![]() | Journées du Département RA - Compte-rendu de la revue du thème "santé des cheptels" Auteur(s) : Grizel, Henri Berthe, Franck Résumé : Les 21 et 22 juin 2000, le Département des Ressources Aquacoles a consacré ses journées annuelles à une revue du thème "santé des cheptels" et du dispositif de recherche en pathologie sur les filières poissons, crustacés et mollusques, domaine très stratégique pour l'aquaculture marine française. Les objectifs des ces journées, rappelés par Yves Harache, Directeur du Département, étaient les suivante : • Dresser le bilan des actions de recherche menées par l'Ifremer en pathologie des espèces aquacoles,
• Repréciser la stratégie (objectifs/moyens) du Département des Ressources Aquacoles sur le thème "santé des cheptels",
• Programmer les actions de recherche à venir,
• Stimuler les interactions entre groupes de recherche et laboratoires impliqués. Le présent rapport rend compte du contenu des débats de ces deux journées. Droits : 2000 Ifremer http://archimer.ifremer.fr/doc/00164/27547/25711.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00164/27547/ | Partager |
![]() | L'aide communautaire au secteur aquacole français 1986-1990 Auteur(s) : Antona, Martine Éditeur(s) : Société d'édition d'Aqua Revue Résumé : Le présent article aborde principalement les règlements 2908/83 et 4028/86 des mesures structurelles relatives à la pêche et à l'aquaculture. Néanmoins des comparaisons seront faites avec les règlements de type agricole (encart 2) qui participent également au financement de l'aquaculture marine (2) : de 1986 à 1989, 113 projets français d'aquaculture ont été financés dans le cadre des règlements "agricoles" 797/85 et 1760/87. [OCR NON CONTRÔLE] Aqua revue (Société d'édition d'Aqua Revue), 1991-07 , N. 37 , P. 15-20 Droits : Société d'édition d'Aqua Revue http://archimer.ifremer.fr/doc/1991/publication-4102.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4102/ | Partager |
![]() | Emergence de maladies chez les organismes d'intérêt aquacole : quelques scénarios illustrés d'exemples Auteur(s) : Saulnier, Denis Reynaud, Yann Arzul, Isabelle Miossec, Laurence Le Roux, Frédérique Goarant, Cyrille Éditeur(s) : INRA Résumé : According to the world organisation for animal health (OIE) an emerging disease is defined as a recently admitted serious illness, whose aetiology can, or not, have already been established, and which is likely to be propagated within a population or between populations, for example at the time of international exchanges of aquatic animals and/or products of aquatic animals. Even though the emerging diseases that affect human health have been much studied, those which affect marine organisms and species of aquaculture interest in particular are poorly documented. By restricting emergence to only infectious diseases, we aim at presenting in a non-exhaustive way some scenarios of the emergence of the diseases of aquacultured species by illustrating them with three examples available in the scientific literature: one relating to the appearance of a pathogenic agent in a new host with the case of the herpesvirus of the Koï carp, the other with the evolution of a pre-existing pathogenic agent with the case of shrimp vibriosis due to Vibrio nigripulchritudo in New Caledonia, and the last example relating to the introduction of one pathogenic pre-existing pathogen in an unscathed area with the case of Bonamia ostreae infecting the flat oyster Ostrea edulis. The causes of the emergence of diseases are multiple and implicate in an intercurrent way pathogenic agents, the environment, the host or host species and anthropogenic factors. In the marine environment, these causes are very often ignored. In this context, the development of zoosanitary surveillance networks and diagnostic tools present a considerable interest in order to anticipate, prevent and/or intervene on the emergence of the diseases by limiting their sanitary, ecological and political consequences. Selon l'Office International des Epizooties (OIE) une maladie émergente désigne une maladie grave récemment reconnue, dont la cause peut, ou non, avoir déjà été établie, et qui est susceptible de se propager au sein d'une population ou entre des populations, par exemple à l'occasion d'échanges internationaux d'animaux aquatiques et/ou de produits d'animaux aquatiques. Si les maladies émergentes qui affectent la santé humaine ont été très étudiées, celles qui touchent les organismes marins et les organismes aquacoles d'intérêt économique en particulier sont en revanche peu documentées. C'est en restreignant l'émergence aux seules maladies infectieuses que seront présentés de façon non exhaustive quelques scénarios de l'émergence des maladies chez les organismes d'intérêt aquacole en les illustrant par trois exemples disponibles dans la littérature scientifique : l'un relatif à l'apparition d'un agent pathogène chez un nouvel hôte avec le cas de l'herpesvirus de la carpe Koï, l'autre à l'évolution d'un agent pathogène existant avec le cas de la vibriose à Vibrio nigripulchritudo sévissant dans les élevages de crevettes pénéides de Nouvelle-Calédonie et enfin le dernier lié à l'introduction d'un pathogène préexistant avec le cas de Bonamia ostreae infectant l'huître plate Ostrea edulis. Les causes d'émergence de maladies sont multiples et font intervenir de façon intercurrente l'agent pathogène, l'environnement, l'hôte ou les espèces hôtes et des facteurs anthropiques. Dans le milieu marin, ces causes sont bien souvent méconnues. Dans ce contexte le développement des réseaux de surveillance et des techniques de diagnostic revêtent un intérêt considérable afin d'anticiper, de prévenir et/ou d'intervenir sur l'émergence des maladies en limitant leur conséquences sanitaires, écologiques et politiques. INRA Productions Animales (INRA), 2007-07 , Vol. 20 , N. 3 , P. 207-212 Droits : INRA http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-2980.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2980/ | Partager Voir aussi Cyprinus carpio Ostrea edulis Bonamia ostreae Peneides Vibrio nigripulchritudo Herpesvirus Agent pathogène Télécharger |
![]() | Réflexion sur les perspectives de recherche en matière d'analyse des systèmes de gestion Auteur(s) : De Verdelhan, Claude Gros, Philippe Catanzano, Joseph Résumé : (i) La pertinence du thème est attestée par la richesse de la littérature internationale qui lui est consacrée. 11 convient au demeurant de noter la présence de publications de l'IFREMER dans ce même domaine. Les principaux acquis procèdent généralement d'approches descriptives, permettant de disposer à ce jour d'un inventaire quasi exhaustif des différents outils de gestion classiquement mis en oeuvre. D'ores et déjà il apparaît que la question de la transférabilité de mesures de gestion (e.g QIT, Licence, PME...) soulève plusieurs interrogations: cohérence juridique, acceptabilité, contrôle, coûts, efficience... Mais surtout, poser l'étude de la régulation en termes d'analyse du comportement d'un système élargit le champ des investigations au delà du domaine habituel de l'halieutique. C'est cette complexification de la problématique qui a principalement nourri la réflexion du groupe.
(ii) En plus des travaux scientifiques produits sous ce thème, l'IFREMER, du fait de ses missions, se doit de répondre aux diverses sollicitations d'avis et d'expertise; pour ce qui concerne les ressources halieutiques cette charge incombe au Département RH. En outre, celui-ci a été amené à assurer un ensemble de tâches récursives (échantillonnage, statistiques de pêche et autres collectes de données) fortement consommatrices de temps, de moyens et contraignant à la dispersion géographique. Enfin, en tant qu'acteur du système de gestion, l'IFREMER s'est trouvé soumis à une certaine réserve quant à l'évaluation du système lui même, y compris son éventuelle remise en cause, ainsi qu'à des clauses limitatives pour l'exploitation et la valorisation des données. Aujourd'hui, près de 80 % de l'activité du Département sont dévolus à la réalisation d'études destinées à fournir des avis en réponse aux demandes émanant par exemple du CIEM, du CSTP, des COREMODE, des divers Comités Professionnels, des Etats Régionaux de la Ressource, et à s'impliquer dans des dossiers tels que les SMVM, le système de gestion en Méditerranée, les POP, les Plans Sectoriels, les conflits d'espace spécifiques (extraction de granulats, aquaculture) (1).
La nature et la diversité de ces questions reflètent:
-le statut d'interlocuteur privilégié de l'IFREMER;
-la complexification des interactions pour l'accès ou l'usage des ressources marines; -la position centrale du thème de la régulation. [OCR NON CONTRÔLE] Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/1992/rapport-4235.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4235/ | Partager |
![]() | Natural hybridization between genetically differentiated populations of Crassostrea gigas and C-angulata highlighted by sequence variation in flanking regions of a microsatellite locus Auteur(s) : Huvet, Arnaud Fabioux, Caroline Mccombie, Helen Lapegue, Sylvie Boudry, Pierre Éditeur(s) : Inter-Research Résumé : The marine environment is of special interest for studying hybridization between closely related taxa because of the high dispersal potential of planktonic larvae, such as those of most bivalve species. The oysters Crassostrea angulata and C. gigas are known to be very close genetically and entirely inter-fertile under controlled conditions. However, hybridization in the wild had not been investigated, mainly due to the lack of nuclear diagnostic markers. In the present paper, we first estimated genetic differentiation between these 2 closely related taxa using 8 microsatellite markers. Interestingly, 5 markers displayed significant differences of allele size between taxa. The subsequent sequencing of alleles of one of these microsatellites showed several mutational events, which suggested null alleles and homoplasy. The presence of 1 insertion/deletion event in its 5' flanking sequence enabled us to design a new bi-allelic ('C' and 'NC') nuclear PCR-restriction fragment length polymorphism (-RFLP) marker (CG44R). This, together with a mitochondrial DNA marker, was used to analyze populations of C. angulata and C. gigas. The CG44R allele frequencies were very different between C. angulata (f[C] = 0.91) and C. gigas (f[NC] = 0.92) populations. This analysis also provided evidence for hybridization between C. angulata and C. gigas in a wild Portuguese population where the 2 taxa are in contact due to recent transportation of C. gigas stocks for aquacultural production. Our results represent the first indication of hybridization between these 2 taxa in the natural environment, and contribute to knowledge of the evolutionary history of the Crassostrea genus. Marine Ecology Progress Series (0171-8630) (Inter-Research), 2004 , Vol. 272 , P. 141-152 Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-3355.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3355/ | Partager Voir aussi Allele size Microsatellites Genetic differentiation Hybridization Crassostrea gigas Crassostrea angulata Télécharger |
![]() | Rapport de faisabilité de l’estimation de l’âge du Platax (Platax orbicularis) à Tahiti Auteur(s) : Elleboode, Romain Mahe, Kelig Résumé : L’équipe de l’IFREMER du centre de Polynésie et celle de la Cellule Innovation et Valorisation de la Direction des Ressources Marines de Polynésie Française mènent des travaux afin de maîtriser la zootechnie de l’élevage du Platax (Platax orbicularis) en lagon. Des connaissances sur la physiologie de la reproduction s’est faite sur ces animaux, mais aucune information n’est disponible quant à l’évolution de la productivité de ces animaux en fonction de leur croissance (pas de données d’âge). Le pôle national de sclérochronologie de l’Ifremer de Boulogne-sur-Mer a été sollicité pour réaliser une étude de faisabilité de l’estimation de l’âge de cette espèce. Pour cela, dans un premier temps des techniques de préparation ont été utilisées sur des otolithes de poissons ayant un âge connu (élevés en aquaculture). Une fois, cette validation faite, des tests ont été entrepris sur des individus sauvages (d’âge inconnu) en fonction des structures de croissance observées sur des otolithes de poissons d’âge connu. Droits : 2013 Ifremer http://archimer.ifremer.fr/doc/00180/29158/27563.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00180/29158/ | Partager |
![]() | Rapport annuel 1999 Résumé : Président de l'Ifremer depuis mars 2000, je suis amené à commenter le bilan de l'activité de notre organisme au cours de 1999, et a traduire l'action de mon prédécesseur, Pierre David. La plupart des réalisations, des résultats ou des réorganisations prennent leur source dans des choix des années précédentes, et donc dans sa stratégie a l'échelle de son mandat. Les priorités affichées par Pierre David concernaient l'environnement du littoral, la gestion des ressources halieutiques et le rôle d'agence de moyens a la mer. En ce qui concerne le rôle d'agence de moyens. le nombre de jours de mer de la flotte hauturière a baissé en 1999 de 10% par rapport a 1998, mais cela résulte d'un choix d'investissement et de développement technologique préparant le futur: le Nadir a largement été employé au test de la nouvelle sismique multitraces, le plus performant des outils de recherche académique en Europe, tandis que Le Suroît a été désarmé pour sa refonte. Les océanographes disposeront ainsi d'un navire de taille moyenne performant et bien équipé pour les dix prochaines années. II faut aussi noter l'entrée en fonctionnement du Victor 6000, le nouvel engin téléopéré. L'étude des ressources halieutiques s'oriente plus nettement vers celle de I'. écologie halieutique, notamment avec l'ouverture du chantier du golfe de Gascogne dans le cadre du Pnec (programme national de l'environnement côtier), ainsi qu'avec la poursuite des développements d'outils de pêche sélective. D'autre part, on notera la contribution de l'Ifremer au renforcement de la concertation internationale sur les pêches méditerranéennes. L'aquaculture poursuit son recentrage, avec un moindre effort en zootechnie, mais des développements "amont" sur les questions des pathologies, de la sélection génétique et du respect des contraintes d'environnement. Le succès économique de la perliculture à Tahiti et de la crevetticulture en Nouvelle Calédonie se confirme. [OCR NON CONTRÔLE] Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/1999/rapport-5299.PDF http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/5299/ | Partager |
![]() | Projet pilote du Système d’Informations Halieutiques (SIH) Martinique (2007-2010). Premières données sur la pêche en Martinique (2009-2010) Auteur(s) : Reynal, Lionel Demaneche, Sebastien Guyader, Olivier Bertrand, Jacques Berthou, Patrick Dromer, Clement Maros, Emmanuel Bruneau, Marie Résumé : Le statut de département français fait de l’île de la Martinique une des régions ultra périphériques (RUP) de l’Union européenne. L’activité des navires de pêche qui exploitent sa ZEE s’inscrit dans le cadre de la politique commune des pêches de l’Union européenne, et la gestion des ressources partagées avec d’autres pays s’exerce dans le cadre des organisations internationales de pêche afférentes. Avec 1098 navires de pêche dont 1074 de moins de 10 mètres, la flotte de la Martinique représentait en 2009 16% de la flotte française. L’absence de données halieutiques depuis les évaluations de Gobert en 1989 a été identifiée à de nombreuses reprises comme un élément critique pour le suivi de l’évolution des activités de pêche et des ressources exploitées, ainsi que pour la définition de politiques de gestion durable de ce secteur économique.
L’objectif de cette étude pilote était de tester la mise en place d’un système d’informations relatif aux activités de pêche maritime en Martinique, et d’étudier les conditions scientifiques et techniques d’une pérennisation d’un tel dispositif. Ce projet mené sur la période 2008-2010 avait pour objectif d’une part de consolider les connaissances en termes d’effort de pêche, de captures et de suivi socio-économique des différentes composantes de la pêche martiniquaise, et d’autre part de réaliser des synthèses sous forme d’indicateurs à destination des partenaires du projet (Direction des pêches maritimes et de l’aquaculture, Conseil régional de Martinique, Comité régional des pêches maritimes et des élevages marins de Martinique).
Ce travail a été mené considérant le contexte particulier de la pêche martiniquaise qui cumule les difficultés inhérentes à une pêcherie artisanale en milieu tropical : utilisation de nombreux engins, exploitation à partir d’une centaine de ports/abris une ressource très diversifiée, débarquement de faibles quantités de produits à toutes heures de la journée, faible disponibilité des patrons, très polyvalents dans leur activité en mer comme à terre, pour remplir des documents statistiques.
Le projet a permis de tester différentes méthodes d’enquêtes dans les ports et de sondages téléphoniques utilisables dans ce contexte. La confrontation de ces méthodes et de leurs résultats a permis de mettre en évidence certains biais associés à la difficulté de respecter les règles du tirage statistique des unités d’échantillonnage. Il est ainsi apparu que les enquêtes sur les points de débarquement pouvaient surévaluer l’effort de pêche et les débarquements. En effet, ces enquêtes méconnaissent les navires inactifs parqués hors des ports. De plus, les retours de pêche avec des prises faibles ou nulles échappent en partie aux observateurs en raison de la brièveté du séjour du patron dans le port au terme de sa marée.
Des sondages téléphoniques couvrant une période de sept jours ont été menés, afin de prendre en compte le cycle hebdomadaire d’organisation de la pêche et de la commercialisation du poisson. Ces sondages permettent de s’affranchir des contraintes spatiales (éloignement et mauvaise accessibilité de certains lieux de débarquement) et temporelles (fin de semaine, jours fériés, débarquements de nuit), dans la mesure où ils peuvent être établis sur la base d’un registre complet des patrons-armateurs. Au cours de l’étude pilote, le plan d’échantillonnage a pu être suivi à 70 % (navires tirés au hasard figurant dans le plan). Dans 27 % des cas, l’observateur a du substituer l’unité d’échantillonnage, selon les règles imposées par le plan. En outre 2 % des sondages prévus au plan n’ont pas pu être réalisés en raison d’un refus.
L’inconvénient majeur attribué à la méthode des sondages téléphoniques est l’impossibilité de vérifier les déclarations de personnes interviewées. Une comparaison entre ces déclarations et des pesées effectuées par les observateurs sur les points de débarquement a permis de décrire les divergences entre les deux modes de collecte des données. Cette analyse a également montré que si la collecte des données au débarquement offre la garantie d’une observation directe, elle peut également manquer une partie du produit de la pêche : langoustes déposées en vivier en pleine eau avant l’entrée dans le port, poisson non débarqué pour satisfaire la commande d’un client, lots de poissons remis aux haleurs de sennes de plage, débarquement sur un premier point avant le site enquêté, etc.
Il est apparu qu’une collecte de données fiables ne peut se faire sans une bonne information des professionnels et leur participation volontaire à l’établissement des statistiques. La collecte des données dans un cadre qui garantit l’anonymat du pêcheur est également une condition inhérente à la réussite d’un observatoire. Par ailleurs, bon nombre d’informations portant par exemple sur l’activité en mer (dimension des engins, temps de pose, zone de pêche, etc.) invérifiables sur le lieu de débarquement peuvent être recueillies dans des conditions analogues par téléphone. Pendant la réalisation du projet pilote, 90,4 % des pêcheurs contactés par téléphone ont répondu sans réticence aux observateurs. Ceux qui ont refusé de répondre ou qui n’ont jamais décroché le téléphone (erreur de numéro ou refus) représentent 3 % des patrons-armateurs des navires figurant au fichier flotte national. Les pêcheurs qui n’ont pas régulièrement répondu aux observateurs représentent 6,6 % des effectifs.
Pour valider les données collectées par enquêtes téléphoniques, leurs résultats ont été comparés par différentes méthodes à ceux des enquêtes au débarquement en vue d’identifier et de quantifier des biais éventuels. Aucune surévaluation ou sous-évaluation systématique par les enquêtes téléphoniques n’a été décelée au cours de ces travaux, certaines valeurs pouvant être plus élevées et d’autres moins. Les écarts non formellement expliqués ont été considérés comme une sous-évaluation par les enquêtes téléphoniques. Ceux-ci s’élèveraient à 20 % pour l’estimation du nombre de sorties et à 30 % pour celle des prises par sortie. Malgré la prise en compte de ces écarts, les estimations faites en 2009 et 2010 indiquent une régression des débarquements et de l’effort de pêche depuis l’évaluation réalisée en 1987 par le Pôle de recherche océanographique et halieutique Caraïbes. Un second niveau de validation a consisté à vérifier cette décroissance de la pêche en confrontant les informations obtenues par la présente étude pilote à des données d’origines différentes : étude des comportements alimentaires par l’Institut de veille sanitaire, étude de la consommation des ménages par l’INSEE, évolution des données d’importation des Douanes, données de vente de matériel de pêche par la coopérative d’avitaillement des pêcheurs de la Martinique (COOPEMAR). Toutes ces données font ressortir une baisse de la consommation de poisson par habitant depuis la fin des années 1980 et une augmentation des importations de produits de la mer. La pêche martiniquaise n’étant pas exportatrice, ces données donnent également un signal de diminution de la pêche martiniquaise au cours des 25 dernières années.
Les données collectées à l’occasion de cette étude pilote suggèrent que la régression de la pêche martiniquaise au cours des dernières décennies serait le résultat de deux causes majeures :
- la surpêche des ressources de fond sur le plateau insulaire. Ces ressources subissent une forte pression de pêche, entre autres de la part des pêcheurs les plus âgés qui n’ont plus les capacités physiques de pratiquer une activité loin des côtes. Un quart des patrons-armateurs ont aujourd’hui l’âge de la retraite et relèvent près de la moitié des nasses mouillées sur le plateau insulaire. Ces pêcheurs à l’activité peu flexible sont contraints de la poursuivre en raison de la faiblesse de leur pension de retraite. Une réduction de la pression de pêche sur le plateau insulaire par le départ effectif de ces pêcheurs favoriserait certainement, après quelques années, un retour à la situation décrite il y a 25 ans, qui permettait un débarquement annuel d’espèces issues du plateau insulaire d’environ 1 000 tonnes de plus que la production actuelle.
- la concurrence des importations, en particulier des produits congelés, est certainement en partie la cause de la régression de la pêche des pélagiques hauturiers, malgré le développement des dispositifs de concentration de poissons (DCP) qui sont à l’origine d’environ 30 % des débarquements de la pêche de l’île. Face aux importations, la commercialisation de la pêche locale est encore peu structurée avec plus de 49 sites de vente répartis sur le territoire, généralement peu achalandés en raison des faibles prises irrégulières des pêcheurs artisans. Les espaces de vente sont encore peu équipés et rarement aux normes. C’est ainsi que plus de quarante pour cent des tables de vente sont en bois.
Plusieurs options sont actuellement examinées pour améliorer la fiabilité et la précision des données collectées par le SIH sans augmenter leurs coûts de collecte.
Le traitement des données collectées sur quelques années permettra d’affiner les critères de stratification de la population afin d’améliorer la précision des données.
Compte tenu de l’éparpillement des points de débarquement et de la faible fréquence de sortie des navires de pêche, une optimisation du travail de terrain des observateurs doit être faite. L’objectif de ces enquêtes de terrain doit être de :
- servir de témoin pour la validation des enquêtes téléphoniques. Pour cela, il faudra rechercher les sousensembles communs aux enquêtes téléphoniques et aux observations sur le terrain afin qu’ils soient comparables ;
- disposer d’une composition spécifique et en taille des débarquements qui soit si possible représentative de l’ensemble des débarquements ou au moins d’une part significative qui pourrait servir d’indicateur de l’évolution de la pêche et des ressources exploitées.
Afin d’optimiser les déplacements des observateurs sur le terrain, les données des enquêtes téléphoniques peuvent être utilisées pour identifier par semestre les 50 à 100 sites et tranches horaires de cinq heures au sein desquels les fréquences de retours de pêche sont les plus élevées. L’étude pilote a montré que, par ce procédé, le nombre de retours échantillonnés s’élève en moyenne à 3,5.
Les échantillonnages biologiques des débarquements permettant de décrire leur composition spécifique et en taille sont réalisés par photographie lorsque l’engin utilisé capture un grand nombre d’espèces différentes (nasses, filets de fond, senne de plage...). Par ce procédé, il est possible de réduire la durée des échantillonnages de près de trois quarts du temps nécessaire aux mensurations directes, et ainsi de moins gêner le débarquement et la vente du poisson. Ce procédé permet également d’avoir une traçabilité des échantillonnages; il offre notamment la possibilité de revenir sur les identifications en cas de doute. Cette méthode, aujourd’hui bien rodée, devrait permettre d’améliorer la qualité des travaux sur la biodiversité de la faune marine. Droits : 2013 Ifremer http://archimer.ifremer.fr/doc/00156/26762/24850.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00156/26762/ | Partager |
![]() | Taxonomie et virulence de vibrions pathogènes d'huîtres creuses Crassostrea gigas Auteur(s) : Le Roux, Frédérique Résumé : As the emergence of new vibriosis in the European Atlantic coasts has been associated with mass mortalities of molluscs cuasing important economic losses, the project obectives are to provide knowledge and operational tools to evaluate the impact of vibriosis on farmed japenese oyster Crassostrea gigas. Facing the diversity of Vibrio species associated to bivalve disease outbreaks, the difficulties of identification and the detemrination of their pathogenic abilities we propose a double approach to correlate phenotype/geneotype of a bacteria with risk of disease : 1) by genotyping we will evaluate if specific strains are associated with disease. 2) by evaluating likely virulence mechanisms implicated in pathogenesis, we will characterise the genes involved. Therefore, new diagnostic test should be used in an epizootiological study to evaluate the importance of these emerging pathogens in farmed bivalves and will be supplied for further exploitation in aquaculture.
Les vibrioses sont les infections bactériennes les plus courantes chez les espèces marines d'intérêt aquacole. Certaines espèces sont pathogènes et ont été associées à d'importantes pertes économiques pour l'industrie aquacole dans le monde. L'objectif principal de mon projet de recherche est de développer des outils diagnostiques pertinents permettant d'évaluer l'impact des vibrioses dans des élevages d'huîtres creuses Crassostrea gigas. Le problème majeur est l'extraordinaire diversité des espèces appartenant à ce genre bactérien, compliquant considérablement leur caractérisation en terme de spéciation et de virulence. Nous développons une double approche pour corréler le phénotype et le génotype de pathogènes potentiels par : 1) une clarification taxonomique des souches de vibrions nous déterminons si certaines espèces sont systématiquement associées à de maladies; 2) une caractérisation des mécanismes de virulence, nous recherchons les gènes supports de la pathogénie. Les marqueurs génétiques ou de virulence mis au point pourront alors être utilisés pour une étude épidémiologique de ces maladies. Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-3699.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3699/ | Partager Voir aussi Taxonomie Marqueur génétique Pathogène Génotype Phénotype Crassotrea gigas Huître Vibrioses Diagnostique Télécharger |
![]() | Cartographie dérivée de satellite et information géographique sur les iles basses et les atolls : application à l'atoll de Manihi (Tuamotu). La spatiocarte à norme Pacifique et ses produits associés. . Auteur(s) : Loubersac, Lionel Résumé : The present report synthesizes the results of the works led in collaboration between the IFREMER, the Hydrographic and Oceanographic service of the French Navy (Oceanographic Mission of the Pacific) and the Departments of the Sea and Fish farming and of the Management and Town planning of the Territory of the French Polynesia. After a reminder of the problems regarding morphological and hydrographic mapping of low islands (atolls) of the Pacific in particular in French Polynesia, a paragraph draws up the assets of the aerial and spatial images as well as the computer-assisted digital mapping. A chapter of the report is then dedicated to the data, to the digital processing methodologies and to the display of the results. The following one develops the applications in particular relative to 4 types of by-products of the images and the (processing : i) the spacemap said "Pacific standard ", ii) said spacemap "maritime leases", iii) the geographical database of the information system SIGMA POE RAVA dedicated to the management of the pearl oyster culture and iiii) the production of bathymetric meshed models. A conclusion approaches the perspectives and the potential developments. Le présent rapport synthétise les résultats des travaux menés en collaboration entre l'IFREMER, le Service Hydrographique et Océanographique de la Marine (Mission Océanographique du Pacifique) et les Services de la Mer et de l'Aquaculture et de l'Aménagement et de l'Urbanisme du Territoire de la Polynésie française. Après un rappel de la problématique posée en matière de cartographie morphologique et hydrographique des iles basses (atolls) du Pacifique et notamment de Polynésie française, un paragraphe dresse les atouts de l’image aérienne et spatiale ainsi que de la cartographie numérique assistée par ordinateur. Un chapitre du rapport est consacré aux données, aux méthodologies de traitement et à la présentation des résultats. Le suivant développe les applications notamment relatives à 4 types de produits dérivés des images et des traitements : i) la spatiocarte dite «à norme Pacifique», ii) les spatiocartes dites «concessions maritimes», iii) la base géographique du système d’information SIGMA Poe Rava dédié à la gestion de la perliculture et iiii) la production de modèles bathymétriques maillés».Une conclusion aborde les perspectives et développements potentiels Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30644/29099.pdf http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30644/ | Partager |