Éditeur(s) : Agro Paris Tech
Résumé : P. acidilactici MA 18/5M is a dietary probiotic (BACTOCELL®) which has shown its efficiency on several terrestrial and aquatic species. The present thesis aimed to investigate more fully the effects of this probiotic on cultured penaeid shrimps. For this study, we chose a global approach by replacing the problem studied in a model of interactions between three compartments: the shrimp, its intestinal microflora and the probiotic. Having first defined how the probiotic should be administrated, we studied its effects under controlled laboratory conditions at several levels of Litopenaeus stylirostris biology: (i) Nutritional status and growth, (ii) associated bacterial microflora, and (iii) health status with respect to oxidative stress. Then the probiotic improves the growth of the shrimps and the feed conversion ratio. Our study shows that these effects are partially due to a better use of the feed, particularly of dietary carbohydrates, but also suggest an action on the metabolism, andor on the growth via a contribution of essential nutrients. On the other hand, although the intestinal bacterial communities seems little affected, we show an antagonism effect of the probiotic toward total and vibrionacea intestinal flora, as well as a decrease in the level of infection of shrimps during challenge with pathogenic V. nigripulchritudo. Beside, our works highlight that infection by this pathogen, led to a reduction in antioxidant defences, to a rise in oxidative damages, and to a release of mortalities within 48 hours. This oxidative stress following bacterial infection was better controlled by animals receiving the probiotic diet, and resistance of the shrimps to infection was significant improved. A nutritional hypothesis is proposed to explain such result, hypothesis based on a link between carbohydrate metabolism and antioxidant status. As a conclusion of these works, we can propose a first explanatory scenario for the effects of P. acidilactici on a penaeid shrimp. Finally probiotic's effects were assessed under a pilot scale in a commercial farm from New Caledonia currently affected by the "summer syndrome ". We confirm the improvements brought in term of zootechnical results, with in particular, a better resistance to this syndrome. This work was made possible thanks to a breeding method in floating cages, developed during this thesis, and therefore transferred, as an experimental tool, to the shrimp industry of New Caledonia.
Pediococcus acidilacticii MA18/5M est un probiotique bactérien (BACTOCELL®) qui a démontré son efficacité chez plusieurs espèces d'animaux terrestres et aquatiques. Cette thèse avait pour objectif d'investiguer plus en détails les effets de ce probiotique chez les crevettes pénéides d'élevage. Pour cette étude, nous avons choisi une approche globale replaçant la problématique dans un modèle d'interactions entre trois compartiments : la crevette, sa microflore intestinale et le probiotique. Après avoir défini les modalités d'administration, l'effet de P. acicilactici a été étudié, en conditions de laboratoire, chez la crevette Litopenaeus stylirostris, à différents niveaux: (i) statut nutritionnel et croissance, (ii) microflore bactérienne associée, et (iii) santé de l'animal à travers son statut antioxydant et son niveau de stress oxydant. Ainsi, le probiotique améliore la croissance des crevettes et l'indice de conversion de l'aliment. Notre étude montre que ces effets sont en partie liés à une meilleure utilisation de l'aliment, notamment des carbohydrates alimentaires, mais suggèrent aussi une action sur le métabolisme, et/ou sur la croissance via un apport de nutriments essentiels. D'autre part, bien que les communautés bactériennes intestinales semblent peu affectées, un effet d'antagonisme du probiotique vis-à-vis de la flore intestinale totale et vibrionacée a été montré, ainsi qu'une réduction du niveau d'infection des crevettes au cours de challenge avec le pathogène V. nigripulchritudo. Par ailleurs, nous mettons en évidence que l'infection par ce pathogène, conduit à un abaissement des défenses antioxydantes, à une élévation des dégâts oxydatifs, et au déclenchement de mortalités dans les 48 heures. Le probiotique atténue le niveau de ce stress oxydant, et améliore significativement la résistance des crevettes à l'infection. Une hypothèse nutritionnelle est proposée afin d'expliquer ce résultat, hypothèse reposant sur un lien entre le métabolisme des carbohydrates et le statut antioxydant. A l'issue de ces travaux, nous pouvons alors proposer un premier scénario explicatif des effets de P. acidilactici chez une crevette pénéide. Finalement le probiotique a été éprouvé à l'échelle pilote sur une ferme commerciale de Nouvelle-Calédonie affectée par le « syndrome d'été ». Nous confirmons les améliorations apportées en termes de résultats zootechniques, avec notamment une meilleure résistance au syndrome. Ce travail a été réalisé grâce une méthode d'élevage en cages flottantes, mis au point au cours de cette thèse, et qui a dés lors été transférée, comme outil expérimental, à la filière crevetticole Calédonienne.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/these-6814.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6814/

Éditeur(s) : Actes de colloques. Ifremer Brest [ACTES COLLOQ. IFREMER.]. 1986
Résumé : Bacterial density of the coelenteric fluid (CF) of some anthozoan species was determined in situ and under laboratory conditions. In all species examined bacterial density of the CF was higher in the gastral cavity than in ambient ranging from 10 super(5) up to 5 x 10 super(6) cells. ml super(-1). Incubation experiments with the CF indicate that a bacterial population within the coelenteron is efficiently controlled by the CF, favoring bacterial growth if bacterial densities are low in the CF and showing clearance activity at high bacterial densities. Feeding of pre-starved anthozoans caused a rapid response of coelenteric rod-shaped bacteria. Evidence is presented that coelenteric bacteria are digested periodically although they contribute 1% to the respiratory carbon losses of the antozoans tested. Therefore, it is more likely that the coelenteric bacterial population provide other substances which cannot be synthesized by the host.
La densité des bactéries du fluide gastrique de différents anthozoaires a été déterminée in situ et au laboratoire. Pour toutes les espèces étudiées, la densité des bactéries dans le fluide gastrique était plus élevée que dans l'eau ambiante et comprise entre 105et 106 cellules m"1. Des expériences d'incubation du fluide gastrique montrent que la population bactérienne est contrôlée efficacement par ce fluide gastrique, favorisant la croissance de bactéries lorsque la densité est faible mais révélant des activités de digestion lorsque la densité est élevée. En nourrissant des anthozoaires mis àjeun plusieurs jours, on provoque une réaction rapide des bactéries déforme bacillaire. Certaines observations montrent que les bactéries gastriques se développent et sont digérées par cycle dans le coelenteron. Néanmoins, la contribution en carbone de ces dernières, comparée aux pertes d'énergie par Sa respiration, représenterait moins de i ','-£. li est probable que cette population bactérienne fournisse des substances qui ne peuvent être synthétisées par i'hôte.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1984/acte-989.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/989/

Éditeur(s) : Actes de colloques Ifremer, Tahiti, French Polynesia, 20 Feb - 4 Mar 1989, n°9, chap. 68, pp.751-755
Résumé : If warmwater finfish protein requirements as level in diet is low, absolute intake per day is similar to those of coldwater species. But relation of this requirement with specific growth rate differs for strictly warmwater fishes as Tilapias. Analysis of partition between protein and non-protein energy retention shows that these species with Clarias make a better use of non-protein energy provided and consequently improve their protein retention. Better carbohydrate digestibility and metabolism are propounded as part of the explanation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1989/acte-1424.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1424/

Éditeur(s) : Centre Océanologique de Bretagne
Résumé : One of the criteria for selecting a shrimp of commercial interest in French Polynesia is the acceptability of artificial diet; such a criterion has been used to test Penaeus merguiensis.Experiments have been carried out in Centre Océanologique du Pacifique in Tahiti island where the water temperature range is 25-29°C, salinity 35 ppt, pH. 8.2, and photoperiod constant.Juveniles used in this study are hatched in CNEXO-COP at Vairao.It has been found that a 50-55% protein content diet gives a better growth performance. A carbohydrate such as starch appears more suitable than glucose or glucose plus starch in isonitrogenous purified diets.A vitamin mix rich in vitamin C, choline and inositol provides better results and a mineral mix with 3% magnesium reaches optimum. The major nutritional results for this species are applied to formulation of artificial diets.With the best diet, growth performances are normal: from 2.8 g to 9.0 g in 90 days, with about 60% survival rate at alow density, 20 animals/m² under strict control. But at another scale, in 400 m² graw-out tanks, growth was rather low even with an excellent Japanese diet containing 60% protein.Therefore, P. merguiensis does not appear to be a good candidate species for aquafarming in French Polynesia. [NOT CONTROLLED OCR]
Recueil des Travaux du Centre Océanologique de Bretagne (Centre Océanologique de Bretagne), 1979 , P. 705-714

Droits : Centre Océanologique de Bretagne
http://archimer.ifremer.fr/doc/1979/publication-5272.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/5272/

Éditeur(s) : HAL CCSD Station Biologique
Résumé : International audience
From fish samplings (rotenone: 6 February 2002 & 13 May 2003; boxtraps: January 2008 to July 2009) in amangrove lagoon, the demographic structure, reproductive period and diet of Lophogobius cyprinoides were studied.Individual fish were measured (< 1 mm), weighed (± 0.01 g), and sexed by observing the urogenital papilla, sex-ratios andtotal length (TL)-standard length and length-mass relationships were calculated. Five individuals per size class (2 mm) wereused to study sexual maturity by macroscopic observation of gonad structure with a sexual maturity scale, and diet byqualitative and quantitative examination of digestive tract contents and calculation of the following indices: levels offullness and vacuity; occurrence, number, and point frequencies of various food items, and quality of nutrition. Growth isisometric and sexual dimorphism in favor of males (78 vs. 64 mm), demographic structure (18 ≤ TL ≤ 78 mm) and conditionevolved over time, with a distinct femininization of the population. Sexual inversion appeared from 46 mm onward, andtotal masculinization at 72 mm. Protogynous hermaphrodism is advantageous in a sedentary, subcryptobenthic species thatis reproductively active almost throughout the year. The species has an omnivorous diet specialized in copepods and plants
ISSN: 0007-9723

hal-00746079
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00746079

Éditeur(s) : HAL CCSD Cambridge University Press (CUP)
Résumé : The natural 15N abundance method for estimating symbiotic biological N2-fixation was tested on legume trees from two rain forests on contrasting soils (oxisols and spodosols) in French Guiana. When possible, the significance of N2-fixing species in the plant community was evaluated in terms of density, biomass and contribution of N2-fixation to the building up of the total nitrogen mass in the leaves. Of the two sites, the rain forest on spodosols was the less favourable for application of the [delta]15N method: the available soil nitrogen was isotopically similar to fixed-N2. Hence, the results showed that a reliable estimate of N2-fixation could not be obtained. A substantial contribution of fixed-N2 to the nitrogen nutrition of legumes was found on oxisols, with an average value of 54 % Ndfa (Nitrogen derived from the atmosphere). The contribution of the N2-fixing legumes to the biomass of the stand was estimated to be 2 t ha[minus sign]1 for the leaf biomass and 136 t ha[minus sign]1 for the total above-ground plant biomass. With 7.5 % of trees in the stand able to fix N2 (462 out of 6156), N2-fixation was estimated to be 7 kg ha[minus sign]1 y[minus sign]1. These results are the first use of the [delta]15N method to estimate nitrogen input by N2-fixing legumes to a natural rain forest. The inter-site variability observed in the [delta]15N of the non-fixing plants suggested different nitrogen-cycling processes in the two soils. The [delta]15N of the non-N2-fixing plants could be related to the soil nitrogen availability and be used as an indicator of efficient or non-efficient nitrogen-cycling rain forests. The spatial variability of the [delta]15N in the plant-available soil nitrogen pool and the nitrogen balance in tropical rain forests are discussed.
ISSN: 0266-4674

hal-01032201
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032201
DOI : 10.1017/S0266467499000644

Éditeur(s) : HAL CCSD Thieme Publishing
Résumé : International audience
The purpose of this study was to investigate thermal response, hydration and performance over a 6-day, 142-km trail running race in tropical conditions. 9 participants competed in the 2011 Gwadarun (30 °C ± 2.4 °C and 82 ± 4 % RH). Data were collected on days 1, 4 and 6. Gastrointestinal temperature (T gi ) and heart rate (HR) were measured using portable telemetry units, whereas blood samples were collected for hematocrit, osmolarity, plasma concentrations, alkaline reserves and creatine phosphokinase. The performances expressed in speed were correlated with both total body water and body mass
ISSN: 0172-4622

hal-01135194
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01135194
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01135194/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01135194/file/s-0033-1361186-ThermoregulationHydratationPerformance.pdf
DOI : 10.1055/s-0033-1361186

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
The aim of this study was to optimize the extraction and characterization of lycopene, a carotenoid, from a tropical fruit, Psidium guajava L. and to demonstrate its health benefits. Deionised water, mixed with organic solvents, was used for extraction, and the depletion stage was reached in order to define the number of extractions needed to extract most of the lycopene. Optimum extraction was achieved with petroleum ether combined with guava puree:deionised water ratio of 40% using 15 ml of water. Four extractions were a satisfactory compromise to maximize the amount of lycopene recovered and to minimize the use of organic solvent. Excellent purification of lycopene was obtained by HPLC-VIS detection (470 nm) with acetonitrile/methanol/tetrahydrofuran mobile phase. Characterization was confirmed by FTIR analysis. A modification of the DPPH test made it possible to assess the EC50, thereby ranking lycopene among good antioxidants. As Psidium guajava is already widely used in the food industry, these results support claims for health benefits for products derived from guava.
ISSN: 23192399

hal-01672063
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01672063
DOI : 10.9790/2402-1104016773

Éditeur(s) : Actes de colloques. Ifremer. Brest [ACTES COLLOQ. IFREMER.]. 1988
Résumé : Shrimp and prawn aquaculture is developing fast and amounts presently to 8% of world consumption. It concerns mainly various species of penaeids and is done with different techniques where feeding plays a variable role. This role is discussed both in the case of more or less extensive farming and in the case of intensive farming. The lack of knowledge in the field of nutrition itself is emphasized as well as the importance of feed technology both for juvenile foods and larval microcapsules or microparticles.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1987/acte-1408.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1408/

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé : International audience
Pituitary adenomas are currently classified by histological, immunocytochemical and numerous ultrastructural characteristics lacking unequivocal prognostic correlations. We investigated the prognostic value of a new clinicopathological classification with grades based on invasion and proliferation. This retrospective multicentric case-control study comprised 410 patients who had surgery for a pituitary tumour with long-term follow-up. Using pituitary magnetic resonance imaging for diagnosis of cavernous or sphenoid sinus invasion, immunocytochemistry, markers of the cell cycle (Ki-67, mitoses) and p53, tumours were classified according to size (micro, macro and giant), type (PRL, GH, FSH/LH, ACTH and TSH) and grade (grade 1a: non-invasive, 1b: non-invasive and proliferative, 2a: invasive, 2b: invasive and proliferative, and 3: metastatic). The association between patient status at 8-year follow-up and age, sex, and classification was evaluated by two multivariate analyses assessing disease- or recurrence/progression-free status. At 8 years after surgery, 195 patients were disease-free (controls) and 215 patients were not (cases). In 125 of the cases the tumours had recurred or progressed. Analyses of disease-free and recurrence/progression-free status revealed the significant prognostic value (p < 0.001; p < 0.05) of age, tumour type, and grade across all tumour types and for each tumour type. Invasive and proliferative tumours (grade 2b) had a poor prognosis with an increased probability of tumour persistence or progression of 25- or 12-fold, respectively, as compared to non-invasive tumours (grade 1a). This new, easy to use clinicopathological classification of pituitary endocrine tumours has demonstrated its prognostic worth by strongly predicting the probability of post-operative complete remission or tumour progression and so could help clinicians choose the best post-operative therapy.
ISSN: 0001-6322

hal-00875723
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00875723
DOI : 10.1007/s00401-013-1084-y
PUBMED : 23400299

Résumé : Bacteriological study of abyssal sediments: During the Demeraby mission of the N/O Jean Charcot in the western Atlantic Ocean, a study of the microflora of the digestive tracts of echinoderms (Holothuroidea of various genera, Asteroidea, Echinoidea) was compared with that of the surrounding sediment. The bacterial concentration observed in the digestive tracts of all the animals studied is higher than that in the surrounding sediments. The largest numbers were always found in the most anterior part of the digestive tracts of the holothurians. In some cases, the increase is considerable (7.10 versus 5.2. 10 cells per millilitre): It indicates a proliferation of bacterial cells in the anterior part of the digestive tract. As the sediment moves through the digestive tract, the bacterial level progressively decreases. In the most posterior part, the concentration is, however, always clearly greater than that in the surrounding sediment. In the case of the holothurian of the genus Deima, analysis according to the Adamsonian principle of comparison shows that the microflora isolated from the various parts of the digestive tract is composed of taxonomic groups showing little resemblance to those isolated from the sediment. In the case of the holothurian of the genus Pseudostichopus, no specialisation of the microflora from digestive tract contents appears with respect to that of the ingested sediment. Examination of metabolic activities suggests a juxtaposition of two types of communities: Free sediment - sediment in transit that complement one other in their enzymatic and nutritional behaviour Indeed, the strains of free sediment seem to be rather suitable for hydrolysing and using carbohydrates, while those of enteric communities prefer the hydrolysis of lipids and proteins and the assimilation of fatty acids, dicarboxylic acids, hydroxylic acids and certain amino acids. Moreover, the enteric microflorae possess a greater nutritional versatility that, linked with its total numbers, has a sizeable catabolic potential. .../... -2- Measurements of heterotrophic activity done by means of 14 C glucose tracers make it possible to show that the metabolic activities of the bacterial communities of superficial abyssal sediments vary according to zones. In the Amazon Cone, a clear glucose mineralization gradient over a distance of a few kilometres can be observed. In the abyssal plain of Demerara heterotrophic activities are slowed in relation to those of the superficial sediments of the Cone of the Amazon, even though the bacterial numbers and the depths are of the same order of magnitude in the two zones. The abundant microflorae associated with the various divisions of digestive tract contents of the Deima abyssal holothurian manifest little metabolic activity as regards the glucose. However, the bacterial communities of Pseudostichopus and Psychropotes manifest very strong heterotrophic activities, increasing from the oesophagus towards the cloaca. Current results are too fragmentary to allow us to observe possible physiological specialisation of enteric bacterial communities enabling the facilitation of digestion processes in the host. Conclusion: In the abyssal environment, characterised by poorly developed bacterial communities, microflorae associated with the digestive tract contents of echinoderms have considerably greater cellular concentrations. By means of their enzymatic equipment, these enteric communities, which complement those of the free microflorae of superficial sediments, can participate in the transformation of organic matter in the abyssal area. Study of the dynamics of microbial communities and their heterotrophic activities in shellfish farms: From experiments done on the water in the Arcachon basin, trials to quantify and describe the reactivity potential of bacterial communities were performed. Bacterial communities were defined by direct counts, counts after setting them up for cultivation, structure and diversity of these communities, dosage of AMP, ADP, ATP. Two opposite ecological conditions were considered: Autumn conditions (high temperature) and a winter conditions (low temperature). Tubs of sea water of 6 and 60 litres were enriched either with ammonium chloride or a mixture of amino acids, at about 500 uAtg N.L. The experiments lasted 24 hours, with sampling every 3 hours. The autumn community reacted rapidly (6 hours), the response to the enrichment in organic nitrogen being the highest. The structure of the community has unstable immature stages. On the contrary, during the winter experiment, no response could be perceived. This may mean that the latency phase is greater than 24 hours. The structure of this community has mature stages. In conclusion, bacterial communities react in the same way as macroscopic communities. Stable communities are diversified and correspond to mature stages of the ecosystem; the immature stages are unstable and less diversified. This type of experiment has made it possible to bring to light the rapidity of response of bacterial populations, and can be used to define the stability of a bacterial community in a precise biotope.
ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES SEDIMENTS ABYSSAUX RESUME Au cours de la mission DEMERABY du n/o Jean CHARCOT en atlantique occidental , une étude de la microflore des tractus digestifs d'Echinodermes (Holothurides de différents genres, Astérides, Echinides) a été comparée à celle du sédiment environnant. La concentration bactérienne observée dans les tractus digestifs de tous les animaux étudiés est supérieure à celle des sédiments environnants. Les effectifs les plus importants sont toujours observés dans la partie la plus antérieure des tractus digestifs des holothuries. Dans certains cas, l'accroissement est considérable (7.10 contre 5,2. 10 cellules/ml) : il indique une prolifération des cellules bactériennes dans la partie antérieure du tractus digestif. Au.cours de la progression du sédiment dans le tractus digestif, la charge bactérienne décroit progressivement. Dans la partie la plus postérieure, la concentration est cependant toujours nettement supérieure à celle du sédiment environnant-. Dans le cas d'une holothurie du genre Deima, l'analyse selon le principe adansonien de comparaison montre que la microflore isolée des différentes parties du tractus digestif est constituée de groupes taxonomiques présentant peu de ressemblance avec ceux isolés du sédiment. Dans le cas d'une holothurie du genre Pseudostichopus il n'apparait pas de spécialisation de la microflore du contenu du tractus digestif par rapport à celle du sédiment ingéré. ¿ ¿ . L'étude des activités métaboliques suggère une juxtaposition de deux types de communautés : sédiment libre-sédiment en transit qui se complètent dans leur comportement enzymatique et nutritionnel. En effet les souches du sédiment libre semblent être plutôt aptes à hydrolyser et à utiliser les glucides, tandis que celles des communautés entériques portent leur préférence sur l'hydrolyse des lipides et protéines et 1'assimilation des acides gras, acides dicarboxyl iques, hydro'xy-acides et certains acides aminés. D'autre part les microflores entériques possèdent une versatilité nutritionnelle plus importante qui, liée à leurs effectifs, offre une potentialité catabolique non négligeable. .../... -2- Les mesures d'activité hétérotrophe effectuées au moyen de traceurs glucose 14 C permettent de montrer que les activités métaboliques des communautés bactériennes des sédiments abyssaux superficiels varient selon les zones. Dans le Cone de l'Amazone on observe un net gradient de minéralisation du glucose sur une distance de quelques kilomètres. Dans la plaine abyssale de Demerara les activités hétérotrophessont ralenties par rapport à celles des sédiments superficiels du Cone de l'Amazone, bien que les effectifs bactériens et les profondeurs soient du même ordre de grandeur dans ces deux zones. Les abondantes microflores associées aux différentes fractions du contenu du tractus digestif de l'holothurie abyssale Deima ne manifestent que peu d'activités métaboliques vis à vis du glucose. Par contre les communautés . bactériennes de Pseudostichopus et P syahropotes manifestent des activités hétérotrophes très fortes, croissant de 1'oesophage vers le cloaque. Les résultats actuels sont trop fragmentaires pour permettre d'observer une éventuelle spécialisation physiologique des communautés bactériennes entëriques permettant de faciliter les processus de digestion chez l'hôte. Conclusion: dans le milieu abyssal, caractérisé par des communautés bactériennes faiblement développées, les microflores associées aux contenus de tractus digestif des Echinodermes présentent des concentrations cellulaires considérablement plus importantes. Par leurs équipements enzymâtiques ces communautés entëriques complémentaires de ceux des microflores libres des sédiments superficiels, peuvent participer à la transformation des matières organiques du domaine abyssal. ETUDE DE LA DYNAMIQUE DES COMMUNAUTES MICROBIENNES ET DE LEURS ACTIVITES HETEROTROPHES DANS LES PARCS CONCHYLICOLES RESUME A partir d'expérimentations effectuées sur l'eau du bassin d'Arcachon, des essais de quantification et qualification du potentiel de réactivité des communautés bactériennes ont été effectuées. Les communautés bactériennes ont été définies par comptage directs, comptages après mise en culture, structure et diversité de ces communautés, dosage des AMP, ADP, ATP. Deux situations écologiques opposées ont étées considérées . Une situation automnale (température élevée) et une situation hivernale (température faible). Des bacs d'eau de mer de 6 et 60 litres ont été enrichis , soit avec du chlorure d'ammonium, soit avec un mélange d'acides aminés, à environ 500 uAtg N.l" . Les expériences ont duré 24 heures, avec des prélèvements toutes les 3 heures. La communauté automnale réagit rapidement (6 heures), la ' réponse à l'enrichissement en azote organique étant la plus importante. La structure de la communauté présente des stades immatures instables. Au contraire, au cours de l'expérimentation hivernale, aucune réponse n'a pu être perçue. Ceci peut signifier que la phase de latence est supérieure à 24 heures. La structure . de cette communauté présente des stades matures. En Conclusion, les communautés bactériennes réagissent de la même façon que les communautés macroscopiques. Les communautés stables sont diversifiées et correspondent à des stades matures de l'écosystème, les stades immatures sont instables et moins diversifiés. Ce type d'expérience a permi de mettre en évidence la rapidité de réponse des populations bactériennes, et peut être utilisé pour définir la stabilité d'une communauté bactérienne dans un biotope précis.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1981/rapport-1926.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1926/

Éditeur(s) : Physiomar 08, Book of abstracts - Brest, France - 1-4 September, 2008
Résumé : This second mollusc physiology meeting has being organized jointly by LEMAR (IUEM: European Institute for Marine Studies) and LPI (Ifremer: French Institute for the Exploitation of the Sea), as both laboratories conduct research in this field. Physiomar 08 followed the very successful workshop 'Physiological aspects of reproduction and nutrition in marine mollusks' held in La Paz (Mexico) in November 2006 under the guidance of Maria Concepcion Lora Vilchis and Elena Palacios Metchenov from CIBNOR. This year's meeting has focus on Reproduction, Growth, Nutrition and Genetics and genomics of marine molluscs, and included a specific session on the effects of climate change on mollusc physiology: Global change. This conference has served as a forum for the communication of recent advances in all aspects of the physiology in molluscs. Researchers, students, stakeholders and mollusc farmers have had the opportunity to communicate personally in a friendly environment with leaders in the field. This meeting aimed to provide a vehicle for continuing exchanges, cooperation, and collaboration in the field of the physiology of marine molluscs to better understand their adaptation ability in a changing environment, their ecological significance, and to promote their sustainable culture.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/acte-4600.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4600/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
En forêt tropicale humide les espèces arborées ont des stratégies différentes d'acquisition de l'azote : les espèces fixatrices utilisent l'azote atmosphérique N2 de l'air. Il existe des espèces à préférence à ammonium (NH+) ou à nitrate (NO3-), mais aussi des espèces ubiquistes se nourrissant des deux sources d'azote du sol. L'objectif de ce travail était de déterminer si ces stratégies différentes étaient intrinsèques à l'espèce ou si elles étaient conditionnées par le milieu du fait des compétitions intra et/ou interspécifiques. Nous avons étudié la nutrition azotée d'une vingtaine d'espèces d'arbres juvéniles élevés en pot sur sol de forêt en conditions semi-contrôlées (20% d'éclairement). Deux méthodes ont été utilisées : la mesure de l'activité nitrate réductase in vivo après induction par pulvérisation de nitrate sur les feuilles et la signature isotopique naturelle δ15N. Les résultats obtenus ont montré que la majorité des plantes en serre sembleraient capable d'utiliser l'une ou l'autre des deux sources avec une forte plasticité vis-à-vis de l'azote. Quelques espèces cependant n'utiliseraient que l'ammonium comme source d'azote malgré le milieu limitant, bien qu'ayant une activité nitrate reductase potentielle, traduisant une capacité non exploitée à assimiler le nitrate, les plantes fixatrices, elles, sembleraient avoir accès aux deux sources d'azote du sol. En utilisant des traits d'héliophile peu de liens ont été observés avec le tempérament des espèces vis-à-vis de la lumière. Des mesures complémentaires sous différents éclairements (5, 10 et 30%) seraient nécessaires pour conclure sur ce sujet. Les différences de nutrition observées dans le milieu naturel seraient dues aux conditions du milieu même si indirectement il se pourrait que la plante ait le pouvoir d'influencer le choix de la source en inhibant la nitrification au niveau rhizosphérique par le biais d'exsudats racinaires.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189235

hal-01189235
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189235
PRODINRA : 17890

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
AIM:We aimed to study the relationships between circulating 25-hydroxyvitamin D [25(OH)D], insulin resistance and leptin-to-adiponectin (L/A) ratio in Guadeloupean children and adolescents and to analyse the changes in 25(OH)D levels after a 1-year lifestyle intervention program.METHODS:25(OH)D concentrations were measured via a chemiluminescence assay. Cardiometabolic risk factors, homoeostasis model assessment of insulin resistance (HOMA-IR), and adipokines were measured. The lifestyle intervention included dietary counselling, regular physical activity.RESULTS:Among 117 girls and boys (11–15 years old, 31.6% obese), 40% had vitamin D deficiency (25(OH)D levels < 20 ng/mL). With linear regression models where 25(OH)D and HOMA-IR acted as independent variables and age, sex, BMI, L/A ratio as covariates, 25(OH)D was significantly associated with HOMA-IR alone (P = 0.036). HOMA-IR was also associated with BMI z-score ≥ 2, L/A ratio and an interaction term BMI z-score ≥ 2*L/A ratio (P < 0.001 for all). After one year, in 78 children/adolescent, mean serum 25(OH)D increased significantly from 21.4 ± 4.9 ng/mL at baseline to 23.2 ± 6.0 after 1 year; P = 0.003 whereas BMI z-score, HOMA-IR and L/A ratio decreased significantly (P = 0.003, P < 0.001 and P = 0.012; respectively).CONCLUSION:The association between 25(OH)D and HOMA-IR, independently of obesity and the high prevalence of vitamin D deficiency should be considered in order to prevent the later incidence of T2DM. A healthy lifestyle including non-sedentary and outdoor activities could be a way for improving vitamin D status.
Open Access Macedonian Journal of Medical Sciences

hal-01427889
http://hal.upmc.fr/hal-01427889
PUBMEDCENTRAL : PMC5175505

Résumé : Depuis maintenant plus de trois ans, l'équipe IFREMER de Martinique travaille à la mise au point technique de l'élevage de l'ombrine subtropicale (Sciaenosp ocellata), dans des conditions intensives. En matière de reproduction, l'équipe IFREMER a engagé dès 1987, une opération de transfert de la technologie Américaine de maturation et ponte grâce au contrôle environnemental de la température et de la phtopériode. Près de 50 millions d'oeufs ont été produits en 1989, à partir de 5 femelles de 5 à 6 kg. En terme d'alevinage, les "résidus d'expérimentation" ont été de 12 000, 18 000, 9 000 et 89 000 alevins sevrés (1 à 2g), respectivement pour les années 1987, 88, 89 et 1990. En 1990, l'objectif principal de démonstration de la faisabilité de la technique d'alevinage en intensif a été atteint avec succès à travers trois élevages "pilotes" successifs aux taux de survie moyen, à 2 grammes, de 14% , 15% et 24%. En expérimentation larvaire, un effort conséquent a été réalisé sur l'approche des besoins nutritionnels de l'espèce. La valeur limite en acides gras essentiels se situerait pour l'ombrine, entre 0,15% et 0,25% de 20:5w3 (en % de poids sec de nauplii) ou entre 0,22% et 0,33% des 2 AGLOPI essentiels: le 20:5w3 et le 22:6w3. En phase de grossissement, les élevages ont permis d'obtenir des poissons de 400 g de poids moyen en 6 à 7 mois en cages flottantes. Le poids initial des alevins est d'environ 2 g pour 2 mois d'âge. L'aliment utilisé est un granulé de type "loup", non spécifique, à 52% de protéines et près de 9% de lipides. Avec cet aliment, les taux de nutrition évoluent de 5, 0-5, 5% en début d'élevage, pour finir à 1,0-1,5% en fin d'élevage (350-500g). Les taux de conversion expérimentaux chez les aquaculteurs, sont compris entre 1,2-2,3. Les charges moyennes des élevages sont de 10 à 15 kg/m3, et la charge maximale enregistrée, de 20-22 kg/m3. La survie moyenne est de 60-70%.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00130/24140/22146.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00130/24140/

Éditeur(s) : Public Library Science
Résumé : The blue mussel, Mytilus edulis, is a commercially important species, with production based on both fisheries and aquaculture. Dynamic Energy Budget (DEB) models have been extensively applied to study its energetics but such applications require a deep understanding of its nutrition, from filtration to assimilation. Being filter feeders, mussels show multiple responses to temporal fluctuations in their food and environment, raising questions that can be investigated by modeling. To provide a better insight into mussel–environment interactions, an experiment was conducted in one of the main French growing zones (Utah Beach, Normandy). Mussel growth was monitored monthly for 18 months, with a large number of environmental descriptors measured in parallel. Food proxies such as chlorophyll a, particulate organic carbon and phytoplankton were also sampled, in addition to non-nutritious particles. High-frequency physical data recording (e.g., water temperature, immersion duration) completed the habitat description. Measures revealed an increase in dry flesh mass during the first year, followed by a high mass loss, which could not be completely explained by the DEB model using raw external signals. We propose two methods that reconstruct food from shell length and dry flesh mass variations. The former depends on the inversion of the growth equation while the latter is based on iterative simulations. Assemblages of food proxies are then related to reconstructed food input, with a special focus on plankton species. A characteristic contribution is attributed to these sources to estimate nutritional values for mussels. M. edulis shows no preference between most plankton life history traits. Selection is based on the size of the ingested particles, which is modified by the volume and social behavior of plankton species. This finding reveals the importance of diet diversity and both passive and active selections, and confirms the need to adjust DEB models to different populations and sites.
Plos One (1932-6203) (Public Library Science), 2014-10 , Vol. 9 , N. 10 , P. 1-13

Droits : 2014 Picoche et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited
http://archimer.ifremer.fr/doc/00218/32895/31380.pdf
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Résumé : En raison de sa richesse en ressources génétiques, et des utilisations traditionnelles locales qui en sont faites, la biodiversité végétale issue du bassin amazonien constitue une véritable source de principes actifs à valoriser. L’espèce Euterpe oleracea Mart., vernaculairement appelée baie d’açai, qui connaît un intérêt scientifique important, est le parfait exemple de ressources naturelles bioactives valorisées issues de cette zone géographique. Les études scientifiques lui confèrent de très nombreuses propriétés biologiques, mais, la plus connue et la plus médiatisée est sa capacité antioxydante liée majoritairement à sa composition polyphénolique. En Guyane française, on peut parler de « diversité » au sein de la famille des Palmiers puisque plus de 75 espèces y ont été recensées. Parmi lesquelles, on peut citer une espèce très commune ayant des propriétés surtout alimentaires, et dont la connaissance phytochimique reste, à l’heure actuelle, très limitée : l’Oenocarpus bataua Mart dit patawa. Ce sujet de thèse de doctorat s’articule autour de la mesure de l’activité antioxydante du fruit mûr de ce palmier, et de la détermination des polyphénols responsables de cette dernière. La singularité de ce travail réside dans l’étude des différentes composantes tissulaires du fruit : mésocarpe, épicarpe et mélange épicarpe/mésocarpe (MEM). Dans un premier temps, les conditions les plus favorables d’extraction de biomolécules (notamment de l’épicarpe et du mésocarpe) ont été définies à l’aide du test DPPH. Les tests préliminaires effectués sur les tissus pris séparément, ont conduit à sélectionner un mélange acétone/eau (70/30, v/v) pour révéler, au mieux, la capacité antioxydante de chaque partie du fruit. Une étape de délipidation initiale s’est avérée nécessaire dans le cas de l’étude du mésocarpe. La confirmation de l’activité antioxydante a été réalisée au moyen d’autres tests d’activité chimique (TEAC, FRAP, ORAC), et a été complétée par l’utilisation d’un test d’activité biologique (KRL) en raison de ses mécanismes réactionnels plus complets. Il en ressort que le tissu végétal le plus antioxydant est le mésocarpe qui contient des proanthocyanidines, famille de composés phénoliques connue pour ses nombreuses activités biologiques.Le même travail a été effectué sur les tissus regroupés (fruit global ou MEM). Ainsi, a été retenue l’utilisation du solvant mixte acétone/eau sans étape de délipidation initiale. La capacité antioxydante du fruit étudié a été comparée à celle de l’açai, espèce choisie comme référence. Il s’avère que les extraits d’açai ont une activité antioxydante très supérieure à celle du patawa lorsqu’ils sont testés vis-à-vis de l’ORAC et du KRL. Le tissu mésocarpe a, lui, démontré une capacité antioxydante supérieure à celle de l’açai. Ces résultats sont à associer avec la composition phytochimique propre à chaque fruit. La composition polyphénolique du fruit de patawa, déterminée par UPLC/MSn, supposerait la présence d’anthocyanes, de tanins condensés, de stilbènes et d’acides phénoliques. Ces travaux, qui méritent d’être approfondis, en particulier pour le mésocarpe, ouvrent de nouvelles perspectives d’utilisation du fruit patawa, en particulier l’incorporation de composés phénoliques issus du mésocarpe dans des formulations galéniques ayant attrait aux domaines de la Nutrition, de la Cosmétique et de la Pharmaceutique.
Due to its wealth in genetic resources, and to traditional uses, plant biodiversity issued from the Amazonian Basin is a real source of active process to valorize. The specie Euterpeoleracea Mart., usually called acai berry, which is experiencing a huge scientific interest, is the perfect example of valued natural bioactive resources from the geographic area. Scientific studies give it many biological properties, but the most known is its antioxidant property mainly due to its polyphenolic composition. In French Guiana, we can use the term “diversity” within the palm family with more than 75 species identified. Among them is a common species, Oenocarpus bataua Mart., called “Patawa”, mainly with alimentary properties but for which knowledge of phytochemical properties is until now very poor. The present research deals with determining the antioxidant activity of this palm fruit and with the identification of the polyphenols responsible for it.The uniqueness of this work lays in the study of the different tissue components of this fruit namely the mesocarp, the epicarp and mixing epicarp / mesocarp (MEM). In a first time, the most favorable extraction conditions of biomolecules (particularly of the epicarp and mesocarp) were defined using the DPPH test. The preliminary tests performed on those tissues taken separately, have led to select an acetone / water (70/30, v / v) to reveal, at best, the antioxidant capacity of each part of the fruit. An initial defatting step was necessary in the case of the study of the mesocarp. The confirmation of the antioxidant activity was carried out by other tests of chemical activity (TEAC, FRAP, ORAC), and was supplemented by the use of a bioassay (KRL) due to its more complete reaction mechanisms. Results point out that the most antioxidant tissue is the mesocarp that contains proanthocyanidins, phenolics of a chemical family known for its numerous biological activities.The same work was performed on tissues combined (overall result). The mixed solvent acetone / water, without initial defatting step, has been selected. The antioxidant capacity of fruit was compared to that of the Acai specie chosen as a reference. It turns out that acai extracts have antioxidant activity much greater than that of Patawa when tested vis-à-vis of ORAC and KRL. In contrary, mesocarp tissue has a greater antioxidant capacity than that of Acai. These results can be associated with the phytochemical composition of each fruit. The polyphenolic composition of the fruit of Patawa determined by UPLC / MSn, reflects the presence of anthocyanins, condensed tannins, stilbene and phenolic acids. This work, which deserves to be deepened, especially for the mesocarp tissue, opens new prospects for the use of Patawa fruit, especially the incorporation of phenolic compounds from the mesocarp in pharmaceutical formulations linked to the fields of Nutrition, of Cosmetics and Pharmaceuticals.

http://www.theses.fr/2012AGUY0573/document

Éditeur(s) : Blackwell science
Résumé : Peneid shrimp are commonly reared in clear-water aquaria or tanks for short-term studies of 4-6 weeks during controlled experiments, such as nutrition studies to estimate dietary nutrient requirements. Recently, in line with the genetic program at Centre Oceanologique du Pacifique (COP), experimental clear-water facilities were tested for the first time over a longer rearing period. Environmental conditions used to maintain animal growth in clear-water system using a well-balanced diet were defined. After 100 days, shrimp growth rates tended to decrease and only by adjusting the diet could shrimp complete their life cycle and reach maturation size of around 40 g. This paper presents information on stocking density, diet quality and husbandry linked to reproduction that must be considered to successfully rear animals from PL's to breeder size in clear water. By following these protocols a minimum amount of breeders can be used to meet production goals. Moreover, by isolating a small group of individuals, genetic diversity can be preserved, thereby allowing specific crosses for selective breeding purposes. Length of trials, amount of feed, composition of feed, growth performances and maturation success are reported and should encourage further studies to optimize rearing conditions in clear-water rearing.
Aquaculture Research (1355-557X) (Blackwell science), 2004-11 , Vol. 35 , N. 13 , P. 1244-1252

Droits : 2004 Blackwell Synergy
http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-619.pdf
DOI:10.1111/j.1365-2109.2004.01145.x
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/619/

Éditeur(s) : EDP Sciences
Résumé : Twelve diel surveys were carried out in three reservoirs of Sri Lanka viz. Minneriya, Udawalawe and Victoria, to investigate diel feeding patterns, daily ration and relative food consumption in fish populations. Stomach content weights of different size classes of various fish species in the three reservoirs in 12 diel surveys were analysed using an iterative method, MAXIMS. Predominantly herbivorous or detritivorous fish species such as Amblypharyngodon melettinus and Oreochromis niloticus exhibited one peak in the diel feeding pattern. Two peak feeding periods were evident in predominantly insectivores and/or zooplanktivores (e. g., Puntius chola and Rasbora daniconius) and interestingly in macrophyte feeders (i.e., Etroplus suratensis, Puntius filamentosus and Tilapia rendalli). It might be possible that all species with two feeding peaks in diel feeding patterns rely on vision for feeding. Food consumption per biomass (Q/B ratio) defined as amount of food consumed per unit weight of an age-structured population of fish was estimated on the basis of the average quantities of food consumed over a long period of time by various size classes in order to minimize the bias of estimates.
Douze séries d'échantillonnage ont été effectuées dans trois lacs-réservoirs du Sri Lanka : Minneriya, Udawalawe et Victoria, afin d'étudier le modèle journalier d'alimentation, les rations journalières et à la consommation relative des populations de poissons. Les poids des contenus stomacaux de différentes classes de taille ont ainsi été analysés en utilisant une méthode itérative, MAXIMS. Les espèces herbivores ou détritivores telles que Amblypharyngodon melettinus et Oreochromis niloticus montrent un pic dans l'activité de nutrition. Tandis que les espèces détrivores et/ou zooplanctivores en présentent deux (ex., Puntius chola et Rasbora daniconius) de même que des espèces se nourrissant de macrophytes (ex., Etroplus suratensis, Puntius filamentosus et Tilapia rendalli). Il est possible que la vision joue un rôle chez ces espèces présentant deux pics journaliers d'alimentation. La consommation de nourriture par rapport à la biomasse (le rapport Q/B) est défini comme la quantité d'aliment consommé par unité de poids d'une population de poissons structurée en âge, sur la base de quantités moyennes de nourriture consommée sur une longue période de temps et par diverses classes de taille, afin de minimiser les biais dans les estimations.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2006-07 , Vol. 19 , N. 3 , P. 229-237

Droits : 2006 EDP
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-2134.pdf
DOI:10.1051/alr:2006023
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2134/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Background and objectives.[br/] Dairy propionibacteria are isolated from various ecological niches, including soil, grass, silage, rumen, raw milk and dairy plants, showing great adaptability and robustness. Used as ripening starters in Swiss type cheeses, these food grade bacteria are described as nutraceutical producers and they release into the external medium short chain fatty acids (SCFA), folic acid, cobalamin and the bifidogenic 1,4- dihydroxy-2-naphthoic acid (DHNA). These compounds are known to play a pivotal role in the modulation of intestinal physiology through diet. Considering the pro-apoptotic potential of some of these metabolites, we investigated the potential of dairy products fermented by the main species, Propionibacterium freudenreichii, to prevent colon carcinogenesis. Methods.[br/] We developed a new fermented milk. Taking advantage of milk fractions, high and stable populations of P. freudenreichii were obtained in this product. It was tested in vitro on gastric HGT-1 and colic HT-29 cells with respect to the typical hallmarks of apoptosis. In vivo, the fermented milk was evaluated in piglets with respect to general health parameters and in human microbiota-associated rats, treated or not with dimethylhydrazine (DMH), with respect to intestinal proliferation and apoptosis. Results. Fermented milk induced cell death in both gastric and colon cancer cells. Cellular and molecular characterization of cells dying in response to SCFA treatment revealed cell cycle arrest, drop in intracellular ATP, depolarization of mitochondria, translocation of key apoptosis proteins, processing of caspases and fragmentation of the nucleus. Interestingly, the new fermented milk was shown to potentiate the cytotoxic effect of molecules used in cancer chemotherapy. In accordance, it modulated expression of key apoptotic proteins. In vivo, the fermented milk was evaluated in piglets. Daily oral gavage led to high colic P. freudenreichii populations, to modulation of the intestinal microbiota and modulation of intestinal cytokines. Promotion of piglets’ growth also revealed general probiotic effects of fermented milk. Considering that propionibacteria were metabolically active in the intestine, we further investigated their impact on colon carcinogenesis (induced by dimethylhydrazine, DMH) in human microbiota-associated rats. Consumption of selected strains of propionibacteria resulted in enhanced apoptotic depletion of DMH damaged epithelial cells, yet had no effect on neither proliferation nor apoptosis in healthy rats. Conclusions and perspectives.[br/] These results open new perspectives in the field of colon cancer cells prevention and/or treatment. The synergy with pro-apoptotic chemotherapy molecules suggests that such a fermented product may be proposed as a food supplement to enhance the effects of anticancer treatments.
colloque international « Nutrition and Cancer : Hot topics from biology to public health issues »
Paris, France

hal-01190452
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01190452
PRODINRA : 201853