Résumé : Preliminary analysis of the impact of an environmental change on ichtyologic fauna marinates and fishing in Guyanese water enter within the framework of the program CHALOUPE (dynamic Change of the exploited marine biodiversity and the viability of the Fisheries) coordinated by Ifremer Cayenne and financed by the ANR (National Agency of Research). The study focuses on: -analysis temporal variations of various environmental parameters (sea surface temperature and salinity, the phenomenon El Niño) -fish physical characteristics (tolerances of temperature and salinity, maximum height, distribution…) - analysis of the unloadings per unit of effort of the inshore fishing and an economic analysis of the selling price of fish Data are found on data bases and are given by scientists. The statistical studies and the cartographic representations show that there is an increase in temperature of water in Guiana since the end of the Nineties. The model AquaMaps® simulates the potential consequences of this reheating on the fish distribution. Certain stocks of fishing are weakened. For the moment, if the composition of the captures of inshore fishing changes, that seems more due to a change of fishing strategy than due to an impact of the climatic change. In addition, the average value of the capture increased for reason commercial.
Les analyses de l’impact d’un changement environnemental sur la faune ichtyologique marine et la pêche dans les eaux guyanaises entrent dans le cadre du programme CHALOUPE (CHAngement gLObal, dynamiqUe de la biodiversité marine exploitée et de la viabilité des Pêcheries) coordonné par l’Ifremer Cayenne et financé par l’ANR (Agence Nationale de la Recherche). L’étude porte sur : -l’analyse des variations temporelles de différents paramètres environnementaux (température et salinité de surface des eaux, le phénomène El Niño) à l’échelle de quelques décennies -les caractéristiques physiques des poissons (tolérances de températures et de salinité (taille maximum, répartition…) ; -l’analyse des débarquements par unité d’effort de la pêche côtière depuis les années 70 ; -une analyse économique de la pêche ; Les données sont récoltées à partir de bases de données et au près de différents chercheurs. Les études statistiques et les représentations cartographiques démontrent qu’il y a bien une augmentation de température des eaux en Guyane depuis la fin des années 90. Le modèle statistique sous AquaMaps® permet de simuler les conséquences potentielles de ce réchauffement sur la répartition des poissons. Dans un tel contexte, certains stocks de pêche sont fragilisés. Pour le moment, si la composition des captures de la pêche côtière se modifie dans le même temps, cela semble plus du fait de changement de stratégie de pêche que du fait de l’impact du changement climatique. Par ailleurs, la valeur moyenne de la capture a augmenté pour des raisons commerciales.

Droits : 2006 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00077/18855/16429.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00077/18855/

Éditeur(s) : Université des Antilles et de la Guyane
Résumé : The need for an integrated approach to fisheries is now widely affirmed, including the FAO, in particular in the context of tropical artisanal fisheries. These small-scale fisheries, often multispecies are very important in terms of production, employment and food security. However these fisheries and the exploited resources are often characterized by a lack of data making difficult their management within an ecosystem approach, and by the ecological and economic system complexities including trophic and technological interactions. This thesis aims to contribute to the development of bioeconomic tools for small tropical fisheries in a sustainable management perspective based on the ecosystem approach. In this perspective, the French Guiana coastal fishery constitutes an interesting case study. The thesis proposes multi-criteria evaluations, complex bioeconomic models and viable management scenarios for this fishery. At first, multivariate statistical analysis suggests a satisfactory overall status of the fishery in terms of sustainability. However, some performance differences are noted within the fishery, particularly at border areas. Also, management improvements are proposed. Then, through bioeconomic modeling, projections of different fishing scenarios show that, in the long-term, the current exploitation level may not be consistent with the future increase of local demand and a loss of biodiversity may occur. A scenario called "co-viability" reconciling ecological, economic and social objectives, with a high probability of achievement is exhibited. Finally, the comparison of optimal behavior in cooperative and non-cooperative conditions, confirms that harvest levels are greater when actors do not cooperate. Furthermore, it is shown that the state of the ecosystem depends on the fishing strategies and the type of interaction between species. Beyond the diagnosis made for the case study, the method is promising in the context of small tropical fisheries, while the co-viability approach allows finding the exploitation conditions under which ecological and socio-economic sustainability are meet, what the conventional fisheries management generally do not allow.
La nécessité d’une approche intégrée des pêches est actuellement largement affirmée, notamment par la FAO, en particulier dans le contexte des pêcheries artisanales tropicales. Ces pêcheries à petites échelles, souvent multi-spécifiques sont très importantes en termes d’emploi et de production, y compris pour la sécurité alimentaire. Néanmoins ces pêcheries et la biodiversité exploitées sont souvent marquées, d’une part, par le manque de données rendant difficile leur gestion dans le cadre d’une approche écosystémique, d’autre part, par la complexité des systèmes écologiques et économiques sous-jacents incluant interactions trophiques et techniques. Cette thèse contribue à la mise au point d’outils bioéconomiques adaptés aux petites pêcheries tropicales dans la perspective d’une gestion durable des pêches fondée sur l’approche écosystémique. Dans cette perspective, la pêcherie côtière en Guyane Française constitue un cas d’étude particulièrement fécond. La thèse propose ainsi des évaluations multi-critères, des modèles bioéconomiques complexes et des scénarios de gestion viable pour cette pêcherie. Dans un premier temps l’analyse statistique multivariée suggère un statut global satisfaisant de la pêcherie en termes de durabilité. Cependant des différences de performance sont notées au sein de la pêcherie, notamment au niveau des zones frontalières. Aussi des améliorations dans le mode de gestion sont proposées. Ensuite, à travers la modélisation bioéconomique, les projections des différents scénarios de pêche montrent qu’à long terme le niveau d’exploitation actuel peut ne pas être en adéquation avec la future augmentation de la demande locale et qu’une perte de biodiversité peut avoir lieu. Un scenario dit de "co-viabilité" conciliant des objectifs à la fois écologique, économique et social, avec une probabilité de réalisation satisfaisante, est mis en exergue. Enfin, la comparaison des comportements optimaux en situation coopératif et non coopératif, montre dans quelle mesure la viabilité est favorisée quand les acteurs coopèrent. Au-delà du diagnostic apporté pour le cas d’étude, la méthode utilisée s’avère prometteuse dans le contexte des petites pêcheries tropicales, tandis que l’approche de co-viabilité permet de trouver les modalités d’exploitation dans le cadre de compromis entre durabilité écologique et socio-économique, ce que les principes de gestion halieutiques traditionnels ne permettent généralement pas.

Droits : 2013 Université des Antilles et de la Guyane
http://archimer.ifremer.fr/doc/00144/25492/23646.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00144/25492/

Éditeur(s) : University of Tasmania, Université de Bretagne Occidentale
Résumé : Empirical evidence and the theoretical literature both point to stock sustainability and the protection of marine biodiversity as important fisheries management issues. Decision-support tools are increasingly required to operationalize the ecosystem-based approach to fisheries management. These tools need to integrate (i) ecological and socio-economic drivers of changes in fisheries and ecosystems; (ii) complex dynamics; (iii) deal with various sources of uncertainty; and (iv) incorporate multiple, rather than single objectives. The stochastic co-viability approach addresses the trade-offs associated with balancing ecological, economic and social objectives throughout time, and takes into account the complexity and uncertainty of the dynamic interactions which characterize exploited ecosystems and biodiversity. This thesis proposes an application of this co-viability approach to the sustainable management of mixed fisheries, using two contrasting case studies: the French Bay of Biscay (BoB) demersal mixed fishery and the Australian Northern Prawn Fishery (NPF). Both fisheries entail direct and indirect impacts on mixed species communities while also generating large economic returns. Their sustainability is therefore a major societal concern. A dynamic bio-economic modelling approach is used to capture the key biological and economic processes governing these fisheries, combining age- (BoB) or size- (NPF) structured models of multiple species with recruitment uncertainty, and multiple fleets (BoB) or fishing strategies (NPF). Economic uncertainties relating to input and output prices are also considered. The bioeconomic models are used to investigate how the fisheries can operate within a set of constraints relating to the preservation of Spawning Stock Biomasses (BoB) or Spawning Stock Size Indices (NPF) of a set of key target species, maintenance of the economic profitability of various fleets (BoB) or the fishery as a whole (NPF), and limitation of fishing impacts on the broader biodiversity (NPF), under a range of alternative scenarios and management strategies. Results suggest that under a status quo strategy both fisheries can be considered as biologically sustainable, while socio-economically (and ecologically in the NPF case) at risk. Despite very different management contexts and objectives, viable management strategies suggest a reduction in the number of vessels in both cases. The BoB simulations allow comparison of the trade-offs associated with different allocations of this decrease across fleets. Notably, co-viability management strategies entail a more equitable allocation of effort reductions compared to strategies aiming at maximizing economic yield. In the NPF, species catch diversification strategies are shown to perform well in controlling the levels of economic risk, by contrast with more specialized fishing strategies. Furthermore analyses emphasize the importance to the fishing industry of balancing global economic performance with inter-annual economic variability. Promising future developments based on this research involve the incorporation of a broader set of objectives including social dimensions, as well as the integration of ecological interactions, to better address the needs of ecosystem-based approaches to the sustainable harvesting of marine biodiversity.
L’objectif général de la thèse est de modéliser les principaux processus biologiques et économiques régissant des pêcheries multi-espèces et multi-flottilles afin de proposer des stratégies viables pour la gestion durable de ces pêcheries mixtes, dans un contexte stochastique et multiobjectif. Plus spécifiquement, cette thèse utilise des analyses de co-viabilité stochastique pour étudier les arbitrages entre des objectifs contradictoires de gestion (conservation, et viabilité économique et sociale) des pêcheries mixtes. Deux pêcheries mixtes sont analysées dans cette thèse: la pêcherie française mixte démersale du golfe de Gascogne et la pêcherie crevettière australienne du Nord (NPF). Ces deux pêcheries sont multi-espèces, et utilisent des stratégies multiples de pêche, induisant des impacts directs et indirects sur les écosystèmes. Cette thèse propose une application de la co-viabilité stochastique à ces deux cas, en prenant en compte leur histoire, leur contexte socio-politique et les différences dans les stratégies et objectifs de gestion. Les résultats suggèrent que le status quo peut être considéré comme une stratégie biologiquement durable mais socio économiquement à risque dans les deux pêcheries (ainsi qu’à risque écologique dans le cas de la pêcherie australienne). Les simulations réalisées pour le golfe de Gascogne permettent de comparer les arbitrages associés à différentes réductions de capacités par flottille et de montrer qu’il existe des solutions de gestion permettant la co-viabilité du système (viabilité biologique des différentes espèces considérées et viabilité socio-économique des flottilles) contrairement à des stratégies de gestion mono-spécifiques ou basées sur la maximisation de la rente. Dans la pêcherie crevettière australienne, l’analyse montre que les stratégies de diversification permettent de limiter le risque économique contrairement aux stratégies plus spécialisées.

Droits : UBO, Univ. Tasmania
http://archimer.ifremer.fr/doc/00206/31731/30134.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00206/31731/

Éditeur(s) : Université de Tours
Résumé : L 'huître creuse japonaise Crassostrea gigas et portugaise C. angulata ont été respectivement décrites par Thunberg (1793) et Lamarck (1819). Mais les similitudes morphologiques et l 'homogénéité des fréquences allozymiques entre populations ont conduit de nombreux auteurs à proposer l'existence d'une seule et mênle espèce. L'analyse récente d'un gène mitochondrial a pennis de déterminer l'origine asiatique de C. angulata, soulignant l'intérêt de l'étude de la différenciation génétique et phénotypique entre les deux taxons. La notion biologique d'espèce a tout d'abord été examinée. Des croisements de 1ère et 2ème génération ont montré la viabilité et fertilité des hybrides. L'analyse de la compétition spennatique par marqueurs microsatellites ne montre pas d'isolement reproductif, mênle partiel et le séquençage du fragment ITS 1 confirme la forte proximité génétique des deux taxons. Les patrons de différenciation génétique observés par marqueurs microsatellites et mitochondriaux apparaissent sitnilaires. L'origine asiatique de C. angulata est donc confinnée. Le fort niveau de polymorphisme des marqueurs microsatellites explique partiellement les plus faibles valeurs observées de différenciation. Une bimodalité des tailles d'allèles microsatellites entre taxons a pennis le développement d'un nouveau marqueur nucléaire, mettant en évidence des phénomènes d'hybridation naturelle dans la zone du sud de l'Europe où l'activité ostréicole met aujourd'hui les 2 taxons en contact. L'étude de caractères phénotypiques a été réalisée en milieu naturel et contrôlé sur des descendances d'écloserie. Les résultats montrent une meilleure croissance de C. gigas et une période de reproduction plus longue chez C. angulata. Des mesures physiologiques montrent un plus fort taux de respiration du naissain C. gigas, ainsi qu'un temps de filtration supérieur chez les adultes. La différence de croissance entre taxons pourraient donc être expliquée par le temps de filtration et l'effort de reproduction.

Droits : Université de Tours, The author
http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14564/11867.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14564/

Éditeur(s) : Agrocampus-ouest
Résumé : Quantitative evaluations of management measure impact on resource and fleet viability are required to provide diagnostics and feed decision process. Fisheries are complex systems where numerous dynamics interact at various spatial and temporal scales. This complexity and the difficulty to observe marine systems are responsible for the high uncertainty surrounding fishery functioning that makes it hard to identify adequate management measures. The increasing consideration of uncertainties in diagnostics argues in favor of robust management measures rather than optimal management measures. Identifying robust management measures requires the development of models that account for complexity and uncertainty in the description and prediction of management impact as well as the identification of synthetic descriptors (indicators) of the state and dynamic of the system. The aim of this work is to propose generic methodologies for developing such tools. The methodological developments are applied to the pelagic fishery of the bay of Biscay. This fishery mainly focused on anchovy and was highly impacted by fishing ban on this species since 2005. Causes for anchovy drop in biomass either environmental or due to fishing are poorly understood, making management decision much harder in a critical environmental and economic context. The adequacy of traditional management using TAC is questioned and additional spatial management measures are proposed.
Des évaluations quantitatives de l’impact de mesures de gestion sur les ressources et la viabilité des flottilles sont nécessaires pour établir des diagnostics et pour fournir des éléments d’orientation pour la gestion des pêcheries. Les pêcheries sont des systèmes complexes mettant en œuvre de nombreuses dynamiques à des échelles de temps et d’espace très variables et interagissant très fortement entre elles. Cette complexité et la difficulté d’observer les systèmes marins, conduit à une grande incertitude sur leur fonctionnement qui rend difficile la détermination des mesures de gestion adaptées. La reconnaissance de ces incertitudes, plaide de plus en plus en faveur d’une gestion robuste plutôt qu’optimale. Déterminer la robustesse des mesures de gestion nécessite le développement de modèles de description et de prédiction capable d’intégrer la complexité et l’incertitude du système, ainsi que d’outils de description synthétiques (indicateurs) de l’état et de la dynamique de la pêcherie à partir d’observations. L’objectif de ce travail est de proposer des méthodes génériques pour le développement de tels outils. Ces développements méthodologiques sont appliqués à la pêcherie pélagique du golfe de Gascogne. Cette pêcherie ciblant principalement l’anchois a été fortement perturbée par la fermeture de la pêche à cette espèce en 2005. Le déterminisme environnemental et le rôle de la pêche dans le déclin de la population d’anchois sont mal compris ce qui rend difficile la prise de décision dans un contexte économique et écologique critique. La gestion traditionnelle par TAC pourrait s’avérer insuffisante pour permettre l’exploitation durable et des mesures spatialisées sont envisagées en complément.

Droits : 2010 The Author, UEB
http://archimer.ifremer.fr/doc/00025/13630/10712.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00025/13630/

Résumé : La nécessité d'une approche intégrée des pêches est actuellement largement affirmée, notamment par la FAO, en particulier dans le contexte des pêcheries artisanales tropicales. Ces pêcheries à petites échelles, souvent multi-spécifiques sont très importantes en termes d'emploi et de production, y compris pour la sécurité alimentaire. Néanmoins ces pêcheries et la biodiversité exploitées sont souvent marquées, d'une part, par le manque de données rendant difficile leur gestion dans le cadre d'une approche écosystémique, d'autre part, par la complexité des systèmes écologiques et économiques sous-jacents incluant interactions trophiques et techniques.Cette thèse contribue à la mise au point d'outils bioéconomiques adaptés aux petites pêcheries tropicales dans la perspective d'une gestion durable des pêches fondée sur l'approche écosystémique. Dans cette perspective, la pêcherie côtière en Guyane Française constitue un cas d'étude particulièrement fécond. La thèse propose ainsi des évaluations multi-critères, des modèles bioéconomiques complexes et des scénarios de gestion viable pour cette pêcherie.Dans un premier temps l'analyse statistique multi-variée suggère un statut global satisfaisant de la pêcherie en termes de durabilité. Cependant des différences de performance sont notées au sein de la pêcherie, notamment au niveau des zones frontalières. Aussi des améliorations dans le mode de gestion sont proposées. Ensuite, à travers la modélisation bioéconomique, les projections des différents scénarios de pêche montrent qu'à long terme le niveau d'exploitation actuel peut ne pas être en adéquation avec la future augmentation de la demande locale et qu'une perte de biodiversité peut avoir lieu. Un scénario dit de « co-viabilité » conciliant des objectifs à la fois écologique, économique et social, avec une probabilité de réalisation satisfaisante, est mis en exergue. Enfin, la comparaison des comportements optimaux en situation coopératif et non coopératif, montre dans quelle mesure la viabilité est favorisée quand les acteurs coopèrent. Au-delà du diagnostic apporté pour le cas d'étude, la méthode utilisée s'avère prometteuse dans le contexte des petites pêcheries tropicales, tandis que l'approche de « co-viabilité » permet de trouver les modalités d'exploitation dans le cadre de compromis entre durabilité écologique et socio-économique, ce que les principes de gestion halieutiques traditionnels ne permettent généralement pas.
The need for an integrated approach to fisheries is now widely affirmed, including the FAO, in particular in the context of tropical artisanal fisheries. These small-scale fisheries, often multispecies are very important in terms of production, employment and food security. However these fisheries and the exploited resources are often characterized by a lack of data making difficult their management within an ecosystem approach, and by the ecological and economic system complexities including trophic and technological interactions.This thesis aims to contribute to the development of bioeconomic tools for small tropical fisheries in a sustainable management perspective based on the ecosystem approach. In this perspective, the French Guiana coastal fishery constitutes an interesting case study. The thesis proposes multi-criteria evaluations, complex bioeconomic models and viable management scenarios for this fishery. At first, multivariate statistical analysis suggests a satisfactory overall status of the fishery in terms of sustainability. However, some performance differences are noted within the fishery, particularly at border areas. Also, management improvements are proposed. Then, through bioeconomic modeling, projections of different fishing scenarios show that, in the long term, the current exploitation level may not be consistent with the future increase of local demand and a loss of biodiversity may occur. A scenario called "co-viability" reconciling ecological, economic and social objectives, with a high probability of achievement is exhibited. Finally, the comparison of optimal behavior in cooperative and non-cooperative conditions, confirms that harvest levels are greater when actors do not cooperate. Furthermore, it is shown that the state of the ecosystem depends on the fishing strategies and the type of interaction between species. Beyond the diagnosis made for the case study, the method is promising in the context of small tropical fisheries, while the co-viability approach allows finding the exploitation conditions under which ecological and socio-economic sustainability are meet, what the conventional fisheries management generally do not allow.

http://www.theses.fr/2013AGUY0620/document

Résumé : La recevabilité est le cœur de la procédure judiciaire. Elle permet d’étudier la pénalisation de la vie internationale. Elle semble pouvoir rendre compte de la réponse judiciaire à la rancœur internationale au regard des grands faits criminels ; quel qu’en fut le territoire de commission.Cette thèse porte sur la notion de recevabilité devant la Cour pénale internationale. Avec la création de la CPI, la justice pénale internationale prend une dimension nouvelle. La pratique de la Cour est encore récente. L’étude est le prétexte pour examiner le fonctionnement de la Cour pénale internationale. Les Etats ont tenté de limiter la capacité de recevoir de la Cour. Ils l’ont ainsi fondée sur le principe de la complémentarité. Elle supplée l’inaction ou l’action défaillante des Etats, qui ont le devoir de poursuivre les auteurs de crimes internationaux. L’article 17 du Statut de Rome énonce les exceptions permettant de déclarer une affaire recevable devant la CPI. Ainsi, la recevabilité d’une affaire ayant fait l’objet d’une enquête ne sera retenue que s’il est prouvé que les Etats n’ont pas l’intention de mener véritablement à bien les poursuites. Et, que par ailleurs, le seuil de gravité de l’affaire est atteint. Le caractère universel de la compétence de la CPI est battu en brèche par les conditions de recevabilité. On analyse la recevabilité comme une condition de compétence à juste titre, car c’est bien le manquement de l’Etat à assurer l’effectivité des poursuites qui justifie que l’affaire soit déclarée, par la Cour elle-même, recevable. Les conditions requises pour que la Cour puisse agir, force est de constater l’implication du système de recevabilité tant sur l’organisation de la Cour que sur ses rapports avec les Etats. Celles-ci ne sont pas négligeables. De fait, le système de recevabilité est amené à évoluer. Il se caractérise par sa capacité à influencer le droit interne. Ainsi, la décision de recevoir doit amener les Etats à adapter leur droit interne. La viabilité de la Cour, à long terme, dépend du maintien d’une synergie de coopération avec les juridictions nationales, des États parties et d'autres Etats. Le système de recevabilité tend à mettre en évidence des indicateurs émergents dans la pratique de la Cour pénale internationale. C’est notamment le réalignement frappant des rôles des acteurs internationaux et la relation nouvelle qui s’instaure entre les Etats et la Cour. Le système de recevabilité de la Cour tend à éroder le principe de la souveraineté de l'Etat, sans être elle-même balayée par l'opposition catégorique des Etats souverains.
Admissibility is the heart of the judicial process. It studies the criminalization of international life. It seems to account for the judicial response to the international resentment against the great criminal acts, whatever was the territory of commission.This thesis deals with the notion of admissibility before the ICC. With the creation of the ICC, International Criminal Justice is a new dimension. The practice of the Court is still new. The study is an excuse to investigate the operation of the ICC. States have tried to limit the ability to receive from the Court. They did so based on the principle of complementarity. It compensates the action or inaction of failing states, which have a duty to prosecute international crimes. Article 17 RS sets out exceptions to declare a case admissible before the ICC. Thus, the admissibility of a case which is the subject of an investigation will be accepted only, if it is shown that States did not intend genuinely to carry out prosecutions. And that furthermore, the threshold of gravity of a case is reached. The universal nature of the jurisdiction of the ICC is undermined by the conditions of admissibility. Analyzing the admissibility of competence as a condition rightly, for it is the failure of the state to ensure effective prosecution to justify that the case will be declared by the Court itself, admissible. The requirements for the Court to act, it is clear involvement of the system of admissibility as on the organization of the Court that its relationship with the United States. These are not insignificant. In fact, the system will evolve admissibility. It is characterized by its ability to influence the law. Thus, the decision to receive should encourage States to adapt their domestic law. The viability of the Court, in the long run depends on maintaining a synergy of cooperation with national courts of States Parties and other States. The system of admissibility tends to highlight indicators emerging in the practice of the International Criminal Court. This is especially striking realignment of the roles of international actors and the new relationship established between the States and the Court. The system of admissibility of the Court tends to erode the principle of state sovereignty, without itself being swept by the opposition of sovereign states.

http://www.theses.fr/2011AGUY0468

Résumé : Le maintien de ressources génétiques suffisamment larges est nécessaire pour assurer la viabilité et le potentiel évolutif des populations naturelles. Cette thèse a le principal objectif de caractériser la diversité et la variabilité génétique chez le genre Virola (Myristicaceae) pour décrire les processus évolutifs qui en sont à l'origine. Premièrement,une étude de la régénération d'un échantillonnage exhaustif de V. michelii a été menée dans une parcelle du dispositif expérimental de Paracou ayant subi une exploitation forestière de faible intensité et comparée à une parcelle témoin. La diversité génétique mesurée à partir de marqueurs AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism, N=229) en zones perturbées s'est révélée être plis grande qu'en zone non-perturbées. Puis, l'adaptation locale a été étudiée à travers ces mêmes individus et certains loci (AFLP) montrent une sélection divergente pour des environnements contrastés, indiquant un signe d'adaptation. Enfin, l'étude des niveaux de divergence génétique chez trois espèces de Virola du bouclier guyanais (V. michelii, V. surinamensis et V. kwatae) montrent que deux d'entre elles (V. surinamensis et V. kwatae) montrent de fortes similarités génétiques malgré leur distribution sur des environnements contrastés. des Flux de gènes intersécifiques ont été mis en évidence chez ces deux espèces-soeurs et l'hypothèse d'une spéciation écologique est avancée. Ce travail a permis d'aborder différents processus évolutifs à l'origine de la diversité génétique actuelle chez ces espèces forestières tropicales et peut fournir une contribution pour appréhender le devenir des populations.
Genetic diversity is an essential component of biodiversity. The maintenance of sufficient genetic resources is needed to ensure the adaptive potential and the viability of natural populations. In the current context of global changes, the study of adaptation in living organisms is a key task, particularly for tropical forest trees that are dominant components (in terms of biomass and as ecological drivers) of some of the most diverse ecosystems on Earth. The main objective of this thesis is to characterize genetic diversity and genetic variability to understand the evolutionary processes that act on them. This ecological-genetic study was carried out at the interspecific and intraspecific level in the Virola genus.If overall high levels of genetic diversity are a guarantee of prosperity for the future of the species, it seems essential to perform studies on the impact of environmental disturbance on genetic diversity. In the first section, the genetic consequences of regeneration dynamics were studied in an exhaustive sample of V. michelii in a low-intensity logging plot and in a control plot at the Paracou experimental site. A greater genetic diversity, measured from AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism, N = 229), was found in perturbed areas. Because studying genetic diversity within species may be useful for understanding species adaptation to environmental changes, in the second section. I studied local adaptation in a population of V. michelii on the Paracou experimental site. A genome scan approach with AFLPs (N = 229) was conducted on 77 adult individuals and 401 juveniles to identify genetic differences between populations associated to contrasting conditions for an array of environmental variables. Some loci (N = 2) were found to be subject to divergent selection, indicating adaptation to contrasting habitats.In the third section, the study of levels of genetic divergence in three Virola species of the Guiana Shield (V. michelii, V. surinamensis and V. kwatae) was investigated for nuclear and chloroplast molecular markers. V. surinamensis and V. kwatae showed strong genetic similarities despite their contrasting habitats preferences. Coalescent analyses have revealed, on one hand, a recent divergence between these two species suggesting an ecological speciation, and one the other hand that interspecific gene flow occurs between these sister-species.This work focuses on understanding evolutionary processes shaping genetic diversity and provides a useful contribution for biodiversity conservation programs.

http://www.theses.fr/2011AGUY0480/document

Résumé : Nous avons étudié les phénomènes de polyploïdisation chez l'igname Dioscorea alata qui comprend trois cytotypes diploïde (2n=40), triploïde (2n=60) et tétraploïde (2n=80) en vue d'optimiser les stratégies de production d'hybrides polyploïdes. Chez ce complexe polyploïde l'augmentation de la ploïdie est corrélée avec une augmentation de la vigueur et des rendements plus élevés et plus stables. Dans un premier temps nous avons démontré l'autotétraploïdie des variétés tétraploïdes à l'aide de trois approches différentes: des analyses d'hérédité de marqueurs microsatellites, l'observation de phénomènes de double réduction et l'étude des méioses des cellules mères de pollen. Nous avons ensuite déterminé quels sont les mécanismes les plus probables à l'origine des polyploïdes naturels via l'étude de la transmission de l'hétérozygotie parentale à l'aide de microsatellites et par l'étude des incompatibilités au niveau de l'albumen lors de différents croisements intracytotypes et intercytotypes en utilisant la cytométrie en flux. Les résultats obtenus montrent que les polyploïdes de D. alata seraient apparus via la formation de gamètes non réduits de clones diploïdes. Le pool triploïde se serait édifié et diversifié uniquement par voie femelle, du fait de la non viabilité des croisements intercytotypes et de la stérilité des femelles et mâles triploïdes. Le pool tétraploïde serait apparu par union de deux gamètes non réduits de clones diploïdes (polyploidisation sexuelle bilatérale). Par la suite ce pool aurait été diversifié via des croisements intercy
We studied polyploidisation phenomena in the yam Dioscorea alata that includes three cytotypes -diploid (2n=40), triploid (2n=60) and tetraploid (2n=80) -in order to optimise polyploid hybrid production strategies. In this complex polyploid, the increase in ploidy is correlated with an increase in vigour and higher and more stable yields. We first showed the autotetraploidy of tetraploid varieties using three different approaches: heredity analyses of microsatellite markers, the observation of double reduction phenomena, and the study of meiosis of pollen mother cells. We then determined the mechanisms most likely to be at the origin of natural polyploids through the study of the transmission of parental heterozygoty using microsatellites and the study of incompatibilities at the endosperm level at the time of different intracytotypic and intercytotypic crosses using flow cytometry. The results obtained reveal that the polyploids of D. alata probably appeared through the formation of non-reduced gametes of diploid clones. The triploid pool would then have been constituted and diversified through the female pathway as a result of the non-viability of intercytotypic crosses and the sterility of female and male triploids. The tetraploid pool would have appeared as a result of the union of two non-reduced gametes of diploid clones (bilateral sexual polyploidisation). This pool would then have diversified through intercytotypic crosses with the formation of 2n gamètes through both the female and the male pathway, as well as by intracytotypic crosses within the 4X pool.

http://www.theses.fr/2012AGUY0519/document