Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
La zoochorie (transport des graines par les animaux) joue un rôle prépondérant dans les forêts tropicales. L'action de la faune sur la régénération forestière est analysée en fonction des co-évolutions s'étant développées entre plantes et animaux frugivores. Différentes associations entre certains types de fruits et certains groupes de mammifères ou d'oiseaux sont décrites, en insistant sur la spécificité de la dissémination qui en résulte. Celle-ci est le plus souvent hétérogène dans des sites plutôt favorables au développement des plantules. Ces diverses modalités de dissémination concourent autant à la colonisation de sites nouveaux qu'au maintien des espèces végétales dans un environnement donné. Dans le cas des plantes pionnières, la distribution est plus homogène et contribue à alimenter la banque de graines du sol. Ces graines entrent en dormance et ne germeront qu'après une ouverture de la canopée. La chasse des animaux frugivores pourrait avoir de lourdes conséquences pour certaines espèces végétales notamment.
ISSN: 0035-2829

hal-01032118
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032118

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
Eperua falcata Aublet est une espèce très abondante en forêt tropicale humide guyanaise. Elle présente une structure spatiale particulière, en agrégats se développant autour des bas-fonds. L'étude des peuplements sur le dispositif de Paracou et sur les placettes permanentes (ONF-Cirad) a permis de caractériser cette structure spatiale et sa dynamique et d'évaluer l'influence des conditions édaphiques sur la structuration spatiale. Ces analyses permettront ainsi de caractériser le tempérament et la stratégie d'Eperua falcata pour se maintenir dans ce milieu très compétitif qu'est la forêt tropicale humide. Eperua falcata est plus densément installé en engorgement moyen de bas de pente, ses performances sont elles aussi plus élevées dans cette zone. Cette espèce présente donc une préférence pour certaines conditions édaphiques. Ses performances (croissance, diamètre moyen et maximum, etc.) dans l'ensemble bonnes partout n'indiquent pas de limitation à l'expansion des agrégats. Cependant certains semblent limités par des sols à drainage vertical qui présenterait une disponibilité hydrique insuffisante en saison sèche. Cette contrainte agirait a priori sur les jeunes stades de développement des arbres. La structure spatiale agrégée d'Eperua falcata serait conditionnée essentiellement par la faible distance de dissémination de ses graines et par les conditions édaphiques. Les peuplements d'Eperua falcata avanceraient le long du réseau de bas-fonds en multiples digitations qui s'échapperaient progressivement de ces zones hydromorphes jusqu'à atteindre des sols à drainage vertical situés sur les plateaux qui stopperaient leur propagation.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189221

hal-01189221
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PRODINRA : 16384

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : données, méthodes disponibles auprès de l'auteur
In tropical forest communities, interspecific competition and recruitment limitation by dispersal are two general mecanisms of tree species coexistence. Their role in regeneration remains poorly known, even though it is essential to understand them to better adress the gestion of exploited forests. In this work, environemental conditions and intraspecific relations were taken into account in the analysis of juvenile distribution. Fifteen species were retained according to a gradient of shade-tolerance and various seed dispersal modes. Statistical modelling of local density was used to link the success of installation with environnemental conditions and distances to adults simultaneously. Model prediction evidenced the gradient of shade-tolerance among studied species and revealed different installation curves related to dispersal modes.
Dans les communautés de forêt tropicale humide, la compétition interspécifique et la limitation du recrutement par la dispersion ont généralement invoquées pour expliquer la coexistence de nombreuses espèces d'arbres. Le rôle de ces mécanismes dans la régénération reste peu connu, bien que leur compréhension soit essentielle pour la gestion des forêts exploitées. Dans ce travail, les conditions du milieu et les relations intraspécifiques ont été prises en compte dans l'analyse des distributions de juvéniles. Quinze espèces non pionnières ont été sélectionnées selon un gradient de tolérance à l'ombre et des modes de dispersion variés. La modélisation statistique de la densité locale a permis de relier le succès d'installation des juvéniles aux conditions du milieu et aux distances aux arbres adultes simultanément. Les prédictions des
modèles confirment le gradient de tolérance parmi les espèces étudiées et révèlent des courbes d'installation différentes selon le mode de dispersion.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00297707

tel-00297707
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00297707/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00297707/file/PhD_regeneration_Olivier_Flores.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, SDAR/ERIST, Domaine Duclos, F97170 Petitt-Bourg (Guadeloupe) Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
ln French Guiana, the mangrove covers almost ail the coastline. It results original because of a dynamic influenced by the system of the amazon muds' dispersion. The coastline's variations are important and the mangrove growing there constitutes various facies. To understand the structure and dynamic of this forest, a test-site has been selected at the Kaw river's estuary. Field measurements of structure parameters permited to identify 3 major types of mangrove forests with different developement stages. Relations between the measured parameters show the facies'dynamic with a self-thinning phnomenon then a gap regeneration. Correlations between structure parameters and corresponding spectral parameters extracted from an IKONOS image have been tested. The use of texture indexes are discussed. Then, a classification of the image reveals the spatial distribution of the facies Parallely, the constitution of a temporal series from 1950 to 2001, base on various remote sensed datas, shows the evolution of the coastline and the associated mangrove. During this period, succeed accretion phases (1950-1981; 1991-2001) and erosion phase (1981-1991). A theorical ages map of the forest stands are also established. Relating with the facies map, it explains the complex evolution of limited Rhizophora zones. A comparison with Sinnamary test-site is made and futurs researches considered.
En Guyane française, la mangrove couvre l'essentiel du littoral. Elle tire son originalité d'une dynamique influencée par le système de dispersion des boues amazoniennes. Les variations de la ligne de côte sont alors importantes et les mangroves s'y développant constituent des faciès variés. Pour mieux comprendre la structure et la dynamique de ces mangroves, un site atelier a été choisi au niveau de l'estuaire de la rivière de Kaw. Les mesures sur le terrain de paramètres de structure des peuplements permettent d'identifier 3 grands types de forêt avec différents stades de développement. Des relations entre les différents paramètres mesurés mettent en évidence la dynamique de ces faciès, basée sur un phénomène d'auto-éclaircie puis une régénération par chablis. Un essai de corrélation entre paramètres de structure et paramètres spectraux correspondant sur une image IKONOS a été faite. L'apport des indices de texture est discuté. Une classification de l'image montre la distribution spatiale des faciès. Parallèlement, la reconstitution d'une série temporelle de 1950 à 2001 à partir de données de télédétection variées permet de suivre l'évolution de la côte et de la mangrove associée. Pendant cette période se succèdent phases d'accrétion (1950-1981 ; 1991-2001) et phase d'érosion (1981-1991). Une carte des âges théoriques des peuplements est également établie. Mise en relation avec la carte des faciès, elle explique notamment l'évolution complexe des zones limitées de mangrove à Rhizophora. Une comparaison avec le site de Sinnamary est faite et de futures recherches envisagées.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189238

hal-01189238
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189238
PRODINRA : 18075

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : L’incendie de forêt reste incontestablement un des facteurs de dégradation les plus dévastateurs dans le bassin méditerranéen, lequel est caractérisé par une végétation très inflammable et des conditions climatiques chaudes et sèches. Le Maroc, pays du pourtour méditerranéen, n’est pas épargné par ce fléau, avec 3000 ha de forêts qui partent annuellement en fumée ; cette situation est aggravée par les difficultés de régénération et de restauration des espaces, marqués par une vulnérabilité naturelle telle que celle de la Mâamora. Pour répondre à cela, la conception d’un plan d’aménagement anti-feux visant à conférer à la forêt de la Mâamora une immunité élevée contre les incendies, nécessite non seulement une connaissance approfondie du milieu, mais aussi une analyse appropriée du phénomène « incendie ». La présente étude qui se penche sur le diagnostic et l’analyse des incendies survenus en Mâamora, a permis de constater que les zones d’interface homme-forêt (routes, douars, etc.) n’ont pas d’influence sur l’occurrence des incendies. Il ressort également que l’activité pastorale, pratiquée d’une certaine façon, pourrait jouer un rôle important dans la diminution des risques d’incendie. En outre l’étude révèle que la charge du combustible représente le facteur prépondérant qui régit à la fois l’éclosion des incendies et leur propagation, cette charge étant étroitement liée à la qualité de la station (sol et pluviométrie).
Forest fires are the main disturbance and the degradation factor most devastating that can affect forested areas, especially in the Mediterranean basin when species are highly flammable and climate conditions are marginal. Morocco as a Mediterranean country is not spared from this phenomenon, thus 3000 ha of forest are burned every year, and this situation is aggravated by the low rate of regeneration and restoration of the unbalanced ecosystems such as the Mâamora. To mitigate this situation, the establishment of an effective management plan for forest fire prevention requires not only an intimate knowledge of environment but also a perfect analysis of fire phenomenon. Therefore in this study, we focused our diagnosis on the analysis of old fires occurred in the past in Mâamora forest. The study highlighted that human-forest interface areas (roads, villages) have no influence on fires occurrence. Besides it was shown that grazing practiced in a well-balanced way, could play a key role in reducing fire hazards. In addition the study reveals that fuel load of is the major factor that governs both fire ignition and fire spread of, this load is closely related to site quality (soil and rainfall)
Maroc

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.10978
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/10978

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : La dégradation de l’arganeraie fait toujours l’objet d’un débat acharné et éclairé d’un intérêt considérable de la part du public, de la presse et des milieux universitaires. Plusieurs études ont été faites pour trouver des explications et des solutions à ce phénomène. La majorité des résultats de ces travaux avancent les conséquences négatives de l’élevage caprin sur l’écosystème arganeraie dont la réduction de la surface est importante et a tendance à s’accélérer sans être compensée spontanément parce que la régénération naturelle de l’arganier ne s’effectue plus, et ceci en raison de plusieurs facteurs : urbanisation, sécheresses, cultures intensives et extensives sous les arbres en plaine et sur les plateaux (en irrigué et en bour), et surtout, selon ces études, le surpâturage par les éleveurs de chèvres. Dans cette étude, nous n’allons pas jauger le bien-fondé de ces résultats. Cependant, l’argument et l’hypothèse que nous choisissons sont que la conjugaison du surpâturage avec d’autres facteurs parmi lesquels, essentiellement, le succès récent de l’huile d’argane à l’étranger, va bousculer les savoirs écologiques liés au troupeau et à sa conduite dans l’arganeraie. Cela entraîner leur forte érosion et contribue à déstabiliser l’équilibre séculaire de ce système agraire articulé autour de trois productions : l’arganier (argane), la culture d’orge (tomzine) et l’élevage de petits ruminants, surtout la chèvre (taghate).
The degradation of the arganeraie is always the object of a debate relentless and lit by a considerable interest on behalf of the public, of the press and by the university circles. Several studies have been made to find explanations and solutions to this phenomenon. The majority of the results of this work suggest the negative consequences of goat farming on the argan ecosystem including the reduction of the surface is important and tends to accelerate and is no longer compensated spontaneously because the natural regeneration of argan no longer takes place and this because of several factors: urbanization; droughts; intensive and extensive crops under trees in the plains and plateaus (irrigated and rainfed), and most importantly, according to these studies, overgrazing by goat herders. In this study, we will not assess the validity of these results. However, our argument and the assumption that we choose is that the combination of overgrazing with other factors among which retain essentially the recent success of argan oil abroad will upset the ecological knowledge related to herd and conduct in the argan tree and cause them severe erosion, destabilizing secular equilibrium of the agrarian system that revolves around three productions: argan (argan), the barley crop (tomzine) and breeding small ruminants especially goats (taghate).
Maroc

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.10342
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/10342

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Gravitropism is a major process in vertical growth as it allows the positioning of plant in the gravity field and thus, for trees, it takes part in the light foraging strategies. Without any gravitropism, trees would adopt a weeping habit or fall on the ground due to the increasing with growth supported weight, especially at the advance regeneration stage (sapling stage) in the understorey, where tree are very slender and poorly stiff. Most of the gravitropic studies are made by physiologists in order to understand the process and thus are associated to complex laboratory methods (genetic engineering, anatomical studies, accurate 2D ou 3D measurements of form changes with time). In order to study the ecological relevance and the specific diversity of gravitropic performances in natural forests, we developed a framework that uses different kinds of datas. Synchronical analysis has been done i) at the population level in large sample of trees and ii) at the tree level from destructive measurement of the dissymmetry maturation strains known to be the main motor of the posture control reaction of trees. In both cases, biomechanical models allows to estimate some aspects of the dynamic gravitropic process. Diachronical analysis has been done in natural conditions on permanent plots, or in a more traditional way, by observing in greenhouse experiments the righting movements of plants artificially tilted. In the first case, the problem is the high variability of natural disturbances and the slowness of growth and movements in the dark understorey. The second choice allows a measurement of a capacity (i.e. the ability of the species to react in quite extreme conditions of verticality disturbance but good for growth light and nutrient conditions) that is more easy to analyse, but is maybe not so relevant for estimating the ecological strategy (some species could have developed a high efficience of gravitropic reaction in natural conditions by avoiding the mechanical disturbance or adapting the reaction to slow growth and changing environments in natural conditions). All approaches use the same basic biomechanical modelling, i) to analyse simultaneously the reaction and the disturbance (due to the weight increase) during growth, or ii) to combine different parameters (geometry, growth, weight, maturation strains) involved in shape changes and posture control. They give a classification of the species according to their gravitropic performances. Results on 15 species are discussed, with relation to shade-tolerance or avoidance.
6th Plant Biomechanics Conference
Cayenne, France

hal-00565956
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00565956

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
absent
ISSN: 0035-2829

hal-01032010
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032010

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecole nationale du génie rural
Résumé :  
La régénération naturelle comprend l'ensemble des processus biologiques et écologiques qui permettent aux peuplements de se renouveler. L'article s'attache à décrire synthétiquement l'ensemble des facteurs et des paramètres auxquels sont soumis les végétaux arborés lorsqu'il y a reproduction par voie sexuée. Les stades de la germination, de la plantule, de la jeune tige sont ainsi successivement décrits et les caractéristiques principales du contexte écologique dans lequel ils se déroulent, la forêt tropicale humide, sont mises en relief.
ISSN: 0035-2829

hal-01032116
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032116

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
Development of hepatocellular carcinoma (HCC) is a complex and progressive disease that involves cycles of liver cell death, inflammation, and tissue regeneration/remodelling. Chemokines and chemokine receptors play numerous and integral roles in the disease progression of HCC. Here we investigated the novel chemokine receptor CXCR7/RDC1 in HCC progression, its two known ligands CXCL12 and CXCL11, as well as the other CXCL12 receptor, CXCR4. Our results show that in a cohort of 408 human HCCs, CXCR7 and CXCL11 were significantly higher in tumours compared to normal liver controls (5- and 10-fold, respectively). Immunohistochemical (IHC) staining on human HCC sections confirmed that both CXCL11 and CXCR7 were much higher in cancer tissues. Furthermore, IHC staining revealed that CXCR7 protein was only expressed in endothelial cells whereas CXCL11 exhibited a much broader tissue expression. At the cellular level we observed that in vitro, human microvascular endothelial cells (HMEC-1) up-regulated CXCR7 under hypoxic and acidic pH conditions, which are well known characteristics of the HCC tumour micro-environment. As for its ligand, we observed that IFNγ robustly induced CXCL11 in hepatic stellate cells, hepatocytes, and HMEC-1s. In addition, in the mouse Diethylnitrosamine model of hepatocarcinogenesis we observed a very strong induction of CXCR7 and CXCL11 transcripts, confirming that CXCR7/CXCL11 up-regulation is conserved between human and mice liver cancer. Altogether, our results strongly support the hypothesis that the CXCL11/CXCR7 pathway is involved HCC progression.
ISSN: 0959-8049

hal-00682463
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00682463
DOI : 10.1016/j.ejca.2011.06.044
PUBMED : 21778049

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
The brain of the adult teleost fish exhibits intense neurogenic activity and an outstanding capability for brain repair. Remarkably, the brain estrogen-synthesizing enzyme, aromatase B, is strongly expressed, particularly in adult fishes, in radial glial cells, which act as progenitors. Using zebrafish, we tested the hypothesis that estrogens affect adult neurogenesis and brain regeneration by modulating the neurogenic activity of radial glial cells. To investigate this, the estrogenic environment was modified through inhibition of aromatase activity, blockade of nuclear estrogen receptors, or estrogenic treatments. Estrogens significantly decreased cell proliferation and migration at the olfactory bulbs/telencephalon junction and in the mediobasal hypothalamus. It also appears that cell survival is reduced at the olfactory bulbs/telencephalon junction. We also developed a model of telencephalic lesion to assess the role of aromatase and estrogens in brain repair. Proliferation increased rapidly immediately after the lesion in the parenchyma of the injured telencephalon, while proliferation at the ventricular surface appeared after 48 h and peaked at 7 days. At this time, most proliferative cells express Sox2, however, none of these Sox2 positive cells correspond to aromatase B-positive radial glial cells. Interestingly, aromatase B expression was significantly reduced 48 h and 7 days after the injury, but surprisingly, at 72 h after lesion, aromatase B expression appeared de novo expressed in parenchyma cells, suggesting a role for this ectopic expression of aromatase in brain repair mechanisms. Altogether these data suggest that estrogens modulate adult, but not reparative neurogenesis, in zebrafish.
ISSN: 0018-506X

inserm-00831715
http://www.hal.inserm.fr/inserm-00831715
DOI : 10.1016/j.yhbeh.2012.04.003
PUBMED : 22521210

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
La lumière est le principal facteur limitant de la croissance en forêt tropicale humide. Malgré 1% du rayonnement incendie disponible en sous-bois, les jeunes arbres doivent rejoindre la canopée pour assurer la régénération du couvert. La compétition pour l'accès à la lumière est forte, et leur stabilité mécanique est souvent perturbée. La gravité étant un facteur omniprésent , tout déséquilibre entraîne des flexions de l'arbre et peut-être dramatique. Les arbres peuvent cependant palier ces déséquilibres en réorientant leurs axes par gravitropisme. Les "moteurs" des réorientations dans les axes lignifiés, sont la croissance radiale, la différentiation de bois de réaction et souvent, une croissance radiale excentrée.La capacité au redressement dépend aussi des dimensions des axes. Ces différents paramètres modulent donc la réponse gravitropique. Les réorientations dépendent de la croissance et donc également des ressources en lumière. Ce travail avait pour buts de quantifier l'impact de la croissance radiale sur le redressement d'une espèce tropicale et de mettre en évidence d'éventuelles différences d'efficience, de réorientation des arbres en fonction de la disponibilité en lumière. La réponse gravitropique de jeunes Symphonia globulifera artificiellement inclinés a été étudiée sous deux niveaux de lumière (1% et 25%°). L'importance de la croissance radiale dans la réaction gravitropique a été quantifiée par une analyse cinématique du redressement et l'utilisation d'un modèle biomécanique simple. Ce travail montre que même à 1% de lumière, les arbres ont une réponse gravitropique. L'efficience de réaction est d'ailleurs plus forte qu'à 25% de lumière. Cette réaction semble donc être une fonction prédominante pour les plantes en sous-bois. Nous avons également montré que le redressement est fortement corrélé à la vitesse de croissance radiale. Les données obtenues complètent celles déjà acquises sur des espèces tempérées. Elles permettront des comparaisons interspécifiques du processus gravitropique et serviront à valider des modèles biomécaniques plus complexes que celui utilisé dans cette étude.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189227

hal-01189227
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189227
PRODINRA : 16967

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : 4 tables
absent
ISSN: 1164-5563

hal-01032377
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032377

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley-Blackwell
Résumé : International audience
We show that MLCK (myosin light chain kinase) plays a key role in cell cycle progression of hepatocytes: either chemical inhibitor ML7 or RNA interference led to blockade of cyclin D1 expression and DNA replication, providing evidence that MLCK regulated S phase entry. Conversely, inhibition of RhoK by specific inhibitor Y27632 or RhoK dominant-negative vector did not influence progression in late G1 and S phase entry. Inhibition of either MLCK or RhoK did not block ERK1/2 phosphorylation, whereas MLCK regulated ERK2-dependent p70S6K activation. In addition, DNA synthesis was reduced in hepatocytes treated with p70S6K siRNA, demonstrating the key role played by the kinase in S phase entry. Interestingly, after the G1/S transition, DNA replication in S phase was no longer dependent on MLCK activity. We strengthened this result by ex vivo experiments and evidenced an MLCK-dependent window in late G1 phase of regenerating liver after two-thirds partial hepatectomy. In conclusion, our results underline an MLCK-dependent restriction point in G1/S transition, occurring downstream of ERK2 through the regulation of p70S6K activation, and highlighting a new signaling pathway critical for hepatocyte proliferation.
ISSN: 0270-9139

hal-00702089
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00702089
DOI : 10.1002/hep.21222
PUBMED : 16799973

Résumé : Le maintien de ressources génétiques suffisamment larges est nécessaire pour assurer la viabilité et le potentiel évolutif des populations naturelles. Cette thèse a le principal objectif de caractériser la diversité et la variabilité génétique chez le genre Virola (Myristicaceae) pour décrire les processus évolutifs qui en sont à l'origine. Premièrement,une étude de la régénération d'un échantillonnage exhaustif de V. michelii a été menée dans une parcelle du dispositif expérimental de Paracou ayant subi une exploitation forestière de faible intensité et comparée à une parcelle témoin. La diversité génétique mesurée à partir de marqueurs AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism, N=229) en zones perturbées s'est révélée être plis grande qu'en zone non-perturbées. Puis, l'adaptation locale a été étudiée à travers ces mêmes individus et certains loci (AFLP) montrent une sélection divergente pour des environnements contrastés, indiquant un signe d'adaptation. Enfin, l'étude des niveaux de divergence génétique chez trois espèces de Virola du bouclier guyanais (V. michelii, V. surinamensis et V. kwatae) montrent que deux d'entre elles (V. surinamensis et V. kwatae) montrent de fortes similarités génétiques malgré leur distribution sur des environnements contrastés. des Flux de gènes intersécifiques ont été mis en évidence chez ces deux espèces-soeurs et l'hypothèse d'une spéciation écologique est avancée. Ce travail a permis d'aborder différents processus évolutifs à l'origine de la diversité génétique actuelle chez ces espèces forestières tropicales et peut fournir une contribution pour appréhender le devenir des populations.
Genetic diversity is an essential component of biodiversity. The maintenance of sufficient genetic resources is needed to ensure the adaptive potential and the viability of natural populations. In the current context of global changes, the study of adaptation in living organisms is a key task, particularly for tropical forest trees that are dominant components (in terms of biomass and as ecological drivers) of some of the most diverse ecosystems on Earth. The main objective of this thesis is to characterize genetic diversity and genetic variability to understand the evolutionary processes that act on them. This ecological-genetic study was carried out at the interspecific and intraspecific level in the Virola genus.If overall high levels of genetic diversity are a guarantee of prosperity for the future of the species, it seems essential to perform studies on the impact of environmental disturbance on genetic diversity. In the first section, the genetic consequences of regeneration dynamics were studied in an exhaustive sample of V. michelii in a low-intensity logging plot and in a control plot at the Paracou experimental site. A greater genetic diversity, measured from AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism, N = 229), was found in perturbed areas. Because studying genetic diversity within species may be useful for understanding species adaptation to environmental changes, in the second section. I studied local adaptation in a population of V. michelii on the Paracou experimental site. A genome scan approach with AFLPs (N = 229) was conducted on 77 adult individuals and 401 juveniles to identify genetic differences between populations associated to contrasting conditions for an array of environmental variables. Some loci (N = 2) were found to be subject to divergent selection, indicating adaptation to contrasting habitats.In the third section, the study of levels of genetic divergence in three Virola species of the Guiana Shield (V. michelii, V. surinamensis and V. kwatae) was investigated for nuclear and chloroplast molecular markers. V. surinamensis and V. kwatae showed strong genetic similarities despite their contrasting habitats preferences. Coalescent analyses have revealed, on one hand, a recent divergence between these two species suggesting an ecological speciation, and one the other hand that interspecific gene flow occurs between these sister-species.This work focuses on understanding evolutionary processes shaping genetic diversity and provides a useful contribution for biodiversity conservation programs.

http://www.theses.fr/2011AGUY0480/document

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Traffic air pollution is a major health problem and is recognized as an important risk factor for cardiovascular disease. Even so the role of particles-induced adverse health effects is well established, recent studies outlined the contribution of nitrogen dioxide (NO2) in these effects, in particular on the cardiovascular function. The main sources of this pollutant are oxidation catalysts used to reduce emissions of carbon monoxide and non-methane hydrocarbons from the exhaust of diesel engines and also to facilitate filter regeneration. However, the contribution of NO2 compared to other gaseous and particulate pollutants remains unknown. Consequently, the main objective of this study was to analyze the specific contributions of NO2 in the traffic-related air pollution-induced cardiovascular adverse effects. For this, Wistar rats were exposed for 3 weeks (3h/day, 5 days/week) to either a continuous flow of catalyzed diesel exhaust (DE), particle free or whole DE (particles concentration 2mg/m3), either to a continuous flow of NO2 used at a concentration identical to that measured in the exhaust line. The composition of the emission and the NO2 analyses were monitored on-line during the whole experiment. We evaluated cardiac function and biological effects after 16h recovery in clean air. DE or NO2 exposures induced a modest cardiac dysfunction characterized by an increase in left ventricular diameters and a decrease in fractional shortening. In the case of DE, the presence of particles did not worsen the impairment of cardiac function. In parallel to this effect, mitochondrial function was altered as illustrated by the reduction of the oxygen consumption and of the ATP production. Mitochondrial reactive oxygen species was increased only by the NO2 exposure. In conclusion, these results suggest that DE-induced cardiac dysfunction is due to, at least in part, to NO2 present in DE.
Archives of Cardiovascular Diseases Supplements
Toulouse, France

hal-01150495
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01150495
DOI : 10.1016/S1878-6480(15)30036-7

Éditeur(s) : HAL CCSD European Geosciences Union
Résumé : International audience
Natural disturbances are the dominant form of forest regeneration and dynamics in unmanaged tropical forests. Monitoring the size distribution of treefall gaps is important to better understand and predict the carbon budget in response to land use and other global changes. In this study, we model the size frequency distribution of natural canopy gaps with a discrete power law distribution. We use a Bayesian framework to introduce and test, using Monte Carlo Markov chain and Kuo–Mallick algorithms, the effect of local physical environment on gap size distribution. We apply our methodological framework to an original light detecting and ranging dataset in which natural forest gaps were delineated over 30 000 ha of unmanaged forest. We highlight strong links between gap size distribution and environment, primarily hydrological conditions and topography, with large gaps being more frequent on floodplains and in wind-exposed areas. In the future, we plan to apply our methodological framework on a larger scale using satellite data. Additionally , although gap size distribution variation is clearly under environmental control, variation in gap size distribution in time should be tested against climate variability.
ISSN: 1726-4170

hal-01590729
https://hal-univ-guyane.archives-ouvertes.fr/hal-01590729
https://hal-univ-guyane.archives-ouvertes.fr/hal-01590729/document
https://hal-univ-guyane.archives-ouvertes.fr/hal-01590729/file/bg-14-353-2017.pdf
DOI : 10.5194/bg-14-353-2017

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : 1- We examined among- and within-species effects of seed mass for seedling establishment from seed to 5 years of age in a field experiment at Paracou, French Guiana. 2- Six seeds of each of eight species were weighed and planted into each of 120 plots (1 m2) throughout closed-canopy forest along 12 100-m transects in 1998. 3- We described the microhabitat of each planting site using principal components derived from measurements of light availability, soil moisture, carbon and nitrogen content, and soil phosphorus availability. Although both survival and relative growth rate (RGR) increased with increasing light availability, no other microhabitat variable significantly affected seedling performance. Nor did the magnitude of microhabitat effects on survival or RGR differ among species. 4- Larger-seeded species were more likely to survive from germination to 1 year as well as from 1 to 5 years of age. RGR for seedling height during the first year post-germination was not related to seed mass, but smaller-seeded species did grow slightly faster thereafter. Path analyses revealed that correlations between seed mass and performance were explained in part because larger seeds produced larger initial seedlings, which tended to survive better but grow more slowly. 5- We also analysed within-species effects of seed mass for the larger-seeded Eperua grandiflora and Vouacapoua americana (both Caesalpiniaceae). Larger seeds produced larger seedlings in both species, but larger seeds survived better only for Eperua. Larger seedlings grew more slowly in both species, but did not offset the early (Eperua) and later (Vouacapoua) positive direct effects of seed mass on RGR that may represent contrasting strategies for reserve deployment. 6- Our results demonstrate that seed size influences performance within and among species in part because of indirect effects of initial seedling size. However, we suggest that traits tightly correlated with seed mass at the species level, such as specific leaf area, leaf longevity and photosynthetic capacity, may also contribute to interspecific performance differences.
ISSN: 0022-0477

hal-01031089
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01031089
DOI : 10.1111/j.1365-2745.2005.01041.x

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
The shallow-water bivalve Codakia orbiculata which harbors gill-endosymbiotic sulfur-oxidizing ?-proteobacteria can lose and acquire its endosymbionts throughout its life. Long-term starvation and recolonization experiments led to changes in the organization of cells in the lateral zone of gill filaments. This plasticity is linked to the presence or absence of gill-endosymbionts. Herein, we propose that this reorganization can be explained by three hypotheses: (a) a variation in the number of bacteriocytes and granule cells due to proliferation or apoptosis processes, (b) a variation of the volume of these two cell types without modification in the number, and (c) a combination of both number and cell volume variation. To test these hypotheses, we analyzed cell reorganization in terms of proliferation and apoptosis in adults submitted to starvation and returned to the field using catalyzed reporter deposition fluorescence in situ hybridization, immunohistochemistry, and structural analyses. We observed that cell and tissue reorganization in gills filaments is due to a variation in cell relative abundance that maybe associated with a variation in cell apparent volume and depends on the environment. In fact, bacteriocytes mostly multiply in freshly collected and newly recolonized individuals, and excess bacteriocytes are eliminated in later recolonization stages. We highlight that host tissue regeneration in gill filaments of this symbiotic bivalve can occur by both replication of existing cells and division of undifferentiated cells localized in tissular bridges, which might be a tissue-specific multipotent stem cell zone.
ISSN: 1059-910X

hal-01545915
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01545915
DOI : 10.1002/jemt.22041

Éditeur(s) : HAL CCSD Botanical Society of America
Résumé :  
To investigate the existence of coordinated sets of seedling traits adapted to contrasting establishment conditions, we examined evolutionary convergence in seedling traits for 299 French Guianan woody plant species and the stress response in a shadehouse of species representing seed size gradients within five major cotyledon morphology types. The French Guianan woody plant community has larger seeds than other tropical forest communities and the largest proportion of hypogeal cotyledon type (59.2%) reported for tropical forests. Yet the community includes many species with intermediate size seeds that produce seedlings with different cotyledonal morphologies. A split-plot factorial design with two light levels (0.8% and 16.1% PAR) and four damage treatments (control, seed damage, leaf damage, stem damage) was used in the shadehouse experiment. Although larger-seeded species had higher survival and slower growth, these patterns were better explained by cotyledon type than by seed mass. Even larger-seeded species with foliar cotyledons grew faster than species with reserve-type cotyledons, and survival after stem grazing was five times higher in seedlings with hypogeal cotyledons than with epigeal cotyledons. Thus, to predict seedling performance using seed size, seedling morphology must also be considered.
ISSN: 0002-9122

hal-01032177
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032177
DOI : 10.3732/ajb.94.6.901