Éditeur(s) : CARDI : Caribbean Agricultural Rechearch and Development Institute Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : Banana and plantain (Musa spp) are important foreign exchange earners in Guyana and the Windward Islands of the Caribbean. Black Sigatoka Disease (BSD) also referred to as black leaf streak disease is one of the most destructive diseases of banana and plantain and is present within the region. In Guyana within two years following its introduction in 2008, the industry was totally decimated, recording a 100% decline, turning the country to a net banana importer. Also, from 2009 ? 2012 the disease spread in the Windward Islands causing as much as 100% decrease in the export of banana. The disease is caused by the ascomycete fungus, Mycosphaerella fijiensis (anamorph Pseudocercospora fijiensis) and is aggressive, challenging to control and results in enormous crop damage if left uncontrolled. In an effort to develop an integrated management approach to the disease the Caribbean Agricultural Research and Development Institute (CARDI) with financial assistance from the Caribbean Development Bank (CDB) is evaluating five FHIA banana and plantain accessions and eight IITA plantain accessions for tolerance to BSD. The evaluation is presently conducted in four Caribbean countries, Dominica, Guyana, St Lucia and St Vincent and the Grenadines. In each country, four distinct agro- ecological zones were selected for the trial evaluation blocks and using a randomized block design, four blocks were established in each country. Five FHIA accessions: FHIA-01, FHIA-03, FHIA-18, FHIA-21 and FHIA-23 are being evaluated in Dominica, St Lucia and St Vincent and the Grenadines whereas, plantain accessions: PITA-17, PITA-21, PITA-22, PITA-23, PITA-24 and PITA-26 are to be evaluated in Guyana for tolerance to the disease. Cavendish are used as regional controls and as borders rows to increase disease pressure. The disease parameters evaluated are youngest leaf spotted (YLS), disease development time (DDT), leaf emission rate (LER), disease severity at 6 months, bunch emergence and harvest, and index of standing leaves. Agronomic data; days from planting to flowering, bunch weight, number of hands in bunch, average weight of hands and average number of fingers per hand and bunch, as well as organoleptic characteristics of both cooked and ripe fruits are also evaluated. The early data collection, of the FHIA only accessions, show trends in the disease tolerance and agronomic performance as well as their adaptability in the different agro-ecological zone. The trends indicate better disease tolerance of FHIA varieties with higher leaf counts before, at bunching and at harvest. The organoleptic test shows a preference to FHIA 03 and FHIA 21. La banane et le plantain (espèces de Musa) sont les acquéreurs de devises étrangères importants en Guyane et en Îles du Vent des Caraïbe. La maladie noire de Sigatoka (schéma) également désignée sous le nom de la maladie noire de filet de feuille est l'une des maladies les plus destructives de la banane et du plantain et est présente dans la région. En Guyane dans un délai de deux ans après son introduction en 2008, l'industrie a été totalement décimée, enregistrant une baisse de 100%, tournant le pays à un importateur net de banane. En outre, à partir de 2009-2012 la propagation de maladie en Îles du Vent causant pas moins de la diminution de 100% de l'exportation de la banane. La maladie est provoquée par le champignon d'ascomycète, fijiensis de Mycosphaerella (fijiensis anamorph de Pseudocercospora) et est agressive, contestant pour commander et les résultats dans l'énorme culture endommagent si laissé incontrôlé. Dans un effort de développer une approche intégrée de gestion à la maladie l'institut agricole des Caraïbes de recherche et développement (CARDI) avec l'aide financière de la banque de développement des Caraïbes (BDC) évalue des adhésions de banane et de plantain de cinq FHIA et huit adhésions de plantain d'IITA pour la tolérance au schéma. L'évaluation est actuellement effectuée quatre pays des Caraïbes, Dominique, Guyane, St Lucia et Saint-Vincent-et-les Grenadines. Dans chaque pays, quatre agro zones écologiques distinctes ont été sélectionnées pour les blocs d'essai d'évaluation et employant une conception de bloc randomisé, quatre blocs ont été établis dans chaque pays. Cinq adhésions de FHIA : FHIA-01, FHIA-03, FHIA-18, FHIA-21 et FHIA-23 sont évalués en Dominique, au St Lucia et au Saint-Vincent-et-les Grenadines tandis que, des adhésions de plantain : PITA-17, PITA-21, PITA-22, PITA-23, PITA-24 et PITA-26 doivent être évalués en Guyane pour la tolérance à la maladie. Cavendish sont employés en tant que contrôles régionaux et comme rangées de frontières pour augmenter la pression de la maladie. Les paramètres de la maladie évalués sont la plus jeune feuille repérée (YLS), le temps d'élaboration de la maladie (DDT), le taux d'émission de feuille (LER), la sévérité de la maladie à 6 mois, émergences et récoltes de groupe, et index des feuilles debout. Données agronomiques ; des jours de la plantation à la floraison, du poids de groupe, nombre de mains dans le poids de groupe et moyen des mains et du nombre moyen de doigts par main et groupe, aussi bien que les caractéristiques organoleptiques des fruits cuits et mûrs sont également évalués. La collecte de données tôt, des adhésions de FHIA seulement, exposition tend dans la tolérance de maladie et la représentation agronomique aussi bien que leur adaptabilité dans la zone agro-écologique différente. Les tendances indiquent qu'une meilleure tolérance de maladie des variétés de FHIA avec une plus haute feuille compte avant, à se rassembler et à la récolte. L'essai organoleptique montre une préférence à FHIA 03 et à FHIA 21.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16266
V16266

Éditeur(s) : T. Osborne
Extrait de : The civil and natural History of Jamaica (Après index)
Résumé : "Fig. 1 : Champignon Fig.2 : Ehretia bourreria, famille des Boraginaceae"
Siècle(s) traité(s) : 18
Permalien : http://www.manioc.org/images/BBX17028-0555i1
BBX17028-0555i1

Éditeur(s) : Paris : chez l'éditeur
Extrait de : Flore médicale des Antilles, ou traité des plantes usuelles des colonies françaises, anglaises, espagnoles et portugaises. Tome deuxième (p. 113)
Résumé : Champignon de Cynomoir écarlate.
Siècle(s) traité(s) : 19
Permalien : http://www.manioc.org/images/FCL18022-0176i1
FCL18022-0176i1

Éditeur(s) : Paris : Rousselon, Libraire-Editeur
Extrait de : Flore médicale des Antilles, ou traité des plantes usuelles des colonies françaises, anglaises, espagnoles et portugaise. Tome huitième (p. 245)
Résumé : Champignon : Truffe blanche.
Siècle(s) traité(s) : 19
Permalien : http://www.manioc.org/images/FCL18028-0334i1
FCL18028-0334i1

Éditeur(s) : Paris : chez l'éditeur
Extrait de : Flore médicale des Antilles, ou traité des plantes usuelles des colonies françaises, anglaises, espagnoles et portugaises. Tome deuxième (p. 111)
Résumé : Champignon de Vesse-Loup couronnée
Siècle(s) traité(s) : 19
Permalien : http://www.manioc.org/images/FCL18022-0172i1
FCL18022-0172i1

Éditeur(s) : Paris : Rousselon, Libraire-Editeur
Extrait de : Flore médicale des Antilles, ou traité des plantes usuelles des colonies françaises, anglaises, espagnoles et portugaise. Tome huitième (p. 249)
Résumé : Champignon : Agaric nivéeux.
Siècle(s) traité(s) : 19
Permalien : http://www.manioc.org/images/FCL18028-0340i1
FCL18028-0340i1

Extrait de : L'agriculture pratique des pays chauds : Cultures - Elevage, Productions Naturelles, Végétales et Animales. Cinquième année (p.524)
Siècle(s) traité(s) : 20
Droits : Domaine public
Permalien : http://www.manioc.org/images/FRA112760532i1
FRA112760532i1

Résumé : F
Afrique
36
blanchisseuse
maison Champignon
Cayenne

http://www.manioc.org/esclaves/individu405

Éditeur(s) : N. Rémond impr.
Extrait de : "Cryptogamia Guyanensis seu plantarum cellularium in Guyana Gallica annis 1835-1849. A CL. Leprieur collectarum. Enumeratio Universalis (Entre p.143 et p.177)
Siècle(s) traité(s) : 19
Droits : Domaine public
Permalien : http://www.manioc.org/images/GAD110530004i1
GAD110530004i1

Éditeur(s) : Paris : N. Rémond
Extrait de : "Cryptogamia Guyanensis seu plantarum cellularium in Guyana Gallica annis 1835-1849. A CL. Leprieur collectarum. Enumeratio Universalis (Entre p.118 et p.120)
Siècle(s) traité(s) : 19
Droits : Domaine public
Permalien : http://www.manioc.org/images/GAD110530002i1
GAD110530002i1

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) est un champignon atypique et transmissible à fort tropisme pulmonaire. La prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose a été évaluée en Allemagne à 7,4 %, en Espagne à 21,6 % et au Brésil à 38,2 %. En revanche, les données concernant la prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose en France restent parcellaires en particulier en Bretagne, région où la prévalence de la mucoviscidose est élevée. L’objectif de ce travail a été de déterminer la prévalence de la colonisation de P. jirovecii en Bretagne chez les patients mucoviscidosiques suivis dans les CRCM de Rennes et de Brest-Roscoff. Les expectorations de 86 patients (178 prélèvements) suivis à Rennes et 76 patients (146 prélèvements) suivis à Brest-Roscoff ont été analysées rétrospectivement. La détection de P. jirovecii a été réalisée à l’aide d’une PCR en temps réel ciblant le gène codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie. P. jirovecii a été détecté chez 3/86 patients (3,5 %) suivis à Rennes et 1/76 patients (1,3 %) suivis à Brest-Roscoff, soit une prévalence globale de 2,5 %. Ces résultats portant sur 2 centres bretons montrent que la prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose en Bretagne est faible en comparaison de celle observée en Allemagne, en Espagne et au Brésil. Cette étude constitue l’étape préalable indispensable pour déterminer les facteurs de risque d’acquisition du champignon chez les patients mucoviscidosiques et expliquer ces différences de prévalence
Congrès de la SFMM
Talence-Bordeaux, France

hal-01198633
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01198633
DOI : 10.1016/j.mycmed.2015.06.035

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Molds are common contaminants in indoor environments. Health effects associated with these microscopic fungi are multiple, including irritations, allergic reactions, infections and toxicity. Depending on the exposure level and the vulnerability of the populations, fungi may represent different public health risks. For example, damp and moldy dwellings are associated with chronic, respiratory diseases such as asthma and allergic rhinitis. However, the lack of valid tools for accurately measuring the environmental fungal exposure is one of the main challenges to better understanding the role of fungal products and particles in human health. In this thesis, diverse sampling techniques and analytical methods were evaluated for measuring the fungal contamination in the air, on surfaces and in settled dust. A quantitative PCR-based index was notably tested and compared with other approaches to assess fungal exposure in dwellings. By collecting and analyzing settled floor dust, this index successfully distinguished between contaminated and non-contaminated homes in Brittany, France. Quantitative PCR and this index are promising techniques for fungal exposure assessment in indoor environments. Further validation of these methods may lead to disease prevention approaches, particularly for vulnerable populations.
Les moisissures sont des micro-organismes présents dans tous les environnements intérieurs. Les effets sur la santé associés à ces champignons microscopiques sont multiples : irritations, réactions immunoallergiques, infections et effets toxiques. Selon le niveau d'exposition et la vulnérabilité des populations, les moisissures peuvent représenter des risques plus ou moins importants pour la santé publique. Les logements humides et moisis ont par exemple été associés à des maladies chroniques respiratoires telles que l'asthme et les rhinites allergiques. Cependant, le manque d'outils valides permettant d'évaluer quantitativement l'exposition fongique environnementale constitue une des principales difficultés pour mieux appréhender le rôle des particules et des composés fongiques sur la santé humaine. Lors de ce travail de thèse, diverses techniques d'échantillonnage et méthodes d'analyses ont été évaluées afin de mesurer la contamination fongique de l'air, des surfaces et des poussières. Un indice moléculaire basé sur la technique de PCR quantitative a notamment été testé et comparé à d'autres approches pour mesurer l'exposition fongique dans des logements. Après analyse des poussières domestiques collectées au sol, cet indice a permis de discriminer les habitats avec ou sans moisissures visibles. La quantification de groupes fongiques par PCR quantitative s'avère une technique prometteuse pour la mesure de l'exposition aux moisissures dans les environnements intérieurs. Outre le développement et la validation d'outils de mesure, une démarche globale de prévention du risque fongique semble nécessaire, particulièrement chez les populations vulnérables.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00768444

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
tel-00768444
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00768444
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00768444/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00768444/file/MA_heust_Delphine.pdf

Résumé : En raison de la nature symbiotique des micro-organismes endophytes, cette étude visait à étudier l'activité antibactérienne, antifongique et cytotoxique chez les métabolites secondaires des extraits endophytes foliaires de plantes de l'Amazonie brésilienne et du Cerrado. Dans ce travail de thèse 147 micro-organismes cultivables ont été isolés (130 champignons, 3 bactéries e 14 champignons non-identifiés ou inconnus) à partir de 28 plantes (4 espèces collectées au Brésil et 24 en Guyane Française). Tous les micro-organismes furent identifiés par analyse moléculaire des régions spécifiques de l'ADNr en utilisant des techniques de séquençage génomique. Des champignons endophytes de l’ordre des Xylariales furent ceux de plus importante fréquence d’isolation dans cette étude, représentés par 25 isolats. Des extraits bruts à l’AcOEt furent produits à partir de cultures de chaque micro-organisme isolé. Une proportion relative signifiante (23,1%) des extraits démontra une activité sur Candida albicans ATCC 10213, pendant que 4% furent actifs sur Staphylococcus aureus ATCC 29213. Le potentiel cytotoxique des extraits fut évalué pour des lignées cellulaires humaines KB (carcinome cervical utérin), MDA-MB-435 (mélanome), et MRC-5 (fibroblastes de poumon normal), résultant en proportion signifiante avec activité d’inhibition de la prolifération cellulaire (24,4%, 23,1% e 16,3%, respectivement).Dix-huit métabolites secondaires furent isolés et identifiés à partir du fractionnement des extraits bruts de huit endophytes. Dix-sept de ces substances furent déjà décrites précédemment dans la littérature: l’acide piliformique (24) et la griséofulvine (25) isolés à partir de Xylaria cubensis SNB-GCI02; La phomopirone (26), la pyrenocine (27), l’alterpérilenol (28) et la novae-zelandine (29), isolés de Lewia infectoria SNB-GTC2402; 5-métilmelleina (31) et la dihidrosporothrioride (32) isolées à partir de Xylaria sp. SNB-GTC2501; La mycoleptodiscine (34) et la mycoleptodiscine B (35) isolées à partir de Mycoleptodiscus sp. SNB-GTC2304; le mycoepoxidiène (36) et la altiloxina A (37) isolés à partir de Diaporthe pseudomangiferae SNB-GSS10; L’acremonisol (40), le semicochliodinol (41) et le cochliodinol (42) isolés à partir de Chaetomium globosum SNB-GTC2114; la colletofragarone A2 (43) isolée à partir de Colletotrichum sp. SNB-GTC0201; la flavoglaucine (44) isolée à partir de Eurotium rubrum BBS01. Parmi ces substances, la flavoglaucine (44) isolée à partir de E. rubrum BBS01 démontra une activité comparable au contrôle fluconazol en C. albicans (CIM de 4 µg.mL-1). La substance (44) présenta IC50 >10 µM sur cellules normales MRC-5, ce qui en fait un candidat pour des études ultérieures. Dans ce travail, fut identifié pour la première fois l’activité de la colletofragarone A2 (43) isolée à partir de Colletotrichum sp. SNB-GTC0201. La substance inédite nommée pyrrocidine C (30) fut isolée à partir de L. infectoria SNB-GTC2402 et identifiée par des analyses spectroscopiques (Casella et al., 2013). La pyrrocidine C (30) fut active en S. aureus ATCC 10213 (CIM de 2 µg.mL-1) et ne fut pas considérées cytotoxique pour les cellules normales MRC-5 (IC50 >10 µM), démontrant une sélectivité dans l’action antimicrobienne. Ces résultats démontrent la grande diversité des endophytes fongiques chez les plantes de l'Amazonie brésilienne et du Cerrado et la grande chimiodiversité associée aux métabolites secondaires de ces micro-organismes. Des champignons endophytes tropicaux, comme ceux présentés dans cette étude, peuvent apparaître comme une nouvelle source de substances antimicrobiennes et cytotoxiques.
Because of the symbiotic nature of endophytes, this survey aims to investigate the probality of discovering antibacterial, antifungal and cytotoxic activities in secondary metabolites of leaf endophytes isolated from plants of Amazon and Cerrado biomes. In this study, 147 cultivable microorganisms were isolated (130 fungi, 3 bacteria and 14 unidentified or unknown microbes) from 28 plant species (4 species collected in Brazil and 24 in French Guyana). All endophytes were identified by molecular analyses of specific rDNA regions, with genomic sequencing techniques. Fungal endophytes belonging to Xylariales order were the most frequently isolated in this study, represented by 25 isolates. Crude AcOEt extracts were produced from cultures of each isolated endophyte. A significant relative proportion (23,1%) of extracts showed activity in Candida albicans ATCC 10213, while 4% were active in Staphylococcus aureus ATCC 29213. The cytotoxic potencial of the extracts was evaluated for human cell lines KB (uterin cervical carcinome), MDA-MB-435 (melanoma) and MRC-5 (normal lung fibroblasts), and a significant proportion of them showed cellular proliferation inhibition (24,4%, 23,1% e 16,3%, respectively).Eighteen secondary metabolites were isolated by the fractionation of eight endophytic extracts. Seventeen of these substances had already been previously described in the literature: piliformic acid (24) and griseofulvin (25) isolated from Xylaria cubensis SNB-GCI02; phomopiron A (26), pyrenocin A (27), alterperilenol (28) and novae-zelandin A (29) isolated from Lewia infectoria SNB-GTC2402; 5-metilmellein (31) and dihidrosporothriorid (32) isolated from Xylaria sp. SNB-GTC2501; mycoleptodiscin A (34) and mycoleptodiscin B (35) isolated from Mycoleptodiscus sp. SNB-GTC2304; mycoepoxidien (36) and altiloxin A (37) isolated from Diaporthe pseudomangiferae SNB-GSS10; acremonisol A (40), semicochliodinol A (41) and cochliodinol (42) isolated from Chaetomium globosum SNB-GTC2114; colletofragaron A2 (43) isolated from Colletotrichum sp. SNB-GTC0201; flavoglaucin (44) isolated from Eurotium rubrum BBS01. Among these substances, flavoglaucin (44), isolated from E. rubrum BBS01, showed comparable antifungal activity with the positive control fluconazol in C. albicans (MIC of 4 µg.mL-1). Flavoglaucin (44) also showed IC50 >10 µM in normal MRC-5 cells, becoming a good candidate for further studies. In this work, the cytotoxic activity of colletofragaron A2 (43), isolated from Colletotrichum sp. SNB-GTC0201 was described for the first time. The unpublished substance named pyrrocidin C (30) isolated from L. infectoria SNB-GTC2402 was identified by spectroscopic analyses (Casella et al., 2013). The pyrrocidin C (30) was active in S. aureus ATCC 10213 (MIC of 2 µg.mL-1), and was not considered cytotoxic for normal MRC-5 cells (IC50 >10 µM), showing selectivity in antimicrobial activity. These results demonstrate the great endophytic fungal diversity in plants of Amazon and Cerrado biomes, along with the chemodiversity associated to the secondary metabolites of these endophytes. Tropical fungal endophytes, like those seen in this work, may emerge as a new source of antimicrobial and cytotoxic substances.
Devido à natureza simbiótica dos micro-organismos endofíticos, este estudo teve como objetivo investigar a atividade antibacteriana, antifúngica e citotóxica em metabólitos secundários de extratos de fungos endofíticos foliares de plantas do bioma Amazônia e Cerrado. Neste trabalho de tese foram isolados 147 micro-organismos cultiváveis (130 fungos, 3 bactérias e 14 fungos não-identificados ou desconhecidos) a partir de 28 plantas (4 espécies coletadas no Brasil e 24 na Guiana Francesa). Todos os micro-organismos foram identificados por análise molecular de regiões específicas de DNAr, com uso de técnicas de sequenciamento genômico. Fungos endofíticos da ordem Xylariales foram os de maior frequência de isolamento neste estudo, representados por 25 isolados. Extratos brutos em AcOEt foram produzidos a partir de culturas de cada micro-organismo isolado. Uma proporção relativa significante (23,1%) dos extratos demonstrou atividade em Candida albicans ATCC 10213, enquanto 4% foram ativos em Staphylococcus aureus ATCC 29213. O potencial citotóxico dos extratos foi avaliado para as linhagens celulares humanas KB (carcinoma cervical uterino), MDA-MB-435 (melanoma), e MRC-5 (fibroblastos de pulmão normal), resultando em proporção significante com atividade de inibição da proliferação celular (24,4%, 23,1% e 16,3%, respectivamente). Dezoito metabólitos secundários foram isolados a partir do fracionamento de oito extratos brutos endofíticos. Dezessete destas substâncias já tinham sido descritas anteriormente na literatura: ácido pilifórmico (24) e griseofulvina (25) isoladas de Xylaria cubensis SNB-GCI02; phomopirona A (26), pyrenocina A (27), alterperilenol (28) e novae-zelandina A (29) isoladas de Lewia infectoria SNB-GTC2402; 5-metilmelleina (31) e Dihidrosporothriolida (32) isoladas de Xylaria sp. SNB-GTC2501; mycoleptodiscina A (34) e mycoleptodiscina B (35) isoladas de Mycoleptodiscus sp. SNB-GTC2304; mycoepoxidieno (36) e altiloxina A (37) isoladas de Diaporthe pseudomangiferae SNB-GSS10; acremonisol A (40), semicochliodinol A (41) e cochliodinol (42) isoladas de Chaetomium globosum SNB-GTC2114; colletofragarona A2 (43) isolada de Colletotrichum sp. SNB-GTC0201; flavoglaucina (44) isolada de Eurotium rubrum BBS01. Dentre estas substâncias, a flavoglaucina (44) isolada de E. rubrum BBS01, demonstrou atividade comparável ao controle fluconazol em C. albicans (CIM de 4 µg.mL-1). Esta substância (44) apresentou IC50 >10 µM em células normais MRC-5, tornando-se candidata para estudos posteriores. Neste trabalho foi identificado pela primeira vez a atividade citotóxica da colletofragarona A2 (43), isolada de Colletotrichum sp. SNB-GTC0201. A substância inédita nomeada pyrrocidina C (30) foi isolada a partir de L. infectoria SNB-GTC2402 e identificada através de análises espectroscópicas (Casella et al., 2013). A pyrrocidina C (30) foi ativa em S. aureus ATCC 10213 (CIM de 2 µg.mL-1), e não foi considerada citotóxica para as células normais MRC-5 (IC50 >10 µM), demonstrando seletividade na ação antimicrobiana. Estes resultados demonstram a grande diversidade fúngica endofítica em plantas do bioma Amazônia e Cerrado, e a quimiodiversidade associada aos metabólitos secundários destes micro-organismos. Fungos endofíticos tropicais, como os vistos neste trabalho, podem emergir como uma nova fonte de substâncias antimicrobianas e citotóxicas.

http://www.theses.fr/2014AGUY0836/document

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Depuis le xviie siècle, le canal du Midi connaît des conflits d’usage et des paysages forts différents. Actuellement, les Voies Navigables de France (VNF) comme la population locale et les touristes se confrontent à une crise paysagère et environnementale majeure. La disparition des platanes centenaires à cause du champignon et de l’épidémie du chancre coloré est inéluctable. Cette crise bouleverse les niveaux d’information et de perception d’un espace touristique de première importance pour la France avec une inscription au patrimoine mondial de l’Unesco en 1996. Les arbres sont un marqueur d’une identité paysagère et de représentations touristiques très fortes. À partir d’une recherche archivistique inédite portant sur l’évolution du paysage et de l’action des acteurs, couplée à une enquête de terrain entre 2008 et 2013 sur le comportement des touristes et des promeneurs, nos résultats montrent que l’action de protection et de conservation de ce paysage rentrent dans une alliance renouvelée entre le tourisme de masse et le tourisme responsable, ils en deviennent interdépendants. La communication et la pédagogie environnementale auprès du grand public sur le degré de nature de ce site rentrent aussi dans une action à son tour résiliente et de développement durable, les ambivalences des comportements des usagers dans leur vision d’un site touristique hybride s’observent.
Since the seventeenth century, the canal du Midi known conflicts of use and a variety of landscapes. Currently, Waterways of France (VNF) as the local population and tourists are confronted with a major landscape and environmental crisis. The disappearance of the old plane because of the fungus and the epidemic of colored canker is inevitable. This crisis disrupts levels of information and perception of a tourist area of prime importance for France with an inscription on the World Heritage by UNESCO in 1996. Trees are a marker of landscape identity and tourist representations very strong. From unprecedented archival research on the changing landscape and action actors, coupled with fieldwork between 2008 and 2013 on the behavior of tourists and walkers, our results show that the action of protection and conservation of the landscape fit into a renewed relationship between mass tourism and alternative tourism alliance, they become interdependent. Communication and environmental education to the public on the state of nature of this site are also included in an action to turn its resilient and sustainable development, the ambivalences of user behavior in their vision of a hybrid attraction are observed.
Desde el siglo XVII, el canal du Midi conocido conflictos de usar y varios paisajes. Actualmente, Vías Navegables de Francia (VNF) como la población local y los turistas se enfrentan a una crisis ambiental y paisaje. La desaparición de los plátanos por el champiñón y la epidemia del cancro colorido es inevitable. Esta crisis altera los niveles de información y la percepción de una zona turística de gran importancia para Francia con una inscripción en el Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1996. Los árboles son un marcador de la identidad del paisaje y representaciones turísticas muy fuertes. De investigación de archivo original sobre la evolución del paisaje y la acción de los actores, junto con el trabajo de campo entre 2008 y 2013 en el comportamiento de los turistas y caminantes locales, nuestros resultados muestran que la acción de protección y conservación de la forma del paisaje en una renovada relación y la alianza entre el turismo de masas y el turismo alternativo, se vuelven interdependientes. Comunicación y educación ambiental al público sobre el estado de la naturaleza de este sitio se incluyen en una acción para activar su desarrollo resiliente y sostenible, las ambivalencias de comportamiento de los usuarios en su visión de un sitio turístico híbrido se observan.
France
Canal du Midi

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.7566
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/7566

Résumé : Les mutualismes, interactions interspécifiques où chaque partenaire retire un bénéfice net de leur association, sont centraux dans l’origine et l’organisation de la biodiversité. Bien que globalement bénéfiques pour chacun des partenaires, ces interactions n’enlèvent rien à l’égoïsme inhérent de chaque espèce pour sa survie et sa reproduction, générant des conflits d’intérêts entre les espèces. Ainsi, comprendre les processus écologiques et évolutifs qui maintiennent le caractère mutualiste d’interactions entre plusieurs espèces est primordial dans la compréhension du maintien de la biodiversité. Néanmoins, le corpus scientifique s’est jusqu'à présent surtout concentré sur des paires d’espèces en interaction. Or, ces avancées scientifiques restent partielles car la plupart de ces interactions s’englobent dans un contexte communautaire. C’est dans ce cadre conceptuel que se place mon travail de thèse. Alors que la diversité structurelle des mutualismes de protection entre plantes et fourmis en ont fait un modèle d’étude clé dans la compréhension des mutualismes, j’ai concentré mes recherches sur l’intégration d’un troisième partenaire fongique pour comprendre ses conséquences sur les résultantes écologiques et évolutives de ces mutualismes tripartites. Je me suis tout d’abord intéressé à définir la relation qui lie de façon mutualiste le champignon aux deux autres partenaires et à établir les conflits d’intérêts émanant de ces différentes interactions pour comprendre quels facteurs permettaient de les réguler. Ainsi, la relation qui lie le champignon aux fourmis peut être qualifiée d’agriculture. Les fourmis protègent, nourrissent et disséminent le champignon et celui-ci, via ses propriétés structurales, permet l’élaboration de galeries servant de piège pour capturer des proies. Ce phénomène crée cependant un conflit d’allocation de la force ouvrière des fourmis et nuit directement aux bénéfices de la plante par une diminution de l’intensité des patrouilles sur ses feuilles, diminuant consécutivement sa protection et sa fitness. Néanmoins, le rôle du champignon dans les transferts de nutriments entre les fourmis et la plante, ainsi que certaines réponses évolutives de la plante permettent de réguler ces conflits, stabilisant les bénéfices nets de chaque partenaire dans ce mutualisme tripartite. Puis, je me suis concentré à comprendre comment certains facteurs évolutifs pouvaient moduler cette résultante écologique. La prise en compte du caractère multipartite d’un mutualisme change radicalement la vision de l’évolution des mutualismes jusqu’alors étudiée entre paires d’espèces. Alors que le corpus scientifique s’accorde à dire que la spécialisation entre espèce par coévolution renforce la stabilité et les bénéfices perçus par chaque partenaire, le contexte multipartite semble altérer ces prédictions. Au contraire la spécialisation multipartite peut être dans certains cas un moteur d’instabilité et de baisse des bénéfices. Enfin cette thèse permet de faire le lien entre deux concepts qui s’opposent : la coévolution diffuse et la coévolution par paire. Je montre ainsi que la coévolution peut intervenir sur plus de deux espèces à la fois, mais qu’elle peut quand même entrainer une spécialisation multispécifique. Finalement, au contraire des prédictions de la coévolution diffuse, cette thèse montre que plusieurs pressions de sélection contrastées émanant de différentes espèces envers un seul trait d’une troisième espèce peuvent promouvoir la spécialisation multi-spécifique.
Mutualisms, defined as interspecific interactions where each partner receives net benefices from their interactions, are central to the organization of earth biodiversity. Although globally beneficial for each partner, such interactions do not modify the inherent selfishness of species for their survival and reproduction, generating conflicts of interests between species. Thus understanding the ecological and the evolutionary processes maintaining positive outcomes in mutualisms is fundamental to understand how mutualisms shape earth biodiversity. However, scientific research on mutualisms has most of the time focused on interaction between pairs of species. Such knowledge is thus partial as mutualisms are embraced in a community context. My doctoral thesis takes place in this conceptual framework. I focused my research on the integration of a third fungal partner in protective interactions between ants and plants to evaluate its consequences on the ecological and evolutionary outcomes of such mutualisms, taken as multispecies interactions. I first focused my researches in defining the mutualistic interaction linking the fungal partner with its two other associates and in revealing any conflict of interests and their regulation that may emerge from such tripartite interactions. The interactions between the ants and the fungi can be qualified as a case of non-food fungiculture. The ants protect, provide food and disseminate the fungus, and the latter, thanks to its structural properties, allows the elaboration of galleries used that are then used as trap to capture preys. This phenomenon creates a conflict of interest in the allocation of the worker force, altering host plant benefits through a decrease of worker patrolling activity and consequently leaves protection and thus fitness. However, the role of the fungus in the nutrient transfers between ants and plants added to evolutionary responses from the plant allows regulating this conflict, stabilizing the net benefits towards the plant. Then I have concentrated my researches in understanding how evolutionary factors would modulate the ecological outcomes of such interactions. Taking into account the multispecific character of mutualisms changes radically the vision on the evolution of mutualisms when pair of species are considered. While it is widely accepted that specialization of mutualist species through coevolution reinforce the stability of the interaction and the net benefit of each partner, the multispecific context seems to deviate these predictions. Conversely, I show that specialization between three mutualistic partners can drive instability and decrease of benefits. Finally, the results of this thesis join the gap between two previously opposed concepts: diffuse coevolution and pairwise coevolution. I show that coevolution can happen between more than two species simultaneously and that it can drive mutlispecific specialization. Opposed to the diffuse coevolution, I show that contrasting selective pressures on a same trait from different partner can promote specialization of species.

http://www.theses.fr/2013AGUY0622/document

Éditeur(s) : HAL CCSD Publisher : Paris : Baillière [1980-. Latest Publisher : Paris : Elsevier
Résumé : National audience
Pneumocystis jiroveci (anciennement P. carinii) est un champignon opportuniste responsable de pneumopathies chez les patients immunodéprimés. Les pneumocystoses des patients non infectés par le VIH se distinguent des pneumocystoses du sida par des difficultés diagnostiques accrues, et un pronostic plus sombre. Il est donc indispensable de cibler les immunodépressions les plus à risque, qui bénéficieront d’un traitement par triméthoprime-sulfaméthoxazole à faible dose au long cours, très efficace en prophylaxie des pneumocystoses : ainsi, les vascularites des moyens et petits vaisseaux, les hémopathies lymphoïdes B (leucémie lymphoïde chronique ou aiguë, lymphome malin non hodgkinien) et les cancers solides sous corticothérapie prolongée doivent faire envisager cette prophylaxie. À l’inverse, la généralisation de la prophylaxie à l’ensemble des patients porteurs de pathologies inflammatoires sous corticothérapie n’est pas justifiée. La prise en charge des pneumocystoses des patients non infectés par le VIH suit les principes établis pour les pneumocystoses du sida. Le diagnostic de certitude repose sur la mise en évidence de kystes de P. jiroveci sur des prélèvements respiratoires, tandis que la PCR ne permet pas formellement, en 2015, de différencier colonisation et infection. Le traitement repose sur le triméthoprime-sulfaméthoxazole à fortes doses. Par contre, l’intérêt de la corticothérapie adjuvante pour les patients hypoxémiques, parfaitement documenté au cours du sida, est discuté pour les autres immunodépressions, d’autant que les patients sont en général déjà sous corticoïdes au moment du diagnostic de pneumocystose. Celle-ci est cependant préconisée par plusieurs experts et sociétés savantes, compte tenu du bénéfice démontré sur la morbi-mortalité au cours du sida. Abstract Pneumocystis jiroveci (formerly P. carinii) is an opportunistic fungus responsible for pneumonia in immunocompromised patients. Pneumocystosis in non-HIV-infected patients differs from AIDS-associated pneumocystosis in mostly two aspects: diagnosis is more difficult, and prognosis is worse. Hence, efforts should be made to target immunocompromised patients at higher risk of pneumocystosis, so that they are prescribed long-term, low-dose, trimethoprime-sulfamethoxazole, highly effective for pneumocystosis prophylaxis. Patients at highest risk include those with medium and small vessels vasculitis, lymphoproliferative B disorders (chronic or acute lymphocytic leukaemia, non-Hodgkin lymphoma), and solid cancer on long-term corticosteroids. Conversely, widespread use of prophylaxis in all patients carrier of inflammatory diseases on long-term corticosteroids is not warranted. The management of pneumocystosis in non-AIDS immunocompromised patients follows the rules established for AIDS patients. The diagnosis relies on the detection of P. jiroveci cyst on respiratory samples, while PCR does not reliably discriminate infection from colonization, in 2015. High-doses trimethoprim-sulfamethoxazole is, by far, the treatment of choice. The benefit of adjuvant corticosteroid therapy for hypoxic patients, well documented in AIDS patients, has a much lower level of evidence in non-HIV-infected patients, most of them being already on corticosteroid by the time of pneumocystosis diagnosis anyway. However, based on its striking impact on morbi-mortality in AIDS patients, adjuvant corticosteroid is recommended in hypoxic, non-HIV-infected patients with pneumocystosis by many experts and scientific societies
ISSN: 0248-8663

hal-01237080
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01237080
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01237080/document
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01237080/file/Pneumocystose%20chez%20les%20patients%20immunod%C3%A9prim%C3%A9s%20non%20infect%C3%A9s%20par%20le%20VIH.pdf
DOI : 10.1016/j.revmed.2015.10.002

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Acromyrmex octospinosus (Reich), est une fourmi champignonniste qui vit dans un nid souterrain en symbiose avec un champignon du genre Leucoagrinus. Elle est la seule espèce du genre Acromyrmex recensée en Guadeloupe et est appelée " Fourmi manioc". C'est une espèce invasive; découverte en 1954, dans une seule localité, elle est présente dans presque toute la totalité de l'île. Fourmi défoliatrice, elle s'attaque à de nombreuses cultures (vivrières, fruitières,....) et actuellement, elle représente un danger pour certaines espèces patrimoniales et des essences forestières. L'objectif du projet est de proposer des solutions de lutte efficaces mais respectueuses de la santé et de l'environnement et qui s'intègrent dans un schéma de développent durable de la Guadeloupe.
UIEIS-SF

hal-00684225
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00684225

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
Introduction Une exposition domiciliaire fongique élevée quantifiée par l’index environnemental moléculaire Environmental Relative Moldiness Index (ERMI) est associée au développement de l’asthme dans l’enfance. Dans ce travail, nous avons utilisé cette technique basée sur la quantification moléculaire de 36 champignons dans les poussières pour comparer sa valeur dans l’air à la détection par séquençage haut-débit NGS. Matériels et méthodes Des prélèvements de poussière et d’air ont été collectés dans 20 logements étiquetés « moisis » et 20 logements « non moisis » par les méthodes suivantes : 2 m2 de poussières prélevées à l’aide d’un embout Mitest™ positionné sur un aspirateur ; 3 m3 d’air prélevés par le collecteur cyclonique Coriolis® (Bertin Technologies, France). Tout d’abord, nous avons validé l’ERMI dans l’air versus les poussières, puis comparé dans les prélèvements d’air l’ERMI le séquençage NGS (10 échantillons « moisis » versus 10 échantillons « non moisis »). La cible était le gène 18S séquencé par pyroséquençage à l’aide du système Roche 454. Résultats et discussion Une corrélation entre l’ERMI « poussières » et l’ERMI « air » a été observée avec une valeur significative du test Kendall's tau. Les moisissures intérieures les plus identifiées étaient Aspergillus restrictus, A. fumigatus, A. versicolor, Aureobasidium pullulans Penicillium crustosum, Wallemia sebi, auxquelles s’associaient des moisissures classiquement d’extérieur, Cladosporium cladosporoides, Cladosporium herbarum. L’analyse des séquences obtenues par pyroséquençage était superposable à l’observation par ERMI. Les 3 genres les plus représentés dans l’air intérieur étaient Aspergillus, Penicillium et Cladosporium. Toutefois, quelques genres non inclus dans le panel ont pu être détectés en quantité non négligeable, à l’image des levures notamment du genre Cryptococcus. L’ERMI et le NGS apparaissent donc utiles et corrélés pour la quantification de la charge fongique environnementale dans l’air. L’ERMI a l’avantage d’être une technique rapide, mais sa limite est de cibler a priori 36 genres fongiques (définis initialement aux États-Unis). L’analyse NGS permet d’identifier d’autres genres potentiellement pertinents et donc d’adapter les cibles pour un ERMI « français »
Congrès de la SFMM
Talence-Bordeaux, France

hal-01198651
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01198651
DOI : 10.1016/j.mycmed.2015.06.013

Résumé : Ce catalogue regroupe les troubles connus qui peuvent affecter les macrophytes cultivées dans le monde, appartenant aux familles des Phéophycées et des Rhodophycées. Des virus, des bactéries, des champignons, des épiphytes et des endophytes divers, ainsi que des agents encore non identifiés et des substances chimiques, naturelles ou dues à l'activité humaine, peuvent compromettre la qualité et les rendements en algoculture.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00080/19133/16728.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00080/19133/

Éditeur(s) : HAL CCSD Royal Society, The
Résumé : Species engaged in multiple, simultaneous mutualisms are subject to trade-offs in their mutualistic investment if the traits involved in each interaction are overlapping, which can lead to conflicts and affect the longevity of these associations. We investigate this issue via a tripartite mutualism involving an ant plant, two competing ant species and a fungus the ants cultivate to build galleries under the stems of their host plant to capture insect prey. The use of the galleries represents an innovative prey capture strategy compared with the more typical strategy of foraging on leaves. However, because of a limited worker force in their colonies, the prey capture behaviour of the ants results in a trade-off between plant protection (i.e. the ants patrol the foliage and attack intruders including herbivores) and ambushing prey in the galleries, which has a cascading effect on the fitness of all of the partners. The quantification of partners' traits and effects showed that the two ant species differed in their mutualistic investment. Less investment in the galleries (i.e. in fungal cultivation) translated into more benefits for the plant in terms of less herbivory and higher growth rates and vice versa. However, the greater vegetative growth of the plants did not produce a positive fitness effect for the better mutualistic ant species in terms of colony size and production of sexuals nor was the mutualist compensated by the wider dispersal of its queens. As a consequence, although the better ant mutualist is the one that provides more benefits to its host plant, its lower host–plant exploitation does not give this ant species a competitive advantage. The local coexistence of the ant species is thus fleeting and should eventually lead to the exclusion of the less competitive species.
ISSN: 0962-8452

hal-01608641
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01608641
DOI : 10.1098/rspb.2016.1679
PRODINRA : 405078