Éditeur(s) : HAL CCSD Nakanishi Printing Co
Résumé : International audience
In Vibrio cholerae, the etiological agent of cholera, most of the virulence genes are located in two pathogenicity islands, named TCP (Toxin-Co-regulated Pilus) and CTX (Cholera ToXins). For each V. cholerae pathogenicity gene, we retrieved every primer published since 1990 and every known allele in order to perform a complete in silico survey and assess the quality of the PCR primers used for amplification of these genes. Primers with a melting temperature in the range 55-60 degrees C against any target sequence were considered valid. Our survey clearly revealed that two thirds of the published primers are not able to properly detect every genetic variant of the target genes. Moreover, the quality of primers did not improve with time. Their lifetime, i.e. the number of times they were cited in the literature, is also not a factor allowing the selection of valid primers. We were able to improve some primers or design new primers for the few cases where no valid primer was found. In conclusion, many published primers should be avoided or improved for use in molecular detection tests, in order to improve and perfect specificity and coverage. This study suggests that bioinformatic analyses are important to validate the choice of primers.
ISSN: 1342-6311

hal-01546178
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01546178
DOI : 10.1264/jsme2.ME11317

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
Relying on the Yosida approximate, we investigate the problem of finding zeroes for a difference of two maximal monotone operators in Hilbert spaces. These zeroes are compared to those of the corresponding regularized and dual problems. The behavior of the regularized operator is also studied and a splitting algorithm involving the resolvents of both operators is suggested via a fixed-point formulation of the regularized problem. A particular attention is given to the DC programming case.
ISSN: 0096-3003

hal-00779986
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00779986
DOI : 10.1016/j.amc.2008.01.024

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
In this work we perform a statistical analysis of global solar radiation measured at two sites, Petit Canal and Pointe a Pitre, 38 km distant from, Guadeloupe, French West Indies. We have established a correlation model based on the coefficient of variation assuming a time scale separation. The coefficient of variation is calculated on 10 min interval with data measured at 1 Hz. This analysis highlights the dynamic correlation that can occur between measurements from two different sites with a time step of 1 s. From these results, knowing the coefficient of variation on a site, we have established a new correlation model on this parameter for another site. A diagram linking the standard deviation for the studied sites, for a given coefficient of variation is proposed for correlated and non-correlated cases. Moreover this analysis evidences the existence of a threshold time under which there is no significant correlation. The methodology and the model can be applied to any other sites to establish diagrams of the coefficient of variation.This model can be useful in choosing new sites of PV production in establishing correlation from on site to another
ISSN: 0960-1481

hal-01528078
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01528078
DOI : 10.1016/j.renene.2015.10.049

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :  
The spatial genetic differentiation among European beech stands in western Germany was analysed by a new method. The genetic structure at 8 enzyme gene loci of 100 sampled populations was used as data base. The data represent authors' own results and published data from 8 different studies. For 10 geographic distance classes [h] from 0 to 500 km, the average genetic distance between the populations for each single gene locus, a gene-pool distance and the semivariances of genetic diversity gam were computed. Significant deviation from random spatial genetic structure was tested by permutation analysis. In many cases (Lap-B, Mdh-B, Mdh-C and 6Pgdh-C) the mean genetic distance between stands with spatial distance up to 200 km was significantly smaller and the genetic distance between stands with geographic distances of 200 and 400 km was significantly greater than expected for random spatial genetic structure. Similar tendencies were found for the gene-pool distance and the semivariances of diversity. Kriging, as a method for spatial interpolation, was used to draw synthetic maps of the spatial patterns of allelic frequencies and genetic diversity. The influence of postglacial recolonisation and regeneration with foreign seed material on the spatial genetic patterns are discussed
Forest genetics

hal-01032093
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032093

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
Tropical plants frequently live in association with ants that protect their foliage from defoliators. Among them, myrmecophytes have evolved mutualisms with a limited number of plant-ants that they shelter and feed, and, in return, benefit from some protection. Hirtella physophora (Chrysobalanaceae), for example, houses Allomerus decemarticulatus (Myrmicinae) that build gallery-shaped traps to catch large prey. In French Guiana, we frequently observed the assassin bug Zelus annulosus (Reduviidae, Harpactorinae) on the leaves of H. physophora. Here, we studied the distribution of Zelus annulosus among understory plants in the Guianese rainforest and found it only on pubescent plants, including H. Physophora, whether or not it was sheltering an A. decemarticulatus colony, but only rarely on other myrmecophytes. The relationship between Z. annulosus and its host plants is, then, also mutualistic, as the plant trichomes act as an enemy-free space protecting the nymphs from large predatory ants, while the nymphs protect their host-plants from herbivorous insects. Through their relationship with A. decemarticulatus colonies, Z. annulosus individuals are protected from army ants, while furnishing nothing in return. In those cases where H. physophora sheltered both an A. decemarticulatus colony and Z. annulosus nymphs, certain plant individuals repeatedly sheltered nymphs, indicating that female bugs may select not only pubescent plants but also particular H. physophora treelets having characteristics more favourable to the development of their progeny.
PLoS ONE

hal-00911249
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00911249
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00911249/document
DOI : 10.1371/journal.pone.0013110
OATAO : 10144

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
BACKGROUND AND AIMS: Infection by hepatitis C virus is a worldwide health problem. An inadequate Th2 cytokine response promotes the fibrosis-cirrhosis fate. Immune-modulating molecules favoring a Th2 profile, such as HLA-G molecules of the HLA class Ib family, may play a role in chronic hepatitis. HLA-G contributes to the escape of tumors, and their involvement in viral infections has been increasingly described. The aim of this work was to study the expression of HLA-G in the liver, its cellular source and its regulation in cases of chronic C hepatitis. METHODS: HLA-G cells in blocks of liver derived from patients infected with HCV were labeled by immunohistochemistry and enumerated. Double immunofluorescence allowed the identification of the cellular source. HLA-G secretion by a human mast cell line was quantified by ELISA after various stimulations. After treatment with IFN-α real-time PCR was performed to determine the kinetics of cytokine expression profiles, followed by heat map clustering analysis. RESULTS: The number of HLA-G + cells was significantly associated with the area of fibrosis. For the first time, we identify the HLA-G+ cells as being mast cells. HLA-G secretion was significantly induced in human mast cells stimulated by IL-10 or interferons of class I. The transcriptome of the secretome of this cell line stimulated by IFN-α revealed that i) the HLA-G gene is upregulated late, ii) T lymphocytes and NK cells are recruited. CONCLUSIONS: These findings suggest an autocrine loop in the genesis of HCV liver fibrosis, based on mast cells expressing HLA-G.
ISSN: 0168-8278

hal-00874106
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00874106
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00874106/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00874106/file/Amiot-Expression-HLA-G-revised.pdf
DOI : 10.1016/j.jhep.2013.09.006

Éditeur(s) : HAL CCSD American Geophysical Union
Résumé : International audience
Estimations of zenith total delays (ZTD) were obtained during postprocessing of a high-resolution (2.4 km) nonhydrostatic atmospheric model (Méso-NH). These estimations were used to determine their sensitivity with respect to formulations of atmospheric refractivity, the approximation of zenith hydrostatic delays (ZHD) deduced from ground pressure, and the contributions of hydrometeors. The factor k for the conversion of zenith wet delay (ZWD) to integrated water vapor (IWV) was examined. Méso-NH is applied here to the extreme flash flood event of 8–9 September 2002 in southeastern France. The use of the hydrostatic formulation (to infer ZHD) leads to an overestimation of up to 18 mm with respect to the vertical integration of refractivity. Delay contributions of hydrometeors simulated by the high-resolution model reached more than 70 mm (%11 kg/m 2 IWV) in the heart of the convective cells in the case of the extreme flood event. The mean variations of IWV due to the use of different conversion factors (k used to transform ZWD to IWV) are evaluated to be less than 0.3 kg/m 2. This is less than the mean underestimation of IWV by 0.6 kg/m 2 relative to the GPS-like evaluation of IWV using the hydrostatic formulation and the ground temperature. In this study we also use GPS ZTD observations to validate three different numerical simulations of this extreme flood event. The simulation with the best fit to the GPS observations is also in best agreement with the surface rainfall measurements.
ISSN: 2169-897X

hal-01417608
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01417608
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01417608/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01417608/file/Brenot_JGR_2006.pdf
DOI : 10.1029/2004JD005726

Éditeur(s) : HAL CCSD Geological Society
Résumé : Extensional basins often evolve both with the generation of normal faults at all scales, and with tilting in the hanging walls and footwalls of major structures. This paper examines the effect of regional tilting on the development of normal fault arrays in an anisotropic sequence, using the asymmetric Lodève Basin, France, as a case study. The orientation range of normal faults is found not to match that expected by continued symmetric generation of conjugate normal faults during tilting. Instead, continued generation of new faults preferentially occurred for faults dipping opposite to the direction of tilt, with propagation perpendicular to bedding. The presence of early bedding-perpendicular joints in the competent sandstone units aided propagation of these faults during tilting and this preferential asymmetric development. Bedding-parallel slip surfaces were activated as normal faults during the later stages of bedding tilting, showing complex interaction patterns with later faults downthrowing in the direction opposite to bedding tilting. Hence knowledge of the timing between tilting of the strata and deformation helps in evaluating the likely complexity of fault arrays at subseismic scales in extensional basins, and may also help in understanding the evolution of fault systems in tilted normal fault blocks at the reservoir scale.
ISSN: 0016-7649

hal-00404753
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00404753
DOI : 10.1144/0016-76492006-047

Résumé : La nécessité d'une approche intégrée des pêches est actuellement largement affirmée, notamment par la FAO, en particulier dans le contexte des pêcheries artisanales tropicales. Ces pêcheries à petites échelles, souvent multi-spécifiques sont très importantes en termes d'emploi et de production, y compris pour la sécurité alimentaire. Néanmoins ces pêcheries et la biodiversité exploitées sont souvent marquées, d'une part, par le manque de données rendant difficile leur gestion dans le cadre d'une approche écosystémique, d'autre part, par la complexité des systèmes écologiques et économiques sous-jacents incluant interactions trophiques et techniques.Cette thèse contribue à la mise au point d'outils bioéconomiques adaptés aux petites pêcheries tropicales dans la perspective d'une gestion durable des pêches fondée sur l'approche écosystémique. Dans cette perspective, la pêcherie côtière en Guyane Française constitue un cas d'étude particulièrement fécond. La thèse propose ainsi des évaluations multi-critères, des modèles bioéconomiques complexes et des scénarios de gestion viable pour cette pêcherie.Dans un premier temps l'analyse statistique multi-variée suggère un statut global satisfaisant de la pêcherie en termes de durabilité. Cependant des différences de performance sont notées au sein de la pêcherie, notamment au niveau des zones frontalières. Aussi des améliorations dans le mode de gestion sont proposées. Ensuite, à travers la modélisation bioéconomique, les projections des différents scénarios de pêche montrent qu'à long terme le niveau d'exploitation actuel peut ne pas être en adéquation avec la future augmentation de la demande locale et qu'une perte de biodiversité peut avoir lieu. Un scénario dit de « co-viabilité » conciliant des objectifs à la fois écologique, économique et social, avec une probabilité de réalisation satisfaisante, est mis en exergue. Enfin, la comparaison des comportements optimaux en situation coopératif et non coopératif, montre dans quelle mesure la viabilité est favorisée quand les acteurs coopèrent. Au-delà du diagnostic apporté pour le cas d'étude, la méthode utilisée s'avère prometteuse dans le contexte des petites pêcheries tropicales, tandis que l'approche de « co-viabilité » permet de trouver les modalités d'exploitation dans le cadre de compromis entre durabilité écologique et socio-économique, ce que les principes de gestion halieutiques traditionnels ne permettent généralement pas.
The need for an integrated approach to fisheries is now widely affirmed, including the FAO, in particular in the context of tropical artisanal fisheries. These small-scale fisheries, often multispecies are very important in terms of production, employment and food security. However these fisheries and the exploited resources are often characterized by a lack of data making difficult their management within an ecosystem approach, and by the ecological and economic system complexities including trophic and technological interactions.This thesis aims to contribute to the development of bioeconomic tools for small tropical fisheries in a sustainable management perspective based on the ecosystem approach. In this perspective, the French Guiana coastal fishery constitutes an interesting case study. The thesis proposes multi-criteria evaluations, complex bioeconomic models and viable management scenarios for this fishery. At first, multivariate statistical analysis suggests a satisfactory overall status of the fishery in terms of sustainability. However, some performance differences are noted within the fishery, particularly at border areas. Also, management improvements are proposed. Then, through bioeconomic modeling, projections of different fishing scenarios show that, in the long term, the current exploitation level may not be consistent with the future increase of local demand and a loss of biodiversity may occur. A scenario called "co-viability" reconciling ecological, economic and social objectives, with a high probability of achievement is exhibited. Finally, the comparison of optimal behavior in cooperative and non-cooperative conditions, confirms that harvest levels are greater when actors do not cooperate. Furthermore, it is shown that the state of the ecosystem depends on the fishing strategies and the type of interaction between species. Beyond the diagnosis made for the case study, the method is promising in the context of small tropical fisheries, while the co-viability approach allows finding the exploitation conditions under which ecological and socio-economic sustainability are meet, what the conventional fisheries management generally do not allow.

http://www.theses.fr/2013AGUY0620/document

Résumé : Favorisées par les gouvernants en quête d’un nouveau modèle post-industriel, les économies basées sur la connaissance vont devenir en quelques décennies le référentiel à atteindre pour le développement de territoires soumis aux pressions de la globalisation.Longtemps considérés comme des éléments indispensables à la production et à la transmission du savoir, les établissements d’enseignement supérieur et de recherche, comme les universités, ont été de plus en plus intégrés dans les analyses sur le développement territorial à mesure que s’imposait le paradigme américain de la valorisation des activités de la recherche publique. Cette nouvelle mission imposée aux établissements de recherche, suppose qu’ils sont des facteurs d’un développement localisé. Mais le rôle qui leur est assigné est-il justifié ? À travers l’impact singulier de la recherche publique, on peut analyser la place de ces établissements sur leur territoire d’accueil. Apres avoir fait un état de l’art en matière d’analyse d’impact nous utilisons le cadre méthodologique de l’étude d’un cas illustrant cette problématique. L’agglomération de Brest mise sur la forte concentration d’établissements de recherche à vocation maritime pour développer le cluster local. Bien que non généralisable, ce cas éclaire les recherches dans ce domaine. Au-delà, la thèse apporte une autre vision sur les réformes de type top down des systèmes d’enseignement supérieur et de recherche considérant le savoir comme n’importe quel bien économique. Or la connaissance n’est pas un bien comme les autres. Et c’est cette singularité qui explique les difficultés d’analyse dans le champ de l’économie de la connaissance.
Promoted by governments seeking for a new post-industrial model, the knowledge-based economies will become in a few decades the repository to reach for the development of territories subject to the pressures of globalization. Regarded as essential to the production and transmission of knowledge, higher education and research institutions, such as universities, have been increasingly integrated into the analysis of territorial development while was emerging the american paradigm for valorisation of public research activities. This new mission imposed on research institutions, assume they are factors of localized development. Is this assigned role justified? Through the singular impact of public research, we can analyze the role of these institutions on their home territory. After a state of the art on the impact assessments, we developed a methodological framework for case study illustrating this problem. In the agglomeration of Brest, there is a high concentration of research institutions with maritime vocation on which rely the local cluster. Although not generalizable, this case enlightens the research in this domain. In addition, the thesis sheds new light on the top-down reforms of higher education and research systems considering knowledge as any economic good. But knowledge is not a commodity like others. And that would explain the difficulties of analysis in the field of the knowledge economy.

http://www.theses.fr/2014AGUY0807/document

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
Since the Shea, J.B. and Morgan (1979) study, investigators have repeatedly shown that the learning of a set of movement patterns (as evaluated in a retention test) is enhanced when acquisition occurred under a random rather than a blocked schedule of practice. Supposedly, this is the case because a random schedule of practice necessitates more elaborate cognitive activities than a blocked schedule before each acquisition trial can be initiated. Our main objective was to determine whether the advantage for learning found for random practice increases as a function of the number of acquisition trials. During acquisition, the results indicated a general tendency for smaller movement reproduction errors under a blocked rather than a random schedule of practice. However, this effect disappeared with larger amount of acquisition trials. In retention, larger errors were observed when acquisition occurred under a blocked rather than a random schedule of practice. Finally, the disadvantage for learning observed for the blocked schedule of practice disappeared under a block-repeated condition in which each movement pattern was first practiced under a blocked schedule which was then repeated a second time. The results are discussed in terms of the so-called contextual interference effect and indicates some of its limitations.
ISSN: 0001-6918

hal-01662846
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01662846
DOI : 10.1080/00222895.1994.9941657
PUBMED : 8165923

Résumé : Cette thèse est consacrée à la résolution d'un problème fondamental de l'analyse variationnelle qu'est la recherchede zéros d'opérateurs maximaux monotones dans un espace de Hilbert. Nous nous sommes tout d'abord intéressés au cas de l'opérateur somme étendue de deux opérateurs maximaux monotones; la recherche d'un zéro de cet opérateur est un problème dont la bibliographie est peu fournie: nous proposons une version modifiée de l'algorithme d'éclatement forward-backward utilisant à chaque itération, l'epsilon-élargissement d'un opérateur maximal monotone,afin de construire une solution. Nous avons ensuite étudié la convergence d'un nouvel algorithme de faisceaux pour construire ID zéro d'un opérateur maximal monotone quelconque en dimension finie. Cet algorithme fait intervenir une double approximation polyédrale de l'epsilon-élargissement de l'opérateur considéré
This thesis is devoted to solving a basic problem of variational analysis which is the search of zeros of maximal monotone operators in a Hilbert space. First of aIl, we concentrate on the case of the extended som of two maximal monotone operators; the search of a zero of this operator is a problem for which the bibliography is not abondant: we purpose a modified version of the forward-backward splitting algorithm using at each iteration, the epsilon-enlargement of a maximal monotone operator, in order to construet a solution. Secondly, we study the convergence of a new bondie algorithm to construet a zero of an arbitrary maximal monotone operator in a finite dimensional space. In this algorithm, intervenes a double polyhedral approximation of the epsilon-enlargement of the considered operator

http://www.theses.fr/2012AGUY0548/document

Résumé : Cette thèse à pour objet l'étude théorique et numérique de solutions dans les équations aux dérivées partielles non linéaires de la physique, en particulier en dynamique des fluides. La présence de discontinuités dans les solutions de ces équations complique la compréhension mathématique des phénomènes mis enjeu et leur traitement numérique, notamment en vue de simulations informatiques . Nous étudions ces équations par une méthode de régularisation dans un espace fonctionnel approprié. Lorsque des schémas numériques construits par des méthodes différentes conduisent à des résultats identiques, ceci jusque dans leurs moindres détails, il semble alors naturel de s'interroger dans quelle mesure ces suites de solutions numériques constituent une approximation d'une solution des équations étudiées. Nous construisons des suites de solutions approchées à partir d'un schéma numérique original,stable et suffisamment simple pour démontrer que ses suites constituent une méthode asymptotique de Maslov au sens des distributions en dimension trois d'espèce. La technique de régularisation employée consiste à étendre les variables réelles du problème ne des variables complexes, ce qui nous permet de construire des familles de solutions particulières que l'on ramène au cas réel en faisant tendre un petit paramètre vers O. Les solutions physiques recherchées apparaissent alors comme valeurs au bord de fonction holomorphes. Nous illustrons les résultats obtenus par des applications en cosmologie dans les cadres Newtoniens et relativistes pour des systèmes sans pression, puis avec pression et auto-gravitation, ainsi que pour le système des gaz parfaits.
This thesis is devoted to the theoretical and numerical study of singular solutions appearing in nonlinear partial differential complicates the mathematical understanding of the phenomena under concem as well as their numerical treatment, in particular in view of computation. These equations are studied by a regularization method in an appropriate functional space. When completely different numerical methods give the same results up to the smallest details one can reasonably expect that these numerical results suggest the existence of a mathematical solution of theses equations. We construct sequences of approximate solutions from an original numerical scheme, which is stable and simple enough to prove that these sequences constitute a Maslov asymptotic method in three space dimension. The regularization technique in use consits in extending the real variables of the problem into complex ones, which perrnits to construct families of particular equations that we bring back to the real case by letting a small paramater tend to zero. The expected physical solutions appear as boundary values of holomorphie functions . Illustrations are given by applications to cosmology in the Newtorian and re1ativistic settings for pressure1ess fluid dynamics, then in presence of self-gravitation and pressure as weil as for the systemof ideal gases

http://www.theses.fr/2011AGUY0478/document

Résumé : Les biofilms électroactifs (EA) sont des consortia bactériens mono ou pluri-espèces, qui ont la faculté d’échanger des électrons provenant de leur métabolisme avec les surfaces solides conductrices des électrodes. Cette découverte est à l’origine d’un nouveau dispositif énergétique : la pile à combustible microbienne (PACM). Depuis les années 2000, la littérature scientifique sur les biofilms EA et sur les PACM explose, notamment grâce à la découverte de bactéries capables de transférer par voie directe – par des pili ou protéines transmembranaires – des électrons vers les électrodes. Plusieurs sources de bactéries EA ont été à ce jour découvertes, allant de cultures pures à des communautés bactériennes plus complexes. Ces dernières sont issues de milieux aqueux naturels (milieux marins ou d’eau douce), industriels ou urbains (effluents d’industrie, eaux usées domestiques). La plupart de ces sources bactériennes proviennent d’environnements de climat tempéré. Dans ce travail de thèse, plusieurs sols de milieux humides de la Guyane ont été identifiés comme étant de sources de bactéries EA. Les expériences menées sous potentiel d’électrode imposé et constant ont permis d’étudier l’adhésion à la surface d’électrode des biofilms EA issus de la flore endogène des milieux sélectionnés. La formation de bioanodes et de biocathodes a été possible en présence respectivement d’acétate et d’oxygène dans les milieux. Une étude par voltammétrie cyclique a mis en évidence les pics d’oxydo-réduction en lien avec les échanges électroniques du biofilm EA et de l’électrode. En optimisant la procédure de formation des biofilms EA par chronoampérométrie (surface d’électrode plus importante, apport en continu et progressif du substrat), une densité de courant maximale de 12 A/m2 et un rendement faradique de 24 % ont été obtenus. Une autre méthode pour former des biofilms EA à partir d’un milieu choisi, la mangrove, a consisté à utiliser deux prototypes de PACM : une pile à compartiment unique et à cathode à air, et une pile benthique. Dans les deux cas, les biofilms EA ont pu être formés et étudiés, complétant certaines observations faites sous potentiel imposé. La PACM benthique s’est avérée être la plus proche d’une application à grande échelle puisqu’elle a été complètement autonome : anode et cathode utilisant uniquement le milieu pour fonctionner. Elle a pu être étudiée en laboratoire comme sur le terrain.
Electroactive biofilms (EA) are mono or multi-species bacterial consortia, which have the ability to exchange electrons from their metabolism with solid surfaces of conductive electrodes. This discovery is the basis for a device of energy production: microbial fuel cell (MFC). Since the 2000s, the scientific literature on EA biofilms and MFC explodes, thanks to the discovery of bacteria that are able to transfer directly – by pili or trans-membrane proteins – electrons to electrodes. Several sources of EA bacteria were discovered to date, ranging from pure cultures to more complex bacterial communities. Those last are from natural (marine and freshwater), industrial or urban (industrial effluents, domestic wastewater) aqueous environments. However, the vast majority of these are from temperate environments.In this thesis, several wetland soils of French Guiana have been identified as sources of EA bacteria. Experiments under poised and constant electrode potential were used to examine adherence to the electrode surface of EA biofilms from the endogenous flora of selected environments. Formation of bioanodes and biocathodes was possible in the presence respectively of acetate and oxygen in the media. A study by cyclic voltammetry showed the redox peaks related to electronic exchanges between EA biofilm and electrode. By optimizing the process of EA biofilm formation by chronoamperometry (larger electrode surface, providing continuous and progressive substrate), a maximum current density of 12 A/m2 and a coulombic efficiency of 24% were obtained.Another method to form EA biofilms from a chosen medium (mangrove) was to use two MFC prototypes: a single compartment and air cathode one, and a benthic one. In both cases, the EA biofilms have been trained and studied supplementing certain observations made under poised polarization. MFC benthic proved to be the closest to a wide application since it was completely autonomous, anode and cathode only using the medium to function. It has been studied in the laboratory and in the field.

http://www.theses.fr/2012AGUY0560/document

Résumé : En raison de sa richesse en ressources génétiques, et des utilisations traditionnelles locales qui en sont faites, la biodiversité végétale issue du bassin amazonien constitue une véritable source de principes actifs à valoriser. L’espèce Euterpe oleracea Mart., vernaculairement appelée baie d’açai, qui connaît un intérêt scientifique important, est le parfait exemple de ressources naturelles bioactives valorisées issues de cette zone géographique. Les études scientifiques lui confèrent de très nombreuses propriétés biologiques, mais, la plus connue et la plus médiatisée est sa capacité antioxydante liée majoritairement à sa composition polyphénolique. En Guyane française, on peut parler de « diversité » au sein de la famille des Palmiers puisque plus de 75 espèces y ont été recensées. Parmi lesquelles, on peut citer une espèce très commune ayant des propriétés surtout alimentaires, et dont la connaissance phytochimique reste, à l’heure actuelle, très limitée : l’Oenocarpus bataua Mart dit patawa. Ce sujet de thèse de doctorat s’articule autour de la mesure de l’activité antioxydante du fruit mûr de ce palmier, et de la détermination des polyphénols responsables de cette dernière. La singularité de ce travail réside dans l’étude des différentes composantes tissulaires du fruit : mésocarpe, épicarpe et mélange épicarpe/mésocarpe (MEM). Dans un premier temps, les conditions les plus favorables d’extraction de biomolécules (notamment de l’épicarpe et du mésocarpe) ont été définies à l’aide du test DPPH. Les tests préliminaires effectués sur les tissus pris séparément, ont conduit à sélectionner un mélange acétone/eau (70/30, v/v) pour révéler, au mieux, la capacité antioxydante de chaque partie du fruit. Une étape de délipidation initiale s’est avérée nécessaire dans le cas de l’étude du mésocarpe. La confirmation de l’activité antioxydante a été réalisée au moyen d’autres tests d’activité chimique (TEAC, FRAP, ORAC), et a été complétée par l’utilisation d’un test d’activité biologique (KRL) en raison de ses mécanismes réactionnels plus complets. Il en ressort que le tissu végétal le plus antioxydant est le mésocarpe qui contient des proanthocyanidines, famille de composés phénoliques connue pour ses nombreuses activités biologiques.Le même travail a été effectué sur les tissus regroupés (fruit global ou MEM). Ainsi, a été retenue l’utilisation du solvant mixte acétone/eau sans étape de délipidation initiale. La capacité antioxydante du fruit étudié a été comparée à celle de l’açai, espèce choisie comme référence. Il s’avère que les extraits d’açai ont une activité antioxydante très supérieure à celle du patawa lorsqu’ils sont testés vis-à-vis de l’ORAC et du KRL. Le tissu mésocarpe a, lui, démontré une capacité antioxydante supérieure à celle de l’açai. Ces résultats sont à associer avec la composition phytochimique propre à chaque fruit. La composition polyphénolique du fruit de patawa, déterminée par UPLC/MSn, supposerait la présence d’anthocyanes, de tanins condensés, de stilbènes et d’acides phénoliques. Ces travaux, qui méritent d’être approfondis, en particulier pour le mésocarpe, ouvrent de nouvelles perspectives d’utilisation du fruit patawa, en particulier l’incorporation de composés phénoliques issus du mésocarpe dans des formulations galéniques ayant attrait aux domaines de la Nutrition, de la Cosmétique et de la Pharmaceutique.
Due to its wealth in genetic resources, and to traditional uses, plant biodiversity issued from the Amazonian Basin is a real source of active process to valorize. The specie Euterpeoleracea Mart., usually called acai berry, which is experiencing a huge scientific interest, is the perfect example of valued natural bioactive resources from the geographic area. Scientific studies give it many biological properties, but the most known is its antioxidant property mainly due to its polyphenolic composition. In French Guiana, we can use the term “diversity” within the palm family with more than 75 species identified. Among them is a common species, Oenocarpus bataua Mart., called “Patawa”, mainly with alimentary properties but for which knowledge of phytochemical properties is until now very poor. The present research deals with determining the antioxidant activity of this palm fruit and with the identification of the polyphenols responsible for it.The uniqueness of this work lays in the study of the different tissue components of this fruit namely the mesocarp, the epicarp and mixing epicarp / mesocarp (MEM). In a first time, the most favorable extraction conditions of biomolecules (particularly of the epicarp and mesocarp) were defined using the DPPH test. The preliminary tests performed on those tissues taken separately, have led to select an acetone / water (70/30, v / v) to reveal, at best, the antioxidant capacity of each part of the fruit. An initial defatting step was necessary in the case of the study of the mesocarp. The confirmation of the antioxidant activity was carried out by other tests of chemical activity (TEAC, FRAP, ORAC), and was supplemented by the use of a bioassay (KRL) due to its more complete reaction mechanisms. Results point out that the most antioxidant tissue is the mesocarp that contains proanthocyanidins, phenolics of a chemical family known for its numerous biological activities.The same work was performed on tissues combined (overall result). The mixed solvent acetone / water, without initial defatting step, has been selected. The antioxidant capacity of fruit was compared to that of the Acai specie chosen as a reference. It turns out that acai extracts have antioxidant activity much greater than that of Patawa when tested vis-à-vis of ORAC and KRL. In contrary, mesocarp tissue has a greater antioxidant capacity than that of Acai. These results can be associated with the phytochemical composition of each fruit. The polyphenolic composition of the fruit of Patawa determined by UPLC / MSn, reflects the presence of anthocyanins, condensed tannins, stilbene and phenolic acids. This work, which deserves to be deepened, especially for the mesocarp tissue, opens new prospects for the use of Patawa fruit, especially the incorporation of phenolic compounds from the mesocarp in pharmaceutical formulations linked to the fields of Nutrition, of Cosmetics and Pharmaceuticals.

http://www.theses.fr/2012AGUY0573/document

Résumé : Avec un taux d’incidence cumulée de 56 cas pour 100 000 habitants, la Guadeloupe est la deuxième région de France la plus touchée par le VIH. La plupart des publications sur le VIH/Sida en Guadeloupe sont essentiellement descriptives, issues de rapports d’activité. La base hospitalière, alimentant la Base de données Hospitalière française sur l’infection à VIH, n’a été que très peu exploitée pour la recherche. L’objectif de ce travail est d’évaluer les aspects fondamentaux de la prise en charge de l’infection VIH. Ainsi le dépistage tardif, le retard à la prise en charge spécialisée, l’interruption du suivi, les infections opportunistes et les décès sont étudiés ainsi que leurs facteurs prédictifs.Dans ce travail articulé autour de six publications, nous avons mis en évidence les points suivants : tout d’abord, le diagnostic très tardif (CD4<200/mm3) concernait 40,12 % des adultes infectés par le VIH suivis en Guadeloupe. Comparé à la France métropolitaine, ce taux est encore très élevé et souligne l’importance de poursuivre les efforts de dépistage. Pour pouvoir bénéficier d’une prise en charge précoce, le patient doit être dirigé dans un centre de traitement de l’infection par le VIH sans tarder. Or, le retard dans cette prise en charge spécialisée touchait 36 % des patients. L’analyse des éléments associés à ce retard a permis d’en identifier les facteurs de risque.Pour optimiser les résultats thérapeutiques, les patients nécessitent un suivi régulier. Ainsi, le système de santé devrait avoir comme objectif, entre autres, la rétention des patients dans le circuit de soins. Or, plus de 22 % des patients de cette cohorte étaient perdus de vue et jamais revus. Les patients plus jeunes, ceux au stade B de la classification CDC et ceux non traités par TTARV étaient plus à risque d’interruption de suivi, dès la première année suivant le diagnostic de l’infection VIH.Bien que la proportion des patients suivis sous ARV soit proche de 100 %, il en existe toujours développant un Sida. La comparaison avec la Guyane et la France métropolitaine montre que les trois premières affections classantes en Guadeloupe étaient la candidose oesophagienne, le syndrome de cachexie liée au VIH et la pneumocystose. Il existait des différences notables avec la métropole, mais aussi avec la Guyane. Ce taux élevé de syndrome de cachexie liée au VIH pose question. Derrière ce diagnostic, pourraient se cacher d’autres maladies opportunistes non diagnostiquées, mais également des différences de codage. Le recul de la mortalité avec le temps a entraîné une modification qualitative des causes de décès. Celles rapportées dans la littérature étaient les mêmes que celles observées dans notre étude. Contrairement à la métropole où le cancer représentait la première cause de mortalité, en Guadeloupe, les infections liées au Sida constituaient la première cause de décès.Ce travail de thèse s’est donc efforcé de dégager, pour l’une des régions de France les plus affectées par le VIH, quelques grands indicateurs à partir de la Base Hospitalière FHDH. Cette base ne comportait pas toujours toutes les informations souhaitées, mais le nombre substantiel d’observations donnait une puissance importante aux variables étudiées. Ces résultats, bien que confirmant souvent les connaissances empiriques des cliniciens, aura pu aider à mieux appréhender l’épidémie du VIH en Guadeloupe.
With an accumulated incidence rate of 56 cases per 100 000 inhabitants, Guadeloupe is the second French region most affected by HIV. Most of the publications on HIV/AIDS were essentially descriptive, stemming from annual reports. The Guadeloupean Hospital Database on HIV was scarcely exploited for research. The objective of this work was to estimate the fundamental aspects of HIV/AIDS in Guadeloupe. So late presentation for care, delay between HIV diagnosis and first specialised consultation, follow-up interruption, incidence of depression, opportunistic infections and deaths were studied as well as their predictive factors. We were able to highlight the following points: first, the very late HIV diagnosis (CD4< 200 / mm3) concerned 40, 12 % of HIV- infected adults followed in Guadeloupe. 36 % of patients had delays between HIV diagnosis and first specialised consultation. However, more than 22 % of patients were permanently lost to follow-up and never seen again. The first three classifying affections were oesophageal candidiasis, HIV-wasting syndrome and pneumocystosis. The causes of deaths reported in the literature were similar to those observed in our study. AIDS-related infections were the first cause of deaths.This thesis work thus tried to generate, in one of the most HIV-affected French regions, some indicators from the French Hospital Database on HIV. This database often did not contain all the desired informations, but the important number of observations allowed to have high power for the studied variables. These results, although often confirming the clinicians' empirical knowledge, may help understand some aspects of the HIV epidemic in Guadeloupe.

http://www.theses.fr/2014AGUY0786/document

Résumé : Les graphes définis à partir de structures algébriques possèdent d’excellentes propriétés de symétries particulièrement intéressantes. L’exemple le plus flagrant est la notion de graphe de Cayley qui s’est révélée très riche non seulement du point de vue théorique mais aussi pratique par ses applications à de nombreux domaines incluant l’architecture des réseaux ou les machines parallèles. Néanmoins, la régularité des graphes de Cayley se révèle parfois être une limite étant donné qu’ils sont toujours sommet-transitifs et donc en particulier non pertinents pour générer des réseaux semiréguliers.Cette observation a motivé, en 2005, la définition d’une nouvelle classe de graphes définis à partir d’un groupe, appelés G-graphes. Ils possèdent aussi de nombreuses propriétés de régularité mais de manière moins restrictive.Cette thèse propose un nouveau regard sur cette classe de graphes par une approche plutôt orientée recherche opérationnelle alors que la grande majorité des études précédentes est dominée par des approches essentiellement algébriques. Nous-nous sommes alors intéressés à plusieurs questions :— La caractérisation des G-graphes : nous proposons des améliorations par rapport aux précédents résultats.— Identifier des classes de graphes comme des G-graphes grâce à des isomorphismes ou en utilisant le théorème de caractérisation.— Etudier la structure et les propriétés de ces graphes, en particulier pour de possibles applications aux réseaux : colorations semi-régulières, symétries et robustesse.— Une approche algorithmique pour la reconnaissance de cette classe avec notamment un premier exemple de cas polynomial lorsque le groupe est abélien.
Interactions between graph theory and group theory have already led to interesting results for both domains. Graphs defined from algebraic groups have highly symmetrical structure giving birth to interesting properties. The most famous example is Cayley graphs, which revealed to be particularly interesting both from a theoretical and a practical point of view due to their applications in several domains including network architecture or parallel machines. Nevertheless, the regularity of Cayley graphs is also a limit as they are always vertex-transitive and therefore not relevant to generate semi-regular networks. This observation motivated the definition, in 2005, of a new family of graphs defined from a group, called G-graphs. They also have many regular properties but are less restrictive. These graphs are in particular semi-regular k-partite, with a chromatic number k directly given in the group representation and they can be either transitive or not.This thesis proposes a new insight into this class of graphs using an approach based on operational research while most of previous studies have been so far dominated by algebraic approaches. Then, the thesis addresses different kind of questions:— Characterizing G-graphs: we propose improvements of previous results.— Identifying some classes of graphs as G-graphs through isomorphism or using the characterization theorem.— Studying the structure and properties of these graphs, in particular for possible applications to networks: semi-regular coloring, symmetries and robustness.— Algorithmic approach for recognizing this class with a first example of polynomial case when the group is abelian.

http://www.theses.fr/2014AGUY0787/document

Résumé : En Guyane comme dans l'ensemble de la région amazonienne, le risque de maladie de Chagas pour l'homme a longtemps été sous estimé du fait de l'absence de vecteur domestique et de l'existence d'un réservoir animal exclusivement sauvage. Le travail présenté répond aux besoins de compléter et d'actualiser les connaissances épidémiologiques disponibles sur la maladie de Chagas dans ce département , en précisant les modalités de circulation de Trypanosoma cruzi et les facteurs impliqués dans le cycle à l'origine des cas humains. Les données cumilées entre 2001 et 2023 représentent 971 spécimens de triatomes. Nous avons choisi de différencier les triatomes provenant des zones non habitées (forêts primaire ou secondaire) de ceux provenant de zones habitées, collectées dans les maisons à la faveur d'intrusion. Une espère, Panstrongylus geniculatus, s'est distinguée par son abondance (61,1%) et son omniprésence dans les différents types de milieux explorés. Au total, neuf espèces ont été retrouvées. En zone non habitée, avec une prédominance de P. geniculatus, P. lignarius, Rhodnius pictipes et R. robustus. L'infection des triatomes par T. cruzi a été étudiée, avec une mise en évidence d'un taux d'infection plus élevé chez les triatomes collectés à l'intérieur des habitations (53.9%) que chez ceux provenant des zones non habitées (46%). L'étude sur les mammifères sauvages a montré des taux d'infection élevés pour T. cruzi chez deux espèces : didelphis marsupialis (62.5%) et Philander opossum (35%). Cette étude a été complétée par l'analyse de la variabilité génétique de T. cruzi identifié par des techniques de génotypage réalisées sur du matériel obtenu à partir de triatomes, de mammifères sauvages et domestiques et des hommes. En zone non habitée trois groupes, TcI, TcII-TcV-TcVI et TcIII-TcIV, ont été caractérisés, avec une prédominance de TcI. Parmi les acteurs du cycle parasite, les chiens et P. geniculatus hébergent le groupe TcIII-TcIV à la différence du genre Rhodnius et des marsupiaux qui hébergent le groupe TcI. Nos résultats ont permis d'émettre un certain nombre d'hypothèses sur la circulation des génotypes de T. cruzi en Guyane
In French Guiana, as in the whole of Amazon region, the risk of Chagas disease to humans has long been underestimated due to the presence of non-domiciled triatomines and wild animal reservoir. Overall, this thesis aims at reactualizing and improving epidemiological knowledge about Chagas disease in French Guiana, by specific modalities of circulation of Trypanosoma cruzi and the factorsinvolved in the transmission cycle of the origin of human cases. Accumulated data, between 2001 and 2013, represent 971 triatomine specimens collected. We chose to differentiate triatomine collected in uninhabited areas (primary or secondary forests) and those frominhabited areas, collected in homes by intrusion. One species, Panstrongylus geniculatus, was distinguished by its abundance (61.1%) and its presence in different types of habitats investigated. A total of nine species were found in uninhabited area, with the predominance of four species: P. geniculatus, P. lignarius, Rhodnius pictipes and Eratyrus mucronatus. In inhabited area, five species of triatomine were collected, with the predominance of P. geniculatus, R. pictipes and R. robustus. The triatomine infection rate with T. cruzi has been studied, with a highlighting of higher rate of infection in triatomine collected inside houses (53.9%) than those from uninhabited area (46%). The study on wild mammals showed high T. cruzi infection rates for two species: Didelphis marsupialis (62.5%) and Philander opossum (35%).This study was completed by the analysis of the genetic variability of T. cruzi identified by genotyping techniques performed on material obtained from triatomine, wild and domestic mammals and humans. In uninhabited area, three groups$ TcI, TcII-TcV-TcVI and TcIII-TcIV have been characterized, with a predominance of TcIII-TcIV group. In inhabited area, only two groups were characterized (TcI andTcIII-TcIV), with a predominance of TcI. Among the actor’s transmission cycle of parasite, dogs and P. geniculatus were characterized by TcIII-TcIV group. Contrary to Rhodnius genus and marsupials were characterized by the TcI group. Our results have allowed issuing a number of assumptions about the circulation of T. cruzi genotypes in French Guiana

http://www.theses.fr/2013AGUY0734/document

Résumé : La tuberculose, maladie très ancienne, est plus que jamais présentée sur la scène sanitaire mondiale avec 9 millions de nouveaux cas par an. Cette maladie, qui demeure une cause majeure de mortalité, est un des problèmes les plus difficiles à résoudre en santé publique et à échelle internationale. Les diverses programmes de lutte, lancés par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), pour prévenir et garantir la guérison des patients tuberculeux, se heurtent à des difficultés qui hypothèquent leur efficacité. En effet, l'expansion du virus de rinimunodéficience humaine (VIII) et son influence néfaste sur la susceptibilité à la tuberculose, l'accroissement rapide de la tuberculose multirésistante, la pauvreté ainsi que la croissance démographique, sont un ensemble de facteurs préjudiciables à l'application des mesures préventives et curatives. Les contextes économiques difficiles conduisant indubitablement au cumul de ces facteurs, ont fait une césure entre les pays riches et les pays pauvres quant à l'incidence et la révolution de la tuberculose à échelle mondiale. Pour atténuer la disparité des résultats des luttes antituberculeuses, les méthodologies employées en épidémiologie de la tuberculose doivent s'inscrire dans une démarche d'efficacité. Les marqueurs moléculaires, indispensables à l'identification et à la classification des souches appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTC) ont chacun des potentialités qui leur sont propres dont il convient de cerner pour une utilisation adéquate dans les études épidémiologiques et phylogénétiques. Le but de cette thèse consiste à extraire des connaissances nouvelles des résultats de génotypage stockées dans les bases de données, connaissances relatives au polymorphisme du support génomique pour estimer la contribution de chaque marqueur dans la classification de MTC. Le recours à différentes méthodes de reconstruction phylogénétique et de modélisation des données fut indispensable. A la lumière des résultats obtenus, cette thèse propose une nouvelle méthodologie de classification, pour rétablissement d'une phylogéographie robuste de MTC en relation avec l'histoire des migrations humaines qui aurait débutée en Afrique subsaharienne. Chaque méthode de génotypage ayant une efficience et un cout propres, qu'il convient de mesurer par rapport aux moyens disponibles et aux résultats escomptes, il est donc intéressant de renforcer la connaissance des marqueurs et de proposer différentes alternatives menant à la classification des mycobactéries. Ainsi, les résultats obtenus dans cette thèse apportent plus de cohérence aux solutions proposées pour la caractérisation des clones de MTC circulant dans le monde.
Tuberculosis, very old disease, is more than ever presented on the global health scene with 9 million new cases per year. This disease, which remains a major cause of mortality is one of the most intractable public health and international issues. The various control programs, launched by the World Health Organization (WHO) to prevent and guarantee the cure of tuberculosis patients face difficulties that undermine their effectiveness. Indeed, the expansion of human virus rinimunodéficience (VIII) and its negative influence on susceptibility to tuberculosis, the rapid growth of multidrug-resistant tuberculosis, poverty and population growth, are a set of factors detrimental to application of preventive and curative measures. The difficult economic circumstances undoubtedly leading to accumulation of these factors have a break between rich and poor countries about the impact and the revolution of tuberculosis worldwide. To address the disparity of the results of tuberculosis struggles, the methodologies used in epidemiology of tuberculosis must be part of a process efficiency. Molecular indispensable to the identification and classification of strains belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) markers each have their own potentials that need to be identified for proper use in epidemiological and phylogenetic studies. The purpose of this thesis is to extract new knowledge of the results of genotyping data stored in databases, knowledge of the polymorphism of genomic carrier to estimate the contribution of each marker in the classification of TCM. The use of different methods of phylogenetic reconstruction and modeling data was essential. In light of the results obtained, the thesis proposes a new classification methodology for a robust recovery phylogeography of TCM in connection with the history of human migration have started in sub-Saharan Africa. Each genotyping method with cost efficiency and equity, should be measured in relation to the resources available and discounts results, it is interesting to strengthen the knowledge of markers and propose alternatives leading to the classification of mycobacteria. Thus, the results obtained in this thesis bring more coherence to the proposed characterization of clones MTC circulating worldwide solutions.

http://www.theses.fr/2012AGUY0518/document

Résumé : La forêt tropicale humide guyanaise est située dans le grand ensemble Amazonien, qui est un point chaud des enjeux sur la biodiversité et la conservation des forêts tropicales. Une connaissance de l’âge et des taux d’accroissement des arbres est primordiale pour comprendre la dynamique de ces écosystèmes Cependant, l’absence de conditions hivernales sous les tropiques rend difficile la lecture de l’histoire dans les bois de ces forêts. En se plaçant dans le champ de l’anatomie fonctionnelle, cette thèse à caractère exploratoire avait pour but, à travers différentes approches, i) de suivre l’activité cambiale de quatre espèces ligneuses durant deux ans par prélèvements de micro-carottes, ii) de faire une étude dendrochronologique sur une espèce guyanaise, iii) d’utiliser la variation de la signature isotopique comme marqueur de croissance (ou d’histoire) et iv) de tester la pollution aérienne consécutive aux lancements de la fusée Ariane comme marqueurs de la croissance. L’examen bi-mensuel de l’activité cambiale a montré que tous les arbres présentent des alternances de quasi repos et de forte activité du cambium durant les deux années. Ces périodes de ralentissement ont été plus marquées chez Parkia nitida (décidue), Parkia velutina (décidue) et Schefflera morototoni (sempervirente). On observe donc des périodes de ralentissement de l’activité du cambium aussi bien chez deux espèces décidues que chez une espèce sempervirente. Il n’y a pas de patron universel de liaisons deux à deux entre pluviométrie intra-annuelle, phénologie de la feuillaison et activité cambiale même si des analogies fortes existent au cas par cas entre deux espèces pour une relation donnée. L’étude dendrochronologique chez Parkia nitida a mis en évidence la présence de cernes de croissance bien distincts et annuels. La limite de cerne se caractérise par une fine bande de parenchyme marginal renfermant de nombreux cristaux d’oxalate de calcium. A l’échelle de l’arbre, la croissance secondaire est homogène et elle est relativement synchrone au sein d’individus de cette espèce dans le même lieu. Cependant, l’influence des paramètres climatiques testés, comme la température et les précipitations, sur la croissance radiale annuelle est faible sur la période considérée. Ces deux premières études montrent que, dans le contexte de la Guyane française, la saisonnalité annuelle très marquée de la pluviométrie ne se traduit pas par un signal suffisamment fort pour synchroniser l’ensemble du fonctionnement des arbres. Néanmoins, elle influence clairement, au cas par cas soit la feuillaison, soit la floraison, soit la croissance cambiale. Les autres méthodes de marquage de la croissance (i.e. isotopie et chimie) entreprises demandent à être approfondies. Les bois des espèces de forêt tropicale humide se caractérisant en moyenne par un pourcentage élevé du plan ligneux occupé par les parenchymes axiaux, il serait important d’entreprendre une étude approfondie de leur rôle en tant qu’accumulateurs de substances potentiellement utiles pour la défense du bois dans l’arbre contre les xylophages. L’évolution dans le temps (périodicité, vieillissement chimique) des solutions de défense mises en place dans le bois est une piste intéressante pour la dendrochronologie
The rainforest of French Guiana is located in the Amazonian region, which is a hotspot of biodiversity, thus leading to several issues about conservation in tropical forests. Knowledge of the age and growth rate of trees is essential to understand the dynamics of these ecosystems. However, due to the lack of winter conditions it is difficult to read the story in the wood of these tropical forests. In the topic of functional anatomy, this thesis intends through different approaches i) to monitor the cambial activity of four tree species during two years sampling micro-cores, ii) to make a dendrochronological study on a Guyanese species iii) to use the variation of the isotopic signature as a marker of growth (or history) and iv) to test air pollution following launches of the Ariane rocket as markers of growth. The bi-monthly review of cambial activity showed that all trees have almost alternating rest and high activity of cambium in both years. These downturns have been more pronounced in Parkia nitida (deciduous), Parkia velutina (deciduous) and Schefflera morototoni (evergreen). We observe periods of cambial activity downturn in two deciduous species as well as in an evergreen species. There is no universal pattern of connections in pairs between rainfall intra-annual phenology of leafing and cambial activity although strong similarities exist in each case between two species for a given association. The dendrochronological study in Parkia nitida highlights the presence of distinct annual growth rings. The limit is characterized by a thin band of marginal parenchyma containing numerous crystals of calcium oxalate. At tree scale, secondary growth is homogeneous and relatively synchronous within individuals of this species in the same location. However, the influence of tested climatic parameters, such as temperature and precipitation on the annual radial growth, is low over the considered period. The first two studies showed that, in the environment of French Guiana, marked annual seasonality of rainfall does not affect in a strong way the behavior of the trees. Nevertheless, those rainfalls have an influence either on leafing, flowering or cambial growth. Other methods of marking growth (i.e. isotopic and chemical) intended require further investigations. Axial parenchyma represents a high average percentage in the wood of rainforest species: it could be important to investigate more precisely its role as accumulators of potentially useful substances involved in wood defense against borers. The evolution throughout time (periodicity, chemical aging) of defense mechanisms in woods is an interesting way for dendrochronology.

http://www.theses.fr/2013AGUY0605/document