Éditeur(s) : Innotermer, Brest, Novembre 1982
Résumé : Les échanges de Matériels vivants apparaissent comme une caractéristique constante de toute aquaculture, y compris de la conchyliculture traditionnelle. Ils interviennent par exemple sous forme d'animaux adultes mis sur le marché pour être consommés vivants, ou sous forme de naissain ou d'alevins d'importation, ou encore lors des essais d'acclimatation d'une espèce étrangère en vue de sa culture. A cela s'ajoutent les transferts au cours du développement : c'est ce dernier aspect qui retiendra surtout notre attention. Dans la mesure où l'aquaculture nouvelle cherche à maîtriser tous les stades du développement de l'œuf à l'adulte, les échanges ou transferts d'animaux vivants deviennent obligatoires : en effet, on ne saurait réaliser au même endroit l'élevage de larves pélagiques et celui des adultes. Ces échanges constituent le plus souvent une pierre d'achoppement car ils nécessitent des passages soit hors d'eau, soit dans des enceintes de taille réduite, ce qui provoque un stress sur les animaux manipulés. Mais inversement, la réussite technique de ces échanges est un gage de progrès en aquaculture. Pour illustrer ce problème, nous examinerons deux produits de caractéristiques différentes : les mollusques et les poissons.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00049/16001/13446.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00049/16001/

Éditeur(s) : Conseil International pour l'Exploration de la Mer (CIEM), C. M. 1975/K: 21
Résumé : Following our aim of developing oyster culture in French Guyana and studying the different options available to increase a stock of new oyster species, we were lead to search for possible parasites in Crassostrea rhizophorae. These oysters from the French Guyanese coasts host some gregarine Nematopsis sp. spores, characterized by Comps, Grizel and Tige (1972). Through this work, we conducted some experimental infestation trials between Crassostrea rhizophorae spats parasited by these spores and the most common crab on metropolitan farms Carcinus maenas.
Poursuivant les objectifs de développement de l'ostréiculture en Guyane et étudiant les possibilités d'accroissement d'un stock constitué de nouvelles espèces d'huîtres, nous avons été amenés à rechercher d'éventuels parasites chez Crassostrea rhizophorae. Ces huîtres des côtes de la Guyane française abritent des spores de Grégarines, Nematopsis sp. mises en évidence par COMPS, GRIZEL et TIGE (1972). Au cours de ce travail nous avons réalisé des essais d'infestations expérimentales entre du naissain de Crassostrea rhizophorae parasité par ces spores et le crabe le plus répandu sur les parcs à huîtres métropolitains, Carcinus maenas.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1975/acte-6290.PDF
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6290/

Éditeur(s) : Styli 2003. Trente ans de crevetticulture en Nouvelle-Calédonie. Nouméa - Koné, 2-6 juin 2003. 2004. Gorarant C, Harache Y, Herbland A, Mugnier C. Ed. Ifremer, Actes de Colloque, n°38, pp.113-120
Résumé : Two oyster species are currently present along the French coasts : the indigenous European flat oyster (Ostrea edulis), and the Pacific cupped oyster (Crassostrea gigas), that has been introduced from Japan since the beginning of the 70ies. The flat oyster successively suffered from two protozoan diseases during the 60ies and its production decreased from 20 000 tons/year by that time to 1 500 tons/year nowadays. Consequently, the oyster production is principally (99%) based upon the Pacific oyster species with approximately 150 000 tons/year among which 90% are grown from the natural spat. However, the hatchery production of this species is developing and was estimated to 400 to 800 millions spat in 2002. Moreover, strengthened relationships between IFREMER and the 5 commercial hatcheries, that all joined the SYSAAF (Union of the French poultry, shellfish and fish farming selectors), allow to plan for new genetic breeding programs. At the end of the 80ies, IFREMER initiated a genetic breeding program for the resistance of the European flat oyster to the bonamiosis, and obtained strains more tolerant to this disease. After two generations of massal selection, molecular markers had identified a reduced genetic basis in this program. It was then reoriented to an intra-familial selection. However, we were confronted to a zootechnic problem to manage such a scheme and we compromised by an intra-cohorts of families selection scheme managed using molecular markers. The program has now reached the transfer level with experimentation at a professional scale. Concerning the Pacific cupped oyster, and in parallel with the obtaining and the study of polyploids, performance of different Asian cupped oyster strains were compared to the one introduced in France thirty years ago and currently suffering from summer mortalities. The local strain exhibited better performance, certainly based upon a good local adaptation. In other respects, although early growth is a relevant criteria for selection for growth to commercial stage, it is not to be privileged in the context of an oyster producing region with a limited food availability. Contrary, the spat summer mortality became a priority for numerous teams (genetic, physiology, pathology, ecology,...) joined in the MOREST program. The first results showed important survival differences between fullsib and halsib families. They indicate a genetic determinism to this character "survival" and promote for its selection.
Deux espèces d'huîtres sont aujourd'hui présentes sur les côtes françaises : l'huître plate européenne (Ostrea edulis), indigène, et l'huître creuse du Pacifique (Crassostrea gigas), introduite du Japon dans le début des années 1970. L'huître plate a subi coup sur coup, dans les années 1960, deux maladies dues à des protozoaires parasites et sa production est ainsi passée de 20 000 t/an dans les années 1960 à 1500 t/an aujourd'hui en France. Il en résulte que la filière ostréicole française repose quasiment exclusivement (99%) sur la production de l'huître creuse, C. gigas, avec 150 000 tonnes en 2000 dont environ 90% est issu du captage naturel. Cependant, la reproduction de cette espèce en écloserie est actuellement en expansion avec une estimation de 400 à 800 millions de naissains commercialisés en 2002. Des rapports renforcés entre l'IFREMER et les cinq écloseries françaises de la filière ostréicole, qui adhèrent toutes au SYSAAF (SYndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français), permettent désormais d'envisager le développement de nouveaux programmes d'amélioration génétique. A la fin des années 1980, un programme de sélection pour la résistance de l'huître plate à la bonamiose a été initié au sein de l'IFREMER, et a permis d'obtenir des souches plus tolérantes à cette maladie. Après deux générations en sélection massale, les marqueurs moléculaires avaient mis en évidence une base génétique réduite au sein de ce programme qui s'était alors orienté vers une sélection intra-familiale. Devant la lourdeur zootechnique d'un tel schéma, un compromis a été trouvé en réalisant une sélection au sein de cohortes de familles biparentales, la gestion de ces cohortes étant permise par les analyses moléculaires. Le programme est maintenant dans sa phase de transfert, avec des expérimentations à plus grande échelle en partenariat avec la profession. En ce qui concerne l'huître creuse, et en parallèle de l'obtention et l'étude de polyploïdes, les performances de différentes souches d'huîtres creuses provenant d'Asie ont été comparées à celles de la souche introduite en France il y a trente ans, sujette à des mortalités estivales. La souche locale présente de meilleures performances, vraisemblablement grâce à une adaptation bien réalisée. Par ailleurs, bien que l'amélioration de la croissance jusqu'à la taille commerciale s'avère possible par une sélection précoce au stade larvaire, le critère de croissance n'est pas nécessairement à privilégier dans le contexte d'un bassin ostréicole disposant de ressources trophiques limitées. En revanche, les importantes mortalités rencontrées par le naissain en périodes estivales constituent le sujet d'étude prioritaire sur lequel se sont penchées de nombreuses équipes (génétique, physiologie, pathologie, écologie, ...) dans le cadre du grand défi MOREST. Les premiers résultats ont mis en évidence de fortes différences de survie entre des familles biparentales d'animaux indiquant un déterminisme génétique du caractère « survie », et encourageant dans la voie d'une sélection pour ce caractère.

Droits : 2004 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/acte-3491.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3491/

Éditeur(s) : Université de La Rochelle, Ecole doctorale Gay Lussac
Résumé : The thesis work is part of the very current issue on mass mortality outbreaks affecting Pacific oyster, C. gigas, spat and juveniles and questions about the involvement of pesticides in this phenomenon. The first part of this thesis was devoted to study the effects of pesticides on hemocyte parameters in the Pacific oyster (in vitro and in vivo). The immunomodulator effect of selected pesticides (alone or in mixture) has been explored principally through flow cytometry. The second part concerned the study of the effects of a pesticides mixture on OsHV-1 itself. No direct effects have been reported on the viral particles in presence of the pollutants. Moreover, pesticide effects on Pacific oysters were also explored through experimental pathology assays after treatment of animals with a polluant mixture. Results showed that pesticide treated oysters appeared more susceptible to the viral infection in experimental conditions. The third part concerned the study of autophagy in the Pacific oyster, C. gigas. The publication of the complete genome in 2012 has opened up new possibilities for the study of innate immunity in this species. The study of autophagy for the first time in oysters consisted in a first step in the in silico search for genes involved in this pathway and the corresponding proteins by Western blotting. Then, the role of this important process in innate immunity has been explored through reproduction infections tests with or without modulators of autophagy. Results showed that autophagy appeared as involved in defence mechanisms against viral and bacterial infection in Pacific oysters.
Le travail de thèse s’inscrit dans la problématique très actuelle des mortalités massives de naissain et de juvéniles d’huîtres creuses, C. gigas, et des questionnements autour de l’implication des pesticides dans ce phénomène. La première partie de la thèse a été consacrée à l’étude des effets de pesticides sur les capacités hémocytaires de l’huître creuse (in vitro et in vivo). L’effet immunomodulateur des xénobiotiques sélectionnés (seul ou en mélange) a été exploré principalement au travers de la cytométrie en flux. La deuxième partie de la thèse a concerné l’étude des effets d’un mélange de pesticides sélectionnés sur le virus OsHV-1 et l’infection qu’il induit chez l’huître creuse. Les effets des pesticides sur le virus lui-même ont été évalués. Les expériences réalisées non pas permis de mettre en évidence dans les conditions testées, de dégradation des particules virales en présence des polluants. D’autre part, leurs effets sur les huîtres elles-mêmes ont été explorés après traitement des animaux avec un mélange de pesticides lors d’essais de pathologie expérimentale. Il a ainsi pu être montré que des huîtres préalablement comtaminées par un mélange de pesticides à des concentrations retrouvées dans l’environnement semblaient être plus sensibles à l’infection virale. La troisième partie de la thèse a concerné l’étude de l’autophagie chez l’huître creuse, C. gigas. La publication du génome complet de cette espèce en 2012 a ouvert de nouvelles possibilités pour étudier l'immunité innée. L’étude de l’autophagie réalisée pour la première fois chez l’huître creuse a consisté lors d’une première étape en la recherche in silico de gènes impliqués dans cette voie et des protéines correspondantes par western blotting. Puis, le rôle de ce processus important dans l’immunité innée a été exploré au travers d’essais de reproduction d’infections en présence ou non de modulateurs de l’autophagie. Les résultats obtenus semblent montrer que l’autophagie soit un processus important pouvant être impliqué dans les capacités de défense de l’huître creuse vis-à-vis d’infections virales et bactériennes.

Droits : 2014 Université de La Rochelle
http://archimer.ifremer.fr/doc/00226/33740/32149.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00226/33740/

Résumé : Depuis 2008, la filière ostréicole française fait face à des mortalités très importantes touchant les naissains d’huîtres creuses, Crassostrea gigas. Répondant aux missions qui lui sont assignées, l’Ifremer a rapidement lancé, en synergie avec ses partenaires et l’interprofession, des travaux visant à décrire précisément le phénomène, à progresser dans la compréhension de ses causes, et à étudier quelles pouvaient être les contributions à apporter pour une aide à la gestion du phénomène et à la mise en oeuvre de pistes de sorties de crise. Le 18 janvier 2012, l’Ifremer a organisé, avec le soutien du Ministère de l’Agriculture, de l’Alimentation, de la Pêche, de la Ruralité et de l’Aménagement du Territoire, une journée d’information et d’échanges dédiée à cette problématique pour : présenter une synthèse les connaissances acquises à l’Ifremer depuis 4 ans ; présenter les dernières avancées et les perspectives, les projets en cours et à venir ; donner une large place à l’échange entre les différents participants. Cette journée a réuni les ministères, les représentants de la profession conchylicole, les centres techniques régionaux conchylicoles, les laboratoires agréés et reconnus, des organismes de recherche et des universités partenaires. Ce document retrace les interventions et les échanges qui se sont déroulés pendant cette journée d’information.

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00084/19574/17196.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00084/19574/

Résumé : J’ai eu l’opportunité de me rendre sur la côte Est de l’ Australie en septembre-octobre 2004, invité pour un séjour de deux semaines par la société italienne ACQUA&CO et son correspondant sur place BIOREMEDY, que je remercie chaleureusement. L’objectif était notamment de mieux connaître l’aquaculture marine australienne en vue d’examiner les potentialités d’utilisation du SKIM, procédé de traitement de l’eau de mer par écumage, dont je suis l’inventeur, breveté en 2000 par Ifremer et exploité depuis 2001 par la société ACQUA&CO. Ce document ne présente que le compte-rendu des visites des fermes aquacoles que j’ai pu effectuer, ainsi que quelques informations recueillies au cours de la conférence « Ausralasian Aquaculture » qui s’est tenue à Sydney du 26 au 29 septembre 2004. Cela m’a permis de présenter à cette conférence une communication qui décrivait l’aquaculture en marais salé et présentait les productions des cultures de sel, salicorne, huîtres, palourdes, bar, turbot, alevins de poissons et naissain de bivalve réalisées dans les marais salés endigués.

Droits : 2004 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14345/11629.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14345/

Éditeur(s) : Université de Tours
Résumé : L 'huître creuse japonaise Crassostrea gigas et portugaise C. angulata ont été respectivement décrites par Thunberg (1793) et Lamarck (1819). Mais les similitudes morphologiques et l 'homogénéité des fréquences allozymiques entre populations ont conduit de nombreux auteurs à proposer l'existence d'une seule et mênle espèce. L'analyse récente d'un gène mitochondrial a pennis de déterminer l'origine asiatique de C. angulata, soulignant l'intérêt de l'étude de la différenciation génétique et phénotypique entre les deux taxons. La notion biologique d'espèce a tout d'abord été examinée. Des croisements de 1ère et 2ème génération ont montré la viabilité et fertilité des hybrides. L'analyse de la compétition spennatique par marqueurs microsatellites ne montre pas d'isolement reproductif, mênle partiel et le séquençage du fragment ITS 1 confirme la forte proximité génétique des deux taxons. Les patrons de différenciation génétique observés par marqueurs microsatellites et mitochondriaux apparaissent sitnilaires. L'origine asiatique de C. angulata est donc confinnée. Le fort niveau de polymorphisme des marqueurs microsatellites explique partiellement les plus faibles valeurs observées de différenciation. Une bimodalité des tailles d'allèles microsatellites entre taxons a pennis le développement d'un nouveau marqueur nucléaire, mettant en évidence des phénomènes d'hybridation naturelle dans la zone du sud de l'Europe où l'activité ostréicole met aujourd'hui les 2 taxons en contact. L'étude de caractères phénotypiques a été réalisée en milieu naturel et contrôlé sur des descendances d'écloserie. Les résultats montrent une meilleure croissance de C. gigas et une période de reproduction plus longue chez C. angulata. Des mesures physiologiques montrent un plus fort taux de respiration du naissain C. gigas, ainsi qu'un temps de filtration supérieur chez les adultes. La différence de croissance entre taxons pourraient donc être expliquée par le temps de filtration et l'effort de reproduction.

Droits : Université de Tours, The author
http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14564/11867.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14564/

Éditeur(s) : Acte du Conseil International pour l'Exploration de la mer, CM 1987/K:52
Résumé : La numération des larves d'huître dans le plancton renseigne les ostréiculteurs sur la date de pose des collecteurs. La technique utilisée est très ancienne (BOURY, 1928) ; pour chaque station trois prélèvements par traits de filets pendant 10 minutes sont effectués : deux en surface (filet 200 et filet 130) et un à 1 mètre de profondeur (filet 130). Une méthode par pompage avec mesure instantanée du volume d'eau filtrée a été mise au point (prélèvements en surface et à 1 mètre de profondeur, et rétention des véligères sur filets 200). La comparaison des deux techniques met en évidence l'inadaptation de l'ancienne méthode. Le choix de la porosité (70 µm pour les filets 200) est mal adapté à la récolte des larves D (stade 1) dont le nombre peut être sous estimé par un facteur 10 (distension des mailles par la traction sur les filets) ; à l'inverse l'utilisation des filets 130 (porosité 130 µm) lorsque la taille des véligères augmente, s' accompagne d'une surestimation du nombre de larves par mètre cube, (facteur de 1.6 à 2 4). La technique des traits de filets ne permet donc pas de ramener le nombre de larves prélevées à un volume d'eau déterminé. Les observations par pompage volumétrique montrent que les différents stades larvaires sont plus abondants à 1 m de profondeur de jour (68 % à 90 %), avec une légère tendance à la migration vers la surface la nuit (46 % à 64 %). La numération des larves dans le plancton pourrait donc être effectuée par pompage à l'aide d'un seul prélèvement par station, à 1 m de profondeur, avec rétention sur un filet de porosité 70 µm.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1987/acte-6444.PDF
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6444/

Résumé : Le but de ce programme pathologie est de rechercher et d'étudier les agents pathogènes connus et inconnus chez les mollusques bivalves marins, plus particulièrement chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, afin d'identifier d'éventuels agents causant des mortalités, de proposer des mesures prophylactiques et de définir des conditions zootechniques permettant aux professionnels de limiter l'impact des maladies sur leur cheptel. La présence de maladies, chez les mollusques bivalves marins dont l'impact socio économique peut être catastrophique pour les productions conchylicoles, et l'accroissement des échanges de produits d'aquaculture entre les pays de la CEE et avec les pays tiers nécessitent le renforcement des recherches dans les domaines de la pathologie. En particulier, du fait du mono élevage de l'huître japonaise, Crassostrea gigas, en France, il semble aujourd'hui indispensable d'effectuer des contrôles zoosanitaires réguliers chez cette espèce. Ces travaux ont d'autant plus d'importance qu'aujourd'hui, devant les pathologies rencontrées, les professionnels restent extrêmement démunis (traitements inapplicables ou inexistants). Dans ce cadre, la promptitude du diagnostic ainsi que l'acquisition de données épidémiologiques et biologiques concernant les agents pathogènes impliqués sont les meilleurs moyens d'éviter leur dissémination chez les mollusques bivalves marins. Les travaux entrepris dans ce cadre par l'URPIG, semblent d'autant plus indispensables qu'il n'existait pas jusqu'à ces dernières années de pathologies identifiées chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, sur le littoral français. Cependant depuis 1991, sont apparus dans certaines écloseries françaises des épisodes de mortalité sur des larves de cette espèce. Il a été possible de détecter un virus apparenté à la famille des Herpesviridae par ses caractères morphologiques (NICOLAS et al., 1992) et de démontrer sa pathogénicité pour les larves (LE DEUFF et al., 1994). Par ailleurs, en 1993, 1994 et 1995, un virus de même type, a été observé en association à de fortes mortalités sur différents lots de naissain de la même espèce, originaires d'écloseries et de captage naturel. Par ailleurs, en 1993, suite à l'observation d'anomalies au niveau des branchies chez des huîtres creuses provenant de Charente Maritime et du bassin d'Arcachon associées à de médiocres performances de croissance, il a été entrepris des analyses de divers échantillons, en histologie classique et en microscopie électronique à transmission. Ces examens ont permis de révéler la présence au niveau des branchies, chez un nombre non négligeable d'animaux, d'un microorganisme de type chlamydien (RENAULT and COCHENNEC, 1995). Il a également été possible, chez cette même espèce, de détecter la présence d'un organisme de type rickettsien au niveau des branchies (RENAULT, COCHENNEC and CHOLLET, 1995).

Droits : 1995 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15453/12828.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15453/

Éditeur(s) : Actes de colloques. Ifremer. Brest [ACTES COLLOQ. IFREMER.]. 1985
Résumé : SATMAR has developed techniques and methods allowing a production of over 100 million spat per year at a size from 2 to 10 millimetres. Among the 13 species concerned by this production, 3 of major importance are the oysters Crassostrea gigas, Ostrea edulis and the Japanese little neck clam, Ruditapes philippinarum . The hatchery production could easily be doubled if the market would increase. Current research tend to increase the quality of the products by means of genetics and to lower the costs by improving the nursery phase.
La Société Atlantique de Mariculture a développé des techniques et des méthodes permettant la production annuelle de plus de l00 millions de naissains d'une taille de 2 à 10 millimètres. Parmi les 13 espèces concernées par ces productions les 3 principales sont les huîtres Crassostrea gigas, Ostrea edulis, et la palourde du Pacifique, Ruditapes philippinarum. La production de l'écloserie pourrait facilement doubler si le marchess développait. Les recherches actuelles portent sur l'amélioration de la qualité des produits par la sélection génétique et un abaissement du prix de revient par l'optimisation des performances au niveau de la phase nurserie.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1983/acte-1184.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1184/

Résumé : Le but de ce programme pathologie est de rechercher et d'étudier les agents pathogènes connus et inconnus chez les mollusques bivalves marins, plus particulièrement chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, afin d'identifier d'éventuels agents causant des mortalités, de proposer des mesures prophylactiques et de définir des conditions zootechniques permettant aux professionnels de limiter l'impact des maladies sur leur cheptel. La présence de maladies, chez les mollusques bivalves marins dont l'impact socio économique peut être catastrophique pour les productions conchylicoles, et l'accroissement des échanges de produits d'aquaculture entre les pays de la CEE et avec les pays tiers nécessitent le renforcement des recherches dans les domaines de la pathologie. En particulier, du fait du mono élevage de l'huître japonaise, Crassostrea gigas, en France, il est aujourd'hui indispensable d'effectuer des contrôles zoosanitaires réguliers chez cette espèce. Ces travaux ont d'autant plus d'importance qu'aujourd'hui, devant les pathologies rencontrées, les professionnels restent extrêmement démunis (traitements inapplicables ou inexistants). Dans ce cadre, la promptitude du diagnostic ainsi que l'acquisition de données épidémiologiques et biologiques concernant les agents pathogènes impliqués sont les meilleurs moyens d'éviter leur dissémination chez les mollusques bivalves marins. Les travaux entrepris dans ce cadre par le Laboratoire de Génétique, Aquaculture et Pathologie de La Tremblade, semblent d'autant plus indispensables qu'il n'existait pas jusqu'à ces dernières années de pathologies identifiées chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, sur le littoral français. Cependant depuis 1991, sont apparus dans certaines écloseries françaises des épisodes de mortalité sur des larves de cette espèce. Il a été possible de détecter un virus apparenté à la famille des Herpesviridae par ses caractères morphologiques (NICOLAS et al., 1992) et de démontrer sa pathogénicité pour les larves (LE DEUFF et al., 1994). Par ailleurs, chaque année depuis 1993, un virus de même type, a été observé en association à de fortes mortalités sur certains lots de naissain de la même espèce, originaires d'écloseries et de captage naturel.

Droits : 1996 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15452/12827.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15452/