Éditeur(s) : HAL CCSD SciTePress
Résumé : International audience
Data integration and knowledge capitalization combine data and information coming from different data sources designed by different experts having different purposes. In this paper, we propose to assist the underlying model merging activity. For close models made by experts of various specialities, we partially automate the identification of a Greatest Common Model (GCM) which is composed of the common concepts (core concepts) of the different models. Our methodology is based on Formal Concept Analysis which is a method of data analysis based on lattice theory. A decision tree allows to semi-automatically classify concepts from the concept lattices and assist the GCM extraction. We apply our approach on the EIS-Pesticide project, an environmental information system which aims at centralizing knowledge and information produced by different specialized teams.
ICEIS 2012: 14th International Conference on Enterprise Information Systems
Wroclaw, Poland

lirmm-00727009
https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00727009

Éditeur(s) : HAL CCSD Scientific Research Publishing
Résumé : International audience
In order to study social inequalities, indices can be used to summarize the multiple dimensions of the socioeconomic status. As a part of the Equit'Area Project, a public health program focused on social and environmental health inequalities; a statistical procedure to create (neighborhood) socioeconomic indices was developed. This procedure uses successive principal components analyses to select variables and create the index. In order to simplify the application of the procedure for non-specialists, the R package SesIndexCreatoR was created. It allows the creation of the index with all the possible options of the procedure, the classification of the resulting index in categories using several classical methods, the visualization of the results, and the generation of automatic reports.
ISSN: 2161-718X

hal-01161775
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01161775
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01161775/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01161775/file/OJS_2015060814030742.pdf
DOI : 10.4236/ojs.2015.54031

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
We present a graphical user interface to facilitate the processing of teleseismic shear-wave splitting observations. In contrast to a fully automated technique, we present a manual, per-event approach that maintains user control during the sequence of processing. The SplitLab environment is intended to undertake the repetitive processing steps while enabling the user to focus on quality control and eventually the interpretation of the results. Pre-processing modules of SplitLab create a database of events and link the corresponding seismogram files. The seismogram viewer tool uses this database to perform the measurement interactively. Post-processing of the combined results of such a project includes a viewer and export option. Our emphasis lies in the application to teleseismic shear-wave splitting analysis, but our code can be extended easily for other purposes. SplitLab can be downloaded at http://www.gm.univ-montp2.fr/splitting/.
ISSN: 0098-3004

hal-00412372
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00412372
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00412372/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00412372/file/Wuestefeld_Splitlab_CompGeosc2008_hal.pdf
DOI : 10.1016/j.cageo.2007.08.002

Éditeur(s) : HAL CCSD Oxford University Press (OUP)
Résumé : We present a regional surface waveform tomography of the Pacific upper mantle, obtained using an automated multimode surface waveform inversion technique on fundamental and higher mode Rayleigh waves, to constrain the VSV structure down to ∼400 km depth. We have improved on previous implementations of this technique by robustly accounting for the effects of uncertainties in earthquake source parameters in the tomographic inversion. We have furthermore improved path coverage in the South Pacific region by including Rayleigh wave observations from the French Polynesian Pacific Lithosphere and Upper Mantle Experiment deployment. This improvement has led to imaging of vertical low-velocity structures associated with hotspots within the South Pacific Super-Swell region. We have produced an age-dependent averagecross-sectionforthePacificOceanlithosphereandfoundthattheincreaseinVSV with age is broadly compatible with a half-space cooling model of oceanic lithosphere formation. We cannot confirm evidence for a Pacific-wide reheating event. Our synthetic tests show that detailed interpretation of average VSV trends across the Pacific Ocean may be misleading unless lateral resolution and amplitude recovery are uniform across the region, a condition that is difficult to achieve in such a large oceanic basin with current seismic stations.
ISSN: 0956-540X

hal-00105949
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00105949
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00105949/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00105949/file/Maggi_Pacif_tomo_GJI2006.pdf
DOI : 10.1111/j.1365-246X.2006.03037.x

Éditeur(s) : HAL CCSD BioMed Central
Résumé : International audience
Background: Increasingly, similarity networks are being used for evolutionary analyses of molecular datasets. These networks are very useful, in particular for the analysis of gene sharing, lateral gene transfer and for the detection of distant homologs. Currently, such analyses require some computer programming skills due to the limited availability of user-friendly freely distributed software. Consequently, although appealing, the construction and analyses of these networks remain less familiar to biologists than do phylogenetic approaches. Results: In order to ease the use of similarity networks in the community of evolutionary biologists, we introduce a software program, EGN, that runs under Linux or MacOSX. EGN automates the reconstruction of gene and genome networks from nucleic and proteic sequences. EGN also implements statistics describing genetic diversity in these samples, for various user-defined thresholds of similarities. In the interest of studying the complexity of evolutionary processes affecting microbial evolution, we applied EGN to a dataset of 571,044 proteic sequences from the three domains of life and from mobile elements. We observed that, in Borrelia, plasmids play a different role than in most other eubacteria. Rather than being genetic couriers involved in lateral gene transfer, Borrelia's plasmids and their genes act as private genetic goods, that contribute to the creation of genetic diversity within their parasitic hosts. Conclusion: EGN can be used for constructing, analyzing, and mining molecular datasets in evolutionary studies. The program can help increase our knowledge of the processes through which genes from distinct sources and/or from multiple genomes co-evolve in lineages of cellular organisms.
ISSN: 1471-2148

hal-01544799
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01544799
DOI : 10.1186/1471-2148-13-146

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The research presented in this thesis aims at determining the possibility of partial or total automatic ship detection in High Resolution optical satellite images. At first, we expose the industrial context of our study, which fixes the constraints in terms of performances and processing time. Then, we present the available satellite data for our study (SPOT 5 panchromatic images of 5m per pixel resolution). Then we detail our approach for ship detection : the first stage is a pre-detection of targets that gives us candidates. The second stage is a precise segmentation of each candidate and the third stage is a classification of candidates. Our pre-detection method is based on the Bayesian decision theory. This pre-detection supplies a set of regions of interests (ROI). Among them, we have ships, but also false alarms due to clouds and to crests of waves. The purpose of the following stage is to eliminate the false alarms and to characterize the pre-detected ships. Then, we detail the method used to segment candidates. It uses active contours and also uses the Bayesian decision theory. After a brief description of the characteristics extracted for the classication of ships, we present the classifier that we used. We complete the ship characterization by presenting two methods of wave ship detection. The first approach uses active contours and the second is based on an a contrario approach. We compare the results of these two approaches. To complete the study and replace it in the industrial and operational context, we present experiments of the complete algorithm on complete images to estimate the performances and the processing time of the whole method.
Les travaux présentés dans cette thèse ont pour but de déterminer la possibilité d'automatiser, partiellement ou totalement, la détection de bateaux à partir d'images satellitaires optiques haute résolution. Nous exposons tout d'abord le contexte industriel dans lequelle s'insère notre étude, qui fixe les contraintes en termes de performances et de temps de traitement. Puis, nous présentons les données satellitaires disponibles dans le cadre de notre étude (images SPOT 5 panchromatique de résolution 5m). Après avoir illustré le contenu des scènes, nous présentons la démarche adoptée pour la détection des navires : une phase de pré-détection suivie d'une étape de segmentation et d'une étape de classification. La méthode de pré-détection utilisée s'appuie sur la théorie bayésienne de la décision. Après avoir présenté le modèle classique, nous discutons du modèle que nous avons utilisé. Cette pré-détection fournit un ensemble de régions d'intérêts. Parmi elles, nous n'avons pas uniquement des bateaux, nous avons également des fausses alarmes dues aux nuages et aux crêtes de vagues. Le but de l'étape suivante est à la fois d'éliminer les fausses alarmes et de caractériser les bateaux pré-détectés. Ensuite, nous détaillons la méthode utilisée pour segmenter les bateaux. Elle s'appuie sur des contours actifs et utilise également la théorie bayésienne de la décision. Après avoir décrit les caractéristiques extraites pour la classification des bateaux, nous présentons le classifieur utilisé. Nous complétons la caractérisation des navires en présentant deux méthodes de détection des sillages différentes des méthodes classiques. La première approche s'appuie sur l'utilisation de contours actifs et la seconde est basée sur une approche a contrario. Nous comparons les résultats des ces deux approches. An de compléter l'étude et se replacer dans le contexte industriel et opérationnel de la thèse, nous présentons des expérimentations de l'ensemble de l'algorithme sur des images complètes pour évaluer les performances et le temps de traitement.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00560119

tel-00560119
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00560119
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00560119/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00560119/file/These_NadiaProia_Version_Finale.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
A new method to grow large single crystals with stoichiometry close to 1:1:2 of CuInSe2, an important member of the I-III-VI2 family of chalcopyrite semiconductors for optoelectronic device applications, is described. This is called the horizontal varying gradient zone freeze technique and consists of the selenization in the liquid phase of stoichiometric Cu and In and later solidification under programmed varying gradient in a fully automated multiple zone horizontal furnace. All ingots obtained with Se pressure between 15 and 1760 mm of Hg were single phase having chalcopyrite structure and p-type conductivity. X-ray, DTA, optical and electrical characterizations of the samples taken from different parts of the ingots were made. From energy dispersive spectroscopy it is found that the samples of the ingot obtained with Se pressure at 836 mm of Hg were much closer to the ideal stoichiometry 1:1:2.
ISSN: 0022-0248

hal-00808624
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00808624
DOI : 10.1016/0022-0248(95)00346-0

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Given the technological development of embedded satellite sensors, the potential of available satellite images increases so that the question now arises of their most efficient exploitation possible. This is the purpose of the CARTAM-SAT project to fluidize the processing workflow from satellite images to users. The thesis is part of this framework.Processing operations relating to images have evolved over the years. Low-resolution images were processed by a so-called pixel approach while the high-resolution has allowed the development of a so-called object approach. The latter focuses on analysing not about the isolated pixels, but about groups of pixels representative of concrete objects on the ground. Thus, in principle, these are groups of pixels with a domain-specific remote sensing semantics.Along with satellite imagery, knowledge representation has evolved. The standards of representation have benefited from the expansion of the web to give rise to standards like OWL. This one is widely based on description logics that allow the use of automated reasoners able to infer implicit knowledge.This thesis is at the junction of these two sciences and provides an ontological approach for analysing satellite images. The aim is to formalize different types of knowledges and conceptualizations implicitly used by image processing programs and by remote sensing experts, and then reasoning automatically on an image description to obtain one semantic interpretation.This general principle may have numerous technical variations. The implementation consisted in a prototype combining a satellite image analysis library and an ontology-based reasoner. The implementation proposed in the thesis allows to explore four technical variations of the principle that lead to discussions on the complementarity of pixel and object analysis paradigms, the representation of some of the spatial relations and the role of knowledge in relation to processing.
Étant donnée l'évolution technologique des capteurs embarqués à bord des satellites, le potentiel d'images satellitaires accessible s'accroît de telle manière que se pose maintenant la question de son exploitation la plus efficace possible. C'est l'objectif du projet CARTAM-SAT que de fluidifier la chaîne de traitement depuis les satellites jusqu'aux utilisateurs des images. La thèse s'inscrit dans ce cadre. Les traitements relatifs aux images ont évolué au cours des années. Les images basse résolution étaient traitées par une approche dite pixel alors que la haute résolution a permis le développement d'une approche dite objet. Cette dernière s'attache à analyser non plus des pixels isolés, mais des groupes de pixels représentatifs d'objets concrets sur le terrain. Ainsi, en principe, ces groupes de pixels sont dotés d'une sémantique propre au domaine de la télédétection. La représentation des connaissances a évolué parallèlement aux images satellitaires. Les standards de représentation ont profité de l'expansion du web pour donner naissance à des standards comme OWL. Celui-ci repose en grande partie sur les logiques de description qui permettent l'utilisation de raisonneurs automatiques capables d'inférer une connaissance implicite.Cette thèse se place à la jonction de ces deux sciences et propose une approche ontologique d'analyse des images satellitaires. Il s'agit de formaliser différents types de connaissances et de conceptualisations implicitement utilisés par les logiciels de traitement d'image et par les experts en télédétection, puis de raisonner automatiquement sur la description d'une image pour en obtenir une interprétation sémantique.Ce principe général est susceptible de nombreuses déclinaisons techniques. La mise en œuvre a consisté en la réalisation d'un prototype alliant une bibliothèque d'analyse d'images satellitaires et un raisonneur basé sur les ontologies. L'implémentation proposée dans la thèse permet d'explorer quatre déclinaisons techniques du principe qui mènent à des discussions sur la complémentarité des paradigmes d'analyse pixel et objet, la représentation de certaines relations spatiales et la place de la connaissance par rapport aux traitements.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00998692

NNT : 2013MON20059
tel-00998692
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00998692
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
Les entrepôts de données occupent aujourd'hui une place centrale dans le processus décisionnel. Outre leur consultation, une des finalités des entrepôts est de servir de socle aux techniques de fouilles de données. Malheureusement, les approches existantes exploitent peu les particularités des entrepôts (multidimensionnalité, hiérarchies et données historiques). Parmi ces méthodes, l'extraction de motifs séquentiels multidimensionnels a récemment été étudiée. Nous montrons dans cet article que ces dernières ne tirent pas pleinement profit des hiérarchies et ne découvrent par conséquent qu'une partie seulement des motifs qualitativement intéressants. Nous proposons alors une méthode d'extraction de motifs séquentiels multidimensionnels basée sur un automate et extrayant de nouveaux motifs. Les différentes expérimentations menées sur des jeux de données synthétiques attestent des bonnes performances de notre proposition.
EGC: Extraction et Gestion des Connaissances
Hammamet, Tunisia

hal-00502002
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00502002
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00502002/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00502002/file/SALINES-EGC.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Motivation: Data management and quality control of output from Illumina sequencers is a disk space- and time-consuming task. Thus, we developed Aozan to automatically handle data transfer, demultiplexing, conversion and quality control once a run has finished. This software greatly improves run data management and the monitoring of run statistics via automatic emails and HTML web reports. Availability and Implementation: Aozan is implemented in Java and Python, supported on Linux systems, and distributed under the GPLv3 License at: http://www.outils.genomique.biologie.ens.fr/aozan/. Aozan source code is available on GitHub: https://github.com/GenomicParisCentre/aozan.
Bioinformatics

hal-01545317
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01545317
DOI : 10.1093/bioinformatics/btx154

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
L'extraction de motifs séquentiels fréquents dans les data streams est un enjeu important traité par la communauté des chercheurs en fouille de données. Plus encore que pour les bases de données, de nombreuses contraintes supplémentaires sont à considérer de par la nature intrinsèque des streams. Dans cet article, nous proposons un nouvel algorithme en une passe : SPAMS, basé sur la construction incrémentale, avec une granularité très fine par transaction, d'un automate appelé SPA, permettant l'extraction des motifs séquentiels dans les streams. L'information du stream est apprise à la volée, au fur et à mesure de l'insertion de nouvelles transactions, sans pré-traitement a priori. Les résultats expérimentaux obtenus montrent la pertinence de la structure utilisée ainsi que l'efficience de notre algorithme appliqué à différents jeux de données.
EGC'09 : Extraction et Gestion des Connaissances
Strasbourg, France

lirmm-00345563
https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00345563

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Cet ouvrage s’adresse aux étudiants des licences et masters ainsi qu’aux ingénieurs et aux chercheurs intéressés par la notion de perturbationdans les systèmes dynamiques décrits par des équations aux dérivées partielles (distribués).L’ouvrage explore des idées originales sur les notions de source, de détection de sources inconnues, de remédiabilité et de domination, sousdiverses formes et pour de nombreuses classes de systèmes distribués. La notion de domination, développée depuis peu, enrichit les divers conceptsde l’analyse des systèmes distribués. Elle donne la possibilité de comparer (ou de classifier) les systèmes, à travers les opérateurs de contrôle etde sortie. De par ce fait la domination permet de choisir de "meilleures" entrées-sorties pour mieux réagir quand il y a une perturbation.Les notions de détection, de remédiabilité et de domination sont également explorées d’un point de vue régional. La notion d’étalabilité et son lien avec la vulnérabilité y est également considérée.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297271

ISBN : 978-2-35412-241-6
hal-01297271
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297271

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
An automated assay of anti-P1 allohemagglutinins has been carried out on 133 P2 subjects: 13 with acute hepatic distomiasis (Fascioliasis), 20 with hydatidosis and 100 healthy blood donors. Anti-P1 were detected in 100% of the distomatid sera, in 50% of the hydatid and in 29% of the healthy individuals. When compared to a reference serum test (anti-P1 standard), their concentration was found to be weak in healthy subjects, moderate in hydatidosis and exceptionally increased in acute distomiasis (up to 5-6 times the standard anti-P1 level). The 2-mercaptoethanol treatment showed that even the increased distomatid anti-P1 sera were of an IgM nature. The respective origin, synthesis and strength of these allohemagglutinins are discussed and the advantages of using distomatid IgM anti-P1 as human sera test are emphasized.
ISSN: 0042-9007

hal-00715441
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00715441
PUBMED : 7385756

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
This paper investigates an application of wireless sensor networks to highlight existing communities within bird populations by collecting and analyzing behavioral and social data. We propose a solution based on fixed sensors fitted with microphone, a method more suited to the context of birds. This kind of sensor provides a good mean to enable the automatic detection of bird songs and thus to elicit social interactions between individuals by analyzing the occurrence and location of songs into given regions. The underlying sensor network architecture we propose allows each item to capture individual and collective patterns, by measuring the frequency of interactions among birds and between birds and regions. In this paper, we discuss our motivation to design a new architecture, and advantages and limitations of the proposed method. We demonstrate the efficiency of our solution by experimentations conducted by our simulation tool called Lypus.
IEEE 36th Conference on Local Computer Networks (LCN)
Bonn, Germany

hal-00656113
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00656113
DOI : 10.1109/LCN.2011.6115565

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
La littérature existante sur la stabilité des systèmes est assez importantemais disparate et l’objet de ce livre est de réunir enun seul document les résultats essentiels sur la stabilité des systèmesdynamiques de dimension finie et leurs extensions dans le cas dedimension infinie. Comme les systèmes distribués évoluent dans letemps et l’espace, les explorations et les recherches sur leur stabilitéétaient essentiellement centrées sur le domaine global dans lequelévolue le système. Nous avons fortement ressenti que, dans ce sens,des considérations importantes manquaient : celles qui consistentà considérer que le système peut faire l’objet d’intérêt dans unecertaine région donnée de ce domaine global. Cela est le cas dansde nombreuses applications allant des sciences de l’ingénieur auxsciences du vivant. Pour cette raison, nous avons dédié cet ouvrageà une extension des résultats classiques au cas régional.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297182

ISBN : 978-2-35412-231-7
hal-01297182
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297182

Résumé : Cette thèse traite de la problématique de l'analyse automatique de tracés manuscrits réalisés à mains levée, à caractère géométrique et acquis en ligne. Lorsque l'on analyse un tracé en ligne, on peut le faire selon plusieurs angles. Comme pour les tracés hors ligne, on peu s'atteler à reconnaitre la forme produite. Mais le caractère en ligne de l'acquisition permet également d'autres niveaux d'analyse, comme l'analyse de la procédure utilisée par le dessinateur lors de la production de son dessin. Nous avons dans le cadre de ce travail élaboré des outils permettant de telles analyses de la production de tracé. Dans une première partie nous traitons des pré traitements à effectuer sur le tracé afin de pouvoir procéder aux analyses spatio-graphique et procédurale. Ces pré traitements sont le filtrage, la segmentation mixte à base d'arcs de cercles et de segments de droite, la sélection des points d'intérêt ainsi que l'identification de la nature de ces points. La seconde partie concerne l'analyse visuo-spatiale. Nous abordons alors deux aspects: la question de la reconnaissance des formes et celle de l'évaluation automatique de leur qualité. Notre contribution consiste en une méthode de reconnaissance basée sur l'apparence utilisant des descripteurs locaux. La dernière partie traite de l'analyse procédurale. Nous proposons une méthode d'extraction et de modélisation de la procédure mise en œuvre lors du dessin d'une forme. Nous montrons comment en utilisant cette modélisation, nous pouvons non seulement déterminer la procédure favorite d'un utilisateur mais également reconnaitre un dessinateur par l'analyse de sa procédure.
This thesis handles the problem of the automatic analysis of online hand drawn geometric sketches. An online sketch can be analysed according to several points of view. As for offline sketching, we can try to recognize the produced shape. However, online sketching allows other levels of analysis. For example the analysis of the behavior of the drawer during the production of the sketch. In this thesis, we have tried to develop tools allowing a multi level analysis, including both shape and behavior analysis. The first part of our work deals with the pre treatments that must be performed on the sketch in order to allow upper level analysis. Those pre treatments are filtering, mixed segmentation and feature points detection and labelisation. In the second part, we approach shape analysis in two aspects: shape recognition and evaluation. We have developed a appearance based method which use local descriptors to allows both recognition and evaluation of the quality of a produced shape compared to the model . in the last part we propose a method for drawer's behavior extraction and modeling. Then we show how we can not only determine the favorite procedure of a drawer but also recognize the drawer by analyzing his behavior.

http://www.theses.fr/2010AGUY0394/document

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Environmental context The safeguarding of water supplies and drinking water is a major issue when considering human health risk management. In this context, an automatic and on-site fractionation system for the detection of organic contaminants has been developed. The main goal of this system is to establish an initial diagnosis by identifying a class of substances involved in a case of pollution. Abstract This paper proposes a new approach for the preconcentration, fractionation, prediction and detection of organic micropollutants in water. The main aim of this study was to implement an innovative fractionation method and a prediction model based on the physicochemical properties of compounds and interactions with the sorbent of solid-phase extraction cartridges. Two sorbents (Strata-SAX and Oasis-HLB) and three specific eluting solvents (mixture of methanol and sodium chloride and mixtures of acetonitrile and ultrapure water) were used to separate organic compounds into five specific fractions according to their physicochemical properties (anionic and cationic or neutral compounds with various polarity). More than 75 molecules (43 molecules individually studied and a mixture with 43 molecules, including 11 molecules individually studied) including pesticides, pharmaceuticals, endocrine disruptors and polycyclic aromatic hydrocarbons, with various properties were studied, and the results showed that the elution fraction can be predicted for more than 85% of the compounds. This methodology could simplify the analytical chain by reducing detailed analysis on limited categories of compounds, and could be used for a rapid and on-site screening of organic compounds. © CSIRO 2016.
Environmental Chemistry

hal-01373945
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01373945
DOI : 10.1071/EN15135

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
We present GravProcess, a set of MATLAB routines to process gravity data from complex campaign surveys and calculate the associated gravity field. Data reduction, analysis, and representation are done using the MATLAB Graphical User Interface Tool, which can be installed on most systems and platforms. Data processing is divided into several steps: (1) Integration of gravity data, station location, and gravity line connection input files; (2) Gravity data reduction applying solid-Earth tide and instrumental drift corrections and, depending on the required processing level, air pressure and oceanic tidal corrections; (3) Automatic network adjustment and alignment to absolute base stations; (4) Free air and terrain corrections to calculate gravity values and anomalies, and to estimate the associated errors. The final step is dedicated to post-processing and includes graphical representations of data and an output text file, which can be used by Geographic Information System software. An example of this processing chain applied to a recent survey in northern Morocco is given and compared with previous available results.
ISSN: 0098-3004

hal-01217120
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01217120
DOI : 10.1016/j.cageo.2015.04.005

Résumé : La tuberculose (TB), maladie infectieuse contagieuse, est causée par une mycobactérie appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC). Malgré de nombreuses campagnes de vaccination par le BCG (Bacilles de Calmette et Guérin) et les traitements antituberculeux, on observe une réémergence de la maladie depuis les années 80. Ce bouleversement s’explique par la coïnfection avec le virus du VIH/SIDA, la désorganisation des systèmes de santé et par l’apparition des bactéries résistantes aux principaux antibiotiques antituberculeux. Dans ce contexte une meilleure connaissance des mouvements et de l’évolution des clones circulants du bacille tuberculeux permettrait de détecter plus rapidement et de façon plus pertinente l’émergence d’épidémies. Le contrôle et la surveillance de la maladie représentent des moyens essentiels pour lutter contre l’expansion mondiale de la tuberculose. C’est ainsi que l’unité de la Tuberculose et des Mycobactéries de l’Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG) a mis en place une base de données de profils génotypiques pour l’étude de l’épidémiologie globale de la tuberculose. Dans le cadre de cette thèse, nous décrirons les méthodes de bioinformatique qui ont été utilisées pour la gestion et l’exploitation de la 6ème version (SITVIT2) de cette base de données des génotypes pour mieux comprendre l’évolution et la dissémination mondiale du bacille tuberculeux. Cette base intègre aussi plusieurs marqueurs moléculaires tels que les MIRU-VNTRs (« mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats ») et le Spoligotype43 servant à mieux décrire et identifier les familles de profils génotypiques du MTBC. La banque de données SITVIT2 ne cesse d’évoluer, et elle contient actuellement des informations épidémiologiques sur 111 635 isolats cliniques. Cette base de données est consultable en ligne à l’adresse suivante : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. Nous avons également réalisé une base de données nommée SITVITBovis qui est dédiée à la tuberculose bovine. Cette base de données sera accessible à l’adresse : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/. Parallèlement au développement et à la gestion des bases de données, ce travail de thèse s’est appuyé sur plusieurs études épidémiologiques et phylogéographiques mettant en corrélation les données disponibles sur la résistance aux médicaments ou les caractéristiques démographiques (dont le sexe, l’âge, le statut VIH, et l’origine du patient). Notre initiative de recherche permet ainsi d’améliorer la caractérisation phylogénétique détaillée des lignées du MTBC, ainsi que l’épidémiologie des clones en circulation, afin d’élaborer une cartographie géographique des isolats cliniques prédominants pour les bacilles tuberculeux principalement impliqués dans la maladie, à l’échelle nationale, régionale et mondiale. La superposition ultérieure de ces cartes avec des données sociopolitiques, économiques et démographiques obtenues auprès de Systèmes d’information géographique (SIG) ont permis de dresser un portrait précis des disparités actuelles par pays ou sous-région. Cette thèse représente une importante collaboration avec plusieurs équipes de chercheurs travaillant également dans le domaine de l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose. L’objectif à long terme de ce travail, est d’optimiser la structure de la base, et de pérenniser l’enrichissement de celle-ci (notamment par l’automatisation et la facilité de la saisie de données). Une représentation optimale et une meilleure accessibilité des données de la base conforteraient les efforts faits pour le contrôle et la surveillance de la TB dans monde.
Tuberculosis (TB) is a contagious infectious disease caused by mycobacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). Despite numerous campaigns of vaccination by the BCG (Bacillus Calmette-Guérin) vaccine, and TB treatments, there was a resurgence of the disease since the 80s. This disruption is due to coinfection with HIV/AIDS, disorganization of health systems and the emergence of bacteria resistant to anti-TB drugs. In this context, a better understanding of the movements and changes of circulating clones of tubercle bacilli would detect faster and more relevant emerging epidemics. The control and monitoring of the disease are essential means to fight against the worldwide spread of tuberculosis. Thus the TB and Mycobacteria unit of the Pasteur Institute of Guadeloupe (IPG) has developed a database of genotypic profiles for the study of global epidemiology of tuberculosis.In this thesis, we discuss the Bioinformatical methods that have been used for the management and development of the 6th version (SITVIT2) of this database of genotypes to better understand the evolution and global dissemination of the tubercle bacillus. The database also includes several molecular markers such as MIRU-VNTRs (mycobacterial interspersed repetitive units- variable number of tandem repeats) and Spoligotype43 allowing a better description and identification of the families of genotypic profiles of Mycobacterium tuberculosis complex. SITVIT2 database is constantly evolving, and it currently contains epidemiological information on 111,635 clinical isolates. This database is available online at the following address: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. We also developed a database named "SITVITBovis", which is dedicated to bovine tuberculosis. This database will be accessible at: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/.Alongside the development and management of databases, this work was based on several epidemiological and phylogeographic studies correlating data on drug resistance or demographic characteristics (including sex, age, HIV status, and the origin of the patient). Our research initiative is thus focused to further improve in depth phylogenetic characterization of MTBC lineages, as well as the epidemiological analysis of circulating clones to generate evidence-based geographical mapping of predominant clinical isolates of tubercle bacilli causing the bulk of the disease both at country and regional level. Further superposition of these maps with socio-political, economical and demographical available through Geographic Information Systems (GIS) allows to have a precise view of prevailing disparities at the level of country or sub-region. This thesis represents an important collaboration with several researchers teams also working in the field of molecular epidemiology of tuberculosis.The long-term goal of this work is to further optimize the database structure, and sustain enriching it (including automation and ease of data entry). Optimum performance and accessibility of data in the database would reinforce efforts to control and surveillance of TB in the world.

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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Predicting, modelling and analysing the metabolism of xenobiotics, foreign substances to an organism, using computer methods, has been a major challenge for the scientific community for many years. This thesis aims to implement multiscale computing methods for predicting and analyzing the metabolism of xenobiotics. A first focus of this study was on the construction and de novo automatic annotation of metabolic graphs combining high sensitivity and precision. These graphs thus provide the prediction of the metabolism of xenobiotics in humans, as well as the genotoxicity of the molecules and atoms that make up xenobiotics. Then, the work focused on the implementation of a dynamic mathematical model modelling enzymatic competition effects through the development of a methodology allowing the exploitation of limited biological data while limiting inherent biases.
Prédire, modéliser et analyser le métabolisme de xénobiotiques, substances étrangères à un organisme, à l’aide de méthodes informatiques est un challenge majeur mobilisant la communauté scientifique depuis de nombreuses années. Cette thèse vise à implémenter des méthodes informatiques multi-échelles pour prédire et analyser le métabolisme des xénobiotiques. Un premier axe de cette étude portait sur la construction et l’annotation automatique de novo de graphes métaboliques combinant fortes sensibilités et précisions. Ces graphes fournissent ainsi la prédiction du métabolisme de xénobiotiques chez l’homme, ainsi que la génotoxicité des molécules et atomes qui le composent. Puis, le travail s’est orienté sur l’implémentation d’un modèle mathématique dynamique modélisant des effets de compétition enzymatique à travers le développement d’une méthodologie permettant l’exploitation de données biologiques restreintes tout en limitant les biais inhérents.
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