Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : This activity report entitled (“Chemical contamination of the marine environment: from measurement to risk assessment”) summarizes the main stages my career at Ifremer from November 1975 to june 2013. The first chapter deals with the seawater chlorination and chlorinated waters released into the sea, the identification and the conditions of the formation of various by-product of these processes. The second chapter concerns PCBs, their nature, their chemical analysis in environmental matrices. PCBs are considered as the best examples of persistant and bioaccumulable compounds and therefore, in all this report they are flagship contaminants to which other groups of studied substances are compared. The third chapter refers to studies performed within marine pollution monitoring programme RNO (Réseau National d’Observation de la qualité de l’environnement marin - National observation network on the quality of the marine environnment) and well as other more limited studies like a first assessement on the presence of dioxins and dioxin-like PCBs in the French coastal marine environment and last, on the use of zebra mussel (Dresseinia polymorpha) as sentinelle species of the chemical contamination in the Seine estuary. The next two chapters are about bioaccumulation and about the distribution of organic contaminants (PCBs, dioxins, PAHs, PBDEs) in marine organisms and in marine foodwebs. These studies aim at a better knowledge of the presence and fate of these compounds in fish and marine organisms eitheir in an environmental perspective (chapter IV) or in order to contribute to the assessment of their health impact, or more precisely to estimate therelative part of fish and seafood to the human exposure to chemical residues (chapter V). To conclude, the chapter VI concerns the PCB and dioxin fingerprints in the various studied marine matrices ; analytical and environmental interpretations of the observed differences are suggested as well as possible applications.
Ce bilan d’activité intitulé « Contamination chimique du milieu marin : de la mesure à l’évaluation des risques » retrace les étapes essentielles de mon parcours à Ifremer entre novembre 1975 et juin 2013. Le premier chapitre traite de la chloration dans l’eau de mer et les rejets chlorés en mer, l’identification des sous-produits formés lors de ces traitements, les conditions de leur formation. Le second chapitre concerne la nature des PCB et leur analyse dans les matrices environnementales. Les PCB considérés comme les meilleurs exemples de composés persistants bioaccumulables constituent les « contaminants phares » de l’ensemble de ce travail et c’est par rapport aux PCB que sont comparés et évalués les autres groupes de contaminants étudiés. Le troisième chapitre se rapporte aux travaux réalisés dans le cadre de la surveillance RNO (Réseau National d’Observation de la qualité de l’environnement marin) ainsi que dans des études ponctuelles comme un premier inventaire sur les niveaux de présence des dioxines (PCDD et PCDF) dans l’environnement marin littoral ou sur l’utilisation de la moule zébrée (Dresseinia polymorpha) comme espèce indicatrice de la contamination de l’estuaire de la Seine. Les deux chapitres suivants sont consacrés aux travaux sur la bioaccumulation et aux contaminants organiques (PCB, dioxines, HAP, PBDE) dans les organismes et les réseaux trophiques marins soit dans une perspective environnementale sur le devenir des contaminants dans le vivant (chapitre IV) soit dans le cadre de l’évaluation des risques sanitaires ou, plus précisément, de l’estimation de la contribution de la consommation des produits de la mer à l’exposition de l’homme aux résidus chimiques (chapitre V). Pour terminer, le chapitre VI concerne les empreintes de PCB et de dioxines dans les différentes matrices étudiées ; une interprétation analytique et environnementale des différences observées est proposée ainsi que de possibles applications.

Droits : 2013 UBO
http://archimer.ifremer.fr/doc/00168/27946/26237.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00168/27946/

Éditeur(s) : AIHP-GEODE : Archéologie Industrielle, Histoire, Patrimoine/Géographie- Développement Environnement de la Caraïbe INRAP : Institut National de Recherches Archéologiques Préventives
Extrait de : "La valorisation du patrimoine urbain dans les territoires antillais et guyanais" : journées d'étude, du 12 au 14 octobre 2016. Université des Antilles
Description : Il s'agit d'illustrer à travers l'exemple de la ville de Fort-de-France en Martinique, les différents aspects de la réglementation en matière d'urbanisme. En partant du plan d'urbanisme dessinant un tissu urbain régulier, nous évoquerons les incidences des conditions économiques, climatiques et environnementales sur la réglementation de la construction de la ville établie dans la deuxième moitié du XVIIIe siècle à nos jours. Nous verrons comment les incendies, tremblements de terre et autres aléas ont conditionné l'acte de bâtir dans la ville. Quelle typologie de bâti en a découlé et surtout comment ce dernier a été réglementé pour assurer la grande pérennité aux constructions. Quelles menaces pèsent actuellement sur un centre ancien comme celui de Fort-de-France : démolitions, transformations, dénaturalisations. Quels outils réglementaires peuvent aujourd'hui être mis en place pour garantir le maintien d'un tissu urbain de cette nature, dont la valeur patrimoniale réside conjointement dans la diversité des constructions qui le composent et l'homogénéité de l'ensemble qu'il constitue. Délimiter un site patrimonial remarquable et définir des règles de gestion adaptés sont les enjeux du XXIe siècle.
Siècle(s) traité(s) : 18
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16279
V16279

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : During the course of their life cycle organisms are exposed to natural environment variations capable of inducing physiological, morphological and behaviour changes, thus a phenotypic plasticity. Phenotypic plasticity is the ability of a genotype to generate a new phenotype following exogeneous or endogeneous stress. Here, we investigated the phenotypic plasticity of the non-calcifying symbiotic cnidarian Anemonia viridis at multiple levels of structural complexity, in vivo and in vitro. In vivo, we determined the mechanisms behind the phenotypic plasticity under expected future climate change (i.e. ocean acidification and ocean warming). Our results show physiological changes in the inorganic carbon use of the sea anemone A. viridis exposed to high pCO2 during a long-term stress in natura or a short-term stress in controlled conditions. We then observed an equivalent decrease in carbonic anhydrase activity, a key enzyme of cnidarian carbon concentrating mechanisms. Also, we demonstrated that an increase in seawater temperature modified the response observed during a high pCO2 scenario. In vitro, we established a viable primary cell culture from regenerating tentacles of A. viridis. We determined the gastrodermal tissue origin of the cultivated cells and validated the use of this new tool to the in vitro study of stress response at the cellular level. The set-up of this powerful in vitro tool will open a multitude of perspectives for the study of cellular responses to exogeneous stress (as global change perturbations) and to endogeneous stress (as the symbiosis constraints experienced by symbiotic cnidarians)
Durant leur cycle de vie, les organismes sont exposés à des variations environnementales capables d'induire des changements physiologiques, morphologiques et comportementaux, résultant d’une plasticité phénotypique. La plasticité phénotypique est la capacité d'un génotype à générer un nouveau phénotype suite à un stress. Ici, nous avons étudié la plasticité phénotypique d’un Cnidaire symbiotique et non-calcifiant, l’anémone de mer Anemonia viridis, à de multiples niveaux de complexité structurale, in vivo et in vitro. In vivo, nous avons identifié les mécanismes sous-jacents de la plasticité phénotypique potentiellement induits par les futurs changements climatiques (acidification et réchauffement des océans). Nos résultats montrent des modifications dans l'utilisation du carbone inorganique par A. viridis exposée à une forte pCO2 lors d’un stress chronique in natura ou lors d’un stress court en conditions contrôlées. Nous avons ainsi observé une diminution des activités anhydrase carbonique, une enzyme clé des mécanismes de concentration du carbone chez les Cnidaires. Nous avons aussi démontré que l'augmentation concomittante de la température modifie la réponse observée lors d'une élévation seule de la pCO2. In vitro, nous avons établi une culture de cellules primaires viables issue de tentacules d’A. viridis en régénération. Nous avons déterminé l'origine gastrodermale des cellules cultivées et validé l'utilisation de ce nouvel outil pour l'étude de la réponse au stress au niveau cellulaire. Ce nouvel outil ouvre une multitude de perspectives pour l'étude des réponses cellulaires aux stress exogènes (changement climatique) et endogènes (contraintes dues à la symbiose)
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01674220

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2016AZUR4136
tel-01674220
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Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation Caribbean Food Crops Society (CFCS)
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : Farmers are very inventive, but their innovations often remain confined to their farm, or to small local networks. And the interest they might have for farmers other than their inventors is seldom analyzed. Tracking on-farm innovations aims at finding technical or organizational innovations designed by farmers, to characterize their agronomic, economic and environmental performance and analyze the conditions in which this performance is expressed. The talk presents the various stages of this tracking approach, applied to innovative cropping systems, basing on a variety of recent works, in France, Argentine, Burkina Faso and China: (1) Defining what we are looking for; (2) Identifying innovative systems; (3) Describing and characterizing innovative systems; (4) Assessing innovative systems; (5) Specifying the conditions for the success of innovative systems. The results of the tracking are aimed not only at the farmers, but at their advisors and researchers too: (i) Innovative and effective cropping systems, which can be a source of inspiration for farmers; (ii) Confirmation of the interest of a principle for reasoning cropping systems; (iii) Innovative practices, analyzed within a systemic framework, which can serve as bricks for the design of new systems; (iv) Questions to be looked into more thoroughly by experimentation. Compared to traditional approaches in agronomy, tracking innovative cropping systems provides a double break: break with a top-down approach, where agricultural R & D is regarded as the only source of innovation: by mobilizing the innovative capacities of farmers, tracking increases our collective capacity to invent new practices or new cropping systems, by using not only technical and scientific knowledge, but also the empirical knowledge, that is so rich in agriculture. And break with the primacy given to experimentation, as a source for the production of knowledge and the assessment of innovations. Les agriculteurs sont très inventifs, mais leurs innovations demeurent souvent confinées à leur ferme, ou à de petits réseaux locaux. Et l'intérêt qu'elles pourraient avoir pour des agriculteurs autres que leurs inventeurs est rarement analysé. Le cheminement des innovations à la ferme vise à trouver les innovations techniques ou organisationnelles conçues par des agriculteurs, pour caractériser leur agronomique, économique et la performance environnementale et pour analyser les conditions en lesquelles ces résultats sont exprimés. L'entretien présente les diverses étapes de cette approche de cheminement, appliquées aux systèmes d'emblavage innovateurs, basant sur un grand choix de travaux récents, les Frances, l'Argentin, au Burkina Faso et en Chine : (1) définissant ce que nous recherchons ; (2) identification des systèmes innovateurs ; (3) description et caractérisation des systèmes innovateurs ; (4) l'évaluation des systèmes innovateurs ; (5) spécification des conditions pour le succès des systèmes innovateurs. Les résultats du cheminement sont visés non seulement les agriculteurs, mais leurs conseillers et chercheurs trop : (i) systèmes d'emblavage innovateurs et efficaces, qui peuvent être une source d'inspiration pour des agriculteurs ; (ii) confirmation d'intérêt d'un principe pour les systèmes d'emblavage de motif ; (iii) pratiques innovatrices, analysées dans un cadre systémique, qui peut servir de briques à la conception de nouveaux systèmes ; (iv) questions à regarder dans plus complètement par expérimentation. Comparé aux approches traditionnelles en agronomie, le cheminement des systèmes d'emblavage innovateurs fournit une double coupure : cassez avec une approche hiérarchisée, où la R&D agricole est considérée comme la seule source d'innovation : en mobilisant les capacités innovatrices d'agriculteurs, le cheminement augmente notre capacité collective d'inventer de nouvelles pratiques ou nouveaux systèmes d'emblavage, à l'aide non seulement de technique et de la connaissance scientifique, mais également la connaissance empirique, qui est si riche en agriculture. Et coupure avec la primauté donnée à l'expérimentation, comme source pour la production de la connaissance et de l'évaluation des innovations.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16242
V16242

Résumé : Cette thèse d’habilitation à diriger des recherches décrit un projet en économie des pêches centré sur la question des conditions d’évolution de la rente halieutique, avec une application aux flottilles françaises opérant en Atlantique. La quantification de la rente et l’analyse des processus par laquelle elle évolue, sont un enjeu majeur de recherche dans un domaine où des bénéfices substantiels peuvent être attendus d’une modification des conditions d’accès à des ressources communes et naturelles. La stratégie de recherche est organisée autour de thèmes complémentaires de travail qui concernent l’évaluation économique des usages, l’analyse des comportements des flottilles de pêche et le développement d’approches intégrées en bioéconomie pour l’évaluation de scénarios de gestion des pêcheries. Le corpus théorique mobilisé emprunte principalement à l’économie des ressources renouvelables, à la microéconomie et par certains aspects aux concepts de l’économie institutionnelle. L’accent est porté en particulier sur les outils et les méthodes permettant d’améliorer les connaissances sur les structures et le statut économique de l’exploitation, mais également d’identifier les facteurs clés de la dynamique des flottilles de pêche. La compréhension de ces dynamiques est en effet essentielle pour prévoir les réponses possibles des usages halieutiques à des modifications des conditions économiques, institutionnelles ou environnementales. L’évaluation des effets économiques et biologiques réels de telles modifications en dépend. L’intérêt des évaluations bioéconomiques est également d’illustrer le caractère nécessaire mais non suffisant des mesures de conservation, ainsi que la nécessité de mettre en place des mécanismes incitatifs susceptibles de limiter les coûts sociaux de certaines pratiques. Cette thèse permet en particulier de fournir une première évaluation de rentes à une échelle dépassant la simple pêcherie et d’illustrer le phénomène de capitalisation de ces rentes dans le prix des navires, qui sont devenus des supports de droits de pêche sur le marché de l’occasion. Au-delà des effets redistributifs de l’allocation de ces droits, la dynamique des facteurs de production est elle-même influencée par un contexte de régulation de l’accès aux pêcheries de plus en plus contraignant.

Droits : 2007 Ifremer, UBO
http://archimer.ifremer.fr/doc/00243/35404/33925.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00243/35404/

Éditeur(s) : Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes
Résumé : Long-line fishing has been growing on the island of La Réunion since the beginning of the 1990s. The target species is the swordfish (Xiphias gladius), fished mainly in the tropical waters surrounding the island between longitudes 45 degree E and 60 degree E, and latitudes 17 degree S and 27 degree S. From 1998 to 2000, a finalised research programme enabled the collection of precise data concerning the lines' positions and the parameters of the fishing efforts: 3,602 nettings were thus informed by the catches (in numbers of individuals caught) and 12 descriptive variables of the effort. In parallel with this collection effort, satellite maps that described the ocean's landscape of this region of the Indian Ocean exploited by La Réunion's fisheries were made available to sailors and scientists. Extractions from these environmental variables were made at the fishing lines' positions, which allowed us to propose 20 variables describing the environmental conditions of swordfish catches applied to the nettings. In an early part of this study, after a descriptive analysis and a first selection of the variables, we used several GAM (Generalised Additive Models) to model the respective effects of effort and environmental variables on the variability of swordfish catches. We thus highlighted the predominance of factors linked to fishermen (fishing effort) on oceanographic factors in the explanation of this variability. Following these results, a summary on the biology and ecology of the swordfish was proposed in order to draw up hypotheses on the characteristics of this species' population in the Indian Ocean. The aspects linked to the individual behaviour and movements of the population were particularly highlighted. In a latter part of this study and in order to complete the empirical approach by an exploratory constructivist approach, we proposed a modelling tool in order to simulate the possible movements of individuals within the oceanic landscape described by the available satellite maps. After reading in the literature about the various forms of modelling the movements of the large pelagics, we developed an original computer modelling architecture of the multi-agent type that made it possible to manipulate in a dynamic way the satellite maps (and derived products), the individual movements of "animats" whose behaviours were based on this environmental information, and agents that clarify the process of long-line fishing in a geographical way. The computer model that was implemented (MUFINS, for MUlti-Fish INdian ocean Simulator) was next used by calibrating the behaviour of the animats on the real data originally from the analysis of commercial catches proposed in the first part, using robust techniques based on fuzzy logic. The results of the simulations were compared, on the one hand, with the large-scale hypotheses of movement proposed in the first part, and, on the other hand, to swordfish catches both real and corrected for the effect of the fishing effort modelled by the GAM models. Even if the results of these simulations in this study do not allow for proposing convincing interpretations of the underlying processes, the MUFINS tool showed its ability to address questions associated with the swordfish's behaviour in the tropical oceanic landscape and to the effects of scale transfers between the individual level and the collective level. We now envisage its use in a more operational framework, as an interface for dialogue between fishermen and scientists with a goal of sustainable management of the resource.
La peche palangriere s'est developpee a l'ile de La Reunion depuis le debut des annees 1990. L'espece cible est l'espadon (Xiphias gladius), principalement exploite dans les eaux tropicales autour de l'ile entre les longitudes 45 degree E et 60 degree E, et les latitudes 17 degree S et 27 degree S. De 1998 a 2000, un programme de recherche finalisee a permis de collecter des informations precises concernant les positions des lignes et les parametres de l'effort de peche : 3602 filages sont ainsi renseignes par les captures (en nombre d'individus captures) et 12 variables descriptives de l'effort. En parallele de cet effort de collecte, des cartes satellitales ont pu etre mises a la disposition des marins et des scientifiques, decrivant le paysage oceanique de cette region de l'ocean Indien exploitee par la pecherie reunionnaise. Des extractions de ces variables environnementales ont ete effectuees aux positions des lignes de peche, nous permettant de proposer 20 variables descriptives des conditions environnementales de captures d'espadon appliquees aux filages. Dans une premiere partie de ce travail, apres une analyse descriptive et une premiere selection des variables, on a modelise par plusieurs modeles GAM (Generalized Additive Models) les effets respectifs des variables d'effort et des variables environnementales sur la variabilite des captures d'espadon. On a ainsi mis en evidence la predominance des facteurs lies aux pecheurs (effort de peche) sur les facteurs oceanographiques dans le caractere explicatif de cette variabilite. A la suite de ces resultats, une synthese sur la biologie et l'ecologie de l'espadon a ete proposee afin de degager des hypotheses sur les caracteristiques de la population de cette espece dans l'ocean Indien. Les aspects lies au comportement individuel et aux deplacements de la population ont ete particulierement mis en evidence. Dans une deuxieme partie de ce travail et afin de completer l'approche empirique par une approche constructiviste exploratoire, nous avons propose un outil de modelisation afin de simuler les deplacements possibles d'individus au sein du paysage oceanique decrit par les cartes satellitales disponibles. Apres avoir passe en revue dans la litterature les differentes formes de modelisation des deplacements des grands, pelagiques, nous avons developpe une architecture originale de modelisation informatique de type multi-agents permettant de manipuler de maniere dynamique les cartes satellitales (et les produits derives), les mouvements individuels < d'animats >, dont les comportements sont bases sur cette information environnementale, et des agents qui explicitent le processus de capture palangriere de maniere geographique. Le modele informatique ainsi implemente (MUFINS, pour MUlti-Fish INdian ocean Simulator) a ensuite ete utilise en calibrant les comportements des animats sur les donnees reelles issues de l'analyse des captures commerciales proposee en premiere partie, a partir de techniques robustes basee sur la logique floue. Les resultats des simulations ont ete confrontes d'une part aux hypotheses de deplacement a grande echelle proposees en premiere partie, et d'autre part aux captures d'espadon reelles et corrigees de l'effet de l'effort de peche modelise par les modeles GAM. Meme si les resultats de simulations presentes dans ce travail ne permettent pas de proposer d'interpretations convaincantes des processus sous-jacents, l'outil MUFINS a demontre son aptitude a aborder les questions liees au comportement de l'espadon dans le paysage oceanique tropical et aux effets des transferts d'echelle entre le niveau individuel et le niveau collectif. On envisage desormais son utilisation dans un cadre plus operationnel, comme interface de dialogue entre les pecheurs et les scientifiques a des fins de gestion durable de la ressource.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-2592.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2592/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The main objective of this thesis was to study the influence of Guianan terra firme rainforests types on medium- and large-sized vertebrates community organization. First, we choose a model species which permitted to develop an appropriate abundance estimation method which take into account the imperfect detection and temporary immigration of mobile species, and to test environmental conditions effects at different spatial scales of analysis. Second, given that bias due to animal detection can be important in the abundance estimation, we determinated the relative role of environmental conditions and species biological traits on detection probability. From this methodological framework, we studied then processes of community organization, by identifying the main determinants involved in community organization, using composition and alpha and beta diversities, and, in a complementary manner, three metrics (taxonomic, functional, and phylogenetic). We sought from these general framework to determinate the relative role of environmental conditions and historical contingency, responsible for the current community organization, and to test the forest refugia hypothesis. Finally, we downscaled the analysis to determinate, and tried to disentangle the effects of environmental conditions and interspecific interactions on species co-occurrence. We used then functional traits to test the relationship between species co-occurrence and similarities.This thesis highlights the important role of historical contingency and facilitation in the structure of regional diversity and the local assembly processes of medium- and large-sized vertebrates, respectively, in French Guiana.
Cette thèse a pour but d’étudier l'influence de l'hétérogénéité des forêts de terre ferme en Guyane sur l'organisation des communautés de moyens et grands vertébrés. Nous avons, d'abord, choisi une espèce modèle afin de déterminer une méthode adéquate d'estimation d'abondance prenant en compte la détection imparfaite et l'immigration temporaire des espèces, et de tester l'effet des conditions environnementales à différentes échelles d'analyse. Puis, partant du constat que les biais dus à la détection dans l'estimation d'abondance pouvaient être importants, nous avons déterminé l'importance relative des conditions environnementales et des traits biologiques des espèces sur la probabilité de détection. A partir de ce cadre d'étude, nous avons étudié la composition et les diversités alpha et beta en utilisant de façon complémentaire les métriques taxonomique, fonctionnelle, et phylogénétique pour déterminer le rôle relatif de l'environnement et de la contingence historique dans l'organisation des communautés, et de tester l’hypothèse des refuges forestiers. Enfin, en descendant dans l'échelle d'analyse, nous avons tenté de démêler l'effet de l'environnement et des interactions interspécifiques sur la cooccurrence des espèces, et utilisé les traits fonctionnels des espèces pour tester le lien entre cooccurrence et similitude fonctionnelle. Cette thèse met en avant les rôles prépondérants de la contingence historique et de la facilitation dans, respectivement, la structuration de la diversité régionale et les processus d’assemblages locaux des communautés de moyens et grands vertébrés en Guyane.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779

NNT : 2017YANE0004
tel-01537779
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01537779/file/these_thomas_denis.pdf

Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : The major objectives of this thesis were to study the structure, functioning and dynamics of different faunal assemblages associated with cold seep ecosystems in the eastern Mediterranean Sea. We focused our study on three main sites: the Marmara Sea, the Mediterranean ridge and the Nile deep sea fan. This thesis aims at determining the environmental signature of Mediterranean sites and the characteristics of the associated fauna at European and global scales. The specific objectives were to (1) determine the composition, diversity, density, biomass of invertebrate assemblages, (2) characterize biogeochemical conditions within different microhabitats in the vicinity of organisms, (3) to define the trophic relationships amongst seep fauna using stable isotope analyses (collaboration) and lastly, (4) to compare the spatial distribution and assemblage characteristics at different spatial scales (local, structure-scale, regional). The results show that (1) the Napoli mud volcano is the richest structure in terms of numbers of taxa while the Nile deep-sea fan sites need additional sampling, (2) a high variability is observed both between the different microhabitats but also within a single microhabitat, (3) the methane and oxygen gradients as well as substratum type are the main structuring factors explaining the distribution of the fauna and (4) the characteristics of the microhabitats, rather than the study area, influence the structure of benthic communities associated with Mediterranean cold seeps.
Les objectifs principaux de cette thèse sont d’étudier la structure, le fonctionnement et la dynamique de différents assemblages de faune associée aux émissions de fluides froids de Méditerranée orientale. Trois principaux sites ont été étudiés : la mer de Marmara, la ride méditerranéenne et le delta profond du Nil. Cette thèse tente de déterminer la « signature environnementale » des sites méditerranéens et les caractéristiques de la faune qui y est associée dans un contexte de marges européennes et mondiale. Les objectifs spécifiques sont (1) de déterminer la composition, la diversité, la densité et la biomasse des assemblages d'invertébrés ; (2) de caractériser les conditions biogéochimiques au sein des différents microhabitats à proximité des organismes; (3) de caractériser les relations trophiques sur les différents assemblages de faune par une approche isotopique (en collaboration) et finalement, (4) de comparer la distribution spatiale et les caractéristiques des assemblages à différentes échelles spatiales (locale, à l’échelle d’une structure géologique, régionale). Les résultats montrent que : (1) le volcan de boue Napoli est le site le plus riche en taxons alors que les sites du delta du Nil nécessiteraient un échantillonnage plus approfondi ; (2) il existe une grande variabilité entre les microhabitats ainsi qu’au sein d’un même microhabitat ; (3) les gradients en méthane, en oxygène ainsi que la nature du substrat sont les principaux facteurs abiotiques expliquant la distribution de la faune, (4) les caractéristiques des microhabitats, plutôt que la zone d’étude, influencent la structure des communautés benthiques associées aux écosystèmes de fluides froids méditerranéens.

Droits : 2010 The Author, UBO
http://archimer.ifremer.fr/doc/00020/13138/10178.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00020/13138/

Éditeur(s) : Montpellier SupAgro
Résumé : One of the main challenges in ecology is to understand how global changes affect biodiversity and what are the consequences on ecosystem functioning. In this perspective, the functional diversity of communities is a cornerstone since it allows linking environment, community structure and ecosystem properties. The aim of this thesis is thus to improve the understanding of functional diversity dynamic (i) in relation to natural variability of environmental conditions and (ii) under anthropogenic disturbances. As a first step we have developed a new methodological framework allowing to (1) describe fish functional niches based on functional traits, and (2) to quantify functional diversity within (α) and among (β) sites thanks to new indices. In a second step we have studied the spatiotemporal dynamic of the functional structure of fish and nektonic communities from the Terminos lagoon (Mexico). This tropical estuarine ecosystem is an appropriate ecological model for our problematic as it is characterized by a strong environmental variability, a high biological diversity and is under a strong human pressure. We have put in light the stability of the functional and trophic structures of communities along environmental gradients, despite a very strong species turnover. This stability is determined by the dominance of a couple of functional groups inside which species are replacing each others according to their environmental preferences. However, at a long-term scale, we have demonstrated a functional diversity loss in a part of the lagoon despite an increase of species richness. This paradox has to be related to the decrease of species associated to seagrass and the increase of more estuarine species.
Un des enjeux majeurs de l'écologie est de comprendre comment les changements globaux affectent la biodiversité et quelles en sont les conséquences sur le fonctionnement des écosystèmes. Dans cette perspective, la diversité fonctionnelle des communautés est un outil clé permettant de lier l'environnement, la structure des communautés et les propriétés écosystémiques. L'objectif de cette thèse est donc d'améliorer la compréhension de la dynamique de la diversité fonctionnelle (i) face à des conditions environnementales naturellement variables et (ii) face à des perturbations d'origine anthropique. Dans un premier temps nous avons mis en place un socle méthodologie nous permettant de (1) définir la niche fonctionnelle des poissons à partir de traits fonctionnels et (2) de quantifier les diversités fonctionnelles intra (α) et inter (β) échantillons avec de nouveaux indices. Dans un second temps nous avons étudié la dynamique spatio-temporelle de la structure fonctionnelle des communautés ichtyologiques et nectoniques peuplant la lagune de Terminos (Mexique). Cet écosystème estuarien tropical est un modèle d'étude adapté à notre problématique car il présente une forte variabilité environnementale, une forte diversité biologique et est sous forte pression anthropique. Nous avons mis en évidence une stabilité de la structure fonctionnelle et trophique des communautés face aux gradients environnementaux très marqués, et donc malgré un fort taux de remplacement des espèces entre les communautés. Cette stabilité est due à la dominance de quelques groupes fonctionnels à l'intérieur desquels les espèces se remplacent suivant leurs preferendums environnementaux. Néanmoins, à plus long terme, nous avons démontré qu'une portion de la lagune avait subi une perte de diversité fonctionnelle et ce malgré une augmentation de la richesse spécifique. Ce paradoxe est à relier au remplacement des espèces inféodées aux herbiers de phanérogames par des espèces plus estuariennes.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-6178.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6178/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Session "Articles"
National audience
Nous présentons ici une méthode permettant de créer et de représenter sous forme vectorielle des classes de transition à partir d'une classification supervisée basée sur des arbres de décision flous. Cette méthode est particulièrement utile pour la classification stricte de données dont les frontières sont naturellement diffuses ainsi que pour leur représentation au sein d'un System d'Information Géographique. C'est le cas par exemple des formations forestières entre lesquels les transitions sont généralement étalées sur plusieurs centaines de mètres avec des gradients dépendant de condition environnementales locales ne permettant pas de définir une transition identique dans toutes les directions. La méthode présentée permet d'ajouter des classes lorsque les zones de transition sont trop étendues plutôt que de fixer une frontière arbitrairement
Actes de la conférence RFIA 2012
Lyon, France

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
hal-00656502
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00656502
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00656502/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00656502/file/rfia2012_submission_57.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The trophic endosymbiosis interaction between a cnidarian host and its photosynthetic dinoflagellatessymbionts form the basis of coral reef ecosystems. Cnidarians host their symbionts in gastrodermis cells, in a phagocytosis-derived vacuole. Establishment and maintenance of the symbiotic interaction depend on an intimate molecular communication between the two partners. However, environmental and/or anthropogenic disturbances can lead to the breakdown of the symbiotic association, which is responsible for the worldwide decline of coral reefs. The main objectives of my research project are to improve the knowledge regarding symbiosis maintenance and disruption mechanisms, but also to define the molecular key players involved at the symbiotic interface in the sea anemone, Anemonia viridis. First, we have described the cellular mechanisms involved in the different types of symbiosis breackdown. Meanwhile, the characterization of npc1 and npc2 genes (involved in endosomal sterol transport), showed a duplication and a sub-functionalization of the npc2d gene. Both NPC1 and NPC2 proteins are expressed around symbionts. We therefore suggest that the duplicated protein NPC2-d is a biomarker of symbiosis health and that NPC1 protein is a marker of the perisymbiotic membrane. We then developed a protocol to characterize the proteome of the symbiotic interface between the two symbiotic partners. The newly-identified symbiotic key players will increase the general knowledge on the symbiotic interaction and its regulation during both stable and bleaching conditions.
L’endosymbiose trophique établie entre un hôte Cnidaire et ses symbiotes Dinoflagellés photosynthétiques est à l’origine du succès évolutif des écosystèmes coralliens. Les symbiotes sont internalisés par un mécanisme de phagocytose et maintenus dans les cellules du gastroderme de l'hôte. La symbiose est régie par un dialogue moléculaire intime entre les deux partenaires, interrompu lors de perturbations environnementales ou anthropiques, responsables du déclin mondial des récifs coralliens. Les objectifs de mon projet de recherche sont de définir les acteurs moléculaires localisés à l’interface symbiotique chez l’anémone de mer, Anemonia viridis. Premièrement, nous avons étudié les mécanismes cellulaires impliqués dans différents types de rupture de la symbiose et mis en évidence des phénomènes d’apoptose, nécrose et symbiophagie. Parallèlement, nous avons caractérisé chez l’anémone les gènes npc1 et npc2, impliqués chez les vertébrés dans le transport endosomal de stérols, et dont l’expression est modulée par l’état symbiotique. Nous avons pu montrer que le gène npc2d est issus d’une duplication et vraisemblablement d’une sub-fonctionnalisation et que les protéines NPC1 et NPC2 sont exprimées au voisinage des symbiotes. Nous proposons donc que la protéine NPC2-d soit utilisée comme marqueur de l’état de santé des Anthozoaires symbiotiques et que la protéine NPC1 soit un marqueur de la membrane périsymbiotique. Nous avons également développé un protocole afin d’identifier les protéines associées à l’interface symbiotique entre les deux partenaires. A terme, les cibles identifiées permettront une meilleure compréhension des mécanismes qui régulent la relation symbiotique.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01673491

NNT : 2015NICE4105
tel-01673491
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Résumé : Aux USA, et plus particulièrement en Caroline du sud, l'étude de la croissance de l'ombrine, a commencé dès 1947, à partir des populations naturelles retenues dans les marais salants (Lunts 1951, d'après Smith et al, 1985) puis se sont poursuivies (Theling and Loyacano 1976), également en Louisiane (Beckman et al, 1988 ; Boothby et Avault, 1971 ; Bass et Avault, 1975). En élevage, très peu de données existent sur les performances de croissance de cette espèce jusqu'à une taille commercialisable. Hopkins et al, (1987) fait part de quelques résultats en bassin de terre. Peu de travaux existent sur les besoins alimentaires de l'espèce (Daniels et Robinson, 1986 Williams et Robinson, 1988, Robinson, 1988). Dans le cadre du programme de mise au point technique de l'élevage de l'ombrine, l'acquisition des premières données zootechniques en grossissement est réalisée grâce aux élevages présentés dans le tableau 1: Les élevages 1 à 6 ont été menés chez des aquaculteurs . 2P et 2G sont issus d'un même élevage après tri. L'élevage 6 s'interrompt brutalement en juillet suite à une crise distrophique survenant en bassin de terre. Les élevages 7 et 8 sont des élevages de géniteurs (origine 1987 et 1985). Les géniteurs de l'élevage 8 sont utilisés au cours des expérimentations de maturation et de ponte (cf document 2). Les élevages 9 et 10 comparent l'effet de 2 aliments, à 37% et 54% de protéines respectivement...

Droits : 1990 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00132/24372/22385.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00132/24372/

Éditeur(s) : Pêche thonière et dispositifs de concentration de poissons, Caribbean-Martinique, 15-19 Oct 1999
Résumé : Since a few years, the catches of pelagic fish by artisanal fishermen of Reunion Island have strongly increased. Manpower and investments have been constant through the maintenance of about 30 fads all around the island. The traditional techniques of fishing pelagic fishes have been adapted in order to maintain a high level of catches and ensure the income of the fishermen. This report describes different techniques to capture pelagic fish on fads such as drift fishing, dragnet fishing and longline fishing. Knowledge, professional experience of fishermen are the main factors in setting fads and sustaining adaptability. The strong relation between the knowledge of the fishermen and the techniques is discussed. Then, the strategies of fishing, influenced by the environmental and seasonal conditions, and the species, are analysed.Original Abstract: L'activite de la petite peche a l'ile de La Reunion connait, depuis quelques annees, une periode d'expansion rapide de la production de poissons pelagiques. Ce developpement est d'autant plus remarquable qu'il s'effectue, en ce qui concerne la peche professionnelle artisanale, a effectif et investissement presque constants. Il est essentiellement du a la mise en place et a l'entretien d'un parc d'une trentaine de dispositifs de concentration de poissons (DCP), places tout autour de l'ile. Les techniques traditionnelles de peche de poissons pelagiques ont ete adaptees a ce nouveau concept, mais elles doivent continuellement evoluer et s'adapter aux modifications comportementales des poissons, afin de maintenir un niveau de capturabilite assurant les revenus des pecheurs. Cette etude s'attache a decrire les techniques de peche a la derive, a la traine et aux palangres, employees pour la capture de poissons pelagiques sur DCP. Bien que difficile a evaluer, l'experience du pecheur est un facteur determinant dans la mise en uvre de ces techniques et en permet l'amelioration constante. L'imbrication etroite entre le savoir-faire du pecheur et les techniques est egalement abordee et discutee. Enfin, les strategies de peche, fortement influencees par les conditions environnementales, les saisons et les especes rencontrees, y sont analysees.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15294/12652.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15294/

Résumé : La connaissance des facteurs qui influent sur les populations de tiques et en particulier sur leurs distributions est un préalable indispensable à l’étude des maladies qu’elles transmettent. Parmi eux, l’importance des facteurs biotiques et en particulier celle de la compétition interspécifique est peu connue et souvent négligée. L’objectif de ce travail était d’évaluer le rôle de la compétition interspécifique sur la distribution de deux espèces de tiques d’importance vétérinaire, Amblyomma variegatum et A. hebraeum. Alors que seule A. variegatum favorise la transmission de la dermatophilose, une maladie de peau débilitante pour les ruminants, les deux espèces sont vectrices de la cowdriose, maladie due à une bactérie Ehrlichia ruminantium qui représente une contrainte économique majeure pour l’élevage. L’impact de l’espèce vectrice dans l’épidémiologie de la cowdriose (différences de souches circulantes, sévérité des cas,…) est inconnu bien qu’ayant potentiellement des conséquences en termes de surveillance (risque épidémiologique à l’introduction d’animaux) et de contrôle (développement de vaccin régional adapté aux souches circulantes) de la maladie. Ces deux espèces ont une distribution contiguë en Afrique australe avec peu de chevauchement (distribution parapatrique) suggérant une préférence environnementale différentielle ou une compétition exclusive entre elles. Une revue des données de la littérature a permis de mettre en évidence un chevauchement de leur niche trophique, climatique, et temporelle, et une interférence comportementale via la production de leurs phéromones. Les deux espèces pourraient donc rentrer en compétition directement par interférence communicative ou reproductive (hybridation stérile), ou indirectement via le partage de ressources, prédateurs ou pathogènes communs. Le rôle des facteurs biotiques et abiotiques sur le maintien de la parapatrie de ces deux espèces a été analysée (i) d’une part par la comparaison de leur niche environnementale réalisée en Afrique australe, et aux deux zones de contact au Zimbabwe et Mozambique, par des méthodes d’ordination et de modèles de niche (Maxent) ; (ii) et d’autre part par l’étude de leurs distributions et de leurs interactions (distribution sur les hôtes, croisements hétérospécifiques) dans la zone de contact au Mozambique. Globalement les résultats montrent qu’en Afrique Sud-Est et au Zimbabwe les deux espèces occupent des niches environnementales distinctes, celle d’A. hebraeum incluant des zones plus chaudes et plus sèches que celle d’A. variegatum. Au contraire au Mozambique les deux niches se chevauchent considérablement. L’enquête de terrain dans cette zone montre que les deux espèces y sont moins souvent trouvées en sympatrie que les données prédites, suggérant une distribution en partie déterminée par des interactions biotiques. Dans les rares sites avec présence des deux espèces, A. variegatum et A. hebraeum partagent les mêmes sites de fixation sur les animaux et forment un pourcentage relativement élevé de couples hétérospécifiques. Ce pourcentage, bien que similaire entre les femelles A. variegatum et A. hebraeum, semble impliquer des processus de discrimination spécifique propres aux deux espèces intervenant au niveau de l’agrégation, de la fixation et du contact des individus. Nos résultats suggèrent l’existence d’une compétition exclusive entre les deux espèces, due à une compétition sexuelle probablement associée à une compétition indirecte. La frontière parapatrique semble occuper une position stable le long d’un gradient environnemental au Zimbabwe mais pas au Mozambique. Les conditions entrainant la coexistence ou l’exclusion des deux espèces avec formation d’une frontière parapatrique sont discutés à l’aide de modèles théoriques de compétition.
Studying the factors that influence tick populations and their distributions is an essential pre-requisite to understanding the dynamics of the diseases they transmit. The relative importance of biotic factors such as interspecific competition is not well known and often neglected. The objective of this study was to assess the influence of interspecific competition on the distribution of two tick species of veterinary importance, Amblyomma variegatum and A. hebraeum. Whereas only A. variegatum is known to favor dermatophilosis, a debilitating skin disease of ruminants, both species are good vectors of Ehrlichia ruminantium, the bacteria causing heartwater, a fatal disease of ruminants that presents a major constraint for livestock development in Africa. The impact of vector species in heartwater epidemiology (differences of circulating strains, severity of clinical cases…) is poorly known but may have important implications for surveillance (epidemiological risk of imported animals) and control (adapting regional vaccine programs to circulating strains) of the disease. These two ticks have abutting and marginally overlapping (i.e. parapatric) distributions in southern Africa, suggesting either differential environmental preferences or exclusive competition between the two species. A review of published data highlighted an important overlap of their trophic, climatic and seasonal niche, and existence of chemical behavior interference through pheromone production. Therefore, the two species might compete either directly by communicative or reproductive interference (sterile hybridization), or indirectly by sharing the same resources, predators or pathogens. The role of biotic and abiotic factors in determining parapatry of these species was assessed by (i) comparing their realized environmental niche in southern Africa, and at contact zones in Zimbabwe and Mozambique, using ordination techniques and environmental niche modeling (Maxent); (ii) studying their distributions and their interactions (distribution on co-infested host, heterospecific mating) at the contact zone in Mozambique. Globally, the results indicated the two species occupied distinctly different environmental niches in southern Africa and at the contact zone in Zimbabwe, with the niche of A. hebraeum including both hotter and drier areas than that of A. variegatum. However, in Mozambique their niches overlapped considerably. Field studies within this zone showed that sympatry was observed less frequently than predicted by niche models, suggesting an importance of biotic interactions. At the rare sites where both species were present, A. variegatum and A. hebraeum were observed to share the same preference sites on hosts and formed a high percentage of heterospecific pairs. Though this cross-mating rate was not significantly different between A. variegatum and A. hebraeum females, our observations suggest different mechanism of species discrimination involved for the two species acting at the aggregation, fixation and partner contact level. Our results strongly suggest exclusive competition between these species may arise from sexual competition probably interacting with other indirect forms of competition. The parapatric boundary apparently occupies a stable location along an environmental gradient at the contact zone in Zimbabwe but not in Mozambique. Conditions inducing coexistence or exclusion of both species with the formation of parapatric distributions are discussed in relation to theoretical models of competition. When sexual competition is introduced in these models, the relative frequency of two species is determined by their endogenous fitness (a function of environmental conditions), density dependent effects of competitive interactions, historical distributions and dispersal rates: survival of the first prevails when the immigration rate of a fitter invading species remains lower than an invasion threshold.

http://www.theses.fr/2014AGUY0705/document

Résumé : La première étude basée sur l’interprétation des données de la base Stylog‐module ferme, intitulée «Premières approches pour l’analyse de données d’élevages de crevettes marines en nouvelle Calédonie» a identifié de possibles indicateurs de productivité (Frappier et al., 2008). L’objectif du travail présenté ici vise à identifier les conditions zootechniques et environnementales ayant abouti aux meilleures performances. Ceci a été rendu possible par la mise au point d’une méthode de caractérisation des conditions dans lesquelles se sont déroulées les bons élevages, eux même identifiés par une méthode standardisée (scripts développés en langage R). L’étude des arbres de décision visant à caractériser les bons élevages en termes de productivité a permis d’identifier trois indicateurs de performance. Parallèlement, l’étude de la dynamique alimentaire des élevages a mis en évidence trois types d’ajustement de la ration, et a permis d’appréhender l’hétérogénéité de la filière sur le plan zootechnique. Ce document contenant des données de production provenant de fermes privées, toute utilisation est soumise à une demande préalable auprès des propriétaires des données. Pour cela, veuillez vous adresser à benoit.soulard@ifremer.fr ou gfa.stylog@mls.nc

Droits : 2011 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00040/15075/12412.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00040/15075/12413.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00040/15075/

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : The paper focuses on investigation of the importance of nature and development of tourism in protected areas. Therefore, in this context a new challenge is emerging: the need to conserve and protect bio and geo diversity, as well as the economic valorisation of these areas based mainly on tourism and leisure. At EU level, Natura 2000 protected areas have developed, implemented and cultivated the need to practice sport and recreational activities in these areas both for spending leisure time and also as stress antidote. The recreational and sporting practices that can be undertaken within the ecological network Natura 2000 sites adapted to the specificity of each protected area, in close connection with the environmental conditions. For the preservation of the natural environment should develop and maintain a close collaboration with tourism and sports associations that organize such activities in those areas.
La réflexion est centrée sur l’importance de la nature et des enjeux du développement de tourisme dans les aires protégées. Un nouveau défi émerge dans le contexte actuel où il s'agit de concilier le besoin de conserver et de protéger la géodiversité et la biodiversité avec la valorisation économique de ces espaces naturels investis par les pratiques touristiques et récréatives. Au niveau de l'Union européenne, les espaces protégés Natura 2000 ont mis en œuvre des programmes permettant de répondre à l’accueil des activités sportives et de loisirs dans ces zones, tant pour passer du temps libre que comme antidote au stress. Ces pratiques entreprises dans le réseau écologique Natura 2000 sites sont adaptés à la spécificité de chaque secteur protégé, en relation avec les conditions environnementales. Pour favoriser la conservation du cadre naturel, il est important de maintenir une étroite collaboration avec les associations touristiques et sportives qui organisent des activités dans ces zones.
Bihor
Roumanie

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.11262
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/11262

Résumé : Dans le cadre de la promotion de systèmes de culture alternatifs à moindres intrants chimiques, des études sur l'introduction de plantes de service ayant vocation à réduire l'usage des pesticides et engrais azotés mobilisent un effort de recherche considérable. Dans le cadre de la production bananière pour laquelle la nuisibilité causée par les nématodes phytoparasites constitue l'une des principales contraintes, une des principales alternatives à l'utilisation de nématicides chimiques repose sur l'usage raisonné en rotation ou en association culturale de plantes de service à propriétés nématorégulatrices. Parmi les espèces candidates, celles du genre Crota/aria spp. ont largement été étudiées en raison de leur aptitude à contrôler les nématodes phytoparasites. Une méta-analyse révèle cependant que même si de nombreux auteurs s'accordent à reconnaître les propriétés allélopathiques des plantes de cette espèce, ils sont également enclins à reconnaître la forte variabilité d'expression de ces propriétés vis-à-vis du contrôle des nématodes selon les situations expérimentées. L'objectif de ce travail repose sur la compréhension du déterminisme biochimique des exsudats. La stratégie expérimentale mise en oeuvre a consisté à tester en conditions contrôlées le comportement biochimique des exsudats racinaires de deux espèces de crotalaires (C retusa, C spectabilis) et d'une espèce sensible, le bananier dessert (Musa spp.) en fonction i) de conditions biotiques variées -i.e. présence ou non de nématodes (Radopholus similis et Meloidogyne arenariaï, et présence ou non de mycorhizes-, ii) de conditions abiotiques contrastées -i.e. utilisation d'un sol naturel vs. substrat neutre, ajout ou non d'engrais chimique. La méthodologie innovante des «plantes à traire » (Brevet INRA) a été requise pour pouvoir travailler sur les exsudats racinaires des plantes conditionnées plutôt que sur des Iixiviats, comme réalisé dans des expérimentations antérieures.Les résultats obtenus en spectrophométrie visible montrent que la modification des conditions abiotiques affecte de manière importante les profils biochimiques des plantes étudiées. En présence du nématode 1..·1. arenaria les profils biochimiques des deux crotalaires sont également modifiés. Des biotests réalisés à l'aide des exsudats racinaires conditionnés au préalable par les modifications biotiques ont permis de démontrer l'effet nématostatique des crotalaires. Des analyses biochimiques en Ge-MS mettent en évidence de manière plus précise des molécules actives mises en jeu sous différentes modalités biotiques et abiotiques. Ces recherches, de portée générique, permettront de mieux comprendre les conditions de l'environnement qui régulent les profils biochimiques des exsudats racinaires des crotalaires et par extension, seront applicables aux recherches menées sur d'autres plantes de service candidates. Ceci aidera, à terme, à définir les conditions environnementales à réunir, pour orienter de manière optimale les effets allélopathiques dans une perspective de nématorégulation naturelle
As part of the promotion of alternative cropping systems at lower chemical inputs, studies on the introduction of cover crops designed to reduce the use of pesticides and nitrogen fertilizers mobilize a considerable research effort. Under banana production for which the hannfu1ness caused by plant-parasitic-nematodes is one ofthe main constraints, one of the main alternatives to the use ofchemical nematicides is based on the rational use in rotation or intercropping of cover rI crops to proteet crops from plant-parasitic-nematodes, Among the candidate species, the species from the genus of Crota/aria spp. have been widely studied because of their ability to control plant parasitic-nematodes. A meta-analysis reveals that although many authors agree allelopathic properties of these species, they are also likely to recognize the high variability of expression of these properties vis-àvis the control of nematodes according to the situations experieaced.. The objective of this woIk is focnsed on the onderstanding of the biochemical determinism of mot exudates onder environment biotic and abiotic variations. The experimental strategy was 10 test onder controlled conditions the biochemical behavior of mot exudates of two species of crotalarias (C retusa, C. spectabilis) and a susceptible species, the dessert banana crop (Musa spp.) with i) modification ofbiotic conditions -ie presence or absence of nematodes iMeloidogyne arenaria and Radopho/us similis), and presence or absence of mycorrhiza-ii) contrasting abiotic conditions -ie using a natural soil vs. neutral substrate, whether to add fertilizer. The innovative methodology of "milking plants" (patent INRA) was required in order to work on the root exudates of plants packed rather thanleachate, as done in previous experiments. The results obtained show that 'visible spectrophotometry changing abiotic conditions affect significantly the biochemical profiles of the studied plants. In the presence of nematode M. arenaria biochemical profiles of both crotalarias are also changed. Bioassays conducted using mot exudates conditioned in advance by biotic changes have demonstrated the effect of nématostatique crotalarias. Biochemical Ge-MS demonstrate more clearly active molecules that are involved in varions biotic and abiotic conditions. This research, generic scope, to better understand the environmental conditions that regulate biochemical profiles of mot exudates crotalarias and by extension, will apply to research on other plants service candidates. This will ultimately define the environmental conditions to meet, to guide optimal allelopathic effects from the perspective ofnatural nématorégulation

http://www.theses.fr/2012AGUY0561/document

Résumé : La taxonomie des huîtres est longtemps restée basée sur des critères morphologiques tel que la coquille et les organes internes ou sur la répartition géographique. Ces critères se révèlent aujourd'hui peut fiable du fait de la grande plasticité des caractères morphologiques des huîtres en fonction des conditions environnementales, et du transport d'espèce par l'ostréiculture ou accidentellement. La biologie moléculaire et en particulier les marqueurs génétiques sont des outils très utiles pour différencier les espèces. La phylogéographie des huîtres creuses de l'Atlantique Sud a ainsi été étudié grâce à différentes méthodes d'observation du polymorphisme de l'ADN. Ces techniques ont dans un premier temps été appliquées à des fragments mitochondriaux (16S) pui à des fragments nucléaires (ITS). La PCR6RFLP a été utilisée d'une part sur les fragments 16S pour déterminer les haplotypes de 5 nouvelles populations du genre Crassostrea provenant du Sénégal, du Nigeria et du Brésil. Il a été ainsi possible d'identifier une nouvelle population de Crassostrea gasar en Amérique du Sud. Nous nous sommes ensuite intéressés aux polymorphisme pouvant exister entre les différentes populations de C. gasar de part et d'autre de l'Atlantique. Pour cela des fragments nucléaires ITS, à priori plus polymorphes que les fragments mitochondriaux 16S ont été étudiés. Différentes mises au point ont été réalisées afin de révéler un éventuel polymorphisme entre les populations. Toutes les informations recueuillies tendent vers cette hypothèse sans toutefois pouvoir la confirmer. La présence d'une zone de sympatrie entre les espèces C. gasar en Amérique du Sud poste la question de son introduction, soit par l'homme soit accidentellement. Des études complèmenaires sont indispensables, par un échantillonnage plus large, pour évaluer l'étendue de la présence des espèces de part et d'autre de l'océan. Il est également nécessaire de continuer la mise au point sur les marqueurs nucléaires afin de confirmer le polymorphisme suspecté entre les populations C. gasar d'Afrique et d'Amérique. La publication récente d'un article séparant les espèces C. brasiliana et C. rhizophorae pose également la question de la position de C. brasiliana par rapport aux deux espèces que nous avons étudié.

Droits : 2000 Univ. La Rochelle
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14409/11706.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14409/

Éditeur(s) : Universite Montpellier II
Résumé : Since 1980, the expansion of a green macro-alga: Valonia aegagropila (C Agardh) is observed in Salses-Leucate lagoon (France). It is currently distributed in the north of the lagoon with important biomasses (40 gDW/m²) eroding the cover of Zostera noltii. The free form of the alga can be transported with the surface or bottom currents depending on seasons. It multiplies mainly by vegetative reproduction. There are few studies on the ecophysiological capacities of V. aegagropila. This work tries to answer why (physiological adaptation) and how (mechanical process of transport) the alga invaded the lagoon, with an approach including observations, experiments in controlled environment and biological and hydrodynamic models. The growth capacities depend on temperature and light intensities, the nutrients absorption rates and internal nitrogen and phosphorus internal quotas were measured and modelled using a Droop model based on internal quota. Vertically transport was studied with laboratory experiments and measurements of biomass transport were made into the lagoon. The biological model (growth, vertical transport, mortality) was coupled to the MARS 3D hydrodynamic model with a meshgrid of 160m. The results show an adaptation of the alga to low availability of phosphorus and an annual growth of biomass controlled by the availability of nutrient during winter. The alga seems to occupy the whole zones where growth is optimal and the risk of invasion of the southern part of the lagoon is limited. This work opens on research prospects on an ecological model (confronting physiological capacities and competition of V. aegagropila, Zostera noltii, green algae and primary production), new physiological experiments, ecological observations and potential valorisation of V. aegagropila.
Depuis 1980, est observée dans l'étang de Salses-Leucate l'expansion d'une macro-algue verte : Valonia aegagropila (C. Agardh). En 2004, elle était présente sur la presque totalité de la moitié nord de la lagune avec des biomasses importantes (jusqu'à 600 gPS/m²). L'algue envahit et érode également la couverture d'herbiers garant de la biodiversité, de la productivité et de la stabilité de l'écosystème. V. aegagropila se reproduit essentiellement de manière végétative (fragmentation des thalles) et possède la particularité de retenir de l'oxygène de la photosynthèse dans sa structure sphérique. Cet oxygène piégé lui donne la possibilité de mouvement sur la verticale et d'être transportée dans le domaine par les courants. Les conditions physico-chimiques de l'étang présentent de fortes variations saisonnières en salinité, en température et en turbidité, ainsi que des apports nutritifs faibles : la production primaire est principalement limitée par le phosphore. Il existe malheureusement peu d'informations sur V. aegagropila ainsi que trop peu de connaissances sur son écophysiologie. Elle semble vivre dans des milieux plutôt oligotrophe dans des régions tropicales à sub-tropicales. Ce travail basé sur une approche d'observations de terrain, d'expérimentations en milieu contrôlé (en laboratoire) et de modélisation des processus, a permis d'une part d'explorer les capacités adaptatives physiologiques de V. aegagropila aux conditions environnementales de l'étang et d'autre part de mettre à jour les modes de fonctionnement de la dynamique spatio-temporelle de la population. Les capacités de croissance ont été mesurées sur un large spectre de température et de lumière. Les capacités d'absorption des sels nutritifs dans l'eau et les facultés de l'algue à stocker l'azote et le phosphore dans ses tissus ont également été étudiées. D'autre part, un modèle de dynamique des populations a été conceptualisé puis développé. Les processus pris en compte dans ce modèle sont la croissance de l'algue (modèle à quota interne), la flottabilité de l'algue et la mortalité par surdensité. Ces processus ont été paramétrés en majeure partie par des expérimentations réalisées en laboratoire. Ce modèle 0D a par la suite était couplé au modèle hydrodynamique MARS3D (modèle Ifremer) mis en place sur la lagune de Salses-Leucate, utilisant deux grilles de calcul (160m ou de 80m de résolution). Les simulations réalisées permettent d'appréhender les capacités spatio-temporelles de la croissance de l'algue dans l'étang, le turnover annuel de la biomasse totale et les attracteurs de biomasse du système sous différents évènements météorologiques. Ces résultats sont comparés avec les répartitions cartographiques de la population observées in situ en 1999 et 2004 et des flux de biomasses mesurés au cours d'observations de terrain entre juin 2003 et septembre 2004. L'ensemble des résultats montre d'une part une adaptation de l'algue à évoluer dans un milieu pauvre en phosphore et d'autre part une croissance annuelle de la biomasse totale qui est principalement contrôlée par les apports hivernaux en sels nutritifs dans la lagune. Les résultats des simulations montrent également que V. aegagropila semble occuper à présent la majeure partie des zones favorables à sa croissance. Il est également montré que si sa capacité de mouvement peut favoriser la dispersion d'individus dans la lagune et accélérer la croissance de la population pour de faibles biomasses initiales, cette même capacité de mouvement joue plutôt un rôle de régulation de la population lorsque la biomasse totale devient importante. On peut penser que le risque de colonisation de l'herbier à zostère de la partie sud de la lagune (bassin de Salses) est limité. Ce travail ouvre enfin des perspectives de recherche sur l'amélioration du modèle de dynamique des populations de l'espèce, sur de nouvelles expérimentations à réaliser ou encore sur la surveillance écologique du milieu. Des propositions sont faites pour concevoir un modèle écologique confrontant les capacités physiologiques des macrophytes (algues vertes, Valonia et zostères) afin d'apréhender les phénomènes de compétitions et les modes de fonctionnement du réseau trophique de la lagune de Salses- Leucate. Des pistes sur la valorisation de la matière algale de V. aegagropila sont enfin proposées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/these-2453.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2453/

Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : Several small pelagic fish species contribute remarkably to world catch. Their populations are, however, characterized by large biomass fluctuations strongly affecting fisheries. The fishing gears and methods used to capture small pelagics have evolved to exploit the highly developed shoaling behavior of these species. Hence, faced to modern fishing this gregarious behavior becomes a disadvantage for fish. Fish behavior may be affected by environmental conditions and by fishing, at the same time that behavior impacts fishing. In this study, we seek to characterize the aggregative systems of small pelagic fishes inhabiting the Bay of Biscay by analyzing "acoustic images", defined as the group of echoes (planktonic layers, shoals, isolated targets) detected on a transect section of a given length. We analyzed the species composition, the spatial distribution and the evolution over time of acoustic images. We also studied the hydrological conditions of the bay, as well as the small pelagics French fishery in order to look for correlations between hydrology, commercial catch and fish aggregation patterns observed by acoustics. We observed the same species or group of species forming different types of aggregation according to habitat. Conversely, the same type of aggregation, associated with a particular habitat, can be produced by different species. The most notorious change observed during the studied period relates to small clupeoids aggregations in the vicinity of the Gironde estuary, whose structure evolved toward a greater fragmentation of shoals (a large number of small size detections) since 2000. Concerning commercial catches, pelagic trawlers fishing in pairs mainly seek for anchovy in the coastal areas, single pelagic trawlers capture mackerel and horse mackerel in deeper waters while purse seiners target mostly sardine near their fishing ports. Because of the coarse spatial resolution of commercial fishing data and the effect of the application of an international fisheries agreement limiting the fishing activity of French pelagic trawlers during spring, only small correlations between captures and types of aggregation were observed.
La participation des petits poissons pélagiques dans les captures est remarquable. Leurs populations sont cependant caractérisées par des importantes fluctuations de biomasse, impactant fortement les pêcheries. Les méthodes et appareils de pêche utilisés pour capturer ces espèces ont évolué dans le sens d'exploiter le comportement grégaire très développé des petits pélagiques. Cette tendance à former de bancs devient alors désavantageuse pour le poisson face à la pêche moderne. Les conditions environnementales et la pêche peuvent affecter le comportement du poisson, en même temps que ce dernier est susceptible d'affecter l'activité halieutique. Le but de cette étude est de caractériser les systèmes agrégatifs des petits poissons pélagiques dans le golfe de Gascogne en étudiant des « images acoustiques », définies comme l'ensemble des échos (couches planctoniques, bancs, cibles isolées) détectés sur une section de radiale de longueur donnée. Nous analysons leur composition en espèces ainsi que leur distribution spatiale et leur évolution au cours du temps. Nous étudions aussi les conditions hydrologiques du golfe, ainsi que la pêcherie française de ces espèces afin de chercher des corrélations entre l'hydrologie, la capture commerciale et les types d'agrégations observés par acoustique. Nous avons observé qu'une espèce est capable de former des agrégations différentes en fonction de l'habitat, et inversement, le même type d'agrégation, associé à un habitat particulier, peut être produit par des espèces différentes. Le changement observé le plus évident concerne les agrégations de petits clupéiformes, dont la structure a évolué vers une plus grande fragmentation des détections (des petits bancs plus nombreux) depuis 2000. Par rapport à la pêche des professionnels, les chalutiers pélagiques en boeufs recherchent en priorité l'anchois dans la zone côtière, les pélagiques simples capturent le chinchard et le maquereau au large et les senneurs recherchent principalement la sardine à proximité des ports de pêche. À cause de la résolution spatiale trop sommaire des données de pêche et l'effet de l'application des accords internationaux limitant l'activité des chalutiers pélagiques au printemps, nous n'avons observé que peu des corrélations entre les captures et les types d'agrégation établis à partir de données issues des campagnes scientifiques.

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