Éditeur(s) : Université d'Angers
Résumé : In oyster farming areas, organic matter fluxes toward sediment is increased. Pacific oysters (Crassostrea gigas) reject organic-rich faeces and pseudofaeces as a result of filtration process. Organic matter can be consumed by benthic fauna, but in excess it can entails the reduction of benthic faunal species richness, abundance and biomass. Organic matter degradation also induces hypoxic (or anoxic) conditions in the sediment, and production of ammonia and sulfides in toxic concentrations. The main objective of this study is to assess the effects of oyster farming on benthic intertidal ecosystems in the Pertuis Charentais. Benthic macrofauna, living (stained) foraminifera, and physicochemical characteristics of the water column and sediment were used as indicators to evaluate these effects. A multidisciplinary approach was conducted across the Pertuis Charentais at 3 different spatial scales: an oyster trestle (micro-scale), an oyster culture area (meso-scale) and various sites across the Pertuis Charentais (macro-scale). The study was also realised at 4 different temporal scales: some months for the spatial micro-scale, every two weeks for 2 years at meso-scale and once per season during one year at macro-scale. In this study, I found that oyster farming enriches sediment in fine particles, organic matter (up to 12 %), particulate organic carbon (15-20 µg mg 1) and leads to high microphytobenthic biomass. Moreover, the association of seasonnal warming (during spring and summer), remineralisation of accumulated organic matter and short-term hypoxic conditions leads to sulfides and ammonium production. Consequently, the benthic biodiversity decreases and the population dynamic is disturbed. The population dynamic disturbance is characterised by fast abundance rises followed by high mortality rates. In these conditions, tolerant benthic macrofaunal (Cirratulidae, Spionidae and Capitellidae) and foraminiferal (Ammonia tepida and Cribroelphidium gunteri) species are promoted. AMBI index confirms "medium" ecological quality of oyster farming areas. On the contrary, across the control sites, sensible species are maintained (Amphipods, Rosalina cf. vilardeboana). Comparison of oyster farming techniques shows that on-bottom culture is less disturbing for benthic ecosystem than off-bottom culture. Axial tomodensitometry, an innovative method, was used to describe in 3D the sedimentary column organisation. I show that oyster farming modifies the sedimentary column functioning. Indeed, the macrofaunal diversity decrease leads to the modification of the functional diversity of assemblages. Thus, the vertical distribution of living foraminifera is limited in oyster farming areas, because their distribution is tightly related to macrofaunal bioturbating modes.
Dans les zones ostréicoles, les flux de matière organique sont importants, l'huître Crasssotrea gigas rejetant sous forme de pseudo-fécès et de fécès de grandes quantités de matière organique. De ce fait, bien que cette matière organique puisse être consommée par la faune benthique, sa surabondance peut provoquer une réduction de la richesse spécifique, de l'abondance et de la biomasse et provoquer sur le plan des processus biogéochimiques des déplétions en oxygène et l'apparition de substances comme l'ammonium et les sulfures dont les concentrations peuvent devenir toxiques. L'objectif principal de cette étude était donc de déterminer l'impact de l'ostréiculture, grâce à plusieurs indicateurs, sur le compartiment benthique d'un écosystème littoral comme les pertuis charentais. Pour évaluer ces effets, la macrofaune benthique et les foraminifères vivants benthiques ont été utilisés en association avec des mesures des paramètres physico-chimiques de la colonne d'eau et du sédiment. Une approche pluridisciplinaire a ainsi été menée dans les pertuis charentais à trois échelles spatiales différentes : à l'échelle d'une table ostréicole (micro-échelle), à l'échelle d'un site ostréicole (méso-échelle) et à l'échelle des pertuis charentais (macro-échelle). Dans les trois cas, un suivi dans le temps a été associé à une étude de distribution spatiale, quelques mois à micro-échelle, tous les quinze jours pendant deux années à méso-échelle et une fois par saison pendant une année à macro-échelle. Ces différentes approches ont permis d'avoir une vision pertinente de la dynamique et de la réponse fonctionnelle de la faune benthique aux changements induits par la présence de l'ostréiculture. La présence des cultures ostréicoles dans les pertuis charentais enrichit les sédiments en particules fines, en matière organique (12 %), en carbone organique particulaire (15-20 µg mg-1) et favorise une production microphytobenthique élevée. Pendant la période chaude de l'année printemps-été, la reminéralisation de la matière organique accumulée associée à des hypoxies temporaires a favorisé la production de sulfures et d'ammonium. Dans les stations soumises à l'ostréiculture, la diversité des assemblages diminue. La dynamique des espèces est caractérisée par des augmentations rapides des abondances suivies d'épisodes de mortalité. Les espèces tolérantes de la macrofaune benthique (Cirratulidae, Spionidae et Capitellidae) et des foraminifères vivants benthiques (Ammonia tepida et Cribroelphidium gunteri) sont favorisées. Le calcul de l'indice AMBI confirme la qualité écologique moyenne de ces sites. Au contraire, dans la station témoin, les espèces sensibles sont favorisées (Amphipodes, Rosalina cf. vilardeboana). La comparaison de la technique de culture sur table et de culture à plat a montré que la culture des huîtres à plat est moins perturbante pour le milieu. L'étude de la bioturbation a montré l'influence qui existe entre le mode de bioturbation des différents groupes de la macrofaune et la répartition verticale des foraminifères vivants dans la colonne sédimentaire. La diminution de la diversité des assemblages de la macrofaune dans les zones soumises à l'ostréiculture modifient la diversité fonctionnelle de ces assemblages et affectent le fonctionnement de la colonne sédimentaire, limitant la répartition verticale des foraminifères dans ces zones.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-2582.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2582/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The ecological success of cnidarian-dinoflagellate symbiosis mainly relies on nutrient recycling. Environmental changes, such as global warming or pollution, often result to symbiosis breakdown, also called cnidarian bleaching. The understanding of mechanisms regulating the symbiosis establishment, maintenance and breakdown is essential to prevent massive bleaching phenomena. In this respect, my PhD project focused on the characterization of chemical mediators expressed in the sea anemone Anemonia viridis, their localization and their modulation by stress conditions. A comparative study was first conducted to characterize the chemical mediators and analyze their distribution within the symbiotic sea anemone. We described a great abundance and diversity of lipids in A. viridis tissues. From these results, we proposed possible transfers of FAs between the symbiotic partners. A thermal stress and a chemical stress have also been applied in laboratory-controlled conditions in order to induce symbiosis breakdown and bleaching of the sea anemones, in order to correlate A. viridis metabolome to its symbiotic status. A mapping of these metabolites has been performed by MALDI-MSI of tentacle cross-sections, as well as their evolution following stress. Some betaine lipids have thus been proposed as short-term indicators of stress. A. viridis stress response has also been evaluated with a lipidomic approach, and allowed to identify 3 lipid indicators of early stress response based on membrane fluidity markers. Overall, this study provides insight on key chemical mediators that may regulate the symbiosis maintenance, and may contribute to the symbiosis breakdown.
Le succès évolutif des Cnidaires symbiotiques réside en grande partie dans leurs échanges trophiques établis avec les Dinoflagellés du genre Symbiodinium. Cependant, le réchauffement climatique global ainsi que les pollutions ont un impact fort sur les écosystèmes coralliens, notamment en conduisant à la rupture de la symbiose, phénomène appelé blanchissement. La compréhension des mécanismes qui régissent l’établissement, le maintien et la rupture de la symbiose est essentielle à la prévention des épisodes de blanchissement massif. Dans ce contexte, les objectifs de mon projet de thèse sont de caractériser les médiateurs chimiques de l’anémone de mer Anemonia viridis, de les localiser, et d’analyser leur réponse face à un stress. Parmi les composés caractérisés, les lipides et les bétaïnes sont les plus abondants et présentent une grande diversité. Certains sont transférés des symbiotes vers l’hôte. Des anémones de mer ont ensuite été traitées en laboratoire afin de provoquer la rupture de la symbiose et le blanchissement des individus. Une étude cinétique a été menée par une approche globale comparative identique à celle réalisée sur l’anémone symbiotique. Par ailleurs, une cartographie de l’évolution de composés clé a été réalisée par MALDI-MSI. La réponse au stress a été évaluée et a permis d’identifier des lipides de bétaïne et trois indicateurs lipidiques comme marqueurs de réponse précoce au stress. L’ensemble de ces résultats apporte de nouveaux éléments de réponse concernant le rôle des médiateurs chimiques clés dans le maintien de la symbiose, ainsi que leur influence sur sa rupture.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01310668

NNT : 2015NICE4108
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Land-use changes have deep consequences on species diversity, community structure and ecosystem functioning. Consequently, many works have tried to understand the effects of such changes on the diversity and functional properties of organisms. It has been demonstrated that species traits are oftenly more important than the identity of species per se in order to account understand the ecological roles of species. Besides, while the majority of assessments about land-use change effects on ecosystem functioning have focused on primary producers, the contribution of other organisms is essential to maintain the functioning and resilience of ecosystems.Ants are interesting organisms to track land-use changes due to their abundance, ubiquity and ecological dominance. Ants are present in most of terrestrial biomes and participate in several ecosystem processes through their consumption of food resources. They are also easy to sample and standard methods exist to provide accurate comparisons between studies. While a number of studies have demonstrated abrupt changes in ant species composition along environmental gradients, only a reduced number of such studies have tried to understand how ant community changes affect ecosystem processes. Moreover, the traits responsible for the stability of ant communities in response to land-use changes are little known. It is therefore necessary to develop a methodology that enables a proper identification of ant participation to different ecosystem processes and their contribution to ecosystems’ resistance and resilience.In this thesis I aim to bring some light about i) how land-use changes affect ant community structure? ii) what traits are responsible of the ecological success of a species or it’s extinction from a given environment? iii) how changes in the species or trait composition affect the participation intensity of ants in different ecosystem processes ?
Les perturbations d’origine anthropique sont à l’origine de l’érosion de la biodiversité avec des conséquences sur la structure des communautés et pour le fonctionnement des écosystèmes. La vitesse de ces changements a stimulé de nombreuses recherches portant sur les effets de ces modifications sur la biodiversité des organismes et leurs propriétés fonctionnelles. En effet il a été montré que les traits des espèces sont plus importants que leur identité elle-même pour tenir compte de leurs rôles écologiques. Même si la majorité de ces travaux ont étudié la réponse des producteurs primaires sur les écosystèmes terrestres, la contribution d’autres organismes est toutefois essentielle pour maintenir un fonctionnement et une résilience des écosystèmes corrects.Les fourmis sont des organismes cibles intéressants pour étudier de telles modifications du fait de leur abondance et de leur dominance écologique. En effet elles ont une distribution cosmopolite et participent à de nombreuses fonctions dans l’écosystème terrestre. Elles sont également faciles à étudier et des méthodes d’échantillonnage standard existent. Bien que de nombreuses recherches aient démontré des modifications dans la composition spécifique des fourmis dans des gradients environnementaux, un nombre réduit d’entre elles ont étudié la contribution de ces organismes sur le fonctionnement des écosystèmes. De plus, les traits responsables de la stabilité des communautés de fourmis en réponse à ces modifications sont encore peu connus. Il est donc nécessaire de développer une méthodologie capable d‘identifier la participation des fourmis dans des processus écosystémiques permettant également de quantifier leur activité afin de comprendre comment ces organismes agissent sur les capacités de résistance et résilience des écosystèmes.Ainsi, cette thèse vise mettre en lumière i) en quoi la simplification des habitats liée aux activités humaines a des répercussions sur les communautés de fourmis, ii) quels sont les traits responsables du succès écologique d’une espèce ou de son déclin au sein d’un environnement donné, et iii) comment ces variations en composition spécifique impactent l’intensité de participation des fourmis aux processus écosystémiques.
https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01389102

NNT : 2016YANE0004
tel-01389102
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Éditeur(s) : CNEXO
Résumé : This book constitutes the first of a series of three volumes, the purpose of which is to cover the principal methods used in fish population dynamics. It is devoted to the definition of the main concepts, ami the presentation of the usual mathematical models. The second volume will deal with the fitting of the models, and the estimation of parameters. The third will be devoted to sampling problems. These volumes will be recollections of communications presented during ad hoc seminars, hold in Brest (GSG/COB) in 1980 and 1981. The first part deals with the basic concepts related to the two components whose relationship is being described by the population dynamics, namely the fish stock, to its relations with biological populations, and to the partition of catchabtiity into its components (vulnerability, availability...). The second chapter of this part is devoted to the quantification of exploitation. This leads to a discussion of nominal and effective fishing effort and fishing intensity. A brief review of the use of catch per unit of effort as an index of abundance is followed by a discussion of the concept of fishing power. The second part starts with some general remarks on mathematical modelling (chapter III), then comes to the two classical categories of models : global (surplus production) models (chapter IV), and structural models (chapter V). Chapter IV is mainly a review, based upon the SCHAEFER and PELLATOMLINSON models. Some less classical formulas from the recent literature are also introduced. Attention is paid to the underlying hypotheses and to the limitation of such models. The reader is finally referred to papers presenting the developments that could make it possible to overcome some of these limitations. Chapter V is based upon the classical BEVERTON and HOLT and RlCKER models, and the yield per recruit concepts. This field is however inlarged. Other commonly used variants of structural models are presented with an effort being made to clarify the real differences between all these variants. Special attention is also paid to so-called regenerative models and to the use of spawing-biomass or fecundity per recruit, which are likely to become commonly used in the coming years. In all cases, special attention is paid to the presentation of the basic formulas, that the reader might have to use if faced with a practical problem. Finally, a discussion of the underlying hypotheses takes place, before a brief review of the main developments, where the reader is referred to the appropriate literature.
Ce livre constitue le premier volet d'un tryptique destiné à effectuer une revue des méthodes essentielles en dynamique des populations marines exploitées. Il est consacré à la définition des concepts de base, à la présentation des modèles courants. Dans la discussion des concepts, ce volume s'attache à clarifier les notions relatives aux deux parties dont les relations font l'objet de la dynamique des populations exploitées : le stock et la flottille de pêche. Ceci amène notamment à préciser la définition d'un stock, sa relation avec la notion de population biologique, à analyser les problèmes de définition de la capturabilité. Les concepts d'intensité, d'effort, de puissance de pêche, une analyse des relations entre abondance et capture par unité d'effort sont ensuite présentés. Après une brève réflexion générale sur la modélisation, la deuxième partie de cet ouvrage présente les modèles eux-mêmes, en abordant successivement les modèles dits globaux et structuraux. Un effort est fait pour couvrir non seulement les versions les plus anciennes, mais aussi les variantes récentes, pour détailler les relations entre ces différentes variantes, offrir un formulaire de base, enfin, discuter les hypothèses majeures et les prolongements souhaitables ou en cours.
Publications du C.N.E.X.O. Série "Rapports scientifiques et techniques" (0339-2899) (CNEXO), 1981 , N. 45 , P. 1-120

Droits : Centre National pour l'Exploitation des Océans, 1981
http://archimer.ifremer.fr/doc/1981/rapport-1126.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1126/

Résumé : The hydrological (temperature, salinity, nitrate, nitrite, ammonium, phosphate and dissolved oxygen) and phytoplanktonic (biomass and cell abundances) results obtained on the points of Jobourg and Barneville during the nine 2006 cruises, do not enable the characterisation of an influence of non-active waste from the AREVA NC plant of La Hague on the environment.
Les résultats des paramètres hydrologiques (température, salinité, nitrate, nitrite, ammonium, phosphate et oxygène dissous) et phytoplanctoniques (biomasse et abondances cellulaires) obtenus sur les points Jobourg et Barneville lors des neuf campagnes annuelles de 2006, ne permettent pas de mettre en évidence une influence des rejets non actifs de l'usine AREVA NC de La Hague sur l'environnement.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/rapport-3835.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3835/

Éditeur(s) : Université de la Polynésie Française
Résumé : The ontogeny of osmoregulation was studied in the blue shrimp Litopenaeus stylirostris in New Caledonia. The implication of branchial organs in ionic regulation was first demonstrated in juveniles by immunolocalization of three ion transporting proteins ( namely NKA, co-transporter NKCC1 and CFTR ) and ionocyte detection was done by means of electron microscopy. The role of the main ion transporting enzyme, NKA, was subsequently investigated during post-embryonic development using an integrative approach associating physiological, histological, immunological and biomolecular studies. Results obtained allowed us to propose a model of the osmoregulatory pattern in L. stylirostris based on weak regulation in the early stages, then progressively this species acquires the adult pattern of hyper-hypo-regulation after metamorphosis with the concurrent development of epipodites and gills. Strong NKA immunofluorescence and abundance of NKA transcripts in these two tissues compared to others organs suggest their functional implication in osmoregulatory processes. The results of this study allow us to increase our knowledge of the penaeid shrimp osmoregulation and to propose zootechnical measures to improve the animal physiological comfort. These propositions have been already tested during larval rearing trials, leading a two-fold-growth in 19 days-old postlarvae.
L’étude de l’ontogenèse de l’osmorégulation a été entreprise chez la crevette bleue Litopenaeus stylirostris en Nouvelle-Calédonie. L’implication des tissus de la cavité branchiale dans la régulation ionique a été déterminée au préalable chez des juvéniles par immunolocalisation de trois transporteurs protéiques d’ions, ( la NKA, le co-transporteur NKCC1 et le CFTR ) et par la détection de ionocytes en microscopie électronique. Le rôle de la NKA a été particulièrement étudié et son implication a été examinée au cours du développement post-embryonnaire par une approche intégrative associant des études physiologiques, histologiques, immunologiques et moléculaires. Cette démarche nous a permis de proposer un modèle d’osmorégulation chez L. stylirostris: de faible régulatrice dans les premiers jours de sa vie, cette espèce évolue vers l’hyper-hypo-régulation après la métamorphose avec le développement progressif des épipodites et des branchies. L’immunofluorescence prononcée de la NKA ainsi que l’abondance des transcrits du gène codant la NKA dans les tissus de ces deux organes suggèrent leur implication fonctionnelle dans l’ionorégulation. Les résultats de ce travail nous ont permis d’accroître nos connaissances sur l’osmorégulation chez les pénéidés et de proposer des améliorations zootechniques visant à augmenter leur confort physiologique. Ces préconisations ont fait l’objet de premiers essais en conditions d’élevage et se sont traduites par un doublement de la croissance des post-larves de 19 jours.

Droits : 2011 The author, Univ. Polynésie Française
http://archimer.ifremer.fr/doc/00052/16314/13816.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00052/16314/

Éditeur(s) : Ecole nationale supérieure agronomique de Rennes
Résumé : Describe and gain understanding on fluctuations in animal population over time and space is a central goal of population ecology. This is also crucial to ensure the sustainable management of exploited resources, particularly those with complex population dynamics such as the bluefin tuna. The goal of this work is to collect bluefin tuna catches from the ancestral Mediterranean and Atlantic trap fisheries to (i) characterise long-term fluctuations in bluefin tuna population migrating in the Mediterranean, (ii) analyse their causes et (iii) assess their implications for fisheries management. The bluefin tuna main biological and ecological characteristics are first detailed. Then, the first part presents the trap fishery, and the process of collect and validation of the historical catches. This leads to develop a data base of 54 time-series more than 20 years long, the longest ones spanning about four centuries. Mean historical catches were around 15 000 tons/year ([7 000;25 000]). Time-series are analysed in a second part. Temporal variability of trap catches may be decomposed in three components: 100-year-long periodic fluctuations, 20-year cycles and inter-annual variations. These medium- to long-term fluctuations, representing more than 50% of the variability in the time-series, were synchronous all around the western Mediterranean and adjacent North Atlantic. In contrast, short-term variability was synchronous at a local scale only. It is argued that long-term fluctuations in trap catches could be considered as a proxy for those in abundance, and a synthetic time-series is computed to depict them. Biological and ecological processes that could cause such long-term fluctuations are discussed in a third part. We tested whether long-term fluctuations in Atlantic bluefin tuna might be related to large-scale environmental changes, using long time-series of the North Atlantic Oscillation (NAO), the Length of the Day index (LOD, a proxy of the atmospheric circulation index ACI) and the temperature. Spectral analyses of trap catches, LOD and temperature displayed similar spectra with peak at low frequency, whereas those of the NAO exhibited a broad band spectrum. Regression analyses and tests of correlation did not reveal any clear relationship between trap catches on the one hand and NAO and LOD on the other hand. In contrast, long-term fluctuations in trap catches appear to be negatively and significantly related to long-term trends in temperature. Underlying processes that could explain such a relationship are discussed, with special focus on changes in migration patterns. Finally, implications of such fluctuations in term of fisheries management are discussed in a fourth part. A simulation framework, in which a simulated population dynamics model is coupled with a VPA, is built to test the pertinence of the diagnostic of stock assessment according to different scenarios on fluctuations origins and population status. In the hypothesis of fluctuations linked to variations in the recruitment, VPA appears able to reconstruct the fluctuations but the predictions may be biased if natural fluctuations are not taking into account. In the hypothesis of fluctuations linked to changes in migration pattern, VPA is not able to reconstruct the population dynamics. In a precautionary approach, quotas which follow may be unsuitable in the best case, at worst dangerous if they are defined in comparison with a reference point. The concept of cible reference points, fixe and unique over time, appears not relevant for bluefin tuna; estimate trajectory reference pertinent may prove to be more pertinent.
Décrire et comprendre les fluctuations spatio-temporelles des espèces animales constituent les enjeux majeurs de l'écologie. La question est également cruciale pour réussir la gestion durable des ressources exploitées, en particulier celle du thon rouge, grand pélagique migrateur à la dynamique complexe. L'objectif de ce travail est de collecter les captures historiques de thon rouge par les madragues méditerranéennes et proche atlantiques pour (i) caractériser les fluctuations à long terme de la population migrante en Méditerranée, (ii) étudier leur déterminisme et (iii) évaluer leurs implications en terme de gestion des pêcheries. Après avoir décrit les principales caractéristiques biologiques et écologiques du thon rouge, la première partie présente la pêcherie à la madrague, puis le processus de collecte et de validation des données historiques de captures. Ce dernier conduit à la mise en place d'une base de données de 54 séries de plus de 20 ans, dont les plus longues s'étendent sur près de 4 siècles. Les productions historiques sont estimées à environ 15 000 tonnes/an ([7 000;25 000]). Les séries historiques de captures sont analysées dans la seconde partie. Leur variabilité temporelle peut être décomposée en trois composantes : de larges cycles pseudo-séculaires, des variations périodiques d'une vingtaine d'années et des fluctuations inter-annuelles. Les fluctuations à moyen et long terme, expliquant plus de la moitié de la variance des séries, sont synchrones à l'échelle du bassin méditerranéen occidental et du proche Atlantique. La variabilité inter-annuelle, en revanche, n'est synchrone qu'à une échelle locale. On montre finalement que les fluctuations à long terme des captures peuvent être considérées comme de bons indices des tendances des abondances de la population de thons rouges migrants en Méditerranée. Une série synthétique est construite pour les décrire. Les processus biologiques et écologiques susceptibles d'être à l'origine de ces fluctuations sont discutés dans la troisième partie. L'hypothèse d'un forçage environnemental à grande échelle est testée en utilisant des indices à long terme de l'Oscillation Nord Atlantique (NAO), de la longueur du jour (LOD, un indicateur de l'indice de circulation atmosphérique ACI) et de la température. Les analyses spectrales sur les séries de captures, du LOD et des températures révèlent des spectres similaires, avec un pic sur les basses fréquences, alors que celles sur le NAO conduisent à une large bande spectrale. Les régressions et les tests de corrélations ne montrent aucune relation significative entre les captures par les madragues et le NAO et le LOD. En revanche, les fluctuations à long terme des captures apparaissent significativement et négativement corrélées avec les fluctuations à long terme des températures. Les processus sous-jacents susceptibles d'expliquer une telle relation, en particulier des changements migratoires, sont discutés. Finalement, les implications des fluctuations pour la gestion de la pêcherie sont discutées dans une quatrième partie. Un cadre de simulation, couplant un modèle de dynamique de population à une VPA, est élaboré pour tester la pertinence des diagnostics d'évaluation de stock selon différents scénarios d'origine des fluctuations et d'état de la population. Dans l'hypothèse de fluctuations liées à des variations du recrutement, la VPA apparaît capable de reconstruire les fluctuations mais les prédictions sont biaisées lorsqu'il n'est pas tenu compte des fluctuations naturelles du stock. Dans l'hypothèse de fluctuations liées à des changements migratoires, la VPA est alors incapable de reproduire la dynamique de la population. Dans une approche de précaution, les quotas qui en découlent peuvent se révéler au mieux inappropriés, au pire dangereux s'ils sont définis par rapport à un point de référence. Ce concept de point cible, fixe et unique dans le temps, apparaît inapproprié pour le thon rouge ; estimer des "trajectoires de référence" serait sans doute plus pertinent.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-65.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/65/

Résumé : La première illustration d'une larve d'ombrine dans le milieu naturel est publié par Jannke en 1971. La description des oeufs et larves d'ombrine est réalisée par Holt (1981) . L'alimentation des larves d'ombrine dans le milieu naturel est précisée par Steen et Laroche (1983), (d'après Robinson, 1988). La croissance larvaire dans le golfe du Mexique est étudiée par Comyns et al, 1989. En 1978, Arnold et al., avec les premiers résultats obtenus sur le contrôle de la ponte de l'ombrine, effectuent les tous premiers essais d'élevage en intensif dont les résultats sont peu prometteurs par rapport à ceux obtenus d'après la technique d'élevage larvaire en extensif (Colura et al.,1976). Par la suite un certain nombre de paramètres de l'élevage en bassins vont être étudiés l'âge de 1ère alimentation, la charge et la concentration en larves (Roberts et al., 1978 - Holt & Arnold, 1985 , la croissance larvaire (Lee et al, 1984) , la température, la salinité et la tolérance à l'ammoniaque (Holt et al 1981 - Holt & Arnold, 1983). Une revue des connaissances sur l'élevage larvaire en "intensif" (quelques larves au litre) est réalisée par Holt & al (1987). Le travail présenté ici est très certainement l'étude la plus importante réalisée jusqu'à ce jour sur l'alevinage en intensif et en bassins de l'ombrine subtropicale. Il a comme objectif de démontrer la faisabilité technique de son élevage, et de promouvoir le développement de son aquaculture. Différents thèmes de recherche vont apparaître et s'imposer au cours des 3 années d'étude sur cette espèce, au fil des élevages successifs. Comme présenté sur le tableau 1, les larves utilisées en élevages sont issues de 14 lots, 9 importés des USA et 5 "locaux". Ces 14 lots ont permis la réalisation de 14 élevages larvaires "pilotes" en volume de bassins de 300, 1000, 1800 litres avec des volumes d'élevage de 2m3, 2-4m3 et- 2-10m3 pour les différentes phases de l'élevage Ces élevages "pilotes" visent à appliquer les connaissances zootechniques acquises sur l'espèce, à travers les expérimentations en volumes plus faibles (401, 2251, 5001) où des thèmes aussi divers que la lumière , l'abondance et la qualité des proies, le sevrage et le sevrage précoce, les normes zootechniques du prégrossissement ont été abordés (4éme document de cette étude). Les élevages 4,5,8,9 et 12 n'ont pu être menés à terme (tableau 1) . Les premiers essais de tri en élevage (tri précoce en écloserie et tri en prégrossissement), sont également présentés.

Droits : 1990 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00133/24381/22396.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00133/24381/

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé : The suitability of the natural 15N abundance and of total N concentration of leaves as indicators of the type of plant N nutrition in a rain forest of French Guiana were tested. Leaf samples from primary legume species, non-legumes (pioneer species) and from the non-N2-fixing species Dicorynia guianensis were analyzed. Both '15N and total leaf N varied widely (m1 r '15N (‰) r 7 and 1 r leaf N(%) r 3.2) suggesting possible distinctions between diazotrophic and non-fixing plants. The '15N also revealed two statistically distinct groups of non-N2-fixing species ('15N = 5.14 - 0.3 vs '15Nv=v1.65 - 0.17) related to the different ecological behaviors of these species in the successional processes. We conclude that the '15N signature of plant leaves combined with their total N concentration may be relevant indicators for identifying functional groups within the community of non-N2-fixing species, as well as for detecting diazotrophy. Despite the variability in the '15N of the non-N2-fixing species, N2-fixing groups can still be identified, provided that plants are simultaneously classified taxonomically, by their leaf '15N and total N concentration and by the presence or absence of nodules. The variability in the '15N of the non-fixing species is discussed.
ISSN: 0029-8549

hal-01031454
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01031454
DOI : 10.1007/s004420050846

Résumé : Parmi les matériaux innombrables provenant de l'exploration zoologique entreprise à bord de l'HIRONDELLE, en trois campagnes consécutives (1886, 1887 et 1888), de trois régions de l'Atlantique Nord (Golfe de Gascogne, parages de Terre Neuve et archipel des Acores), les Spongiaires se trouvaient en abondance. En me confiant leur étude, sur la recommandation toute sympathique de M. le baron J. de Guerne, S. A. le Prince de Monaco m'a fait un honneur dont je lui dois d'autant plus de reconnaissance que son choix pouvait indifféremment se porter sur plusieurs savants que distinguait I' importance de leurs travaux récents. II m’était impossible de me dissimuler les difficultés d'une tache aussi honorable, car les recherches auxquelles je m’étais livré jusqu'alors sur la faune de la Manche, sur les Clionides et sur quelques Spongiaires du Golfe du Mexique et de la Méditerranée n'avaient certainement pu suffire à m'y bien préparer.
Résultats des campagnes scientifiques. Albert 1er de Monaco

Droits : 1892 Imprimerie nationale de Monaco, Institut Océanographique
http://archimer.ifremer.fr/doc/00088/19911/17575.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00088/19911/

Éditeur(s) : SéretB. & J.-Y. Sire, eds Paris: Soc. Fr. lchtyol. & IRD, 2000: 29-45
Résumé : Forty one manned submersible dives were carried out during 2 cruises in the Bay of Biscay covering a range of depth from about 100 to 2100 m. Chondrichthyan species were observed in most of the dives, some of them were easily identified and their behaviour could be studied. Twenty-two chondrichthyan species (9 sharks, 8 rays and 5 chimaeras) were recorded. Shark species were always seen active except Scyliorhinus canicula and Galeus melastomus. Some representatives were found motionless on the bottom, sometimes forming groups for the first species. Chimaeras appeared to strongly react to the presence of the submersible. The density of chondrichtyes and their relative frequency in the total fish assemblage were estimated, the results are globally consistent with former knowledge and the differences with results from trawl surveys are discussed. The observations presented here suggest peak of Chimaera monstrosa abundance at upper slope depth (200-500 m) that was not documented formerly for that area.
Quarante et une plongées en submersible habité ont été effectuées lors de 2 campagnes dans le Golfe de Gascogne par des profondeurs de 100 à 2100 m environ. Des Chondrichtyens ont été observés au cours de la plupart des plongées, 22 espèces (9 requins, 8 raies et 5 chimères) ont été identifiées et leurs comportements ont pu être étudiés. Les requins étaient toujours actifs sauf Scyliorhinus canicula et Galeus melastomus dont certains représentants ont été trouvés immobiles sur le fond, parfois en groupe pour la première espèce. Les chimères se sont montrées très réactives à la présence du submersible. Les densités et fréquences relatives pour l'ensemble des Chondrichtyens ont été estimées, les résultats sont globalement cohérents avec les estimations antérieures; les différences avec les estimations issues de chalutages sont discutées. Les observations présentées ici suggèrent qu'il existe un pic d'abondance de Chimaera monstrosa à la profondeur de la pente supérieure (200-500 m). Ce pic n'avait pas été observé précédemment dans cette zone.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2000/acte-2571.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2571/

Éditeur(s) : Université de la Nouvelle-Calédonie
Résumé : Estimating diversity and abundance of fish is fundamental for the understanding of community structure and dynamics of coral reefs. Observations are generally gathered using Underwater Visual Census (UVC). These informations can also be collected by underwater video techniques involving no diver and allowing a high spatial and temporal coverage. The first part of this PhD thesis is a review of publications using underwater video techniques between 1952 and 2012. The second part present two rotating video systems used to study the diversity of ichthyofauna and habitats in the lagoon of New Caledonia: the STAVIRO (for "STAtion VIdeo ROtative") and the MICADO (for "Module d’Imagerie Côtier, Autonome pour le Développement de l’Observation sous-marine"). The third part of this work is a comparison of these techniques with UVCs and an analysis of the “observer effect” for the rotating video techniques. The comparison between rotating video systems and UVC showed that: (i) fish community data collected by UVC and by STAVIRO differed significantly; (ii) species richness and density of large species were not significantly different between techniques; (iii) species richness and density of small species were higher for UVC; (iv) density of fished species was higher for STAVIRO; and (v) only UVC detected significant differences in fish assemblages structure across reef type. The comparison of fish counts obtained from the same videos by different observers showed that for a defined list of species, estimates of species richness and total abundance can be considered as similar between observers with sufficient experiences (> 6 months). The last part of this PhD is an application of rotating video techniques to the study of daily temporal variations of the ichthyofauna. Daily variations were observed depending on the time of day and the tidal state and typical patterns of variations have been described for some species groups. The outcomes of this work bring original insights of new techniques complementary to traditional techniques in order to enhance our understanding of the functioning and dynamic of coral reef.
L’estimation de la diversité et de l’abondance des espèces de poissons est fondamentale pour comprendre la structure des communautés et la dynamique des récifs coralliens. Les observations sont généralement obtenues par des recensements visuels en scaphandre autonome (UVC). Ces informations peuvent également être obtenues de manière originale grâce aux observations issues des techniques vidéo sous-marines modernes sans plongeur qui permettent des couvertures spatiales et temporelles accrues. La première phase de ce travail de thèse synthétise l’ensemble des travaux ayant été effectués avec des techniques vidéo entre 1952 et 2012. La seconde phase, présente deux systèmes vidéo rotatifs complémentaires, utilisés pour étudier la diversité de l’ichtyofaune et des habitats marins dans le lagon de Nouvelle-Calédonie : le STAVIRO (pour « STAtion VIdéo ROtative ») et le MICADO (pour « Module d’Imagerie Côtier, Autonome pour le Développement de l’Observation sous-marine »). La troisième phase de ce travail consiste à comparer ces systèmes vidéo aux UVC puis à examiner l’effet « observateur » inhérent aux techniques vidéo rotatives. Il résulte de cette étude que : (i) les observations des communautés de poissons par UVC et STAVIRO différaient significativement, (ii) la richesse spécifique et la densité des espèces de grande taille n'étaient pas significativement différentes entre les techniques, (iii) la diversité et la densité des espèces de petite taille étaient plus élevés avec les UVC; (iv) la densité des espèces pêchées était plus élevée avec les STAVIRO et (v) seuls les UVC ont détecté des différences de structure des assemblages en fonction du type de récif. L’étude de l’effet « observateur » a montré que sur une liste d’espèces définie, les dénombrements et les identifications des individus peuvent être considérées comme similaires entre observateurs ayant une expérience suffisante (> 6 mois). La dernière phase de ce travail a permis d’appliquer la technique MICADO à l’étude des variations temporelles de l’ichtyofaune d’un site corallien à l’échelle de la journée. Elle a permis de mettre en évidence des variations cycliques journalières en fonction de l’heure et de la marée et des « profils type » de variations ont pu être identifiés pour certains groupes d’espèces. Ce travail de thèse permet ainsi de participer au développement de nouvelles techniques d’observations complémentaires des techniques traditionnelles afin d’enrichir les connaissances du fonctionnement et de la dynamique des écosystèmes coralliens.

Droits : Université de la Nouvelle-Calédonie
http://archimer.ifremer.fr/doc/00189/30050/28536.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00189/30050/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : The rapid development of the albacore tuna (Thunnus alalunga) driftnet fishery in the Pay of Biscay (Atlantic ocean, France) has incited European management authorities to ask for a study of its ecological impact on populations of common dolphins and striped dolphins. A programme with onboard observers has been led during 1992 and 1993, and a sighting survey has allowed the evaluation of the abundances of fractions of populations in the studied area. For the population of common dolphins, the biological parameter estimation has allowed the building of a discrete age-structured model based on a Leslie matrix. Sensitivity studies have been conducted using four model parameters (age of first reproduction, interval between births, juvenile and adult survival rates). Results show that the increase rate of the population presents the highest sensitivity versus adult survival rate and, in second place versus the interval between births.
Le développement rapide de la pêche au thon germon (Thunnus alalunga) au filet maillant dérivant dans le golfe de Gascogne a incité les instances de gestion européenne à demander une étude de son impact écologique sur les populations de dauphin commun et de dauphin bleu et blanc. Des observateurs embarqués à bord ont mené au cours des années 1992 et 1993 une campagne d'échantillonnage sur un parcours linéaire, ce qui a permis d'estimer l'abondance des fractions de populations présentes sur la zone étudiée. Pour la population de dauphins communs, l'estimation des paramètres biologiques a permis de construire un modèle à pas discret structuré en âge faisant appel à une matrice de Leslie. Des études de sensibilité ont été réalisées selon quatre paramètres du modèle; âge de première mise bas, intervalle entre mises bas, taux de survie des juvéniles, taux de survie des adultes sur les deux sexes confondus. Les résultats montrent que le taux d'accroissement de la population présente la plus forte sensibilité, en fonction du taux de survie des adultes avec, en deuxième ordre, l'intervalle entre mises bas.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (Elsevier), 1998-11 , Vol. 11 , N. 6 , P. 359-369

Droits : 1998 Published by Elsevier SAS
http://archimer.ifremer.fr/doc/1998/publication-865.pdf
DOI:10.1016/S0990-7440(99)80001-1
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/865/

Résumé : Le cycle biologique du priucipal stock de crevettes pénéïdes (Penaeus subtilis) exploité sur le plateau continental guyanais est court (18 mois environ). Les variabilités intra et inter annuelles de l'abondance des individus appartenant aux différentes composantes des premières phases du cycle (larves, post-larves, juvéniles) sont très fortes, ce phénomène étant exacerbé par le double changement de milieu au cours du cycle, passage d'un habitat en eau salée à celui en eau douce puis retour au précédent. La pêcherie de la flottille crevettière guyanaise est ainsi basée sur un stock au renouvellement rapide et variable, aussi l'optimisation de sa gestion implique une meilleure compréhension des mécanismes de recrutement des crevettes et notamment de ses variabilités spatio-temporelles, intra et inter annuelles. Ainsi, depuis octobre 1992 une étude est conduite pour analyser ce mécanisme de recrutement Elle s'intègre dans un programme de coopération régionale entre l'IFREMER et le Ministère de l'Agriculture, de l'Elevage et des Pêches du Surinam financé par des fonds FEDER et du FIC, et elle est menée par l'IFREMER dans la Zone Economique française et le laboratoire du Département des pêches du Surinam sur le plateau surinamien. Ce programme prévoit une série de huit campagues en mer qui seront conduites en parallèle par chacun des deux laboratoires Français et Surinamien sur les plateaux de Guyane (campagues RESUBGUY) et du Surinam (campagnes RESUBSUR) afin d'analyser le phénomène de recrutement sur la plus large échelle possible d'observation (plateau guyano~urinaruien). Deux campagues annuelles ont été programmées pour chaque pays, en mai et en octobre. La périodicité de ces campagues est fonction des résultats des travaux conduits par l'IFREMER et l'ORSTOM sur la phase pré-recrutée de Penaeus subtilis qui ont mis en évidence deux principales périodes annuelles distinctes de recrutement (avril-mai; septembre-octobre). Cette étude n'est pas limitée pas à l'examen des seules captures de crevettes Penaeus subtilis, puisqu'elle inclue également l'analyse de la composition des prises accessoires des crevettiers. Les "by-catches" considérées dans ce travail sont surtout représentées par la crevette "sea-bob", Xiphopenaeus kroyeri, ainsi que par les principales espèces de poissons d'intérêt commercial (ou ayant une forte probabilité de le devenir dans un futur proche). Enfin, une attention particulière a aussi été portée sur les captures accidentelles de tortues marines afin d'en estimer l'importance réelle.

Droits : 1993 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00070/18155/15710.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00070/18155/

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : The dwindling of the stocks of some marine animals traditionally fished is driving the producers to consider the exploitation of species which were seen as of lesser interest up to now. Among the latter, cephalopods hold a specific position. In the first place, they are not a new resource so to speak, having been eaten in Asian and Mediterranean countries for a long time, and, above all, they've been the object of a growing interest for a few years now. It is encouraging to see that this tendency is very distinct in our country where it can be thought that producers and consumers are now aware of the value of this abounding species. The actions aimed at optimising their exploitation are thus facilitated but they suffer from the imprecision of the statistical data on the fisheries. This data is indeed necessary to evaluate the availability of the stocks and to direct the production through a rational management.
L'amenuisement des stocks de certains animaux marins traditionnellement pêchés amène les producteurs à envisager l'exploitation d'espèces jusqu'à présent considérées comme de moindre intérêt. Parmi ces dernières, les céphalopodes occupent une place particulière. En premier lieu, ils ne constituent pas à proprement parler une ressource nouvelle, ayant de tous temps été consommés dans les pays asiatiques et méditerranéens, et surtout, depuis quelques années, ils suscitent un intérêt croissant dans nombre de pays. II est encourageant de constater que cette tendance est particulièrement nette dans notre pays où tout porte à croire •que producteurs et consommateurs ont pris conscience de la valeur de cette ressource disponible en abondance. Les actions destinées à optimaliser l'exploitation en sont facilitées mais se heurtent à l'imprécision des données statistiques sur les pêcheries. Ces dernières deviennent indispensables si l'on veut évaluer la disponibilité des stocks et orienter la production par une gestion rationnelle. On observe de plus qu'une étendue de plus en plus importante du domaine maritime tombe inévitablement sous le coup de réglementations locales ou internationales qui s'appuient très largement sur les statistiques de pêche. Si nous voulons aider efficacement les producteurs, nous devons disposer de données complètes et objectives. Sans attendre que soit atteint ce degré de précision, nous avons voulu aborder une étape plus élémentaire en réunissant les informations relatives à l'état actuel de l'exploitation des céphalopodes et aux solutions pour la développer. [OCR NON CONTRÔLE]
Science et Pêche (0036-8350) (ISTPM), 1977 , Vol. 265

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1977/publication-6666.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6666/

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : The Atlantic coast of Martinique shows the typical characteristics of the tropical regions with a coral facies, and especially: a) a wide variety of sedentary animal species, especially coral fishes, of smaller sizes and numbers, thus forming smaller populations than those living under other latitudes ; b) the presence, between the shore and the reef barrier, of a shallow strip of soft bottoms, without any natural shelter, well protected, but with difficult access for off-shore species, and with a poor fauna. It is the major explanation for the weakness of the performances on this restricted continental shelf where, in addition, the fishing effort keeps growing. The complex relief of the reef makes the use of the trawl nets impossible and very difficult that of filtering nets, like bottom gillnets, which proved difficult to handle on the reef areas, as observed through this campaign. For these reasons, the Atlantic coast of Martinique is bound to an artisanal exploitation, whose expansion is very limited by the natural ecologic conditions. [...]
La côte atlantique martiniquaise présente les caractéristiques typiques des régions tropicales à faciès corallien et essentiellement: a) une grande variété d'espèces animales sédentaires, et en particulier de poissons récifaux, de tailles généralement réduites et de faible abondance numérique, constituant des populations bien moins denses que celles qui existent sous d'autres latitudes; b) la présence, entre le rivage et la barrière corallienne, d'une bande peu profonde de fonds doux, dépourvue d'abris naturels, bien protégée, mais peu accessible aux espèces du large et où le règne animal est pauvre. C'est là l'explication majeure de la faiblesse des rendements obtenus sur ce plateau continental restreint sur lequel, en outre, l'effort de pêche ne cesse d'augmenter. Le relief complexe du récif y rend impossible l'utilisation des arts traînants et très difficile celle des engins filtrants comme les filets calés, dont cette campagne nous a montré le peu de maniabilité sur les secteurs coralliens. Pour ces raisons, la zone littorale atlantique martiniquaise est vouée exclusivement à une exploitation de type artisanal, dont les possibilités d'expansion sont très limitées par les conditions écologiques naturelles. D'après l'examen des données recueillies, l'état des stocks halieutiques littoraux, tant en poissons qu'en crustacés semble encore assez satisfaisant dans l'ensemble. Cependant, il faut souligner le fait que l'accroissement de l'effort et du nombre des pêcheurs « occasionnels », et l'exploitation en général encore très anarchique des ressources, auxquels on assiste à l'heure actuelle en dépit de la législation existante, risquent, si l'on n'y prend garde, de conduire à brève échéance à une surexploitation des fonds côtiers. Il est facile, pour les professionnels, d'éviter l'appauvrissement qui menace ces lieux de pêche, s'ils prennent conscience, dès à présent, de la nécessité d'appliquer spontanément et sans contraintes un certain nombre de mesures de protection indispensables. Enfin, de premières observations nous laissent supposer que les conditions de milieu, existant au-delà de la barrière corallienne, sont favorables à la prolifération d'une faune benthique, mais surtout pélagique, abondante et de bonne qualité. C'est donc vers le large, ou, dans un premier temps, le semi-large qu'il convient d'orienter les actions en vue d'assurer l'essor de la pêche atlantique martiniquaise.
Science et Pêche (0036-8350) (ISTPM), 1975-10 , Vol. 251 , P. 1-17

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1975/publication-6668.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6668/

Résumé : Cette thèse est consacrée à la résolution d'un problème fondamental de l'analyse variationnelle qu'est la recherchede zéros d'opérateurs maximaux monotones dans un espace de Hilbert. Nous nous sommes tout d'abord intéressés au cas de l'opérateur somme étendue de deux opérateurs maximaux monotones; la recherche d'un zéro de cet opérateur est un problème dont la bibliographie est peu fournie: nous proposons une version modifiée de l'algorithme d'éclatement forward-backward utilisant à chaque itération, l'epsilon-élargissement d'un opérateur maximal monotone,afin de construire une solution. Nous avons ensuite étudié la convergence d'un nouvel algorithme de faisceaux pour construire ID zéro d'un opérateur maximal monotone quelconque en dimension finie. Cet algorithme fait intervenir une double approximation polyédrale de l'epsilon-élargissement de l'opérateur considéré
This thesis is devoted to solving a basic problem of variational analysis which is the search of zeros of maximal monotone operators in a Hilbert space. First of aIl, we concentrate on the case of the extended som of two maximal monotone operators; the search of a zero of this operator is a problem for which the bibliography is not abondant: we purpose a modified version of the forward-backward splitting algorithm using at each iteration, the epsilon-enlargement of a maximal monotone operator, in order to construet a solution. Secondly, we study the convergence of a new bondie algorithm to construet a zero of an arbitrary maximal monotone operator in a finite dimensional space. In this algorithm, intervenes a double polyhedral approximation of the epsilon-enlargement of the considered operator

http://www.theses.fr/2012AGUY0548/document

Éditeur(s) : Acte du Conseil International pour l'Exploration de la mer, CM 1987/K:52
Résumé : La numération des larves d'huître dans le plancton renseigne les ostréiculteurs sur la date de pose des collecteurs. La technique utilisée est très ancienne (BOURY, 1928) ; pour chaque station trois prélèvements par traits de filets pendant 10 minutes sont effectués : deux en surface (filet 200 et filet 130) et un à 1 mètre de profondeur (filet 130). Une méthode par pompage avec mesure instantanée du volume d'eau filtrée a été mise au point (prélèvements en surface et à 1 mètre de profondeur, et rétention des véligères sur filets 200). La comparaison des deux techniques met en évidence l'inadaptation de l'ancienne méthode. Le choix de la porosité (70 µm pour les filets 200) est mal adapté à la récolte des larves D (stade 1) dont le nombre peut être sous estimé par un facteur 10 (distension des mailles par la traction sur les filets) ; à l'inverse l'utilisation des filets 130 (porosité 130 µm) lorsque la taille des véligères augmente, s' accompagne d'une surestimation du nombre de larves par mètre cube, (facteur de 1.6 à 2 4). La technique des traits de filets ne permet donc pas de ramener le nombre de larves prélevées à un volume d'eau déterminé. Les observations par pompage volumétrique montrent que les différents stades larvaires sont plus abondants à 1 m de profondeur de jour (68 % à 90 %), avec une légère tendance à la migration vers la surface la nuit (46 % à 64 %). La numération des larves dans le plancton pourrait donc être effectuée par pompage à l'aide d'un seul prélèvement par station, à 1 m de profondeur, avec rétention sur un filet de porosité 70 µm.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1987/acte-6444.PDF
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6444/

Résumé : Ce travail fait suite à la publication du premier volume « Etude de la crise de la pêche de la crevette en Guyane » (Lampert, 2011). Dans ce premier volume nous avons répondu à la première question qui se posait : « la crise de la crevette est-elle due à la pêche elle-même ? ». Nous avons pu répondre par la négative, laissant la porte ouverte à des hypothèses environnementales et trophiques. Facteurs environnementaux La piste des facteurs environnementaux est liée aux changements climatiques, pérennes ou cycliques. L’augmentation de la température de surface de la mer, les changements dans le régime des vents, de la houle et la salinité, la relation qu’il peut y avoir entre le recrutement et les précipitations locales, les débits des fleuves guyanais ou de l’Amazone. Sans oublier les indicateurs climatiques à grande échelle tels que la Southern Ocillation Index (SOI) et la Northern Oscillation Index (NOI) (Santamaría-del-Ángel et al. 2011 ; Aragon-Noriega et Alcántara-Razo 2005 ; Parsons et Lear 2001 ; Serge Garcia et Le Reste 1981 ; S. Garcia 1988 ; Saoud et Davis 2003 ; Rivierre 2007 ; Leal-Gaxiola et al. 2001 ; Li et Clarke 2005 ; Lee 2004 ; Ouellet, Savard, et Larouche 2007). Facteurs trophiques La crevette étant l’une des proies préférées des poissons de Guyane, nous avons avancé dans le premier volume l’hypothèse d’un impact trophique suite à la pression de la pêche au vivaneau. De l’autre coté du réseau trophique, il reste à explorer la piste des changements dans l’abondance phytoplanctonique, qui constitue l’essentiel de l’alimentation des larves de crevette. Un changement significatif dans leur source de nourriture pourrait avoir des conséquences dans leur recrutement. Il en va de même pour l’évolution de la mangrove en biomasse, qui fournit matière organique et refuge pour les larves (Anderson 2000 ; Fuentes-Yaco et al. 2007 ; D. G. Parsons et Colburne 2000 ; Santamaría-Miranda et al. 2005). Les données collectées sont présentées dans la première partie de ce document avec une étude de chaque paramètre et le choix du meilleur indicateur. Dans la deuxième partie nous abordons un premier traitement de ces données afin d’évaluer leur pertinence dans les relations qui peuvent exister avec les valeurs des recrutements de crevettes. Une étude plus exhaustive sera menée dans un prochain volume où seront ajoutés des paramètres tels que les concentrations en chlorophylle, en matières en suspension ou des matières organiques dissoutes. Ce deuxième volume est réalisé dans le cadre du marché ouvert par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Agriculture (DPMA) « Marché DPMA 2012-021 », intitulé : Etude portant sur l’effet du changement climatique et/ou du réseau trophique sur le stock guyanais des crevettes pénéïdes. Il constitue le rapport intermédiaire du marché. Dans le troisième volume pourra être abordé l’étude liée au réseau trophique par les analyses des contenus stomacaux des vivaneaux, par les séries de données de biomasse phytoplanctonique (images satellite) et de son paramètre « chlorophylle » et par l’évolution temporelle de la biomasse de la mangrove. La piste de la dérive des oeufs et larves de crevettes depuis les côtes brésiliennes pourra également être explorée si le modèle de courants de surface venait à être opérationnel en 2013. Il permettrait d’avoir des cartes de courants et vitesses de surface permettant de valider l’hypothèse émise dans le volume 1.

Droits : 2013 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00137/24844/22928.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00137/24844/

Résumé : Les fourmis sont des organismes cibles appropriés pour les études environnementales. Au cours de notre étude, nous nous sommes focalisés sur les fourmis de la litière via l'application de deux méthodes de récolte complémentaires selon le protocole all (ants of leaf litter). Dans les forêts naturelles de Guyane française, l'hétérogénéité environnementale et les perturbations structurent les communautés de fourmis de la litière en influençant la richesse, la diversité, l'abondance et la densité en espèces ainsi que les compositions taxonomique et fonctionnelle. Chaque type de formation végétale possède une communauté spécifique. La fragmentation et la conversion des forêts en plantations ont entrainé une altération plus ou moins profonde des communautés; cette variabilité est fonction du type d’agriculture et des espèces d'essences cultivées. Bien que l'altération des communautés se soit révélée maximale dans la plupart des monocultures, les plantations de cacaoyers ont un potentiel de conservation réel. Enfin, dans un contexte ou il est urgent de simplifier l'intégration des arthropodes dans les études de conservation, de contrôle et de suivi de la santé des écosystèmes terrestres, la méthode des réseaux de neurones est apparue comme un outil puissant pour mettre en évidence et analyser les patrons des communautés de fourmis.
Ants are reliable and relevant target organisms for environmental surveys. In our study, we focused on litter-dwelling ants through the use of two complementary sampling methods that were implemented according to the ants of leaf litter (all) protocol. In pristine forests of french guiana, leaf-litter ant communities are structured by environmental heterogeneity and natural perturbations - which influence species richness, diversity, abundance and density, as well as taxonomic and functional composition. This results in habitat-specific communities for each vegetal formation. Forest fragmentation and conversion into monocultures have led to a more or less deep alteration of the ant communities; this variability depends on the type of agricultural system and cultivated tree species. Although the intensity of community alteration peaked in tree monocultures, cocoa plantation exhibited a real potential for native species conservation. Finally, in the current context where simplifying the integration of arthropods into conservation programs as well as into surveys designed to monitor and manage the environment is critical, the use of neural networks appears to be a powerful tool for reliably highlighting and analyzing ant communities patterns.

http://www.theses.fr/2011AGUY0475/document