Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : Loss of agrodiversity mediated by varietal legacy is an important concern, translating as crop species being at risk for genetic erosion, while loss of genetic resources may deplete material available for future breeding strategies. We explored varietal dynamics in the Guadeloupean agricultural yam system. Interviewing farmers about the varieties cultivated in the past compared to their current varieties demonstrated that no dramatic loss of varieties occurred in the two to three latest decades, and changes in variety frequency mostly affected former widespread varieties while frequency of uncommon varieties demonstrated some stability in cultivation frequency. Varietal dynamics nevertheless reflected strong sub-regional trends, and socio-economic impacts such as age of producers or in farm crop diversity. Recurrent epidemics of anthracnose since its historical start in the 70s did not change varietal turnover too strongly, but resulted into transition from Dioscorea alata to less susceptible species or into a decrease of yam cultivation especially for farmers with financial dissatisfaction. La perte d'agrodiversité négociée par le legs variétal est un souci important, traduisant comme espèces de culture étant en danger pour l'érosion génétique, alors que la disparition des ressources génétiques peut épuiser le matériel disponible pour de futures stratégies d'élevage. Nous avons exploré la dynamique variétale dans le système agricole d'igname en Guadeloupe. Les agriculteurs enquêtés au sujet des variétés cultivées dans le passé comparé à leurs variétés actuelles ont démontré qu'aucune perte dramatique de variétés ne s'est produite pendant les deux à trois dernières décennies, et les changements de la fréquence de variété ont en grande partie affecté d'anciennes variétés répandues tandis que la fréquence des variétés rares démontrait une certaine stabilité dans la fréquence de culture. La dynamique variétale a néanmoins reflété des tendances sous-régionales fortes, et les impacts socio-économiques tels que l'âge des producteurs ou dans la ferme cultivent la diversité. Épidémies récurrentes d'anthracnose puisque son début historique pendant les années 70 n'a pas changé le chiffre d'affaires variétal trop fortement, mais résulté dans la transition de dioscorea alata aux espèces moins susceptibles ou dans une diminution de culture d'igname particulièrement pour des agriculteurs avec mécontentement financier.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16259
V16259

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
La littérature existante sur la stabilité des systèmes est assez importante mais disparate et l’objet de ce livre est de réunir en un seul document les résultats essentiels sur la stabilité des systèmes dynamiques de dimension finie et leurs extensions dans le cas de dimension infinie. Comme les systèmes distribués évoluent dans le temps et l’espace, les explorations et les recherches sur leur stabilité étaient essentiellement centrées sur le domaine global dans lequel évolue le système. Nous avons fortement ressenti que, dans ce sens, des considérations importantes manquaient : celles qui consistentà considérer que le système peut faire l’objet d’intérêt dans une certaine région donnée de ce domaine global. Cela est le cas dans de nombreuses applications allant des sciences de l’ingénieur aux sciences du vivant. Pour cette raison, nous avons dédié cet ouvrage à une extension des résultats classiques au cas régional.Cet ouvrage s’adresse aux étudiants des licences et masters, aux élèves ingénieurs et aux chercheurs intéressés par la stabilité des systèmes dynamiques, sous diverses aspects. Il est organisé en suivant une difficulté croissante. Le premier chapitre portent sur la stabilité et la stabilisabilité des systèmes localisés (c’est-à-dire décrits par des équations différentielles ordinaires), puis sur la stabilité des systèmes linéaires distribués (c’est-à-diredécrits par des équations différentielles aux dérivées partielles). Les chapitres suivants concernent des aspects originaux et innovantsde la stabilité et la stabilisabilité de certaines classes de systèmes motivés par des applications réelles, c’est-à-dire les systèmes semilinéaireset bilinéaires. La stabilité de ces systèmes a été considérée d’un point de vue global et régional. Un aspect particulier concernant la stabilité du gradient a été également considéré pour diverses classes de systèmes.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297263

ISBN : 978-2-35412-231-7
hal-01297263
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297263

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
La littérature existante sur la stabilité des systèmes est assez importantemais disparate et l’objet de ce livre est de réunir enun seul document les résultats essentiels sur la stabilité des systèmesdynamiques de dimension finie et leurs extensions dans le cas dedimension infinie. Comme les systèmes distribués évoluent dans letemps et l’espace, les explorations et les recherches sur leur stabilitéétaient essentiellement centrées sur le domaine global dans lequelévolue le système. Nous avons fortement ressenti que, dans ce sens,des considérations importantes manquaient : celles qui consistentà considérer que le système peut faire l’objet d’intérêt dans unecertaine région donnée de ce domaine global. Cela est le cas dansde nombreuses applications allant des sciences de l’ingénieur auxsciences du vivant. Pour cette raison, nous avons dédié cet ouvrageà une extension des résultats classiques au cas régional.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297182

ISBN : 978-2-35412-231-7
hal-01297182
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297182

Éditeur(s) : J.-J. SYMOENS
Résumé : Un modèle Ecopath de l'estuaire du Sine-Saloum (Sénégal) comportant au total 37 groupes fonctionnels a été appliqué dans la présente étude en vue de déterminer les faits essentiels de ce système aquatique. La grande biodiversité spécifique des poissons de l'écosystème peut y jouer un rôle en assurant son intégrité, spécialement en présence de facteurs de stress, bien qu'il ait été observé que ce n'est pas entièrement le cas. Les résultats montrent qu'un autre facteur de mitigation est le niveau des forces d'interaction entre les groupes fonctionnels. La stabilité est accrue par des relations plus faibles et des pyramides plus courtes et plus larges. Bien que différentes questions se posent concernant les facteurs conduisant à la stabilité d'un système, les méthodes et les façons de les approcher devraient envisager d'en situer les résultats dans le contexte d'une théorie écologique plus large.
An Ecopath model of the Sine Saloum estuary (Senegal) with a total of 37 functional groups is used in this study to determine the key features of this aquatic system. The high fish species biodiversity in the ecosystem may play a role of ensuring its integrity, especially in the presence of stress, though it was observed that this is not entirely the case. Results show that another mitigating factor is the level of interaction strengths between functional groups. Stability is improved by weaker connectance as well as shorter and fatter pyramids. Though differing issues arise with respect to questions driving a system's stability, methods and approaches should consider placing results in the context of a broader ecological theory.
Coastal Ecosystems of West-Africa Biological Diversity-Resources-Conservation (J.-J. SYMOENS), 2005 , P. 15-26

Droits : J.-J. SYMOENS
http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-2554.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2554/

Résumé : Les stocks des éléments dans les sols, et en particulier ceux du carbone, sont en constante évolution sous l’effet de facteurs naturels (climat, végétation, teneurs en argiles, etc.) et anthropiques (usages des sols, etc.). Notre objectif est donc, (i) de mieux comprendre les relations entre type de sol, système de culture et quantité de carbone stockée, (ii) d’étudier les conséquences des changements d’usage et de gestion des terres sur les formes de matière organique dans les sols et (iii) de préciser le rôle de la matière organique sur les propriétés physiques des sols.Des situations agro-pédologiques représentatives des trois grands modèles minéralogiques des sols tropicaux (Sols à allophanes (argiles non cristallisées), Sols à argiles 1/1 et Sols à argiles 2/1) et présentant des systèmes culturaux de différents niveaux d’intensification (monocultures intensives destinées à l’exportation, systèmes paysans faiblement intensifiés, etc.) ont ainsi été sélectionnées sur les sols de Martinique. Par ailleurs, afin de limiter les effets des usages antérieurs des parcelles, nous avons généralement choisi des situations culturales âgées au minimum de 3 ans.L’analyse des stocks de carbone des différentes parcelles fait apparaître des comportements différents : dans les sols à allophanes, il y a un effet de la minéralogie sur la stabilisation des matières organiques ; dans les sols à argiles cristallisées, il existe une corrélation entre la teneur en carbone (ou le stock organique) et la texture (ou teneur en éléments fins), aussi bien pour les situations non cultivées que pour les situations sous cultures. L’amplitude des variations (diminution) des stocks en carbone observées sous l’effet de différents modes de gestion des sols, dépend elle aussi de la texture : dans les sols sableux, la potentialité de séquestration du carbone est faible ou nulle, en revanche, les potentialités de stockage du carbone sont plus fortes dans les sols argileux.L’estimation des stocks totaux de carbone à l’échelle de la Martinique, pour un mètre de profondeur et pour une situation moyenne entre les cartes d’usage des terres de 1969/1970 et 1979/1980, s’élèvent à 11,859 Mt de C calculés pour 95,8% de la surface.La distribution de la matière organique du sol varie avec la texture du sol : dans les sols sableux, à faibles teneurs en matière organique, les matières organiques sont principalement associées aux fractions sableuses ; dans les sols argileux, plus riches en matières organiques, 50 à 60 % de la matière organique sont associées à la fraction argileuse. De même, la dynamique de la matière organique dépend également de la texture du sol : dans les sols sableux, les variations des stocks organiques sont essentiellement dues à la perte ou à l’accumulation en carbone de la fraction sableuse ; dans les sols argileux, la fraction argileuse participe de manière prépondérante aux variations des stocks organiques de ces sols lors de leur mise en culture ou en prairie ; les sols sablo-argileux ont un comportement intermédiaire entre ces deux pôles.La stabilité structurale varie avec la minéralogie. Les andosols (ou ALL) présentent un haut degré d’agrégation et de stabilité, du à la présence d’allophanes et à leur association particulière avec les composés organiques. Dans les sols à argiles cristallisées, la stabilité de l’agrégation est plus élevée dans les sols à argiles 1/1 (ou LAC) ; les valeurs les plus faibles sont généralement observées dans les parcelles sur sols à argiles 2/1 (ou HAC). En outre, la mise en culture se traduit généralement par une diminution de la stabilité de l’agrégation.L’intensification des cultures (labours fréquents, faibles restitutions de matière organique au sol, etc.) accentue la perte de la stabilité de l’agrégation provoquée par la mise en culture, en particulier dans les parcelles sur sols à argiles 2/1 (ou HAC).
Soils elements stocks, and particularly those of carbon, are in constant evolution under natural factors effect (climate, vegetation, clays content, etc) and anthropic factors effect (soils uses, etc). Our objective is thus, (i) to better understand the relations between soil, farming system and stored carbon quantity, (ii) to study the consequences of soils uses changes and of soils managements changes on organic matter shapes in soil and (iii) to specify organic matter role on soil properties physics.Representative agri-pedological situations of the three great mineralogical models of tropical soils (allophonic soils (not crystallized clays), 1:1 clay soils and 2:1 clay soils) and presenting agricultural systems of various levels of intensification (intensive monocultures intended for export, slightly intensified farming systems, etc) were thus selected in the soils of Martinique. In addition, to limit the effects of their former uses, we generally chose to the minimum 3 years old farming situations.The analysis of the various lands carbon stocks reveals different behaviors: in allophonic soils, a correlation exists between carbon content (or organic stock) and texture (or fine elements content), as well for not cultivated as for cultivated situations. Variations ranges (reduction) of carbon stocks observed under various management soils systems effect, also depends on texture: in sandy soils, carbon sequestration potentiality is low or null, on the other hand, carbon storage potentialities are higher in clay soils.The estimation of total carbon stocks on the scale of Martinique, for one meter of depth and for and average situation between the use soils charts of 1969/70 and 1979/80, rises to 11,859 Mt of C calculated for 95,8% of the surface.Soil organic matter distribution varies with soil texture: in sandy soils, with low contents of organic matter, organics matters are mainly associated with the sandy fractions; in clay soils, richer in organic matters, 50 to 60% of the organic matters are associated with the argillaceous fraction. In the same way, the organic matter dynamics also depends on soil texture: in sandy soils, organic stocks variations are primarily due to carbon loss or accumulation of the sandy fraction; in clay soils, the argillaceous fraction takes part in a dominating way in organic stocks variations of these soils at the time of their setting in culture or meadow; the sand-clay soils have an intermediate behavior between these two poles.Structural stability varies with mineralogy. Andosols (or ALL) present a high degree of aggregation and stability, due to the presence of allophones and their particular association with the organics compounds. In crystallized clay soils, aggregation stability is higher in 1:1 clay soils (or LAC); the lowest values are generally observed in the lands on 2:1 clay soils (or HAC). Moreover, culture setting generally results in aggregation stability reduction.Cultures intensification (frequent ploughings, low organic matter restitutions to the soil, etc) accentuates aggregation stability loss caused by culture setting, particularly in lands on 2:1 clay soils (or HAC).

http://www.theses.fr/2012AGUY0513/document

Éditeur(s) : Université de la Rochelle
Résumé : In order to better understand the functioning of the Brouage intertidal mudflat (Marennes- Oléron Basin, France), its carbon-based trophic web has been modelled and analyzed. The foodweb building is based on the 4 step method of Inverse Analysis: 1) conceive an a priori model as the graph of compartments (nodes) between which exist fluxes of material (vertices). These vertices are the unknowns for the problem; 2) gather all the existing knowledge about the ecosystem and translate it into linear equations and inequalities involving the fluxes; 3) complete this set of data by common knowledge on the behaviour of the compartments and translate it into inequalities, 4) solve the obtained linear system under the parsimony principle to find a unique solution vector. The food-web analysis is based on. The first purpose of this work was a methodological one: inverse analysis method has been adapted to consider the seasonal and spatial variability of the temperate ecosystem: two seasons have been coupled in the computation and the area has been divided into three geographical zones along a cross-shore gradient. Hence, two types of physical exchanges are involved: the benthicpelagic ones and the advection ones. Statistical results can also be obtained by coupling Monte Carlo methods to Inverse Analysis. To study the obtained networks, new indices based on Markov Chains take delay into account in describing integrative transfers of material between compartments. This lets emerge the systems' properties that are not obvious at first sight and emphasizes the role of peculiar components. The second purpose was to apply such methods to the Brouage mudflat ecosystem in order to better understand its functioning. As the knowledge and methods evolve, various food webs were computed and analyzed with the help such indices and existing ones. Sensitivity analyses allow to point at the most crucial lacks of knowledge, which can orientate future field research. New data would improve the quality of the model in two ways: one the one hand, they would validate or invalidate the outcomes and on the other hand, they would give useful information to better constrain some of the black boxes and most uncertain fluxes, especially the advection and vertical flows. The main results of the study show a strongly seasonal system in which benthic and pelagic components are linked with intensity. The system is driven by its high local benthic primary production, but also depends on imports from the basin. Each of the 3 geographic zones has a peculiar functioning. The central zone corresponds to the classical description of European intertidal mudflats: very productive, it can feed the other regions. It is a production zone. The upper part is less productive but is fed by the middle one via the water column and can be exploited by shorebirds. It is a degradation zone (material is transformed for less qualitative). The lower part strongly depends on the basin imports for its functioning, as the cultivated bivalves act as a pump for pelagic material of which a great part is deposited under the cultivation structures (oyster racks or mussels "bouchots"). It is a transformation zone.
Un double objectif (méthodologique et appliqué) a été visé par une modélisation du réseau trophique de la vasière de Brouage (Bassin de Marennes Oléron, France) à l'aide de l'analyse inverse, et son étude à l'aide de l'analyse des réseaux. L'Analyse Inverse permet en effet de reconstruire l'ensemble du réseau à partir de données éparses, le problème du manque de données étant récurrent en Ecologie. Au plan méthodologique, l'analyse inverse a été adaptée à la prise en compte des caractères saisonnier et spatialement hétérogène d'un écosystème tempéré de zone intertidale : deux saisons ont ainsi été couplées et la vasière a été considérée le long d'un transect perpendiculaire au rivage et divisé en trois zones spatiales. Deux types de flux physiques interviennent donc : les flux verticaux de dépôt et remise en suspension, et les flux d'advection via la colonne d'eau. Des pistes d'amélioration et de nouvelles méthodes sont proposées. Un résultat sous forme statistique peut être obtenu en couplant l'utilisation de méthodes de Monte Carlo à l'analyse inverse pour la construction des réseaux trophiques. Les moyens d'étude des modèles ont été enrichis par la mise au point d'indices issus de la construction de chaînes de Markov et prenant en compte le caractère temporel des transferts de matière entre compartiments. Enfin, la transformation mathématique du modèle statique pour une étude dynamique de la stabilité de l'équilibre décrit est abordée. Plusieurs modèles ont été construits au cours de l'évolution des méthodes et de l'acquisition de connaissances sur le site. Des méthodes d'analyses existantes et d'autres mises au point dans le cadre de cet ouvrage ont été appliquées aux réseaux obtenus afin de faire émerger les propriétés du fonctionnement de la vasière et de souligner le rôle de certains compartiments. Des analyses de sensibilité permettent d'évaluer la robustesse des résultats et d'orienter les recherches futures en mettant en évidence les manques les plus cruciaux. Des données supplémentaires, notamment concernant les foraminifères benthiques, le zooplancton ou les mouvements verticaux du microphytobenthos permettront de fournir de meilleures contraintes et de valider (ou non) les résultats obtenus. Les principaux résultats montrent un système au fort caractère saisonnier dont les compartiments benthiques et pélagiques sont très liés. La production primaire benthique locale est un moteur important, mais qui ne suffirait pas à suppléer l'indispensable importation de matériel détritique. Le découpage de la vasière en trois zones fait apparaître les particularités de chacune. La zone centrale correspond à la description classique des « vasières intertidales européennes » : très productive, elle peut alimenter les autres régions. C'est une zone de production et d'exportation. La partie supérieure est moins productive et reçoit de la matière de la zone de milieu d'estran via la colonne d'eau. Sa production secondaire peut alors être exploitée par les limicoles, nombreux en hiver. C'est une zone de dégradation et d'exportation. Le bas d'estran dépend fortement des importations extérieures, « pompées » par les bivalves cultivés qui sont ainsi directement responsables d'une forte sédimentation sous les structures mytilicoles et ostréicoles. C'est une zone de transformation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-2260.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2260/

Éditeur(s) : Universite Montpellier II
Résumé : Since 1980, the expansion of a green macro-alga: Valonia aegagropila (C Agardh) is observed in Salses-Leucate lagoon (France). It is currently distributed in the north of the lagoon with important biomasses (40 gDW/m²) eroding the cover of Zostera noltii. The free form of the alga can be transported with the surface or bottom currents depending on seasons. It multiplies mainly by vegetative reproduction. There are few studies on the ecophysiological capacities of V. aegagropila. This work tries to answer why (physiological adaptation) and how (mechanical process of transport) the alga invaded the lagoon, with an approach including observations, experiments in controlled environment and biological and hydrodynamic models. The growth capacities depend on temperature and light intensities, the nutrients absorption rates and internal nitrogen and phosphorus internal quotas were measured and modelled using a Droop model based on internal quota. Vertically transport was studied with laboratory experiments and measurements of biomass transport were made into the lagoon. The biological model (growth, vertical transport, mortality) was coupled to the MARS 3D hydrodynamic model with a meshgrid of 160m. The results show an adaptation of the alga to low availability of phosphorus and an annual growth of biomass controlled by the availability of nutrient during winter. The alga seems to occupy the whole zones where growth is optimal and the risk of invasion of the southern part of the lagoon is limited. This work opens on research prospects on an ecological model (confronting physiological capacities and competition of V. aegagropila, Zostera noltii, green algae and primary production), new physiological experiments, ecological observations and potential valorisation of V. aegagropila.
Depuis 1980, est observée dans l'étang de Salses-Leucate l'expansion d'une macro-algue verte : Valonia aegagropila (C. Agardh). En 2004, elle était présente sur la presque totalité de la moitié nord de la lagune avec des biomasses importantes (jusqu'à 600 gPS/m²). L'algue envahit et érode également la couverture d'herbiers garant de la biodiversité, de la productivité et de la stabilité de l'écosystème. V. aegagropila se reproduit essentiellement de manière végétative (fragmentation des thalles) et possède la particularité de retenir de l'oxygène de la photosynthèse dans sa structure sphérique. Cet oxygène piégé lui donne la possibilité de mouvement sur la verticale et d'être transportée dans le domaine par les courants. Les conditions physico-chimiques de l'étang présentent de fortes variations saisonnières en salinité, en température et en turbidité, ainsi que des apports nutritifs faibles : la production primaire est principalement limitée par le phosphore. Il existe malheureusement peu d'informations sur V. aegagropila ainsi que trop peu de connaissances sur son écophysiologie. Elle semble vivre dans des milieux plutôt oligotrophe dans des régions tropicales à sub-tropicales. Ce travail basé sur une approche d'observations de terrain, d'expérimentations en milieu contrôlé (en laboratoire) et de modélisation des processus, a permis d'une part d'explorer les capacités adaptatives physiologiques de V. aegagropila aux conditions environnementales de l'étang et d'autre part de mettre à jour les modes de fonctionnement de la dynamique spatio-temporelle de la population. Les capacités de croissance ont été mesurées sur un large spectre de température et de lumière. Les capacités d'absorption des sels nutritifs dans l'eau et les facultés de l'algue à stocker l'azote et le phosphore dans ses tissus ont également été étudiées. D'autre part, un modèle de dynamique des populations a été conceptualisé puis développé. Les processus pris en compte dans ce modèle sont la croissance de l'algue (modèle à quota interne), la flottabilité de l'algue et la mortalité par surdensité. Ces processus ont été paramétrés en majeure partie par des expérimentations réalisées en laboratoire. Ce modèle 0D a par la suite était couplé au modèle hydrodynamique MARS3D (modèle Ifremer) mis en place sur la lagune de Salses-Leucate, utilisant deux grilles de calcul (160m ou de 80m de résolution). Les simulations réalisées permettent d'appréhender les capacités spatio-temporelles de la croissance de l'algue dans l'étang, le turnover annuel de la biomasse totale et les attracteurs de biomasse du système sous différents évènements météorologiques. Ces résultats sont comparés avec les répartitions cartographiques de la population observées in situ en 1999 et 2004 et des flux de biomasses mesurés au cours d'observations de terrain entre juin 2003 et septembre 2004. L'ensemble des résultats montre d'une part une adaptation de l'algue à évoluer dans un milieu pauvre en phosphore et d'autre part une croissance annuelle de la biomasse totale qui est principalement contrôlée par les apports hivernaux en sels nutritifs dans la lagune. Les résultats des simulations montrent également que V. aegagropila semble occuper à présent la majeure partie des zones favorables à sa croissance. Il est également montré que si sa capacité de mouvement peut favoriser la dispersion d'individus dans la lagune et accélérer la croissance de la population pour de faibles biomasses initiales, cette même capacité de mouvement joue plutôt un rôle de régulation de la population lorsque la biomasse totale devient importante. On peut penser que le risque de colonisation de l'herbier à zostère de la partie sud de la lagune (bassin de Salses) est limité. Ce travail ouvre enfin des perspectives de recherche sur l'amélioration du modèle de dynamique des populations de l'espèce, sur de nouvelles expérimentations à réaliser ou encore sur la surveillance écologique du milieu. Des propositions sont faites pour concevoir un modèle écologique confrontant les capacités physiologiques des macrophytes (algues vertes, Valonia et zostères) afin d'apréhender les phénomènes de compétitions et les modes de fonctionnement du réseau trophique de la lagune de Salses- Leucate. Des pistes sur la valorisation de la matière algale de V. aegagropila sont enfin proposées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/these-2453.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2453/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The Manche-à-Eau lagoon, brackish water ecosystem is subject to tide, trade winds and hurricanes. The 2004 map (IGN) is covered of a 90 m aside square, to place 37 spots in a GIS and to limit them on the field with a GPS. From aerial photos, the outlines drawing allows morphological follow up since 1950. Depth is measured at 1437 spots with bathymetric perch and prob. Stream direction is established during stream and ebb tide using ribbon fixed to the spot and a compass. Water volumes at low and high tide allow calculating the water renewal rate, at each tide. The mapping follow-up shows outlines and island stabilization because of the “shield effect” and soil (root peat), small islands aggregation/disaggregation depending of hurricanes passing. The present bathymetry shows the lagoon filling and the channels digging. General streams are subject to trade-winds (SSE-NNW) andthe tide movement to and fro. The up and down water generates a stream channel situated along the outlines and around dips and sandbanks. Water renewal volume (14.8 %) at each tide, combined with an active and various hydrodynamism tends to improve the water quality in this system.
Evolución Morfológica de la Laguna del Manglar Manche-à-EAU (Guadalupe, Antilles Francesas) de 1950 a 2004, y su batimetría eb 2007La laguna del Manche-à-Eau, ecosistema de agua salobre está sometido a la marea, a los alisios y a los huracanes. El mapa IGN de 2004 está dividido según una malla de 90 m para colocar 37 puntos en un SIG y limitarlos in situ con un GPS. Según las fotografías aéreas, el dibujo de los contornos hace posible el seguimiento morfológico desde 1950. La profundidad se mide en 1437 puntos con una pértiga y una sonda batimétrica. La orientación de las corrientes se establece en el mar y en el reflujo con catavientos fijados en los puntos, y una brújula. Las masas de agua entrantes y salientes permiten el cálculo del volumen de agua renovado durante cada marea. El seguimiento cartográfico muestra una estabilización de los contornos y de la isla debido al “efecto de escudo” y al suelo (turba de raíz), y una agregación/desagregación de los islotes según el paso de los huracanes. De acuerdo a la batimetría actual, se constatan el relleno de la laguna y la excavación de los canales. Las corrientes generales son controladas en superficie por los alisios, vientos de SSE-NNO y por el vaivén de la marea. Los movimientos ascendentes y descendentes de agua generan corrientes profundas a lo largo de los bordes y alrededor de depresiones y bajos. El volumen de agua renovado durante cada marea (14,8%) combinado al hidrodinamismo activo y variado tiende a vivificar este ecosistema.
La lagune de la Manche-à-Eau, écosystème d’eau saumâtre est soumis à la marée, aux alizés et aux ouragans. La carte IGN de 2004 est quadrillée selon une maille de 90 m pour placer 37 points dans un SIG et les borner sur le terrain avec un GPS. D’après les photographies aériennes, le dessin des contours rend possible le suivi morphologique depuis 1950. La profondeur est mesurée à 1437 points avec une perche et une sonde bathymétrique. L’orientation des courants est établie au flot et au jusant avec des penons fixés aux points, et une boussole. Les masses d’eau entrantes et sortantes permettent le calcul du volume d’eau renouvelé à chaque marée. Le suivi cartographique montre, une stabilisation des contours et de l’île due à « l’effet bouclier » et au sol (tourbe racinaire), et une agrégation/désagrégation des îlots selon le passage des ouragans. D’après la bathymétrie actuelle, le comblement de la lagune et le creusement des chenaux sont constatés. Les courants généraux sont gouvernés en surface par les alizés, vent de SSE-NNO et par le va-et-vient de la marée. Les descentes et remontées d’eau obligent ceux-ci à emprunter en profondeur les passages situés le long des berges et autour des dépressions et des hauts-fonds. Le volume d’eau renouvelé à chaque marée (14,8 %) combiné à l’hydrodynamisme actif et varié tend à vivifier cet écosystème.
Proceedings of the 61st Gulf and Caribbean fisheries institute
Le Gosier, Guadeloupe, France

hal-01600092
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01600092
PRODINRA : 384819

Résumé : Les réseaux de capteurs constituent un axe de recherche très fertile ces dernières années. Cette technique se développe dans différents domaines comme l'environnement, l'industrie, le commerce, la médecine, l'armée, etc. Les réseaux de capteurs sont difficiles à concevoir parce qu'ils sont fortement contraints en énergie et que tous les éléments ont potentiellement une influence sur la durée de vie du système. Nous proposons un outil permettant l'aide au bon paramétrage et aux choix de paramètres optimaux pour la stabilité des applications.Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés à deux problématiques : une classification des paramètres pour un outil d'aide à la décision pour la configuration d'un réseau de capteurs et la seconde, un outil de test de conformité du système dans un environnement réel. Le document est divisé en deux parties où la première partie est un état de l'art de différents protocoles existants et la deuxième partie décrit notre contribution dans ces deux problématiques.Dans la première contribution, nous avons analysé l'impact de la couverture radio puis de la topologie sur les performances d'un réseau de capteurs. Nous étudions le taux de perte et le niveau d'énergie pour en déduire la stabilité d'une application. Puis nous avons proposé une étude menant à une classification pour notre outil d'aide à la décision. Notre classification est basée sur une étude de divers paramètres de la couche MAC, physique, protocole de routage, nombre de nœuds et type d'application.Dans la deuxième contribution, nous nous sommes focalisés sur une approche pragmatique permettant de tester la conformité d'un réseau de capteurs dans un environnement réel. Pour tester la conformité dans un environnement réel, nous proposons une architecture d'exécution de test sur un réseau de capteurs réel. Ceci dans un but d'assurer un niveau correct de conformité et la stabilité de celui-ci durant son fonctionnement.
Wireless sensor networks is one of the hotest research topic in the last few years. This technology can be applied for different fields such as environment, industry, trading, medicine, military etc. Wireless sensor networks are hard to conceive because they require a lot of energy and because each of its component may have an influence on the lifetime of the whole system. What we suggest is a tool allowing to choose the correct and optimal parameters for the reliability of the applications.In this thesis, we focused on two major problems : firstly, a classification of the parameters for a tool allowing to make decisions about the configuration of a wireless sensors network, and secondly, a tool testing the compliance of the system with a real environment. The document is divided into two parts : the first part states the different protocols that exist, and the second part describes our contributions to those topics.In the first contribution, we analyzed how influential the radio cover and the network topology are on the network performances. Then, we deduced from the study of the loss rate and of the level of energy, the reliability of the application. Next, we suggested a study leading to a classification for our decision making tool. For this classification, we studied various parameters related to the MAC layer, the Physical layer, the network layer, the application layer the number of nodes involved in the network.In the second contribution, we adopted a pragmatic approach so we could test the conformity of a wireless sensors network in a real environment. In order to test its conformity in a real environment, we suggested a structured test execution on a real wireless sensor network. This task has been suggested in order to check the conformance level of the network while it was working.

http://www.theses.fr/2012AGUY0586/document

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : contient des versions PDF d'articles scientifiques (versions éditeur)
Spectrins are actin binding proteins that constitute the main components of membrane skeletons, the protein network located under the plasma membrane. Erythroid or non erythroid (in this case, they are called fodrins), spectrins play an important structural function in the membrane as demonstrated in the red blood cell. Spectrins are composed of two long α and β chains, associated in tetramers (αβ)2, forming the long flexible filaments of the network. Both chains are composed of repeating units which are folded in a triple helical arrangement (A, B and C helices), except for segment α10 which corresponds to a Src Homology 3 domain (SH3). The head-to-head interaction between dimers implies the N-terminal end of α chain and the C-terminal end of β chain. A model was proposed for the tetramerization site of spectrin : the two A and B helices of the last repeat of α chain interact with the C helix of the β chain in order to constitute a triple-helical structure similar to the repeats along the remainder of spectrin molecule. This model was first inferred from the relationship between the severity of the spectrin self-association defect and the location of the underlying mutations found in hereditary elliptocytosis (HE). Using recombinant peptides we defined the region, on both chains, which was sufficient and necessary to generate a fully functional tetramerization site. Producing peptides carrying a βHE mutation, we reproduced the tetramerization defect as observed in red blood cells of patients.
Finally, the presence of an SH3 domain probably gives to spectrins new functions which are different from the stability of the membrane. After contesting the existence of interaction between the fodrin SH3 domain and the α subunit of epithelial sodium channel sensitive to amiloride, we searched for partners of this domain, by screening a rat kidney library with the yeast two-hybrid system. We identified severals proteins implicated in the actin polymerization asoociated with motility or cell differenciation, suggesting that SH3 domain could play a part in this process.
Les spectrines, protéines liant l'actine, sont des constituants majeurs du squelette membranaire, réseau multiprotéique localisé sous la membrane plasmique. Érythroïdes ou non érythroïdes (dans ce cas, on les appelle fodrines), les spectrines ont un rôle structural important dans la membrane comme cela a déjà été démontré, pour la spectrine, dans le globule rouge. Elles sont constituées de deux longues chaînes a et ß associées côte à côte en tétramères (aß)2 qui forment les longs filaments du réseau. Chacune des chaînes est composée par la répétition de segments homologues, 22 pour a et 17 pour ß. Ces segments sont constitués de trois hélices a (hélices A, B et C) repliées sur elles-mêmes. Cette succession de structures trihélicoïdales est parfois interrompue par un domaine particulier comme le domaine SH3 (Src Homology 3) présent au milieu de la chaîne a. Les tétramères (aß)2 de spectrine constituent les filaments du squelette membranaire. L'interaction tête-à-tête de deux dimères aß implique les extrémités NH2 de la chaîne a et COOH de la chaîne ß. D'une part la sévérité du défaut d'auto-association et la localisation des mutations associées à celui-ci et d'autre part, les séquences en acides aminés des extrémités impliquées dans le site d'auto-association ont permis de proposer un modèle : la première hélice C isolée de la chaîne a pourrait s'associer aux deux dernières hélices A et B de la chaîne ß pour reconstituer une unité conformationnelle trihélicoïdale semblable à celles observées le long de la molécule. Un défaut dans la formation du tétramère est le support moléculaire le plus fréquemment observé dans les elliptocytoses héréditaires (HE). À l'aide de peptides recombinants, nous avons défini, sur les deux chaînes, les régions nécessaires et suffisantes possédant les caractéristiques pleinement fonctionnelles du site de tétramérisation. Nous avons ensuite, par mutagenèse dirigée, reproduit le lien entre la présence de mutations HE localisées dans les hélices A ou B et le défaut d'auto-association observé dans les globules rouges de patients HE. La présence d'un domaine SH3 localisé au milieu de la chaîne a confère probablement aux spectrine des fonctions autres que le maintien et la stabilité de la membrane. Les SH3, petits domaines protéiques, participent aux interactions protéine/protéine. Le seul partenaire connu du domaine SH3 de la fodrine était la sous-unité a du canal sodium sensible à l'amiloride (ENaC) mais la fonction de ce complexe n'était pas encore caractérisée. À l'aide de différentes méthodes, nous avons remis en cause l'interaction directe entre ENaC et le SH3 de la fodrine. La fonction de ce domaine SH3 étant liée à la nature de son ligand, nous avons donc recherché les partenaires putatifs du domaine SH3 de la fodrine par la technique du double-hybride. 29 partenaires ont été identifiés, regroupés en 19 familles et 10 clones isolés. La spécificité des interactions a été étudiée à la fois par double-hybride, à l'aide de mutants du domaine SH3 de la fodrine produits par mutagenèse dirigée. Les interactions vis-à-vis d'autres domaines SH3 (spectrine ou une protéine de levure non relatée Scd2) ont été également analysées. Enfin, la spécificité de certains partenaires a été confirmée par des études d'interactions in vitro. Deux des protéines les plus spécifiques du domaine SH3 de la fodrine sont des protéines tyrosine-phosphatase PTP. La première est l'isoforme A de PTP de faible poids moléculaire (LMPTPA) mais l'interaction n'a pas été confirmée in vitro. La deuxième, TD14, est une nouvelle PTP dont la seule fonction connue est d'inhiber la formation des foyers tumoraux des cellules surexprimant l'oncogène Ha-ras. Ces PTP pourraient soit déphosphoryler la fodrine, soit être recrutées sous la membrane pour déphosphoryler une autre cible. Nous avons également identifié trois partenaires (N-WASP, Evl et une protéine de la famille des formines) suggérant que les domaines SH3 des spectrines pourraient être impliqués dans les processus de polymérisation de l'actine liés à la mobilité ou la différenciation cellulaire. Mot clés : spectrine, fodrine, tétramérisation, SH3, double-hybride, polymérisation de l'actine
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00284819

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
tel-00284819
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00284819
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00284819/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00284819/file/Nicolas_1999_-_These.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé : International audience
A hallmark of living systems is the management and the storage of information through genetic and epigenetic mechanisms. Although the notion of epigenetics was originally given to any regulation beyond DNA sequence, it has often been restricted to chromatin modifications, supposed to behave as cis-markers, specifying the sets of genes to be expressed or repressed. This definition does not take into account the initial view of epigenetics, based on nonlinear interaction networks whose "attractors" can remain stable without need for any chromatin mark. In addition, most chromatin modifications are the steady state resultants of highly dynamic modification and de-modification activities and, as such, seem poorly appropriate to work as long-term memory keepers. Instead, the basic support of epigenetic memory could remain the attractors, to which chromatin modifications belong as do many other components. The influence of chromatin modifications in memory is highly questionable when envisioned as static structural marks, but can be recovered under the dynamic circuitry perspective, thanks to their self-templating properties. Beside their standard repressive or permissive functions, chromatin modifications can also influence transcription in multiple ways such as: (1) by randomizing or inversely stabilizing gene expression, (2) by mediating cooperativity between pioneer and secondary transcription factors, and (3) in the hysteresis and the ultrasensitivity of gene expression switches, allowing the cells to take unambiguous transcriptional decisions.
ISSN: 1420-682X

hal-01063617
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01063617
DOI : 10.1007/s00018-012-0923-7
PUBMED : 22331281

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Avec la centrale de Bouillante, la Guadeloupe possède le seul site français de géothermie haute énergie conventionnelle. Le principe de fonctionnement est simple : des forages de production artésiens permettent la remontée naturelle d'une saumure à haute température. En surface la baisse de pression entraîne la vaporisation du fluide produit. Vapeur et eau sont ensuite séparées. La vapeur qui emmagasine une partie du contenu énergétique du fluide est turbinée .pour la production d'électricité. L'eau chaude n'est pas exploitée. Une partie est rejetée à la mer après refroidissement, l'autre est réinjectée dans le réservoir. Le réservoir est un milieu perméable (roches fracturées) rempli d'une saumure dont les conditions de température et pression sont très variables. La présence de fumerolles en surface atteste que certaines zones sont diphasiques sur le pourtour du champ, aux conditions atmosphériques. Lorsque l'on considère la source de chaleur du système hydrothermal, on doit prendre en compte des gammes de température et pressions pouvant aller jusqu'à 1000°C et une centaine de MPa avec un fluide potentiellement supercritique. Le problème est défini par les équations de conservation de la masse et de l'énergie, par la loi de Darcy et par les lois d'état obtenues à partir d'une implémentation libre des tables d'état IAPWS-IF97 (Freesteam). On rajoutera ultérieurement une loi de conservation du sel et les tables thermodynamiques associées pour modéliser le comportement de la saumure exploitée à Bouillante. On a choisi comme variables principales la pression et l'enthalpie pour des raisons de stabilité par rapport aux lois d'états. Les équations étant essentiellement hyperboliques on a retenu des schémas volumes finis pour la discrétisation. À ce jour nous testons différentes méthodes dans le but de comprendre le comportement des équations dans le cadre de la mise en place du champ géothermal à l'échelle géologique (" état naturel " du champ).
19ème Conférence Géologique de la Caraïbe
Le Gosier, Guadeloupe, France

hal-00609480
https://hal-brgm.archives-ouvertes.fr/hal-00609480

Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : Archaea are micro-organisms present in all ecosystems, but are majoritary present in extremophilic environments. Hyperthermophilic Archaea, as Pyrococcus abyssi, are permanently exposed at temperature which can increase the rate of spontaneous DNA damage. It is probable that hyperthermophilic Archaea possess efficient molecular mechanism to duplicate, maintain and stabilize their genomes. The aim of this project was to investigate the interaction network involved in the process of DNA replication and DNA repair. The methodological approach consists in the coupling of pull-down with mass spectrometry identification of interacting partners. A preliminary interaction network was identified that was composed of new proteins as well as unsuspected interactions between known components of DNA replication machinery. The main results consist in: (1) the nuclease Pab2263, which interacts with PCNA, is a novel player in DNA metabolism. (2) PCNA is likely part of a macrocomplex with the ubiquitary proteins Mre11 and Rad50 suggesting a role of this complex in the repair of double strand break in connection with a replication fork. (3) Fen1 and DNA primase interact physically and can collaborate in vitro to resolve intermediate step of the base excision repair pathway. These results enhance our understanding of DNA repair process in Archaea.
Les Archaea sont des micro-organismes rencontrés dans tous les écosystèmes, mais qui apparaissent comme majoritaires dans les environnements dits extrêmes. Les archaea hyperthermophiles, comme Pyrococcus abyssi sont en permanence exposées à des températures qui peuvent augmenter le taux de dommages de l'ADN, pourtant, le taux de mutations spontanés chez ces micro-organismes est similaire à celui des espèces modèles mésophiles. Il est ainsi probable que les hyperthermophiles possèdent des systèmes particulièrement efficaces pour dupliquer, maintenir et stabiliser leur génome. L'objectif de ce projet était d'explorer le réseau d'interaction impliqué dans les processus de réplication et de réparation de l'ADN. L'approche méthodologique mise en oeuvre a consisté à coupler la capture de partenaires d'interaction par pull-down avec leur identification par spectrométrie de masse. J'ai pu ainsi mettre en évidence, au sein l'extrait cellulaire de P. abyssi, un réseau préliminaire reliant des protéines de la maintenance génomique. Nous avons non seulement mis en évidence de nouvelles protéines impliquées probablement dans des mécanismes de réparation, mais également des nouvelles interactions non suspectées entre des composants déjà caractérisés. Les principaux résultats sont les suivants : (1) La nucléase Pab2263, partenaire du PCNA, est un nouvel acteur du métabolisme de l'ADN. (2) Le PCNA forme un macrocomplexe avec les protéines ubiquitaires Mre11 et Rad50 suggérant un rôle de ce complexe dans la réparation des cassures double brin de l'ADN lors de la réplication. (3) Les protéines Fen1 et l'ADN primase interagissent physiquement et peuvent collaborer in vitro pour résoudre une étape intermédiaire de la voie de réparation par excision de base. Ces résultats enrichissent notre compréhension des processus de réparation de l'ADN chez les archées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-3722.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3722/

Résumé : En 2003 des mesures au spectromètre IR à Transformée de Fourier (FTIR) ont permis d'identifier et de mesurer les COV émis par la décharge à ciel ouvert de la Gabarre, principale de l'île Guadeloupe, située entre une zone urbaine et une mangrove. Ces COV ont été retrouvés (2004) la nuit dans les cités, justifiant les plaintes des riverains. Dans le cadre de cette thèse, des mesures au spectromètre de masse portatif MS 200 ont validé ces résultats du FTIR. De nouvelles mesures au MS 200 ont été menées dans toute la zone de la décharge. Les cités concernées étant à l'opposé du flux synoptique d'Alizés-Est, les facteurs météorologiques permettant la dispersion et le transport des COV de la décharge vers la zone urbaine ont été recherchés. La diminution nocturne de l'intensité des Alizés au dessus de l'ile peut laisser place à des phénomènes locaux tels les brises. L'idée d'une brise terre-mer a été éliminée. Un maillage autou~ de la décharge (cités et mangrove) avec 8 thermomètres a révélé un îlot de chaleur urbain nocturnegénérant une brise thermique d'environ Ims- I (mesurée et calculée). Avec les radiosondages Météo France et un SODAR installé dans la décharge, une très forte stabilité dans les basses couches atmosphériques de la couche limite nocturne avec une inversion de surface d'environ 120mvv apparait. Ces facteurs expliquent la pollution des cités par les COV de la décharge, Un modèlevGaussien en tenant compte a été validé par les mesures de COV.vCette étude peut être étendue à d'autres décharges à ciel ouvert et à d'autres types de traitement de polluants de décharge.
In 2003, the VOC emissions coming from "La Gabarre", the main open landfill in Guadeloupe, located in-between an urban area and a mangrove, were identified and quantified with a portable FTIR spectrometer. In 2004, COVs found at nighttime in the urban area nearby confirmed why residents complain about. As part of this thesis, portable mass spectrometer MS 200 measurements validated these FTIR figures. New systematic SM measurements have been carried on around the landfill. Since the polluted urban area stands on the opposite way of the East Trade winds synoptic flux, aIl the weather factors likely to scatter and transport the dump COVs were scrutinized. At night, the strength of the Trade winds decreases over Guadeloupe, which may give way to local phenomena such as breezes. The occurrence of land/sea breeze was eliminated. A close surveying surrounding the landfill with 8 thermometers both in the projects and in the mangrove revealed an urban heat island causing thermal breezes of about lms-l (measured and calculated). Using soundings from Meteo France, and a SODAR inside the dump, we found a great stability of the night boundary layer with a surface inversion near 120m. Pollution of the nearby urban area with landfill COVs is elucidatcd by the above factors. A transport Gaussian model is in agreement with COV measurements. This study can be extended to different open landfills and different types of polluting matters processes in dumps

http://www.theses.fr/2013AGUY0700/document