Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : Archaea are micro-organisms present in all ecosystems, but are majoritary present in extremophilic environments. Hyperthermophilic Archaea, as Pyrococcus abyssi, are permanently exposed at temperature which can increase the rate of spontaneous DNA damage. It is probable that hyperthermophilic Archaea possess efficient molecular mechanism to duplicate, maintain and stabilize their genomes. The aim of this project was to investigate the interaction network involved in the process of DNA replication and DNA repair. The methodological approach consists in the coupling of pull-down with mass spectrometry identification of interacting partners. A preliminary interaction network was identified that was composed of new proteins as well as unsuspected interactions between known components of DNA replication machinery. The main results consist in: (1) the nuclease Pab2263, which interacts with PCNA, is a novel player in DNA metabolism. (2) PCNA is likely part of a macrocomplex with the ubiquitary proteins Mre11 and Rad50 suggesting a role of this complex in the repair of double strand break in connection with a replication fork. (3) Fen1 and DNA primase interact physically and can collaborate in vitro to resolve intermediate step of the base excision repair pathway. These results enhance our understanding of DNA repair process in Archaea.
Les Archaea sont des micro-organismes rencontrés dans tous les écosystèmes, mais qui apparaissent comme majoritaires dans les environnements dits extrêmes. Les archaea hyperthermophiles, comme Pyrococcus abyssi sont en permanence exposées à des températures qui peuvent augmenter le taux de dommages de l'ADN, pourtant, le taux de mutations spontanés chez ces micro-organismes est similaire à celui des espèces modèles mésophiles. Il est ainsi probable que les hyperthermophiles possèdent des systèmes particulièrement efficaces pour dupliquer, maintenir et stabiliser leur génome. L'objectif de ce projet était d'explorer le réseau d'interaction impliqué dans les processus de réplication et de réparation de l'ADN. L'approche méthodologique mise en oeuvre a consisté à coupler la capture de partenaires d'interaction par pull-down avec leur identification par spectrométrie de masse. J'ai pu ainsi mettre en évidence, au sein l'extrait cellulaire de P. abyssi, un réseau préliminaire reliant des protéines de la maintenance génomique. Nous avons non seulement mis en évidence de nouvelles protéines impliquées probablement dans des mécanismes de réparation, mais également des nouvelles interactions non suspectées entre des composants déjà caractérisés. Les principaux résultats sont les suivants : (1) La nucléase Pab2263, partenaire du PCNA, est un nouvel acteur du métabolisme de l'ADN. (2) Le PCNA forme un macrocomplexe avec les protéines ubiquitaires Mre11 et Rad50 suggérant un rôle de ce complexe dans la réparation des cassures double brin de l'ADN lors de la réplication. (3) Les protéines Fen1 et l'ADN primase interagissent physiquement et peuvent collaborer in vitro pour résoudre une étape intermédiaire de la voie de réparation par excision de base. Ces résultats enrichissent notre compréhension des processus de réparation de l'ADN chez les archées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-3722.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3722/

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
BACKGROUND: Dengue and malaria are two major public health concerns in tropical settings. Although the pathogeneses of these two arthropod-borne diseases differ, their clinical and biological presentations are unspecific. During dengue epidemics, several hundred patients with fever and diffuse pain are weekly admitted at the emergency room. It is difficult to discriminate them from patients presenting malaria attacks. Furthermore, it may be impossible to provide a parasitological microscopic examination for all patients. This study aimed to establish a diagnostic algorithm for communities where dengue fever and malaria occur at some frequency in adults. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: A sub-study using the control groups of a case-control study in French Guiana - originally designed to compare dengue and malaria co-infected cases to single infected cases - was performed between 2004 and 2010. In brief, 208 patients with malaria matched to 208 patients with dengue fever were compared in the present study. A predictive score of malaria versus dengue was established using .632 bootstrap procedures. Multivariate analysis showed that male gender, age, tachycardia, anemia, thrombocytopenia, and CRP>5 mg/l were independently associated with malaria. The predictive score using those variables had an AUC of 0.86 (95%CI: 0.82-0.89), and the CRP was the preponderant predictive factor. The sensitivity and specificity of CRP>5 mg/L to discriminate malaria from dengue were of 0.995 (95%CI: 0.991-1) and 0.35 (95%CI 0.32-0.39), respectively. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: The clinical and biological score performed relatively well for discriminating cases of dengue versus malaria. Moreover, using only the CRP level turned to be a useful biomarker to discriminate feverish patients at low risk of malaria in an area where both infections exist. It would avoid more than 33% of unnecessary parasitological examinations with a very low risk of missing a malaria attack.
ISSN: 1935-2727

inserm-00872353
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00872353
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00872353/document
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00872353/file/journal.pntd.0002420.pdf
DOI : 10.1371/journal.pntd.0002420

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Here, we synthesize conceptual frameworks, applied modeling approaches, and as case studies to highlight complex social-ecological system (SES) dynamics that inform environmental policy, conservation and management. Although a set of “good practices” about what constitutes a good SES study are emerging, there is still a disconnection between generating SES scientific studies and providing decision-relevant information to policy makers. Classical single variable/hypothesis studies rooted in one or two disciplines are still most common, leading to incremental growth in knowledge about the natural or social system, but rarely both. The recognition of human dimensions is a key aspect of successful planning and implementation in natural resource management, ecosystem-based management, fisheries management, and marine conservation. The lack of social data relating to human-nature interactions in this particular context is now seen as an omission, which can often erode the efficacy of any resource management or conservation action. There have been repeated calls for a transdisciplinary approach to complex SESs that incorporates resilience, complexity science characterized by intricate feedback interactions, emergent processes, non-linear dynamics and uncertainty. To achieve this vision, we need to embrace diverse research methodologies that incorporate ecology, sociology, anthropology, political science, economics and other disciplines that are anchored in empirical data. We conclude that to make SES research most useful in adding practical value to conservation planning, marine resource management planning processes and implementation, and the integration of resilience thinking into adaptation strategies, more research is needed on (1) understanding social-ecological landscapes and seascapes and patterns that would ensure planning process legitimacy, (2) costs of transformation (financial, social, environmental) to a stable resilient social-ecological system, (3) overcoming place-based data collection challenges as well as modeling challenges.
Ocean and Coastal Management

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/
hal-01224152
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01224152
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01224152/document
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01224152/file/1-s2.0-S096456911500126X-main.pdf
DOI : 10.1016/j.ocecoaman.2015.04.018

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
Background: Researchers sorely need markers and approaches for biodiversity exploration (both specimen linked and metagenomics) using the full potential of next generation sequencing technologies (NGST). Currently, most studies rely on expensive multiple tagging, PCR primer universality and/or the use of few markers, sometimes with insufficient variability. Methodology/Principal Findings: We propose a novel approach for the isolation and sequencing of a universal, useful and popular marker across distant, non-model metazoans: the complete mitochondrial genome. It relies on the properties of metazoan mitogenomes for enrichment, on careful choice of the organisms to multiplex, as well as on the wide collection of accumulated mitochondrial reference datasets for post-sequencing sorting and identification instead of individual tagging. Multiple divergent organisms can be sequenced simultaneously, and their complete mitogenome obtained at a very low cost. We provide in silico testing of dataset assembly for a selected set of example datasets. Conclusions/Significance: This approach generates large mitogenome datasets. These sequences are useful for phylogenetics, molecular identification and molecular ecology studies, and are compatible with all existing projects or available datasets based on mitochondrial sequences, such as the Barcode of Life project. Our method can yield sequences both from identified samples and metagenomic samples. The use of the same datasets for both kinds of studies makes for a powerful approach, especially since the datasets have a high variability even at species level, and would be a useful complement to the less variable 18S rDNA currently prevailing in metagenomic studies.
ISSN: 1932-6203

hal-01544766
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01544766
DOI : 10.1371/journal.pone.0051263

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Acknowledging the high exposure of the region to natural and man-made disasters, this article emphasizes the need for the Institutions of Higher Education operating in the Caribbean to improve their level of preparedness and develop efficient mitigation plans. Based on their experience of the Disaster Resistant Universities initiative, the authors suggest a methodology to develop such plans adapted to the Caribbean context. A four-step risk assessment allows the definition and implementation of a hazard mitigation plan for the universities, along with table-top exercises critical for capacity building within the institution.
Reconnaissant le niveau d’exposition élevé de la zone Caraïbe aux catastrophes d’origines naturelle et anthropique, l’article souligne la nécessité pour les établissements d’enseignement supérieur implantés dans la région à la fois d’optimiser leur niveau de préparation face aux catastrophes, et de définir des plans opérationnels de réduction des risques. Sur la base de leur expérience de l’initiative « Universités Résistantes aux Catastrophes », les auteurs suggèrent une méthodologie de planification préventive adaptée au contexte caraïbe. Une évaluation des risques en 4 étapes autorise la mise en place d’un plan de réduction des risques ; le plan ainsi adopté par les universités devra être associé à la mise en œuvre de simulations essentielles au développement des savoir-faire au sein même de l’établissement
Reconociendo la alta exposición de la región a los desastres naturales y artificiales, este artículo da énfasis a la necesidad para las instituciones de educación superior que funcionan en la zona Caribe de mejorar su nivel del estado de preparación, y desarrollar planes eficientes de mitigación. De acuerdo con su experiencia de la iniciativa « Universidades Resistentes a los Desastres », los autores sugieren una metodología para desarrollar tales planes adaptados al contexto Caribeño. Una evaluación de los riesgos en cuatro etapas autoriza la implementación de un plan de reducción de los riesgos para las universidades, junto con las simulaciones esenciales al desarrollo de los conocimientos técnicos dentro del establecimiento.
Caraïbes

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.294
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/294

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
Background: During the last decade, French Guiana has been affected by major dengue fever outbreaks. Although this arbovirus has been a focus of many awareness campaigns, very little information is available about beliefs, attitudes and behaviors regarding vector-borne diseases among the population of French Guiana. During the first outbreak of the chikungunya virus, a quantitative survey was conducted among high school students to study experiences, practices and perceptions related to mosquito-borne diseases and to identify socio-demographic, cognitive and environmental factors that could be associated with the engagement in protective behaviors. Methodology/Principal Findings: A cross-sectional survey was administered in May 2014, with a total of 1462 students interviewed. Classrooms were randomly selected using a two-stage selection procedure with cluster samples. A multiple correspondence analysis (MCA) associated with a hierarchical cluster analysis and with an ordinal logistic regression was performed. Chikungunya was less understood and perceived as a more dreadful disease than dengue fever. The analysis identified three groups of individual protection levels against mosquito-borne diseases: “low” (30%), “moderate” (42%) and “high” (28%)”. Protective health behaviors were found to be performed more frequently among students who were female, had a parent with a higher educational status, lived in an individual house, and had a better understanding of the disease. Conclusions/Significance: This study allowed us to estimate the level of protective practices against vector-borne diseases among students after the emergence of a new arbovirus. These results revealed that the adoption of protective behaviors is a multi-factorial process that depends on both sociocultural and cognitive factors. These findings may help public health authorities to strengthen communication and outreach strategies, thereby increasing the adoption of protective health behaviors, particularly in high-risk populations. © 2016 Fritzell et al.
ISSN: 1935-2727

hal-01467556
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01467556
DOI : 10.1371/journal.pntd.0005081
PUBMED : 27802275

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : L’expansion de la microfinance en Haïti ne semble pas correspondre au développement réel des entreprises financées. Dans cet article, nous analysons dans quelle mesure les conditions de microfinancement déterminent la performance financière des microentreprises emprunteuses. À partir d’un échantillon de soixante-deux microentrepreneurs, nous avons estimé un modèle économétrique qui met en relation le chiffre d’affaires et 6 variables explicatives : taux d’intérêt, montant crédit, délai de remboursement, niveau d’éducation, localisation de l’entreprise, genre-associé. Selon nos résultats, les variables explicatives des résultats financiers des microentrepreneurs sont le délai de remboursement, le genre féminin et la localisation. Il est donc confirmé qu’un délai de remboursement long améliore les résultats financiers des microentreprises bénéficiaires de la microfinance. Par contre, un taux d’intérêt faible ne garantit pas nécessairement de meilleurs résultats financiers puisque le taux d’intérêt n’est pas corrélé significativement au chiffre d’affaires des entreprises.
The expansion of microfinance in Haiti does not seem to correspond to the actual development of microentreprises borrowing from microfinance organizations. In this article, we analyze the extent to which microfinance methodology determine the financial performance of borrowers. Based on a sample of 62 microentrepreneurs, we estimated an econometric model linking turnover and 6 explanatory variables: interest rate, credit amount, repayment period, education level, location, partner’s gender. According to our results, the variables explaining the microentrepreneurs' financial results are: the repayment period, the female gender of partner, and the location. It is therefore confirmed that a long repayment period improves the financial results of microenterprises benefiting from microfinance. On the other hand, a low interest rate does not necessarily guarantee better financial results since the interest rate is not significantly correlated with the turnover of the microentreprises.
Haïti

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.10381
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/10381

Résumé : Cette these porte sur une analyse de politique publique dans un champ d'action internationale, la cooperation au developpement. l'etude s'interesse particulierement au cas de la construction de la politique communautaire de cooperation au developpement, et de son affirmation visa- vis des politiques nationales europeennes. pour ce faire, cette these analyse d'un point de vue qualitatif les ressorts de l'action de l'union europeenne, a la fois pour penser le developpement dans la caraïbe, et pour penser et faire l'europe. de l'autonomisation d'une politique a l'harmonisation des politiques nationales par le bas, c'est une veritable recomposition du systeme d'acteurs qui s'opere. ce renforcement de l'integration europeenne, dans un domaine d'action partage, par le biais d'outils renouveles de l'action publique, dessine alors progressivement les premices et les contours du cadre legislatif qui a ete mis en place par le traite de lisbonne en 2009
This dissertation analyses a public policy in an international field of action: the development cooperation. the study focuses in particular on the emergence of the european community policy of development cooperation and its assertion towards european national policies. using a qualitative methodology, this research aims to improve the understanding of the motivation and the processes at stake within the european union. the field analysis has led to observe both how the development policy in the caribbean ras been thought and built, and how this process may rave an impact on the european integration process itself. from the empowerment of a policy to the harmonisation of national policies, this process carries also consequences on the system of actors, which ras been reconstructed by those changes. as a result, the european integration process has been strengthened in a field where the competence is generally shared between the eu and its member states. bringing out some new or renewed tools of public action, this outlines also some of the signs or provisions of the forthcoming legal and political framework, set up by the 2009 lisbon treaty

http://www.theses.fr/2012AGUY0574/document

Résumé : Avec l’arrivée des technologies de l’information, l’explosion de l’information et la recrudescence des supports ont modifié les pratiques des usagers des bibliothèques qui utilisent de plus en plus le numérique et les nouveaux outils de communication. Ces évolutions placées dans le cadre de la formation à l’université nous interrogent sur l’enjeu que peut représenter la formation documentaire dans les besoins et les attentes des utilisateurs pour une meilleure utilisation de l’information. Notre recherche se précise autour des médias socionumériques qui ponctuent le quotidien des étudiants et qui suscitent des interrogations sur leurs impacts dans l’accès à la documentation universitaire. On observe que les compétences à maîtriser par les usagers sont encore occultées dans les formations classiques proposées dans les bibliothèques universitaires alors qu’elles sont nécessaires pour provoquer une meilleure réception des savoirs informationnels et documentaires afin d’interagir sur un enfermement consumériste de l’information.En nous appuyant sur une méthodologie avec des entretiens exploratoires à un questionnaire auprès de professionnels de l’information, de la communication et de la documentation, notre étude montre que c’est dans le cadre d’une convergence numérique qu’un changement peut s’opérer chez les étudiants. Cette convergence s’inscrit dans le cadre de formations qui s’orientent vers les cultures numériques qui allient à la fois l’éducation aux médias déclinant l’esprit critique, l’apprentissage centré apprenant et la culture technique qui doit prendre en compte à la fois la connaissance des outils mais aussi la formation par les outils. C’est cette vision de l’écologie de la formation qui préfigure dans notre analyse et qui s’annonce pour les bibliothèques universitaires comme un axe fort d’ancrage dans l’enseignement supérieur, autour d’une dynamique axée vers une convergence info-documentaire numérique. Ces préconisations sont envisagées dans le cadre d’actions collectives au sein de l’université avec une réelle médiation entre les différents acteurs de l’éducation et de la formation et une place centrale pour la bibliothèque universitaire comme le lieu des transversalités de la formation numérique.
With the advent of information technology, the information explosion and the resurgence of media changed the practices of users of libraries that use more digital and new communication tools. These developments within the University training interrogate us on the issue that may represent the documentary training in the needs and expectations of users for a better use of the information. Our research says around digital social media that punctuate the lives of students and which raise questions on their impacts in access to academic literature. Observed that skills to master by users are still obscured in conventional formations proposed in academic libraries that are necessary to produce a better reception of documentary and informational knowledge to interact a consumerist confinement of information. Based on a methodology with exploratory talks to a questionnaire with information, communication and documentation professionals, our study shows that this is in digital convergence that a change may occur among students. This convergence is part of formations that are moving towards digital cultures combining both education media declining the critical spirit, centered learning and technical culture which must take into account both the knowledge of the tools, but also the training tools. It is this vision of the ecology of the training that foreshadowed in our analysis and looming for academic libraries as a strong axis of anchoring in higher education around a dynamic oriented towards a digital documentary convergence. These recommendations are considered in the context of collective action within the University with real mediation between the different actors of education and training, and a central place for the University Library as the place of training for digital transversalities.

http://www.theses.fr/2014AGUY0844

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Durante los años de las dos primeras presidencias de J. D. Perón (1946-1955), y en el marco del proceso denominado "democratización del bienestar", las cuestiones relativas al acceso al ocio y al tiempo libre fueron ocupando un espacio cada vez más destacado. Así, las prácticas vacacionales en los sectores medios y obreros estuvieron fomentadas mediante las políticas públicas que confluyeron con las iniciativas procedentes de la sociedad civil. Durante esta etapa el Estado Nacional, a la vez que retomó tendencias puestas en marcha en etapas previas, abrió los canales que permitieron la inclinación de estos sectores sociales, hacia el consumo de una variedad de actividades recreacionales. Analizaremos aquí algunas de estas políticas como así también la recepción y el impacto que ellas ejercieron sobre dichos sujetos sociales. Para ello realizaremos un ejercicio metodológico con una fuente privilegiada: el fondo documental "Secretaría Técnica. Primera y Segunda Presidencia del General Juan Domingo Perón (1946 – 1955)", un acervo documental que resume la respuesta –mediante cartas- del 'pueblo' a la convocatoria del Estado ante el Segundo Plan Quinquenal.
Pendant les deux premières années de la présidence de J. D. Perón (1946-1955), et dans le cadre du processus appelé « démocratisation du bien-être », les questions relatives à l'accès au loisir et au temps libre ont occupé un espace chaque fois plus important. Ainsi, les pratiques sociales et culturelles pendant les périodes de vacances dans les secteurs moyens et ouvriers ont été favorisées au moyen des politiques publiques qui ont conflué avec les initiatives de la société civile. Pendant cette période l'État National a ouvert les canaux qui ont permis l'inclination de ces secteurs sociaux, vers la consommation d'une variété d'activités récréatives. Sur ce rapport, il est intéressant d'analyser quelques unes de ces politiques ainsi que la réception et l'impact qu'elles ont exercé sur ces sujets sociaux. Pour cela nous effectuerons un exercice méthodologique avec une source historique privilégiée: le fonds documentaire « Secrétariat Technique. Première et Seconde Présidence du Général Juan Domingo Perón (1946 - 1955) », un patrimoine documentaire qui résume la réponse - au moyen de lettres du « peuple » à la convocation de l'État devant le second plan Quinquennal.
Throughout J.D. Peron’s first two terms in office (1946-1955), against the backdrop the so-called “welfare democratization” process, leisure and free time progressively gained momentum. Vacation habits in the middle and working classes became richer thanks to both public policies and civil initiatives. During this period, the National State not only re-adopted previous programs, but it also opened new channels favoring the entrance of the abovementioned sectors into the recreational-activity market. The purpose of this presentation is to analyze some of these policies, highlighting their reception by, and impact on, the middle and working classes. To this end, a methodological exercise will be carried out on the basis of a privileged source: the archives of the “Secretaría Técnica. Primera y Segunda Presidencia del General Juan Domingo Perón (1946 – 1955)”, a collection of documents summarizing the answer –by way of letters– of the populace to the State’s call during the elaboration of the second five-year plan.
Buenos Aires
Mar del Plata
Argentine

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.3767
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/3767

Résumé : La notion d’appropriation des langues est définie au regard du contexte guyanais. La Guyane est positionnée au carrefour de la Caraïbe et de l’Amérique du Sud, c’est-à-dire au cœur d’un processus migratoire et de nouvelles problématiques, dont celle du vivre ensemble. Il s’agit de mettre en évidence la réalité dans laquelle s’ancre le locuteur et de présenter les éléments de l’appropriation dans ce contexte plurilingue. L’appropriation de la langue est entendue comme une action – parler – en train de se faire, au cours d’une interaction déterminée sur une échelle espace-temps. La problématique, suivant une approche interactive et interdisciplinaire, repose sur la relation entre les deux volets de ce travail : recherche de terrain et réflexion théorique, laquelle est menée autour des notions d’appropriation, de langue, de sujet et de contexte. La place accordée à l’arrière-plan ethnographique et social, induit une méthodologie basée sur la compréhension des éléments des contextes à décrire, supports des pratiques déclarées par les sujets recueillies par le biais de questionnaires, mais surtout au cours d’entretiens. Deux attitudes sont identifiées, l’une d’ouverture et l’autre de repli sur soi. La première conduit le sujet à s’approprier les langues de son environnement : le sujet développe une identité plurielle, qu’il revendique comme telle, et s’épanouit dans le plurilinguisme, à condition qu’il soit légitimé dans les différentes sphères auxquelles il se réfère. La deuxième consiste à définir la communauté linguistique et culturelle à laquelle le sujet appartient, et dont il réclame l’identité et la légitimité.
The notion of the appropriation of languages is defined under the Guyanese context. French Guyana is placed at the junction of Caribbean and South America, that is at the heart of a migration process and new problems which invites reflection on the « living together ». This is to highligth the reality into which someone is anchored, and to present the components of appropriation in this multilingual context. The appropriation of languages is understood as an action – speak – in the making, during an interaction on a scale determined space-time. The problem, according to an interactive and interdisciplinary approach, is based on the relationship between the two components of this work : the field research and the theoretical thought, which is conducted around the notions of appropriation, language, subject and context. The emphasis on the ethnographic and social background leads consequently to a methodology based on comprehension of the contexts components to describe, supports of linguistic practices declared by subjects collected through questionnaires, but especially during interviews. Two attitudes are identified, one of openness and one of withdrawal. The first leads the subject to appropriate the language of his environment : the subject develops a plural identity, he claims as such, and thrives in multilingualism, provided that he’s legitimized into the spheres he refers to. The second is to define the linguistic and cultural community to which the subject belongs, and that he claims identity and legitimity.

http://www.theses.fr/2011AGUY0466/document

Résumé : Les méthodes classiques d'analyse d'images satellites sont inadaptées au volume actuel du flux de données. L'automatisation de l'interprétation de ces images devient donc cruciale pour l'analyse et la gestion des phénomènes observables par satellite et évoluant dans le temps et l'espace. Ce travail vise à automatiser la cartographie dynamique de l'occupation du sol à partir d'images satellites, par des mécanismes expressifs, facilement interprétables en prenant en compte les aspects structurels de l'information géographique. Il s'inscrit dans le cadre de l'analyse d'images basée objet. Ainsi, un paramétrage supervisé d'un algorithme de segmentation d'images est proposé. Dans un deuxième temps, une méthode de classification supervisée d'objets géographiques est présentée combinant apprentissage automatique par programmation logique inductive et classement par l'approche multi-class rule set intersection. Ces approches sont appliquées à la cartographie de la bande côtière Guyanaise. Les résultats démontrent la faisabilité du paramétrage de la segmentation, mais également sa variabilité en fonction des classes de la carte de référence et des données d'entrée. Les résultats de la classification supervisée montrent qu'il est possible d'induire des règles de classification expressives, véhiculant des informations cohérentes et structurelles dans un contexte applicatif donnée et conduisant à des valeurs satisfaisantes de précision et de KAPPA (respectivement 84,6% et 0,7). Ce travail de thèse contribue ainsi à l'automatisation de la cartographie dynamique à partir d'images de télédétection et propose des perspectives originales et prometteuses.
Classical methods for satellite image analysis are inadequate for the current bulky data flow. Thus, automate the interpretation of such images becomes crucial for the analysis and management of phenomena changing in time and space, observable by satellite. Thus, this work aims at automating land cover cartography from satellite images, by expressive and easily interpretable mechanism, and by explicitly taking into account structural aspects of geographic information. It is part of the object-based image analysis framework, and assumes that it is possible to extract useful contextual knowledge from maps. Thus, a supervised parameterization methods of a segmentation algorithm is proposed. Secondly, a supervised classification of geographical objects is presented. It combines machine learning by inductive logic programming and the multi-class rule set intersection approach. These approaches are applied to the French Guiana coastline cartography. The results demonstrate the feasibility of the segmentation parameterization, but also its variability as a function of the reference map classes and of the input data. Yet, methodological developments allow to consider an operational implementation of such an approach. The results of the object supervised classification show that it is possible to induce expressive classification rules that convey consistent and structural information in a given application context and lead to reliable predictions, with overall accuracy and Kappa values equal to, respectively, 84,6% and 0,7. In conclusion, this work contributes to the automation of the dynamic cartography from remotely sensed images and proposes original and promising perpectives

http://www.theses.fr/2013AGUY0671/document

Résumé : Favorisées par les gouvernants en quête d’un nouveau modèle post-industriel, les économies basées sur la connaissance vont devenir en quelques décennies le référentiel à atteindre pour le développement de territoires soumis aux pressions de la globalisation.Longtemps considérés comme des éléments indispensables à la production et à la transmission du savoir, les établissements d’enseignement supérieur et de recherche, comme les universités, ont été de plus en plus intégrés dans les analyses sur le développement territorial à mesure que s’imposait le paradigme américain de la valorisation des activités de la recherche publique. Cette nouvelle mission imposée aux établissements de recherche, suppose qu’ils sont des facteurs d’un développement localisé. Mais le rôle qui leur est assigné est-il justifié ? À travers l’impact singulier de la recherche publique, on peut analyser la place de ces établissements sur leur territoire d’accueil. Apres avoir fait un état de l’art en matière d’analyse d’impact nous utilisons le cadre méthodologique de l’étude d’un cas illustrant cette problématique. L’agglomération de Brest mise sur la forte concentration d’établissements de recherche à vocation maritime pour développer le cluster local. Bien que non généralisable, ce cas éclaire les recherches dans ce domaine. Au-delà, la thèse apporte une autre vision sur les réformes de type top down des systèmes d’enseignement supérieur et de recherche considérant le savoir comme n’importe quel bien économique. Or la connaissance n’est pas un bien comme les autres. Et c’est cette singularité qui explique les difficultés d’analyse dans le champ de l’économie de la connaissance.
Promoted by governments seeking for a new post-industrial model, the knowledge-based economies will become in a few decades the repository to reach for the development of territories subject to the pressures of globalization. Regarded as essential to the production and transmission of knowledge, higher education and research institutions, such as universities, have been increasingly integrated into the analysis of territorial development while was emerging the american paradigm for valorisation of public research activities. This new mission imposed on research institutions, assume they are factors of localized development. Is this assigned role justified? Through the singular impact of public research, we can analyze the role of these institutions on their home territory. After a state of the art on the impact assessments, we developed a methodological framework for case study illustrating this problem. In the agglomeration of Brest, there is a high concentration of research institutions with maritime vocation on which rely the local cluster. Although not generalizable, this case enlightens the research in this domain. In addition, the thesis sheds new light on the top-down reforms of higher education and research systems considering knowledge as any economic good. But knowledge is not a commodity like others. And that would explain the difficulties of analysis in the field of the knowledge economy.

http://www.theses.fr/2014AGUY0807/document

Résumé : Dans le cadre de la promotion de systèmes de culture alternatifs à moindres intrants chimiques, des études sur l'introduction de plantes de service ayant vocation à réduire l'usage des pesticides et engrais azotés mobilisent un effort de recherche considérable. Dans le cadre de la production bananière pour laquelle la nuisibilité causée par les nématodes phytoparasites constitue l'une des principales contraintes, une des principales alternatives à l'utilisation de nématicides chimiques repose sur l'usage raisonné en rotation ou en association culturale de plantes de service à propriétés nématorégulatrices. Parmi les espèces candidates, celles du genre Crota/aria spp. ont largement été étudiées en raison de leur aptitude à contrôler les nématodes phytoparasites. Une méta-analyse révèle cependant que même si de nombreux auteurs s'accordent à reconnaître les propriétés allélopathiques des plantes de cette espèce, ils sont également enclins à reconnaître la forte variabilité d'expression de ces propriétés vis-à-vis du contrôle des nématodes selon les situations expérimentées. L'objectif de ce travail repose sur la compréhension du déterminisme biochimique des exsudats. La stratégie expérimentale mise en oeuvre a consisté à tester en conditions contrôlées le comportement biochimique des exsudats racinaires de deux espèces de crotalaires (C retusa, C spectabilis) et d'une espèce sensible, le bananier dessert (Musa spp.) en fonction i) de conditions biotiques variées -i.e. présence ou non de nématodes (Radopholus similis et Meloidogyne arenariaï, et présence ou non de mycorhizes-, ii) de conditions abiotiques contrastées -i.e. utilisation d'un sol naturel vs. substrat neutre, ajout ou non d'engrais chimique. La méthodologie innovante des «plantes à traire » (Brevet INRA) a été requise pour pouvoir travailler sur les exsudats racinaires des plantes conditionnées plutôt que sur des Iixiviats, comme réalisé dans des expérimentations antérieures.Les résultats obtenus en spectrophométrie visible montrent que la modification des conditions abiotiques affecte de manière importante les profils biochimiques des plantes étudiées. En présence du nématode 1..·1. arenaria les profils biochimiques des deux crotalaires sont également modifiés. Des biotests réalisés à l'aide des exsudats racinaires conditionnés au préalable par les modifications biotiques ont permis de démontrer l'effet nématostatique des crotalaires. Des analyses biochimiques en Ge-MS mettent en évidence de manière plus précise des molécules actives mises en jeu sous différentes modalités biotiques et abiotiques. Ces recherches, de portée générique, permettront de mieux comprendre les conditions de l'environnement qui régulent les profils biochimiques des exsudats racinaires des crotalaires et par extension, seront applicables aux recherches menées sur d'autres plantes de service candidates. Ceci aidera, à terme, à définir les conditions environnementales à réunir, pour orienter de manière optimale les effets allélopathiques dans une perspective de nématorégulation naturelle
As part of the promotion of alternative cropping systems at lower chemical inputs, studies on the introduction of cover crops designed to reduce the use of pesticides and nitrogen fertilizers mobilize a considerable research effort. Under banana production for which the hannfu1ness caused by plant-parasitic-nematodes is one ofthe main constraints, one of the main alternatives to the use ofchemical nematicides is based on the rational use in rotation or intercropping of cover rI crops to proteet crops from plant-parasitic-nematodes, Among the candidate species, the species from the genus of Crota/aria spp. have been widely studied because of their ability to control plant parasitic-nematodes. A meta-analysis reveals that although many authors agree allelopathic properties of these species, they are also likely to recognize the high variability of expression of these properties vis-àvis the control of nematodes according to the situations experieaced.. The objective of this woIk is focnsed on the onderstanding of the biochemical determinism of mot exudates onder environment biotic and abiotic variations. The experimental strategy was 10 test onder controlled conditions the biochemical behavior of mot exudates of two species of crotalarias (C retusa, C. spectabilis) and a susceptible species, the dessert banana crop (Musa spp.) with i) modification ofbiotic conditions -ie presence or absence of nematodes iMeloidogyne arenaria and Radopho/us similis), and presence or absence of mycorrhiza-ii) contrasting abiotic conditions -ie using a natural soil vs. neutral substrate, whether to add fertilizer. The innovative methodology of "milking plants" (patent INRA) was required in order to work on the root exudates of plants packed rather thanleachate, as done in previous experiments. The results obtained show that 'visible spectrophotometry changing abiotic conditions affect significantly the biochemical profiles of the studied plants. In the presence of nematode M. arenaria biochemical profiles of both crotalarias are also changed. Bioassays conducted using mot exudates conditioned in advance by biotic changes have demonstrated the effect of nématostatique crotalarias. Biochemical Ge-MS demonstrate more clearly active molecules that are involved in varions biotic and abiotic conditions. This research, generic scope, to better understand the environmental conditions that regulate biochemical profiles of mot exudates crotalarias and by extension, will apply to research on other plants service candidates. This will ultimately define the environmental conditions to meet, to guide optimal allelopathic effects from the perspective ofnatural nématorégulation

http://www.theses.fr/2012AGUY0561/document

Résumé : Le pâturage, principal mode d’alimentation en zone tropicale, est souvent dévalorisé car il est associé à des performances animales jugées insuffisantes, et peut avoir des effets néfastes sur l’environnement. Même si l’alimentation à l’auge permet de meilleures productions, ce mode de conduite présente également des inconvénients, en termes d’investissements, de rentabilité économique, d’impact des rejets sur l’environnement et de qualité des produits. Une intensification de la conduite au pâturage semble donc une voie d’avenir, mais nécessite une meilleure connaissance de ce mode de conduite et de ses conséquences sur l’alimentation et les performances des animaux. Il apparait également nécessaire de comparer l’élevage au pâturage et à l’auge sur des critères homogènes, en dissociant les composantes de ces modes de conduite.L’objectif de la thèse est d’évaluer et de comparer la conduite au pâturage et la conduite hors sol, en tenant compte également de la distribution ou non de concentré, sur l’alimentation, la croissance, les caractéristiques d’abattage et la consommation d’eau. Dans un premier temps, nous avons étudié au cours d’une expérimentation, les effets de ces deux modes de conduite sur la croissance, les caractéristiques d’abattage et de carcasse de taurillons Créoles abattus à deux âges (précoce vs tardif). Les taurillons à l’auge avaient une croissance plus rapide, des poids de carcasse plus élevés, ainsi que des carcasses plus grasses. Nous avons observé qu’abattre plus tardivement au pâturage (17 et 21 mois vs 14 et 17 mois à l’auge), permettait d’atteindre des poids finaux similaires à ceux obtenus à l’auge et des carcasses de meilleure qualité, plus riche en muscle. Nous avons expliqué la majorité de nos résultats par les effets combinés des modes de conduite et de l’alimentation et avons voulu étudier leurs effets respectifs. Dans un second temps, l’étude des effets du mode de conduite a été faite dans un premier temps, par le biais d’une méta-analyse. Les performances des animaux à l’auge étaient meilleures qu’au pâturage, mais ces effets dépendaient de la stratégie de complémentation. De cette méta-analyse est également apparu le manque d’études auge vs pâturage sur l’alimentation et à ration égale. Afin d’étudier les effets respectifs du mode de conduite et de la stratégie de complémentation, un dispositif analytique avec des taurillons élevés à l’auge et au pâturage complémentés ou non avec du concentré a été mis en place. Dans un premier temps, une étude méthodologique menée grâce à ce dispositif nous a permis d’identifier que la SPIR permettait la meilleure estimation de la dMO, l’OMI et la MODI au pâturage. Les résultats de l’étude analytique ont montré que les animaux au pâturage utilisaient mieux leur alimentation pour leur croît que ceux à l’auge et la stratégie de complémentation influençait davantage ces variables que le mode de conduite. Avec une stratégie de complémentation appropriée, les animaux au pâturage peuvent atteindre des performances similaires à celles obtenues à l’auge.
Grazing, main way of feeding ruminants in the tropics, is often undervalued because it is associated with animal performance deemed insufficient, and may have adverse effects on the environment. Even if stall feeding allows better production, this way of feeding has drawbacks in terms of investment, profitability, impact of emissions on the environment and product quality. Intensification of grazing seems a way forward, but requires a better understanding of this way of feeding and its impact on feeding and animal performance. It also appears necessary to compare grazing and stalls feeding on homogeneous criteria, separating the components of these modes of management.The aim of the thesis is to evaluate and compare stalls and pasture feeding environment, taking into account also the distribution or not of concentrate on feeding, growth, slaughter characteristics and water consumption. At first , we studied in an experiment , the effects of these two feeding systems on growth, slaughter and carcass characteristics of Creoles bulls slaughtered at two ages (early vs. late ). Bulls fed in trough grew faster, had greater carcass weight and fatter carcasses. We observed that a later slaughter of grazing animals (17 and 21 months vs. 14 and 17 months in stalls), allowed to reach final weights similar to those obtained in stalls and carcasses richer in muscle. We explained most of our results by the combined effects of feeding environment and complementation strategy and wanted to study their effects. In a second step, the study of the effects of feeding environment was made in first instance, through a meta-analysis. Stalls fed animals had greater performances than pasture fed ones, but these effects depended on complementation strategy. This meta-analysis also highlighted the lack of knowledge on intake and digestibility at pasture, which is a limitation on attempts to compare with measurements carried out in trough-fed animals. To investigate the relative effects of feeding environment and complementation strategy, we conceived an analytical trial with Creole bulls reared in stalls and at pasture, supplemented or not with concentrate. First of all, this analytical trial was the support of a methodological study, which identified that the NIRS method allows the best estimate of the OMD, OMI and DOMI at pasture. The analytical trial showed that grazing animals had better feed efficiency feed for their growth than stall fed ones and complementation strategy influenced more these variables than feeding environment. With an appropriate strategy for complementation, grazing animals can achieve similar performance to those obtained at the trough.

http://www.theses.fr/2013AGUY0675/document

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Predicting, modelling and analysing the metabolism of xenobiotics, foreign substances to an organism, using computer methods, has been a major challenge for the scientific community for many years. This thesis aims to implement multiscale computing methods for predicting and analyzing the metabolism of xenobiotics. A first focus of this study was on the construction and de novo automatic annotation of metabolic graphs combining high sensitivity and precision. These graphs thus provide the prediction of the metabolism of xenobiotics in humans, as well as the genotoxicity of the molecules and atoms that make up xenobiotics. Then, the work focused on the implementation of a dynamic mathematical model modelling enzymatic competition effects through the development of a methodology allowing the exploitation of limited biological data while limiting inherent biases.
Prédire, modéliser et analyser le métabolisme de xénobiotiques, substances étrangères à un organisme, à l’aide de méthodes informatiques est un challenge majeur mobilisant la communauté scientifique depuis de nombreuses années. Cette thèse vise à implémenter des méthodes informatiques multi-échelles pour prédire et analyser le métabolisme des xénobiotiques. Un premier axe de cette étude portait sur la construction et l’annotation automatique de novo de graphes métaboliques combinant fortes sensibilités et précisions. Ces graphes fournissent ainsi la prédiction du métabolisme de xénobiotiques chez l’homme, ainsi que la génotoxicité des molécules et atomes qui le composent. Puis, le travail s’est orienté sur l’implémentation d’un modèle mathématique dynamique modélisant des effets de compétition enzymatique à travers le développement d’une méthodologie permettant l’exploitation de données biologiques restreintes tout en limitant les biais inhérents.
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