Éditeur(s) : Revue Internationale d'Ichtyologie
Résumé : The ichthyofauna of Reunion Island, Southwestern Indian Ocean, was sampled during several ecological and artisanal fisheries studies. Information from these investigations and from other sources were included to compile the present checklist of the marine fishes of the island. A total of 885 species belonging to 150 families was recorded. Nine species are known only from Reunion, indicating endemism of about 1.0%. The most speciose families (Labridae, Gobiidae, Serranidae, and Pomacentridae) were also among the most speciose at the neighbouring Mauritius Island (except gobiids), and, generally, on other islands in the Indian Ocean area (Maldives, Chagos, Madagascar and Christmas Island). The Gobiidae only represented 5.4% of the ichthyofauna, which was similar to the ratio for Aqaba (Red Sea), contrasting with 8.0% recorded for the Maldives, 13.0% at Chagos or other higher percentages recorded in the Pacific Ocean. The Apogonidae and Scaridae are relatively poorly diversified at Reunion, also in contrast with the Maldives, Madagascar, Chagos, Aqaba (Red Sea) and certain Pacific areas. The recent geological origins of Reunion Island and the low diversity of its marine biotopes are probably the most significant factors explaining both the total species richness and species richness of some major families.
L'ichtyofaune de l'île de La Réunion a été étudiée au cours de plusieurs travaux portant sur l'écologie des poissons et sur les pêcheries artisanales. Les informations issues de ces études, ainsi que d'autres sources, ont été compilées dans la présente liste des poissons marins de l'île. Un total de 885 espèces appartenant à 150 familles est recensé. Neuf espèces ne sont connues que de La Réunion, indiquant un endémisme proche de 1,0%. Les familles les plus diversifiées (Labridae, Gobiidae, Serranidae et Pomacentridae) sont aussi parmi les plus diversifiées à l'île Maurice voisine (à l'exception des Gobiidae), ainsi que dans d'autres îles de l'océan Indien (Maldives, Chagos, Madagascar et Christmas). Les Gobiidae ne représentent que 5,4% de l'ichtyofaune totale, ce qui est semblable à ce qui est connu à Aqaba (mer Rouge), mais contraste avec les 8,0% trouvés aux Maldives, les 13,0% trouvés aux Chagos ou d'autres pourcentages élevés dans l'océan Pacifique. Les Apogonidae et les Scaridae sont relativement peu diversifiés à La Réunion, ce qui contraste également avec ce qui est connu des Maldives, Madagascar, Chagos, la mer Rouge et certaines régions de l'océan Pacifique. Le jeune âge géologique de l'île et la faible diversité de ses biotopes marins pourraient être parmi les facteurs les plus importants pouvant expliquer la faible richesse spécifique totale et la richesse spécifique de certaines familles.
CYBIUM (0399-0974) (Revue Internationale d'Ichtyologie), 2004-03 , Vol. 28 , N. 3 , P. 199-216

Droits : 2004 Société Française d'Ichtyologie
http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-713.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/713/

Résumé : Cette thèse concerne la modélisation des dynamiques de maladies foliaires de cultures pérennes tropicales à différentes échelles spatiales. Cette approche de modélisation est appliquée à la cercosporiose noire du bananier. Il s’agit d’explorer et de déterminer les paramètres environnementaux et de résistance de l’hôte ayant une influence significative sur la dynamique spatiotemporelle de la maladie et d’apporter des éléments associés au contrôle de la cercosporiose noire.Deux modèles ont été développés dans le cadre de cette thèse. La dynamique épidémiologique au niveau de la plante est décrite par un modèle mécaniste décomposé en un modèle de croissance de la plante et un module épidémiologique décrivant le cycle épidémique du pathogène. L’architecture du bananier est prise en compte par le biais de compartiments foliaires positionnés dans l’espace. Le modèle a été validé par un jeu de données indépendant. Les expérimentations numériques et l’analyse de sensibilité du modèle réalisées par les méthodes de Morris et de e-FAST ont permis de mieux comprendre le fonctionnement épidémique de cette maladie et d’identifier les paramètres influant le plus la dynamique épidémique en particulier la vitesse d’extension des lésions, la durée d’incubation et l’efficacité d’infection .L’approche bayésienne a permis de prendre en compte l’information a priori disponible pour ces trois paramètres sur lesquels a porté l’inférence statistique. L’analyse de sensibilité du modèle a également permis d’identifier l’influence de deux paramètres liés à la croissance de la plante : le nombre de feuilles sur une plante et le rythme d’émission foliaire Un modèle de dynamique spatio-temporelle de la cercosporiose noire a été développé à l’échelle d’un territoire à partir d’enquêtes effectuées enMartinique pendant la période d’invasion de cette maladie de septembre 2010 à mai 2012. Les données récoltées étant censurées, l’inférence des paramètres du modèle a été réalisée dans un cadre bayésien en utilisant un algorithme d’augmentation de données. Le modèle et l’inférence développés permettent de reconstruire la dynamique spatio-temporelle de l’invasion et de prédire la fin d’invasion sur le territoire.Les deux modèles de dynamiques spatio-temporelles développés à deux échelles spatiales différentes ont permis d’acquérir des informations importantes pour construire des outils de conception de méthode de contrôle de la cercosporiose noire des bananiers.
This thesis concerns the modeling of the dynamics of foliar diseases of tropical tree crops at different spatial scales. This modeling approach is applied to black Sigatoka of banana. It is to explore and determine the environmental parameters and host resistance has a significant influence on the spatiotemporal dynamics of the disease and to provide elements associated with the control of Sigatoka noire.Deux models were developed as part of this thesis. The epidemiological dynamics at the plant is described by a mechanistic model decomposed into a growth model of the plant and an epidemiological unit describing the pathogen epidemic cycle. The architecture of the banana is taken into account through foliar compartments positioned in space. The model was validated by an independent data set. Numerical experiments and model sensitivity analysis performed by the methods of Morris and e-FAST enabled to better understand the functioning of this epidemic disease and identify the parameters affecting the most dynamic epidemic especially speed extension of the lesions, the incubation period and efficiency of Bayesian .L'approche infection allowed to take into account prior information available for these three parameters that were the statistical inference. The model sensitivity analysis also identified the influence of two parameters related to plant growth: the number of leaves on a plant and rate of leaf emission A dynamic model of space-time Black Sigatoka has been developed at the scale of a territory from surveys enMartinique during the period of invasion of the disease from September 2010 to May 2012. The data collected being censored, inference of model parameters has was performed in a Bayesian framework, using a data augmentation algorithm. The model developed and inference possible to reconstruct the spatiotemporal dynamics of the invasion and predict the end of the invasion territoire.Les two spatio-temporal dynamics models developed at two different spatial scales has been gained important information for build tools design method of control of black Sigatoka of banana.

http://www.theses.fr/2015AGUY0835/document

Résumé : Les stocks des éléments dans les sols, et en particulier ceux du carbone, sont en constante évolution sous l’effet de facteurs naturels (climat, végétation, teneurs en argiles, etc.) et anthropiques (usages des sols, etc.). Notre objectif est donc, (i) de mieux comprendre les relations entre type de sol, système de culture et quantité de carbone stockée, (ii) d’étudier les conséquences des changements d’usage et de gestion des terres sur les formes de matière organique dans les sols et (iii) de préciser le rôle de la matière organique sur les propriétés physiques des sols.Des situations agro-pédologiques représentatives des trois grands modèles minéralogiques des sols tropicaux (Sols à allophanes (argiles non cristallisées), Sols à argiles 1/1 et Sols à argiles 2/1) et présentant des systèmes culturaux de différents niveaux d’intensification (monocultures intensives destinées à l’exportation, systèmes paysans faiblement intensifiés, etc.) ont ainsi été sélectionnées sur les sols de Martinique. Par ailleurs, afin de limiter les effets des usages antérieurs des parcelles, nous avons généralement choisi des situations culturales âgées au minimum de 3 ans.L’analyse des stocks de carbone des différentes parcelles fait apparaître des comportements différents : dans les sols à allophanes, il y a un effet de la minéralogie sur la stabilisation des matières organiques ; dans les sols à argiles cristallisées, il existe une corrélation entre la teneur en carbone (ou le stock organique) et la texture (ou teneur en éléments fins), aussi bien pour les situations non cultivées que pour les situations sous cultures. L’amplitude des variations (diminution) des stocks en carbone observées sous l’effet de différents modes de gestion des sols, dépend elle aussi de la texture : dans les sols sableux, la potentialité de séquestration du carbone est faible ou nulle, en revanche, les potentialités de stockage du carbone sont plus fortes dans les sols argileux.L’estimation des stocks totaux de carbone à l’échelle de la Martinique, pour un mètre de profondeur et pour une situation moyenne entre les cartes d’usage des terres de 1969/1970 et 1979/1980, s’élèvent à 11,859 Mt de C calculés pour 95,8% de la surface.La distribution de la matière organique du sol varie avec la texture du sol : dans les sols sableux, à faibles teneurs en matière organique, les matières organiques sont principalement associées aux fractions sableuses ; dans les sols argileux, plus riches en matières organiques, 50 à 60 % de la matière organique sont associées à la fraction argileuse. De même, la dynamique de la matière organique dépend également de la texture du sol : dans les sols sableux, les variations des stocks organiques sont essentiellement dues à la perte ou à l’accumulation en carbone de la fraction sableuse ; dans les sols argileux, la fraction argileuse participe de manière prépondérante aux variations des stocks organiques de ces sols lors de leur mise en culture ou en prairie ; les sols sablo-argileux ont un comportement intermédiaire entre ces deux pôles.La stabilité structurale varie avec la minéralogie. Les andosols (ou ALL) présentent un haut degré d’agrégation et de stabilité, du à la présence d’allophanes et à leur association particulière avec les composés organiques. Dans les sols à argiles cristallisées, la stabilité de l’agrégation est plus élevée dans les sols à argiles 1/1 (ou LAC) ; les valeurs les plus faibles sont généralement observées dans les parcelles sur sols à argiles 2/1 (ou HAC). En outre, la mise en culture se traduit généralement par une diminution de la stabilité de l’agrégation.L’intensification des cultures (labours fréquents, faibles restitutions de matière organique au sol, etc.) accentue la perte de la stabilité de l’agrégation provoquée par la mise en culture, en particulier dans les parcelles sur sols à argiles 2/1 (ou HAC).
Soils elements stocks, and particularly those of carbon, are in constant evolution under natural factors effect (climate, vegetation, clays content, etc) and anthropic factors effect (soils uses, etc). Our objective is thus, (i) to better understand the relations between soil, farming system and stored carbon quantity, (ii) to study the consequences of soils uses changes and of soils managements changes on organic matter shapes in soil and (iii) to specify organic matter role on soil properties physics.Representative agri-pedological situations of the three great mineralogical models of tropical soils (allophonic soils (not crystallized clays), 1:1 clay soils and 2:1 clay soils) and presenting agricultural systems of various levels of intensification (intensive monocultures intended for export, slightly intensified farming systems, etc) were thus selected in the soils of Martinique. In addition, to limit the effects of their former uses, we generally chose to the minimum 3 years old farming situations.The analysis of the various lands carbon stocks reveals different behaviors: in allophonic soils, a correlation exists between carbon content (or organic stock) and texture (or fine elements content), as well for not cultivated as for cultivated situations. Variations ranges (reduction) of carbon stocks observed under various management soils systems effect, also depends on texture: in sandy soils, carbon sequestration potentiality is low or null, on the other hand, carbon storage potentialities are higher in clay soils.The estimation of total carbon stocks on the scale of Martinique, for one meter of depth and for and average situation between the use soils charts of 1969/70 and 1979/80, rises to 11,859 Mt of C calculated for 95,8% of the surface.Soil organic matter distribution varies with soil texture: in sandy soils, with low contents of organic matter, organics matters are mainly associated with the sandy fractions; in clay soils, richer in organic matters, 50 to 60% of the organic matters are associated with the argillaceous fraction. In the same way, the organic matter dynamics also depends on soil texture: in sandy soils, organic stocks variations are primarily due to carbon loss or accumulation of the sandy fraction; in clay soils, the argillaceous fraction takes part in a dominating way in organic stocks variations of these soils at the time of their setting in culture or meadow; the sand-clay soils have an intermediate behavior between these two poles.Structural stability varies with mineralogy. Andosols (or ALL) present a high degree of aggregation and stability, due to the presence of allophones and their particular association with the organics compounds. In crystallized clay soils, aggregation stability is higher in 1:1 clay soils (or LAC); the lowest values are generally observed in the lands on 2:1 clay soils (or HAC). Moreover, culture setting generally results in aggregation stability reduction.Cultures intensification (frequent ploughings, low organic matter restitutions to the soil, etc) accentuates aggregation stability loss caused by culture setting, particularly in lands on 2:1 clay soils (or HAC).

http://www.theses.fr/2012AGUY0513/document

Résumé : Aux Antilles, la faible fréquence des coronaropathies pourrait être liée à des facteurs génétiques, ethniques et/ou une distribution spécifique des facteurs de risque cardio-vasculaire (FDRCV). Les propriétés l'ANP (Atrial Natriuretic Peptide) et l'influence de certains polymorphismes de son gène, fréquents dans les populations d'ascendance Africaine pourraient également être en cause. L'analyse des dossiers de 638 patients coronariens consécutifs a mis en évidence une forte prévalence de l'hypertension artérielle et du diabète dans cette population et révélé des différences significatives dans la prévalence des FDRCV entre Afro-Caribéens (AC), Caucasiens et descendants de migrants Indiens. L'analyse angiographique de 420 patients AC a révélé que le diabète était le FDRCV le plus fortement lié à la sévérité des lésions coronaires alors l'obésité apparaissait comme un facteur protecteur. La transfection in vitro, de cellules musculaires lisses artérielles par une construction adénovirale porteuse du gène de l'ANP a entrainé une inhibition de la prolifération et de la migration cellulaire de 31 % et 25% respectivement. In vivo, cet effet s'est traduit par une réduction de 25% de la formation néotimale et de 28% du rapport intima/média dans un modèle d'hyperplasie de carotide de rat. Dans étude transversale incluant 210 sujets diabétiques AC nous avons mis en évidence une association entre le polymorphisme rs5065 (22381>C) du gène de l'ANP et l'existence d'une coronaropatbie. Dans cette étude, l'odds ratio de la présence d'une coronaropathie chez les porteurs de l'allèle mineur de cette mutation (TC/CC) était de 0,50 (0,26- 0,96; P = 0,038).
In Guadeloupe and Martinique, the low frequency ofcoronary artery disease (CAD) could be related to genetic or ethniefactors and/or specifie distribution ofcardiovascular risk factors (CRFs). Atrial Natriuretic Peptide (ANP) properties and influence of sorne of ANP gene polymorphism that are frequent in populations of African descent could also be involved in CAD occurrence. We retrospectively studied 638 consecutive patients with documented CAO and found a high prevalence of hypertension and diabetes in this population. This study also demonstrated significant differences in the prevalence of CRFs between Afro-Caribbean (AC), Caucasians and Indians migrants. The angiographie analysis of420 patients revealed that in AC, diabetes emerged as the strongest CFR related to the severity ofcoronary lesions while obesity appeared as a protective factor. After transfection by an adenoviral construct carrying the ANP gene, vascular smooth muscle cell proliferation stimulated by 10% fetal calf serum was reduced by 31% and migration by 25%. In vivo, in rat carotid artery model ofvascular injury, neointima formation and intima/media ratio was reduced by 25% and 28% respectively. In a cross-sectional study inc1uding 210 AC diabetics we found an association between rs5065 (22381> C) polymorpbism and the presence of coronary artery disease suggesting that the minor allele could have a protective effect against CAD. The odds ratio for the presence ofCAD in carriers ofthe minor allele ofthis mutation (TC / CC) was 0.50 (0.26-0.96, P = 0.038).

http://www.theses.fr/2012AGUY0553/document

Résumé : L'écart de la représentation politique des femmes entre la Guadeloupe et la Martinique a été à l'origine de notre interrogation sur la socialisation politique des femmes aux Antilles françaises. En interrogeant des élus guadeloupéens et martiniquais (hommes et femmes) nous avons tenté de comprendre en quoi la socialisation politique pouvait expliquer le niveau d'engagement des femmes en politique. Le·genre étant le concept su lequel se fonde la société pour justifier la séparation et la hiérarchisation des individus masculins et féminins c'est par le biais du processus de socialisation sexué que les individus apprennent leurs rôles genrés. Si cette séparation des hommes et des femmes dans des sphères distinctes (publique et privée) tend à freiner le femmes dans leur engagement politique, les élues antillaises n'auraient pas été majoritairement touchées pas une socialisation politique sexuée. Au contraire, la matrifocalité présente aux Antilles françaises aurait permi un certain nombre de femmes d'être socialisée similairement aux hommes. Mais la société empreinte de valeurs genrées aurait tout de même freiné les femmes dans l'entame d'une carrière politique. Si la famille transmet des valeurs politiques de base, que les partis politiques n'ont qu'un rôle relatif d'agent socialisateur le monde associatif semble être un agent de socialisation déterminant en termes d'engagement politique, un révélateur et un propulseur d'hommes et de femmes dans le monde politique. Socialisés aux valeurs politiques, ces élus deviennent également des agents de socialisation politique pour les jeunes qui peuvent représenter la relève politique.
Differences in the political representation of women between Guadeloupe and Martinique were the source c our questioning about the political socialisation of women in the French West Indies. Sy interviewing elected men and women in Guadeloupe and Martinique, we tried to understand how political socialization coul explain the level of involvement of women in politics. With gender being the concept from which any societ justifies the process of separation and hierarchy between male and female individuals, it is through the sexual socialization process that individuals learn their gendered raies. If this separation between men and women in both public and private spheres tends to impede women in their political commitment, elected women of the French West Indies have not been disproportionately affected by sexual political socialization. On the contrary, the matrifocality in the French West Indies would have allowed a number of women to be socialise dsimilarly to men. However, the strong gendered values of this society would have still hampered women at the beginning of their political career. While family provides basic political values, political parties have only a relative role of socializing agent. However, associations seem to be a decisive/crucial socializing agent in terms of political commitment, acting as a career booster for men and women in politics. Socialized to political values, these elected individuals become in turn factors of political socialization for young people whe represent the next political generation.

http://www.theses.fr/2012AGUY0498/document

Résumé : Les mécanismes à l’origine du maintien de la forte diversité locale des arbres des forêts tropicales humides constituent encore une énigme pour les scientifiques. Cette thèse a pour but d’étudier et de comprendre certains facteurs biotiques et abiotiques qui influencent l’assemblage des communautés des forêts tropicales humides d’Amazonie. A l’aide d’une approche empirique conduite dans les forêts tropicales de Guyane française et du Loreto au Pérou, de nombreuses expériences de terrain ont été mises en place dans le but d’apporter des éléments de réponse sur les mécanismes impliqués dans le maintien de la diversité des communautés d’arbres et d’insectes des forêts amazoniennes. Dans un premier temps, cette thèse permet de souligner l’importance des pressions biotiques exercées sur les communautés d’arbres. En effet, les communautés d’insectes peuvent influencer la composition des communautés d’arbres le long d’un gradient environnemental conduisant à des compromis entre la défense et la croissance. Ces compromis ou tradeoff permettent de maintenir la coexistence des espèces de forêts tropicales humides en favorisant la spécialisation des arbres à leur habitat (Chapitre 1, Annexe 3). Cependant, de nombreux facteurs peuvent engendrer des variations dans les compromis d’allocation exhibés par les plantes, ce qui peut compliquer la validité de ces résultats. Dans ce sens, nous avons souligné l’influence du rôle de la cascade trophique et l’existence chez certaines espèces d’arbres de stratégies d’évitement des insectes (Chapitre 2). Dans un second temps, nous avons montré que les filtres environnementaux et les distances géographiques favorisent un fort turnover de la composition des arthropodes des forêts tropicales (chapitre 3, Annexe 2). Les résultats de cette étude ont des implications fondamentales sur les mécanismes qui expliquent la structuration des communautés d’insectes herbivores. Nous avons souligné l’importance de l’interaction des communautés des insectes herbivores et de leurs plantes associées. De plus, des prédictions sont présentées sur le degré de spécialisation des insectes à leur plante-hôte (Annexe 3), notamment sur les implications possibles dans les compromis d’allocation chez les plantes. Finalement, des perspectives de recherche sont proposées en vue de poursuivre ces travaux de recherche, et notamment des extensions de mes expériences vers d’autres régions tropicales et tempérées et l’intégration de la phylogénie pour comprendre des mécanismes de coévolution entre communautés d’arbres et insectes. Nous proposons également une intégration des résultats de cette thèse dans les stratégies locales et régionales de conservation des forêts tropicales du bassin amazonien.
The mechanisms underlying the maintenance of local diversity of trees in tropical rainforests remain under debate. This dissertation aims to study and understand some biotic and abiotic factors that may influence both tree and insect community assembly in lowland tropical forests of Amazonia. I used an empirical approach to study communities of trees and insects in tropical forests of French Guiana and Peru, to address the extent to which insect herbivores contribute to the turnover of tree species across strong environmental gradients. In Chapter 1, I studied how herbivorous insect communities can influence the composition of tree communities along an environmental gradient by reinforcing tradeoffs between defense and growth that promote habitat specialization (Chapter 1, Appendix 3). The complicated variation in the patterns of growth and defense from this study led me to pursue further observations of an alternative plant defense strategy of time-avoidance of herbivores, which I examined in detail in Chapter 2. I found evidence for coordinated leaf production in some tree species that was consistent with the satiation of herbivores, suggesting that multiple interactions between plants and their herbivores may be responsible for patterns of habitat specialization in trees. In the second part of the dissertation, I examined insect herbivore communities in detail to test for turnover in species composition across geographic and environmental gradients. In Chapter 3, I present evidence for substantial beta-diversity in arthropod communities throughout lowland Amazonian forests. In the discussion I propose research perspectives to complete this research, including the extension of observations to compare tropical and temperate regions and the integration of molecular phylogenetics information to study coevolution of plant lineages and their insect herbivores. I conclude with suggestions for the integration of the results of this thesis in local and regional strategies for the preservation and conservation of tropical forests in the Amazon basin.

http://www.theses.fr/2013AGUY0582/document

Résumé : La tuberculose (TB), maladie infectieuse contagieuse, est causée par une mycobactérie appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC). Malgré de nombreuses campagnes de vaccination par le BCG (Bacilles de Calmette et Guérin) et les traitements antituberculeux, on observe une réémergence de la maladie depuis les années 80. Ce bouleversement s’explique par la coïnfection avec le virus du VIH/SIDA, la désorganisation des systèmes de santé et par l’apparition des bactéries résistantes aux principaux antibiotiques antituberculeux. Dans ce contexte une meilleure connaissance des mouvements et de l’évolution des clones circulants du bacille tuberculeux permettrait de détecter plus rapidement et de façon plus pertinente l’émergence d’épidémies. Le contrôle et la surveillance de la maladie représentent des moyens essentiels pour lutter contre l’expansion mondiale de la tuberculose. C’est ainsi que l’unité de la Tuberculose et des Mycobactéries de l’Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG) a mis en place une base de données de profils génotypiques pour l’étude de l’épidémiologie globale de la tuberculose. Dans le cadre de cette thèse, nous décrirons les méthodes de bioinformatique qui ont été utilisées pour la gestion et l’exploitation de la 6ème version (SITVIT2) de cette base de données des génotypes pour mieux comprendre l’évolution et la dissémination mondiale du bacille tuberculeux. Cette base intègre aussi plusieurs marqueurs moléculaires tels que les MIRU-VNTRs (« mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats ») et le Spoligotype43 servant à mieux décrire et identifier les familles de profils génotypiques du MTBC. La banque de données SITVIT2 ne cesse d’évoluer, et elle contient actuellement des informations épidémiologiques sur 111 635 isolats cliniques. Cette base de données est consultable en ligne à l’adresse suivante : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. Nous avons également réalisé une base de données nommée SITVITBovis qui est dédiée à la tuberculose bovine. Cette base de données sera accessible à l’adresse : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/. Parallèlement au développement et à la gestion des bases de données, ce travail de thèse s’est appuyé sur plusieurs études épidémiologiques et phylogéographiques mettant en corrélation les données disponibles sur la résistance aux médicaments ou les caractéristiques démographiques (dont le sexe, l’âge, le statut VIH, et l’origine du patient). Notre initiative de recherche permet ainsi d’améliorer la caractérisation phylogénétique détaillée des lignées du MTBC, ainsi que l’épidémiologie des clones en circulation, afin d’élaborer une cartographie géographique des isolats cliniques prédominants pour les bacilles tuberculeux principalement impliqués dans la maladie, à l’échelle nationale, régionale et mondiale. La superposition ultérieure de ces cartes avec des données sociopolitiques, économiques et démographiques obtenues auprès de Systèmes d’information géographique (SIG) ont permis de dresser un portrait précis des disparités actuelles par pays ou sous-région. Cette thèse représente une importante collaboration avec plusieurs équipes de chercheurs travaillant également dans le domaine de l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose. L’objectif à long terme de ce travail, est d’optimiser la structure de la base, et de pérenniser l’enrichissement de celle-ci (notamment par l’automatisation et la facilité de la saisie de données). Une représentation optimale et une meilleure accessibilité des données de la base conforteraient les efforts faits pour le contrôle et la surveillance de la TB dans monde.
Tuberculosis (TB) is a contagious infectious disease caused by mycobacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). Despite numerous campaigns of vaccination by the BCG (Bacillus Calmette-Guérin) vaccine, and TB treatments, there was a resurgence of the disease since the 80s. This disruption is due to coinfection with HIV/AIDS, disorganization of health systems and the emergence of bacteria resistant to anti-TB drugs. In this context, a better understanding of the movements and changes of circulating clones of tubercle bacilli would detect faster and more relevant emerging epidemics. The control and monitoring of the disease are essential means to fight against the worldwide spread of tuberculosis. Thus the TB and Mycobacteria unit of the Pasteur Institute of Guadeloupe (IPG) has developed a database of genotypic profiles for the study of global epidemiology of tuberculosis.In this thesis, we discuss the Bioinformatical methods that have been used for the management and development of the 6th version (SITVIT2) of this database of genotypes to better understand the evolution and global dissemination of the tubercle bacillus. The database also includes several molecular markers such as MIRU-VNTRs (mycobacterial interspersed repetitive units- variable number of tandem repeats) and Spoligotype43 allowing a better description and identification of the families of genotypic profiles of Mycobacterium tuberculosis complex. SITVIT2 database is constantly evolving, and it currently contains epidemiological information on 111,635 clinical isolates. This database is available online at the following address: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. We also developed a database named "SITVITBovis", which is dedicated to bovine tuberculosis. This database will be accessible at: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/.Alongside the development and management of databases, this work was based on several epidemiological and phylogeographic studies correlating data on drug resistance or demographic characteristics (including sex, age, HIV status, and the origin of the patient). Our research initiative is thus focused to further improve in depth phylogenetic characterization of MTBC lineages, as well as the epidemiological analysis of circulating clones to generate evidence-based geographical mapping of predominant clinical isolates of tubercle bacilli causing the bulk of the disease both at country and regional level. Further superposition of these maps with socio-political, economical and demographical available through Geographic Information Systems (GIS) allows to have a precise view of prevailing disparities at the level of country or sub-region. This thesis represents an important collaboration with several researchers teams also working in the field of molecular epidemiology of tuberculosis.The long-term goal of this work is to further optimize the database structure, and sustain enriching it (including automation and ease of data entry). Optimum performance and accessibility of data in the database would reinforce efforts to control and surveillance of TB in the world.

http://www.theses.fr/2014AGUY0791/document

Résumé : En occupant un espace social privilégié, la médecine traditionnelle et les diverses pratiques qui y sont liées, sont de moins en moins marginalisées, de plus en plus admises comme ressources et la société leur devient du même coup permissive. La tolérance sociale est relativement forte ». Cette lecture de la situation de la médecine traditionnelle et de sa réception dans la société est celle de l’anthropologue et médecine martiniquais M. Yoyo. Elle évoque la réalité de la médecine créole dans l’espace antillais et dit l’intérêt que lui portent ceux qui en font usage.L’objectif de cette recherche est de poser la question de la transmission du savoir médicinal en contexte martiniquais : transmission des tradipraticiens vers les profanes ; transmission entre professionnels de cette médecine. Autrement dit comment se fait l’apprentissage si apprentissage il y a, de ce savoir traditionnel, jalousement gardé par ceux qui l’exercent ? La dimension magico-religieuse de ce savoir influe-t-elle sur sa transmission ? Quel est le rôle de la famille dans l’éducation et la transmission de ces pratiques ? Quelle est la connaissance profane accessible à tous et que détiennent certaines familles ? Celle-ci répond-elle aux attentes de la médecine traditionnelle et comment les familles procèdent-elles à sa transmission ? Quelle contribution l’institution scolaire apporte-t-elle à la sauvegarde de ce patrimoine ? Ce questionnement nous amène à nous interroger sur les pratiques en matière de médecine des Martiniquais et à considérer la coexistence entre savoir traditionnel et savoir rationnel dit moderne.On ne peut faire l’économie de ces analyses si on veut appréhender de façon objective le problème de la transmission de la médecine créole, de sa sauvegarde par – et pour – les générations montantes, en raison de l’aspect mémoriel de cette pratique thérapeutique mais également en raison de son efficacité et du potentiel important qu’elle représente pour la santé dans les années qui viennent.
By occupying a privileged social space, traditional medicine and the diverses practices related to the field are less and less marginalized, more and more accepted as resources, thus society is gradually becoming more tolerant towards those practices. The social tolerance is relatively strong”. This perception of the present situation of traditional medicine and of its reception in society is proposed by M. Yoyo, French anthropologist and physician from Martinique. It speaks of the reality of traditional medicine in the west Indians context and highlights the positive affects on those who make use of it. The objective of this research is to explore the question of the transmission of medicinal knowledge within the confines of Martinique: transmission by traditionalists towards nonprofessionals as well as transmission among professionals in the fields of medicine. In other words, what learning, if any, still exists of this traditional knowledge faithfully kept by those practiced it? To what extent does the magical-religious experience influence the transmission of this knowledge? What is the role of the family in the education and the transmission of those practices? How much of this profane knowledge is accessible to all and to what extent is it practiced by families? Does the latter respond to the demands of traditional medicine? How do families proceed with the process of transmission. What contribution does the school make towards preserving this tradition ? The above questions provoke reflection on the medicinal practices of the people of Martinique and of the possible coexistence of traditional knowledge and modern or rational knowledge. These questions are inevitable if we want to progress with objectivity in the transmission of Creole medicine and of its preservation for future generations, as a form of safeguarding the memory of this therapeutic practice. However, they also help to focus on the level of its effectiveness and the potential importance that it represents in ensuring a healthy environment in the coming years.

http://www.theses.fr/2015AGUY0865/document

Résumé : Le fluide chaud produit par les forages de la centrale géothermique de Bouillante (Guadeloupe) est enrichi en espèces dissoutes telles que la silice qui peuvent précipiter sous forme de dépôts solides lors de son refroidissement et gêner fortement la production électrique. L’un des principaux objectifs de ce travail de thèse a donc été d’améliorer l’état des connaissances sur les conditions physiques, chimiques et cinétiques de la précipitation de la silice amorphe à Bouillante. Après une étude des caractéristiques physico-chimiques des fluides et des dépôts associés au champ de Bouillante, des expériences sur la cinétique de précipitation de la silice, sur site, pour une large gamme de température (25 - 90°C) et de pH (4 - 12) ont été menées et analysées en détail.Pour l’ensemble de ces expériences, seule la polymérisation (réversible) de la silice dissoute, sous forme de suspensions colloïdales très stables en solution, a été observée. La modélisation des données expérimentales de cinétique montre que la vitesse de polymérisation de la silice suit une loi d’ordre 2 vis-à-vis de la silice dissoute jusqu’à l’équilibre en accord avec une dimérisation de la silice. Par contre, durant l’étape initiale de la réaction, une loi d’ordre 4 semble mieux adaptée, suggérant des réactions de polymérisation plus complexes avec formation de tétramères. La température a un effet limité sur la cinétique de polymérisation de la silice comparé à l’effet du pH qui est beaucoup plus important. L’énergie d’activation de la réaction globale est de 41 - 54 kJ pour des pH compris entre 5 et 8.La caractérisation de la silice précipitée a mis en évidence des différences notables entre la structure poreuse de la silice solide prélevée sur les installations de surface et celle de la silice colloïdale obtenue par polymérisation lors des expériences de cinétique, ce qui semble indiquer que des mécanismes différents interviennent dans ces deux contextes de précipitation de la silice dissoute.Le deuxième objectif de cette thèse était d’évaluer la possibilité de valoriser la silice extraite de l’eau géothermale de Bouillante dans un procédé de traitement des eaux naturelles par adsorption. Pour cela, les propriétés d’adsorption de la silice géothermale brute et fonctionnalisée par le poly(ethylèneimine) (ou PEI) ont été étudiées pour deux polluants : un colorant, le bleu de méthylène et un métal lourd, le plomb. Les résultats obtenus montrent que la silice brute possède une grande capacité d’adsorption vis-à-vis du bleu de méthylène. En outre, la fonctionnalisation de la silice par le PEI permet d’améliorer sa capacité d’adsorption vis-à-vis du plomb en solution, en accord avec un modèle cinétique du pseudo-second ordre suggérant une chimisorption. Le modèle d’isotherme de Redlich-Peterson est également en très bon accord avec les données expérimentales.
The hot geothermal fluid produced by the geothermal power plant of Bouillante (Guadeloupe) contains various dissolved components such as silica that can precipitate as solid deposits during their cooling and cause serious problems on the electricity generation. One of the aim of this study is to improve the understanding on the physical, chemical and kinetics conditions of the amorphous silica precipitation in the Bouillante geothermal field. After a study on the physical and chemical characteristics of the Bouillante fluids and deposits which can form during their exploitation, experiments on the kinetics of silica precipitation, on site, under a large range of temperature (25 – 90°C) and pH (4 – 12) have been carried out and analyzed in detail.During on site kinetics experimentations only dissolved silica polymerization (reversible) as colloidal gel, very stable in solution, was observed. Modeling of the experimental data showed that the kinetics polymerization is characterized by a 2-order kinetic law relative to dissolved silica until the equilibrium that is consistent with silica dimerization. On the other side, the initial stage of the reaction is better characterized by a 4-order kinetic law that suggested more complex polymerization reactions with tetramers formation.Temperature has a little effect on the polymerization kinetics compared with the pH which has an effect more important. The activation energy of silica precipitation calculated between 25 and 90°C, is about 41 - 54 kJ for pH ranging to 5 - 8.The characterization of the silica precipitate reveals significant differences in the porous structure of the silica collected on the surface installations and the one obtained from kinetic experiments that suggests different precipitation mechanisms. The second objective of this thesis was to evaluate the possibility to promote geothermal silica for the treatment of natural waters containing contaminants by adsorption. Adsorption properties of the untreated and functionalized by poly(ethylèneimine) (ou PEI) geothermal silica have been investigated for two pollutants: a colorant, the methylene blue and a heavy metal, the lead.Results showed that untreated silica has a great adsorption capacity concerning the methylene blue. Besides, silica functionalization by the PEI allows improving the adsorption capacity for lead in solution. The adsorption kinetics curves followed a pseudo-second order model consistent with a chimisorption. The isotherm model of Redlich-Peterson fitted well the experimental data.

http://www.theses.fr/2014AGUY0698/document

Résumé : Les deux principaux objectifs de ce travail sont de proposer des outils pour la selection d'animaux résistants aux strongles gastro-intestinaux, parasites du tube digestif, et de faire progresser la compréhension des mécanismes de résistance chez la chèvre créole. La variabilité génétique du caractère de résistance au parasitisme digestif a été étudiée afin de vérifier quels critères décrivant le mieux la résistance, peuvent être utilisés pour la sélection. L'ensemble des résultats obtenus suggèrent que le critère d'excrétion d'oeufs et le critère d'éosinophilie sont les plus adaptés pour un schéma de sélection puisqu'ils possèdent une héritabillté moyenne et représentent le mieux la résistance. De plus, ils ne semblent pas en opposition avec le poids, principal critère de production. Le déterminisme génétique de la résistance aux strongles gastro-intestinaux a été étudié et a permis de mettre en évidence l'existence d'un gène majeur pour la résistance chez la population de chèvre créole. De plus, la primo-détection de qtl a permis d'identifier 13 régions du génome ayant un effet sur les critères de résistance. Les mécanismes responsables de la résistance aux strongles gastro-intestinaux ont également été à l'étude. L'ensemble des résultats met en évidence le rôle des éosinophiles dans la mise en place de la résistance aux strongles gastro-intestinaux. L'activité des immunogobulines e semblent dirigés vers les larves l3 d'haemonchus contortus et suggère la mise en place d'une réaction protectrice. Chez la chèvre créole. Ces deux mécanismes semblent donc jouer un rôle important dans la mise en place de la résistance aux strongles gastro-intestinaux
The two main objectives of this work are to propose tools for the selection of resistant animals to gastrointestinal nematodes and advance knowledge on mechanisms of resistance of creole goats. this work has analysed the genetic variability of resistance to digestive parasitism in order to determine which criteria best describes the resistance and can be use for selection. the overall results suggest that the egg excretion and the eosinophilia are the criteria most suitable for a breeding scheme because they have moderate heritability estimates and best represent the resistance. moreover, they do not seem in conflict with the weight, the main criterion of production. the genetic determinism of resistance to gastrointestinal parasites has been studied and has highlighted the existence of a major gene for resistance in creole goats. in addition, the primodetection of qtl identified 13 genomic regions that affect the resistance. the mechanisms behind the resistance to gastrointestinal parasites were also studied and first hypothesis regarding the involvment of the immune response in resistance have been made in goats. the overall results highlighted the role of eosinophils in the development of resistance to gastrointestinal nematodes. the activity of immunoglobulin e seems directed toward l3 larvae of haemonchus contortus and may be imply in the establishment of a protective response agasint nematode parasites. in creole goats, these two mechanisms seem to play an important role in the development of resistance to gastrointestinal nematode infections

http://www.theses.fr/2011AGUY0407/document

Résumé : La zone latérale des filaments branchiaux des bivalves Codakia orbiculata et Lucina pensylvanica est le lieu d'une symbiose chimioautotrophe avec des bactéries sulfo-oxydantes hébergées dans des cellules spécialisées, appelées bactériocytes. Dans cette étude, nous nous sommes proposés de déterminer les mécanismes qui sous-tendent la plasticité cellulaire et tissulaire observée au cours des processus de décolonisation et de recolonisation bactérienne. Pour ce faire, des individus collectés dans leur milieu naturel, ont été maintenus au laboratoire dans des bacs d'eau de mer filtrée en absence de nourriture et de soufre réduit, afin de provoquer la décolonisation bactérienne des filaments branchiaux. Lorsque la branchie apparaissait purgée de ses symbiotes, les individus ont été remis dans leur habitat naturel afin de provoquer sa recolonisation. L'analyse des branchies au cours de ces processus a fait appel à des techniques variées (histologie, immunohistochimie, hybridation in situ, cytométrie en flux, dosage des protéines et spectrométrie de fluorescence X). Les résultats obtenus ont permis de montrer que l'acquisition environnementale mise en évidence chez les juvéniles des Codakia se poursuivait tout au long de la vie des adultes. Cette étude a également permis une meilleure compréhension des mécanismes tissulaires sous-jacents à la plasticité du filament branchial en mettant en évidence les processus d'apoptose et de prolifération cellulaire qui ont lieu au cours des processus de décolonisation et de recolonisation. Ces processus s'accompagnent d'une variation de la teneur en soufre élémentaire, ainsi que de la taille relative et du contenu génomique des symbiotes
The lateral zone of gills filaments of coastal bivalves Codakia orbiculata and Lucina pensylvanica is the site of chemoautotrophic symbiosis with sulfur-oxidizing bacteria, housed in specialized cells called bacteriocytes. The objective of this thesis is to determine the mechanisms underlying cel1 plasticity and tissue plasticity observed in the lateral zone of gills filaments during the processes of bacterial decolonization and recolonization. In order to do this, the individuals collected in their natural habitat were maintained at the laboratory in seawater filtered tanks, without food and reduced sulfur, to cause bacterial decolonization. When the gills seemed to be purged, the individuals were returned to their natural habitat in order to cause the bacterial recolonization of gills filaments. The analysis of the gills during these processes involves several techniques (histology, immunohistochemistry, molecular hybridization, flow cytometry, total protein assays, protein sulfur assays, X-ray fluorescence spectrometry).This study shows that symbiont acquisition can occur during the entire life of Codakia bivalves. It also allows a better understanding of gills filaments plasticity by highlighting apoptosis and cell proliferation during decolonization and recolonization processes.Theses processes are accompanied with of elemental sufur, relative size and genomic content of symbiontes.

http://www.theses.fr/2011AGUY0461/document

Résumé : Une étude des facteurs influençant la composition et la répartition spatiale des abondances algales dans les communautés récifales des Antilles françaises et plus spécifiquement de Guadeloupe a été réalisée. Le rôle joué par les oursins diadème est plus particulièrement étudié. Les principaux compartiments des communautés récifales et les facteurs d'influence susceptibles de jouer un rôle dans la régulation du compartiment algal ont été dimensionnés sur 22 stations des Antilles françaises. Pour cela plusieurs indicateurs ont été testés. Après une description de chaque compartiment biotique (algues, herbivores, prédateurs), une recherche des facteurs influençant les caractéristiques du compartiment algal a été menée à trois échelles spatiales, à l'aide d'analyses statistiques non paramétriques, notamment des analyses canoniques des redondances et des correspondances. Puis, une recherche des facteurs influençant la répartition des oursins diadème a été également menée. Si les deux guildes d'herbivores étudiées (poissons et oursins diadème) ont un impact significatif sur l'abondance de gazon algal, seuls les poissons herbivores ont la capacité d'exercer cette influence à l'échelle des récifs de Guadeloupe et cette influence ne s'étend pas aux autres catégories algales. Notamment les phéophycées. A l'échelle de l'ensemble des îles étudiées, les analyses effectuées n'ont pas permis de mettre en évidence l'influence des herbivores sur la régulation des abondances algales. Les oursins diadèmes sont en faible densité dans les iles antillaises étudiées. Plusieurs facteurs susceptibles de participer à leur répartition en taille et en abondance sont identifiés.
A study of factors influencing the composition and spatial distribution of algal abundance in the French Caribbean reef communities and more specifically in Guadeloupe was conducted. The role of diadema sea urchins was particularly studied. For that, 22 stations in the French Antilles were selected and several indicators tested. After a description of each biotic compartment (algae, herbivore, predators), a search for factors influencing the characteristics of the algal compartment was conducted at three spatial scale, using non-parametric statistical analyses, including canonical correspondence analyses (cca) and redundancy analyses (rda). Then a search for the factors influencing the distribution of diadema sea urchins was also conducted. If the two guilds of herbivores (diadema sea urchin and fish) have a significant impact on the abundance of algal turf, only herbivorous fish was found to have an influence in the reefs of Guadeloupe and that influence was not observed on other algal groups, including phaeophyceae. At the scale of all the islands, the analyses did not enable to show the influence of herbivores in the regulation of algal abundance. The density of sea urchins was found to be low in the studied sites. Several factors likely to influence their distribution in size and their abundance were identified.

http://www.theses.fr/2012AGUY0522/document

Résumé : Ce travail de thèse est consacré à l'étude numérique de la forme instationnaire des équations de Navier--Stokes incompressibles en dimension trois d'espace. Ces équations sont étudiées dans leur formulation classique mais aussi dans leur formulation hydrostatique. Le schéma en temps est résolu à l'aide d'une méthode de projection, la méthode de projection incrémentale standard qui sert de référence à l'étude numérique des nouvelles méthodes proposées: la méthode de projection hydrostatique et la méthode de projection dynamique étendue. Ces méthodes sont combinées à la méthode de pénalisation de volume qui permet de tenir compte de la présence d'obstacles de forme quelconque dans le domaine de simulation en utilisant un maillage cartésien. Une nouvelle expression des équations de Navier--Stokes hydrostatiques issue de l'application de la méthode de pénalisation de volume est obtenue et étudiée. La discrétisation en espace s'effectue en utilisant la méthode des volumes finis sur une maillage décalé de type MAC. Un nouveau code de calcul baptisé VivAn'O a été conçu et validé durant ce travail. Il a permis l'étude numérique des différentes méthodes proposées et a également permis de réaliser des simulations dans la zone portuaire de Pointe-à-Pitre à partir de données bathymétriques réelles.
The present work is about the numerical study of the three dimensional form of the unstationnary Navier--Stokesequations. These equations are studied under their classical form but also under their hydrostatic one. Thetime--dependent problem is solved using a projection method called the standard incremental projection method which isused as the reference to the numerical study of the new projection methods we proposed : the hydrostatic projectionmethod and the extended dynamical projection method. These methods are combined with a volume penalization methodto take into account obstacles of any shape in the simulation domain using cartesian meshes. A new formulation of the hydrostatic Navier--Stokes equations is obtained from the use of the penalization method and studied. The space isdiscretized using the finite volume method on a staggered MAC mesh.A new computational fluid dynamic code nammed VivAn'O have been developped during this work. It had permitted thenumerical study of the proposed methods. It was also used to carry out simulations in the harbour area of Pointe--à--Pitre usine real bathvmetric data.

http://www.theses.fr/2013AGUY0631

Résumé : Dans les régions tropicales. Il existe une multitude de systèmes alternatifs avec une grande diversité de pratiques. Ces systèmes sont souvent basés sur une utilisation optimale des ressources animales et végétales locales présentes sur l'exploitation. L'objectif de ce travail est de mieux connaître certaines de ces ressources tropicales disponibles et pouvant potentiellement être intéressantes à utiliser en alimentation porcine dans le cadre de ces systèmes alternatifs de type polyculture - élevage. Les résultats montrent que la capacité d'Ingestion des feuilles de manioc et de patate douce est la même quel que soit la forme de présentation (feuilles fraîches ou en farine). La capacité d'ingestion des feuilles de madère est plus élevée lorsqu'elles sont distribuées en farine (95 vs.40SgIj), inversement, les feuilles fraîches d'érythrine sont mieux ingérées (246 vs. 488 g/j). Les résultats sur la valeur nutritionnelle des feuillages tropicaux montrent qu'ils ont une faible densité énergétique comprise entre 6.5 et 8.2 MJ/kg de MS. La détermination du profil en acides aminés des feuilles montrent que les acides aminés des feuilles de madère et de patate douce sont plus digestibles que ceux des feuilles d'érythrine et de manioc.Au final les teneurs en lysine digestible sont de 5,3 g/kg MS pour la patate et 6,3 g/kg MS pour le madère. En conclusion, l'ingestion, ainsi que la teneur énergétique et protéique des feuilles d'une feuille à l'autre varie en fonction de sa teneur en fibres mais également en fonction de leur concentration en tanins. En pratique, les feuilles de patate douce et de madère sont les plus intéressantes pour la réalisation de ration.
In the troples, there are a multitude of alternative systems with wide variety of practices. These systems are often based on an optimal use of local plantand animal on the farm. The objective of this work is to better understand some of these tropical resources avaibable and can potentially be interesting to use in pig feed in the context of these mixed farming system.The results show that the feed intake capacity of cassava and sweet potato leaves is the same whatever the processing form (fresh leaves or meal).The intake capacity of cocoyam leaves18 higher when distributed Into meal (95 vs.408g1d). In opposite the Erythrina fresh leaves are best Ingested (246 va, 488 g 1dl. Results on the nutrltlonal value of tropical foliage show they have low energy density between 6.5 and 8.2 MJ1kg DM. The determlnation of amino acid profile show that the amina acids of cocoyam and sweet potato leaves are more dlgestible than the erythrina and cassava leaves. Ultlmately digestible lysine contents were 5.3 g/kg DM for potato and 6.3 g / kg DM for the cocoyam. ln conclusion, ingestion, and energy and protein content of leaves from one sheet to another depends on its fiber content but aIso according to their tannin. In practice,the leaves of sweet potato and cocoyam are the most Interesting for the realization of diet

http://www.theses.fr/2011AGUY0398/document

Résumé : Avec un taux d’incidence cumulée de 56 cas pour 100 000 habitants, la Guadeloupe est la deuxième région de France la plus touchée par le VIH. La plupart des publications sur le VIH/Sida en Guadeloupe sont essentiellement descriptives, issues de rapports d’activité. La base hospitalière, alimentant la Base de données Hospitalière française sur l’infection à VIH, n’a été que très peu exploitée pour la recherche. L’objectif de ce travail est d’évaluer les aspects fondamentaux de la prise en charge de l’infection VIH. Ainsi le dépistage tardif, le retard à la prise en charge spécialisée, l’interruption du suivi, les infections opportunistes et les décès sont étudiés ainsi que leurs facteurs prédictifs.Dans ce travail articulé autour de six publications, nous avons mis en évidence les points suivants : tout d’abord, le diagnostic très tardif (CD4<200/mm3) concernait 40,12 % des adultes infectés par le VIH suivis en Guadeloupe. Comparé à la France métropolitaine, ce taux est encore très élevé et souligne l’importance de poursuivre les efforts de dépistage. Pour pouvoir bénéficier d’une prise en charge précoce, le patient doit être dirigé dans un centre de traitement de l’infection par le VIH sans tarder. Or, le retard dans cette prise en charge spécialisée touchait 36 % des patients. L’analyse des éléments associés à ce retard a permis d’en identifier les facteurs de risque.Pour optimiser les résultats thérapeutiques, les patients nécessitent un suivi régulier. Ainsi, le système de santé devrait avoir comme objectif, entre autres, la rétention des patients dans le circuit de soins. Or, plus de 22 % des patients de cette cohorte étaient perdus de vue et jamais revus. Les patients plus jeunes, ceux au stade B de la classification CDC et ceux non traités par TTARV étaient plus à risque d’interruption de suivi, dès la première année suivant le diagnostic de l’infection VIH.Bien que la proportion des patients suivis sous ARV soit proche de 100 %, il en existe toujours développant un Sida. La comparaison avec la Guyane et la France métropolitaine montre que les trois premières affections classantes en Guadeloupe étaient la candidose oesophagienne, le syndrome de cachexie liée au VIH et la pneumocystose. Il existait des différences notables avec la métropole, mais aussi avec la Guyane. Ce taux élevé de syndrome de cachexie liée au VIH pose question. Derrière ce diagnostic, pourraient se cacher d’autres maladies opportunistes non diagnostiquées, mais également des différences de codage. Le recul de la mortalité avec le temps a entraîné une modification qualitative des causes de décès. Celles rapportées dans la littérature étaient les mêmes que celles observées dans notre étude. Contrairement à la métropole où le cancer représentait la première cause de mortalité, en Guadeloupe, les infections liées au Sida constituaient la première cause de décès.Ce travail de thèse s’est donc efforcé de dégager, pour l’une des régions de France les plus affectées par le VIH, quelques grands indicateurs à partir de la Base Hospitalière FHDH. Cette base ne comportait pas toujours toutes les informations souhaitées, mais le nombre substantiel d’observations donnait une puissance importante aux variables étudiées. Ces résultats, bien que confirmant souvent les connaissances empiriques des cliniciens, aura pu aider à mieux appréhender l’épidémie du VIH en Guadeloupe.
With an accumulated incidence rate of 56 cases per 100 000 inhabitants, Guadeloupe is the second French region most affected by HIV. Most of the publications on HIV/AIDS were essentially descriptive, stemming from annual reports. The Guadeloupean Hospital Database on HIV was scarcely exploited for research. The objective of this work was to estimate the fundamental aspects of HIV/AIDS in Guadeloupe. So late presentation for care, delay between HIV diagnosis and first specialised consultation, follow-up interruption, incidence of depression, opportunistic infections and deaths were studied as well as their predictive factors. We were able to highlight the following points: first, the very late HIV diagnosis (CD4< 200 / mm3) concerned 40, 12 % of HIV- infected adults followed in Guadeloupe. 36 % of patients had delays between HIV diagnosis and first specialised consultation. However, more than 22 % of patients were permanently lost to follow-up and never seen again. The first three classifying affections were oesophageal candidiasis, HIV-wasting syndrome and pneumocystosis. The causes of deaths reported in the literature were similar to those observed in our study. AIDS-related infections were the first cause of deaths.This thesis work thus tried to generate, in one of the most HIV-affected French regions, some indicators from the French Hospital Database on HIV. This database often did not contain all the desired informations, but the important number of observations allowed to have high power for the studied variables. These results, although often confirming the clinicians' empirical knowledge, may help understand some aspects of the HIV epidemic in Guadeloupe.

http://www.theses.fr/2014AGUY0786/document

Résumé : Nos travaux ont permis d'étudier l'effet combiné de la maturation, du mûrissement et des périodes climatiques, sur le profil des composés bioactifs de la banane Musa Cavendish, issus des French West Indies (FWI). La teneur en polyphénols des bananes 400 Degrés Jour (dj) est restée inchangée, tandis que les bananes 600 et 900 dj ont présenté une augmentation significative de leurs teneurs en polyphénols pendant la maturation (pThe combined influence of maturation, ripening and climate periods on French West Indies (FWI) bananas, Musa Cavendish, bioactive compounds profile was studied. The polyphenol content of the 400 dd bananas remained unchanged, while the 600 and 900 dd bananas exhibited a significant polyphenol increase during ripening (p
http://www.theses.fr/2012AGUY0533

Résumé : Ce travail analyse le dancehall, dernière forme en date de la musique jamaïcaine, à travers les questions de violence et de sexualité. Cette musique rencontre des difficultés sur le plan local et international non seulement à cause des thématiques abordées mais aussi par la manière dont elles sont traitées. Ainsi, le traitement de la violence à travers le gun talk, ces textes faisant l’apologie des armes à feu, entraîne des critiques, on leur reproche d’être des incitations à la violence physique, psychologique, au désordre social et on juge leur influence négative. Par ailleurs, l’approche très explicite et très crue de la sexualité entraîne également des critiques du fait de la teneur misogyne et homophobe de certaines chansons.Par conséquent, cette étude du dancehall explique les raisons pour lesquelles le contexte particulier de la Jamaïque a conduit à ce genre de propos. Puis, elle démontre que les textes incriminés pour homophobie ou misogynie renferment une codification de la sexualité qui va au-delà de l’orientation sexuelle et de l’opposition hétérosexualité/homosexualité, pour ériger un modèle valorisant et valorisé en termes de pratiques sexuelles (le coït pénis/vagin). Pour répondre à ces questions, cette analyse s’appuie sur une série d’outils offrant une vision cohérente de cette musique : les travaux précédents sur le dancehall, les traductions d’un large éventail de chansons, l’utilisation de l’Internet qui permet de suivre les derniers déroulements de ce phénomène culturel en constante évolution et enfin les entretiens et les enquêtes menés sur le terrain.
Completely different to play a part in the social unrest that this country is facing. The second part of the thesis focuses on the issues of violence and sexuality in dancehall music. It shows how politics and religion have a strong influence on the population and offer some legitimacy to the lyrics which lead to the controversies surrounding dancehall music. On the one hand, religion is the cornerstone of this society (although Jamaicans have integrated some principles and do not pay much attention to others) and determines what should be endorsed or rejected. On the other hand, the politicians apply some sort of physical and psychological violence to maintain their leading position. In addition, these politicians rely on the contempt for homosexuality to create cohesion within a society that is deeply characterized by divisions and tensions of all kinds. In the Jamaican context that is deeply influenced by patriarchal values, the individuals of the lower social strata (especially males) who experience difficulties to obtain a valorizing social status can turn to violence and criminal activities, and will hang to heterosexuality and “moral” sexual practices as vehicles to restored self-esteem (this vision of sexuality is one of the only valorizing aspects of masculinity that any individual can rely on regardless of their social status). Consequently, these sexual archetypes are expressed through the lyrics of dancehall music and are promoted by the artists of dancehall, self-proclaimed spokesperson for the Jamaican population. The third part addresses the issue of the perception of dancehall music on the international level through the issue of sexuality and homosexuality. This part shows that even though the language used by the artists can be hardly understood, some lyrics leave the listeners with different way of interpreting the message, especially when it comes to threatening some people physically or psychologically on the ground of sexual orientations and practices. These songs which express strong criticism towards some individuals have triggered vehement reactions from sexual minority groups. Different campaigns on the international level have forced the artists to tone down their lyrics. These campaigns show how the music is also utilized by these gay groups to fight against discrimination. Because of or thanks to the media attention that Jamaican music enjoys, the homosexuals are able to expose to the public opinion the physical and psychological violence they are experiencing in Jamaica. In addition, the close geographic, cultural and economic relationship between Jamaica and the USA shows, on the one hand, how homosexuality is perceived on the island as an imposed foreign value and on the other hand, how this Caribbean country is labeled as a homophobic nation. And finally, the influence of Jamaica on the international level allows us to analyze dancehall music in the French Caribbean islands. This chapter shows how these local artists can use the Jamaican codes and adapt them to their own reality when they correspond with the values of their own society.

http://www.theses.fr/2013AGUY0728/document

Résumé : Les méthodes classiques d'analyse d'images satellites sont inadaptées au volume actuel du flux de données. L'automatisation de l'interprétation de ces images devient donc cruciale pour l'analyse et la gestion des phénomènes observables par satellite et évoluant dans le temps et l'espace. Ce travail vise à automatiser la cartographie dynamique de l'occupation du sol à partir d'images satellites, par des mécanismes expressifs, facilement interprétables en prenant en compte les aspects structurels de l'information géographique. Il s'inscrit dans le cadre de l'analyse d'images basée objet. Ainsi, un paramétrage supervisé d'un algorithme de segmentation d'images est proposé. Dans un deuxième temps, une méthode de classification supervisée d'objets géographiques est présentée combinant apprentissage automatique par programmation logique inductive et classement par l'approche multi-class rule set intersection. Ces approches sont appliquées à la cartographie de la bande côtière Guyanaise. Les résultats démontrent la faisabilité du paramétrage de la segmentation, mais également sa variabilité en fonction des classes de la carte de référence et des données d'entrée. Les résultats de la classification supervisée montrent qu'il est possible d'induire des règles de classification expressives, véhiculant des informations cohérentes et structurelles dans un contexte applicatif donnée et conduisant à des valeurs satisfaisantes de précision et de KAPPA (respectivement 84,6% et 0,7). Ce travail de thèse contribue ainsi à l'automatisation de la cartographie dynamique à partir d'images de télédétection et propose des perspectives originales et prometteuses.
Classical methods for satellite image analysis are inadequate for the current bulky data flow. Thus, automate the interpretation of such images becomes crucial for the analysis and management of phenomena changing in time and space, observable by satellite. Thus, this work aims at automating land cover cartography from satellite images, by expressive and easily interpretable mechanism, and by explicitly taking into account structural aspects of geographic information. It is part of the object-based image analysis framework, and assumes that it is possible to extract useful contextual knowledge from maps. Thus, a supervised parameterization methods of a segmentation algorithm is proposed. Secondly, a supervised classification of geographical objects is presented. It combines machine learning by inductive logic programming and the multi-class rule set intersection approach. These approaches are applied to the French Guiana coastline cartography. The results demonstrate the feasibility of the segmentation parameterization, but also its variability as a function of the reference map classes and of the input data. Yet, methodological developments allow to consider an operational implementation of such an approach. The results of the object supervised classification show that it is possible to induce expressive classification rules that convey consistent and structural information in a given application context and lead to reliable predictions, with overall accuracy and Kappa values equal to, respectively, 84,6% and 0,7. In conclusion, this work contributes to the automation of the dynamic cartography from remotely sensed images and proposes original and promising perpectives

http://www.theses.fr/2013AGUY0671/document

Résumé : Qu’est ce qui explique la faiblesse d’un Etat qui s’est engagé depuis plus de vingt ans à rompre avec les pratiques de l’autoritarisme et du néo-patrimonialisme ? Pourquoi les promesses d’une démocratisation réussie, malgré le soutien massif des acteurs de la « société internationale » ont paradoxalement débouché sur la déstabilisation de l’Etat dans un contexte de crises récurrentes ? Ce sont les interrogations principales qui orientent cette recherche qui se donne pour ambition d’étudier les processus par lesquels les élites et les masses haïtiennes s’approprient la démocratie. De ce point de vue, la démocratisation s’analyse comme une ressource politique et institutionnelle revendiquée par ces dernières comme élément probant de leur adhésion à la grammaire démocratique. Dès lors, il s’agit de scruter les routes sinueuses et chaotiques empruntées par la démocratisation en Haïti, en interrogeant les diverses séquences marquantes de l’histoire politique haïtienne. L’accent est mis sur l’importation des technologies institutionnelles d’origine occidentale, notamment durant la période ouverte en 1994 avec la réinstallation de Jean-Bertrand Aristide dans ses fonctions de président et celle qui commence en 2004 avec son départ forcé du pouvoir. Ces deux séquences historiques, sous-tendues par des plans de reconstruction de l’Etat, sont marquées par la mobilisation de ressources diverses, en vue de jeter les bases d’une nouvelle gouvernance politique et économique. Elles circonscrivent également un champ de représentations conflictuelles, caractérisé par la compétition entre les Etats occidentaux et la lutte pour la répartition des enjeux de puissance entre les organisations internationales et les élites locales. L’analyse du processus de démocratisation conduit à des observations paradoxales : l’exacerbation de la violence, l’actualisation de l’autoritarisme, la multiplication des situations déviantes découlant des stratégies des acteurs locaux. Ces derniers tentent d’échapper aux contraintes imposées par des acteurs externes qui interviennent afin de sanctionner, d’arbitrer et d’imposer des décisions aux factions en luttes pour le pouvoir. Ainsi, la démocratisation passe par des crises d’adaptation, des phases contradictoires de recomposition, d’hybridation des institutions importées et parfois de contournement des normes et procédures. Entre les acteurs internes et externes s’établit et s’organise une dynamique interactive qui influence l’Etat dont la configuration finale est loin de correspondre aux objectifs affichés à travers les réformes engagées. Afin de mieux mettre en évidence les traits distinctifs de cet Etat forgé dans l’incertitude et l’imprécision, la thèse propose de restituer les dynamiques et l’historicité propres à la société haïtienne, en privilégiant l’hypothèse de la réinvention de l’Etat. Paradoxalement, l’État peut être le produit de processus de violence et la part chaotique que comporte la situation en Haïti peut recéler les prémices de sa construction.
What does explain the weakness of a State which has committed more than 20 years to break with the practices of authoritarianism and neo-patrimonialism? Why the promises of a successful democratization, despite the massive support of the actors of the “international society” paradoxically led to the destabilization of the State in the context of recurrent crises? These are the key questions guiding this research, whose ambition is to study the processes by which elites and the Haitian masses appropriate democracy. From this point of view, democratization is analyzed as a political and institutional resource claimed by them as convincing evidence of their adherence to democratic grammar. Therefore, it is scrutinizing the winding roads and chaotic way borrowed by democratization in Haiti, by querying various striking sequences of Haitian political history. Emphasis is placed on the importation of institutional technologies of Western origin, particularly during the period opened in 1994 with the resettlement of Jean-Bertrand Aristide in his duties as president and on the period which starts in 2004 with his forced departure from power. These two historical sequences, underpinned by plans for the reconstruction of the State, are marked by the mobilization of various resources, with a view to laying the foundations for new political and economic governance. They also define a field of conflicting representations, characterized by competition between Western States and the struggle for the distribution of power between the international organizations and local elites issues.The analysis of the process of democratization leads to paradoxical representations: the exacerbation of violence, the updating of authoritarianism, the multiplication of deviant situations arising from the strategies of local actors. The latter are trying to escape from the constraints imposed by external actors involved in order to punish, to arbitrate and to impose decisions on the factions struggling for power. Thus, democratization goes hand in hand with crises of adaptation, contradictory phases of re-composition, hybridization of the imported institutions and, sometimes with circumvention of the standards and procedures. Between internal and external actors are settled and organized interactive dynamics that influence the State of which the final configuration is far short of the objectives set out through the aimed reforms. In order to better highlight the distinguishing features of this State forged in uncertainty and vagueness, the thesis proposes to analyze the dynamics and historicity of Haitian society, privileging, the hypothesis of the reinvention of the State. Paradoxically, the State may be the product of process of violence and the chaotic part that includes the situation in Haiti can conceal the beginning of its construction.

http://www.theses.fr/2014AGUY0849/document

Résumé : A travers diverses sources et particulièrement des sources orales recueillies auprès d’anciens militants communistes simples adhérents ou responsables et d’articles de la presse communiste martiniquaise, cette thèse cherche à éclairer sur la ferveur militante d’hommes et de femmes de la Martinique, d’une famille politique essentielle dans le courant du XXe siècle.Cette étude parcourt une longue période s’étendant principalement de 1920 à 1971, montrant les débuts balbutiants du communisme à la Martinique, son ascension, sa période florissante et les débuts de son lent déclin. La problématique est d’abord de faire découvrir des Martiniquais dans leur vécu de militant communiste, montrer comment ces hommes et ces femmes s’approprièrent une doctrine, la transformèrent peut-être pour l’adapter à leurs besoins, à leur culture. Il s’agit également d’examiner quelle structure communiste fut mise en place en Martinique, cette organisation était-elle à l’image des fédérations métropolitaines ou était-ce une formation politique spécifique au milieu martiniquais?Ensuite pour mieux appréhender les choix et les parcours, il a fallu arriver à l’identification des modèles, des origines de ce militantisme et la formation des militants. Les référents furent tant des figures propres au marxisme et au socialisme international et national que des personnalités contestataires du milieu politique martiniquais.Puis proposer une lecture des pratiques et des stratégies militantes pour évaluer la qualité et la particularité de cette militance ainsi que les conséquences de l’engagement de ces militants dans différentes sphères. Quelles étaient leurs propositions, pourquoi leurs revendications politiques différaient-elles de celles des autres communistes coloniaux ? Comment expliquer leurs choix d’une nouvelle société plus égalitaire dans un État socialiste mais toujours associé à la France ?Ce travail de recherches positionne cette militance au centre d’une analyse qui explore l’histoire politique et sociale d’une population, en s’appuyant sur d’autres disciplines comme la sociobiographie et les sciences politiques. Il examine le façonnement d’une société par un groupe politique prégnant entre 1920 et 1971, ainsi que les réponses de ce groupe face à différents problèmes politiques et sociaux en privilégiant une approche par les acteurs.
Through various sources, particularly oral sources collected from ancient communists, ordinary members or officials, and articles of martinican Communist press, this thesis shows about the militant fervor of martinican men and women and essential political family in the course of the twentieth century. This study covers a long period extending mainly from 1920 to 1971 showing the early stuttering of communism in Martinique, his ascension, his prosperous period and the beginning of his slow decline. The issue is first to make discover Martinicans in their experience of communist militant, present how these men and women appropriated a doctrine, transformed it perhaps to suit at their needs, at their culture. It is also to consider what communist structure was put in place in Martinique; this organization was it like the metropolitan federations or was it a specific political party? Then to better understand the choices and paths, it’s necessary arrive at identifying mentors, origins of this activism and training of militants. Referents were as figures specific to Marxism and international and national socialism as figures as specific martinican politics. Then offer a reading of practices and activist strategies for assessing the quality and uniqueness of this militancy and the consequences of the commitment of these activists in different spheres. What were their political choices, why their political demands did they differ from others colonial Communists? How to explain their choice of a new society more egalitarian in a socialist state, but always associated with France? This research study positions that militancy in the center of an analysis that explores the political and social history of a population, based on other disciplines such as socio-biography and political-sciences. It examines the shaping of a people by a political significant group between 1920 and 1971, and the proposals of this group face different political and social problems in promoting an approach by the actors.

http://www.theses.fr/2014AGUY0800