Éditeur(s) : Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer
Résumé : Among a small collection of Annelida Polychaeta collected in the Banyuls-sur-Mer area which I was sent to for identification by M. Amouroux (Arago Laboratory, 66-Banyuls-sur-Mer) were three specimens of a recently described species of Paraonidae from the Breton coast, Paradoneis armata Glémarec, 1967. Two years later, this species was found in the eastern Mediterranean Sea, on the Cretan coasts (Kalo-Limmiones) in the endofauna of a Halophila stipulacea prairie by Harmelin (1969), who described and figured the main distinctive characters of this Paraonidae (the reference to the original description is erroneous, Glémarec linking this specimen to the genus Paradoneis Hartman, 1965, and not to the genus Paraonides Cerruti sensu Hartman, 1965). The discovery of P. armata in Banyuls-sur-Mer demonstrates the probable continuity of this species' distribution area, from Crete to the coasts of Finistère. I had the opportunity to compare the three eastern Mediterranean specimens to some Breton ones, provided by M. Glemarec, and this comparison drove me to examine again a relative form, Cirrophorus branchiatus Ehlers, 1908, discovered in the Mediterranean Sea a few years ago (Laubier 1966).
Parmi une petite collection d'Annélides Polychètes recueillie dans la région de Banyuls-sur-Mer qui m'a été envoyée pour identification par M. AMOUROUX (La boratoire Arago, 66-Banyuls-sur-Mer) figuraient trois spécimens d'une espèce de Paraonidae décrite récemment des côtes de Bretagne, Paradoneis armata Glémarec, 1967. Deux ans plus tard, l'espèce est retrouvée en Méditerranee orientale sur les côtes de Crète (Kalo-Limmiones) dans l'endofaune d'une prairie à Halophila stipulacea par HARMELIN (1969), qui décrit et figure les principaux caractères distinctifs de ce Paraonidae (la référence à la description originale est erronée, GLÉMAREC ayant rapporté cette forme au genre Paradoneis Hartman, 1965, et non au genre Paraonides Cerruti sensu Hartman, 1965). La découverte de P. armata à Banyuls-sur-Mer témoigne donc de la continuité probable de l'aire de répartition de cette espèce, depuis la Crète jusqu'aux côtes du Finistère. J'ai pu comparer les trois individus de Méditerranée occidentale avec des spécimens de Bretagne qui m'ont été aimablement confiés par M. GLEMAREC, et cette comparaison m'a conduit à reprendre également l'examen d'une forme voisine, Cirrophorus branchiatus Ehlers, 1908, découverte en Méditerranée depuis quelques années (LAUBIER 1966). [OCR NON CONTRÔLE]
Vie et milieu (Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer), 1971 , Vol. 22 , N. 2A , P. 259-262

Droits : Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1971/publication-5030.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/5030/

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : The Thalassa, a ship of the Institute of Fishing, carried out two trawling campaigns off the coasts of Rio de Oro, Mauritania and Senegal. The first one took place in November and December 1962; it extended from Cape Juby to Tamxat (17°20'N). The second, directed more towards the south, reached the Fosse de Cayar Submarine Canyon, near Cape Verde; it occurred in March and April 1968. These operations represent in total 100 trawl passes between latitudes 15° and 28°N and depths of 10 to 800 metres. These two campaigns' overall data are introduced incidentally. The data recorded here are exclusively about the twenty species of sparidae harvested. They concern the geographic and bathymetric distribution, frequency and numbers, size and sex. There emerge certain comments on the animal life, biology and fishing. In some cases, it seemed worthwhile to emphasise the morphological differences that make it possible to distinguish among them species at times very closely related.
La « Thalassa », navire de l'Institut des Pêches, a effectué deux campagnes de chalutage au large des côtes du Rio de Oro, de la Mauritanie et du Sénégal. La première a eu lieu en novembre et décembre 1962; elle s'est étendue du cap Juby à Tamxat (17°20'N). La seconde, plus orientée vers le sud, a atteint la fosse de Cayar, à proximité du cap Vert; elle s'est déroulée en mars et avril 1968. Ces opérations représentent au total cent traicts de chalut qui se répartissent entre les latitudes 15° et 28°N et les profondeurs de 10 à 800 m. Les données d'ensemble de ces deux campagnes sont présentées par ailleurs. Celles consignées ici concernent exclusivement les vingt espèces de sparidés récoltées. Elles ont trait à la répartition géographique et bathymétrique, la fréquence et l'abondance, la taille et le sexe. Il s'en dégage certaines remarques sur la faunistique, la biologie et la pêche. Dans certains cas il a paru intéressant de souligner les différences morphologiques qui permettent de distinguer, entre elles, des espèces parfois très voisines.(OCR non controlé)
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1969-03 , Vol. 33 , N. 1 , P. 97-116

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1969/publication-3156.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3156/

Éditeur(s) : HAL CCSD Société géologique de France
Résumé : A study combining very high resolution seismic and sediment core data has been carried out on the Thau lagoon (Mediterranean coast, microtidal setting, SE France) in order to understand more clearly the dynamics and Holocene chronology of its closure through the different stages of its filling. One main seismic unit (U2) has been defined into the infill, above the rocky basement (U0) and a composite unit U1, which is interpreted as remnants of Pleistocene fluvial terraces or/and to early marine Holocene deposits. Unit U2, that reaches locally 9 m in thickness, rests conformably on U1 in the central part of the lagoon and onlaps U0 or U1 close to the edge of the lagoon. It is divided in two sub-units, U2-1 and U2-2. U2-2 rests paraconformably on U2-1 in the central part of the lagoon where the infill is the thickest, while a marked erosional unconformity is observed between U2-1 and U2-2 on topographic highs of the basement and on the seaward edge of the lagoon. A total of seven elementary sequences have been observed in U2-1 and U2-2.;According to core data, U2 consists in a series of mud-dominated sequences, with shell fragments dispersed at the base. The vertical distribution of the fauna into U2-1 and U2-2 reveals a lagoonal environment. However in U2-1, marine species are more abundant in the south of the lagoon. C-14 AMS dating provides three ages: similar to 6000 cal yr B.P. in the lower part of U2-1 on CAL1, 5400 cal yr B.P. just above the boundary between U2-1 and U2-2 on CAL4, similar to 3000 cal yr B.P. in the middle of U2-2 on CAL4.;A scenario to explain the lagoon infill stratigraphy and geometry is proposed. The beginning of the lagoon infill occurred with the initiation of the barrier construction, as soon as the sea-level rise slowed down significantly, i.e. between 7000-6000 yr B.P. The sediment-fill began into the back-barrier system, with a high rate of sedimentation for U2-1, according to the radiocarbon data. At 5400 yr B.P., the barrier is assumed to be totally closed leading to the deposition of the fully lagoonal U2-2 succession. The unconformity between U2-1 and U2-2 is interpreted as the result of a rapid landward retreat of the barrier. This severe retreat could be related to climate forcing and/or brutal change in sediment discharge driven by the Rhone River, which is the main sediment source of the longshore drift. In this scenario, the last sub-unit, U2-2, represents most of the late Holocene infill. In this framework, the elementary sequences observed in U2-2 could be related to high frequency climate changes of about 1000-1500 years periodicity according to C-14 dates.
EISSN: 1777-5817

hal-00486386
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00486386
DOI : 10.2113/gssgfbull.181.2.197

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : In November and December 1959, one of us was assigned by the Credit and Technical Assistance Society (SATEC) to do a study on shrimp fishing on the Guiana Shield as practised by American trawlers (Figure 1). This study had both technological and biological goals. It was first necessary to describe the fishing boats and the methods used by American shrimp boats to fish in the Guianas. Each step of processing and packaging of the shrimp was monitored on board as well as on land, from catch up to storage under refrigerated conditions until commercialisation. It was then necessary to evaluate the relative proportions of shrimp and fish in the catches in order to establish the factors governing productivity of the operations. This was done with a view for establishing a fleet of fishing boats in French Guyana wishing to exploit as much of the catches as possible. American trawlers discard all fish and shellfish that are not marketable by American standards. The flat trawls used by ships based in Georgetown (British Guyana) or in Paramaribo (Surinam) are not designed for catching fish; but during the expedition off the shore of Surinam, we observed that a good part of catches was made up of various marketable species, including flatfishes, many goatfishes, pompano fishes, rockfishes, etc. It was thus important to weigh, insofar as possible, species that were discarded. ... (unverified OCR)
En novembre et décembre 1959, l'un de nous était chargé par la Société d'assistance technique et de crédit (SATEC) d'une étude de la pêche à la crevette telle que la pratiquent les chalutiers américains (fig. 1 ) sur le plateau continental des Guyanes. Cette étude avait deux buts, technologique et biologique. Il fallait tout d'abord décrire les engins et les méthodes utilisés par les crevettiers américains pour exploiter les fonds guyanais et suivre pas à pas le travail de transformation et de conditionnement des crustacés, à bord comme à terre, de la capture jusqu'au stockage sous froid avant la commercialisation. Il était nécessaire ensuite d'évaluer les proportions relatives des crevettes et des poissons dans les apports, ceci pour établir les facteurs de rentabilité des opérations dans le cas de la mise en place, en Guyane française, d'armements métropolitains soucieux d'utiliser la presque totalité des captures. Les chalutiers américains rejettent en effet à la mer tout ce qui n'est pas crustacé commercialisable selon les normes observées aux Etats-Unis. Certes les chaluts plats utilisés par les navires basés à Georgetown (Guyane britannique) ou à Paramaribo (Surinam) ne sont pas des engins destinés à la capture des poissons mais, au cours de la marée effectuée au large du Surinam sur l'un des bateaux sus-cités, nous avons constaté qu'une bonne partie des captures était constituée d'espèces parfaitement commercialisables, poissons plats divers, Mullidés relativement nombreux, Carangidés, Scorpénidés, etc. Il était donc important de peser, dans la mesure du possible, ce qui était rejeté à la mer. Le marché des Antilles françaises, loin d'être saturé, pouvait être ravitaillé si les moyens de transport étaient organisés et si une infrastructure « froid » suffisante était créée. Il était peut-être possible, de plus, d'envisager la création d'une conserverie utilisant les têtes de crevettes habituellement éliminées (plus de 13 % du poids total des captures), les Scorpénidés et autres espèces ichthyologiques moins appréciées de la clientèle Antillaise, et les crustacés d'intérêt secondaire pour le marché américain : Portunidés (« cyriques »), Calappidés, crevettes de petites tailles, scyllares..., pour la confection de bisques, de soupes ou de concentrés; il suffisait pour cela d'équiper les chalutiers de cuiseurs, de broyeurs et de dessiccateurs. Les résultats obtenus ont été formulés et présentés à la SATEC sous forme d'une note ronéotypée en plusieurs cahiers dont la diffusion a été relativement restreinte. Nous reprenons ici ce travail en le développant grâce à l'exploitation des carnets de note de la mission comme de l'abondante bibliographie afférente. Les auteurs américains ont en effet beaucoup publié au sujet de la biologie des différentes espèces de Penéidés exploitées, de la technologie de la pêche comme à propos de la technologie des transformations culinaires subies par les crustacés. Les statistiques les plus récentes (LYLES, 1966) montrent que les apports pour l'année 1964 (la dernière année pour laquelle nous ayons des informations complètes) furent de 96 157 tonnes environ valant quelque 70 400 000 dollars; 99 % de cette production furent capturés au chalut de fond tandis que le reste l'était au chalut à perche, aux nasses, à l'épervier ou avec d'autres engins de type artisanal. La demande en « shrimps » outre-Atlantique est loin d'être saturée et les armements américains déplacent progressivement leurs unités vers les rares points du continent américain dont le plateau continental n'a point été, jusqu'à maintenant, exploité. Les capitaux investis dans la pêèhe proprement dite, les installations à terre et les moyens de distribution sont largement supérieurs à ceux qui ont été investis à propos de la pêche au thon et l'industrie crevettière américaine fait vivre une grande partie de la population de pêcheurs des états du sud des Etats-Unis. Le travail que nous présentons ici n'a aucun 2 prétention quant à l'établissement d'une liste faunistique du plateau guyanais pas plus qu'à une étude des fonds et la détermination précise des crevettes capturées n'a pas été tentée; le lecteur devra consulter à ce sujet les travaux de Voss (1955), DURAND (1959), HOLTHUIS (1959), BULLIS et THOMPSON (1959), HIGMAN (1959)... Nous espérons cependant que les documents que nous fournissons ici seront utiles aux professionnels soucieux de se documenter sur des techniques inutilisées encore en France, comme aux fabricants de filets qui fourniront les engins réclamés par les futurs exploitants du plateau guyanais, et peut-être par ceux de Madagascar. (OCR non contrôlé)
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1968-12 , Vol. 32 , N. 4 , P. 477-506

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1968/publication-3191.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3191/

Résumé : Traditionally fished by line and conical fishing basket by Venezuelan ships, the red snapper resource off the coast of French Guyana (fish belonging to the Lutjanidae family) has been experiencing intensive fishing since 1984-85 due to the boom in classic fishing techniques and the development of trawl fishing. The study evaluates the situation of this resource's potential: biology, sampling data, bio-statistics (size and sex), size-weight relationship of the three species, specific composition of the catches, describes fishing devices and prospecting, pinpoints fishing spots, gives a distribution of the Venezuelan and Martinique fishing effort.
Traditionnellement exploitée à la ligne à main et à la nasse par les navires vénézuéliens, la ressource en vivaneaux au large de la Guyane française (poissons appartenant à la famille des Lutjanidae) subit depuis 1984-85 une exploitation intense par l'accroissement des techniques de pêche classiques et le développement d'une pêcherie au chalut. L'étude fait le point sur les potentialités de cette ressource : biologie, données de l'échantillonnage, bio-statistique (taille et sexes), relation taille-poids des 3 espèces, composition spécifique des captures, décrit les engins de pêche et prospection, localise les lieux de pêche, donne une répartition de l'effort de pêche vénézuélien et chalutier martiniquais.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1986/rapport-2646.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2646/

Éditeur(s) : HAL CCSD Nature Publishing Group
Résumé : International audience
Genetic recombination occurs during meiosis, the key developmental programme of gametogenesis. Recombination in mammals has been recently linked to the activity of a histone H3 methyltransferase, PR domain containing 9 (PRDM9), the product of the only known speciation-associated gene in mammals. PRDM9 is thought to determine the preferred recombination sites--recombination hotspots--through sequence-specific binding of its highly polymorphic multi-Zn-finger domain. Nevertheless, Prdm9 knockout mice are proficient at initiating recombination. Here we map and analyse the genome-wide distribution of recombination initiation sites in Prdm9 knockout mice and in two mouse strains with different Prdm9 alleles and their F(1) hybrid. We show that PRDM9 determines the positions of practically all hotspots in the mouse genome, with the exception of the pseudo-autosomal region (PAR)--the only area of the genome that undergoes recombination in 100% of cells. Surprisingly, hotspots are still observed in Prdm9 knockout mice, and as in wild type, these hotspots are found at H3 lysine 4 (H3K4) trimethylation marks. However, in the absence of PRDM9, most recombination is initiated at promoters and at other sites of PRDM9-independent H3K4 trimethylation. Such sites are rarely targeted in wild-type mice, indicating an unexpected role of the PRDM9 protein in sequestering the recombination machinery away from gene-promoter regions and other functional genomic elements.
ISSN: 0028-0836

hal-00877666
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00877666
DOI : 10.1038/nature11089
PUBMED : 22660327

Éditeur(s) : Inter-Research
Résumé : Situated in the north of the Mozambique Channel, Mayotte is the easternmost island of the Comoros Archipelago. From 1998 to 2005, Grande Saziley beach was monitored daily for green turtle Chelonia mydas nesting activity. Track surveys were monitored daily on 5 other adjacent beaches. Although nesting occurs throughout the year, nesting seasonality begins at the end of the wet season and intensifies during the dry season to reach an average nesting peak in June. In order to estimate the number of females nesting in the Saziley site and population trends over the study period, incubation success and number of nests per female and per season were estimated at 0.77 (±0.05 SD) and 3.03 (±0.37) respectively. With an average of 1545 nesting turtles per year (±439), the change in nesting numbers over the study period was so small that the population can be regarded as stable, with an estimated annual mean growth rate of 0.912, confirmation that this population is both stable and in good health. Added support for this argument is demonstrated by the fact that the annual carapace size distribution of nesting females is stable, meaning that the nesting green turtle population of Mayotte is not ageing or rejuvenating. After due consideration of data on other nesting sites in the southwest Indian Ocean, the data from Mayotte emphasizes the fact that the green turtle is not an endangered species in this region. Even if it is still illegally exploited and alterations occur in their different habitats, the green turtle populations of this region seem to have successfully survived all threats during the past century.
Endangered Species Research (1613-4796) (Inter-Research), 2007-10-10 , Vol. 3 , P. 273-282

Droits : 2007 Inter-Research
http://archimer.ifremer.fr/doc/00018/12916/9873.pdf
DOI:10.3354/esr00053
http://archimer.ifremer.fr/doc/00018/12916/

Éditeur(s) : HAL CCSD Nature Publishing Group
Résumé : International audience
The understanding of crop domestication is dependent on tracking the original geographical distribution of wild relatives. The faba bean (Vicia faba L.) is economically important in many countries around the world; nevertheless, its origin has been debated because its ancestor could not be securely identified. Recent investigations in the site of el-Wad (Mount Carmel, Israel), provide the first and, so far, only remains of the lost ancestor of faba bean. X-ray CT scan analysis of the faba beans provides the first set of measurements of the biometry of this species before its domestication. The presence of wild specimens in Mount Carmel, 14,000 years ago, supports that the wild variety grew nearby in the Lower Galilee where the first domestication was documented for Neolithic farmers 10,200 years ago.
ISSN: 2045-2322

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by/
hal-01417973
http://hal.upmc.fr/hal-01417973
http://hal.upmc.fr/hal-01417973/document
http://hal.upmc.fr/hal-01417973/file/srep37399.pdf
DOI : 10.1038/srep37399

Éditeur(s) : MDPI AG
Résumé : In mangrove ecosystems, strong reciprocal interactions exist between plant and substrate. Under semi-arid climate, Rhizophora spp. are usually predominant, colonizing the seashore, and Avicennia marina develops at the edge of salt-flats, which is the highest zone in the intertidal range. Along this zonation, distribution and speciation of C, Fe, S, N, and P in sediments and pore-waters were investigated. From the land-side to the sea-side of the mangrove, sediments were characterized by I/ increase in: (i) water content; (ii) TOC; (iii) mangrove-derived OM; II/ and decrease in: (i) salinity; (ii) redox; (iii) pH; (iv) solid Fe and solid P. Beneath Avicennia and Rhizophora, TS accumulated at depth, probably as a result of reduction of iron oxides and sulfate. The loss of total Fe observed towards the sea-side may be related to sulfur oxidation and to more intense tidal flushing of dissolved components. Except the organic forms, dissolved N and P concentrations were very low beneath Avicennia and Rhizophora stands, probably as a result of their uptake by the root systems. However, in the unvegetated salt-flat, NH4+ can accumulate in organic rich and anoxic layers. This study shows: (i) the evolution of mangrove sediment biogeochemistry along the intertidal zone as a result of the different duration of tidal inundation and organic enrichment; and (ii) the strong links between the distribution and speciation of the different elements.
Journal of Marine Science and Engineering (2077-1312) (MDPI AG), 2015-02-10 , Vol. 3 , N. 1 , P. 52-72

Droits : 2015 by the authors; licensee MDPI, Basel, Switzerland. This article is an open access article distributed under the terms and conditions of the Creative Commons Attribution license (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/).
http://archimer.ifremer.fr/doc/00251/36252/34802.pdf
DOI:10.3390/jmse3010052
http://archimer.ifremer.fr/doc/00251/36252/

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : Understanding the mechanisms generating species distributions remains a challenge, especially in hyperdiverse tropical forests. We evaluated the role of rainfall variation, soil gradients and herbivory on seedling mortality, and how variation in seedling performance along these gradients contributes to habitat specialisation. In a 4-year experiment, replicated at the two extremes of the Amazon basin, we reciprocally transplanted 4638 tree seedlings of 41 habitat-specialist species from seven phylogenetic lineages among the three most important forest habitats of lowland Amazonia. Rainfall variation, flooding and soil gradients strongly influenced seedling mortality, whereas herbivory had negligible impact. Seedling mortality varied strongly among habitats, consistent with predictions for habitat specialists in most lineages. This suggests that seedling performance is a primary determinant of the habitat associations of adult trees across Amazonia. It further suggests that tree diversity, currently mostly harboured in terra firme forests, may be strongly impacted by the predicted climate changes in Amazonia.
ISSN: 1461-023X

hal-01531751
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01531751
DOI : 10.1111/ele.12661
PRODINRA : 387284

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé :  
Growth strains were measured in situ in nine trees of three species from a French Guiana tropical rainforest in a clearly active verticality restoration process. The aim was to detect tension wood within the samples. Wood specimens were cut in the vicinity of the growth strain measurements in order to determine the microfibril angle and some mechanical and physical properties. As suspected, tensile growth strain was much higher in tension wood zones, as shown by the slightly higher longitudinal modulus of elasticity. Conversely, tension wood showed reduced compression strength. Longitudinal shrinkage was much higher in tension wood than in opposite wood. Clear relationships between the microfibril angle and longitudinal properties were noted in comparison (i) with those observed in gymnosperm compression wood and (ii) with expected relationships from the organization of wood fibres cell wall structure.
ISSN: 0043-7719

hal-01032114
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032114
DOI : 10.1007/s00226-010-0323-9

Éditeur(s) : Universite Montpellier II
Résumé : Since 1980, the expansion of a green macro-alga: Valonia aegagropila (C Agardh) is observed in Salses-Leucate lagoon (France). It is currently distributed in the north of the lagoon with important biomasses (40 gDW/m²) eroding the cover of Zostera noltii. The free form of the alga can be transported with the surface or bottom currents depending on seasons. It multiplies mainly by vegetative reproduction. There are few studies on the ecophysiological capacities of V. aegagropila. This work tries to answer why (physiological adaptation) and how (mechanical process of transport) the alga invaded the lagoon, with an approach including observations, experiments in controlled environment and biological and hydrodynamic models. The growth capacities depend on temperature and light intensities, the nutrients absorption rates and internal nitrogen and phosphorus internal quotas were measured and modelled using a Droop model based on internal quota. Vertically transport was studied with laboratory experiments and measurements of biomass transport were made into the lagoon. The biological model (growth, vertical transport, mortality) was coupled to the MARS 3D hydrodynamic model with a meshgrid of 160m. The results show an adaptation of the alga to low availability of phosphorus and an annual growth of biomass controlled by the availability of nutrient during winter. The alga seems to occupy the whole zones where growth is optimal and the risk of invasion of the southern part of the lagoon is limited. This work opens on research prospects on an ecological model (confronting physiological capacities and competition of V. aegagropila, Zostera noltii, green algae and primary production), new physiological experiments, ecological observations and potential valorisation of V. aegagropila.
Depuis 1980, est observée dans l'étang de Salses-Leucate l'expansion d'une macro-algue verte : Valonia aegagropila (C. Agardh). En 2004, elle était présente sur la presque totalité de la moitié nord de la lagune avec des biomasses importantes (jusqu'à 600 gPS/m²). L'algue envahit et érode également la couverture d'herbiers garant de la biodiversité, de la productivité et de la stabilité de l'écosystème. V. aegagropila se reproduit essentiellement de manière végétative (fragmentation des thalles) et possède la particularité de retenir de l'oxygène de la photosynthèse dans sa structure sphérique. Cet oxygène piégé lui donne la possibilité de mouvement sur la verticale et d'être transportée dans le domaine par les courants. Les conditions physico-chimiques de l'étang présentent de fortes variations saisonnières en salinité, en température et en turbidité, ainsi que des apports nutritifs faibles : la production primaire est principalement limitée par le phosphore. Il existe malheureusement peu d'informations sur V. aegagropila ainsi que trop peu de connaissances sur son écophysiologie. Elle semble vivre dans des milieux plutôt oligotrophe dans des régions tropicales à sub-tropicales. Ce travail basé sur une approche d'observations de terrain, d'expérimentations en milieu contrôlé (en laboratoire) et de modélisation des processus, a permis d'une part d'explorer les capacités adaptatives physiologiques de V. aegagropila aux conditions environnementales de l'étang et d'autre part de mettre à jour les modes de fonctionnement de la dynamique spatio-temporelle de la population. Les capacités de croissance ont été mesurées sur un large spectre de température et de lumière. Les capacités d'absorption des sels nutritifs dans l'eau et les facultés de l'algue à stocker l'azote et le phosphore dans ses tissus ont également été étudiées. D'autre part, un modèle de dynamique des populations a été conceptualisé puis développé. Les processus pris en compte dans ce modèle sont la croissance de l'algue (modèle à quota interne), la flottabilité de l'algue et la mortalité par surdensité. Ces processus ont été paramétrés en majeure partie par des expérimentations réalisées en laboratoire. Ce modèle 0D a par la suite était couplé au modèle hydrodynamique MARS3D (modèle Ifremer) mis en place sur la lagune de Salses-Leucate, utilisant deux grilles de calcul (160m ou de 80m de résolution). Les simulations réalisées permettent d'appréhender les capacités spatio-temporelles de la croissance de l'algue dans l'étang, le turnover annuel de la biomasse totale et les attracteurs de biomasse du système sous différents évènements météorologiques. Ces résultats sont comparés avec les répartitions cartographiques de la population observées in situ en 1999 et 2004 et des flux de biomasses mesurés au cours d'observations de terrain entre juin 2003 et septembre 2004. L'ensemble des résultats montre d'une part une adaptation de l'algue à évoluer dans un milieu pauvre en phosphore et d'autre part une croissance annuelle de la biomasse totale qui est principalement contrôlée par les apports hivernaux en sels nutritifs dans la lagune. Les résultats des simulations montrent également que V. aegagropila semble occuper à présent la majeure partie des zones favorables à sa croissance. Il est également montré que si sa capacité de mouvement peut favoriser la dispersion d'individus dans la lagune et accélérer la croissance de la population pour de faibles biomasses initiales, cette même capacité de mouvement joue plutôt un rôle de régulation de la population lorsque la biomasse totale devient importante. On peut penser que le risque de colonisation de l'herbier à zostère de la partie sud de la lagune (bassin de Salses) est limité. Ce travail ouvre enfin des perspectives de recherche sur l'amélioration du modèle de dynamique des populations de l'espèce, sur de nouvelles expérimentations à réaliser ou encore sur la surveillance écologique du milieu. Des propositions sont faites pour concevoir un modèle écologique confrontant les capacités physiologiques des macrophytes (algues vertes, Valonia et zostères) afin d'apréhender les phénomènes de compétitions et les modes de fonctionnement du réseau trophique de la lagune de Salses- Leucate. Des pistes sur la valorisation de la matière algale de V. aegagropila sont enfin proposées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/these-2453.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2453/

Éditeur(s) : ICCAT
Résumé : Because one of the most common problems in fisheries is the definition of management units, we propose in this paper a bibliometric review focusing on the differentiation of Albacore populations, Thunnus alalunga, among and within oceanic regions (Atlantic, Pacific and Indian Oceans, and Mediterranean Sea). This paper is the first step of a current work on a global review of Albacore tuna using an international aquatic database (ASFA). For the present purpose, 367 publications, mainly composed of articles (64%), but also conference papers, proceedings and reports (24%), and books (12%), were analyzed. We will see that the concept of the stock and its delimitation is controversial because of the divergence of results. Such a conclusion makes us believe in the urgent need of further studies targeting this currently overexploited species in most regions of the world, in order to improve management units currently used by regional organizations for fishery management.
Parce que l’un des problèmes les plus récurrents en halieutique est la définition même des unités de gestion, nous proposons dans ce papier un aperçu bibliographique traitant de la différentiation des populations de thon germon, Thunnus alalunga, au sein et entre les régions océaniques (l’océan Atlantique, Pacifique et Indien, et la mer Méditerranée). Ce papier est la première étape d’une revue en cours de rédaction sur le thon germon dans laquelle nous avons utilisé une base de données internationale aquatique (ASFA). Un total de 367 publications ont été traité comprenant principalement des articles scientifiques (64%), puis des conférences et rapports (24%), et des ouvrages (12%). Nous verrons que la notion de stock pour cette espèce et leur délimitation sont ambigües du fait des résultats divergents des études et de leur nature. Le principal constat est le besoin immédiat de travaux supplémentaires sur cette espèce considérée surexploitée dans la plupart des régions du monde et qui permettrait d’améliorer les limites des unités de stock actuellement utilisées par les organisations régionales des pêches.
Dado que uno de los problemas más comunes en las pesquerías es la definición de unidades de ordenación en este documento se propone una revisión bibliométrica centrada en la diferenciación de las poblaciones de atún blanco (Thunnus alalunga) entre y dentro de las regiones oceánicas (océanos Atlántico. Pacífico e Índico y mar Mediterráneo).).Este documento es el primer paso de una revisión global del atún blanco realizada mediante el uso de la base de datos acuática internacional (ASFA). En el documento se analizaron 367 publicaciones, sobre todo compuestas de artículos científicos (64%), pero también incluía la revisión de documentos, actas e informes de conferencias (24%) y libros (12%). Se puede observar que debido a las divergencias en los resultados, el concepto de stock y su delimitación sigue siendo un tema controvertido. Dichas conclusiones nos llevan a creer en la urgente necesidad de realizar estudios adicionales centrados en esta especie actualmente sobreexplotada en la mayoría de las regiones del mundo, con el fin de mejorar las unidades de ordenación utilizadas actualmente por las organizaciones regionales para fines de ordenación de pesquerías.
ICCAT Recueil de Documents Scientifiques (1021-5212) (ICCAT), 2013-07 , Vol. 70 , N. 3 , P. 1340-1354

Droits : 2013 ICCAT
http://archimer.ifremer.fr/doc/00149/25990/24085.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00149/25990/

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : [b]Aim[/b][br/] [br/] The phylogeographical history of Neotropical species can be difficult to reconstruct because of superimposed Neogene and Quaternary histories, and because of taxonomic uncertainty. We analysed range-wide genetic diversity in a widespread pioneer tree species, Jacaranda copaia (Aubl.) D. Don, to characterize phylogeographical structure, date the evolutionary relationships among lineages, and evaluate the role of dispersal and vicariance in establishing the present geographical range.[br/] [br/] [br/] [b]Location[/b][br/] [br/] Guiana Shield; central, southern and western Amazon Basin; Chocó region; Central America.[br/] [br/] [br/] [b]Methods[/b][br/] [br/] We analysed nine nuclear simple sequence repeat loci (nuSSR), eight chloroplast SSRs (cpSSR), and two cpDNA intergenic sequences in 341 adult trees. Genetic differentiation at nuSSRs was inferred using Bayesian clustering. Dating of chloroplast lineage divergence was obtained using a range of published mutation rates and Bayesian coalescence analyses. Population divergence dating was performed using an isolation-with-migration model for eight loci (one cp sequence and seven nuSSRs).[br/] [br/] [br/] [b]Results[/b][br/] [br/] Nuclear SSR variation identified three geographically overlapping clusters (nu-1, nu-2, nu-3). Twelve cpDNA haplotypes were clustered into two haplogroups (cp-1, cp-2) with the central Amazon harbouring the highest diversity. Molecular dating analysis suggests that cpDNA haplotype diversification started around the end of the Pliocene (2.61 Ma on average), whereas population divergence was more recent and occurred during the mid-Quaternary (point estimates between 357 and 436 ka).[br/] [br/] [br/] [b]Main conclusions[/b][br/] [br/] The genetic variation of J. copaia in the Neotropics was shaped mainly by Pleistocene events. Chloroplast diversity did not display the expected cis/trans Andean disjunction, indicating recent dispersal. Nuclear variation revealed that separate regions share a recent history, with a centre of diversity in the central Amazon Basin. The geographical pattern of diversity is congruent with the distribution of the two subspecies, J. copaia copaia and J. copaia spectabilis, and evidence of nuSSR admixture between the two taxa supports their classification as subspecies.
ISSN: 0305-0270

hal-01032410
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032410
DOI : 10.1111/j.1365-2699.2012.02797.x

Éditeur(s) : Elsevier Sci Ltd
Résumé : Time-series studies have reported trophic cascades in land, freshwater and marine environments in many geographic areas. However, the spatial extent of habitats, a key metric of ecosystem structure, has not been mapped in these studies. Marine reserves can provide experimental, before-after and inside-outside (control-impacted), situations for assessing the impact of fishing on ecosystems. We mapped seabed habitats and their associated communities (biotopes) in New Zealand's oldest marine reserve for comparison with pre-reserve maps created about 30 years previously. Areas grazed bare by sea urchins were entirely replaced in the centre of the reserve by kelp, or alga turf, an intermediate biotope between heavily grazed encrusting algae and lightly grazed kelp. Urchins declined following increased abundance and body size of spiny (rock) lobsters and fish (especially snapper) in the reserve but maintained bare rock outside. While this gradient in habitat change matched the gradient of predator abundance, it also matched the extent of reef habitat area. Thus the trophic cascade may be influenced by the effect of habitat on the abundance and behavioural interactions of urchins and their predators. Further ecosystem changes may arise should the abundance of mega-predators, such as seals, cetaceans and large sharks, increase in the region; if parasites become pathogenic; and/or when invasive species reach the reserve. No-take marine reserves provide real-world experiments that show the importance of species in food webs, and the consequences of fishing for ecosystems. Because these changes in ecosystem structure may continue, and will vary with environment, climate and species distributions, reserves need to be permanent and replicated geographically. Habitat maps should be produced for all reserves to enable ecological changes in the ecosystem to be spatially quantified. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Biological Conservation (0006-3207) (Elsevier Sci Ltd), 2012-10 , Vol. 155 , P. 193-201

Droits : 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved
http://archimer.ifremer.fr/doc/00107/21842/20067.pdf
DOI:10.1016/j.biocon.2012.05.009
http://archimer.ifremer.fr/doc/00107/21842/

Éditeur(s) : Springer
Résumé : Two recurring syndromes threaten the viability of the shrimp industry in New Caledonia, which represents the second largest export business. The "Syndrome 93" is a cold season disease due to Vibrio penaeicida affecting all shrimp farms, while the "Summer Syndrome" is a geographically restricted vibriosis caused by a virulent lineage of Vibrio nigripulchritudo. Microbiological procedures for diagnosis of these diseases are time-consuming and do not have the ability to discriminate the range of virulence potentials of V. nigripulchritudo. In this study, we developed a multiplex PCR method to simultaneously detect these two bacterial species and allow for pathotype discrimination. The detection limits of this assay, that includes an internal amplification control to eliminate any false-negative results, were determined at 10 pg purified DNA and 200 cfu/ml. After confirming the effectiveness of our method using experimentally infected animals, its accuracy was compared to standard biochemical methods during a field survey using 94 samples collected over 3 years from shrimp farms encountering mortality events. The multiplex PCR showed very high specificity for the detection of V. penaeicida and V. nigripulchritudo (inclusivity and exclusivity 100%) and allowed us to detect the spreading of highly pathogenic isolates of V. nigripulchritudo to a farm adjoining the "Summer Syndrome area." This assay represents a simple, rapid, and cost-effective diagnostic tool for implementing timely risk management decisions but also understanding the seasonal and geographical distribution of these pathogens.
Microbial Ecology (0095-3628) (Springer), 2012-01 , Vol. 63 , N. 1 , P. 127-138

Droits : Springer Science+Business Media, LLC 2011
http://archimer.ifremer.fr/doc/00063/17398/15169.pdf
DOI:10.1007/s00248-011-9951-3
http://archimer.ifremer.fr/doc/00063/17398/

Résumé : Pour beaucoup de cultures, un sol non travaillé est une alternative de plus en plus crédible au travail intensif du sol, en particulier pour des raisons environnementales. Mais l’ananas (ananas comosus) présente un enracinement fragile très sensible à la structure, ce qui motive souvent un travail important du sol avant plantation. L’alternative d’une plantation sans travail du sol ne va donc pas de soi. L’objet de cette thèse est de répondre à la question de la faisabilité d’une culture d’ananas sans travail du sol, en remplaçant ce dernier par une plante de service « décompactante » dont les traits racinaires seraient favorables à la (re)structuration d’un sol compact. Le travail de cette thèse a donc porté sur l’évaluation de plusieurs espèces candidates, puis sur l’étude, au champ, des effets sur le sol de la plus prometteuse (Stylosanthes guianensis ). Enfin, dans le cadre d’un essai au champ comparant un système de culture innovant ananas sans travail du sol, on a étudié l’effet de la plante de service sur le fonctionnement de la culture de l’ananas. Dans un premier essai, c’est le Stylosanthes guianensis qui, comparé à huit autres espèces (Arachis pintoï, Brachiaria decumbens, Cajanus cajan, Crotalaria juncea, Cynodon dactylon, Eleusine coracana, Pueraria phaseoloides, et le maïs), a montré les traits racinaires les plus favorables à la structuration d’un sol compact. Les valeurs supérieures du diamètre racinaire moyen et de la densité de longueur racinaire (DRL) caractérisent les principaux traits impliqués. Dans un deuxième essai, les mesures de conductivité hydraulique, d’indice des vides du sol et d’analyse d’images de blocs de sol imprégné sur la répartition surfacique des différents types de porosité ont montré que la culture du Stylosanthes guianensis avait augmenté l’indice des vides du sol et provoqué l’apparition d’une porosité fissurale de grande taille, contribuant ainsi à l’amélioration de la structure du sol. Enfin, un troisième essai mettant en comparaison (i) un système de culture innovant où la culture d’ananas est implantée sans travail du sol après une culture de S. guianensis restructurante et (ii) un système conventionnel comportant un travail profond du sol (et pas de plante de service) a montré que le rendement en fruit est similaire dans les deux systèmes. Cet essai a permis de vérifier que l’enracinement de l’ananas en condition de sol non travaillé bénéficiait du précédent S. guianensis.
For many crops, direct drilling is a well-tried alternative facing the damaging effects of intensive tillage, mainly for environmental causes. But, pineapple (ananas comosus), presents a fragile rooting system which is very sensitive to soil structure. This leads frequently to intensive soil tillage before planting. Direct drilling is not so evident. The aim of this thesis is to give an answer to the feasibility of a no till system for pineapple cultivation, by using a plant with favorable roots traits for compacted soil (re)structuration. This work consisted in evaluating several candidate species, followed by the study, on the field, of the effects the most promising on soil (Stylosanthes guianensis). Finally, through a field experiment, comparing an innovating no till pineapple cultivation system we studied the use effects of Stylosanthes guianensis on the pineapple crop functioning. In a first experiment, Stylosanthes guianensis compared with eight other species (Arachis pintoï, Brachiaria decumbens, Cajanus cajan, Crotalaria juncea, Cynodon dactylon, Eleusine coracana, Pueraria phaseoloides and corn) showed better roots traits for structuring a compacted soil. Measures of average root diameter and root length density are the main implicated roots traits. In a second experiment, the measures of hydraulic conductivity, of the soil void ratio and the analysis of blocks of resin-impregnated soil on the surface distribution of the different type of porosity, all of this showed that Stylosanthes guianensis had increased the soil void ratio and had caused the creation of large-sized cracked porosity, thus contributing to the improvement of the soil structure. Finally, a third experiment involving a comparison between (i) an innovating cultivation system where pineapple is growing in a no till soil after a structuring crop of S. guianensis and (ii) a conventional system with deep tillage (without structuring crop), showed similar fruit yield. This experiment showed evidence that the rooting of pineapple in no till soil benefited from the previous Stylosanthes.

http://www.theses.fr/2014AGUY0725/document

Éditeur(s) : Pergamon-elsevier Science Ltd
Résumé : We report the northernmost and deepest known occurrence of deep-water pycnodontine oysters based on two surveys along the French Atlantic continental margin to the La Chapelle continental slope (2006) and the Guilvinec Canyon (2008) The combined use of multibeam bathymetry seismic profiling CTD casts and a remotely operated vehicle (ROV) made it possible to describe the physical habitat and to assess the oceanographic control for the recently described species Neopycnodonte zibrowii These oysters have been observed in vivo in depths from 540 to 846 m colonizing overhanging banks or escarpments protruding from steep canyon flanks Especially in the Bay of Biscay such physical habitats may only be observed within canyons where they are created by both long-term turbiditic and contouritic processes Frequent observations of sand ripples on the seabed indicate the presence of a steady but enhanced bottom current of about 40 cm/s The occurrence of oysters also coincides with the Interface between the Eastern North Atlantic Water and the Mediterranean Outflow Water A combination of this water mass mixing internal tide generation and a strong primary surface productivity may generate an enhanced nutrient flux which is funnelled through the canyon When the ideal environmental conditions are met up to 100 individuals per m(2) may be observed These deep-water oysters require a vertical habitat which is often incompatible with the requirements of other sessile organisms and are only sparsely distributed along the continental margins The discovery of these giant oyster banks illustrates the rich biodiversity of deep-sea canyons and their underestimation as true ecosystem hotspots (C) 2010 Elsevier Ltd All rights reserved
Deep-sea Research Part I-oceanographic Research Papers (0967-0637) (Pergamon-elsevier Science Ltd), 2010-12 , Vol. 57 , N. 12 , P. 1561-1572

Droits : 2010 Elsevier Ltd All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/00023/13419/14034.pdf
DOI:10.1016/j.dsr.2010.09.002
http://archimer.ifremer.fr/doc/00023/13419/

Éditeur(s) : Public Library Science
Résumé : Where conservation resources are limited and conservation targets are diverse, robust yet flexible priority-setting frameworks are vital. Priority-setting is especially important for geographically widespread species with distinct populations subject to multiple threats that operate on different spatial and temporal scales. Marine turtles are widely distributed and exhibit intra-specific variations in population sizes and trends, as well as reproduction and morphology. However, current global extinction risk assessment frameworks do not assess conservation status of spatially and biologically distinct marine turtle Regional Management Units (RMUs), and thus do not capture variations in population trends, impacts of threats, or necessary conservation actions across individual populations. To address this issue, we developed a new assessment framework that allowed us to evaluate, compare and organize marine turtle RMUs according to status and threats criteria. Because conservation priorities can vary widely (i.e. from avoiding imminent extinction to maintaining long-term monitoring efforts) we developed a "conservation priorities portfolio" system using categories of paired risk and threats scores for all RMUs (n = 58). We performed these assessments and rankings globally, by species, by ocean basin, and by recognized geopolitical bodies to identify patterns in risk, threats, and data gaps at different scales. This process resulted in characterization of risk and threats to all marine turtle RMUs, including identification of the world's 11 most endangered marine turtle RMUs based on highest risk and threats scores. This system also highlighted important gaps in available information that is crucial for accurate conservation assessments. Overall, this priority-setting framework can provide guidance for research and conservation priorities at multiple relevant scales, and should serve as a model for conservation status assessments and priority-setting for widespread, long-lived taxa.
Plos One (1932-6203) (Public Library Science), 2011-09 , Vol. 6 , N. 9 , P. 1-14

Droits : 2011 Wallace et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License
http://archimer.ifremer.fr/doc/00050/16097/13573.pdf
DOI:10.1371/journal.pone.0024510
http://archimer.ifremer.fr/doc/00050/16097/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : Uptake of waterborne Cd, Co, Mn and Zn was determined in laboratory experiments using radiotracer techniques (Cd-109, Co-57, Mn-54 and Zn-65). Labelled Zn was mainly accumulated in the digestive gland (65%) and Co in kidneys (81%); Cd and Mn were similarly distributed in digestive gland and gills. In a complementary field study, Ag, As, Cd, Co, Cr, Cu, Fe, Mn, Ni, and Zn were analysed in scallops collected at two stations showing different contamination levels. Digestive gland and kidneys displayed the highest concentrations. Ag, As, Cd, and Fe differed in soft tissues from the two stations, suggesting that Comptopallium radula could be a valuable local biomonitor species for these elements. Low Mn and Zn concentrations found in kidneys suggest that their content in calcium-phosphate concretions differs from the other pectinids. Preliminary risk considerations suggest that As would be the only element potentially leading to exposure of concern for seafood consumers. (c) 2007 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Environmental Pollution (0269-7491) (Elsevier), 2008-04 , Vol. 152 , N. 3 , P. 543-552

Droits : 2007 Elsevier Ltd All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-6953.pdf
DOI:10.1016/j.envpol.2007.07.009
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6953/