Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
Le but de cette étude est de relier les variations des descripteurs de structure (densité du peuplement, surface terrière, biomasse aérienne) et de dynamique (croissance des arbres, taux de mortalité et de recrutement, flux de biomasse) de la forêt tropicale à la surface des parcelles forestières et à l'intervalle de temps entre les inventaires forestiers. Un jeu de données provenant d'un large réseau de parcelles recensé tous les 2 ans sur une période de 16 ans a été utilisé pour développer et paramétrer un nouveau modèle statistique de prédictions des coefficients de variations pour chacun des descripteurs étudiés. Plus de 90 % de la variabilité de ces coefficients de variation est prédit par un modèle statistique qui inclut la taille de la parcelle et l'intervalle de temps entre les inventaires. Tous les descripteurs de structure de la forêt varient de moins de 10% pour des parcelles de taille supérieure à 2 ha. Parmi les descripteurs de la dynamique forestière, le flux sortant de biomasse aérienne est le plus variable. Cinq parcelles de 6.25 ha sont nécessaires pour estimer sa moyenne, sur une période 16 ans, avec une erreur de 20 % sur la moyenne. Ceci contraste avec un flux entrant de biomasse aérienne, via la croissance et le recrutement, relativement constant. La croissance des arbres est remarquablement bien estimée avec moins de 15 % de variabilité pour une parcelle de 2 ha recensée tous les 2 ans. Ce travail fournit une méthode facile de quantification des limitations des jeux de données utilisés pour estimer les descripteurs de structure et de dynamique forestière. Ceci est un prérequis indispensable à l'analyse des effets du changement global sur les forêts tropicales.
ISSN: 0006-3606

hal-01093212
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01093212
DOI : 10.1111/j.1744-7429.2010.00644.x

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Region Gdansk Pomerania is an excellent geographic area for the development of yachting. Gdansk Bay and the Vistula Lagoon is characterized by very good weather conditions. Numerous advantages of anthropogenic and tourist resorts strengthen the attractiveness of the coast. The marina recently ended in Gdansk, Sopot and Gdynia create very good conditions for the development of yachting. The combination of the Gulf of Gdansk by the river network and channels Żuławy of the Great Masurian Lakes promotes the development of yachting in both the Gulf of Gdansk and Masurian Lake region. However, new infrastructure investments, realized with funding from the EU, like ‘Loop Żuławska’ and the new marina, leading to an increase in tourist traffic and threats to existing reserves and landscape parks. Another problem is the lack of regulation of the right on the crossing of the Strait of Baltiysk, leading from the Vistula Lagoon on the Baltic Sea, which is located in the territorial waters of Russia. The concentration of investments in the region of Żuławy contrasts with too little spending on development of tourist infrastructure in the Hel Peninsula. There are large disparities in tourist traffic. Tourism in Hel Peninsula significantly exceeded the absorption of tourism in the region and leads to the degradation of the local environment. In addition, the seasonality of tourism on the coast favours the trend of maximizing profit tourism enterprises. New, designed ditch the Vistula Spit, which connects directly to the Vistula Lagoon from the Baltic Sea, bypassing the Russian territorial waters, can lead to serious ecological changes.
La région de Gdansk en Poméranie est une excellente zone géographique pour le développement du yachting. La baie de Gdansk et la lagune de la Vistule se caractérisent par de très bonnes conditions climatiques. Divers avantages anthropiques et stations touristiques renforcent l’attractivité de la côte.Les marinas nouvellement terminées à Gdansk, Sopot et Gdynia, créent de très bonnes conditions pour le développement du yachting. La combinaison du golfe de Gdansk, du réseau fluvial et des canaux Żuławy qui relient les Grands Lacs de Mazuries, favorise le développement du yachting dans le golfe de Gdansk et la région des lacs. Les nouveaux investissements dans les infrastructures, réalisés grâce à des financements de l’Union européenne, tels "Loop Żuławska" et la nouvelle marina, conduisent à une augmentation de l’activité touristique qui menace les réserves existantes et les parcs naturels. L’autre problème est l’absence de réglementation relative au droit de passage dans le détroit de Baltiysk, menant de la lagune de la Vistule, qui est située dans les eaux territoriales de la Russie. Entre la concentration des investissements dans la région de Żuławy et les faibles dépenses pour le développement de l’infrastructure touristique dans la péninsule d’Hel, il existe de grandes disparités dans le trafic touristique. Les infrastructures touristiques de la péninsule d’Hel ne sont pas en mesure d’absorber les flux touristiques de la région et la situation conduit inéluctablement à la dégradation de l’environnement. La situation de la lagune de la Vistule, dont les eaux sont partagées entre la Russie et la Pologne, peut entraîner de graves changements écologiques.
Gdańsk
Pologne
Poméranie
Hel
Zulawy

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.10762
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/10762

Résumé : Le présent document est une restitution globale des données disponibles au sein du SIH sur les navires de pêche français, et en particulier : • le fichier « Flotte de Pêche Communautaire » (FPC), qui référence l'ensemble des navires de pêche professionnelle de la flotte française et leurs caractéristiques techniques (source : DPMA) ; • les données du flux déclaratif, c'est-à-dire les déclarations de captures et d'effort de pêche des pêcheurs professionnels, issues des journaux de bord pour les navires de 10 mètres et plus et des fiches de pêche pour les navires de moins de 10 mètres (source : DPMA) ; • les données de ventes (essentiellement des ventes en criée) des navires de pêche professionnelle (source : DPMA) ; • les données d'enquêtes « Activité » réalisées chaque année par le réseau des observateurs du SIH pour l'ensemble des navires inscrits au fichier Flotte de Pêche Communautaire : ces enquêtes visent à reconstituer le calendrier d'activité des navires, sur une base mensuelle, à partir du flux déclaratif (journaux de bord, fiches de pêche et données de vente en criée) quand il existe, et au moyen d'enquêtes directes auprès des armateurs de ces navires et de leurs représentants professionnels. Chaque mois, le calendrier d'activité précise si le navire a été actif à la pêche, et si oui, les différents métiers pratiqués. Par «métier», on entend la mise en oeuvre dun engin de pêche afin de capturer une ou plusieurs espèces cibles dans une zone de pêche donnée (source : Ifremer - DPMA) ; • Les données d'observation des marées au débarquement permettent sur la base d'un plan d'échantillonnage de connaître les métiers pratiqués et reconstituer le déroulement de la marée (métiers, effort de pêche, captures et coûts associés) et de mesurer tout ou partie des captures de certaines espèces commerciales. Les données collectées ont bénéficié d'un cofinancement de l'Union Européenne et de la DPMA et de la région Guadeloupe. Ce document correspond à un premier traitement des données de l'année de référence, et ne prétend pas rendre compte de l'ensemble des données disponibles. Les indicateurs présentés portent sur une photographie de la flotte de pêche en 2011 : ils synthétisent ainsi l'ensemble des données 2011 des navires présents sur la région Guadeloupe

Droits : 2013 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00180/29121/27527.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00180/29121/

Résumé : Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département du Morbihan. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. L’évaluation de la qualité des zones de production sur la période 2012-2014 (2011-2014 pour les classements saisonniers) révèle une qualité B pour neuf zones actuellement classées A pour le groupe 3 (dont 6 zones classées en A de façon saisonnière) et une qualité C pour quatre zones actuellement classées B pour le groupe 2 (dont 1 zone classée en B de façon saisonnière). L’année 2014 a vu une diminution considérable du nombre d’alertes par rapport à 2013, avec 9 alertes de niveau 1 (déclenchées dans le cadre de la surveillance régulière) dont 3 avec persistance de la contamination (alerte de niveau 2). L’analyse statistique des tendances sur les 10 dernières années ne met en évidence aucune tendance pour la plupart des zones. Seules six zones confirment une tendance à la dégradation. La qualité chimique est très satisfaisante sur toutes les stations.

Droits : 2015 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00260/37094/35604.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00260/37094/

Résumé : Ce rapport présente les actions menées et les résultats acquis en 2011 dans le cadre de la surveillance chimique du ROCCH (Réseau d'Observation de la Contamination chimique) en Martinique. Il est rédigé dans le cadre de la convention 2011 entre l'Office de l'Eau de la Martinique et l'Ifremer (Lettre-contrat n° 11 / 5 210 729 / F). Le suivi des contaminants dans le bivalve indicateur Isognomon alatus porte sur 4 points échantillonnés deux fois par an (février et novembre). Les résultats acquis en 2011 confirment dans une très large mesure ceux acquis de 2002 à 2010. En particulier, les très fortes teneurs en argent de la baie du Marin sont à nouveau observées, de même que celles en DDT, DDD, DDE au même endroit et en PCB de la rivière Lézarde.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00101/21208/18823.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00101/21208/

Éditeur(s) : HAL CCSD Montpellier : CIRAD
Résumé :  
Depuis une décennie, les cartes de végétation d'Afrique centrale sont principalement dérivées d'images satellitaires. L'étendue forestière du bassin du Congo, son accessibilité réduite et son évolution rapide localement justifient l'utilisation de la télédétection. La cartographie du couvert forestier d'Afrique centrale et l'analyse de son évolution constituent l'un des objectifs du projet Trees visés par le Centre commun de recherche. La méthode combine des informations de sources diverses et repose sur un échantillonnage stratifié qui utilise des capteurs aux caractéristiques complémentaires. De 1990 à 1997, quatre types de région ont ainsi été identifiés, de " stable " à " perturbée ". La croissance démographique de certaines villes, les axes de circulation, l'ouverture de pistes d'exploitation constituent les principaux facteurs de pression sur le milieu forestier. Même si à l'échelon régional les changements peuvent sembler peu importants comparés à ceux observés dans d'autres zones, des situations locales très contrastées peuvent coexister. Le suivi du milieu doit, donc, faire appel à des capteurs plus précis en termes de résolution spatiale. Ainsi, dans le cadre de projets d'aménagement forestier, le Cirad-forêt s'attache à mettre au point des méthodes pour extraire et suivre le réseau de pistes forestières ou pour cartographier les ouvertures du couvert. Enfin, les capteurs à très haute résolution, tel Ikonos, permettent de détecter les changements à une échelle plus fine et de mesurer l'impact de l'exploitation sur la dégradation forestière.
ISSN: 0006-579X

hal-01032173
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032173

Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : Archaea are micro-organisms present in all ecosystems, but are majoritary present in extremophilic environments. Hyperthermophilic Archaea, as Pyrococcus abyssi, are permanently exposed at temperature which can increase the rate of spontaneous DNA damage. It is probable that hyperthermophilic Archaea possess efficient molecular mechanism to duplicate, maintain and stabilize their genomes. The aim of this project was to investigate the interaction network involved in the process of DNA replication and DNA repair. The methodological approach consists in the coupling of pull-down with mass spectrometry identification of interacting partners. A preliminary interaction network was identified that was composed of new proteins as well as unsuspected interactions between known components of DNA replication machinery. The main results consist in: (1) the nuclease Pab2263, which interacts with PCNA, is a novel player in DNA metabolism. (2) PCNA is likely part of a macrocomplex with the ubiquitary proteins Mre11 and Rad50 suggesting a role of this complex in the repair of double strand break in connection with a replication fork. (3) Fen1 and DNA primase interact physically and can collaborate in vitro to resolve intermediate step of the base excision repair pathway. These results enhance our understanding of DNA repair process in Archaea.
Les Archaea sont des micro-organismes rencontrés dans tous les écosystèmes, mais qui apparaissent comme majoritaires dans les environnements dits extrêmes. Les archaea hyperthermophiles, comme Pyrococcus abyssi sont en permanence exposées à des températures qui peuvent augmenter le taux de dommages de l'ADN, pourtant, le taux de mutations spontanés chez ces micro-organismes est similaire à celui des espèces modèles mésophiles. Il est ainsi probable que les hyperthermophiles possèdent des systèmes particulièrement efficaces pour dupliquer, maintenir et stabiliser leur génome. L'objectif de ce projet était d'explorer le réseau d'interaction impliqué dans les processus de réplication et de réparation de l'ADN. L'approche méthodologique mise en oeuvre a consisté à coupler la capture de partenaires d'interaction par pull-down avec leur identification par spectrométrie de masse. J'ai pu ainsi mettre en évidence, au sein l'extrait cellulaire de P. abyssi, un réseau préliminaire reliant des protéines de la maintenance génomique. Nous avons non seulement mis en évidence de nouvelles protéines impliquées probablement dans des mécanismes de réparation, mais également des nouvelles interactions non suspectées entre des composants déjà caractérisés. Les principaux résultats sont les suivants : (1) La nucléase Pab2263, partenaire du PCNA, est un nouvel acteur du métabolisme de l'ADN. (2) Le PCNA forme un macrocomplexe avec les protéines ubiquitaires Mre11 et Rad50 suggérant un rôle de ce complexe dans la réparation des cassures double brin de l'ADN lors de la réplication. (3) Les protéines Fen1 et l'ADN primase interagissent physiquement et peuvent collaborer in vitro pour résoudre une étape intermédiaire de la voie de réparation par excision de base. Ces résultats enrichissent notre compréhension des processus de réparation de l'ADN chez les archées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-3722.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3722/

Éditeur(s) : Universite Montpellier II
Résumé : Since 1980, the expansion of a green macro-alga: Valonia aegagropila (C Agardh) is observed in Salses-Leucate lagoon (France). It is currently distributed in the north of the lagoon with important biomasses (40 gDW/m²) eroding the cover of Zostera noltii. The free form of the alga can be transported with the surface or bottom currents depending on seasons. It multiplies mainly by vegetative reproduction. There are few studies on the ecophysiological capacities of V. aegagropila. This work tries to answer why (physiological adaptation) and how (mechanical process of transport) the alga invaded the lagoon, with an approach including observations, experiments in controlled environment and biological and hydrodynamic models. The growth capacities depend on temperature and light intensities, the nutrients absorption rates and internal nitrogen and phosphorus internal quotas were measured and modelled using a Droop model based on internal quota. Vertically transport was studied with laboratory experiments and measurements of biomass transport were made into the lagoon. The biological model (growth, vertical transport, mortality) was coupled to the MARS 3D hydrodynamic model with a meshgrid of 160m. The results show an adaptation of the alga to low availability of phosphorus and an annual growth of biomass controlled by the availability of nutrient during winter. The alga seems to occupy the whole zones where growth is optimal and the risk of invasion of the southern part of the lagoon is limited. This work opens on research prospects on an ecological model (confronting physiological capacities and competition of V. aegagropila, Zostera noltii, green algae and primary production), new physiological experiments, ecological observations and potential valorisation of V. aegagropila.
Depuis 1980, est observée dans l'étang de Salses-Leucate l'expansion d'une macro-algue verte : Valonia aegagropila (C. Agardh). En 2004, elle était présente sur la presque totalité de la moitié nord de la lagune avec des biomasses importantes (jusqu'à 600 gPS/m²). L'algue envahit et érode également la couverture d'herbiers garant de la biodiversité, de la productivité et de la stabilité de l'écosystème. V. aegagropila se reproduit essentiellement de manière végétative (fragmentation des thalles) et possède la particularité de retenir de l'oxygène de la photosynthèse dans sa structure sphérique. Cet oxygène piégé lui donne la possibilité de mouvement sur la verticale et d'être transportée dans le domaine par les courants. Les conditions physico-chimiques de l'étang présentent de fortes variations saisonnières en salinité, en température et en turbidité, ainsi que des apports nutritifs faibles : la production primaire est principalement limitée par le phosphore. Il existe malheureusement peu d'informations sur V. aegagropila ainsi que trop peu de connaissances sur son écophysiologie. Elle semble vivre dans des milieux plutôt oligotrophe dans des régions tropicales à sub-tropicales. Ce travail basé sur une approche d'observations de terrain, d'expérimentations en milieu contrôlé (en laboratoire) et de modélisation des processus, a permis d'une part d'explorer les capacités adaptatives physiologiques de V. aegagropila aux conditions environnementales de l'étang et d'autre part de mettre à jour les modes de fonctionnement de la dynamique spatio-temporelle de la population. Les capacités de croissance ont été mesurées sur un large spectre de température et de lumière. Les capacités d'absorption des sels nutritifs dans l'eau et les facultés de l'algue à stocker l'azote et le phosphore dans ses tissus ont également été étudiées. D'autre part, un modèle de dynamique des populations a été conceptualisé puis développé. Les processus pris en compte dans ce modèle sont la croissance de l'algue (modèle à quota interne), la flottabilité de l'algue et la mortalité par surdensité. Ces processus ont été paramétrés en majeure partie par des expérimentations réalisées en laboratoire. Ce modèle 0D a par la suite était couplé au modèle hydrodynamique MARS3D (modèle Ifremer) mis en place sur la lagune de Salses-Leucate, utilisant deux grilles de calcul (160m ou de 80m de résolution). Les simulations réalisées permettent d'appréhender les capacités spatio-temporelles de la croissance de l'algue dans l'étang, le turnover annuel de la biomasse totale et les attracteurs de biomasse du système sous différents évènements météorologiques. Ces résultats sont comparés avec les répartitions cartographiques de la population observées in situ en 1999 et 2004 et des flux de biomasses mesurés au cours d'observations de terrain entre juin 2003 et septembre 2004. L'ensemble des résultats montre d'une part une adaptation de l'algue à évoluer dans un milieu pauvre en phosphore et d'autre part une croissance annuelle de la biomasse totale qui est principalement contrôlée par les apports hivernaux en sels nutritifs dans la lagune. Les résultats des simulations montrent également que V. aegagropila semble occuper à présent la majeure partie des zones favorables à sa croissance. Il est également montré que si sa capacité de mouvement peut favoriser la dispersion d'individus dans la lagune et accélérer la croissance de la population pour de faibles biomasses initiales, cette même capacité de mouvement joue plutôt un rôle de régulation de la population lorsque la biomasse totale devient importante. On peut penser que le risque de colonisation de l'herbier à zostère de la partie sud de la lagune (bassin de Salses) est limité. Ce travail ouvre enfin des perspectives de recherche sur l'amélioration du modèle de dynamique des populations de l'espèce, sur de nouvelles expérimentations à réaliser ou encore sur la surveillance écologique du milieu. Des propositions sont faites pour concevoir un modèle écologique confrontant les capacités physiologiques des macrophytes (algues vertes, Valonia et zostères) afin d'apréhender les phénomènes de compétitions et les modes de fonctionnement du réseau trophique de la lagune de Salses- Leucate. Des pistes sur la valorisation de la matière algale de V. aegagropila sont enfin proposées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/these-2453.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2453/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
Le littoral, caractérisé par une grande diversitéd’environnements (plages sableuses ou rocheuses, cordonsdunaires, falaises, lagunes, estuaires...) est une zone très mobile etévolutive du fait de forçages hydrodynamiques et météorologiquessouvent intenses. Cet environnement est fragile, car soumis àl’impact d’activités humaines qui ne cessent d’augmenter (urbanisation,aménagements...), mais aussi aux effets du changementclimatique (élévation du niveau de la mer, modification durégime de houles, inondations). Comprendre le fonctionnementhydromorpho-sédimentaire des environnements littoraux est crucialpour prédire leur évolution et celle des écosystèmes associés.Le Service National d’Observation labellisé par le CNRS, (SNO)DYNALIT, - Dynamique du Littoral et du Trait de Côte a pourbut de constituer une base de données hydromorphologiques sur lelong terme de 29 sites ateliers représentatifs des environnementslittoraux français (côtes sableuses, falaises et embouchures) afin :- De mesurer la cinématique de ces environnements et du trait decôte associé ;- De mieux comprendre les interactions entre les processushydrodynamiques-transport sédimentaires-réponse morphologiqueassociés à la dynamique du littoral ;- Utiliser les observations pour améliorer notre connaissance desréponses de la morphologie des littoraux dans différents contextesde forçages météo-marins ;- D’utiliser ces observations pour analyser l’importance relativedes facteurs anthropiques et naturels sur la dynamique littorale ;- De se positionner en interlocuteur pour les responsables de ladéfinition et la mise en oeuvre des politiques de gestion des risqueslittoraux.
RST 2016, livre des résumés
Caen, France

insu-01387873
https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-01387873

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Water vapour is highly variable in the atmosphere with concentration reaching saturation in the tropics and with dry areas over elevated continental region. Good knowledge of the amount of integrated water vapour in the air is necessary to predict phase changes and in particular precipitation. Water vapour variability measurements are still insufficient with standard observing systems. Moreover accurate GPS antenna positioning is affected by the refractivity index variation in the troposphere. Consequently, vertical positioning component estimation is difficult. This variation is directly linked to distribution of variables such as pressure, temperature and humidity along the path between satellite and receiver. Here we study more specifically heavy rains et notably Cevenols events. This thesis work consists to check the GPS measurement validity to quantify water vapour in comparison with measurements from radiosoundings and meteorological model outputs. GPS observations and flux surface information have been analysed to see if water vapour quantification by GPS allowed characterising heavy rain events (cumulative rainfall amount greater than 150 mm). Then, we tested the GPS data assimilation impact on cumulative precipitation forecasts using the high resolution Meteo France AROME model (2.5 km). Finally the quality and the contribution of GPS measurement on sea is evaluated for water vapour measurement. This study has been realised in the framework of VAPIMED experiment.
La vapeur d'eau varie largement dans l'atmosphère avec des concentrations allant de la saturation dans les tropiques à des zones presque sèches au-dessus des zones continentales élevées. Une bonne connaissance du contenu en vapeur d'eau dans l'air est nécessaire pour la prévision des changements de phases, notamment les précipitations. La mesure de la variabilité de la vapeur d'eau est une lacune des systèmes d'observation. Par ailleurs, il est apparu que le positionnement précis des antennes GPS était affecté par la variation de l'indice de réfraction dans la troposphère, ce qui rend particulièrement difficile l'estimation de la composante verticale. Cette variation est directement liée à la distribution des variables pression, température et humidité sur les trajets satellite-récepteur. On s'intéresse ici à l'étude des précipitations intenses et notamment aux épisodes Cévenols. Ce travail de thèse consiste à vérifier la validité de la mesure GPS pour la quantification de la vapeur d'eau en la comparant avec des mesures issues de radiosondage et des sorties de modèle météorologique. On cherche à analyser si la quantification de vapeur d'eau par GPS permet de caractériser les forts événements précipitants (cumuls supérieurs à 150 mm) à l'aide d'observations conjointes sur les flux de surface. On étudie ensuite l'impact de l'assimilation de données GPS issues d'un réseau GPS dense sur la prévision des cumuls de pluies dans le modèle à hauterésolution (2.5 km) AROME de Météo France. Finalement on évalue la qualité et l'apport de la mesure de vapeur d'eau par GPS en mer dans le cadre d'une campagne de mesure VAPIMED).
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444081

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
tel-00444081
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444081
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444081/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444081/file/These_KBoniface.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
L’article que nous proposons est articulé autour de la notion de classe : doit-on considérer la classe comme un ensemble statique composé d’individus possédant la même structure et le même comportement, ou opter pour une approche plus dynamique dans laquelle les contours de la classe sont définis à travers la prise en compte en situation des individus proches d’un prototype représentatif d’une catégorie donnée.Le choix d’une approche dynamique conduit les auteurs à revisiter deux théories « classiques », la théorie sémio-contextuelle et la théorie acteur-réseaux, en proposant une théorie des prototypes réseaux qui a pour objectif de faciliter l’appréhension des groupes d’acteurs dans un contexte de généralisation des communications numériques pour in fine une meilleure compréhension des situations.
Les écosystèmes numériques et la démocratisation informationnelle : Intelligence collective, Développement durable, Interculturalité, Transfert de connaissances
Schoelcher, France

hal-01258148
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01258148
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01258148/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01258148/file/Agostinelli%20Riccio%20Metge.pdf

Résumé : Ce rapport présente les actions menées et les résultats acquis en 2010 dans le cadre de la surveillance chimique du ROCCH (Réseau d'Observation de la Contamination chimique) en Martinique. Il est rédigé dans le cadre de la convention 2010 entre l'Office de l'Eau de la Martinique et l'Ifremer (Lettre-contrat n° 10 / 5 210 538 / F). Le suivi des contaminants dans le bivalve indicateur Isognomon alatus porte sur 4 points échantillonnés deux fois par an (février et novembre). Les résultats acquis en 2010 confirment dans une très large mesure ceux acquis de 2002 à 2009. En particulier, les très fortes teneurs en argent de la baie du Marin sont à nouveau observées, de même que celles en DDT, DDD, DDE au même endroit et en PCB de la rivière Lézarde.

Droits : 2011 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00056/16768/14214.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00056/16768/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The heterogeneous nature and sometimes karstified carbonate environments has a direct impact on many environmental issues, such as coastal aquifers affected by saltwater intrusion. At the south of the island of Mallorca (Spain), the Llucmajor carbonate platform offers a privileged site for the study of such intrusions including the experimental site of Campos who meets the intrusion at shallow depth. The characterization of heterogeneous properties passes through a preliminary description of the properties of carbonate reservoirs, including those of the porosity. According to the wide range of sizes of heterogeneities from micrometer to hundreds of meters, the use of multiscale methods is required. This thesis focused on the determination of multiscale porosities from the microporosity to karstic porosity, and of relationships between observation scale changes of these properties. At the micron scale, high-resolution X-ray microtomography allows to extract the microporosity and the microporous network connectivity. At lower resolution (mm), X-ray tomography is also used to study the micro- and macro-porous network at the core scale which is already allocated to number of observations and measurements, including petrophysical. At the borehole scale, the wall images are used to identify the dissolved zones from centimeter macropores to plurimetric karstic cavities. At the larger scale, surface geophysics study the lateral extension of the karsts and heterogeneities. Finally, the porous structure of the studied site is integrated with its wide range of scales into the regional geology of the Llucmajor platform. Thus, the hydrogeophysical observatory set up on the site of Campos to monitor the spreading of salt water in the aquifer is integrated in its geological and petrophysical context, in order to refine the interpretation of its variations of salinity measurements during the time.
La nature hétérogène et parfois karstifiée des milieux carbonatés a un impact direct sur nombre de problématiques environnementales, comme celle des aquifères côtiers affectés par une intrusion d'eau salée. Au sud de l'ile de Majorque (Baléares, Espagne), la plate-forme carbonatée de Llucmajor offre un site privilégié pour l'étude de telles intrusions notamment avec le site expérimental de Campos, qui rencontre l'intrusion à faible profondeur. La caractérisation des propriétés hétérogènes du réservoir passe par une description préalable des propriétés des réservoirs carbonatés et notamment celle de la porosité. Au regard de la large gamme d'échelles d'hétérogénéités allant du micromètre à la centaine de mètre, l'utilisation de méthodes multi-échelles est nécessaire. Ce travail de thèse a porté sur la caractérisation multi-échelle de la porosité, allant de la microporosité à la porosité karstique, et l'établissement de relations entre les changements d'échelles d'observation de ces propriétés. A très petite échelle, la microtomographie haute-résolution à rayons X extrait à l'échelle du micron la microporosité et la connectivité des réseaux microporeux. A plus basse fréquence (celle du mm), la tomographie est également utilisée afin d'étudier le réseau micro- et macroporeux à l'échelle des carottes, à laquelle sont réalisées nombre d'observations et de mesures, notamment pétrophysiques. A l'échelle du puits, les images de paroi permettent d'identifier les zones de dissolution allant des macropores centimétriques aux cavités karstiques plurimétriques. A plus grande échelle, la géophysique de surface permet d'étudier l'extension latérale de ces karsts et hétérogénéités. Enfin, la structure poreuse du site étudié sur cette vaste gamme d'échelles est intégrée à la géologie régionale de la plate-forme de Llucmajor. Ainsi, l'observatoire installé sur le site pour surveiller la propagation de l'eau salée dans l'aquifère a pu être replacé dans son contexte géologique et pétrophysique, afin d'affiner l'interprétation de ses mesures de variations de salinité au cours du temps.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00633488

tel-00633488
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00633488
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00633488/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00633488/file/TheseHebert.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : In SW Yukon – SE Alaska, the boundary between the Pacific and North America plates is characterized by a syntaxis at the transition between the Aleutian subduction to the W and the Fairweather – Queen Charlotte strike-slip faults to the SE. The relative motion is oblique to the main fault structures, and the area is marked by the Yakutat block collision. From the Chugach – Saint Elias mountains in the plate boundary zone (up to 6 000 m high) to the intraplate strike-slip faults, markers of the present-day deformation give information on its partition in the system.During my PhD, I first measure surface deformation using a dense GPS network, deployed up to 500 km inland the North America plate. After precise processing and corrections of transient effects in the area (postseismic and glacial isostatic rebound), a new residual velocity field is produced for the syntaxis area, from which I derive strain rates. Those data allow me to quantify the fault slip rates for Fairweather and southern Denali strike-slip faults, and to characterize a bi-modal deformation pattern: Along the plate boundary, the deformation is localized on large-scale structures (accretionary prism to the W, Fairweather to the E); In the syntaxis area, strain rates are the highest and the GPS data shows a diffuse intraplate deformation, similar to an indentor pattern. The Yakutat block seems to strongly drive the North America plate deformation.This indentor pattern induces strong lateral variations on the large intraplate faults: the Denali – Totschunda – Duke River system. In a second part, I realize a regional geomorphological study to characterize the role and slip rate of those faults. From very high-resolution Digital Elevation Models (~ 1 m), a detailed cartography is done. On the basis of fieldwork observations, I measure offsets of fluvial and glacial markers, which are sampled for dating. A dextral cumulative deformation is highlighted on the northern Denali Fault, where as all southern Denali is marked by vertical deformation. This study allows me to quantify new slip rates for the system Denali – Totschunda – Duke River, and to show the leading role of the Totschunda (~ 14 mm/a) and Duke River (~ 6 mm/a) faults, contrary to the Denali Fault (~ 1 mm/a) North of the syntaxis.The new tectonic model for the Yakutat collision provides an important case study for the understanding of indentor systems. The concomitance of a rigid-block deformation (to the West) and diffuse deformation (to the East), as well as the near-zero slip rate on the lithospheric-scale southern Denali Fault highlight the major control of boundary conditions and the structural heritage on the orogen deformation.
Au SO Yukon – SE Alaska, la frontière entre les plaques Pacifique et Nord-Amérique est marquée par une syntaxe à la transition entre la subduction des Aléoutiennes à l’O et le décrochement de Fairweather – Queen Charlotte au SE. Le mouvement relatif est oblique et la région est marquée par la collision du bloc Yakutat. De la chaine des Chugach – Saint Elias en frontière de plaque (jusqu’à 6 000 m d’altitude) aux grands décrochements intraplaque, les marqueurs de la déformation actuelle apportent des informations sur sa partition dans ce système.Au cours de cette thèse, je m’intéresse dans un premier temps à mesurer la déformation de surface à l’aide d’un réseau GPS dense, déployé jusqu’à 500 km à l’intérieur de la plaque Nord-Amérique. Après un travail minutieux de traitement des données et de correction des effets transitoires (rebond post-glaciaire et post-sismique), un champ de vitesses résiduelles robuste et inédit est produit au niveau de la syntaxe, dont je dérive des taux de déformation. Ces données me permettent de quantifier les vitesses de glissement les failles décrochantes de Fairweather et Denali au Sud, et également de caractériser une déformation bimodale : En frontière de plaques, la déformation est localisée sur les grandes structures (prisme d’accrétion à l’O, Fairweather à l’E) ; Au niveau de la syntaxe, les taux de déformation sont les plus importants et les données GPS mettent en évidence une déformation intraplaque diffuse, similaire à un champ attendu à l’aplomb d’un indenteur. Le bloc Yakutat semble donc contrôler fortement la déformation de la plaque Nord-Amérique.Ce champ de déformation induit des variations latérales fortes sur les grandes failles intraplaque : le système Denali-Totschunda-Duke River. Dans une seconde partie, je réalise une étude géomorphologique régionale pour caractériser le rôle et la vitesse de ces failles. À partir de Modèles Numériques de Terrain très haute résolution (~ 1 m), une cartographie de détail est réalisée. Puis une mission de terrain me permet de mesurer des décalages sur des marqueurs fluviatiles et glaciaires et collecter des échantillons pour les dater. Je mets en évidence une déformation cumulée dextre sur le segment Nord de la faille de Denali, alors que toute la partie Sud déforme verticalement la surface. Cette étude me permet de quantifier de nouvelles vitesses de failles sur le système Denali-Totschunda-Duke River, et de montrer le rôle prépondérant des failles de Totschunda (~ 14 mm/a) et Duke River (~ 6 mm/a) contrairement à la faille de Denali (~ 1 mm/a) au Nord de la syntaxe.Le nouveau modèle cinématique proposé pour la région de collision Yakutat permet d’apporter un nouvel exemple à la compréhension des systèmes d’indenteur. La concomitance d’une déformation de blocs (à l’Ouest) et diffuse (à l’Est), ainsi que l’absence de déformation sur la faille lithosphérique de Denali Sud met en évidence le contrôle majeur des conditions aux limites et de l’héritage structural dans la déformation des orogènes.
https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01241688

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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The recent accumulation of genomic sequence data has shown that gene evolution is not strictly tree-Like. Many evolutionary processes, like exon shuffling, gene fusion or nonhomologous recombination remodel genes by creating composite structures that are made from parts with different evolutionary histories. The development of sequence similarity networks provides an analytical framework to study the impact of these processes on molecular evolution, by structuring the resemblance relationships between sequences and by formalizing, in terms of graph theory, the detection of composite genes (intransitive triplets) and gene families (clique minimal separators). The size of current data sets, typically several million sequences, has also required the development of new tools and methods: sequence comparison parallelization, large networks visualization with Louvain communities and large cycles identification. When applied to eukaryotic and viral genome data sets, these methods have shown that composite genes are found throughout cellular organisms and mobile genetic elements. Proportionally, composite genes are more numerous in eukaryotic genomes; in absolute number, they are more numerous in viruses. In the latter, composite genes functional distribution is biased (enrichment of genes families that are essential for the perpetuation of the viral cycle), and the various parts of composite genes sometimes even originate from the genetic material of different viral classes. More generally, the extent of combinatorial processes, by unravelling other evolutionary bonds than homology bonds in the strictest sense, legitimates a pluralistic study of similarity relationships between sequences.
L’accumulation récente de données de séquences génomiques a montré que l’évolution des gènes n’est pas strictement arborescente. De nombreux processus évolutifs, comme l’exon shuffling, la fusion de gènes ou la recombinaison illégitime remodèlent les gènes, créant des structures composites, formées de parties dont les histoires évolutives sont différentes. Le développement de réseaux de similarité de séquences fournit un cadre analytique permettant d’étudier l’impact de ces processus sur l’évolution moléculaire, en structurant les relations de ressemblance entre séquences et en formalisant en termes de graphes la détection de gènes (triplets intransitifs) et de familles de gènes (cliques minimales séparatrices) composites. La taille des jeux de données actuels, de l’ordre de plusieurs millions de séquences, a également requis le développement de nouveaux outils et méthodes : parallélisation des comparaisons de séquences, visualisation de très grands réseaux par simplification en communautés de Louvain et identification de grands cycles. Appliquées à des jeux de données de génomes eucaryotes et viraux, ces méthodes ont démontré la présence de gènes composites dans tout le vivant et les éléments génétiques mobiles. En proportion, les gènes composites sont plus nombreux dans les génomes eucaryotes ; en nombre absolu, ils sont plus nombreux à être portés par des virus. Chez ces derniers, la distribution fonctionnelle des gènes composites est biaisée (enrichissement dans les familles essentielles pour la perpétuation du cycle viral), et les éléments des gènes composites trouvent même parfois leurs origines dans le matériel génétique de classes virales différentes. Plus généralement, l’étendue des processus combinatoires, en révélant des liens évolutionnaires autres que les liens d’homologie au sens fort, justifie une étude pluraliste des relations de similarité entre séquences.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127379

NNT : 2014PA066358
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
Cet article est issu d'une conférence donnée à " La Science en Fête ". Il propose un panorama des méthodes cryptographiques à travers le temps. Les chiffres de César et de Vigenère sont décrits et analysés, puis la mécanisation du chiffrement fait son apparition avec le cylindre de Jefferson et la célèbre machine ENIGMA utilisée pendant la seconde guerre mondiale. Au vingtième siècle, la nécessité de communiquer sur un réseau informatique entraîne l'invention de systèmes à clés publiques, dont le RSA utilisé actuellement dans plus de 85% des communications chiffrées. La part toujours actuelle des systèmes classiques est présentée avec la description du Digital Encryption Standard (DES). Enfin, la dernière Section explique l'utilisation du RSA et du DES dans le processus d'authentification des CB à puces.
Repères IREM

hal-00771949
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00771949

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Guide
La mise en place de la gestion forestière en Guyane est très récente: ce n’est qu’à partir de 1990 et de la prise de conscience consécutive à la conférence de Rio qu’une véritable politique de gestion et de valorisation de la forêt guyanaise est entreprise par l’ONF sous la commande de l’Etat. Depuis ses débuts, cet effort porté par les gestionnaires forestiers publics a été accompagné par toute la communauté scientifique guyanaise sous l’égide d’un groupement d’intérêt scientifique focalisé sur le milieu forestier : le GIS SILVOLAB, aujourd’hui élargi aux autres disciplines sous le nom d’IRISTA. Les développements méthodologiques réalisés depuis 1994 avec la communauté scientifique ont déjà permis la rédaction d’un guide pratique d’aménagement spécifique à la Guyane (ONF mars 2009). Après plus de 20 ans de recherche (ce qui à l’échelle du pas de temps forestier est très peu), il demeure un manque de connaissances sur le fonctionnement de la forêt dense tropicale humide et plus particulièrement sur les effets du milieu sur la distribution des espèces et la dynamique du peuplement. En attendant que la recherche apporte des réponses aux questions qui restent posées, ce sont aujourd’hui les connaissances acquises en écologie des communautés et des populations avec nos partenaires de l’UMR Ecofog (regroupement d’AgroParisTech, de l’INRA, du CIRAD, du CNRS et l’Université des Antilles et de la Guyane) qui permettent la rédaction de ce premier guide sylvicole applicable aux forêts guyanaises. Le programme BGF «Biodiversité et Gestion Forestière» financé par le Ministère chargé de l’Environnement sur l’appel à projet ECOFOR (2006) a particulièrement contribué à la réflexion engagée pour ce document, de même que les travaux de fonds engagés depuis de nombreuses années par le CIRAD sur le site de Paracou et par l’ONF sur les forêts pilotes de Risquetout et d’Organabo (réseau de placettes permanentes GUYAFOR). Le programme DYGEPOP, financé plus récemment par l’Union Européenne (PO-FEDER) a permis de compléter et synthétiser ces résultats pour aboutir à la rédaction de ce guide. Le présent guide de sylviculture a pour objectif de synthétiser l’ensemble des connaissances scientifiques acquises au cours de ces dernières années concernant l’écologie des forêts guyanaises et leurs applications en termes de règles sylvicoles. Le guide s’accompagne d’annexes donnant des descriptifs précis des dispositifs scientifiques dont sont tirés ces résultats, ainsi qu’une revue bibliographique exhaustive des études exploitées pour asseoir ces premières bases sylvicoles qui restent évidemment largement améliorables. En complément de ce guide, sera rédigée, une note d’application régionale qui constituera une déclinaison opérationnelle des actions à mettre en œuvre qui viendra compléter ou modifier les différents processus. Nous tenons à préciser ici que ce document ne concerne que la sylviculture pour le bois d’œuvre. L’exploitation de bois énergie constitue en soi un changement d’objectif qui amène des préconisations différentes notamment dans le choix des tiges et dans le niveau de prélèvements et fera l’objet en temps et en heure d’un document spécifique.
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01503730

hal-01503730
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01503730

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Cell signaling contains the whole biological mecanisms allowing the response of a cell to its microenvironnement in an adapted way. Many extremely intertwinned biological reactions are involved in a network that behaves as a complex system. The understanding of cell response requires the development of data acquisition technics and methods to formalize data into models. This point is the main drive of this thesis. We present here two approaches in order to analyse different granularities of cell signaling. In the first one, we used differential model to study the role of a new component of TGF-β canonical pathway. In the second one, we explored the combinatorial complexity of cell signaling, developing a discrete formalism based on guarded transitions. In this approach, we interpreted the whole database Pathway Interaction Database into a single unified model of signal transduction. Simulation and analysis methods, such as reachability and invariance research, have been developed. The interests are presented through an application on cell cycle regulation by cell signaling, and a global analysis on the regulation of genes compared to experimental data.
La signalisation cellulaire regroupe l'ensemble des mécanismes biologiques permettant à une cellule de répondre de façon adaptée à son microenvironnement. Pour ce faire, de nombreuses réactions biologiques entrent en jeux avec un important enchevêtrement, créant ainsi un réseau dont le comportement s'apparente à un système complexe. Le compréhension de la réponse cellulaire à une stimulation passe par le développement conjoint des techniques d'acquisition de données, et des méthodes permettant de formaliser ces données dans un modèle. C'est sur ce dernier point que s'inscrivent les travaux exposés dans cette thèse. Nous présentons ici deux approches visant à répondre à des questions de natures différentes sur la signalisation cellulaire. Dans la première nous utilisons un modèle différentiel pour étudier le rôle d'un nouvel interactant dans la voie canonique du TGF-beta. Dans la seconde nous avons exploré la combinatoire de la signalisation cellulaire en développant un formalisme discret basé sur les transitions gardées. Cette approche regroupe l'interprétation de la base de données Pathway Interaction Database dans un unique modèle dynamique de propagation du signal. Des méthodes de simulations et d'analyses inspirées des techniques de vérification de modèles telles que l'atteignabilité et l'invariance ont été développées. En outre, nous avons étudié la régulation du cycle cellulaire en réponse à la signalisation, ainsi que la régulation des gènes de notre modèle en comparaison avec des données d'expressions.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00926487

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
tel-00926487
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Résumé : La situation épidémiologique de la maladie de l'anneau brun et accessoirement les croissances et mortalités observées dans le cadre du réseau de suivi des élevages et gisements naturels de palourdes, en Bretagne, en 1991 sont présentées. En élevage, la situation demeure assez contrastée avec une majorité de semis faiblement infestés (moins de 20 % d'anneaux bruns) et quelques semis fortement atteints, soit en secteurs sensibles (Brouennou, Finistère) soit à la suite de transferts de juvéniles de gisements naturels (Morbihan). Ces gisements naturels sont en majorité contaminés, à des taux faibles (inférieurs à 10 %).

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00081/19191/16786.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00081/19191/

Résumé : Le présent ouvrage -en quatre volumes- constitue le Document Technique de bilan réalisé à l'issue de dix années de fonctionnement du Réseau National d'Observation de la Qualité du Milieu Marin (RNO). Il marque une étape importante dans l'évolution des programmes de surveillance du littoral français, la troisième de ce type depuis sa mise en place en juin 1974.

Droits : Ifremer, Secrétariat d'Etat auprès du Premier Ministre chargé de l'Environnement
http://archimer.ifremer.fr/doc/00082/19304/16898.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00082/19304/