Éditeur(s) : CRPLC : Centre de Recherche sur les Pouvoirs Locaux dans la Caraïbe
Extrait de : "La question de la gouvernance territoriale dans les régions et départements français d'Amérique" : journées d'étude, les 8 et 9 avril 2012. Campus de Troubiran
Description : Présentation du concept et de l'histoire du développement local devenu récemment durable. Cette préoccupation environnementale est directement liées aux préoccupations actuelles concernant le climat, la biodiversité... Il définit ensuite le terme "gouvernance" et toutes les problématiques politiques qu'elle engendre. Enfin, il analyse le cas de la Guyane, un territoire ou l'environnement est éminemment prépondérant et dans lequel la gouvernance locale en est à ces balbutiements.

Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V12230
V12230

Éditeur(s) : UNDP Guyana UNDP Guyana ( Guyana )
Résumé : (Funding) Support for the development of the technical infrastructure and partner training provided by the United States Department of Education TICFIA program.
While the global response to HIV and AIDS has realized several successes in achieving universal access to prevention, care and treatment to date, challenges persist in ensuring equal access to these services for most at risk populations. The epidemiology of HIV reflects a stark disparity in access to prevention and treatment services for neglected most-at risk populations, such as men who have sex with men (MSM). World-wide, MSM often experience higher rates of HIV relative to the total population. The reasons for this dynamic are multi-faceted and include high risk behaviors, and cultural as well as structural barriers. For MSM in developing countries, for example, basic services for prevention and treatment of HIV infection have yet to reach the large majority of men. Homophobia and discrimination limit access of MSM to prevention services and markedly increase vulnerability, as do criminalization of same-sex behavior. Decriminalization of same-sex behavior is a structural intervention for prevention of HIV infection and has recently been embraced by a nonbinding statement from the United Nations (Beyrer C,Clin Infect Dis. 2010 May 15;50 Suppl 3:S108-13) In the Caribbean, all of the above mentioned barriers exist. In fact, recent evidence demonstrates that there is a correlation between the decriminalization of homosexuality and lower rates of HIV (UNAIDS). This correlation is attributed to improved access to services. Therefore, The United Nations Development Program (UNDP) has recently launched an initiative to address the current situation regarding men who have sex with men in Guyana where the HIV prevalence in this population is 19.4% in contrast to 1.8% in the total population. This rapid assessment has been commissioned to supplement two previous studies that were conducted in Guyana in informing the design of upcoming activities to support local capacity building to enhance access to services and respect for the human rights protections for MSM. Unfortunately, in Guyana, like much of the Caribbean, MSM tend to be a hard to reach population, perhaps due to elevated levels of stigma and discrimination and difficulty in accessing men who might participate in high risk same sex behaviors yet do not self-identify as an MSM. As a result, there is a relative paucity of data concerning the knowledge, attitudes and behaviors of this total population in Guyana. (i.e. those who self –identify and those who do not) The baseline report is organized as follows: the methodology is explained followed by the study limitations, the review (literature and desk). The report then proceeds with describing the reality of work and working with sexual and gender minorities in Guyana, the status quo and entry points. The main findings of the capacity assessment and focus groups are then discussed. Issues relating to the uniformed forces and health services providers are then presented followed by discussions and conclusions.

Droits : All rights reserved by the source institution.

Éditeur(s) : CEREGMIA : Centre d'Etudes et de Recherche en Economie, Gestion et Modélisation Informatique Appliquée Université des Antilles et de la Guyane
Extrait de : "Fiscalité et réforme territoriale" : états généraux des finances locales de la Martinique, les 9 et 10 février 2012. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Monsieur Christian Vitalien nous expose le principe de la libre administration et de l'autonomie fiscale en Martinique.
Siècle(s) traité(s) : 21
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Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V12187
V12187

Éditeur(s) : CEREGMIA : Centre d'Etudes et de Recherche en Economie, Gestion et Modélisation Informatique Appliquée Université des Antilles et de la Guyane
Extrait de : "Fiscalité et réforme territoriale" : états généraux des finances locales de la Martinique, les 9 et 10 février 2012. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Présentation des "États généraux des finances locales de la Martinique" qui ont eu lieu à l'Université des Antilles et de la Guyane les 9 et 10 Février dernier.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V12182
V12182

Éditeur(s) : Université des Antilles et de la Guyane
Extrait de : "Sport et développement des territoires enjeux et perspectives" : colloque international, le 7 juin 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V15334
V15334

Éditeur(s) : Sage Publications
Résumé : It is becoming increasingly clear that humans impact marine ecosystems and their biodiversity to a very considerate degree, and evidence of the scale of impact is growing. An enabling factor for this has been a change in focus from local-level studies to increased emphasis on meta-analysis of global or regional-level analysis of fisheries' impact, Results include the facts that the world's total fish catches have been decreasing over the last decade or more; that larger, predatory fishes (table fish) are becoming increasingly scarcer; and that we are appropriating the ocean shelves' primary productivity to the same level as we are for terrestrial ecosystems. Ecosystems are being eroded in countries throughout the world, and though one might get the impression from the IUCN Red List that it is mainly a developed-country problem, it is alarming that the impact of severe overfishing may be on an even larger scale for developing countries. We describe aspects of the risks overfishing poses to marine ecosystems, and point out how ecosystem approaches to fisheries can be used to evaluate the potential impact of alternative fishing policy scenarios.
Il devient de plus en plus clair que les activités humaines altèrent les écosystèmes marins et leur biodiversité à un degré considérable, et les preures de l'échelle des impacts anthropiques s'accumulent. Un des facteurs déterminants de cette prise de conscience réside dans le changement d'échelle des études de l'impact des pêches qui sont passées d'un niveau local à un niveau global ou régional au travers d'études de type méta-analyse. Les résultats obtenus les plus évocateurs incluent le fait que la totalité des captures mondiales de poissons a diminué pendant la dernière décennie ou plus; que les grands prédateurs (l'essentiel des poissons "de table") deviennent de plus en plus rares; et que nous nous approprions la productivité primaire des plateaux continentaux au même titre que nous nous sommes appropriés celle des écosystèmes terrestres. Les écosystèmes sont érodés dans les pays du monde entier, et bien que la liste rouge de l'IUCN laisse penser que c'est principalement le problème des pays développés, il est alarmant de constater que l'impact de la surpêche excessive pourrait être une échelle bien plus grande encore pour les pays en voie de développement. Nous décrivons certains aspects des risques que pose la surpêche pour les écosystèmes marins, et mettons en exergue comment l'approche écosystémique des pêches peut être employée pour évaluer l'impact potentiel de scénarios alternatifs de règlementation des pêches.
Social Science Information (0539-0184) (Sage Publications), 2007-03 , Vol. 46 , N. 1 , P. 67-86

Droits : 2007 Sage Publications
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-6123.pdf
DOI:10.1177/0539018407073656
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6123/

Éditeur(s) : Université des Antilles et de la Guyane
Extrait de : "Sport et développement des territoires enjeux et perspectives" : colloque international, le 7 juin 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V15323
V15323

Éditeur(s) : Université de La Rochelle
Résumé : Shrimp aquaculture in New Caledonia is a developing industry, exclusively based on the species Litopenaeus stylirostris. However, it is subject to mortalities during grow out as observed all over the world. Since 1993, shrimp reared during the cold period are affected by a disease named "syndrome 93". As a consequence, the whole industry has become seasonal and produces essentially during the warm season. The climatic conditions during the periods of transition between the two main seasons could be responsible for an environmental stress and the origin reason for mortality outbreaks. Stocking density is the main risk factor. It increases the probability of the appearance and development of the epizooty in the pond. The "Summer Syndrome", a septicemic vibriosis caused by Vibrio nigripulchritudo, was identified for the first time in December 1997 in an intensive shrimp farm (DF). It has become enzootic ever since and is expressed after 50d of rearing. Since 2003, two others farms located near DF have developed the disease. As a consequence, the summer syndrome is considered to be a potential threat for all the industry. Between 1991 and 2005, the increase of feed input and nitrogen levels in feed has led to a significant increase in the growth rate over the years in the farms affected by the disease. In consequence, an early eutrophication of the water is observed, which is concomitant with the beginning of the mortality outbreaks. An early eutrophication and the virulence level of the pathogen are considered as the main risk factors of the disease. Factors may act synergistically to explain the summer syndrome. As part of a multidisciplinary approach (pathology – physiology – environment), two high-frequency surveys were carried out to analyse the pond ecosystem. Since the feed quantity increases with the biomass of shrimp, the eutrophication level of the pond ecosystem will also tend to increase with the duration of rearing. During the first part of the rearing, the abundance of each picoplankton type is exceptionally high and picophytoplankton dominated the autotrophic compartment. The nanophytoplankton dominated the second part of the rearing and was more unstable. The shift from pico to nanophytoplankton could be considered as an environmental stress and was observed in relation to the beginning of the mortalities, whatever the disease. Shift intensity could play a role by inducing directly or indirectly a stress for shrimp and/or a growth and/or virulence factors of the pathogen. Results from sediment studies show that mortality was best characterized by TAN concentration in pore water and even more when the TAN concentration was high. TAN and pH are potential stress factors for shrimp reared in ponds affected by these diseases.
L'aquaculture mondiale de crevettes est un secteur à très forte croissance. Toutefois, les problèmes liés aux maladies dans les élevages ne cessent d'augmenter depuis 1980. Au cours du développement de la filière de Nouvelle-Calédonie, deux épisodes saisonniers de mortalités associées à la présence de Vibrio pathogènes sont apparus et ont fortement perturbé les techniques et les schémas de production. Les premières mortalités hivernales, décrites sous le nom de « syndrome 93 » ont été observées en mai 1993. Elles ont affecté depuis tous les élevages de saison froide de toutes les fermes de production. Les conditions climatiques pendant les périodes de transitions entre les deux principales saisons caractérisant le climat de la Nouvelle-Calédonie, seraient responsables d'un stress environnemental à l'origine du déclenchement du syndrome 93. La densité initiale d'ensemencement, apparaît comme le principal facteur de risque, augmentant la probabilité d'apparition de la maladie et l'ampleur de ses effets. Le « syndrome d'été » a été identifié pour la première fois en 1997 dans une ferme pratiquant une production intensive. Il s'est déclaré depuis 2003 dans deux autres fermes géographiquement proches. Les mortalités apparaissent 58 jours en moyenne après l'ensemencement des post-larves dans les bassins. La recherche d'une croissance maximale des animaux a induit, avec les années, une intensification progressive du système caractérisée par une augmentation de la quantité d'aliment distribuée. L'examen des données historiques fait apparaître une eutrophisation du milieu de plus en plus précoce concomitante au déclenchement des mortalités. En l'état actuel de nos connaissances, cette évolution précoce de l'écosystème en présence de façon récurrente de la souche hautement pathogène du Vibrio incriminé et à une période où la fréquence des mues des crevettes est élevée, constitue le principal facteur de risque de la maladie. Avec l'apport croissant en aliment, la colonne d'eau évolue vers une autotrophie croissante alors que le sédiment devient de plus en plus hétérotrophe au fur et à mesure que l'élevage progresse. Au cours du processus d'eutrophisation, le compartiment autotrophe montre une succession de deux assemblages. Le picophytoplancton domine sur la première partie de l'élevage et laisse place à du nanophytoplancton en seconde partie. Cette phase de transition, concomitante à l'apparition des mortalités quel que soit le syndrome, caractérise un stress environnemental dont l'intensité pourrait favoriser ou non le déclenchement des mortalités. Les suivis de différents indicateurs dans les sédiments - pH, potentiel d'oxydoréduction et concentration en ammoniaque dans l'eau interstitielle – indiquent dans les bassins déclarant les épizooties des conditions qui ont été définies expérimentalement comme potentiellement plus stressantes pour les animaux.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-2643.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2643/

Éditeur(s) : CRILLASH : Centre de Recherches Interdisciplinaires en Lettres, Langues, Arts et Sciences Humaines
Extrait de : "Patrimonialisation et développement dans la Caraïbe et les Amériques" : colloque international, du 2 au 4 mars 2011. Université des Antilles et de la Guyane
Description : L'agriculture est en Corse sous une pression foncière et une forte demande touristique de terroir. Le tourisme permet outre une opportunité de développement local de rendre aussi viable économiquement une certaine forme d'exploitation agricole. Cette activité touristique agricole peut représenter alors le double du revenu agricole des exploitants. Par ailleurs, elle s'accompagne souvent d'une durabilité environnementale puisqu'elle vante de meilleures pratiques agricoles. Ce diagnostic territorial est tiré d'une analyse systémique qui a été menée pour rendre compte des acteurs territoriaux. Enfin, l'agriculture bien que marginale structure l'espace pour le tourisme, ainsi, il existe un patrimoine rural comme les paysages agraires ou les produits du terroir.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V12129
V12129

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
A relevant and accurate description of three-dimensional (3D) protein structures can be achieved by characterizing recurrent local structures. In a previous study, we developed a library of 120 3D structural prototypes encompassing all known 11-residues long local protein structures and ensuring a good quality of structural approximation. A local structure prediction method was also proposed. Here, overlapping properties of local protein structures in global ones are taken into account to characterize frequent local networks. At the same time, we propose a new long local structure prediction strategy which involves the use of evolutionary information coupled with Support Vector Machines (SVMs). Our prediction is evaluated by a stringent geometrical assessment. Every local structure prediction with a Calpha RMSD less than 2.5 A from the true local structure is considered as correct. A global prediction rate of 63.1% is then reached, corresponding to an improvement of 7.7 points compared with the previous strategy. In the same way, the prediction of 88.33% of the 120 structural classes is improved with 8.65% mean gain. 85.33% of proteins have better prediction results with a 9.43% average gain. An analysis of prediction rate per local network also supports the global improvement and gives insights into the potential of our method for predicting super local structures. Moreover, a confidence index for the direct estimation of prediction quality is proposed. Finally, our method is proved to be very competitive with cutting-edge strategies encompassing three categories of local structure predictions. Proteins 2009. (c) 2009 Wiley-Liss, Inc.
ISSN: 0887-3585

inserm-00348740
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00348740
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00348740/document
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00348740/file/Bornot_Proteins_2009_preprint_version.pdf
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00348740/file/inserm-00348740_edited.pdf

Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation University of Suriname
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : Many rural areas in Suriname are lacking information on technology from extension agents from the government extension agency, and research institutes. Communication and informal voices of farmers are shared by media. As part of a baseline study conducted for the sixth operational strategic plan of the Small Grants Programme in Suriname, four communities were selected: Moengo, Pokigron, Nickerie, Sipaliwini and Para. The purpose of this study was to collect data from communities regarding problems related to climate change, agricultural innovation and landscape management. This qualitative study was done through the focus group method. Eight focus group meetings were organized and consisted of 8-15 participants each. The key questions were extracted from the SEPLS method (Socio-ecological Production Landscapes and Seascapes). The data was analyzed through the SWOT method. Based on the results, the communities have a good level of awareness about management of their landscapes. Improvement of agriculture management will be possible by access to innovative and new knowledge developed in and outside the community. Climate change is an important issue that the community already is aware of, they developed their own local strategy in resilience to this issue. Beaucoup de zones rurales au Surinam manquent d'information sur la technologie des agents de vulgarisation de l'agence d'extension de gouvernement, et des instituts de recherche. La communication et les voix informelles des agriculteurs sont partagées par media. En tant qu'élément d'une étude de ligne de base entreprise pour le sixième plan stratégique opérationnel du petit programme de concessions au Surinam, les quatre communautés ont été sélectionnées : Moengo, Pokigron, Nickerie, Sipaliwini et paragraphe. Le but de cette étude était de rassembler des données de communautés concernant des problèmes liés au changement climatique, à l'innovation agricole et à la gestion de paysage. Cette étude qualitative a été faite par la méthode de groupe cible. Huit réunions de groupe cible ont été organisées et se sont composées de 8-15 participants chacun. Les questions clé ont été extraites à partir de la méthode de SEPLS (des paysages et des paysages marins Socio-écologiques de production). Les données ont été analysées par la méthode de BÛCHEUR. Basé sur les résultats, les communautés ont un bon niveau de conscience au sujet de la gestion de leurs paysages. L'amélioration de la gestion d'agriculture sera possible par l'accès aux connaissances innovatrices et nouvelles développées à l'intérieur et à l'extérieur de la communauté. Le changement climatique est une question importante que la communauté a pris en compte et développé sa propre stratégie locale dans la résilience.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16256
V16256

Éditeur(s) : Pêche thonière et dispositifs de concentration de poissons, Caribbean-Martinique, 15-19 Oct 1999
Résumé : Since the beginning of 1980, the Martinique fishermen have suffered a deep crisis. The traditional ways of fishing, based on benthic fish exploitation, have seen the decreasing of their profitability due to the over-fishing of the narrow continental shelf offering few resources. The pelagic fishery had become the professional main source of income. This fishery equally encounter difficulties: denied rights of access in the EEZ of Caribbean islands, expensive costs of exploitation. The disposal of FADs offers new ways to the Martinique fishermen. In 1999, it was decided the disposal of a onetworko of 30 permanent FADs around Martinique. The mooring of these FADs must be followed by legal and economic adapted measures to reach the desired aim: the development of local fishery economy through a sustainable fishing practice. Therefore, the French authorities have decided to make the regional fishermen committee responsible for the management of FADs.This committee is the only one to be entitled to moor and to deliver licences to FADs. This committee, gathering all the fishing industry representatives, has regarding the french law the right of mooring and delivering licences to the FADs access, collecting fishery statistics. These data should fund research to improve the management of the fishery, care and replace FADs. This programas realisation, as well as durability, need adequate financial planning. It has been included in the European commission financing program. This plans success will ensure the increase of the fishermen income, maintain and develop employment.Original Abstract: Apres une periode d'experimentation lancee localement au debut des annees quatre-vingt, les premiers resultats ont ete suffisamment probants pour conduire les professionnels a souhaiter l'implantation de dispositifs de concentration de poissons (dcp) en Martinique ou a les implanter eux-memes pour la capture des dorades coryphenes, des thons noirs, de l'albacore ou du listao. Le colloque international sur la peche thoniere et les dispositifs de concentration de poissons organise du 15 au 19 octobre 1999 en Martinique donne l'occasion de revenir sur le contexte, l'interet et les modalites de developpement de la technique des dcp en Martinique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15305/12639.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15305/

Éditeur(s) : Pêche thonière et dispositifs de concentration de poissons, Caribbean-Martinique, 15-19 Oct 1999
Résumé : Tuna world fisheries yield 3 million tons per year; the increase rate of whole production is constant and sustained since 30 years. This original figure for marine fisheries is due to enlargement of tuna fleets and fishing grounds over all the world ocean, the continuous increase of tuna fishing power by in board equipment and remote sensing equipment for searching and scouting (on board, aircraft, satellite, telecommunication_). During the last 20 years, the log-associated tuna fishing has contributed to the local individual and tuna fleets efficiency and fishing power either for large industrial tuna seiners by radio-equipped buoys on natural (debris) or artificial man-made logs. The same trend is noted for numerous artisanal tuna and large pelagic coastal fisheries on moored fishing aggregating devices and networks. The first part of the paper is a review of data and results to assess and rank the "Surfaces prospected by in board tuna seiners and associated aircraft and satellite technics" (visual, radar, sar-radar and satellite altimetry sensors). The final objective is the comparison with the surfaces and volumes associated to fads. Since 20 years, tuna ecology and behaviour data from ultrasonic tagging (short-term depth/distance/time migration around logs and fads) are used for fishing of tuna associated with floating objects, namely fads. The second part of this paper is an "Assessment of fad's aggregating associated surface and volume" linked with oceanographic data: large oceanic geostrophic current and observed drift speed of radio-equipped fads in the Indian Ocean. Using the available data on fads, tuna fishing technology linked with oceanographic and biological data results from ultrasonic tuna tracking experiments, the paper is an attempt to identify and place the fads technology in the scale of tuna fishing devices as a contribution to the increase of tuna fishing power either individual tuna boat or tuna fleets.Original Abstract: La production mondiale des pecheries thonieres est actuellement de l'ordre de 3 millions de tonnes par an et conserve depuis pres de 50 ans un taux de croissance annuel soutenu. Cette croissance, exceptionnelle pour un secteur des peches maritimes, est due a plusieurs causes: accroissement des effectifs et des puissances de peche des grandes flottes thonieres industrielles oceaniques qui exploitent les ressources thonieres de l'ocean mondial et le developpement conjoint de nouvelles techniques de peche et de nouvelles technologies d'aide a la peche, telles que les dispositifs de concentration de poissons (DCP). L'accroissement de la puissance individuelle des navires est du au developpement de la construction navale (mecanisation, propulsion, hydraulique, conservation et traitement a borda) et a l'utilisation d'une gamme diversifiee d'aides a la peche : navigation, telecommunication, localisation des zones favorables, detection visuelle ou radiometrique assistee par equipement a bord, en helicoptere et avion, detection acoustique, detection par radar de bord, radar-avion ou, a terme, antenne SAR sur satellite. Plus recemment, soit depuis 20 ans, les caracteristiques du comportement, migration de court terme, agregation et concentration des poissons pelagiques, fixation et retention des bancs de thons, sont utilisees, par les dispositifs de concentration de poissons (DCP) ancres ou derivants. Cette contribution a pour objectif de situer et placer les DCP fixes ou derivants sur cet ensemble de techniques d'aide a la peche thoniere. Les donnees pour cet essai de classement sont d'ordres biologique, ethologique et comportementaux (amplitude de deplacement des thons et dimension de la sphere d'attraction d'un DCP) et d'ordres environnemental et oceanographique : masse d'eau concernee par un DCP dans une large veine de courant oceanique ou cotier. On tente de quantifier et d'ordonner les surfaces et les volumes prospectes par les thoniers et particulierement les volumes et masses d'eau exploites par les thoniers utilisant des DCP. Ce classement des DCP dans la serie des dispositifs d'aide a la peche thoniere facilitera l'appreciation de leur contribution a l'augmentation des puissances de peche des thoniers.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15297/12656.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15297/

Éditeur(s) : HAL CCSD SpringerLink
Résumé : Trinucleotide microsatellites have proven to be the markers of choice in human genetic analysis because they are easier to genotype than dinucleotides. Their development can be more time-consuming due to their lower abundance in the genome. We isolated trinucleotide microsatellites in Norway spruce (Picea abies K.) using an enrichment procedure for the genomic-library construction. Here we report on the characterisation of 85 ATC microsatellite-containing clones, from which 39 markers were developed. Many of the clones showed the occurrence of tandem repeats of higher order than the trinucleotide ones, often resembling minisatellite repeats. The sequencing of a sample of the alleles at one of the loci revealed size homoplasy due to base substitutions within the microsatellite region. The presence of ATC motifs within repetitive sequence families was observed. We found a significant relationship between the level of polymorphism and the length of the microsatellite. The levels of variability for ATC trinucleotide markers were lower than those for dinucleotides, both when tested on all loci in a set of six individuals and on a subset of loci in four natural populations. This difference is most likely attributable to lower mutation rates for trinucleotide than for dinucleotide loci. The availability of markers with different mutation rates allows one to select the proper marker set to investigate population processes on different time scales.
Theoretical and Applied Genetics

hal-01032029
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032029
DOI : 10.1007/s00122-002-0986-1

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley/Blackwell
Résumé : International audience
Microsatellites are widely used in population genetics to uncover recent evolutionary events. They are typically genotyped using capillary sequencer, which capacity is usually limited to 9, at most 12 loci for each run, and which analysis is a tedious task that is performed by hand. With the rise of next-generation sequencing (NGS), a much larger number of loci and individuals are available from sequencing: for example, on a single run of a GS Junior, 28 loci from 96 individuals are sequenced with a 30X cover. We have developed an algorithm to automatically and efficiently genotype microsatellites from a collection of reads sorted by individual (e.g. specific PCR amplifications of a locus or a collection of reads that encompass a locus of interest). As the sequencing and the PCR amplification introduce artefactual insertions or deletions, the set of reads from a single microsatellite allele shows several length variants. The algorithm infers, without alignment, the true unknown allele(s) of each individual from the observed distributions of microsatellites length of all individuals. MicNeSs, a python implementation of the algorithm, can be used to genotype any microsatellite locus from any organism and has been tested on 454 pyrosequencing data of several loci from fruit flies (a model species) and red deers (a nonmodel species). Without any parallelization, it automatically genotypes 22 loci from 441 individuals in 11 hours on a standard computer. The comparison of MicNeSs inferences to the standard method shows an excellent agreement, with some differences illustrating the pros and cons of both methods.
ISSN: 1755-098X

hal-01544754
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01544754
DOI : 10.1111/1755-0998.12467

Éditeur(s) : Natl Marine Fisheries Service Scientific Publ Office
Résumé : Twenty homologous microsatellite markers, or simple sequence repeats (SSRs), were developed for blackfin tuna (Thunnus atlanticus) through the use of a direct Seq-to-SSR approach. The number of alleles per locus ranged between 5 and 26, and the expected heterozygosity ranged between 0.640 and 0.969. Three loci displayed significant departure from Hardy-Weinberg equilibrium expectations, likely reflecting occurrence of null alleles. Another locus showed consecutive alleles that differed by one base pair only. Consequently, this locus may be prone to elevated rates of scoring errors. The remaining 16 loci will be valuable for studies in conservation genetics of blackfin tuna.
Fishery Bulletin (0090-0656) (Natl Marine Fisheries Service Scientific Publ Office), 2014-10 , Vol. 112 , N. 4 , P. 322-325

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00239/34999/33529.pdf
DOI:10.7755/FB.112.4.8
http://archimer.ifremer.fr/doc/00239/34999/

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
B-type olivine fabrics are pervasive within highly depleted dunites of the small-sized Imono peridotite body located within the subduction-type Sanbagawa metamorphic belt of the southwest Japan arc. The dunites contain various microstructures, ranging from porphyroclastic to fine-grained intensely sheared textures. The Mg/(Mg+Fe) atomic ratios (Fo number) of olivine within these dunites are consistently around 0.9, as are the Cr/(Cr+Al) atomic ratios (Cr number) of chromian spinel, suggesting their evolution from a highly depleted magma (boninite). These data provide strong thermal constraints on the formation of the highly depleted dunites,as their formation requires hot, hydrous, shallow mantle (> 1250 degrees C at < 30 km depth) in the mantle wedge. Because the Sanbagawa metamorphic belt finally entrained these peridotites during progressive retrogression, B-type olivine fabrics probably developed in the fore-arc side of the subduction zone, above or along the subducting slab, possibly in association with dehydration fluids derived from the slab. The previously documented small magnitude of S-wave splitting can be explained by the seismic properties of B-type peridotites within an anisotropic layer of approximately several kilometers in thickness, oriented by flow parallel to the subducting slab, under maximum temperatures of 880-1030 degrees C depending on the flow stress. These findings indicate that such a B-type layer could constitute a dominant source of seismic S- and P-wave anisotropy in mantle wedge regions. (c) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.
ISSN: 0012-821X

hal-00412594
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00412594
DOI : 10.1016/j.epsl.2008.06.014

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The present study addresses the question of increasing need in water supply. One line of research consists in investigating karst aquifers that represent significant water supplies for the areas around the Mediterranean. This work aims at developing a methodology of predictive evaluation of karst distribution and karst thickness within the carbonate massifs. It is based on the study of the Tethysian carbonate platform from the area of Montpellier, South of France. This area underwent a polyphased, complex, tectonic evolution, involving successive karst forming events. The approach is based on the relationships between eustacy and geodynamics, on one hand, and base-level variation recorded within palaeokarsts, on the other hand. Sedimentary fill of palaeokarsts allows to identify distinct karstification phases and sometimes to date them. It is a marker of base-level variations, which we attempt to quantify, that is responsible for karst formation and karst filling and sealing. For three palaeokarsts of regional extent, we analyze : karst sedimentary-fill, the distribution along upstream-downstream profile, the vertical extension of palaeokarsts, indicative of the base-level lowering. - The " Bauxite palaeokarst " results from the two-stage evolution of the " Isthme Durancien " : i) Bauxitic weathering of the Neocomian cover over the southern Massif Central , related to an inversion during Barremian ; ii) ≥1600 m uplift and exhumation during Aptian-Albian, inducing erosion of alterites, upstream, and deposition of detrital bauxites, downstream. - The " Early Paleocene palaeokarsts with marine sedimentary-fill " indicate base level variations of more than 350m in the upstream area. It is suggested here that such base-level variations, exceeding eustacy and recorded in tabular undeformed series, result from desiccation-flooding events in an endoreic silled basin. - The " Miocene palaeokarst with Cevennes-sourced sediment-fill " records a Serravalian-Tortonian base-level drop, depicted by canyon incision in the hinterland of the Gulf of Lion Margin. Uplift values of ≥ 400m upstream, about 250m in an intermediate area and 10's of m downstream, are measured. The present 3D geometry and distribution of carbonate massifs (exposed and covered) are modeled in the study area, from the Cevennes to the Mediterranean. The 3D geological model integrates seismic reflection, borehole and gravimetric data. Tectonic restoration of a N-S section, extracted from the 3D model, allows to reconstruct paleo-base-levels with respect with the carbonate massifs, at different stages of deformation and successive phases of karstification. The 3D paleo-flows through carbonates across the study area, are thus constrained, especially during the Messinian desiccation stage. Application of the results to hydrogeology leads to the following : - Uplift of upstream hinterland (Cretaceous, Miocene) produces large amplitude karsts, but they do not make significant reservoirs. - Karstification responsible for the development of important and deep karst reservoirs is related to desiccation of endoreic basins (early Paleocene and Messinian). - Theses two events have produced two main deep karst reservoirs, with a gravimetric signature : (1) Upstream of Montpellier Thrust, between Pic St Loup, Les Matelles Fault and Hérault Basin, a deep karsts developed over 900m thickness in the Malm limestone, during Paleocene. (2) Downstream (south) of Montpellier Thrust, the coastal karsts extend offshore over more than 10km, they are sealed by a thick Miocene to Quaternary cover, and they result from the Messinian event.
Cette étude s'inscrit dans un contexte de demande croissante en ressources en eau, conduisant à mieux contraindre et estimer la distribution des aquifères karstifiés qui représentent une ressource importante, notamment sur le pourtour méditerranéen. Le but de ce travail est d'élaborer une méthode prédictive de la distribution de la karstification et de l'épaisseur de massifs carbonatés karstifiés, notamment pour les karsts profonds. La méthodologie est développée à partir de l'étude des karsts de la plateforme carbonatée téthysienne du Languedoc montpelliérain; région qui a subi une histoire tectonique complexe et polyphasée, entrainant des phases de karstification successives. Elle est basée sur la compréhension des relations entre eustatisme, géodynamique et niveau de base, enregistrées par les paléokarsts de la région. Le remplissage sédimentaire des paléokarsts permet d'identifier les épisodes de karstification et de les dater ; c'est un marqueur des variations -que l'on cherche à quantifier- du niveau de base local responsable de la formation et du comblement des karsts. On analyse 3 paléokarsts d'extension régionale dont on peut étudier : le remplissage karstique, la distribution le long de profils amont-aval et l'extension verticale indicatrice de l'amplitude de l'abaissement du niveau de base dont il est issu. On en déduit les causes géodynamiques à l'origine de leur formation: - Le " paléokarst des bauxites " à remplissage caractéristique, résulte de l'évolution en 2 phases de " l'Isthme Durancien " : altération bauxitique de la couverture néocomienne sur le sud du Massif Central, liée à une inversion au Barrémien, suivi d'une surrection ≥ 1600m à l'Aptien-Albien, causant l'érosion des altérites en amont et le dépôt des bauxites détritiques en aval. - Le " paléokarst à remplissage marin paléocène inférieur " indique des variations du niveau de base local ≥350m dans la zone amont sud-cévenole. On propose que ces variations de niveau de base d'amplitude très supérieures aux variations eustatiques et dans une zone faiblement déformée, résultent d'assèchements et d'ennoiements d'un bassin endoréique à seuil. - Le " paléokarst à remplissage détritique d'origine cévenole ", enregistre la chute du niveau de base au Serravalien-Tortonien, qui se traduit par l'incision de canyons dans l'arrière-pays de la marge du Golfe du Lion. On détermine une surrection de plus de 400 mètres à l'amont, près de 250m dans les blocs faillés intermédiaires et quelques dizaines de mètres dans la zone avale. En parallèle, on établit la géométrie et la distribution actuelles des massifs carbonatés dans la zone d'étude (y compris sous couverture), en construisant un modèle géologique 3D, des Cévennes à la Méditerranée. On intègre les données de sismique réflexion, de forages et les données gravimétriques. La restauration tectonique séquentielle d'une coupe Nord-Sud extraite du modèle géologique permet d'appréhender la position des paléo-niveaux de base par rapport aux massifs carbonatés, pour chaque époque de karstification. On déduit l'organisation 3D des paléo-écoulements à travers la géométrie complexe des massifs carbonatés languedociens, notamment pendant l'évènement messinien. En terme d'évaluation de la ressource en eau, on déduit que: - Les surrections de l'arrière-pays (Crétacé " moyen ", Miocène) produisent des karsts de grande amplitude, mais ne constituent pas de réservoirs significatifs. - La karstification à l'origine de réservoirs exploitables importants et profonds est créée par l'assèchement de bassins endoréiques, qui ont affecté la région au Paléocène inférieur et au Messinien . - Ces deux évènements sont à l'origine de deux principaux réservoirs karstiques profonds qui ont une signature gravimétrique : (1) En amont du chevauchement de Montpellier, entre le Pic Saint Loup, la faille des Matelles et le bassin de l'Hérault, le karst profond se développe sur une épaisseur atteignant 900m, et est attribuée à l'événement du Paléocène. (2) Au Sud du chevauchement de Montpellier les karsts côtiers s'étendent jusqu'à plus de 10 km au large, scellés par une épaisse couverture Miocène et Plio-Quaternaire, et résultent de l'événement Messinien.
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Éditeur(s) : HAL CCSD Springer
Résumé : International audience
Centropyge bispinosa is one of the most frequently coral reef fish exported through the aquarium trade. We developed fifteen microsatellite markers to evaluate possible distinct breeding stocks throughout its Indo-Pacific distribution range. Number of alleles varied from 2 to 50 per locus, observed and expected heterozygosities ranged from 0.486 to 0.953 and 0.482 to 0.974 respectively. Significant deviations from HWE were detected in two loci. Cross-amplifications were tested in four congener species: C. loriculus, C. bicolor, C. flavissima and C. vroliki. The 15 new microsatellite loci will be helpful tools for the identification of breeding units, connectivity studies, as well as phylogenetic relationships among pygmy angelfishes.
ISSN: 1877-7252

hal-01341716
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01341716
DOI : 10.1007/s12686-014-0363-9

Éditeur(s) : Université des Antilles. Service commun de la documentation
Description : Points abordés par René Bélénus: le débat au plan local et 1958-1960, les débuts de l'application de la loi. La loi de départementalisation du 19 mars 1946 annonçait tout un ensemble de mesures politiques, économiques et sociales destinées à impulser le développement des anciennes colonies (Guadeloupe, Guyane, Martinique et Réunion), dans une logique de rattrapage et d'égalité avec la France. Soixante dix après (1946-2016), ces territoires ont connu différents parcours ; qu'en est-il de leur développement et que reste t-il de cette loi après les évolutions administratives (décentralisation acte 1. 2 et 3) et les choix d'évolution institutionnelle ?
Siècle(s) traité(s) : 20
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Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16053
V16053