Résumé : In order to provide economic indicators for fisheries, analysis of contribution and economic dependencies of the Bay of Biscay fishing fleets to major commercial species catching in the ICES VIII area is conducted. 9 species are considered (regarding the importance of their landings in this area): Sole, Norway Lobster, Sea bass, Hake, Anglerfish, Anchovy, Sardine, Cuttlefish and Monkfish. The landings data are provided by the Harmonie database of the Fisheries Information System of Ifremer and the analysis per specie is done for the 2005 year on one side and over the period 2000-2005 on the other side. A stock slip is built for each species and presents : - Key figures on landings in the Bay of Biscay (total landings, average price, number of vessels concerned and share in the national landings) - Assessment of the concentration of landings - Assessment of the fleets' contribution to these total landings - Assessment of the fleets' economic dependence to the species based on the income share depending on this species.
Dans le cadre de l'élaboration des indicateurs économiques sur les pêcheries, une analyse de la contribution et de la dépendance des flottilles du Golfe de Gascogne aux espèces commerciales majeures capturées dans la zone CIEM VIII est présentée. Les 9 espèces principales retenues sont (par ordre décroissant d'importance dans les débarquements totaux en valeur dans la zone VIII en 2005) : la sole, la langoustine, le bar, le merlu, la baudroie, l'anchois , la sardine, la seiche et le calmar. L'analyse des débarquements par stock est menée à partir des données disponibles dans la base Harmonie du SIH de l'Ifremer à deux niveaux : en coupe instantanée (année 2005) a été choisie comme année de référence (sauf pour l'anchois - année de référence 2004 et en tendance de 2000 à 2005. Chaque fiche stock présente : - des chiffres clés sur la production de cette espèce dans le Golfe de Gascogne (débarquements totaux, prix moyen, nombre de navires impliqués, part dans les débarquements nationaux). - une analyse du niveau de concentration des débarquements - une analyse de la contribution par flottilles à ces débarquements par ordre décroissant des contributions au débarquement total en valeur de l'espèce - une analyse de la dépendance mesurée à partir de la contribution de l'espèce aux Chiffre d'affaires (ou débarquements totaux en valeur) de chaque flottille contributrice.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/rapport-4697.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4697/

Éditeur(s) : HAL CCSD Muséum national d'histoire naturelle
Résumé :  
Le rôle déterminant de la faune dans les processus de dissémination, de prédation des graines et de régénération naturelle des arbres en forêt tropicale américaine a été mis en évidence par de nombreuses études menées notamment en Guyane française. Nombreux sont les arbres qui offrent des ressources alimentaires aux animaux frugivores et granivores et sont également des essences recherchées par les exploitants forestiers de ce département d'Outre-Mer. Les pistes forestières ouvertes pour l'exploitation du bois sont des voies facilitant l'accès de la forêt aux chasseurs, professionnels ou non, lorsque ce ne sont pas les exploitants eux-mêmes qui exercent une forte pression cynégétique. La question se pose alors de savoir si, dans l'optique d'une meilleure gestion des formations forestières pour une utilisation à long terme de la ressource bois, il ne faut pas se soucier sérieusement de la préservation de cette faune, maillon indispensable au maintien de la diversité en forêt. Autrement dit, les deux activités, exploitation forestière et chasse, sont-elles compatibles avec le maintien des processus de régénération forestière ?
ISSN: 0183-5173

hal-01032077
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032077

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé : International audience
Interleukin-27 (IL-27) belongs to the IL-6/IL-12 family of cytokines, associated with different inflammatory diseases and orchestrates its biological activity via common heterodimeric receptor composed of WSX-1 (IL-27Rα) and gp130. The present study was aimed to investigate the regulation of CXCL9, CXCL10, and CXCL11 chemokines in hepatic cells (human LX-2 cell line derived from normal human stellate cells (HSC), primary human hepatocytes, HSC, and HepG2 cells) and concanavalin A (ConA)-induced liver inflammation. We demonstrated that IL-27, but not IL-6, induced/up-regulated CXCR3 ligand genes (CXCL9, CXCL10, and CXCL11; out of 26 selected genes) in a STAT1-dependent manner in hepatic cells in vitro both at transcript and protein levels. In ConA-induced T cell-mediated hepatic model, we showed that soluble IL-27/IFNγ was elevated following ConA hepatitis in association with increased CXCL9, CXCL10, and CXCL11 expression in the liver. The exogenous IL-27 administration induced CXCR3 ligands in mouse liver at 4 h with any significant effect on recruitment of CXCR3(+) immune cells in the liver. The neutralization of IL-27 during ConA hepatitis differentially modulated (transcript vs protein expression) CXCR3 ligands and IFNγ during ConA-induced hepatitis with down-regulated expression of CXCL9 and CXCL10 at transcript level. The IFNγ, complementary regulated the expression of CXCR3 ligands as their up-regulation during ConA hepatitis, was abolished in IFNγ KO mice. In summary, IL-27 up-regulated the CXCL9, CXCL10, and CXCL11 chemokine expression in hepatic cells. IL-27 regulated CXCR3 ligand expression in IFNγ-dependent manner during acute hepatitis suggesting a complementary role of IL-27 and IFNγ to moderate liver inflammation via regulation of CXCR3 ligands. KEY MESSAGE: IL-27 up-regulated CXCR3 ligand expression in human hepatic cells in vitro. IL-27 up-regulated CXCR3 ligand expression and secretion in ConA hepatitis in vivo. CXCR3 ligand expression was down-regulated by blocking IL-27 or IFNγ deficiency. IL-27 modulated liver injury by regulation of CXCR3 ligands in IFNγ-dependent manner.
ISSN: 0946-2716

hal-01214006
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01214006
DOI : 10.1007/s00109-015-1319-6
PUBMED : 26199110

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Background Orodental diseases include several clinically and genetically heterogeneous disorders that can present in isolation or as part of a genetic syndrome. Due to the vast number of genes implicated in these disorders, establishing a molecular diagnosis can be challenging. We aimed to develop a targeted next-generation sequencing (NGS) assay to diagnose mutations and potentially identify novel genes mutated in this group of disorders. Methods We designed an NGS gene panel that targets 585 known and candidate genes in orodental disease. We screened a cohort of 101 unrelated patients without a molecular diagnosis referred to the Reference Centre for Oro-Dental Manifestations of Rare Diseases, Strasbourg, France, for a variety of orodental disorders including isolated and syndromic amelogenesis imperfecta (AI), isolated and syndromic selective tooth agenesis (STHAG), isolated and syndromic dentinogenesis imperfecta, isolated dentin dysplasia, otodental dysplasia and primary failure of tooth eruption. Results We discovered 21 novel pathogenic variants and identified the causative mutation in 39 unrelated patients in known genes (overall diagnostic rate: 39%). Among the largest subcohorts of patients with isolated AI (50 unrelated patients) and isolated STHAG (21 unrelated patients), we had a definitive diagnosis in 14 (27%) and 15 cases (71%), respectively. Surprisingly, COL17A1 mutations accounted for the majority of autosomal-dominant AI cases. Conclusions We have developed a novel targeted NGS assay for the efficient molecular diagnosis of a wide variety of orodental diseases. Furthermore, our panel will contribute to better understanding the contribution of these genes to orodental disease. Trial registration numbers NCT01746121 and NCT02397824
Journal of Medical Genetics

hal-01272929
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01272929
DOI : 10.1136/jmedgenet-2015-103302
PUBMED : 26502894

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
se sont accrétés au cours du Mésozoïque. Ainsi, la collisionentre les blocs Indochine et Chine du Sud a engendré l’orogénèseIndosinienne. Durant la première moitié du XXè siècle, cet orogènea été défini et documenté à partir d’une discordance, dite Indosinienne,mise en évidence dans le Nord du Vietnam. Les études alorsréalisées ont permis d’estimer un âge antérieur au Jurassique inférieurpour cette discordance, qui n’a depuis pas fait l’objet deréévaluation. Outre la discordance Indosinienne, de nombreux débatsportent sur l’âge de la collision, la vergence de la subductionocéanique qui l’a précédée ou encore l’existence d’un véritable domaineocéanique ayant séparé l’Indochine de la Chine du Sud.Les bassins permo-triasiques du Nord du Vietnam (bassins deSam Nua et de Song Da), situés de part et d’autre de la sutureophiolitique de Song Ma, constituent, via le flux sédimentaireprovenant de l’érosion et du volcanisme des zones adjacentes, desarchives essentielles pour documenter l’évolution tectonique ducouple Indochine-Chine du Sud. A partir de données sédimentologiques,géochronologiques (datation U-Pb sur zircons) et biostratigraphiques(foraminifères), nous proposons une réévaluationdu cadre stratigraphique du Nord du Vietnam. Ces données nouspermettent d’envisager un âge postérieur au Trias moyen pour ladiscordance Indosinienne. A l’aide de données géochimiques et del’analyse du remplissage sédimentaire et volcanique des bassins,il est possible de documenter un volcanisme d’arc, actif au Triasinférieur. La position de cet arc par rapport aux limites des blocsIndochine et Chine du Sud, marquée par la suture ophiolitique deSong Ma, implique (i) une zone de subduction qui plongeait vers leSud (coordonnées actuelles), sous le bloc Indochine, en marge (ii)d’un véritable domaine océanique, et non pas d’une croûte continentaleamincie, séparant les deux blocs jusqu’au Trias moyen.Nos interprétations, issues de l’analyse des bassins sédimentairespermo-triasiques du Nord Vietnam, permettent également de reconstituerl’évolution de l’orogénèse Indosinienne. Celle-ci faitsuite à la subduction de la croûte océanique rattachée à une plaqueChine du Sud sous une plaque Indochine au Trias inférieur (etprobablement au moins depuis le Permien inférieur). A partir dela fin du Trias moyen, les blocs Indochine et Chine du Sud entrenten collision et forment l’orogène Indosinienne.
RST 2016, livre des résumés
Caen, France

insu-01388676
https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-01388676

Éditeur(s) : HAL CCSD CNRS éditions
Résumé : International audience
Die antike Siedlung von Mandeure und Mathay (Epomanduodurum), welche durch ihre Größe und ihre monumentale Ausstattung als die zweitwichtigste Stadt der Sequaner hinter der Civitashauptstadt Besançon betrachtet wird, ist Gegenstand eines interdisziplinarischen Forschungsprogramms. Dieser Artikel stellt eine Bilanz der Ergebnisse der zwischen 2001 und 2004 durchgeführten Forschungen dar. Im Mittelpunkt der Forschungen der ersten Phase stand der zentralen Teil der Siedlung mit dem Bereich Heiligtum-Theater-spätrömische Befestigung, der für die Problematik der Entstehung, der Entwicklung und dem Ende der römischen Besiedlung besonders interessant ist. Verschiedene, sich ergänzende Projekte wurden eingeleitet: Erforschung des alten Dokumentarbestandes, geophysikalische Prospektionen, geoarchäologische Sondierungen, Plangrabungen, architektonische Untersuchunge. Durch diese Projekte war es möglich, die Kenntnisse über die drei wichtigen Großbauten (Heiligtum-Theater-spätrömische Befestigung) grundsätzlich zu vertiefen und insbesondere die geophysikalischen Prospektionsergebnisse lassen in bemerkenswerter Weise einen dichten Baubestand dieses Stadtteils erkennen. Schließlich konnte die Funktion und die Entwicklung der Flußebene des Doubs in diesem Bereich besser verstanden werden als auch die Art und Weise in welcher die antike Monumentalanlage in diesen einzigartigen natürlichen Rahmen einbezogen wurde.
Since 2001, a collective pluridisciplinary research programme is being undertaken on the antique town of Epomanduodurum in the communes of Mandeure and Mathay. This site is considered like the second one of the Sequani, for its dimensions and the monuments, after the civitas capital, Besançon. This article is an assessment of the investigations conducted between 2001 and 2004. During this period, the central part of the site was studied (sanctuary, theatre, Late fortification area), considered as the most significant for the question of the birth, development and decline of the town. Various complementary approaches have been carried out: study of archives, geophysical and geoarchaeological survey, extent excavations, architectural analyses. They lead to a better understanding of the three main buildings (the Celtic and Gallo-Roman sanctuary, the theatre of the Principate, the Late Antique fortification) and they add considerable informations about the pattern of settlement of this area; so it is possible to detect more precisely the spatial organization and finally to understand how the alluvial plain of the Doubs river was functioning and how the monumental complex has been integrated in such a peculiar landscape.
L'agglomération antique d'Epomanduodurum, située sur les communes de Mandeure et Mathay, et considérée comme la seconde du pays séquane par la taille et la parure monumentale, derrière la capitale de cité, Besançon, fait l'objet d'un programme collectif de recherche, pluridisciplinaire, depuis 2001. Cet article dresse un bilan des résultats des fouilles réalisées entre 2001 et 2004. Dans cette première phase, les investigations ont porté principalement sur la partie centrale du site (secteur sanctuaire-théâtrefortification tardive), perçue comme particulièrement intéressante pour la problématique de la naissance, du développement et du déclin de l'agglomération. Différentes approches complémentaires ont été lancées : étude du fond documentaire ancien, prospections géophysiques, sondages géoarchéologiques, fouilles extensives, études architecturales. Elles ont permis d'approfondir la connaissance des trois principaux édifices (sanctuaire laténien et gallo-romain, théâtre du Haut-Empire, fortification du Bas-Empire), de compléter de façon très notable la trame de l'occupation de ce secteur, et donc d'en mieux percevoir l'organisation spatiale, enfin de mieux comprendre le fonctionnement de la plaine alluviale du Doubs et l'insertion dans ce contexte naturel particulier d'un complexe monumental antique.
ISSN: 0016-4119

halshs-00718356
https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00718356

Éditeur(s) : HAL CCSD EDP Sciences
Résumé : Cette communication présente les principaux résultats du projet ExtraFlo sur l'estimation des pluies et crues extrêmes. A partir d'un jeu de données conséquent de plusieurs milliers de stations, une procédure d'inter-comparaison a permis d'évaluer les performances d'une trentaine d'implémentations différentes issues de différentes combinaisons (modèle probabiliste, méthode d'estimation, cadre local / régional / mixte local et régional). Le projet ExtraFlo a permis de mettre en évidence le manque de robustesse des approches basées sur le traitement statistique d'une série de quelques dizaines d'années d'observation. Des alternatives intéressantes existent, basées sur l'exploitation des records de pluie et de débit à l'échelle d'une région, de la collecte de données historiques quand cela est possible, de méthodes de simulation basées sur le couplage d'un générateur d'averses avec un modèle hydrologique pour la transformation des pluies en débit, ou des traces morphologiques laissées par les crues anciennes.
ISSN: 0018-6368

hal-01054313
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01054313
DOI : 10.1051/1hb/2014010

Éditeur(s) : HAL CCSD Landes Bioscience
Résumé : International audience
In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.
Autophagy

hal-00735751
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00735751
PUBMED : 22966490

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Structure elucidation of unknown compounds has been the task of natural products chemists for a long time and their approach seems to be the most efficient when it comes to identification. Very recently, Kokkotou et al. proposed a work-flow based on an integrative approach for new metabolite identification. This approach, including prediction of 2D NMR HSQC spectra, demonstrated the necessity for implementation of new algorithms leading to the prediction of 2D NMR spectra. Herein we present a method based on both quantum mechanics (QM) and Hierarchical Organisation of Spherical Environments (HOSE) of the prediction 2D NMR spectra.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01416667

hal-01416667
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01416667
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01416667/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01416667/file/MRC_v1.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Background. In a French large population-based case-control study we investigated the dose-response relationship between lung cancer and occupational exposure to diesel motor exhaust (DME), taking into account asbestos exposure. Methods. Exposure to DME was assessed by questionnaire. Asbestos was taken into account through a global indicator of exposure to occupational carcinogens or by a specific JEM. Results. We found a crude dose response relationship with most of the indicators of DME exposure, including with the cumulative exposure index. All results were affected by adjustment for asbestos exposure. The dose response relationships between DME and lung cancer were observed among subjects never exposed to asbestos. Conclusions. Exposure to DME and to asbestos is frequently found among the same subjects, which may explain why dose-response relationships in previous studies that adjusted for asbestos exposure were inconsistent.
Journal of Cancer Epidemiology

hal-01205352
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01205352
DOI : 10.1155/2015/879302
PUBMED : 26425123

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : While attention on logging in the tropics has been increasing, studies on the long-term effects of silviculture on forest dynamics and ecology remain scare and spatially limited. Indeed, most of our knowledge on tropical forests arises from studies carried out in undisturbed tropical forests. This bias is problematic given that logged and disturbed tropical forests are now covering a larger area than the so-called primary forests. A new network of permanent sample plots in logged forests, the Tropical managed Forests Observatory (TmFO), aims to fill this gap by providing unprecedented opportunities to examine long-term data on the resilience of logged tropical forests at regional and global scales. TmFO currently includes 24 experimental sites distributed across three tropical regions, with a total of 490 permanent plots and 921ha of forest inventories.
ISSN: 1402-2001

hal-01204230
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01204230
DOI : 10.1111/avsc.12125
PRODINRA : 323838