfaite et l'immigration temporaire des espèces, et de tester l'effet des conditions environnementales à différentes échelles d'analyse. Puis, partant du constat que les biais dus à la détection dans l'estimation d'abondance pouvaient être importants, nous avons déterminé l'importance relative des conditions environnementales et des traits biologiques des espèces sur la probabilité de détection. A partir de ce cadre d'étude, nous avons étudié la composition et les diversités alpha et beta en utilisant de façon complémentaire les métriques taxonomique, fonctionnelle, et phylogénétique pour déterminer le rôle relatif de l'environnement et de la contingence historique dans l'organisation des communautés, et de tester l’hypothèse des refuges forestiers. Enfin, en descendant dans l'échelle d'analyse, nous avons tenté de démêler l'effet de l'environnement et des interactions interspécifiques sur la cooccurrence des espèces, et utilisé les traits fonctionnels des espèces pour tester le lien entre cooccurrence et similitude fonctionnelle. Cette thèse met en avant les rôles prépondérants de la contingence historique et de la facilitation dans, respectivement, la structuration de la diversité régionale et les processus d’assemblages locaux des communautés de moyens et grands vertébrés en Guyane.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779

NNT : 2017YANE0004
tel-01537779
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Éditeur(s) : Agrocampus Ouest
Résumé : The origin of fish stocks variability is a key question in fisheries science. The exploitation indeed has an important effect in terms of biomass reduction, but environmental forcing is of central interest as it affects numerous key biological processes. Recent theoretical results have shown that the nature of the environmental fluctuations, the environmental noise, has important ecological consequences on populations and particularly on their fluctuations. In addition the effects of exploitation, that are not a simple removal of individuals but also profoundly modifies the demography, the structure and the trophic interactions of fish stocks, can interact with environmental effects. Through an extensive analysis of time series we aim at understanding the effects of environmental noise on fish stocks variability, according to their biological characteristics (life-history traits) and their exploitation. A technique of time series comparison allows to propose that the fluctuations of Atlantic large pelagics are inherited from the interaction between environmental effects, endogenous dynamics and exploitation. We then show that the colour of environmental noise affects the variability of time series, its effects depending on the life-history traits of species. Finally, preliminary results on bentho-demersal and pelagic stocks from the North Atlantic suggest that the exploitation increases the sensitivity of fish stocks to the colour of environmental noise and affects their variability, according to their life-history traits.
L'origine de la variabilité des stocks de pêche est une question centrale en halieutique. Si l'exploitation tient un rôle important dans la réduction de biomasse, le forçage environnemental affecte de nombreux processus biologiques clés. Des résultats théoriques récents ont montré que la nature des fluctuations environnementales, la couleur du bruit environnemental, avait des implications écologiques importantes sur les populations et notamment sur leurs fluctuations. De plus, les effets environnementaux peuvent agir en interaction avec l'exploitation qui ne consiste pas en un simple prélèvement d'individus, mais qui modifie profondément la démographie, la structure et les interactions trophiques des stocks. Au travers de l'analyse extensive de séries temporelles, on essaye ici de comprendre les effets de la couleur du bruit environnemental sur la variabilité des stocks en fonction de leurs caractéristiques biologiques (traits d'histoire de vie) et de leur état d'exploitation. Le développement d'une technique de comparaison des séries temporelles permet de proposer que les fluctuations des grands pélagiques de l'Atlantique sont héritées de l'interaction entre effets environnementaux, dynamique interne et dynamique de l'exploitation. On montre ensuite que la couleur du bruit environnemental affecte la variabilité des séries temporelles, mais que son effet dépend des traits d'histoire de vie des espèces. Enfin, des résultats préliminaires sur les stocks bentho-démersaux et pélagiques de l'Atlantique Nord, suggèrent que l'exploitation augmente la sensibilité des stocks à la couleur du bruit environnemental et affecte leur variabilité en fonction de leurs traits d'histoire de vie.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-6596.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6596/

Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : The stock of Lambi, Strombus gigas (gastropod: strombidae), coastal benthic resource, has been exploited artisanally since the prehistoric period in Martinique. Nowadays, three lines of work exploit the species: free diving, nets (since the middle of the century) and scuba diving since 1985. This report presents the activity of each line of work, surveyed directly from 1986 to 1987: fishing zones and resource allocation, production, effort and performance, detail of catches (by length). The socio economic characteristics of the lambi fishermen are studied. The significant production of leisure fishing is also estimated. The decrease in the production and performance, as well as the lowering of the size of the first catch for about thirty years show that the stock is overexploited. The biological phenomenon of the stock: growth of the shell (length and shell lip), growth in weight, acquiring of sexual maturity, natural mortality are studied. The factors of mortality through fishing are estimated by class of length for the current exploitation regime by pseudo-cohort analysis. If the results confirm that the stock is overexploited, the level of overexploitation of the stock cannot be specified because of the presence of a number of lipped adults not yet too exploited in water deeper than 20 metres. The analysis of the dynamic process of the exploited population indicates two ways to the production of the stock: the forcing of the recruitment and the regulation of the exploitation regime. The lack of economic profitability of the production of juveniles over 30 mm and the difficulties raised by their collection in their natural habitat lead to the rationalization of the exploitation. The production and performance (by recruits) simulations performed for different exploitation regimens indicate that the only two conceivable options are the introduction of a minimum catch size, i.e. lambi with forming lip, and the regulation of the fishing effort. The socio-economic implications of the introduction of the determined management measures show that their applicability level is very low, because of the Martinique fishermen polyactivity, their low socio-economic level and mostly because of the free access to the resource. As a consequence, it is suggested to create new professional structures with a wide jurisdiction, in order to locally manage the marine areas, their use and their resources. (unverified OCR)
Le stock de lambi, Strombus gigas (gastéropode: strombidae), ressource benthique côtière, est exploitée artisanalement depuis l'époque préhistorique en Martinique. Trois métiers exploitent actuellement l'espèce: plongée libre, filets (depuis le milieu du siècle) et plongée en scaphandre autonome depuis 1985. Ce rapport présente l'activité de chaque métier, suivie de 1986 à 1987 par une enquête directe: zones de pêche et allocation de la ressource, productions, efforts et rendements, composition en longueur des captures. Les caractéristiques socioéconomiques des pêcheurs de lambi sont étudiées. La production d'une pêche plaisancière non négligeable est estimée. La diminution de la production, des rendements et l'abaissement de la taille de première capture depuis une trentaine d'années révèlent que le stock est surexploité. Les phénomènes biologiques du stock: croissance de la coquille (longueur et pavillon), croissance en poids, acquisition de la maturité sexuelle, mortalité naturelle sont étudiés. Les coefficients de mortalité par pêche sont estimés par classe de longueur pour le régime d'exploitation actuel par l'analyse de pseudo-cohorte. Si les résultats confirment l'état surexploité du stock, le niveau de surexploitation ne peut être précisé en raison de l'existence d'adultes pavillonnés encore peu exploités sur les fonds de plus de 20 mètres. L'analyse des processus dynamiques de la population exploitée indique deux voies pour restaurer la production du stock: le forçage du recrutement et la régulation du régime d'exploitation. Le manque de rentabilité économique de l'élevage des juvéniles au-delà de 30 mm et les difficultés pour leur collecte dans le milieu naturel conduisent à rechercher la rationalisation de l'exploitation. Les simulations de la production et du rendement par recrue réalisées pour différents régimes d'exploitation indiquent que seule la mise en place d'une taille minimale de capture, i.e le lambi au pavillon en formation, et une régulation de l'effort de pêche sont envisageables. Les implications socio-économiques de la mise en oeuvre des mesures de gestion déterminées montrent que leur niveau d'applicabilité est très faible, en raison de la polyactivité des pêcheurs martiniquais, de leur faible niveau socioéconomique et surtout, du régime de libre accès à la ressource. Aussi, il est proposé la création de nouvelles structures professionnelles aux compétences larges, qui permettraient, pour chacun des bourgs, une gestion locale de l'espace marin, des usages et des ressources. OCR NON CONTRÔLE

Droits : 1993 UBO
http://archimer.ifremer.fr/doc/1993/these-3751.PDF
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3751/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The mosquito species Aedes (Stegomyia) aegypti (Linnaeus 1762) was introduced into the Americas some 400 years ago from the African continent. Currently, this species is the primary agent behind dengue and chikungunya outbreaks in the pan-tropical area and its widespread distribution has likely played an important role in the recent expansion of the Zika virus. The biology of Ae. (Stg.) aegypti is particularly well known, which is not the case for its ecology. By adopting a cross-disciplinary approach I attempted to understand the relative contribution of biotic and abiotic factors as well as some evolutionary processes in the distribution of this species at the local and regional scales in French Guiana.Initially, I was interested in revising the core knowledge concerning the diversity of mosquitoes in French Guiana. By combining traditional and molecular taxonomy, this step allowed my colleagues and I to discover several new species and to create the appropriate tools to manage this type of entomological data.Secondly, we studied the spatio-temporal structure of resident aquatic macroinvertebrate communities in urban areas. This highlighted the existence of antagonistic and mutualistic interactions. In particular, the native mosquito Limatus durhamii Theobald 1901 appears to prevent the sustainable establishment of Ae. (Stg.) aegypti in slightly urbanized environments via a mechanism of competitive exclusion.
Le moustique Aedes (Stegomyia) aegypti (Linnaeus 1762) a été introduit dans les Amériques depuis le continent africain il y a environ 400 ans. Actuellement, cette espèce est la principale responsable des épidémies de dengue et de chikungunya dans la zone pantropicale et sa large répartition a très probablement joué un rôle important dans l’expansion récente du virus Zika. La biologie d’Ae. (Stg.) aegypti est particulièrement bien connue, ce qui n’est pas le cas de son écologie, en particulier de ses interactions avec les communautés résidentes. En adoptant une démarche pluridisciplinaire je me suis intéressé à la contribution relative des facteurs biotiques et abiotiques ainsi que de certains processus évolutifs dans la distribution de cette espèce à différentes échelles en Guyane française.Dans un premier temps j’ai participé à la révision des connaissances fondamentales sur la diversité des moustiques de Guyane. En alliant la taxonomie classique et moléculaire, cette étape a permis de découvrir plusieurs nouvelles espèces et de mettre en place des outils adaptés à la gestion de ce type de données, notamment pour une utilisation future.Dans un second temps la structuration spatio-temporelle des communautés résidentes de macro-invertébrés aquatiques a été étudiée en milieu urbain. Cela a permis de mettre en évidence l’existence d’interactions antagonistes et mutualistes avec les taxons des communautés résidentes. En particulier, le moustique autochtone Limatus durhamii Theobald 1901 semble empêcher l’établissement durable d’Ae. (Stg.) aegypti dans les milieux faiblement urbanisés via un mécanisme d’exclusion compétitive.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405425

NNT : 2016YANE0001
tel-01405425
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405425
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405425/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405425/file/These_Def_Talaga.pdf

Éditeur(s) : EDP Sciences
Résumé : The diversity of reef ecosystems, the multiplicity of reef resource uses and the breadth of the range of the island socio-cultural contexts concerned make coral reef fisheries (CRF) management in the South Pacific a complex task. The health and state of the targeted resources depend both on ecosystem characteristics (as determined by ecological and biological factors) and on fishing pressure, whose effects are only partly known. Increasing harvests from commercial and recreational fishing increasingly overlap with traditional Subsistence activity, creating an important CRF management challenge. This paper presents a new approach to CRF assessment and monitoring by providing a set of multidisciplinary indicators. The fisheries system is assessed from three different viewpoints: ecology of targeted populations, exploitation and the broader socio-econornic fishery context. The use of complementary indicators chosen from each of these fields could balance the chronic lack of human and financial resources for the management of these fisheries. We suggest the use of these indicators through an assessment grid or an indicator dashboard specifically adapted to given situations and management objectives determined through a participatory approach. The operational efficiency of this dashboard depends on i) dialogue between users, ii) the objectivity of the proposed monitoring, iii) the Visual transcription of divergent/convergent interests amongst stakeholders, and iv) stakeholder involvement in the decision-making process. The use and constraints of such a tool are described with reference to Ouvea atoll (New-Caledonia, South Pacific) for which an analysis of available indicators for assessing fisheries status is presented.
La diversité des écosystèmes coralliens, la multiplicité des modalités d'exploitation de leurs ressources et l'hétérogénéité des contextes socio-culturels insulaires rendent complexe la gestion des pêcheries récifo-lagonaires du Pacifique sud. La santé et l'évolution de ces ressources dépendent, d'une part, des caractéristiques propres de l'écosystème (obéissant à des facteurs biologiques et écologiques) et, d'autre part, de la pression de pêche dont certains effets seulement sont établis. La pêche traditionnelle aux fins de subsistance est aujourd'hui concurrencée par des activités à visées commerciales et récréatives, qui accroissent les prélèvements et soulèvent de nouveaux enjeux de gestion. L'article propose une approche pour l'évaluation et le suivi de ces pêcheries basée sur un ensemble d'indicateurs pluridisciplinaires. Le système « Pêche » est analysé de trois points de vue complémentaires : l'écologie des peuplements exploités, l'exploitation halieutique sensu stricto et le contexte économique et social plus large des pêcheries. La mise en place d'indicateurs issus de ces trois domaines vise à compenser le manque chronique de moyens financiers et humains pour la gestion des pêcheries coralliennes des îles du Pacifique sud. Nous suggérons que leur utilisation s'effectue au travers d'une grille d'évaluation ou tableau de bord répondant à des situations précises et des objectifs de gestion définis lors d'une approche participative. La portée opérationnelle de ce tableau de bord de gestion de la pêche repose sur i) la concertation engagée entre les usagers, ii) l'objectivité du suivi préconisé, iii) la transcription visuelle des intérêts convergents et/ou divergents des acteurs, et iv) leur implication dans le processus de décision. Les modalités et contraintes d'application de cet outil sont décrites sur l'exemple de l'atoll d'Ouvéa (Nouvelle-Calédonie, Pacifique Sud), pour lequel une analyse des indicateurs disponibles pour décrire l'état des pêcheries a été réalisée.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2005-07 , Vol. 18 , N. 3 , P. 199-213

Droits : 2005 EDP Sciences, IFREMER, IRD
http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-716.pdf
DOI:10.1051/alr:2005026
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/716/

Éditeur(s) : Université de la Méditerranée
Résumé : This study was supported by the Atlantic working site of the « Programme National d’Océanographie Côtière » (PNOC, PNEC since 1999). The objectives were (1) to check the existence and to understand the mechanisms of winter phytoplankton blooms in the bay of Biscay influenced by the Gironde waters (2) to determine the limiting nutrient of the primary production associated to these blooms and to follow the seasonal evolution of the limiting nutrient, (3) to understand the consequences of this early limitation on the structuration of algal populations in spring. Since phosphorus was supposed to be the major limiting nutrient of algal growth in the Gironde plume, the different forms of the phosphorus cycle as well as the bacterial compartment, central in this cycle, were also studied in term of stocks and fluxes. The sampling strategy consisted in three cruises in 1998, BIOMET 2 (January), BIOMET 3 (beginning of March), PEGASE (June) and six cruises in 1999, PLAGIA 1 to 6 (late February, late April, late May, late June, the middle of July and the beginning of October). Winter algal blooms, essentially diatoms, were actually observed both in the typical waters of the plume (S < 34.5) and at the limit of the plume and adjacent atlantic oceanic waters (S > 34.5) in the successives years 1998 and 1999. These blooms were initiated by the occurrence of short anticyclonic windows in winter, acting on physical processes which dominate the evolution and characteristics of the Gironde plume (runoff, wind direction and speed) and, ultimately, on the evolution of the depth of the mixed layer (haline stratification) and available light (decrease of turbidity). The algal growth was actually phosphorus limited in the typical waters of the plume at the end of the winter bloom, in spring and became nitrogen and phosphorus limited in summer until the first autumn gales restored the nutritive balance. More oceanic waters (S > 34.5) were probably N+P limited from the end of the winter-the beginning of spring to autumn. Phosphorus limitation of winter blooms, associated with girondine unbalanced nutritive supplies (high NO3/PO4 ratios) favoured the development of small cells at the beginning of spring and the later presence of spring blooms (June 1998, late May 1999) composed of pico and nanophytoplankton (nanoflagellates), instead of typical diatom spring blooms for temperate waters. This size reduction of algal communities is strongthened by the competition between phytoplankton and bacteria for the phosphate uptake, bacteria being more competitives at low concentrations and being phosphorus limited sometimes in spring. The decreasing size of algal cells probably acted on the structuration of the whole food web. The study of the different forms of phosphorus displayed the importance of the Dissolved Organic Phosphorus (DOP) pool. The potential biological lability and the capacity of algae and bacteria to use the DOP in spring when phosphate are undetectable was shown by the very high specific activities of alkaline phosphatases and the very rapid cycling of phosphate monoesters. According to the few estimations of actual phosphatasic activity and phosphate assimilation fluxes, the hydrolysis of DOP associated with the coupled assimilation of liberated phosphate would represent 91 to 99 % of the phosphorus fluxes into algal and bacterial cells when phosphate were exhausted. In such conditions DOP could satisfy most of microorganisms phosphorus needs.
Cette thèse s’inscrit dans le cadre du Chantier Atlantique du Programme National d’Océanographie Côtière (PNOC, PNEC depuis 1999). Les objectifs de ce travail étaient (1) de vérifier l’existence et comprendre le déterminisme de blooms phytoplanctoniques hivernaux dans les eaux du Golfe de Gascogne influencées par la Gironde, (2) de préciser le facteur limitant de la production primaire associée à ces blooms et de suivre l’évolution saisonnière de ce facteur et (3) de comprendre les conséquences de cette limitation précoce sur la structuration des populations algales au printemps. Le phosphore étant supposé être le principal élément limitant de la croissance algale dans le panache de la Gironde, les différentes composantes du cycle du phosphore ainsi que le compartiment bactérien, central dans ce cycle, ont été étudiés en terme de stock et de flux. La stratégie d’échantillonnage a consisté en trois campagnes en 1998, BIOMET 2 (janvier), BIOMET 3 (début mars), PEGASE (juin) et six campagnes en 1999, PLAGIA 1 à 6 (fin février, fin avril, fin mai, fin juin, mi-juillet et début octobre). Des efflorescences algales hivernales, constituées essentiellement de diatomées, ont effectivement été observées de façon récurrente dans les eaux typiques du panache (S < 34,5) et à la limite du panache et des eaux océaniques atlantiques adjacentes (S > 34,5) au cours des deux années successives 1998 et 1999. Ces blooms ont été engendrés par l’apparition de courtes fenêtres anticycloniques en période hivernale, ces fenêtres interférant sur les processus physiques qui prévalent sur l’évolution et les caractéristiques du panache de la Gironde (régime des débits, orientation et force du vent) et, de façon ultime, sur l’évolution de la profondeur de la couche de mélange (halostratification) et la disponibilité en lumière (diminution de la turbidité). La croissance algale était limitée par le phosphore dans les eaux typiques du panache à la fin du bloom hivernal, au printemps et devint limitée en azote et en phosphore en période estivale et ceci jusqu’à ce que les premières tempêtes automnales rétablissent l’équilibre nutritif des eaux. Les eaux à caractère plus océanique (S > 34,5) étaient plus probablement limitées par N+P dès la fin de l’hiverdébut du printemps et ce jusqu’à l’automne. La limitation des blooms hivernaux par le phosphore, associée à des apports nutritifs girondins déséquilibrés en phosphate (rapports NO3/PO4 élevés) a favorisé le développement de cellules de petite taille au début du printemps et la présence ultérieure de blooms printaniers (juin 1998, fin mai 1999) composés de pico- et de nanophytoplancton (nanoflagellés), blooms « atypiques » pour des eaux tempérées à cette saison. Cette structuration des communautés algales est renforcée par la compétition entre le phytoplancton et les bactéries pour l’acquisition du phosphate, les bactéries étant plus compétitives aux faibles teneurs en phosphate et pouvant être elles-mêmes limitées par le phosphore à certains moments du printemps. La diminution de taille des cellules algales a probablement une incidence sur la structure de taille de l’ensemble du réseau trophique. L’étude des différentes composantes du phosphore montre l’importance du pool de Phosphore Organique Dissous (POD), sa labilité biologique potentielle et la capacité des communautés algales et bactériennes à utiliser ce pool au printemps quand les phosphates sont indétectables (activités spécifiques des phosphatases alcalines très élevées, recyclage très rapide des monoesters de phosphate). Au vu des quelques estimations de l’activité phosphatasique réelle et des flux d’assimilation de phosphate, l’hydrolyse du POD associée à l’assimilation couplée du phosphate libéré représenterait 91 à 99 % des flux de phosphore vers les cellules algales et bactériennes, quand les phosphates du milieu sont déficients. Dans de telles conditions, le POD pourrait satisfaire l’essentiel des besoins des microorganismes en phosphore.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00013/12463/9298.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00013/12463/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
As part of a programme of degraded soils rehabilitation, and in order to follow the biological processes connected with the soils reconstitution, it is a requisite to determine indicators able to account for the evolution of the soil. These indicators can he found on structural and/or functional characteristics of the bacterial communities, such as soil respiration, denitrification or genetic diversity. Theses descriptors are able to characterize the global community or targeted communities chosen for their importance in the ecosystem functioning. In this work, we tried to know whether soil bacteria genetic diversity was able to be a relevant indicator of the soil evolution in a rehabilitated sequence. This diversity is apprehended via a molecular technique: ARISA. A chronosequence situated on a gold mine, already experimented as part of a programme of degraded zones rehabilitation, was at our disposal. Results show that ARISA is a very sensitive technique, able to account for the bacterial community heterogeneity in a soil but unable, at the parcel scale, to discriminate the treatments nor to account for the evolution in lime of planted treatments. Lastly, the advantage of this indicator of genetic diversity may arise from its confrontation to other indicators (functional, for example).
Dans le cadre de la revégétalisation d'un sol dégradé et afin de pouvoir suivre les processus biologiques liés à la reconstitution des sols, il est nécessaire de déterminer des indicateurs pouvant rendre compte de l'évolution de l'état du sol. Ces indicateurs peuvent être fondés sur des caractéristiques fonctionnelles et/ou structurales des communautés bactériennes telles que la respiration, la dénitrification ou la diversité génétique. Ces descripteurs peuvent analyser la communauté globale ou des communautés cibles choisies pour leur importance dans le fonctionnement de l'écosystème. L'objectif de ce stage était de savoir si la diversité génétique des bactéries du sol pouvait être un indicateur de l'évolution des sols au sein d'une séquence de revégétalisation. Cette diversité est appréhendée par une technique de biologie moléculaire : l'ARISA. On dispose d'une chronoséquence située sur une mine d'or étudiée dans le cadre d'un programme de réhabilitation des zones dégradées. Les résultats montrent que l'ARISA est une technique très sensible, qui rend bien compte de l’hétérogénéité des communautés bactériennes présentes dans un sol mais est incapable, à l’échelle de la parcelle, de discriminer ni les traitements ni de rendre compte de l'évolution dans le temps de ces parcelles. Enfin, l'intérêt de cet indicateur de diversité génétique pourra résulter de sa confrontation avec d'autres indicateurs (fonctionnels par exemple).
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189155

hal-01189155
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PRODINRA : 9464