Éditeur(s) : DIREN : Direction Régionale de l'Environnement Université des Antilles et de la Guyane DIREN : Direction Régionale de l'Environnement Université des Antilles et de la Guyane
Extrait de : Conférence Internationale "Biodiversité terrestre des Petites Antilles", 8-10 novembre 2010. Université des Antilles et de la Guyane, Faculté des Lettres et sciences humaines, campus de Schoelcher, Martinique.

Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Provenance : Université des Antilles et de la Guyane. Service commun de la documentation
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/HASH2f10544b2ab51d3e3b74fa
HASH2f10544b2ab51d3e3b74fa

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Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : TABLE DES MATIÈRES PREMIÈRE PARTIE. - CLASSIFICATION ET PHYLOGENIE LES BRANCHIOSTOMES LES CYCLOSTOMES LES OSTRACODERMES LES PLACIOSTOMES Placodermes Holocéphales Acanthodés Cladoselaciens Pleuracanthes Squaloïdes Batoïdes LES TÉLÉOSTOMES Crossoptérygiens Dipneustes Actinoptérygiens Chondrostéens Holostéens Téléostéens Téléostéens abdominaux Ostariophysaires Phthinobranches Malacoptérygiens Apodes Isoptérygiens Oxymalacoptères Bathymalacoptères Pseudacanthoptères Téléostéens thoraciques Proacanthoptères Zéorhombes Scombres Psettoplectognathes Euacanthoptères Gobioscléropares Acanthiniens Actinocéphales Anacanthiniens DEUXIÈME PARTIE. - OECOLOGIE MORPHOLOGIQUE LES TYPES OECOLOGIQUES La dégradation morphologique. - Formes apodes La dégradation morphologique. - Formes apodes Type pélagique Type migrateur Type bathypélagique Type bathydémersal Type démersal Type nageur néritique Type littoral Type dulcaquicole Type anadrome Type catadrome TROISIÈME PARTIE. - BIOGEOLOGIE ET PEUPLEMENT
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1939 , Vol. 13 , N. 1-4

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1939/publication-3373.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3373/

Résumé : En France, ainsi que dans de nombreux autres pays, l'histoire de l'ostréiculture est émaillée d'une succession de phases de développement, de surexploitation et d'apparition de maladies qui perturbent lourdement la profession. Depuis la disparition massive de l'huître portugaise, Crassostrea angulata, victime entre 1969 et 1971 d'une épidémie virale et l'effondrement de l'élevage de l'huître plate Ostrea edulis dû à deux parasitoses, la marteiliose et la bonamiose, l'ostréiculture française connaît actuellement une situation de monoculture de l'huître creuse japonaise Crassostrea gigas, suite à l'introduction de l'espèce entre 1971 et 1975 (Grizel & al. 1991). Pour tenter de remédier à cette situation de monoculture, qui reste une des inquiétudes majeures des professionnels, la région Poitou-Charentes a apporté une aide financière pour la création d'un "conservatoire de souches", implanté dans les locaux du Laboratoire Génétique, Aquaculture et Pathologie de La Tremblade. Les principaux objectifs sont d'étudier les possibilités d'acclimatation des huîtres étrangères dans les eaux françaises afin de diversifier la production ou de préparer une éventuelle substitution à C. gigas en cas d'épizootie majeure, de développer des hybrides intra et inter-spécifiques au sein du genre Crassostrea (performants en ce qui concerne la résistance aux maladies parasitaires, la croissance et la fertilité) et enfin d'effectuer une étude de la différenciation génétique (intra et inter spécifique).

Droits : 1997 Univ. La Rochelle, the author, Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14380/11670.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14380/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Master
La biodiversité peut être mesurée de nombreuses façons. La dualité entropie-diversité fournit un cadre clair et rigoureux pour le faire. L’entropie est la surprise moyenne fournie par les individus d’une communauté. Le choix de la fonction d’information qui mesure cette surprise à partir des probabilités d’occurence des espèces (ou d’autres catégories) permet de définir les mesures de diversités neutres, fonctionnelles ou phylogénétique présentées ici. L’entropie est transformée en diversité au sens strict par une fonction croissante (l’exponentielle déformée), ce qui simplifie son interprétation en tant que nombre équivalent d’espèces.L’entropie phylogénétique généralise les indices de diversité classique, intègre si nécessaire la distance entre espèces, peut être écomposée et corrigée des biais d’estimation. Sa transformation en diversité au sens strict permet d’interpréter les valeurs sous une forme unique : un nombre équivalent d’espèces et un nombre équivalent de communautés. La diversité de Leinster et Cobbold généralise à son tour la diversité phylogénétique et permet d’autres définitions de la distance entre espèces. Le paramétrage des mesures (l’ordre de la diversité) permet de donner plus ou moins d’importance aux espèces rares et de tracer des profils de diversité.La construction de ce cadre méthodologique est présentée en détail ainsi que plusieurs approches différentes, qui constituent l'état de l'art de la mesure de la biodiversité.
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813
Kourou, France

cel-01205813
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813v4/document
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813/file/Mesures_de_la_Biodiversite.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : J'étais à l'époque dans le laboratoire I3S de Sophia-Antipolis. Je suis dorénavant au laboratoire GRIMAAG en Guadeloupe.
We focused on the communication problem within multi-agents systems, inspirited by nature and more precisely by the ants that are a perfect example of living integrating learning (ontogenesis) to genetic inheritance (phylogenesis): the Baldwin Effect.
We worked with agents represented by classifiers systems using genetic algorithm. We introduced a new fixed knowledge based classifiers system, the simplified Pittsburgh classifier system, which we studied in a spontaneous coordination multi-agents problem. Then, we successfully allowed “homogeneous” agents to communicate their “knowledge” using distributed elitism.
Finally, “heterogeneous” agents efficiently exchanged information thanks to a minimal communication model we defined, bound to reality and extended.
Nous nous sommes intéressés à la problématique de la communication au sein des systèmes multi-agents en nous inspirant de la nature et plus particulièrement des fourmis qui sont un parfait exemple de l'intégration de l'apprentissage du vivant (ontogenèse) au capital génétique de celui-ci (phylogénie) : l'effet Baldwin.
Nous avons choisi de travailler avec des systèmes de classeurs à algorithme génétique pour représenter les agents. Nous avons introduit un nouveau type de système de classeurs à base de connaissance de taille fixe, les systèmes de classeurs de type Pittsburgh simplifié, dont nous avons étudié les propriétés dans un contexte multi-agents de coordination spontanée.
Nous avons ensuite proposé avec succès aux agents "homogènes" de communiquer pour échanger leur "connaissance" à l'aide de l'élitisme distribué.
Enfin, les agents "hétérogènes" ont échangé efficacement des informations grâce à un modèle minimal de communication que nous avons ancré dans la réalité puis étendu.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00192372

tel-00192372
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00192372
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00192372/document
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Designing biodiversity conservation plans requires knowledge on the biogeographic distribution of taxabut also accurate estimates of species richness and diversification processes. However, measuring the phyleticrichness can be biased by the use of inappropriate taxonomical characters, leading to erroneous speciesdelimitation and diversity estimates.This work explores the phyletic richness at several taxonomic levels (generic, specific and intraspecific) ofthe hydrozoan family Aglaopheniidae (Marktanner-Turneretscher, 1890), with a particular focus on the South-Western Indian Ocean. Firstly, using several newly constructed phylogenies based on mitochondrial andnuclear markers, this study reveals that the phyletic diversity of this family is at underestimated by at least 50%:all studied genera are polyphyletic or with doubtful monophyletic status. Then, using several speciesdelimitation methods based on molecular markers, it sheds light on the richness of cryptic diversity of thisfamily, enlightening the potential of using an integrative taxonomic approach on these morphologically simpleorganisms. Finally, the population genetics of an Aglaopheniidae brooding species shows a high populationsstructuring with pervasive pattern of isolation by distance at several geographic scales (several to thousands ofkilometres), implying a potentially high cryptic diversity existing in this family.The results of this work provide new insights on Aglaopheniidae diversity, underlining the potentialinfluence of reproductive mode on the phyletic diversity and diversification processes of brooding hydrozoanbrooders. This thesis further highlights the relevance of using several complementary
La conservation et la gestion sur le long terme de la biodiversité nécessitent une connaissance de larépartition des taxons, mais également une estimation précise de leur diversité spécifique ainsi que desprocessus de spéciation ayant permis leur formation. Cependant, la mesure de la richesse phylétique peut êtrebiaisée par l’utilisation de caractères taxinomiques ne permettant pas de délimiter les espèces de manièreappropriée.Ce travail de thèse propose d’explorer la diversité phylétique à plusieurs niveaux taxinomiques(générique, spécifique et intra-spécifique) des Aglaopheniidae, une famille d’hydrozoaires, notamment présentedans le Sud-Ouest de l’océan Indien. Dans un premier temps, en utilisant des phylogénies basées sur plusieursmarqueurs (mitochondriaux et nucléaires), ce travail démontre que la diversité phylétique de cette famille est,au minimum, sous-estimée de moitié: tous les genres de la famille sont polyphyléthiques ou présentent un statutmonophylétique restant à confirmer. Dans un deuxième temps, l’utilisation de méthodes de délimitationd’espèces basées sur des données moléculaires met en évidence la diversité cryptique très élevée des morphoespècesétudiées, révélant l’intérêt potentiel des protocoles de taxinomie intégrative chez les organismesmorphologiquement simples. Enfin, l’étude de génétique des populations d’une espèce incubatriced’Aglaopheniidae révèle l’importance de la structuration des populations et de l’isolement par la distance chezcette espèce à plusieurs échelles géographiques (de quelques kilomètres à plusieurs milliers), impliquant unepotentielle diversité cryptique extrêmement élevée chez cette famille.L’ensemble des connaissances acquises lors de ce travail de thèse fournit un nouveau regard sur ladiversité de la famille des Aglaopheniidae, soulignant le potentiel impact du cycle de reproduction sur ladiversité phylétique et les processus de spéciation des hydrozoaires incubateurs. Cette thèse met en évidence lapertinence de l’utilisation de plusieurs procédures complémentaires de délimitation d’espèces pour étudier ladiversité des organismes morphologiquement simples.
https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01359424

tel-01359424
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Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : International audience
Diagnose : nombre de rayons des nageoires D1 : VI ; D2 : I+ 9 ; C : 21-22 ; A : I+ 8 ; P : 17-18 ; Pv : 10 ; nombres d'écailles sur la ligne latérale Éc : 27-28, de vertèbres V : 26. Il existe un dimorphisme sexuel des papilles urogénitales. Le système latéral a été observé en utilisant la microscopie électronique à balayage après fixation dans une solution de glutaraldéhyde à 2 % en eau de mer. Les canaux oculoscapulaires, préoperculaires, les pores muqueux, ainsi que les séries de neuromastes superficiels sont répertoriés et le nombre de neuromastes compté dans chacune. Les séquences codantes pour l'ARN ribosomique 18S sont identifiées.
ISSN: 1631-0691

hal-00749626
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00749626

Résumé : L'étude de la taxonomie des huîtres est longtemps restée basée sur des critères morphologiques (forme de la coquille et description des organes) et géographiques. Ces considérations sont relativement peu fiables en particulier au niveau interspécifique du fait de la plasticité des caractères morphologiques d'une part de des introductions d'espèces étrangères sur les lieux de culture d'autre part. La biologie moléculaire est donc, depuis quelques années, un outil très utilisé pour différencier les espèces d'huîtres. La phylogéographie des huîtres de la région sud-atlantique a ainsi pu être étudiée grâce à différentes méthodes de recherche du polymorphisme réalisées sur le fragment mitochondrial 16S. La PCR-RFLP, la SSCP et le séquençage ont été utilisés pour déterminer les haplotypes de 9 populations d'huîtres creuses du genre Crassostrea provenant du Sénégal, de Guyane, de Martinique et du Brésil. Ceci a permis par extension à d'autres espèces d'apporter des informations complémentaires à la phylogénie de ce genre. Les résultats obtenus par ces 3 méthodes ont permis de montrer que ces 9 populations se différencient en 2 haplotypes : un africain correspondant à l'espèce Crassostrea gasar et un martiniquais correspondant à l'espèce Crassostrea rhizophorae. De plus,C. gasar, huître caractéristique des côtes africaines, est présente dans 2 sites d'Amérique du sud, ont un en sympatrie avec C. rhizophorae au Brésil, ce qui n'a jamais été décrit jusqu'à présent. L'étude d'un point de vue génétique de cette espèce ainsi que la détermination de sa position phylogénétique, sont également une nouveauté. La sympatrie observée au Brésil permet de s'interroger sur l'existence d'une interfécondité possible et d'un flux de gènes entre les 2 espèces. Des études complémentaires à partir d'un échantillonnage plus vaste réalisé sur toute la côte atlantique sud-américaine permettront de confirmer ces résultats. Par ailleurs, la construction d'un arbre phylogénétique à partir des séquences obtenues dans cette étude et de séquences d'autres espèces du même genre, a permis de préciser les positions de ces espèces les unes par rapport aux autres. Ainsi, C. gasar a une position intermédiaire entre les groupes gigas-angulata et virginica-rhizophorae.

Droits : 1999 Univ; La Rochelle, The author
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14365/11656.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00032/14365/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Master
La biodiversité peut être mesurée de nombreuses façons. La dualité entropie-diversité fournit un cadre clair et rigoureux pour le faire. L’entropie est la surprise moyenne fournie par les individus d’une communauté. Le choix de la fonction d’information qui mesure cette surprise à partir des probabilités d’occurence des espèces (ou d’autres catégories) permet de définir les mesures de diversités neutres, fonctionnelles ou phylogénétique présentées ici. L’entropie est transformée en diversité au sens strict par une fonction croissante (l’exponentielle déformée), ce qui simplifie son interprétation en tant que nombre équivalent d’espèces.L’entropie phylogénétique généralise les indices de diversité classique, intègre si nécessaire la distance entre espèces, peut être écomposée et corrigée des biais d’estimation. Sa transformation en diversité au sens strict permet d’interpréter les valeurs sous une forme unique : un nombre équivalent d’espèces et un nombre équivalent de communautés. La diversité de Leinster et Cobbold généralise à son tour la diversité phylogénétique et permet d’autres définitions de la distance entre espèces. Le paramétrage des mesures (l’ordre de la diversité) permet de donner plus ou moins d’importance aux espèces rares et de tracer des profils de diversité.La construction de ce cadre méthodologique est présentée en détail ainsi que plusieurs approches différentes, qui constituent l'état de l'art de la mesure de la biodiversité.
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813
Kourou, France

cel-01205813
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813v2/document
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/cel-01205813/file/Mesures_de_la_Biodiversite.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Hantaviruses' distribution is reassessed after performing a cladistic analysis on 93 strains isolated from rodents, and one used as out-group: Thottapalayam isolated from a shrew. While most hantaviruses found in wild animals were collected in northern Asia, Europe, North America, and South America, only Thottapalayam and Thailand were found in South and Southeastern Asia. Thottapalayam is highly divergent from the other known hantaviruses and may represent the emerging tip of a different lineage. Serological surveys carried out to detect evidence of Hantavirus in human populations revealed positive samples not only in West and Central Africa but also in Thailand, with a first case recently confirmed. This suggests that Hantaan-related viruses may infect humans out of their well-documented range. Thus, if rodents are probably the primary reservoir, other mammals may be involved in the cycle of hantaviruses. Additional work is needed out of the traditional areas where hantaviruses have been recorded. New viruses, different hosts, and different human syndromes may be discovered in the future mainly in Southeastern Asia and in Africa where Muridae rodents are present and highly diversified.
Annals New York Academy of Sciences

ird-00714427
http://hal.ird.fr/ird-00714427
http://hal.ird.fr/ird-00714427/document
DOI : 10.1196/annals.1373.004
IRD : fdi:010045640

Résumé : Les mécanismes à l’origine du maintien de la forte diversité locale des arbres des forêts tropicales humides constituent encore une énigme pour les scientifiques. Cette thèse a pour but d’étudier et de comprendre certains facteurs biotiques et abiotiques qui influencent l’assemblage des communautés des forêts tropicales humides d’Amazonie. A l’aide d’une approche empirique conduite dans les forêts tropicales de Guyane française et du Loreto au Pérou, de nombreuses expériences de terrain ont été mises en place dans le but d’apporter des éléments de réponse sur les mécanismes impliqués dans le maintien de la diversité des communautés d’arbres et d’insectes des forêts amazoniennes. Dans un premier temps, cette thèse permet de souligner l’importance des pressions biotiques exercées sur les communautés d’arbres. En effet, les communautés d’insectes peuvent influencer la composition des communautés d’arbres le long d’un gradient environnemental conduisant à des compromis entre la défense et la croissance. Ces compromis ou tradeoff permettent de maintenir la coexistence des espèces de forêts tropicales humides en favorisant la spécialisation des arbres à leur habitat (Chapitre 1, Annexe 3). Cependant, de nombreux facteurs peuvent engendrer des variations dans les compromis d’allocation exhibés par les plantes, ce qui peut compliquer la validité de ces résultats. Dans ce sens, nous avons souligné l’influence du rôle de la cascade trophique et l’existence chez certaines espèces d’arbres de stratégies d’évitement des insectes (Chapitre 2). Dans un second temps, nous avons montré que les filtres environnementaux et les distances géographiques favorisent un fort turnover de la composition des arthropodes des forêts tropicales (chapitre 3, Annexe 2). Les résultats de cette étude ont des implications fondamentales sur les mécanismes qui expliquent la structuration des communautés d’insectes herbivores. Nous avons souligné l’importance de l’interaction des communautés des insectes herbivores et de leurs plantes associées. De plus, des prédictions sont présentées sur le degré de spécialisation des insectes à leur plante-hôte (Annexe 3), notamment sur les implications possibles dans les compromis d’allocation chez les plantes. Finalement, des perspectives de recherche sont proposées en vue de poursuivre ces travaux de recherche, et notamment des extensions de mes expériences vers d’autres régions tropicales et tempérées et l’intégration de la phylogénie pour comprendre des mécanismes de coévolution entre communautés d’arbres et insectes. Nous proposons également une intégration des résultats de cette thèse dans les stratégies locales et régionales de conservation des forêts tropicales du bassin amazonien.
The mechanisms underlying the maintenance of local diversity of trees in tropical rainforests remain under debate. This dissertation aims to study and understand some biotic and abiotic factors that may influence both tree and insect community assembly in lowland tropical forests of Amazonia. I used an empirical approach to study communities of trees and insects in tropical forests of French Guiana and Peru, to address the extent to which insect herbivores contribute to the turnover of tree species across strong environmental gradients. In Chapter 1, I studied how herbivorous insect communities can influence the composition of tree communities along an environmental gradient by reinforcing tradeoffs between defense and growth that promote habitat specialization (Chapter 1, Appendix 3). The complicated variation in the patterns of growth and defense from this study led me to pursue further observations of an alternative plant defense strategy of time-avoidance of herbivores, which I examined in detail in Chapter 2. I found evidence for coordinated leaf production in some tree species that was consistent with the satiation of herbivores, suggesting that multiple interactions between plants and their herbivores may be responsible for patterns of habitat specialization in trees. In the second part of the dissertation, I examined insect herbivore communities in detail to test for turnover in species composition across geographic and environmental gradients. In Chapter 3, I present evidence for substantial beta-diversity in arthropod communities throughout lowland Amazonian forests. In the discussion I propose research perspectives to complete this research, including the extension of observations to compare tropical and temperate regions and the integration of molecular phylogenetics information to study coevolution of plant lineages and their insect herbivores. I conclude with suggestions for the integration of the results of this thesis in local and regional strategies for the preservation and conservation of tropical forests in the Amazon basin.

http://www.theses.fr/2013AGUY0582/document

Résumé : Ce travail de thèse intitulé «Evaluation de marqueurs génétiques du complexe Mycobacterium tuberculosis combinée à l'utilisation d'outils bioinformatiques: apport en épidémiologie et phylogénie de la tuberculose» a consisté en la sélection et l'évaluation de marqueurs minisatellites dans le cadre d'études épidémiologiques et phylogénétiques du bacille tuberculeux, Une première partie a ainsi porté sur l'épidémie de tuberculose en Guadeloupe, Martinique, et Guyane française ainsi que dans un pays continental à faible incidence de tuberculose, la Suède, Les résultats montrent les disparités existant entre les populations de patients tuberculeux des 3 départements français d'Amérique (DFA) ainsi que les similitudes génotypiques existant entre les bacilles tuberculeux. Par ailleurs le rôle majeur joué par les cas d'importation dans l'épidémie de tuberculose a été montré aussi bien dans les DFA qu'en Suède. Nous nous sommes ensuite intéressés à une utilisation optimale des minisatellites pour une meilleure discrimination de la famille génotypique émergeante « Beijing» circulant au Japon (Osaka, Kobe et Okinawa), ainsi qu'en Russie. Nous avons constaté le faible pouvoir discriminant du format classique 12-locus MIRU (Mycobacterial lnterspersed Repetitive Units) et proposons plusieurs nouvelles stratégies de typage basées plusieurs marqueurs minisatellites incluant certains locus hypervariables. Enfin, dans un troisième volet, nous avons étudié la diversité génétique des bacilles tuberculeux circulant actuellement dans la Caraïbe. laquelle semble refléter le passé historique très particulier de cette zone géographique au croisement d'une multitude de peuplements.
This thesis entitled "Evaluation of genetic markers of Mycobacterium tuberculosis combined with the use of bioinformatics tools: input for epidemiology and phylogeny of tuberculosis" deals with the selection and evaluation of minisatellite markers in the context of epidemiological and phylogenetic studies of the tubercle bacillus M. tuberculosis. The first part of the present work has focused on the epidemic of tuberculosis in Guadeloupe, Martinique and French Guiana as well as in a low incidence continental country, i.e Sweden. The results show differences between populations of TB patients in the three French Departments of America and similarities between the genotypes of the circulating tubercle bacilli Moreover, results highlight the important role played by imported cases for TB epidemic the three French departments of America and Sweden. ln a second part, minisatellite markers have been evaluated for a better discrimination of strains of the emerging genotype "Beijing" circulating in Japan (Osaka, Kobe and Okinawa), and Russia. A low discriminatory power of classical format 12-locus MIRU (Mycobacterial lnterspersed Repetitive Units) was observed and new combinations of minisatellites have also been proposed including hypervariable locus. Finally, the genetic diversity of tubercle bacilli circulating in the Caribbean was investigated which currently seem to reflect historical past of this very special region at the intersection of a multitude of cultures and peoples.

http://www.theses.fr/2011AGUY0427/document