Éditeur(s) : HAL CCSD Société nationale de protection de la nature
Résumé : International audience
The island of Moorea in French Polynesia is representative of a relatively well preserved small tropical oceanic island but both its terrestrial and marine ecosystems are currently under strong anthropogenic pressures. The terrestrial ecosystems are facing an increasing urbanization, and the destruction and modification of their natural habitats by cultivation and forestry plantations, accidental or intentional fires, and particularly by the invasion of alien plant and animal species. Coastal areas and reef ecosystems are threatened by shoreline artificialization, sedimentation due to soil erosion, increasing uses of marine and lagoon resources and frequency of coral bleaching events. A significant erosion of terrestrial and marine biodiversity is observed on the island since the last decades. In the context of the Land Management Plan (PGA) and Marine Area Management Plan (PGEM) recently set up in the island by local authorities, scientific surveys and inventories were made in 2006 in order to assess the status of terrestrial biodiversity (vascular plants) and marine biodiversity (reef fishes) and compare areas with different anthropogenic pressures. Studies conducted on the flora and the vegetation at low and middle elevation along altitudinal transects show that the plant invasion process is related to climatic and topographic factors, and species autoecology. The marine study aims to compare the protected areas with control areas in order to test the effectiveness of protection measures and to propose a streamlined monitoring protocol. A methodological study in both terrestrial and marine ecosystems was conducted in order to propose biodiversity indicators which are crucial for decision making in conservation and sustainable development of island biodiversity. We used Geographic Information System (GIS) as a fast and intuitive tool for mapping indicators and their variability. This methodological approach developed on the island of Moorea could be used as a model for other tropical islands
Moorea est une petite île océanique tropicale de la Polynésie française relativement bien préservée, mais dont les écosystèmes terrestres et marins sont actuellement soumis à de fortes pressions anthropiques. Le milieu terrestre est confronté à une urbanisation croissante, à la destruction ou à la modification des habitats naturels pour l’extension des cultures ou des plantations forestières, aux incendies volontaires ou accidentels, et particulièrement à l’invasion d’espèces végétales et animales introduites. Les zones côtières et les récifs coralliens sont menacés par de multiples perturbations telles que l’artificialisation des lignes de rivage, l’apport de sédiments dus à l’érosion des sols, l’augmentation des usages des ressources marines et lagonaires et de la fréquence des phénomènes de blanchissement du corail. Une érosion sensible de la biodiversité terrestre et marine de l’île est observée depuis les dernières décennies. Dans le cadre du Plan Général d’Aménagement (PGA) et du Plan de Gestion de l’Espace Maritime (PGEM) mis en place par les autorités locales, des inventaires scientifiques ont été réalisés en 2006 dans le but d’évaluer l’état de la biodiversité terrestre (plantes vasculaires) et marine (poissons récifaux) et de comparer des zones soumises à différentes perturbations. Les études réalisées sur la flore et la végétation de basse et moyenne altitude le long de transects altitudinaux montrent des processus d’invasion végétale différents en relation avec les facteurs climatiques, topographiques et autoécologiques des espèces. Les études en milieu marin visent à comparer des aires protégées à des aires témoins afin de suivre l’efficacité des mesures de gestion. La réflexion méthodologique menée parallèlement sur les deux écosystèmes a pour but d’illustrer différents indices de biodiversité nécessaires à la prise de décision en matière de conservation ou de développement durable de la biodiversité insulaire et de réaliser un état de référence pour établir un diagnostic sur l’état de la biodiversité. La représentation cartographique des indices à l’aide d’un SIG, illustrée dans cette étude avec la richesse spécifique terrestre et marine, permet une lecture intuitive et rapide de la variabilité de cet indice dont la restitution est basée sur une standardisation du nombre d’espèces. Cette approche méthodologique développée sur l’île de Moorea pourrait servir de modèle pour d’autres îles tropicales
EISSN: 2429-6422

hal-01306285
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01306285

Éditeur(s) : Oxford university press
Résumé : The response of fish assemblages to changes in protection status is a major issue for both biodiversity conservation and fishery management. In New Caledonia, the Abore reef marine reserve harbours more than 500 fish species, and has been subjected to changes in protection status since 1988. The present study investigates the impact of these changes on a wide subset of species (213), based on underwater visual counts collected before the opening and after the closure to fishing of this marine protected area (MPA). We analysed the spatial and temporal variability in fish assemblage attributable to protection status, explicitly considering habitat. To understand the successive responses of fish assemblage to fishing and protection, the assessment models included four criteria de. ning species groups that partition the fish assemblage: trophic regime, adult size, mobility, and interest for fishing. We could therefore identify the negative impact of opening the MPA to fishing on piscivores and highly mobile species. Surprisingly, target species were not affected more than non-target species. Model results were used to identify species groups that respond to fishing and protection. These results utilize fisheries-related criteria to provide new insight into the response of fish assemblages to protection from the perspective of MPA monitoring.
ICES Journal of Marine Science (1054-3139) (Oxford university press), 2009 , Vol. 66 , N. 1 , P. 170-179

Droits : 2009 ICES/CIEM. Oxford Journals
http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/publication-6130.pdf
DOI:10.1093/icesjms/fsn204
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6130/

Éditeur(s) : HAL CCSD EDP Sciences
Résumé : International audience
In order to ensure a sustainable management of reef fisheries, data need to be collected regularly on the effect of these fisheries on both fish resources and the ecosystems that sustain them. Habitat and resources monitoring programs can provide such information, but are difficult to implement as they involve a range of technical, financial and human resources. Regarding these problems, the involvement of the local population in monitoring programs, called participatory monitoring, seems to offer solutions. Indeed, participatory monitoring has the potential of increasing the number of data collected at low cost, while taking advantage of the traditional ecological knowledge available locally. Some questions need clarifying, however: which methods can bring relevant information for the monitoring of reef fisheries while being appropriate to the motivations and skills of the local population? Is the degree of participation of the local population sufficient to make the monitoring program work, particularly over the long term? To answer these questions, participatory monitoring methods commonly used for coral reef ecosystems have been implemented to assess reef fisheries at three different sites: Moorea island and Tikehau atoll in French Polynesia, and the Bay of Tulear in Madagascar. While highlighting the relevance of some participatory monitoring programs for snapshot and large-scale surveys, the results of this study also show their lesser interest for regular data gathering on long-time scales. In any case, strong coordination and supervision by scientists are considered essential.
La gestion durable des écosystèmes coralliens nécessite de disposer d’informations régulières concernant l’impact des pêcheries sur les ressources récifales et sur les écosystèmes dont elles dépendent. Les suivis intégrés des ressources, des habitats et des espèces associées qui visent à fournir ce type d’informations sont difficiles à mettre en œuvre, car ils impliquent de nombreuses ressources humaines, techniques et financières. Face à ces problèmes, la participation de la société civile dans les programmes de suivi semble en mesure d’apporter des solutions. Dans le but de tester cette hypothèse, des méthodes de suivi participatif ont été mises en œuvre afin de caractériser des pêcheries récifales sur trois socio-écosystèmes contrastés : l’île de Moorea et l’atoll de Tikehau en Polynésie française, et le littoral de Tuléar à Madagascar. Les résultats de cette étude soulignent la pertinence de certains suivis participatifs pour fournir une vision écosystémique dans le cas de collecte de données ponctuelles et de large envergure, et leur intérêt moindre pour la collecte continue de données sur de longues échelles de temps. Dans tous les cas, une structure de coordination et l’implication de scientifiques s’avèrent primordiales pour assurer pérennité et fiabilité au système de suivi.
ISSN: 1240-1307

hal-01302983
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01302983
DOI : 10.1051/nss/2013109

Éditeur(s) : EDP Sciences
Résumé : The present paper aims at identifying and assessing indicators of the effects of Marine Protected Areas (MPAs) in coral reef regions, based on a bibliography review in ecology, economics and social sciences. First the various effects Studied within each of these domains and the variables used to measure them were censused. Potential ecological indicators were assessed through their link with the question used (here termed "relevance") and their "effectiveness" which encompasses the issues of precision, accuracy and statistical power. Relevance and effectiveness were respectively measured by the frequency of use of each indicator and the proportion of significant results in the reviewed articles. For social and economic effects, the approach was not possible due to the low number of references: we thus discussed the issue of finding appropriate indicators for those fields. Results indicate: 1- the unbalance in literature between disciplines: 2- the need for protocols and methodologies which include controls in order to assess MPA effects: 3- an important proportion of ecological indicators with low effectiveness: 4- the large number of ecological effects still not studied or not demonstrated at present.
Cet article vise à identifier des indicateurs de l'effet des aires marines protégées (AMP) en milieu corallien, sur la base d'une synthèse bibliographique dans les domaines écologiques, économiques et sociaux, et principalement en milieu corallien. Nous recensons d'abord les différents effets attendus des AMP pour chacun des domaines, et les variables retenues pour les étudier. Les indicateurs écologiques potentiels sont évalués au travers de leur lien avec l'effet étudié (ici appelé "pertinence") et de leur "efficacité" qui regroupe les notions de précision, justesse et puissance statistique. Pertinence et efficacité sont respectivement mesurées par la fréquence d'utilisation et la proportion de résultats significatifs trouvés dans les articles recensés. Pour les aspects économiques et sociaux, le faible nombre de références ne permet pas une approche comparable à celle utilisée pour les indicateurs écologiques, et nous discutons donc de la question de l'identification d'indicateurs, et suggérons quelques pistes de recherche. Les principales conclusions de ce travail sont: i) le décalage entre les nombres de publications entre disciplines; ii) la nécessité de protocoles et méthodologies incluant des situations de contrôle pour évaluer les effets des MPA; iii) la faible efficacité de nombreux indicateurs écologiques; et iv) le nombre élevé d'effets peu ou pas étudiés ou démontrés à l'heure actuelle.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2005 , Vol. 18 , N. 1 , P. 15-33

Droits : EDP Sciences, IFREMER, IRD 2005
http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-409.pdf
DOI:10.1051/alr:2005011
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/409/

Éditeur(s) : Inter-research
Résumé : We propose a statistical approach based on multivariate analysis and general linear models to test the consequences of removal of reserve status from the Abore Reef fish assemblage of the Abore Reef reserve, New Caledonia. Consequences on fish density were examined at the level of fish assemblage, accounting for habitat. Fish counts and habitat-related information were collected before and after the removal of reserve status, both inside and outside the reserve. Species groups were constructed on the basis of additional information on behavioural characteristics and taxonomy. The impact of the removal of reserve status was assessed by using 2 habitat proxies corresponding to 2 spatial scales and by considering several criteria for grouping species. Habitat appeared to be a determining factor in explaining density variations. Significant positive effects were found for several species groups such as macrocarnivores, piscivores, herbivores, Lethrinidae and Siganidae. A counterintuitive negative effect was observed for Acanthuridae. No significant differences between the area which remained closed to fishing and the area open to fishing were found for the other species groups. The approach allows for a synoptic diagnosis of the impact of changes in reserve status at the fish assemblage level. It could be used to develop and select potential indicators for monitoring such impacts on fish assemblages in coral reef ecosystems and in other contexts.
Marine Ecology Progress Series (0171-8630) (Inter-research), 2005 , Vol. 292 , P. 271-286

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/10970/7574.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/10970/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : Overexploitation of marine resources remains a problem worldwide. Many works advocate for the use of marine reserves as a central element of future stock management in a sustainable perspective. In the present paper, we address the influence of protected areas upon fisheries sustainability within an eco-systemic framework through a dynamic bio-economic model integrating a trophic web, catches and environmental uncertainties. The model is spatially implicit. The evaluation of the ecosystem is designed through the respect along time of constraints of both conservation and guaranteed captures. Using the mathematical concept of invariance kernel in a stochastic context, we define different MPA effects according to biodiversity catches or mixed points of view. Numerical simulations inspired from data of Abore coral reef reserve in New Caledonia illustrate the main concepts. In this case, it is pointed out how MPA conservation effect is not necessarily conflicting with MPA catches effect. it is shown that such a co-viability requires medium exploitation rate. Moreover, the climatic changes represented by rise in cyclonic events seem to reinforce these assertions. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.
Ecological Modelling (0304-3800) (Elsevier), 2007-11 , Vol. 208 , N. 2-4 , P. 353-366

Droits : 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-3510.pdf
DOI:10.1016/j.ecolmodel.2007.06.018
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3510/

Éditeur(s) : HAL CCSD Landes Bioscience
Résumé : International audience
In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.
Autophagy

hal-00735751
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00735751
PUBMED : 22966490

Éditeur(s) : EDP Sciences
Résumé : Marine Protected Areas (MPA) are often contemplated as a tool for the sustainable management of exploited resources and ecosystem conservation. This paper proposes an approach to establish a statistical diagnostic of the effects of MPAs on fish assemblages, and define corresponding ecological indicators. This requires choosing relevant variables (abundance, diversity, demographic parameters..) and appropriate statistical methods. The study was based on data from the Abore reef Reserve in New Caledonia. Two sets of methods: 1-inferential linear models (ANOVA, GLM): 2- Partial Least Squares (PLS) methods of regression, were used to test the effects of this MPA. PLS enabled us to test simultaneously within a model, density, species richness, biomass and mean size variables of fish community to retain the most sensitive and relevant ones. Habitat variability was also taken into account in these models. Species were grouped according to several criteria: 1-feeding habit; 2- taxonomy; 3-mobility; 4-adult size; 5-demographic strategy. No significant effect of the opening of the Abore reef to fishing was found for mobility. Feeding habit was the only criterion for which the results from the inferential models and PLS showed a significant effect of reserve status for all variables. Species richness, density, and to a lesser extent mean size, were sensitive to the removal of reserve status. but not biomass. Results from ANOVA and PLS regression were consistent but the latter allows a more holistic approach as it integrates all variables within a single model.
Les Aires Marines Protégées (AMP) sont de plus en plus considérées comme des mesures de gestion alternative permettant à la fois une gestion durable des ressources exploitées et la conservation des écosystèmes. Nous proposons une approche pour définir des indicateurs synthétiques et permettre un diagnostic statistique de l'effet des AMP sur les peuplements. Ce travail passe par le choix de variables pertinentes (abondance, richesse spécifique, paramètres démographiques, etc.) et de méthodes statistiques appropriées. Cette étude a été réalisée sur la réserve du récif Aboré en Nouvelle-Calédonie. Les données issues de deux campagnes scientifiques menées sur ce récif sont utilisées pour tester globalement l'effet des AMP grâce à des modèles linéaires inférentiels (ANOVA, GLM), et par des méthodes de régression PLS (Partial Least Squares). Ces dernières permettent de confronter dans un même modèle quatre variables (densité, richesse, biomasse et taille moyenne des poissons), afin de retenir les plus sensibles et les plus pertinentes pour l'évaluation de l'impact de la réserve. La variabilité de l'habitat est également prise en compte dans la modélisation. Les espèces sont regroupées selon plusieurs critères: 1- le régime alimentaire; 2- la taxonomie; 3- la mobilité; 4- des caractéristiques démographiques; 5- des caractéristiques de taille. Les espèces, quel que soit leur mobilité, n'apparaissent pas affectées par l'ouverture à la pêche du récif Aboré, qu'elles soient sédentaires ou très mobiles. Seul le critère trophique révèle un effet du changement de statut Réserve/Non Réserve pour toutes les variables, à la fois d'après les modèles inférentiels et les régressions PLS. Les résultats des modèles inférentiels et des régressions PLS montrent que la richesse spécifique et la densité sont les variables les plus sensibles à l'impact de l'ouverture à la pêche. La taille moyenne est également bien modélisée sur l'ensemble des résultats mais pas la biomasse. Les résultats d'ANOVA et de régression PLS sont cohérents mais la régression PLS permet d'intégrer toutes les variables dans un même modèle
Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-04 , Vol. 17 , N. 2 , P. 139-149

Droits : EDP Sciences, IFREMER, IRD 2004
http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-398.pdf
DOI:10.1051/alr:2004022
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/398/

Éditeur(s) : EDP Sciences
Résumé : The diversity of reef ecosystems, the multiplicity of reef resource uses and the breadth of the range of the island socio-cultural contexts concerned make coral reef fisheries (CRF) management in the South Pacific a complex task. The health and state of the targeted resources depend both on ecosystem characteristics (as determined by ecological and biological factors) and on fishing pressure, whose effects are only partly known. Increasing harvests from commercial and recreational fishing increasingly overlap with traditional Subsistence activity, creating an important CRF management challenge. This paper presents a new approach to CRF assessment and monitoring by providing a set of multidisciplinary indicators. The fisheries system is assessed from three different viewpoints: ecology of targeted populations, exploitation and the broader socio-econornic fishery context. The use of complementary indicators chosen from each of these fields could balance the chronic lack of human and financial resources for the management of these fisheries. We suggest the use of these indicators through an assessment grid or an indicator dashboard specifically adapted to given situations and management objectives determined through a participatory approach. The operational efficiency of this dashboard depends on i) dialogue between users, ii) the objectivity of the proposed monitoring, iii) the Visual transcription of divergent/convergent interests amongst stakeholders, and iv) stakeholder involvement in the decision-making process. The use and constraints of such a tool are described with reference to Ouvea atoll (New-Caledonia, South Pacific) for which an analysis of available indicators for assessing fisheries status is presented.
La diversité des écosystèmes coralliens, la multiplicité des modalités d'exploitation de leurs ressources et l'hétérogénéité des contextes socio-culturels insulaires rendent complexe la gestion des pêcheries récifo-lagonaires du Pacifique sud. La santé et l'évolution de ces ressources dépendent, d'une part, des caractéristiques propres de l'écosystème (obéissant à des facteurs biologiques et écologiques) et, d'autre part, de la pression de pêche dont certains effets seulement sont établis. La pêche traditionnelle aux fins de subsistance est aujourd'hui concurrencée par des activités à visées commerciales et récréatives, qui accroissent les prélèvements et soulèvent de nouveaux enjeux de gestion. L'article propose une approche pour l'évaluation et le suivi de ces pêcheries basée sur un ensemble d'indicateurs pluridisciplinaires. Le système « Pêche » est analysé de trois points de vue complémentaires : l'écologie des peuplements exploités, l'exploitation halieutique sensu stricto et le contexte économique et social plus large des pêcheries. La mise en place d'indicateurs issus de ces trois domaines vise à compenser le manque chronique de moyens financiers et humains pour la gestion des pêcheries coralliennes des îles du Pacifique sud. Nous suggérons que leur utilisation s'effectue au travers d'une grille d'évaluation ou tableau de bord répondant à des situations précises et des objectifs de gestion définis lors d'une approche participative. La portée opérationnelle de ce tableau de bord de gestion de la pêche repose sur i) la concertation engagée entre les usagers, ii) l'objectivité du suivi préconisé, iii) la transcription visuelle des intérêts convergents et/ou divergents des acteurs, et iv) leur implication dans le processus de décision. Les modalités et contraintes d'application de cet outil sont décrites sur l'exemple de l'atoll d'Ouvéa (Nouvelle-Calédonie, Pacifique Sud), pour lequel une analyse des indicateurs disponibles pour décrire l'état des pêcheries a été réalisée.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2005-07 , Vol. 18 , N. 3 , P. 199-213

Droits : 2005 EDP Sciences, IFREMER, IRD
http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-716.pdf
DOI:10.1051/alr:2005026
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/716/