Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : In the new context of the agro-ecological transition, present agricultural systems will have to produce more and better in a more constraint world. Mixed crop livestock systems (MCLS) represent sound alternative ways to progressively achieve these goals through crop-livestock integration (CLI). CLI exploits the synergies between cropping and livestock systems through organic fertilization with manure or plant association, use of crop residues to feed livestock, .... It offers many opportunities to improve productivity, as well as to increase resource use efficiency and improve the resilience of the whole farming system. In the scientific literature, authors advocate the interest of MLCS and CLI, based on theoretical considerations, modelling and empirical evidence from local case studies. But these studies do not clearly identify the respective roles of diversity of activities and CLI management practices in improving performances at the level of the whole farming system. Our aim was thus to assess CLI at farm scale in a range of MCLS and to explain farm performances by analyzing the combination of activities and the level of integration. We conducted our analyses in Guadeloupe, (French West Indies), where MCLS and CLI are complex but important challenges for local agricultural. In order to analyze CLI in a holistic and systemic way, we applied a method traditionally used in ecology, ecological network analysis, to study the structure, functioning and performance of agrosystems. This method was implemented on a range of Guadeloupian MCLS where CLI practices where identified. Nitrogen was retained to conduct the analysis due to its central role for both animal and vegetal productions. The ENA method allows an estimation of productivity, resilience, efficiency, productivity and self- sufficiency of the flows network. Our results show that 1/ efficiency and resilience appear correlated to the complexity and intensity of the network of flows; 2/ efficiency and resiliency are positively correlated when we consider them in terms of N flows; 3/ in the Guadeloupian context, CLI concerns mainly specific practices, as feeding pigs with a wide range of crop residues and organic fertilization of small market gardens and plots used to grow tubers. But at whole system level, CLI remains rare and mainly depends on conventional management practices as mineral fertilization and animal complementation of some farming activities as sugar cane, cattle breeding and banana. Moreover, the combination of productions implemented determines the potential of CLI and related performances linked to relative N efficiency of each production. Consequently, performance and especially efficiency and self-sufficiency depend more on the nature of the activity than on CLI management practices. There is still a gap between theoretical studies and CLI in practice, even though CLI is more complicated than simple flows and provides other services and functions. Dans le nouveau contexte de la transition agro-écologique, les systèmes agricoles actuels devront produire plus et les améliorer dans plus de monde de contrainte. Les systèmes mélangés de bétail de culture (MCLS) représentent des manières alternatives saines d'atteindre progressivement ces buts par l'intégration de culture-bétail (CLI). Le CLI exploite les synergies entre l'emblavage et les systèmes de bétail par la fertilisation organique avec l'association d'engrais ou d'usine, utilisation des résidus de culture d'alimenter le bétail,?. Il donne beaucoup d'occasions d'améliorer la productivité, aussi bien que d'augmenter l'efficacité d'utilisation de ressource et d'améliorer la résilience du système d'exploitation agricole entier. Dans la littérature scientifique, les auteurs préconisent l'intérêt de MLCS et de CLI, basé sur des considérations théoriques, modeler et des preuves empiriques des études de cas locales. Mais ces études n'identifient pas clairement les rôles respectifs de la diversité des activités et des pratiques de gestion de CLI en améliorant des interprétations au niveau du système d'exploitation agricole entier. Notre but était ainsi d'évaluer le CLI à l'échelle de ferme dans une gamme de MCLS et d'expliquer des interprétations de ferme en analysant la combinaison des activités et du niveau de l'intégration. Nous avons réalisé nos analyses en Guadeloupe, (des Antilles françaises), où MCLS et le CLI sont des défis complexes mais importants pour agricole local. Afin d'analyser le CLI d'une manière holistique et systémique, nous avons appliqué une méthode traditionnellement employée en écologie, analyse réseau écologique, pour étudier la structure, le fonctionnement et l'interprétation des agrosystems. Cette méthode a été appliquée sur une chaîne de Guadeloupian MCLS où des pratiques en matière de CLI où identifiée. L'azote a été maintenu pour réaliser l'analyse due à son rôle central pour les productions animales et végétales. La méthode d'ENA permet une évaluation de la productivité, de la résilience, de l'efficacité, de la productivité et de l'autosuffisance du réseau d'écoulements. Nos résultats prouvent que 1 efficacités et résiliences semblent corrélées avec la complexité et l'intensité du réseau des écoulements ; 2 efficacité et élasticité sont franchement corrélés quand nous les considérons en termes d'écoulements de N ; 3 dans le contexte de Guadeloupian, CLI concerne principalement des pratiques spécifiques, en tant que les porcs de alimentation par un large éventail de résidus de culture et de fertilisation organique de petits jardins du marché et complots employés pour cultiver des tubercules. Mais à au niveau système entier, le CLI demeure rare et dépend principalement des pratiques de gestion conventionnelles en tant que complémentation minérale de fertilisation et d'animal de quelques activités agricoles comme canne à sucre, élevage et banane. D'ailleurs, la combinaison des productions mises en application détermine le potentiel du CLI et des interprétations relatives liés à l'efficacité relative de N de chaque production. En conséquence, l'interprétation et particulièrement l'efficacité et l'autosuffisance dépendent davantage de la nature de l'activité que sur des pratiques de gestion de CLI. Il y a toujours un espace entre les études et le CLI théoriques dans la pratique, quoique le CLI soit plus compliqué que des écoulements simples et fournisse d'autres services et fonctions.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V16247
V16247

Éditeur(s) : Edp Sciences S A
Résumé : A study on nitrogenous and phosphorous waste production in European seabass (Dicentrarchus labrax) was carried out in a flow-through land-based farm. The main objectives were (i) to calculate nitrogenous (N) and phosphorous (P) waste production (particulate and dissolved) from in situ measurements for different rearing ponds with specific fish biomasses, fish sizes and flow rates, (ii) to establish nitrogenous and phosphorous waste production budgets, ratios and equations, and (iii) to compare, for the whole farm, in situ measurements to estimate N and P waste production from waste equations. Waste production was manifest by an increase in concentrations of total ammonia nitrogen, total Kjeldhal nitrogen, particulate nitrogen, dissolved phosphorus and total phosphorus concentrations in the outlet water compared to the inlet water for both batches and whole farm. However, no production of nitrite or nitrate was observed. In our budgets, the N and P amounts from biomass gains and wastes were explained by the N and P derived from feed over the range 83.9-105.2 % and 66.5-104.6 % respectively, depending on the fish batch. Values were respectively 103.4 and 87.5 % for the same calculations in the farm. When the whole-farm waste production was calculated from previous equations derived from batches, and then compared with the measured data, the percentages of recovery (estimated by the ratio predicted data/measured data) were 88 and 94 % for total-N and total-P respectively.
L'étude de la production des déchets (azote et phosphore) d'une ferme de production de bars (Dicentrarchus labrax) est réalisée. Cette étude à pour objectif (i) de mesurer in situ la production des déchets azotés et phosphores sous forme particulaire et soluble, pour différents bassins d'élevage présentant des caractéristiques variables en terme de biomasse de poisson, de taille des poissons, de débit de l'eau de renouvellement, (ii) d'établir des équations de production de déchets à partir des données précédemment acquises, (iii) de comparer, pour l'ensemble des rejets au niveau de la ferme, les résultats obtenus par des mesures in situ, d'une part, et à l'aide des équations, d'autre part. La production de déchets se traduit par une augmentation des concentrations de l'azote particulaire, de l'azote ammoniacal, de l'azote organique dissous, ainsi que du phosphore particulaire et dissous. Aucune augmentation des nitrates et nitrites n'est observée. L'établissement des budgets d'azote et de phosphore permettent de rendre compte, selon les bassins, du devenir de 88,2 à 105,2 % de l'azote et de 66,2 à 104,6 % du phosphore introduits dans les bassins sous forme de nourriture en granulés. L'étude des budgets réalisée par les deux méthodes (mesures in situ et utilisation des équations) montre que les budgets établis à l'aide des équations rendent compte respectivement de 88 et 94 % de récupération de l'azote et du phosphore. Ces résultats sont respectivement de 103,4 et 87,5 % lorsqu'ils sont établis par des mesures in situ.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (Edp Sciences S A), 1998-07 , Vol. 11 , N. 4 , P. 247-254

Droits : 1998 Published by Elsevier SAS
http://archimer.ifremer.fr/doc/1998/publication-872.pdf
DOI:10.1016/S0990-7440(98)89007-4
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/872/

Éditeur(s) : Adac-cryptogamie
Résumé : Very few attempts have been made in order to investigate the role of nutrients on cellular growth and toxin production in dinoflagellates associated with DSP (Diarrhetic Shellfish Poison). Some preliminary results are presented here, aiming at a better knowledge of inorganic nitrogen and organic phosphorus effects upon division rate and toxin content of Prorocentrum lima (PL2V spanish strain). Nitrogen have a positive effect on growth rate, up to a threshold value of 880muM.l-1. Above this threshold the rate decreases. There is no effect on toxin content since okadaic acid and DTX1 cell contents remain low (4.8 +/- 0.5 pg.cell.-1) and steady. Phosphorus effect upon division rate follows a non-linear relationship, whereas cellular toxic content is inversely proportional to growth rate.
Peu d'études ont été réalisées sur l'influence des nutriments sur la croissance et la toxicité de dinoflagellés producteurs de poisons diarrhéiques (Diarrhetic Shellfish Poison = DSP). Des résultats préliminaires sont présentés ici en ce qui concerne l'effef de concentrations croissantes d'azote inorganique et de phosphore organique sur le taux de division et la production toxinique de Prorocentrum lima (souche espagnole PL2V). L'azote a une influence positive sur la croissance de cette microalgue jusqu'à une valeur seuil de 880 μM.l#-1. Au-delà de ce seuil, le taux de division diminue. Par contre, l'effet sur la toxicité n'est pas significatif, les concentrations en acide okadaïque et DTXI restant relativement faibles (4.8 ± 0.5 pg.cell.· l ) et stables. Le phosphore agit intégralement sur le taux de division et il y a une relation inverse entre ce dernier et le contenu toxinique cellulaire.
Cryptogamie Algologie (0181-1568) (Adac-cryptogamie), 1992-08 , Vol. 13 , N. 3 , P. 187-195

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00133/24469/22483.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00133/24469/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
En forêt tropicale humide les espèces arborées ont des stratégies différentes d'acquisition de l'azote : les espèces fixatrices utilisent l'azote atmosphérique N2 de l'air. Il existe des espèces à préférence à ammonium (NH+) ou à nitrate (NO3-), mais aussi des espèces ubiquistes se nourrissant des deux sources d'azote du sol. L'objectif de ce travail était de déterminer si ces stratégies différentes étaient intrinsèques à l'espèce ou si elles étaient conditionnées par le milieu du fait des compétitions intra et/ou interspécifiques. Nous avons étudié la nutrition azotée d'une vingtaine d'espèces d'arbres juvéniles élevés en pot sur sol de forêt en conditions semi-contrôlées (20% d'éclairement). Deux méthodes ont été utilisées : la mesure de l'activité nitrate réductase in vivo après induction par pulvérisation de nitrate sur les feuilles et la signature isotopique naturelle δ15N. Les résultats obtenus ont montré que la majorité des plantes en serre sembleraient capable d'utiliser l'une ou l'autre des deux sources avec une forte plasticité vis-à-vis de l'azote. Quelques espèces cependant n'utiliseraient que l'ammonium comme source d'azote malgré le milieu limitant, bien qu'ayant une activité nitrate reductase potentielle, traduisant une capacité non exploitée à assimiler le nitrate, les plantes fixatrices, elles, sembleraient avoir accès aux deux sources d'azote du sol. En utilisant des traits d'héliophile peu de liens ont été observés avec le tempérament des espèces vis-à-vis de la lumière. Des mesures complémentaires sous différents éclairements (5, 10 et 30%) seraient nécessaires pour conclure sur ce sujet. Les différences de nutrition observées dans le milieu naturel seraient dues aux conditions du milieu même si indirectement il se pourrait que la plante ait le pouvoir d'influencer le choix de la source en inhibant la nitrification au niveau rhizosphérique par le biais d'exsudats racinaires.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189235

hal-01189235
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PRODINRA : 17890

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
Links between architectural stages of development (ASD), photosynthetic capacities and leaf characteristics in Tachigali melinonii (Caesalpiniaceae) were investigated in the tropical forest of French Guiana. Three ASD were sampled under three light conditions to elucidate the impact of ASD- and light-related changes on photosynthetic functional traits. Photosynthetic parameters (maximum rate in RubisCO carboxylation (Vcmax) and maximum rate of electron transport (Jmax) were estimated by adjusting a biochemical model (Farquhar et al., 1980) to response curves of CO2 assimilation rate to intercellular CO2 concentration, under saturated light. In addition, N and C foliar concentrations were analysed and N allocations to the carboxylation and bioenergetic processus of photosynthesis were calculated using the model of Niinemets and Tenhunen (1997). The variations in ecophysiological parameters observed were due to leaf anatomical and structural changes instead of changes in photosynthetic components, suggesting adjustments to light conditions. Tachigali melinonii thus appears to display morphological and anatomical plasticity at different ASDs and under different light conditions.
Une espèce forestière de Guyane Française, Tachigali melinonii (Caesalipiniaceae), a été choisie afin de regarder la variation des traits fonctionnels relatifs à la photosynthèse en fonction de la disponibilité en lumière et en fonction de son stade de développement architectural. Du fait du tempérament de l'espèce vis-à-vis de la lumière de type «struggling gambler» (ombrage nécessaire aux jeunes stades puis développement en pleine lumière), trois stades clefs de développement parmi la séquence de différenciation de l'espèce ainsi que trois environnements lumineux ont été choisis. Les capacités photosynthétiques foliaires ont été estimées à partir de l'ajustement de paramètres du modèle biochimique de photosynthèse foliaire (Farquhar et al. 1980) sur des courbes de réponses de l'assimilation de CO² (A) à des concentrations intracellulaires en CO² (Ci) croissantes, en condition de lumière saturante. La vitesse maximale de carboxylation Vcmax et le flux maximal d'électrons photosynthétiques Jmax ont ainsi été estimés et ensuite reliés aux caractéristiques structurales foliaires, notamment la concentration en azote, en carbone ainsi qu'avec la densité et l’épaisseur. Les fractions d'azote allouées aux processus photosynthétiques de carboxylation et de bioénergétique ont été calculées. Des variations, dues à un effet du stade de développement sur les paramètres étudiés ainsi qu’à un effet de la quantité de lumière disponible, ont été constatées. Ces variations sont surtout liées à des ajustements anatomiques et structuraux foliaires et non à des modifications de l’appareil photosynthétique. Tachigali melinonii semble donc modifier ses caractéristiques structurales foliaires en fonction de son stade de développement, ce qui suppose un contrôle ontogénique partiel, et en fonction de la disponibilité en lumière.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189520

hal-01189520
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PRODINRA : 44951

Éditeur(s) : Actes Symposium, Bordeaux, France, 8-14 septembre 1981, pp 389-395
Résumé : Estimations of algal growth potential (AGP) of oyster-pond waters have been made by the use of bioassays and nutrient analysis. Data obtained demonstrated that nitrogen is the nutrient Iimiting AGP and that an important part of algal biomass is supported by organic nutrients. Such an uptake ranges from 0.6 to 30.7 µg-at.I-1 nitrogen ; which represents up to six times the total amount of inorganic nitrogen taken up. U.V oxydation and subsequent chemical analysis shown DON concentrations in oyster-pond waters varied with oyster presence or absence: values recorded were 10-40 µg-at N.I-1 when oysters were not present, and up to 50-60 µg-at N.I-1 when oysters were covering the bottom of the pond. The oyster Crassostrea gigas was demonstrated to excrete 77-93 % DON, versus 10-33 % N-NH4; urea excretion often represented three folds the NH4 excretion. The capability to take up organic nutrients varies with algal species ; the diatom Navicula ostrearia appeared to be the most efficient one.
L'utilisation de tests biologiques dans l'étude de la fertilité des eaux de claires ainsi que l'analyse chimique des réserves en sels nutritifs des mêmes eaux montrent qu'une part importante de la biomasse micro-algale peut être produite dans ces bassins, par assimilation par les cellules de substances organiques dissoutes. Ainsi, pour l'azote, des estimations indirectes aboutissent à des quantités de cet élément assimilé sous forme organique variant entre 0,6 et 30,7 µg-at.I-1 selon les modes d'évaluation, les espèces et l'origine des eaux, c'est-à-dire jusqu'à six fois les quantités d'ions minéraux prélevés par les algues. Ces valeurs sont tout à fait en concordance avec les teneurs en azote organique dissous effectivement présentes dans les eaux de claires: entre 10 et 40 µg-at.I-1 et jusqu'à 50 à 60 µg-at.I-1 dans les bassins où des huîtres sont immergées. On ne peut donc exclure une relation entre ces fortes valeurs en azote organique dissous et les huîtres. D'ailleurs, il est démontré que l'huître Crassostrea gigas peut excréter 77 à 93 % de rejets azotés sous forme organique, l'ammoniaque n'en représentant que 10 à 33 % et la quantité d'urée excrétée atteignant jusqu'à trois fois celle d'ammoniaque. L'utilisation de ces formes organiques de l'azote par les algues des claires varie avec les espèces; Navicula ostrearia semble être la mieux adaptée à ce type d'assimilation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1981/acte-2946.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2946/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, Documentation, Domaine de Duclos, 97170 Petit-Bourg, Guadeloupe (France) Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
L'objectif de ce travail était d'étudier la plasticité des traits fonctionnels relatifs à la photosynthèse en fonction du type de sol chez Eperua falcata, une espèce forestière de Guyane française. Les individus ont été échantillonnés sur deux sols contrastés : sol de bas-fond (Gleysol) à fort hydromorphisme, et sol de crête (Ferralsol) à drainage vertical libre. Le micro climat lumineux a été quantifié au-dessus de chaque individu. Les capacités photosynthétiques (vitesse maximale de carboxylation du RuBP, Vcmax, et flux maximal d'électrons photosynthétiques, Jmax) ont été estimées en ajustant un modèle biochimique de photosynthèse foliaire (Farquhar et al. 1980), sur des courbes de réponse de l'assimilation nette du C02 en fonction de la concentration interne en CO2, sous fort éclairement (courbe A-Ci). Les résultats obtenus ont montré un effet du type de sol sur les capacités photosynthétiques foliaires et que celles-ci étaient plutôt liées à des modifications des allocations d'azote aux processus de carboxylation Pc et à la bioénergétique Pb plutôt qu'à des changements structuraux foliaires. Les résultats ont également mis en évidence des différentiels dans les seuils de sensibilité à la lumière selon le type de trait foliaire avec, grande sensibilité à de faibles variations du micro climat lumineux pour les capacités de photosynthèse et une absence de sensibilité à ces mêmes variations pour les traits structuraux.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189269

hal-01189269
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PRODINRA : 21921

Résumé : Une expérience a été réalisée en conditions hivernales dans six bassins de terre pour déterminer l'effet des taux de renouvellement sur la production de crevettes Penaeus stylirostris, sur les caractéristiques de l'eau et du sédiment des enceintes d'élevage. Les budgets d'azote ont été établis en prenant en compte les différentes formes azotées dans l'eau, dans le sédiment, dans l'aliment et dans les crevettes. Un épisode de mortalité a été obserVé en cours d'élevage et peut être attribué à une epizootie dénommée "syndrome 93». Ce dernier était concomitant à une phase de croissance phytoplantonique et a été d'autant plus important que la biomasse phytoplanctonique dans le bassin d'élevage était élevée. Bien qu'une dilution importante de la colonne d'eau se soit avérée bénéfique pour la santé du cheptel pendant l'épisode de mortalité, l'augmentation des taux de renouvellement n'a en revanche pas permis d'améliorer de manière significative la qualité de l'environnement crevette sur toute la saison d'élevage (eau et sédiment). Une augmentation des échanges d'eau ne s'est pas accompagnée d'une meilleure exportation des déchets par les effluents. Cependant, les résultats montrent que cette augmentation accroît la productivité primaire. Les composés issus de la minéralisation de la matière organique et du métabolisme sont ainsi exportés sous forme particulaire plutôt que sous forme soluble. Les budgets d'azote montrent que la quantité de déchets rejetés par les effluents vers l'environnement côtier est faible. Ainsi, 10,1% à 16,90/o de l'azote introduit dans le milieu d'élevage sous forme d'aliment est exporté dans les effluents. Seulement 17,3% à 21,4% de l'azote d'origine alimentaire est retrouvé dans la chair des crevettes. L'augmentation des échanges d'eau implique une augmentation de l'accumulation azotée dans les sédiments de 21,0% à 50,1%. Parallèlement, le calcul de la proportion d'azote évacué par diffusion ou par dénitrification vers l'atmosphère diminue de 43,1% à 19,5% avec l'augmentation des taux de renouvellement.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00079/19066/16661.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00079/19066/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Pregnancy is a sensitive and critical period for the development of the child and the health of adults-to-be. The biological and physiological adaptation of the body dealing physical and psychosocial stressors during this period may exert its effects in adulthood (and possibly over several generations). This delayed toxicity presupposes intrinsically the need to study the effects of exposure to environmental risk factors during fetal life using a holistic approach involving risk factors at both the micro (individual characteristics) and the macro level (physical and psycho-social context). Given the heterogeneity of the Breton territory in which this work was conducted, we explored whether the impact of social inequalities and the physical environment (air pollution) on birth outcomes (fetal growth and the risk of prematurity) could be modified according to an urban or rural place of residence. This work was based on data collected as part of the Breton mother-child cohort PELAGIE, which had included 3421 pregnant women between 2002- 2006. The anthropometric parameters and gestational age at birth were measured by medical personnel at delivery. We defined urban and rural areas according to the definition of “urban units” from the National Census Bureau (INSEE). The annual concentrations of air pollution (nitrogen dioxide (NO2)) were estimated using a land-use regression modeled at a 100 m scale and developed as part of an European project. Finally, neighbourhood deprivation was estimated using a composite index developed at census blocks level and whose use was legitimated over both urban and rural areas. Neighbourhood deprivation was associated with an increased risk of infants with fetal growth restriction, only for women living in rural areas. We also observed an increased risk of preterm birth associated with NO2 concentrations > 16.4 μg.m-3, only among women residing in urban areas. The associations between air pollution and fetal growth, although sex-specific, did not seem on the other hand, to vary significantly according to the urban-rural spectrum. This work confirms the need to explore the influence of both social and environmental inequalities on intrauterine development, and to assess the role of place-based factors, such as the urban-rural context, in shaping these inequalities.
La grossesse est une période sensible et déterminante pour le développement de l’enfant et l’état de santé à l’âge adulte. L'adaptation biologique et physiologique de l'organisme face à des « stresseurs » physiques et psychosociaux au cours de cette période peut ainsi exercer ses effets à l'âge adulte (et possiblement sur plusieurs générations). Cette toxicité différée suppose intrinsèquement la nécessité d’étudier les conséquences des expositions environnementales au cours de la vie foetale et ce suivant une approche holistique intégrant autant les facteurs de risque à des niveaux micro (caractéristiques individuelles) et macro (expositions physiques externes et contexte psycho-social). Etant donné l’hétérogénéité du territoire breton dans lequel s’inscrit ce travail de thèse, nous avons cherché à explorer l’impact des inégalités sociales et de l’environnement physique (pollution atmosphérique) sur l’issue de la grossesse (croissance foetale et risque de prématurité) indépendamment chez des femmes enceintes résidant dans des zones urbaines et rurales. Ce travail s’est appuyé sur les données issues de la cohorte bretonne mère-enfant PELAGIE, qui a inclus 3421 femmes enceintes entre 2002- 2006. Les paramètres anthropométriques et l’âge gestationnel à la naissance ont été renseignés à l’accouchement par le personnel médical. Le contexte urbain et rural breton a été caractérisé à partir de la définition des unités urbaines de l’INSEE. Les concentrations annuelles de pollution atmosphérique (dioxyde d’azote (NO2)) ont été modélisées à une échelle de 100 m à partir d’un modèle de "land-use regression" développé à l’échelle européenne. Enfin, le niveau socio-économique des IRIS a été estimé à l’aide d’un indice de désavantage social - construit à partir des données du recensement de l’INSEE et dont la validité et l’adaptabilité à des territoires à la fois urbains et ruraux a été examinée au préalable. Nos résultats suggèrent une influence délétère d’un contexte de vie socioéconomique défavorable sur la croissance intra-utérine, spécifiquement chez les femmes résidant en milieu rural. Nous avons également observé une augmentation du risque de prématurité associée à des niveaux > 16.4 μg.m-3 de NO2 dans l’air, à l’inverse, uniquement chez les femmes résidant dans des zones urbaines. Les associations entre l’exposition à la pollution atmosphérique et les marqueurs de la croissance intra-utérine, bien que sexe-spécifiques, ne semblent en revanche pas varier sensiblement suivant le gradient urbain-rural. Ce travail confirme la nécessité d’évaluer l’influence des inégalités sociales et environnementales sur le développement intra-utérin et de considérer l’importance et le rôle du contexte de vie, notamment urbain-rural, dans la formation de ces inégalités.
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NNT : 2015REN1B010
tel-01308518
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, UMR ECOFOG, 97387 Kourou, Guyane (France)
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
Le SPAD-502 est un chlorophylle mètre portatif mesurant la transmittance de la feuille. Contrairement aux méthodes traditionnelles, cet outil est non destructif et les données sont obtenues de façon quasi instantanée. Il est cependant nécessaire d'établir au préalable des courbes de corrélation entre le taux de chlorophylle et la valeur donnée par le SPAD, et ce pour chaque espèce. L'objectif de cette étude était d'établir ces courbes étalons pour 14 espèces de forêt tropicale humide. Il a été montré que la corrélation entre ces deux variables est forte et que le SPAD-502 constitue un bon outil pour réaliser des mesures de taux de chlorophylle sur une grande échelle. L'étude a mis en évidence l'existence de certains problèmes liés à l'utilisation du SPAD. En particulier, chaque courbe étalon n’est a priori valable que pour une seule espèce. L’étude a toutefois démontré que certains regroupements sont possibles, permettant de n'utiliser qu’une courbe pour plusieurs espèces différentes. Les courbes établies ont d’ores et déjà été utilisées dans le cadre d'une étude concernant l'azote alloué par la plante aux différentes étapes de la photosynthèse. Ces travaux préliminaires ont mis en évidence la variabilité inter spécifique des allocations d’azote, suggérant une différence de stratégie entre les espèces.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189250

hal-01189250
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PRODINRA : 19531

Éditeur(s) : Université de Bretagne Occidentale
Résumé : The negative impact of the man on the environment unquestionably increases. The coastal environment as a whole is the maritime environment which is the most exposed to man-made eutrophication. For instance, nitrate loads to coastal waters off Brittany (France) have increased 10 times (from 3 to s 30mg L-1NO3) during the four last decades. Eutrophication of this coastal zone is now a recurrent problem, more and more worrying. This eutrophication exhibits two main forms : " green tides ", which are caused by local proliferations and stranding of green macro-algae (particularly the Ulva species) in nitrogen-enriched areas ; phytoplanktonic blooms, which are responsible for coloured water events, toxic species can be present (Pseudo-Nitzschia, Alexandrium, Dinophysis), and induce banning of shellfish consumption. The objectives of this study are to assess the respective role of various rivers (especially the Loire and the Vilaine) in the eutrophication of the Brittany shelf ecosystem and test the impact of nitrogen enrichment in the triggering of Pseudo-Nitzchia toxicity. For these purposes, a coupled hydrodynamical/ biogeochemical 3D model has been developed and validated against past measured time-series and satellite images. After a brief analysis of primary production over the Brittany shelf under different conditions, we show a description of the real time adaptation of this model. Daily results are currently presented in real time on www.previmer.org web site. The inability of the model to correctly simulate near shore phytoplankton is worsened in this model by the fact that the turbidity field used is a climatological one, made by satellite images averaged on a decadal basis. First, near shore pixels of satellite images are scarcely reliable, secondly a climatological mean cannot represent the sudden bursts or drops of the real turbidity, highly dependent on the actual sea-state : this can explain also why the model at this moment fails to reproduce a sudden bloom occurring in a short period of sunny and calm weather. The simulated Pseudo-Nitzschia biomass and induced risk of toxicity in the water column cannot really be validated offshore, because monitoring measurements are available only near the coast, and deal only with toxicity in benthic filter feeders. To get temporarily rid of that problem, an interesting improvement would be to add to the operational model the bio-accumulation of toxin in the shellfishes : simulated concentrations in shellfish fresh would become directly comparable with usual measurements of the monitoring networks. Our model points out the important impact of Loire river loads on the primary production on the western and southern Brittany. This result is crucial for administrations in charge of reducing the terrestrial loadings responsible for eutrophication, because it can delay reduction programs on small tributaries until the main input from the Loire has been significantly reduced. A question arises, about the reliability of the haline stratification in the model, because the horizontal extent of the Loire plume will be enhanced by a stronger stratification.
L'eutrophisation des milieux marins côtiers, de plus en plus importante, représente un des impacts majeurs des activités humaines sur l'environnement. Les phénomènes d'eutrophisation sont en constante augmentation ; ces dernières décennies ont vu le nombre de sites touchés augmenter de par le monde. La bande côtière bretonne est particulièrement concernée par ce phénomène. L'eutrophisation s'y manifeste de deux façons : "Des phénomènes de marée vertes, très localisées, qui sont provoqués par la croissance excessive et l'échouage de macro-algues du genre Ulva dans ces zones riches en azote ; Des blooms de phytoplancton à l'origine des phénomènes d'eaux colorées, qui peuvent aussi provoquer des interdictions de consommation de coquillages lorsque les espèces mises en jeu sont toxiques (Pseudo-Nitzschia, Alexandrium, Dinophysis). L'objectif de ce travail est multiple : il vise à mettre en évidence et à comprendre l'impact et le rôle des apports en nutriments sur la production primaire et l'eutrophisation des milieux côtiers. Ce travail a aussi pour ambition l'identification et la compréhension des causes des phénomènes d'eutrophisation et permettre ainsi d'apporter des solutions ou des pistes d'amélioration. En n, il a aussi un objectif de prévision à court terme de l'état biologique sur la zone. Pour atteindre ces objectifs, un modèle en temps réel a été mis en oeuvre. Les résultats de simulations numériques et de mesures satellitaires sont présentés sur internet : www.previmer.org. L'outil principal de ce travail est un modèle couplé physique/biogéochimie. La partie hydrodynamique est fournie par le code Mars3D (3D hydrodynamical Model for Application at Regional Scale) développé à IFREMER. Au code hydrodynamique Mars3D est couplé le modèle des cycles de l'azote, du phosphore et du silicium d'IFREMER. Le modèle couplé permet de simuler en 3 dimensions et de manière dynamique les courants, le brassage horizontal et vertical, les champs de température et de salinité, mais aussi les principaux cycles de nutriments, reproduisant ainsi les conditions déterminantes de la production primaire. La croissance des algues est modélisée, et nous permet de voir l'influence des panaches de dilution des principales rivières bretonnes sur leur croissance. Les diffcultés du modèle à correctement simuler les concentrations en phytoplancton près des zones côtières, sont probablement dues à l'utilisation d'une climatologie de concentration en matière en suspension fondée sur des données satellitaires. Tout d'abord, les pixels côtiers des images satellitaires sont entachés d'erreurs, ensuite une climatologie n'est pas capable de représenter les apports soudains des fleuves lors des crues. Cela peut expliquer l'incapacité du modèle a représenter certains blooms liés à des périodes ensoleilées et calmes. A ce modèle de base nous avons ajouté un genre spécifique de phytoplancton : le genre Pseudo-Nitzschia. Certaines espèces de Pseudo-Nitzschia sont réputées toxiques. En effet, ce phytoplancton a la capacité de synthétiser une toxine : l'acide domoïque. Cette toxine est responsable du syndrome ASP (Amnesic Shellfish Poisoning). Le modèle reproduit globalement les mêmes zones de toxicité que les mesures du REPHY, et donne des résultats encourageants. L'étude montre que la Loire influence une large partie de la bande côtière bretonne ; son panache remonte jusqu'au nord de la mer d'Iroise, et contribue pour une grande part à l'enrichissement du sud et de l'ouest de la Bretagne. Le traçage de l'azote en provenance de la Loire au sein des cycles biogéochimiques nous a permis de quantifier cet enrichissement.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00015/12603/9481.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00015/12603/

Résumé : L’aquaculture de crevettes Litopeneus stylirostris, qui est apparue en 1970 en Nouvelle-Calédonie, est devenue une activité économique importante aujourd’hui avec 17 fermes en production et un tonnage de 2000 tonnes en 2004. Situées sur des zones d’arrière mangrove, les fermes exercent une pression sur l’environnement limitrophe, notamment les mangroves. Le rejet des eaux usées des fermes aquacoles dans le lagon semble constituer le principal impact sur l’environnement côtier. La présente étude qui a été lancée dans le cadre du programme ZoNéCo a pour principal objectif l’évaluation d’éventuels impacts de l’aquaculture sur les mangroves de Nouvelle-Calédonie. Elle s’attache : - d’une part à étudier l’évolution des différentes strates végétales d’une mangrove en terme de structure et de superficie par le biais d’analyses diachroniques de photographies aériennes de 3 sites (2 sites jouxtant des fermes aquacoles aux caractéristiques différentes et 1 site vierge) ; - d’autre part à analyser in situ quelques paramètres physico-chimiques (pH, potentiel d’oxydo-réduction, concentrations d’azote et de phosphore totaux dans l’eau, le sédiment et les feuilles de palétuviers) et biologiques (richesse spécifique et densité des organismes mégabenthiques du sédiment à proximité des bassins) sur ces trois sites et voir dans quelle mesure ils peuvent être utilisés comme indicateurs d’impacts. L’analyse diachronique des photographies aériennes depuis 1954 jusqu’en 2004 a mis en évidence sur les sites proches de fermes aquacoles une progression et une densification des palétuviers Rhizophora vers l’intérieur des terres. Cette évolution qui était minime avant construction des fermes est plus marquée depuis. En revanche, peu de changements ont été observés sur le site vierge. Parallèlement, un développement de zones envasées et l’apparition de trouées ont été observés sur les sites exploités depuis l’établissement des fermes. La description de la végétation et les mesures des paramètres physico-chimiques montrent des différences significatives entre sites et au sein même d’un site. La pertinence des méthodologies et l’interprétation des variations intra et inter sites sont discutées. Le faible nombre d’observations ne nous permet pas d’attribuer les variations à un éventuel impact de l’aquaculture. D’autres études seront nécessaires pour valider ces résultats.

Droits : ADECAL/ZONECO
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30913/29284.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30913/

Résumé : Few years ago, proliferations of the green seaweed Enteromorpha have been noticed on sorne beaches of the southem coast of Martinique (American French Island). A study, in the year 1992, shows that Enteromorpha has a seasonal development, that nitrogen is the limiting factor, and that its principal feeding cornes from urban discharges thrown away directly into growing areas.
Certaines plages de la côte sud de Martinique voient apparaître depuis quelques années des échouages gênants de l'algue verte Enteromorpha. Une étude, réalisée en 1992, montre que le cycle de développement est saisonnier, que l'élément limitant est l'azote, et que la principale alimentation des proliférations d'algues vertes provient de rejets domestiques directs dans les zones de production.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00132/24277/22275.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00132/24277/

Résumé : Les crevettes pénéides maintenues captives dans des cages posées sur le fond des bassins d'élevage subissent un stress dû au sédiment qui peut être évalué par la comparaison entre la valeur de la pression osmotique de leur hémolymphe et celle des crevettes libres du même bassin. Les objectifs des travaux réalisés à la station de Saint-Vincent (SASV, Nouvelle Calédonie) étaient de confirmer la variabilité spatiale de l'intensité du stress et de rechercher dans les sédiments un indicateur physique ou chimique corrélé à ce stress. Des lots de 25 à 30 crevettes de 13,2g, pêchées à l'épervier, ont été placés dans des cages de grillage métallique déposées en 12 points du bassin d'élevage. Les cages ont été relevées au bout de 24 heures et la pression osmotique des crevettes au stade d'inter-mue C comparée à celles d'individus libres pêchés le même jour. L'expérience ayant été renouvelée 4 fois, le plan expérimental était constitué de 4 blocs de 12 cages. Les caractéristiques du sédiment ont été étudiées sur deux séries de mesures in situ (pH de l'eau interstitielle, potentiel d'oxydoréduction) ou de prélèvements (matière sèche, taux de matière organique, teneur en azote ammoniacal) réalisés à proximité immédiate du point de dépôt des cages. L'étude révèle l'existence d'un gradient significatif d'intensité du stress chez les crevettes captives, elle a permis de détecter une corrélation linéaire très significative entre le pH de surface des sédiments et la capacité osmorégulatrice des crevettes. Ces observations ont été confirmées par une étude expérimentale réalisée à Tahiti au Centre Océanologique du Pacifique.

Droits : 1997 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00131/24265/22263.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00131/24265/

Résumé : Bacteriological study of abyssal sediments: During the Demeraby mission of the N/O Jean Charcot in the western Atlantic Ocean, a study of the microflora of the digestive tracts of echinoderms (Holothuroidea of various genera, Asteroidea, Echinoidea) was compared with that of the surrounding sediment. The bacterial concentration observed in the digestive tracts of all the animals studied is higher than that in the surrounding sediments. The largest numbers were always found in the most anterior part of the digestive tracts of the holothurians. In some cases, the increase is considerable (7.10 versus 5.2. 10 cells per millilitre): It indicates a proliferation of bacterial cells in the anterior part of the digestive tract. As the sediment moves through the digestive tract, the bacterial level progressively decreases. In the most posterior part, the concentration is, however, always clearly greater than that in the surrounding sediment. In the case of the holothurian of the genus Deima, analysis according to the Adamsonian principle of comparison shows that the microflora isolated from the various parts of the digestive tract is composed of taxonomic groups showing little resemblance to those isolated from the sediment. In the case of the holothurian of the genus Pseudostichopus, no specialisation of the microflora from digestive tract contents appears with respect to that of the ingested sediment. Examination of metabolic activities suggests a juxtaposition of two types of communities: Free sediment - sediment in transit that complement one other in their enzymatic and nutritional behaviour Indeed, the strains of free sediment seem to be rather suitable for hydrolysing and using carbohydrates, while those of enteric communities prefer the hydrolysis of lipids and proteins and the assimilation of fatty acids, dicarboxylic acids, hydroxylic acids and certain amino acids. Moreover, the enteric microflorae possess a greater nutritional versatility that, linked with its total numbers, has a sizeable catabolic potential. .../... -2- Measurements of heterotrophic activity done by means of 14 C glucose tracers make it possible to show that the metabolic activities of the bacterial communities of superficial abyssal sediments vary according to zones. In the Amazon Cone, a clear glucose mineralization gradient over a distance of a few kilometres can be observed. In the abyssal plain of Demerara heterotrophic activities are slowed in relation to those of the superficial sediments of the Cone of the Amazon, even though the bacterial numbers and the depths are of the same order of magnitude in the two zones. The abundant microflorae associated with the various divisions of digestive tract contents of the Deima abyssal holothurian manifest little metabolic activity as regards the glucose. However, the bacterial communities of Pseudostichopus and Psychropotes manifest very strong heterotrophic activities, increasing from the oesophagus towards the cloaca. Current results are too fragmentary to allow us to observe possible physiological specialisation of enteric bacterial communities enabling the facilitation of digestion processes in the host. Conclusion: In the abyssal environment, characterised by poorly developed bacterial communities, microflorae associated with the digestive tract contents of echinoderms have considerably greater cellular concentrations. By means of their enzymatic equipment, these enteric communities, which complement those of the free microflorae of superficial sediments, can participate in the transformation of organic matter in the abyssal area. Study of the dynamics of microbial communities and their heterotrophic activities in shellfish farms: From experiments done on the water in the Arcachon basin, trials to quantify and describe the reactivity potential of bacterial communities were performed. Bacterial communities were defined by direct counts, counts after setting them up for cultivation, structure and diversity of these communities, dosage of AMP, ADP, ATP. Two opposite ecological conditions were considered: Autumn conditions (high temperature) and a winter conditions (low temperature). Tubs of sea water of 6 and 60 litres were enriched either with ammonium chloride or a mixture of amino acids, at about 500 uAtg N.L. The experiments lasted 24 hours, with sampling every 3 hours. The autumn community reacted rapidly (6 hours), the response to the enrichment in organic nitrogen being the highest. The structure of the community has unstable immature stages. On the contrary, during the winter experiment, no response could be perceived. This may mean that the latency phase is greater than 24 hours. The structure of this community has mature stages. In conclusion, bacterial communities react in the same way as macroscopic communities. Stable communities are diversified and correspond to mature stages of the ecosystem; the immature stages are unstable and less diversified. This type of experiment has made it possible to bring to light the rapidity of response of bacterial populations, and can be used to define the stability of a bacterial community in a precise biotope.
ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES SEDIMENTS ABYSSAUX RESUME Au cours de la mission DEMERABY du n/o Jean CHARCOT en atlantique occidental , une étude de la microflore des tractus digestifs d'Echinodermes (Holothurides de différents genres, Astérides, Echinides) a été comparée à celle du sédiment environnant. La concentration bactérienne observée dans les tractus digestifs de tous les animaux étudiés est supérieure à celle des sédiments environnants. Les effectifs les plus importants sont toujours observés dans la partie la plus antérieure des tractus digestifs des holothuries. Dans certains cas, l'accroissement est considérable (7.10 contre 5,2. 10 cellules/ml) : il indique une prolifération des cellules bactériennes dans la partie antérieure du tractus digestif. Au.cours de la progression du sédiment dans le tractus digestif, la charge bactérienne décroit progressivement. Dans la partie la plus postérieure, la concentration est cependant toujours nettement supérieure à celle du sédiment environnant-. Dans le cas d'une holothurie du genre Deima, l'analyse selon le principe adansonien de comparaison montre que la microflore isolée des différentes parties du tractus digestif est constituée de groupes taxonomiques présentant peu de ressemblance avec ceux isolés du sédiment. Dans le cas d'une holothurie du genre Pseudostichopus il n'apparait pas de spécialisation de la microflore du contenu du tractus digestif par rapport à celle du sédiment ingéré. ¿ ¿ . L'étude des activités métaboliques suggère une juxtaposition de deux types de communautés : sédiment libre-sédiment en transit qui se complètent dans leur comportement enzymatique et nutritionnel. En effet les souches du sédiment libre semblent être plutôt aptes à hydrolyser et à utiliser les glucides, tandis que celles des communautés entériques portent leur préférence sur l'hydrolyse des lipides et protéines et 1'assimilation des acides gras, acides dicarboxyl iques, hydro'xy-acides et certains acides aminés. D'autre part les microflores entériques possèdent une versatilité nutritionnelle plus importante qui, liée à leurs effectifs, offre une potentialité catabolique non négligeable. .../... -2- Les mesures d'activité hétérotrophe effectuées au moyen de traceurs glucose 14 C permettent de montrer que les activités métaboliques des communautés bactériennes des sédiments abyssaux superficiels varient selon les zones. Dans le Cone de l'Amazone on observe un net gradient de minéralisation du glucose sur une distance de quelques kilomètres. Dans la plaine abyssale de Demerara les activités hétérotrophessont ralenties par rapport à celles des sédiments superficiels du Cone de l'Amazone, bien que les effectifs bactériens et les profondeurs soient du même ordre de grandeur dans ces deux zones. Les abondantes microflores associées aux différentes fractions du contenu du tractus digestif de l'holothurie abyssale Deima ne manifestent que peu d'activités métaboliques vis à vis du glucose. Par contre les communautés . bactériennes de Pseudostichopus et P syahropotes manifestent des activités hétérotrophes très fortes, croissant de 1'oesophage vers le cloaque. Les résultats actuels sont trop fragmentaires pour permettre d'observer une éventuelle spécialisation physiologique des communautés bactériennes entëriques permettant de faciliter les processus de digestion chez l'hôte. Conclusion: dans le milieu abyssal, caractérisé par des communautés bactériennes faiblement développées, les microflores associées aux contenus de tractus digestif des Echinodermes présentent des concentrations cellulaires considérablement plus importantes. Par leurs équipements enzymâtiques ces communautés entëriques complémentaires de ceux des microflores libres des sédiments superficiels, peuvent participer à la transformation des matières organiques du domaine abyssal. ETUDE DE LA DYNAMIQUE DES COMMUNAUTES MICROBIENNES ET DE LEURS ACTIVITES HETEROTROPHES DANS LES PARCS CONCHYLICOLES RESUME A partir d'expérimentations effectuées sur l'eau du bassin d'Arcachon, des essais de quantification et qualification du potentiel de réactivité des communautés bactériennes ont été effectuées. Les communautés bactériennes ont été définies par comptage directs, comptages après mise en culture, structure et diversité de ces communautés, dosage des AMP, ADP, ATP. Deux situations écologiques opposées ont étées considérées . Une situation automnale (température élevée) et une situation hivernale (température faible). Des bacs d'eau de mer de 6 et 60 litres ont été enrichis , soit avec du chlorure d'ammonium, soit avec un mélange d'acides aminés, à environ 500 uAtg N.l" . Les expériences ont duré 24 heures, avec des prélèvements toutes les 3 heures. La communauté automnale réagit rapidement (6 heures), la ' réponse à l'enrichissement en azote organique étant la plus importante. La structure de la communauté présente des stades immatures instables. Au contraire, au cours de l'expérimentation hivernale, aucune réponse n'a pu être perçue. Ceci peut signifier que la phase de latence est supérieure à 24 heures. La structure . de cette communauté présente des stades matures. En Conclusion, les communautés bactériennes réagissent de la même façon que les communautés macroscopiques. Les communautés stables sont diversifiées et correspondent à des stades matures de l'écosystème, les stades immatures sont instables et moins diversifiés. Ce type d'expérience a permi de mettre en évidence la rapidité de réponse des populations bactériennes, et peut être utilisé pour définir la stabilité d'une communauté bactérienne dans un biotope précis.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1981/rapport-1926.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1926/

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : Key message Molecular markers were used for paternity recovery in a maritime pine (Pinus pinasterAit.) polycross trial, facilitating forward selection. Different breeding strategies for seed orchard establishment were evaluated by comparing genetic gains and diversity. This work opens up new perspectives in maritime pine breeding.Context Polycross mating designs are widely used in forest tree breeding to evaluate parental breeding values for backward selection. Alternatively, polycross progeny trials may be used to select the best trees on the basis of individual breeding values and molecular pedigree analysis.Aims This study aimed to test such a forward selection strategy for the maritime pine breeding program.Methods In a maritime pine polycross trial, progeny with higher breeding values for growth and stem straightness was first preselected with or without relatedness constraints. After paternity recovery, the preselected trees were ranked on the basis of their breeding values, estimated from the recovered full pedigree. Finally, the best candidates were selected with three different strategies (forward, backward, mixed) and three levels of coancestry constraints to establish a virtual clonal seed orchard.Results Complete pedigrees were successfully recovered for most of the preselected trees. There was no major difference in expected genetic gains between the two preselection strategies which differed for relatedness constraints. Genetic gains were slightly higher for forward selection than for classical backward selection.Conclusion This seminal study opens up new perspectives for using forward selection within the French maritime pine breeding program.
ISSN: 1932-6203

hal-01601804
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01601804
DOI : 10.1371/journal.pone.0049990
PRODINRA : 391860

Éditeur(s) : Universite Montpellier II
Résumé : Since 1980, the expansion of a green macro-alga: Valonia aegagropila (C Agardh) is observed in Salses-Leucate lagoon (France). It is currently distributed in the north of the lagoon with important biomasses (40 gDW/m²) eroding the cover of Zostera noltii. The free form of the alga can be transported with the surface or bottom currents depending on seasons. It multiplies mainly by vegetative reproduction. There are few studies on the ecophysiological capacities of V. aegagropila. This work tries to answer why (physiological adaptation) and how (mechanical process of transport) the alga invaded the lagoon, with an approach including observations, experiments in controlled environment and biological and hydrodynamic models. The growth capacities depend on temperature and light intensities, the nutrients absorption rates and internal nitrogen and phosphorus internal quotas were measured and modelled using a Droop model based on internal quota. Vertically transport was studied with laboratory experiments and measurements of biomass transport were made into the lagoon. The biological model (growth, vertical transport, mortality) was coupled to the MARS 3D hydrodynamic model with a meshgrid of 160m. The results show an adaptation of the alga to low availability of phosphorus and an annual growth of biomass controlled by the availability of nutrient during winter. The alga seems to occupy the whole zones where growth is optimal and the risk of invasion of the southern part of the lagoon is limited. This work opens on research prospects on an ecological model (confronting physiological capacities and competition of V. aegagropila, Zostera noltii, green algae and primary production), new physiological experiments, ecological observations and potential valorisation of V. aegagropila.
Depuis 1980, est observée dans l'étang de Salses-Leucate l'expansion d'une macro-algue verte : Valonia aegagropila (C. Agardh). En 2004, elle était présente sur la presque totalité de la moitié nord de la lagune avec des biomasses importantes (jusqu'à 600 gPS/m²). L'algue envahit et érode également la couverture d'herbiers garant de la biodiversité, de la productivité et de la stabilité de l'écosystème. V. aegagropila se reproduit essentiellement de manière végétative (fragmentation des thalles) et possède la particularité de retenir de l'oxygène de la photosynthèse dans sa structure sphérique. Cet oxygène piégé lui donne la possibilité de mouvement sur la verticale et d'être transportée dans le domaine par les courants. Les conditions physico-chimiques de l'étang présentent de fortes variations saisonnières en salinité, en température et en turbidité, ainsi que des apports nutritifs faibles : la production primaire est principalement limitée par le phosphore. Il existe malheureusement peu d'informations sur V. aegagropila ainsi que trop peu de connaissances sur son écophysiologie. Elle semble vivre dans des milieux plutôt oligotrophe dans des régions tropicales à sub-tropicales. Ce travail basé sur une approche d'observations de terrain, d'expérimentations en milieu contrôlé (en laboratoire) et de modélisation des processus, a permis d'une part d'explorer les capacités adaptatives physiologiques de V. aegagropila aux conditions environnementales de l'étang et d'autre part de mettre à jour les modes de fonctionnement de la dynamique spatio-temporelle de la population. Les capacités de croissance ont été mesurées sur un large spectre de température et de lumière. Les capacités d'absorption des sels nutritifs dans l'eau et les facultés de l'algue à stocker l'azote et le phosphore dans ses tissus ont également été étudiées. D'autre part, un modèle de dynamique des populations a été conceptualisé puis développé. Les processus pris en compte dans ce modèle sont la croissance de l'algue (modèle à quota interne), la flottabilité de l'algue et la mortalité par surdensité. Ces processus ont été paramétrés en majeure partie par des expérimentations réalisées en laboratoire. Ce modèle 0D a par la suite était couplé au modèle hydrodynamique MARS3D (modèle Ifremer) mis en place sur la lagune de Salses-Leucate, utilisant deux grilles de calcul (160m ou de 80m de résolution). Les simulations réalisées permettent d'appréhender les capacités spatio-temporelles de la croissance de l'algue dans l'étang, le turnover annuel de la biomasse totale et les attracteurs de biomasse du système sous différents évènements météorologiques. Ces résultats sont comparés avec les répartitions cartographiques de la population observées in situ en 1999 et 2004 et des flux de biomasses mesurés au cours d'observations de terrain entre juin 2003 et septembre 2004. L'ensemble des résultats montre d'une part une adaptation de l'algue à évoluer dans un milieu pauvre en phosphore et d'autre part une croissance annuelle de la biomasse totale qui est principalement contrôlée par les apports hivernaux en sels nutritifs dans la lagune. Les résultats des simulations montrent également que V. aegagropila semble occuper à présent la majeure partie des zones favorables à sa croissance. Il est également montré que si sa capacité de mouvement peut favoriser la dispersion d'individus dans la lagune et accélérer la croissance de la population pour de faibles biomasses initiales, cette même capacité de mouvement joue plutôt un rôle de régulation de la population lorsque la biomasse totale devient importante. On peut penser que le risque de colonisation de l'herbier à zostère de la partie sud de la lagune (bassin de Salses) est limité. Ce travail ouvre enfin des perspectives de recherche sur l'amélioration du modèle de dynamique des populations de l'espèce, sur de nouvelles expérimentations à réaliser ou encore sur la surveillance écologique du milieu. Des propositions sont faites pour concevoir un modèle écologique confrontant les capacités physiologiques des macrophytes (algues vertes, Valonia et zostères) afin d'apréhender les phénomènes de compétitions et les modes de fonctionnement du réseau trophique de la lagune de Salses- Leucate. Des pistes sur la valorisation de la matière algale de V. aegagropila sont enfin proposées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/these-2453.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2453/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, UMR ECOFOG, 97387 Kourou, Guyane (France)Diplôme : Maîtrise
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
Nous avons analysé la composition chimique de feuilles matures et sénescentes de 21 espèces d'arbres de forêt tropicale humide. Ces arbres ont été plantés il y a 20 ans, sur un sol uniforme pour tous, sous forme de jeunes plants. Cette plantation est organisée sous forme de placeaux mono-spécifiques et estsituée près de Kourou, en Guyane française. Les mesures de concentration d’azote, de phosphore, de carbone et des polyphénols ont été réalisées et ont permis de calculer le rapport C/N et la résorption desnutriments. Les compositions chimiques varient radicalement entre les espèces à la fois pour les feuilles matures et sénescentes : dans les feuilles matures les concen- trations en N et P varient de 1.03% à 2.69% et de 0,037% à 0,115%, respectivement. La concentration d'N dans les feuilles sénescentes varie de 0,72% à 2.03% et pour le P de 0,0 13% à 0.074%. La vitesse de croissance est positivement corrélée avec laconcentration d'N dans les feuilles. La résorption est le phénomène suivant lequel les plantes réabsorbent les nutriments des feuilles avant la période d'abscission pour les redistribuer à travers ses tissus.L'efficience de résorption varie fortement en fonction des espèces et est plus élevée pour le P que pour l'N. La résorption de l'N varie de -9,84% à 57.22% (moyenne ~30.7%) et celle du P varie de -15,75% à 79,56% (moyenne ~47.64%). Une analyse par corrélation montre que les résorptions de N et P sont signifi- cativement et positivement corrélés. Il y a aussi une corrélation significative et positive entre l'efficience de résorption et i) les concentrations en nutriment dans les feuilles vertes et ii) le coût de construction des feuilles et la vitesse de croissance.Parmi les espèces, une forte relation positive est trouvée entre le C/N de la litière et la résorption de l’N,suggérant que celle-ci est un élément déterminant de la qualité de la litière. Une forte résorption entraîne une faible qualité de litière et par conséquent une mauvaise décomposition. La résorption et la décomposition sont liés dans le recyclage des nutriments dans les écosystèmes, et sont négativement corrélés. Il semble que la connaissance de la résorption seule ou de la décomposition seule peut fausser la compréhension du fonctionnement de l’écosystème ou des espèces.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189262

hal-01189262
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189262
PRODINRA : 21212

Résumé : Le Réseau Hydrologique Littoral Normand (RHLN) pérenne a été approuvé en 2007 par ses partenaires, avec le triple objectif (1) de maintenir le suivi de la qualité des masses d’eau et évaluer leur niveau d’eutrophisation en réponse aux réglementations (Directive Nitrate, OSPAR, DCE), (2) de poursuivre la réflexion sur la définition des indicateurs DCE, puis (3) de développer les connaissances et de fournir des données à la modélisation. Ce rapport réalise la synthèse des résultats obtenus en 2008 première année de la mise en oeuvre du RHLN pérenne. L’analyse des cycles hydrobiologiques observés au sein des différentes masses d’eau normandes en 2008 a permis de mettre en évidence le caractère analogue de cette année 2008 du point de vue météorologique par rapport à l’année 2007. Malgré cela, les précipitations n’ont pas entrainé d’apports de nutriments aussi importants qu’en 2007 le long des côtes normandes dont les stocks sont restés modérés. Cependant, les périodes de carence en azote, phosphore ou silice dans le milieu ont été de nouveau très limitées, ce qui aurait pu favoriser la croissance du phytoplancton tout au long de la période productive. Or, comme en 2007, les niveaux de biomasses chlorophylliennes sont restés relativement faibles. L’évaluation du niveau d’eutrophisation (ou plus précisément de dystrophie) des masses d’eaux normandes au moyen des indicateurs retenus dans le cadre de la DCE, a permis de conclure que sur les 19 masses d’eau suivies dans le cadre du RHLN 2008 : 14 peuvent être classées en « très bon état » (dont deux par extrapolation) ; 2 en « bon état » ; et 5 en « état moyen », au vue des indicateurs actuellement validés pour l’élément de qualité « Phytoplancton », combiné à celui des « Conditions physico-chimiques » pour l’évaluation de l’état écologique des masses d’eau.

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00006/11730/8404.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00006/11730/

Résumé : La conservation des échantillons a souvent constitué un problème tant pour les chimistes que pour les biologistes. Si les chimistes semblent satisfaits de leurs techniques de conservation, les biologistes quant à eux sont indécis du fait que l'action toxique se modifie au cours du temps et selon la technique employée (réfrigération, congélation, lyophilisation, conservation en azote liquide à -196°C). Le présent rapport constitue une étude préliminaire qui, si elle est poursuivie, pourrait permettre de déterminer le mode de conservation le plus approprié pour chaque type d'échantillons.

Droits : 1993 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00037/14828/12144.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00037/14828/